more deprecated code removal; squash test failing due to different error being returned
[bioperl-live.git] / Changes
blob9b4bce36f4c2e999a5d98fc271df99d4a5ea555b
1 ---------------------------------------------------------
2 Revision history for BioPerl core modules
3 ---------------------------------------------------------
4 The comprehensive history and ongoing development of BioPerl:
6    http://github.com/bioperl/bioperl-live
8 Some of that history is also highlighted on our wiki:
10    http://www.bioperl.org/wiki/Change_log
11    http://www.bioperl.org/wiki/History_of_BioPerl
13 Bugs and requested features list:
15    https://redmine.open-bio.org/projects/bioperl
17 CPAN releases are branched from 'master'.
18 ---------------------------------------------------------
20 1.6.901 May 3, 2011
22     [Notes]
23     
24     * Minor bug fix release
25     * Bio::SeqIO::gbxml tests require XML::SAX [hartzell]
26     * Address Build.PL issues when DBI is not present [hartzell]
28 1.6.900 April 14, 2011
30     [Notes]
31     
32     * This will probably be the last release to add significant features to
33       core modules; subsequent releases will be for bug fixes alone.
34       We are planning on a restructuring of core for summer 2011, potentially
35       as part of the Google Summer of Code.  This may become BioPerl 2.0. 
36     * Version bump represents 'just prior to v 1.7'.  We may have point
37       releases to deal with bugs, with increments of 1.6.901, 1.6.902, etc.
38       This code essentially is what is on the github master branch.
40     [New features]
41     
42     * Core code updated for perl 5.12.x [cjfields, Charle Tilford]
43     * Bio::Tree refactor
44         - major overhaul of Bio::Tree code by Greg Jordan, fixes several bugs
45         - removal of Scalar::Util::weaken code, which was causing odd headaches
46           with premature GC, memory leaks with perl 5.10.0, etc [cjfields]
47     * Bio::DB::SeqFeature bug fixes for GBrowse2 compatibility [lds, scottcain,
48           many others]
49     * Bio::SeqIO::msout, Bio::SeqIO::mbsout - parsers for ms and mbs
50           [Warren Kretzschmar]
51     * Bio::SeqIO::gbxml
52         - bug 2515 - new contribution [Ryan Golhar, jhannah]
53     * Bio::Assembly::IO
54         - support for reading Maq, Sam and Bowtie files [maj]
55         - support for reading 454 GS Assembler (Newbler) ACE files [fangly]
56         - bug 2483: support for writing ACE files [Joshua Udall, fangly]
57         - bug 2599: support DBLINK annotation in GenBank files [cjfields]
58         - bug 2726: reading/writing granularity: whole scaffold or one contig
59           at a time [Joshua Udall, fangly]
60     * Bio::OntologyIO
61         - Added parsing of xrefs to OBO files, which are stored as secondary
62             dbxrefs of the cvterm [Naama Menda]
63         - General Interpro-related code refactors [dukeleto, rbuels, cjfields]
64     * PAML code updated to work with PAML 4.4d [DaveMessina]
66     [Bug fixes]
67     
68     * [3198] - sort tabular BLAST hits by score [DaveMessina]
69     * [3196] - fix invalid metadata produced by latest Module::Build [cjfields]
70     * [3190] - RemoteBlast GAPCOSTS regex fix [Ali Walsh, cjfields]
71     * [3185] - Bio::Tools::SeqStats->get_mol_wt now gives correct MW
72                [cjfields]
73     * [3178] - fix tr/// issue in Bio::Range [Andrew Conley, cjfields]
74     * [3172] - Bio::DB::Fasta - catch possibly bad FASTA files [cjfields]
75     * [3164] - TreeFunctionsI syntax  bug [gjuggler]
76     * [3163] - AssemblyIO speedup [fangly]
77     * [3160] - Bio::SearchIO::Writer::TextResultWriter output [Paul Cantalupo,
78                hyphaltip]
79     * [3159] - add SwissPfam support to bp_index.PLS [hyphaltip]
80     * [3158] - fix EMBL file mis-parsing [cjfields]
81     * [3157] - Bio::Restriction::Analysis 'sizes' method fixed [Marc Perry,
82                cjfields]
83     * [3153] - fix SeqIO::swiss TagTree issues [Charles Tilford, cjfields]
84     * [3148] - URL change for UniProt [cjfields]
85     * [3145] - AXT off-by-1 error [Aaron Goodman, cjfields]
86     * [3136] - HMMer3 parser fixes [kblin]
87     * [3126] - catch description [Toshihiko Akiba]
88     * [3122] - Catch instances where non-seekable filehandles were being
89                seek'd w/o checking for status [Stefan Kirov, Roy Chaudhuri]
90     * [3121] - Bio::OntologyIO cannot parse the full InterPro XML file
91                [dukeleto, rbuels, cjfields]
92     * [3120] - bp_seqfeature_gff3.pl round-trip fixes [genehack, David Breimann,
93                jhannah]
94     * [3116,3117] - perl 5.12.x warnings fixed [cjfields, Charles Tilford]
95     * [3110] - Better 'namespace' support for bp_seqfeature_load.PLS [dbolser,
96                cjfields]
97     * [3107] - BLAST alignment column_from_residue_number() [cjfields]
98     * [3104] - Bio::Species single node hierarchies [Charles Tilford, cjfields]
99     * [3092, 3090] - parsing of BLAST HSP stats [Razi Khaja, cjfields]
100     * [3089] - HSPTableWriter missing methods [Robson de Souza, cjfields]
101     * [3086] - EMBL misparsing long tags [kblin, cjfields]
102     * [3085] - CommandExts and array of files [maj, hyphaltip]
103     * [3077] - Bio::SimpleAlign slice() now correctly computes seq coordinates
104                for alignment slices [Ha X. Dang, cjfields]
105     * [3076] - XMFA alignment strand wrong [Ha X., cjfields]
106     * [3073] - fix parsing of GenBank files from RDP [cjfields]
107     * [3068] - FASTQ parse failure with trailing 0 [cjfields]
108     * [3064] - All-gap midline BLAST report issues [cjfields]
109     * [3063] - BLASt report RID [Razi Khaja, cjfields]
110     * [3058] - SearchIO::fasta parsing [DaveMessina, cjfields]
111     * [3053] - LOCUS line formatting [M. Wayne, cjfields]
112     * [3039] - correct Newick output root node branch length [gjuggler,
113                DaveMessina]
114     * [3038] - SELEX alignment error [Bernd, cjfields]
115     * [3033] - PrimarySeq ID setting [Bernd, maj]
116     * [3032] - Fgenesh errors [Wes Barris, hyphaltip]
117     * [3034] - AlignIO::clustal output [Bernd, DaveMessina]
118     * [3031] - Parse algorithm ref for BLAST [Razi Khaja, cjfields]
119     * [3028] - Bio::TreeIO::nexus and FigTree compat [Kevin Balbi, cjfields]
120     * [3025] - Bio::SeqIO::embl infinite loop [Adam Sjøgren, cjfields]
121     * [3040, 3023, 2974, 2921, 2753, 2636, 2482] - PAML parser fixed, works with
122                PAML 4.4d [DaveMessina]
123     * [3015, 3022] - Bio::Restriction withrefm regexp [Emmanuel Quevillon,
124                DaveMessina]
125     * [3020] - GFF3Loader alias attribute [Nathan Weeks, cjfields]
126     * [3018, 3019, 3021] - gmap_f9 parsing [Kiran Mukhyala, cjfields]
127     * [3017] - using threads with Bio::DB::GenBank [cjfields]
128     * [3012] - Bio::Root::HTTPget fixes [maj, cjfields]
129     * [3011] - namespace support for SF::Store::DBI::Pg [Adam Witney, cjfields]
130     * [3002] - Bio::DB::EUtilities NCBI policy updates [cjfields]
131     * [3001] - seq identifier '0' dropped with FASTA [Michael Kuhn, maj]
132     * [2984] - let LocatableSeq decide on length of phylip aln [Adam Witney, 
133                cjfields]
134     * [2983] - fix score/percent ID mixup [Alexie Papanicolaou]
135     * [2977] - TreeIO issues [DaveMessina]
136     * [2959] - Bio::SeqUtils->revcom_with_features [Roy Chaudhuri, maj]
137     * [2944] - Bio::Tools::GFF score [cjfields]
138     * [2942] - correct MapTiling output [maj]
139     * [2939] - PDB residue insertion codes [John May, maj]
140     * [2930] - PrimarySeqI term symbol [Adam Sjøgren, maj]
141     * [2928] - GuessSeqFormat raw [maj]
142     * [2926] - Bio:Tools::TandemRepeatsFinder seq_id [takadonet, cjfields]
143     * [2922] - open() directive issue [cjfields]
