t/Tools/Phylo/Gerp.t

   1 # -*-Perl-*- Test Harness script for Bioperl
   2 # $Id: gerp.t,v 1.15 2007/06/27 10:16:38 sendu Exp $
   3
   4 use strict;
   5
   6 BEGIN {
   7     use lib '.';
   8     use Bio::Root::Test;
   9
  10     test_begin(-tests => 33,
  11                            -requires_module => 'URI::Escape');
  12
  13     use_ok('Bio::Tools::Phylo::Gerp');
  14 }
  15
  16 ok my $parser = Bio::Tools::Phylo::Gerp->new(-file => test_input_file('ENr111.mfa.example.elems'));
  17
  18 my $count = 0;
  19 my @expected = ([qw(334180 334352 449 1.03744e-165)],
  20                 [qw(337735 337915 458.2 5.02405e-164)],
  21                 [qw(262604 262861 473.1 3.64789e-117)],
  22                 [qw(285427 285608 386.1 8.42494e-113)],
  23                 [qw(309563 309744 383.6 2.88895e-111)]);
  24 while (my $feat = $parser->next_result) {
  25     $count++;
  26     my @exp = @{shift(@expected)};
  27
  28     isa_ok $feat, 'Bio::SeqFeature::Annotated';
  29     is $feat->source->value, 'GERP', 'correct source';
  30     is $feat->start, shift(@exp), 'feature start correct';
  31     is $feat->end, shift(@exp), 'feature end correct';
  32     is $feat->score, shift(@exp), 'feature score correct';
  33     my ($p_value) = $feat->get_Annotations('pvalue');
  34     is ref $p_value ? $p_value->value : $p_value, shift(@exp), 'feature pvalue correct';
  35 }
  36
  37 is $count, 5, "correct number of results parsed out";