t/SearchIO/cross_match.t

   1 # -*-Perl-*- Test Harness script for Bioperl
   2 # $Id: SearchIO_cross_match.t 11788 2007-12-03 23:37:59Z jason $
   3
   4 use strict;
   5
   6 BEGIN {
   7     use Bio::Root::Test;
   8
   9     test_begin(-tests => 15);
  10
  11         use_ok('Bio::SearchIO');
  12 }
  13
  14 my ($searchio, $result,$iter,$hit,$hsp);
  15
  16 # The cross_match SearchIO parser is not event-based; it directly adds
  17 # information to the relevant Bio::Search objects as the report is parsed.
  18 # The parser currently misses much information present in the report. Also,
  19 # methods expected to work somehow don't (hsp->length('hsp'), for instance).
  20 # Unsure if this parses non-alignment-based cross-match reports accurately
  21 # (see bioperl-live/t/data/consed_project/edit_dir/test_project.screen.out for
  22 # an example).
  23
  24 # Note lots of ResultI/HitI/HSPI methods not tested yet!
  25
  26 $searchio = Bio::SearchIO->new('-format' => 'cross_match',
  27                                   '-file'   => test_input_file('testdata.crossmatch'));
  28
  29 $result = $searchio->next_result;
  30
  31 is($result->algorithm, 'cross_match');
  32 is($result->algorithm_version, '0.990329');
  33
  34 my @valid = ( [ 'msx1_ens2', 0]);
  35 my $count = 0;
  36 while( $hit = $result->next_hit ) {
  37     my $d = shift @valid;
  38
  39     is($hit->name, shift @$d);
  40     is($hit->length, shift @$d);
  41
  42     if( $count == 0 ) {
  43         my $hsps_left = 1;
  44         while( my $hsp = $hit->next_hsp ) {
  45             is($hsp->query->start, 19);
  46             is($hsp->query->end, 603);
  47             is($hsp->hit->start, 2824);
  48             is($hsp->hit->end, 3409);
  49             #is($hsp->length('hsp'), 820);  # shouldn't this work?
  50             is($hsp->start('hit'), $hsp->hit->start);
  51             is($hsp->end('query'), $hsp->query->end);
  52             is($hsp->strand('sbjct'), $hsp->subject->strand);# alias for hit
  53             is($hsp->gaps, 0);
  54             $hsps_left--;
  55         }
  56         is($hsps_left, 0);
  57     }
  58     last if( $count++ > @valid );
  59 }
  60
  61 is(@valid, 0);