144     * [2915] - GenBank parser infinite loop [Francisco Ossandon, cjfields]
145     * [2901] - DNAStatistics div by zero error [Janet Young, cjfields]
146     * [2899] - SeqFeature::Store host issues [lstein, dbolser]
147     * [2897] - Add a "mask_below_threshold" method to Seq::Quality [dbolser,
148                cjfields]
149     * [2881] - .scf files don't' roundtrip [Adam Sjøgren, cjfields]
150     * [2876] - CDD search with RemoteBlast [Malcolm Cook]
151     * [2863] - Root::IO::_initialize_io causes crash [rbuels, maj, DaveMessina]
152     * [2845] - Bio::Seq::Quality gives seq with no ID [Tristan Lefebure, cjfields]
153     * [2843] - FeatureIO BED to GFF fails w/ no phase [cassjm cjfields]
154     * [2773] - Bio::Tree::Node premature GC [Morgan Price, cjfields]
155     * [2764] - add ID Tracker helper for SwissProt [heikki, cjfields]
156     * [2758] - Bio::AssemblyIO ace problems [fangly]
157     * [2744] - Bio::LocatableSeq::end [Bernd, cjfields]
158     * [2726] - ace file IO [Josh, fangly]
159     * [2700] - Refactor Build.PL [cjfields]
160     * [2673] - addition of simple Root-based clone() method [cjfields]
161     * [2648] - Bio::Assembly::Scaffold->get_all_seq_ids [dbolser, fangly]
162     * [2599] - support for DBLINK annotation in GenBank files [cjfields]
163     * [2594] - Bio::Species memory leak [cjfields]
164     * [2515] - GenBank XML parser [jhannah]
165     * [2499] - Method "pi" in package Bio::PopGen::Statistics [hyphaltip]
166     * [2483] - Bio::Assembly::IO::ace write_assembly implemented [fangly]
167     * [2350] - ID consistency btwn Bio::SeqI, Bio::Align::AlignI [fangly,
168                cjfields]
169     * [1572] - no docs Bio::Location::Simple/Atomic::trunc [hyphaltip]
171     [Deprecated]
172     
173     * Bio::Expression modules - these were originally designed to go with the
174       bioperl-microarray suite of tools, however they have never been completed
175       and so have been removed from the distribution.  The original code has
176       been moved into the inactive bioperl-microarray suite. [cjfields]
177       
178     [Other]
179     
180     * Repository moved from Subversion (SVN) to
181       http://github.com/bioperl/bioperl-live [cjfields]
182     * Bug database has moved to Redmine (https://redmine.open-bio.org)
183     * Bio::Micrarray - the tools developed for ReSeq chip analysis by Marian
184       Thieme have been moved to their own distribution (Bio-Microarray).
185       [cjfields]
187 1.6.1   Sept. 29, 2009 (point release)
188     * No change from last alpha except VERSION and doc updates [cjfields]
190 1.6.0_6 Sept. 27, 2009 (sixth 1.6.1 alpha)
191     * Fix for silent OBDA bug related to FASTA validation [cjfields]
193 1.6.0_5 Sept. 27, 2009 (fifth 1.6.1 alpha)
194     * Possible fix for RT 49950 (Strawberry Perl installation) [cjfields]
195     * [RT 50048] - removed redundant VERSION, which was borking CPANPLUS
196       [cjfields]
197     * BioPerl.pod -> BioPerl.pm (Perl Best Practices) [cjfields]
199 1.6.0_4 Sept. 25, 2009 (fourth 1.6.1 alpha)
200     * WinXP test fixes [cjfields, maj]
201     * BioPerl.pod added for descriptive information, fixes CPAN indexing
202       [cjfields]
203     * Minor doc fixes [cjfields]
205 1.6.0_3 Sept. 22, 2009 (third 1.6.1 alpha)
206     * Fix tests failing due to merging issues [cjfields]
207     * More documentation updates for POD parsing [cjfields]
209 1.6.0_2 Sept. 22, 2009 (second 1.6.1 alpha)
210     * Bio::Root::Build
211         - fix YAML meta data generation [cjfields]
213 1.6.0_1 Sept. 15, 2009 (first 1.6.1 alpha)
214     * Bio::Align::DNAStatistics
215         - fix divide by zero problem [jason]
216     * Bio::AlignIO::*
217         - bug 2813 - fix faulty logic to detect end-of-stream [cjfields]
218     * Bio::AlignIO::stockholm
219         - bug 2796 - fix faulty logic to detect end-of-stream [cjfields]
220     * Bio::Assembly::Tools::ContigSpectrum
221         - function to score contig spectrum [fangly]
222     * Bio::DB::EUtilities
223         - small updates [cjfields]
224     * Bio::DB::Fasta
225         - berkeleydb database now autoindexes wig files and locks correctly
226           [lstein]
227     * Bio::DB::HIV
228         - various small updates for stability; tracking changes to LANL
229           database interface [maj]
230     * Bio::DB::SeqFeature (lots of updates and changes)
231         - add Pg, SQLite, and faster BerkeleyDB implementations [lstein, scain]
232         - bug 2835 - patch [Dan Bolser]
233         - bug RT 44535 - patch FeatureFileLoader [Cathy Gresham]
234     * Bio::DB::SwissProt
235         - bug 2764 - idtracker() method [cjfields, courtesy Neil Saunders]
236     * Bio::Factory::FTLocationFactory
237         - mailing list bug fix [cjfields]
238     * Bio::LocatableSeq
239         - performance work on column_from_residue_number [hartzell]
240     * Bio::Matrix::IO::phylip
241         - bug 2800 - patch to fix phylip parsing [Wei Zou]
242     * Bio::Nexml
243         - Google Summer of Code project from Chase Miller - parsers for Nexml
244           file format [maj, chmille4]
245     * Bio::PopGen
246         - Make Individual, Population, Marker objects AnnotatableI [maj]
247         - simplify LD code [jason]
248     * Bio::RangeI
249         - deal with empty intersection [jason]
250     * Bio::Restriction
251         - significant overhaul of Bio::Restriction system: complete support for
252           external and non-palindromic cutters. [maj]
253     * Bio::Root::Build
254         - CPANPLUS support, no automatic installation [sendu]
255     * Bio::Root::IO
256         - allow IO::String (regression fix) [cjfields]
257         - catch unintentional undef values [cjfields]
258         - throw if non-fh is passed to -fh [maj]
259     * Bio::Root::Root/RootI
260         - small debugging and core fixes [cjfields]
261     * Bio::Root::Test
262         - bug RT 48813 - fix for Strawberry Perl bug [kmx]
263     * Bio::Root::Utilities
264         - bug 2737 - better warnings [cjfields]
265     * Bio::Search
266         - tiling completely refactored, HOWTO added [maj]
267           NOTE : Bio::Search::Hit::* classes do not use this code directly; we
268           will deprecate usage of the older tiling code in the next BioPerl
269           release
270         - small fixes [cjfields]
271     * Bio::SearchIO
272         - Infernal 1.0 output now parsed [cjfields]
273         - new parser for gmap -f9 output [hartzell]
274         - bug 2852 - fix infinite loop in some output [cjfields]
275         - blastxml output now passes all TODO tests [cjfields]
276         - bug 2346, 2850 - psl and exonerate parsing fixes [rbuels, jhannah, bvecchi, YAPC hackathon]
277         - RT 44782 - GbrowseGFF writer now catches evalues [Allen Day]
278         - bug 2575 - add two columns of additional output to HSPTableWriter [cjfields]
279     * Bio::Seq::LargePrimarySeq
280         - delete tempdirs [cjfields]
281         - bug fixes [rbuels, jhannah, bvecchi, YAPC hackathon]
282     * Bio::Seq::Quality
283         - extract regions based on quality threshold value [Dan Bolser, heikki]
284         - bug 2847 - resolve threshold issue (rbuels, jhannah, bvecchi)
285     * Bio::SeqFeature::Lite
286         - various Bio::DB::SeqFeature-related fixes [lstein]
287     * Bio::SeqFeature::Tools::TypeMapper
288         - additional terms for GenBank to SO map [scain]
289     * Bio::SeqIO::chadoxml
290         - bug 2785 - patch to get this working for bp_seqconvert [cjfields]
291     * Bio::SeqIO::embl
292         - support for CDS records [dave_messina, Sylvia]
293     * Bio::SeqIO::fastq
294         - complete refactoring to handle all FASTQ variants, perform validation,
295           write output. API now conforms with other Bio* parsers and the rest of
