t/RemoteDB/Query/GenBank.t

   1 # -*-Perl-*- Test Harness script for Bioperl
   2 # $Id$
   3
   4 use strict;
   5
   6 BEGIN {
   7         use lib '.';
   8         use Bio::Root::Test;
   9
  10         test_begin(-tests => 21,
  11                            -requires_modules => [qw(IO::String
  12                                                                             LWP::UserAgent
  13                                                                                 HTTP::Request::Common)],
  14                            -requires_networking => 1);
  15
  16         use_ok('Bio::DB::Query::GenBank');
  17         use_ok('Bio::DB::GenBank');
  18 }
  19
  20 my %expected_lengths = (
  21                         'MUSIGHBA1' => 408,
  22                         'AF303112'  => 1611,
  23                         'AF041456'  => 1156,
  24                         'AY080910'  => 798,
  25                         'AY080909'  => 1042,
  26                         'AF155220'  => 1172,
  27                         'AF442768'  => 2547,
  28                         );
  29
  30 my ($gb, $seq, $seqio, $seqin, $query);
  31
  32 # test query facility
  33 ok $query = Bio::DB::Query::GenBank->new('-db'      => 'nucleotide',
  34                                          '-query'   => 'Onchocerca volvulus[Organism]',
  35                                          '-mindate' => '2002/1/1',
  36                                          '-maxdate' => '2002/12/31'), 'Bio::DB::Query::GenBank';
  37 SKIP: {
  38     cmp_ok $query->count, '>', 0;
  39     my @ids = $query->ids;
  40     cmp_ok @ids, '>', 0;
  41     is @ids, $query->count;
  42     ok $gb = Bio::DB::GenBank->new('-delay' => 0);
  43     eval {$seqio = $gb->get_Stream_by_query($query);};
  44     skip "Couldn't connect to complete GenBank query tests. Skipping those tests", 5 if $@;
  45     my $done = 0;
  46     while (my $s = $seqio->next_seq) {
  47         is $s->length, $expected_lengths{$s->display_id}, $s->display_id;
  48         undef $gb; # test the case where the db is gone,
  49         # but the pipeline should remain until seqio goes away
  50         $done++;
  51     }
  52     skip('No seqs returned', 5) if !$done;
  53     is $done, 4;
  54 }
  55
  56 $seq = $seqio = undef;
  57
  58 # test query facility (again)
  59 ok $query = Bio::DB::Query::GenBank->new('-db'  => 'nucleotide',
  60                                          '-ids' => [qw(J00522 AF303112 2981014)]);
  61 SKIP: {
  62     cmp_ok $query->count, '>', 0;
  63     my @ids = $query->ids;
  64     cmp_ok @ids, '>', 0;
  65     is @ids, $query->count;
  66     $gb = Bio::DB::GenBank->new('-delay' => 0);
  67     eval {$seqio = $gb->get_Stream_by_query($query);};
  68     skip "Couldn't connect to complete GenBank query tests. Skipping those tests: $@", 4 if $@;
  69     my $done = 0;
  70     while (my $s = $seqio->next_seq) {
  71         is $s->length, $expected_lengths{$s->display_id}, $s->display_id;
  72         $done++;
  73     }
  74     skip('No seqs returned', 4) if !$done;
  75     is $done, 3;
  76     $seqio->close(); # the key to preventing errors during make test, no idea why
  77 }
  78
  79 $seq = $seqio = undef;
  80
  81 # and yet again, for bug 2133
  82 $query = Bio::DB::Query::GenBank->new('-query'  => 'AF303112',
  83                                       '-ids' => [qw(J00522 AF303112 2981014)]);
  84 is $query->query, 'J00522[PACC]|AF303112[PACC]|2981014[UID]';
  85