t/SearchIO/cross_match.t

   1 # -*-Perl-*- Test Harness script for Bioperl
   2 # $Id: SearchIO_cross_match.t 11788 2007-12-03 23:37:59Z jason $
   3
   4 use strict;
   5
   6 BEGIN {
   7         use lib '.';
   8     use Bio::Root::Test;
   9
  10     test_begin(-tests => 15);
  11
  12         use_ok('Bio::SearchIO');
  13 }
  14
  15 my ($searchio, $result,$iter,$hit,$hsp);
  16
  17 # The cross_match SearchIO parser is not event-based; it directly adds
  18 # information to the relevant Bio::Search objects as the report is parsed.
  19 # The parser currently misses much information present in the report. Also,
  20 # methods expected to work somehow don't (hsp->length('hsp'), for instance).
  21 # Unsure if this parses non-alignment-based cross-match reports accurately
  22 # (see bioperl-live/t/data/consed_project/edit_dir/test_project.screen.out for
  23 # an example).
  24
  25 # Note lots of ResultI/HitI/HSPI methods not tested yet!
  26
  27 $searchio = Bio::SearchIO->new('-format' => 'cross_match',
  28                                   '-file'   => test_input_file('testdata.crossmatch'));
  29
  30 $result = $searchio->next_result;
  31
  32 is($result->algorithm, 'cross_match');
  33 is($result->algorithm_version, '0.990329');
  34
  35 my @valid = ( [ 'msx1_ens2', 0]);
  36 my $count = 0;
  37 while( $hit = $result->next_hit ) {
  38     my $d = shift @valid;
  39
  40     is($hit->name, shift @$d);
  41     is($hit->length, shift @$d);
  42
  43     if( $count == 0 ) {
  44         my $hsps_left = 1;
  45         while( my $hsp = $hit->next_hsp ) {
  46             is($hsp->query->start, 19);
  47             is($hsp->query->end, 603);
  48             is($hsp->hit->start, 2824);
  49             is($hsp->hit->end, 3409);
  50             #is($hsp->length('hsp'), 820);  # shouldn't this work?
  51             is($hsp->start('hit'), $hsp->hit->start);
  52             is($hsp->end('query'), $hsp->query->end);
  53             is($hsp->strand('sbjct'), $hsp->subject->strand);# alias for hit
  54             is($hsp->gaps, 0);
  55             $hsps_left--;
  56         }
  57         is($hsps_left, 0);
  58     }
  59     last if( $count++ > @valid );
  60 }
  61
  62 is(@valid, 0);