296           Bio::SeqIO (e.g. write_seq() creates fastq output, not fasta output).
297           [cjfields]
298     * Bio::SeqIO::genbank
299         - bug 2784 - fix DBSOURCE issue [Phillip Garland]
300         - bug RT 44536 - support for UniProt/UniProtKB tests [cjfields]
301     * Bio::SeqIO::largefasta
302         - parser returns a Bio::Seq::LargePrimarySeq [jhannah]
303     * Bio::SeqIO::raw
304         - add option for 'single' and 'multiple'
305     * Bio::SeqIO::scf
306         - bug 2881 - fix scf round-tripping [Adam Sj¿gren]
307     * Bio::SeqUtils
308         - bug 2766, 2810 - copy over tags from features, doc fixes [David
309           Jackson]
310     * Bio::SimpleAlign
311         - bug 2793 - patch for add_seq index issue [jhannah, maj]
312         - bug 2801 - throw if args are required [cjfields]
313         - bug 2805 - uniq_seq returns SimpleAlign and hash ref of sequence types
314           [Tristan Lefebure, maj]
315         - bug fixes from YAPC hackathon [rbuels, jhannah, bvecchi]
316         - fix POD and add get_SeqFeatures filter [maj]
317     * Bio::Tools::dpAlign
318         - add support for LocatableSeq [ymc]
319         - to be moved to a separate distribution [cjfields, rbuels]
320     * Bio::Tools::EUtilities
321         - fix for two bugs from mail list [Adam Whitney, cjfields]
322         - add generic ItemContainerI interface for containing same methods
323           [cjfields]
324     * Bio::Tools::HMM
325         - fix up code, add more warnings [cjfields]
326         - to be moved to a separate distribution [cjfields, rbuels]
327     * Bio::Tools::Primer3
328         - bug 2862 - fenceposting issue fixed [maj]
329     * Bio::Tools::Run::RemoteBlast
330         - tests for remote RPS-BLAST [mcook]
331     * Bio::Tools::SeqPattern
332         - bug 2844 - backtranslate method [rbuels, jhannah, bvecchi]
333     * Bio::Tools::tRNAscanSE
334         - use 'gene' and 'exon' for proper SO, ensure ID is unique [jason]
335     * Bio::Tree::*
336         - bug 2456 - fix reroot_tree(), added create_node_on_branch() [maj]
337     * Bio::Tree::Statistics
338         - several methods for calculating Fitch-based score, internal trait
339           values, statratio(), sum of leaf distances [heikki]
340     * Bio::Tree::Tree
341         - bug 2869 - add docs indicating edge case where nodes can be
342           prematurely garbage-collected [cjfields]
343         - add as_text() function to create Tree as a string in specified format
344           [maj]
345     * Bio::Tree::TreeFunctionsI
346         - bug 2877 - fix bug where bootstrap assigned to the wrong node [Tristan
347           Lefebure, maj]
348     * Bio::TreeIO::newick
349         - fix small semicolon issue [cjfields]
350     * scripts
351         - update to bp_seqfeature_load for SQLite [lstein]
352         - hivq.pl - commmand-line interface to Bio::DB::HIV [maj]
353         - fastam9_to_table - fix for MPI output [jason]
354         - gccalc - total stats [jason]
355     * General Stuff
356         - POD cleanup re: FEEDBACK section [maj, cjfields]
357         - cleanup or fix dead links [cjfields]
358         - Use of no_* methods (indicating 'number of something') is deprecated
359           in favor of num_* [cjfields]
360         - lots of new tests for the above bugs and refactors [everyone!]
361         - new template for Komodo text editor [cjfields]
362     
363 1.6.0 Winter 2009
364     * Feature/Annotation rollback
365         - Problematic changes introduced prior to the 1.5 release have been
366           rolled back. These changes led to subtle bugs involving operator
367           overloading and interface methods.
368         - Behavior is very similar to that for BioPerl 1.4, with tag values
369           being stored generically as simple scalars. Results in a modest
370           speedup.
371     * Bio::Graphics
372         - Split into a separate distribution on CPAN, primarily so development
373           isn't reliant on a complete BioPerl release.
374         - Bio::Graphics::Pictogram has been renamed to Bio::Draw::Pictogram but
375           is only available via Subversion (via bioperl-live main trunk)
376     * Bio::Root::Test
377         - Common test bed for all BioPerl modules
378     * Bio::Root::Build
379         - Common Module::Build-based subclass for all BioPerl modules
380     * Bio::DB::EUtilities
381         - Complete refactoring to split up parsing (Bio::Tools::EUtilities),
382           parameter handling (Bio::Tools::EUtilities::EUtilParameters),
383           and user agent request posting and retrieval
384     * Test implementation and reorganization
385         - Tests have been reorganized into groups based on classes or use
386           cases.
387         - Automated test coverage is now online:
388           http://www.bioperl.org/wiki/Test_Coverage
389         - After this release, untested modules will be moved into a
390           separate developer distribution until tests can be derived.
391           Also, new modules to be added are expected to have a test suite
392           and adequate test coverage.
394 1.5.2 Developer release
396     Full details of changes since 1.5.1 are available online at:
397     http://www.bioperl.org/wiki/Change_log
398     The following represents a brief overview of the most important changes.
400     o Bio::Map
401       - Overhaul. Brand new system fully allows markers to have multiple
402         positions on multiple maps, and to have relative positions. Should be
403         backward compatible.
404     
405     o Bio::Taxonomy
406       - This module and all the modules in the Taxonomy directory now
407         deprecated in favour of Bio::Taxon and Bio::Tree::Tree
408     
409     o Bio::DB::Taxonomy
410       
411       - Taxonomy.pm
412         * get_Taxonomy_Node() eventually to be deprecated, renamed get_taxon().
413         
414         * New methods ancestor(), each_Descendent() and _handle_internal_id().
415         
416         * Allows for different database modules to create Bio::Taxon objects
417           with the same internal id when the same taxon is requested from each.
418     
419       - flatfile.pm
420         * get_Children_Taxids() is deprecated, superceded by each_Descendent().
421         
422         * No longer includes the fake root node 'root'; there are multiple roots
423           now (10239, 12884, 12908, 29384 and 131567). Consistent with entrez.pm
424     
425       - entrez.pm
426         * get_node() has new option -full
427         
428         * Caches data retrieved from website
429     
430     o Bio::Species
431       - Now a Bio::Taxon. Carries out the species name -> specific name munging
432         that Bio::DB::Taxonomy modules and SeqIO modules used to do, for
433         backward compatability in species() method.
434     
435     o Bio::Search and Bio::SearchIO
436       - Overhaul. The existing system has been sped up via some minor changes
437         (mostly gain-of-function to the API). Bio::PullParserI is introduced
438         as a potential eventual replacment for the existing system, though as
439         yet only a Hmmpfam parser exists written using it.
442 1.5.1 Developer release
444     o Major problem with how Annotations were written out with
445       Bio::Seq is fixed by reverting to old behavior for
446       Bio::Annotation objects.
448     o Bio::SeqIO
450      - genbank.pm
451        * bug #1871; REFLOOP' parsing loop, I changed the pattern to
452          expect at l east 9 spaces at the beginning of a line to
453          indicate line wrapping.
455        * Treat multi-line SOURCE sections correctly, this defect broke
456          both common_name() and classification()
458        * parse swissprot fields in genpept file 
460        * parse WGS genbank records
462      - embl.pm
463         * Changed regexp for ID line. The capturing parentheses are
464           the same, the difference is an optional repeated-not-semi-
465           colon expression following the captured \S+. This means the
466           regexp works when the division looks like /PRO;/ or when the
467           division looks like /ANG ;/ - the latter is from EMBL
468           repbase
470         * fix ID line parsing: the molecule string can have spaces in
471           it. Like: "genomic DNA"
473      - swiss.pm: bugs  #1727, #1734
474      
475      - entrezgene.pm
476         * Added parser for entrezgene ASN1 (text format) files.
477           Uses Bio::ASN1::EntrezGene as a low level parser (get it from CPAN)
479     o Bio::AlignIO
481      -  maf.pm coordinate problem fixed
482       
483     o Bio::Taxonomy and Bio::DB::Taxonomy
485      - Parse NCBI XML now so that nearly all the taxonomy up-and-down 
486        can be done via Web without downloading all the sequence.
488     o Bio::Tools::Run::RemoteBlast supports more options and complies
489       to changes to the NCBI interface. It is reccomended that you
490       retrieve the data in XML instead of plain-text BLAST report to
491       insure proper parsing and retrieval of all information as NCBI
492       fully expects to change things in the future.
494     o Bio::Tree and Bio::TreeIO
496       - Fixes so that re-rooting a tree works properly
498       - Writing out nhx format from a newick/nexus file will properly output
499         bootstrap information.  The use must move the internal node labels over
500         to bootstraps.
501          for my $node ( grep { ! $_->is_Leaf } $tree->get_nodes ) {
502             $node->bootstrap($node->id);
503             $node->id('');
504          }
505       - Nexus parsing is much more flexible now, does not care about
506         LF.
508       - Cladogram drawing module in Bio::Tree::Draw
509       
510       - Node height and depth now properly calculated
512       - fix tree pruning algorithm so that node with 1 child gets merged
514     o Graphics tweaks.  Glyph::xyplot improved.  Many other small-medium sized
515       bugs and improvements were added, see Gbrowse mailing list for most of 
516       these.
518     o Bio::DB::GFF partially supports GFF3.  See information about 
519       gff3_munge flag in scripts/Bio-DB-GFF/bulk_load_gff.pl.
520          
521     o Better location parsing in Bio::Factory::FTLocationFactory -
522       this is part of the engine for parsing EMBL/GenBank feature table
523       locations.  Nested join/order-by/complement are allowed now
525     o Bio::PrimarySeqI->translate now takes named parameters
527     o Bio::Tools::Phylo::PAML - parsing RST (ancestral sequence
528       reconstruction) is now supported.  Parsing different models and 
529       branch specific parametes are now supported.
531     o Bio::Factory::FTLocationFactory - parse hierarchical locations 
532       (joins of joins)
534     o Bio::Matrix::DistanceMatrix returns arrayrefs instead of arrays
535       for getter/setter functions
537     o Bio::SearchIO
538       
539       - blast bug #1739; match scientific notation in score 
540         and possible e+ values 
542       - blast.pm reads more WU-BLAST parameters and parameters, match
543         a full database pathname, 
544    
545       - Handle NCBI WEB and newer BLAST formats specifically
546         (Query|Sbjct:) match in alignment blocks can now be (Query|Sbjct).
548       - psl off-by-one error fixed
550       - exonerate parsing much improved, CIGAR and VULGAR can be parsed
551         and HSPs can be constructed from them.
553       - HSPs query/hit now have a seqdesc field filled out (this was
554         always available via $hit->description and
555         $result->query_description
557       - hmmer.pm can parse -A0 hmmpfam files
559       - Writer::GbrowseGFF more customizeable.
561     o Bio::Tools::Hmmpfam 
562       make e-value default score displayed in gff, rather than raw score
563       allow parse of multiple records
566 1.5 Developer release
568     o Bio::Align::DNAStatistics and Bio::Align::ProteinStatistics
569       provide Jukes-Cantor and Kimura pairwise distance methods,
570       respectively.
572     o Bio::AlignIO support for "po" format of POA, and "maf";
573       Bio::AlignIO::largemultifasta is a new alternative to
574       Bio::AlignIO::fasta for temporary file-based manipulation of
575       particularly large multiple sequence alignments.
577     o Bio::Assembly::Singlet allows orphan, unassembled sequences to
578       be treated similarly as an assembled contig.
580     o Bio::CodonUsage provides new rare_codon() and probable_codons()
581       methods for identifying particular codons that encode a given
582       amino acid.
584     o Bio::Coordinate::Utils provides new from_align() method to build
585       a Bio::Coordinate pair directly from a
586       Bio::Align::AlignI-conforming object.
588     o Bio::DB::Biblio::eutils is a class for querying NCBI's Eutils.
589       Send a Pubmed, Pubmed Central, Entrez, or other query to NCBI's
590       web service using standard Pubmed query syntax, and retrieve
591       results as XML.
593     o Bio::DB::GFF has various sundry bug fixes.
595     o Bio::FeatureIO is a new SeqIO-style subsystem for
596       writing/reading genomic features to/from files.  I/O classes
597       exist for BED, GTF (aka GFF v2.5), and GFF v3.  Bio::FeatureIO
598       classes only read/write Bio::SeqFeature::Annotated objects.
599       Notably, the GFF v3 class requires features to be typed into the
600       Sequence Ontology.
602     o Bio::Graph namespace contains new modules for manipulation and
603       analysis of protein interaction graphs.
605     o Bio::Graphics has many bug fixes and shiny new glyphs.
607     o Bio::Index::Hmmer and Bio::Index::Qual provide multiple-file
608       indexing for HMMER reports and FASTA qual files, respectively.
610     o Bio::Map::Clone, Bio::Map::Contig, and Bio::Map::FPCMarker are
611       new objects that can be placed within a Bio::Map::MapI-compliant
612       genetic/physical map; Bio::Map::Physical provides a new physical
613       map type; Bio::MapIO::fpc provides finger-printed clone mapping
614       import.
616     o Bio::Matrix::PSM provide new support for postion-specific
617       (scoring) matrices (e.g. profiles, or "possums").
619     o Bio::Ontology::Ontology and Bio::Ontology::Term objects can now
620       be instantiated without explicitly using Bio::OntologyIO.  This
621       is possible through changes to Bio::Ontology::OntologyStore to
622       download ontology files from the web as necessary.  Locations of
623       ontology files are hard-coded into
624       Bio::Ontology::DocumentRegistry.
626     o Bio::PopGen includes many new methods and data types for
627       population genetics analyses.
629     o New constructor to Bio::Range, unions().  Given a list of
630       ranges, returns another list of "flattened" ranges --
631       overlapping ranges are merged into a single range with the
632       mininum and maximum coordinates of the entire overlapping group.
634     o Bio::Root::IO now supports -url, in addition to -file and -fh.
635       The new -url argument allows one to specify the network address
636       of a file for input.  -url currently only works for GET
637       requests, and thus is read-only.
639     o Bio::SearchIO::hmmer now returns individual Hit objects for each
640       domain alignment (thus containing only one HSP); previously
641       separate alignments would be merged into one hit if the domain
642       involved in the alignments was the same, but this only worked
643       when the repeated domain occured without interruption by any
644       other domain, leading to a confusing mixture of Hit and HSP
645       objects.
647     o Bio::Search::Result::ResultI-compliant report objects now
648       implement the "get_statistics" method to access
649       Bio::Search::StatisticsI objects that encapsulate any
650       statistical parameters associated with the search (e.g. Karlin's
651       lambda for BLAST/FASTA).
653     o Bio::Seq::LargeLocatableSeq combines the functionality already
654       found in Bio::Seq::LargeSeq and Bio::LocatableSeq.
656     o Bio::SeqFeature::Annotated is a replacement for
657       Bio::SeqFeature::Generic.  It breaks compliance with the
658       Bio::SeqFeatureI interface because the author was sick of
659       dealing with untyped annotation tags.  All
660       Bio::SeqFeature::Annotated annotations are Bio::AnnotationI
661       compliant, and accessible through Bio::Annotation::Collection.
663     o Bio::SeqFeature::Primer implements a Tm() method for primer
664       melting point predictions.
666     o Bio::SeqIO now supports AGAVE, BSML (via SAX), CHAOS-XML,
667       InterProScan-XML, TIGR-XML, and NCBI TinySeq formats.
669     o Bio::Taxonomy::Node now implements the methods necessary for
670       Bio::Species interoperability.
672     o Bio::Tools::CodonTable has new reverse_translate_all() and
673       make_iupac_string() methods.
675     o Bio::Tools::dpAlign now provides sequence profile alignments.
677     o Bio::Tools::GFF now parses GFF version 2.5 (a.k.a. GTF).
679     o Bio::Tools::Fgenesh, Bio::Tools::tRNAscanSE are new report
680       parsers.
682     o Bio::Tools::SiRNA includes two new rulesets (Saigo and Tuschl)
683       for designing small inhibitory RNA.
685     o Bio::Tree::DistanceFactory provides NJ and UPGMA tree-building
686       methods based on a distance matrix.
688     o Bio::Tree::Statistics provides an assess_bootstrap() method to
689       calculate bootstrap support values on a guide tree topology,
690       based on provided bootstrap tree topologies.
691   
692     o Bio::TreeIO now supports the Pagel (PAG) tree format.
693   
694 1.4 branch
696 1.4.1 
698   o Improvements to Bio::AlignIO::nexus for parsing TreeBase nexus files
699   
700   o Bio::Graphics will work with gd1 or gd2
701    
702   o Bio::SearchIO
703    - hmmer.pm Better hmmpfam parsing, fix bug for small number of alignment outputs
704      (RF lines alone)
705    - blast.pm Parse multi-line query fields properly
706    - small speed improvements to blasttable.pm and others
708   o Bio::DB::Taxonomy has better support for hierarchy traversal so that
709     Bio::Taxonomy::Node can be as simple as Bio::Species object while still
710     supporting more complex queries
713 1.4. Stable major release
715 Since initial 1.2.0, 3000 separate changes have been made to make this release. 
717    o installable scripts
719    o global module version from Bio::Root:Version
721    o Bio::Graphics
722       - major improvements; SVG support
724    o Bio::Popgen
725      - population genetics 
726      - support several population genetics types of questions.
727      - Tests for statistical neutrality of mutations
728        (Fu and Li's D/F, Tajima's D) are in Bio::PopGen::Statistics.
729        Tests of population structure (Wright's F-statistic: Fst) is in
730        Bio::PopGen::PopStats. Calculating composite linkage
731        disequilibrium (LD) is available in Bio::PopGen::Statistics as
732        well.
733      - Bio::PopGen::IO for reading in prettybase (SeattleSNPs)
734        and csv (comma delimited formatted) data.
736      - a directory for implementing population simulations has
737        been added Bio::PopGen::Simulation and 2 simulations - a
738        Coalescent and a simple single-locus multi-allele genetic drift
739        simulation have been provided.  This replaces the code in
740        Bio::Tree::RandomTree which has been deprecated until proper
741        methods for generating random phylogenetic trees are
742        implemented.
744    o Bio::Restriction
745       - new restrion analysis modules
747    o Bio::Tools::Analysis
748       - web based DNA and Protein analysis framework and several
749         implementations
751    o Bio::Seq::Meta
752      - per residue annotable sequences
754    o Bio::Matrix
755       - Bio::Matrix::PSM - Position Scoring Matrix
756       - Bio::Matrix::IO has been added for generalized parsing of
757         matrix data.  Matrix::IO::scoring and Matrix::IO::phylip are
758         initial implementations for parsing BLOSUM/PAM and Phylip
759         Distance matricies respectively.  A generic matrix
760         implementation for general use was added in
761         Bio::Matrix::Generic.
763    o Bio::Ontology
764      - major changes
766    o Bio:Tree
768    o Bio::Tools::SiRNA, Bio::SeqFeature::SiRNA
769      - small inhibitory RNA
771    o Bio::SeqFeature::Tools
772      - seqFeature mapping tools
773      - Bio::SeqFeature::Tools::Unflattener.pm
774        -- deal with mapping GenBank feature collections into
775           Chado/GFF3 processable feature sets (with SO term mappings)
777    o Bio::Tools::dpAlign
778      - pure perl dynamic programming sequence alignment
779      - needs Bioperl-ext
781    o new Bio::SearchIO formats
782      - axt and psl:  UCSC formats.
783      - blasttable: NCBI -m 8 or -m 9 format from blastall
785    o new Bio::SeqIO formats
786      - chado, tab, kegg, tigr, game
787      - important fixes for old modules
789    o Bio::AlignIO: maf
791    o improved Bio::Tools::Genewise
793    o Bio::SeqIO now can recongnize sequence formats automatically from
794      stream
796    o new parsers in Bio::Tools:
797       Blat, Geneid, Lagan, Mdust, Promoterwise, PrositeScan,  
799    o Bio::DB::Registry bugs fixed
800      - BerkeleyDB-indexed flat files can be used by the OBDA system
801      - Multiple seqdatabase.ini locations in OBDA_SEARCH_PATH are all
802        used by the OBDA system
804    o several new HOWTOs
805      - SimpleWebAnalysis, Trees, Feature Annotation, OBDA Access, Flat
806        Databases
808    o hundreds of new and improved files 
811    o 
812    o Bio::Tree::AlleleNode has been updated to be a container of
813      an Bio::PopGen::Individual object for use in the Coalescent simulations.
816 1.2 Branch
818 1.2.3 Stable release update
819     o Bug #1475 - Fix and add speedup to spliced_seq for remote location
820                   handling.
821     o Bug #1477 - Sel --> Sec abbreviation fixed
822     o Fix bug #1487 where paring in-between locations when 
823       end < start caused the FTLocationFactory logic to fail.
824     o Fix bug #1489 which was not dealing with keywords as an
825       arrayref properly (this is fixed on the main trunk because
826       keywords returns a string and the array is accessible via
827       get_keywords).
828     o Bio::Tree::Tree memory leak (bug #1480) fixed
829       Added a new initialization option -nodelete which
830       won't try and cleanup the containing nodes if this
831       is true.
832      o Bug with parsing labeled nodes with Bio::TreeIO::newick fixed
833        this was only present on the branch for the 1.2.1 and 1.2.2 series
834        - Also merged main trunk changes to the branch which make
835          newick -> nhx round tripping more effective (storing branch length
836          and bootstrap values in same locate for NodeNHX and Node 
837          implementations.)  Fixes to TreeIO parsing for labeled internal
838          also required small changes to TreeIO::nhx.  Improved
839          tests for this module as well.
840     o Bio::SearchIO
841       - Fixed bugs in BLAST parsing which couldn't parse NCBI
842         gapped blast properly (was losing hit significance values due to
843         the extra unexpeted column).    
844       - Parsing of blastcl3 (netblast from NCBI) now can handle case of
845         integer overflow (# of letters in nt seq dbs is > MAX_INT)
846         although doesn't try to correct it - will get the negative
847         number for you.  Added a test for this as well.
848       - Fixed HMMER parsing bug which prevented parsing when a hmmpfam report
849         has no top-level family classification scores but does have scores and
850         alignments for individual domains.
851       - Parsing FASTA reports where ungapped percent ID is < 10 and the 
852         regular expression to match the line was missing the possibility of
853         an extra space.  This is rare, which is why we probably did not 
854         catch it before.
855       - BLAST parsing picks up more of the statistics/parameter fields
856         at the bottom of reports.  Still not fully complete.
857       - SearchIO::Writer::HTMLResultWriter and TextResultWriter
858         were fixed to include many improvements and added flexiblity
859         in outputting the files.  Bug #1495 was also fixed in the process.
860      o Bio::DB::GFF
861       - Update for GFF3 compatibility.
862       - Added scripts for importing from UCSC and GenBank.
863       - Added a 1.2003 version number.
864      o Bio::Graphics
865       - Updated tutorial.
866       - Added a 1.2003 version number.
867      o SeqIO::swiss Bug #1504 fixed with swiss writing which was not
868        properly writing keywords out.
869      o Bio::SeqIO::genbank 
870       - Fixed bug/enhancement #1513 where dates of
871         the form D-MMM-YYYY were not parsed.  Even though this is
872         invalid format we can handle it - and also cleanup the date
873         string so it is properly formatted.
874       - Bug/enhancement #1517 fixed so that SEGMENT line can be parsed 
875         and written with Genbank format.  Similarly bug #1515 is fixed to
876         parse in the ORIGIN text.
877      o Bio::SeqIO::fasta, a new method called preferred_id_type allows you
878        to specify the ID type, one of (accession accession.version 
879        display primary).  See Bio::SeqIO::preferred_id_type method
880        documentation for more information.
881      o Unigene parsing updated to handle file format changes by NCBI
883 1.2.2 Stable release update
885     o A series of bug fixes of the Bio::OntologyIO dagflat-related parsers:
886       - auto-discover ontology name
887       - bug in parsing relationships when certain characters are in the term
888       - fixed hard-coded prefix for term identifiers
889       - various smaller issues 
891     o Fixed bug in Bio::Annotation::OntologyTerm of not implementing all
892       of Bio::Ontology::TermI
894     o brought the OBDA Registry code up to latest specs 
896     o Bio::DB::GenBank
897       - eutils URL change
898       - accession number retrieval fixed
900     o Bio::SearchIO::blast - fix bug #1443 (missing last hits), parse megablast
902     o Bio::SearchIO::Writer::(HTML|Text)ResultWriter fix bugs #1458, 
903       #1459 which now properly report alignment start/end info
904       for translated BLAST/FASTA searches.
905     
906     o Bio::TreeIO::newick can parse labeled internal nodes
908     o Bio::Tools::BPbl2seq can properly report strand info for HSPs 
909       for BLASTX if if you provide -report_type => 'BLASTX' when
910       initializing a BPbl2seq object.  Bioperl 1.3 will have better
911       support for bl2seq in the SearchIO system.
913     o Bio::Root::IO support a -noclose boolean flag which will not
914       close a filehandle upon object cleanup - useful when sharing
915       a filehandle among objects.  Additionally code added s.t.
916       STDOUT/STDIN/STDERR will never be closed by Root::IO cleanup.
918     o Bio::Tools::Genemark bug #1435 fixed which was missing last prediction
920     o Bio::SeqIO::genbank 
921       - bug #1456 fixed which generated extra sequence lines
922       - write moltype correctly for genpept
924 1.2.1 Stable release update
926     o Inclusion of WrapperBase, a needed component for StandAloneBlast
928     o Addition from main trunk of Ontology objects, principly to allow
929       BioSQL releases against 1.2.1
931     o Fixes and cleanup of Bio::Coordinate modules
933     o A fix to Bio::Index::EMBL allowing  retrieval of entries using
934       the primary accession number
936     o Other bug fixes, including bpindex GenBank fix
937    
938     o Bio::SeqIO::genbank bug #1389 fixed
940 1.2  Stable major release
942     o More functionality added to Bio::Perl, the newbie module
944     o Bug fixes in Bio::TreeIO::newick fixes bug introduced in 1.0.2
945       Support for New Hampshire Extended (NHX) format parsing.
947     o Bio::Tools added support for parsing Genomewise, Pseudowise, Est2Genome,
948       Tmhmm, SignalP, Seg, RepeatMasker, FootPrinter, and a lightweight
949       Hmmpfam parser.
951     o New ontology parsing Bio::Ontology
953     o Bug fixes in Bio::SearchIO for HMMer parsing, support for
954       multi-report (mlib) fasta reports, support for waba and exonerate.
956     o Bio::ClusterIO for parsing Unigene clusters
958     o Bio::Assembly added for representing phrap and ace assembly clusters.
960     o Rudimentary support for writing Chado XML (see 
961       GMOD project: www.gmod.org for more information) 
963     o Bio::Coordinate for mapping between different coordinate systems such 
964       as protein -> cDNA -> Exon -> DNA and back.  Useful for mapping
965       features into different coordinate systems.  
967     o Bio::DB::GenBank/Bio::DB::GenPept now support Entrez queries
968       with the get_Stream_by_query method and supports the latest
969       NCBI eutils interface.
971     o Bugs fixed in Bio::SeqFeature::Collection an in-memory fast
972       object for extracting subsets of features : currently only
973       supports extraction by location.
975 1.1.1 Developer release
977     o Deprecated modules are now listed in the DEPRECATED file
979     o New HowTo documents located in doc/howto describing 
980       a domain of Bioperl.
982     o Note that bugs are now stored at redmine.open-bio.org/projects/bioperl/
983       and all old bugs are searchable through the bugzilla interface.
985     o Several reported bugs in Bio::Tools::Sigcleave and Bio::SimpleAlign 
986       have been addressed.
988     o Support for Genewise parsing in Bio::Tools::Genewise
990     o Start of Ontology framework with Bio::Ontology
992     o Speedup to the Bio::Root::Root object method _rearrange.
993       A global _load_module method was implemented to simplify the
994       dynamic loading of modules ala Bio::SeqIO::genbank.  This
995       method is now used by all the XXIO (AlignIO,TreeIO,SearchIO,SeqIO,
996       etc).
998     o Several performance improvements to sequence parsing in Bio::SeqIO.
999       Attempt to speedup by reducing object creation overhead.
1001     o Bio::DB::GenBank and Bio::DB::GenPept use the NCBI's approved
1002       method for sequence retrieval with their E-utils CGI scripts.
1003       More work to support Entrez queries to their fullest is planned
1004       before 1.2 release.
1006     o Numerous fixes to Bio::SearchIO and sequence parsing (swissprot)
1008 1.1 Developer release 
1010     o Bio::Tools::Run has been broken off into a new pkg bioperl-run,
1011       this separation removes some of the complexity in our test suite
1012       and separates the core modules in bioperl from those that need
1013       external programs to run.
1015     o With latest ExtUtils::MakeMaker module installed SGI/IRIX should
1016       not run into trouble running the makefile
1018     o Bio::Location and Bio::SeqIO::FTHelper are fixed to properly 
1019       read,create,and write locations for grouped/split locations
1020       (like mRNA features on genomic sequence).  
1022     o Bio::Tools::Phlyo added for wrappers for parsing Molphy (protml)
1023       and PAML (codeml,aaml, etc) parsing.
1025     o Bio::Tree:: objects expanded to handle testing monophyly,
1026       paraphyly, least common ancestor, etc.
1028     o Bio::Coordinate for mapping locations from different coordinate spaces 
1030     o Bio::SearchIO::waba added for parsing WABA, Bio::SearchIO::hmmer
1031       added for parsing hmmpfam and hmmsearch output.
1033     o Bio::SearchIO::Writer::TextResultWriter for outputting
1034       a pseudo-blast textfile format
1037 1.0.2 Bug fix release
1039     o Note: The modules Bio::DB::GenBank and Bio::DB::GenPept provided
1040       in this release will not work after December 2002 when NCBI
1041       shuts off the old Entrez cgi scripts.  We have already fixed
1042       on our main development branch and the functionality will be
1043       available in the next stable bioperl release (1.2) slated for
1044       Fall 2002.
1046     o Numerous parsing bugs in Bio::SearchIO::fasta found through 
1047       testset by Robin Emig.  These were fixed as was the get_aln
1048       method in Bio::Search::HSP::GenericHSP to handle the extra 
1049       context sequence that is provided with a FastA alignment.
1050     
1051     o Migrating differences between Bio::Search::XX::BlastXX to 
1052       Bio::Search::XX::GenericXX objects.  This included mechanism
1053       to retrieve whole list of HSPs from Hits and whole list of Hits from 
1054       Results in addition to the current next_XX iterator methods that
1055       are available.  Added seq_inds() method to GenericHSP which identifies
1056       indexes in the query or hit sequences where conserved,identical,gaps, 
1057       or mismatch residues are located (adapted from Steve Chervitz's 
1058       implementation in BlastHSP).
1060     o Bio::DB::GFF bugs fixed and are necessary for latest GBrowse release.
1061       Bio::DB::GFF::RelSegment is now Bio::SeqI compliant.
1062       
1063     o Bio::Graphics glyph set improved and extended for GBrowse release
1065     o Bio::Tree::Tree get_nodes implementation improvement thanks
1066       to Howard Ross notice performance problem when writing out 
1067       unbalanced trees.
1069     o Bio::Location::Fuzzy::new named parameter -loc_type became
1070       -location_type, Bio::Location::Simple::new named parameter
1071       -seqid becamse -seq_id.
1072    
1073     o Fixed major Bio::AlignIO::emboss parsing bug on needle output,
1074       was mis-detecting that gaps should be placed at the beginning of
1075       the alignment when the best alignment starts internally in the
1076       sequence.
1078 1.0.1 Bug fix release
1079         
1080     o Minor bug fixes to Bio::DB:GFF.  Glyph sets improved.
1082     o Parser fixes in SearchIO blast, fasta for more complete WU BLAST 
1083       and mixed (3.3 - 3.4) versions of FASTA.
1085     o Small API change to add methods for completeness across 
1086       implementations of Bio::Search objects.  These new methods
1087       in the interface are implemented by the GenericXX object as well  
1088       as the BlastXX objects.
1089         * Bio::Search::Result::ResultI 
1090          - hits() method returns list of all Hits (next_hit is an 
1091            iterator method)
1092                 
1093         * Bio::Search::Hit::HitI
1094          - hsps() method returns list of all HSPs (next_hsp is an 
1095            iterator method)
1096         
1097     o The Bio::SearchIO::Writer classes have been fixed to handle results 
1098        created from either psiblast (Search::BlastXX objects) or 
1099        blast|fasta|blastxml objects (Search::GenericXX objects).  More work 
1100        has to be done here to make it work properly and will nee major 
1101        API changes.
1103     o Bugs in Bio::Tools::HMMER fixed, including
1104        * #1178 - Root::IO destructor wasn't being called
1105        * #1034 - filter_on_cutoff now behaves properly
1107     o Bio::SeqFeature::Computation initialization args fixed and 
1108       tests added.
1110     o Tests are somewhat cleaner, flat.t now properly cleans up after itsself,
1111       
1112     o Updated FAQ with more example based answers to typical questions
1114     o Bug #1202 was fixed which would improperly join together qual values
1115       parsed by Bio::SeqIO::qual when a trailing space was not present before
1116       the newline.
1118 1.0.0 Major Stable Release
1120   This represents a major release of bioperl with significant
1121   improvements over the 0.7.x series of releases.   
1123     o Bio::Tools::Blast is officially deprecated.  Please see
1124       Bio::SearchIO for BLAST and FastA parsing.
1126     o The methods trunc() and subseq() in Bio::PrimarySeqI now accepts
1127       Bio::LocationI objects as well as start/end.
1129     o Bio::Biblio contains modules for Bibliographic data. 
1130       Bio::DB::Biblio contains the query modules.  Additionally one can
1131       parse medlinexml from the ebi bibliographic query service (BQS)
1132       system and Pubmed xml from NCBI.  See Martin Senger's
1133       documentation in Bio::Biblio for more information.
1134     
1135     o Bio::DB::Registry is a sequence database registry part of 
1136       Open Bioinformatics Database Access.  See
1137       http://obda.open-bio.org for more information.
1138     
1139     o File-based and In-Memory Sequence caching is provided by
1140       Bio::DB::InMemoryCache and Bio::DB::FileCache which acts like a
1141       local database.
1143     o Bio::Graphics for rendering sequences as PNG,JPG, or GIFs has
1144       been added by Lincoln Stein.
1146     o XEMBL SOAP service access in provided in Bio::DB::XEMBL.
1148     o A FAQ has been started and is included in the release to provide
1149       a starting point for frequent questions and issues.
1151 0.9.3 Developer's release
1152     
1153     o Event based parsing system improved (SearchIO).  With parsers for
1154       XML Blast (blastxml), Text Blast (blast), and FASTA results (fasta).  
1155       Additionally a lazy parsing system for text and html blast reports was
1156       added and is called psiblast (name subject to change in future releases).
1158     o Bio::Search objects improved and standardized with associated Interfaces
1159       written.  The concept of a search "Hit" was standardized to be called
1160       "hit" consistently and the use of "subject" was deprecated in all active
1161       modules.
1163     o Bio::Structure added (since 0.9.1) for Protein structure objects 
1164       and PDB parser to retrieve and write these structures from data files. 
1166     o Several important Bio::DB::GFF bug fixes for handling features that
1167       are mapped to multiple reference points.  Updated mysql adaptor
1168       so as to be able to store large (>100 megabase) chunks of DNA into
1169       Bio::DB::GFF databases.
1171 0.9.2 Developer's release
1173     o Bio::Search and Bio::SearchIO system introduced for event based
1174       parsing of Blast,Fasta reports Bio::SearchIO supports ncbi BLAST
1175       in text and XML and FASTA reports in standard output format.
1177     o Bio::Tree and Bio::TreeIO for phylogenetic trees.  A Random tree
1178       generator is included in Bio::TreeIO::RandomTrees and a
1179       statistics module for evaluating.
1180       
1181     o Bio::DB::GFF, Lincoln Stein's GFF database suitable as a DB
1182       server for DAS servers.
1184     o Bio::Tools::BPlite is provides more robust parsing of BLAST
1185       files.  The entire BPlite system migrated to using Bio::Root::IO
1186       for the data stream.
1187         
1188     o Bio::Tools::Alignment for Consed and sequence Trimming
1189       functionality.
1191     o Bio::Structure for Protein structure information and parsing
1193     o Bio::DB::GenBank/Bio::DB::GenPept updated to new NCBI Entrez
1194       cgi-bin entry point which should be more reliable.
1195    
1196     o Bio::Map and Bio::MapIO for biological map navigation and a
1197       framework afor parsing them in.  Only preliminary work here.
1199     o Interface for executing EMBOSS programs locally in Bio::Factory::EMBOSS
1200       Future work will integrate Pise and allow submission of analysis on
1201       remote servers.
1203     o Bio::AnnotationCollectionI and Bio::Annotation::Collection
1204       introduced as new objects for handling Sequence Annotation
1205       information (dblinks, references, etc) and is more robust that
1206       previous system.
1208     o Bio::Tools::FASTAParser introduced.
1210     o Scripts from the bioperl script submission project and new
1211       scripts from bioperl authors are included in "scripts" directory.
1213     o Factory objects and interfaces are being introduced and are more
1214       strictly enforced.
1215         
1216     o Bio::Root::Root introduced as the base object while
1217       Bio::Root::RootI is now simply an interface.
1219     o Bio::DB::RefSeq provides database access to copy of the NCBI
1220       RefSeq database using the EBI dbfetch script.
1222 0.9.0 Developer's release
1224     o perl version at least 5.005 is now required instead of perl 5.004
1226     o Bio::Tools::Run::RemoteBlast is available for running remote 
1227       blast jobs at NCBI.
1229     o Bio::Tools::BPbl2seq was fixed to handle multiple HSPs.
1231     o Bio::SeqFeature::GeneStructure migrated to Bio::SeqFeature::Gene.
1232       Also added are related modules UTR3, UTR5, Exon, Intron, 
1233       Promotor, PolyA and Transcript.
1235     o Speedup of translate method in PrimarySeq     
1237     o Bio::SimpleAlign has new methods: location_from_column(), slice(),
1238       select(), dot(), get_seq_by_pos(), column_from_residue_number()
1240     o Various fixes to Variation toolkit
1241     
1242     o Bio::DB::EMBL provides database access to EMBL sequence data.
1243       Bio::DB::Universal provides a central way to point to indexes
1244       and dbs in a single interface.
1246     o Bio::DB::GFF - a database suitable for running DAS servers locally.
1248     o Bio::Factory::EMBOSS is still in design phase as is  
1249       Bio::Factory::ApplicationFactoryI
1251     o Dia models for bioperl design are provided in the models/ directory
1253 0.7.2 Bug fix release
1255     o documentation fixes in many modules - SYNOPSIS code verified 
1256       to be runnable in many (but not all modules)
1258     o corrected MANIFEST file from 0.7.1 release
1259    
1260     o Bug fix in Bio::SeqIO::FTHelper to properly handle
1261       split locations
1263     o Bio::SeqIO::genbank 
1264         * Correct parsing and writing of genbank format with protein data
1265         * moltype and molecule separation                          
1267     o Bio::SeqIO::largefasta fix to avoid inifinite loops
1268         
1269     o Bio::SimpleAlign fixed to correctly handle consensus 
1270       sequence calculation
1272     o Bio::Tools::HMMER supports hmmer 2.2g
1274     o Bio::Tools::BPlite to support report type specific parsing.  Most 
1275       major changes are not on the 0.7 branch.
1276    
1277     o Bio::Tools::Run::StandAloneBlast exists_blast() fixed and works 
1278       with File::Spec 
1280     o Bio::Variation::AAChange/RNAChange corrected labels and mutated alleles 
1281         in several types of mutations:
1282         1.) AA level: deletion, complex
1283         2.) AA level: complex, inframe
1284         3.) RNA level: silent
1286     o  BPbl2seq parsing of empty reports will not die, but will return
1287        a valid, empty, Bio::SeqFeature::SimilarityFeature for
1288        $report->query() and $report->subject() methods.  So an easy
1289        way to test if report was empty is to see if
1290        $report->query->seqname is undefined.
1292 0.7.1 Bug fix release 
1294     o Better parsing of genbank/EMBL files especially fixing bugs
1295       related to Feature table parsing and locations on remote
1296       sequences.  Additionally, species name parsing was better.
1298     o Bio::SeqIO::genbank can parse now NCBI produced genbank database
1299       which include a number of header lines.
1301     o More strict genbank and EMBL format writing (corrected number of
1302       spaces where appropriate).
1304     o Bio::Tools::BPlite can better parse BLASTX reports - see BUGS
1305       for related BPlite BUGS that are unresolved in this release.
1306   
1307     o Bio::DB::GenBank, Bio::DB::GenPept have less problems
1308       downloading sequences from NCBI via HTTP.  Bio::DB::SwissProt can
1309       use expasy mirrors or EBI dbfetch cgi-script.
1311     o A moderate number of documentation improvements were made as
1312       well to provide a better code synopsis in each module.
1315 0.7  Large number of changes, including refactoring of the
1316      Object system, new parsers, new functionality and
1317      all round better system. Highlights are:
1320      o Refactored root of inheritance: moved to a lightweight Bio::Root::RootI;
1321        Bio::Root::IO for I/O and file/handle capabilities.
1323      o Imported BPlite modules from Ian Korf for BLAST
1324        parsing. This is considered the supported BLAST parser;
1325        Bio::Tools::Blast.pm will eventually phase out due to lack of support.
1327      o Improved Sequence Feature model. Added complete location
1328        modelling (with fuzzy and compound locations).  See
1329        Bio::LocationI and the modules under Bio/Location.  Added
1330        support in Genbank/EMBL format parsing to completely parse
1331        feature tables for complex locations.
1333      o Moved special support for databanks etc to specialized modules under
1334        Bio/Seq/. One of these supports very large sequences through 
1335        a temporary file as a backend.
1337      o Explicit Gene, Transcript and Exon SeqFeature objects, supporting
1338        CDS retrieval and exon shuffling.
1340      o More parsers: Sim4, Genscan, MZEF, ESTScan, BPbl2seq, GFF
1342      o Refactored Bio/DB/GenBank+GenPept. There is now also DB/SwissProt and
1343        DB/GDB (the latter has platform-specific limitations).
1345      o New analysis parser framework for HT sequence annotation (see
1346        Bio::SeqAnalysisParserI and Bio::Factory::SeqAnalysisParserFactory)
1348      o New Alignment IO framework
1350      o New Index modules (Swissprot)
1352      o New modules for running Blast within perl
1353        (Bio::Tools::Run::StandAloneBlast). Added modules for running
1354        Multiple Sequence Alignment tools ClustalW and TCoffee
1355        (Bio::Tools::Run::Alignment).
1357      o New Cookbook-style tutorial (see bptutorial.pl). Improved
1358        documentation across the package.
1360      o Much improved cross platform support. Many known incompatibilities
1361        have been fixed; however, NT and Mac do not work across the entire
1362        setup (see PLATFORMS).
1364      o Many bug fixes, code restructuring, etc. Overall stability and
1365        maintainability benefit a lot.
1367      o A total of 957 automatic tests
1368     
1370 0.6.2  
1372    There are very few functionality changes but a large
1373    number of software improvements/bug fixes across the package.
1375    o The EMBL/GenBank parsing are improved.
1377    o The Swissprot reading is improved. Swissprot writing
1378      is disabled as it doesn't work at all. This needs to
1379      wait for 0.7 release
1381    o BLAST reports with no hits are correctly parsed.
1383    o Several other bugs of the BLAST parser (regular expressions, ...)
1384      fixed.
1386    o Old syntax calls have been replaced with more modern syntax
1388    o Modules that did not work at all, in particular the Sim4
1389      set have been removed
1391    o Bio::SeqFeature::Generic and Bio::SeqFeature::FeaturePair
1392      have improved compliance with interface specs and documentation
1394    o Mailing list documentation updated throughout the distribution
1396    o Most minor bug fixes have happened.
1398    o The scripts in /examples now work and have the modern syntax
1399      rather than the deprecated syntax
1402 0.6.1  Sun April 2 2000
1404    o Sequences can have Sequence Features attached to them
1405         - The sequence features can be read from or written to
1406           EMBL and GenBank style flat files
1408    o Objects for Annotation, including References (but not
1409      full medline abstracts), Database links and Comments are
1410      provided
1412    o A Species object to represent nodes on a taxonomy tree
1413      is provided
1415    o The ability to parse HMMER and Sim4 output has been added
1417    o The Blast parsing has been improved, with better PSI-BLAST
1418      support and better overall behaviour.
1420    o Flat file indexed databases provide both random access 
1421      and sequential access to their component sequences.
1423    o A CodonTable object has been written with all known 
1424      CodonTables accessible.
1426    o A number of new lightweight analysis tools have been
1427      added, such as molecular weight determination.
1429     The 0.6 release also has improved software engineering
1430   
1431    o The sequence objects have been rewritten, providing more
1432      maintainable and easier to implement objects. These
1433      objects are backwardly compatible with the 0.05.1 objects
1435    o Many objects are defined in terms of interfaces and then  
1436      a Perl implementation has been provided. The interfaces
1437      are found in the 'I' files (module names ending in 'I').
1439      This means that it is possible to wrap C/CORBA/SQL access
1440      as true "bioperl" objects, compatible with the rest of
1441      bioperl.
1443    o The SeqIO system has been overhauled to provide better
1444      processing and perl-like automatic interpretation of <>
1445      over arguments.
1447    o Many more tests have been added (a total of 172 automatic
1448      tests are now run before release).
1452 0.05.1 Tue Jun 29 05:30:44 1999
1453         - Central distribution now requires Perl 5.004. This was
1454           done to get around 5.003-based problems in Bio/Index/* 
1455           and SimpleAlign.
1456         - Various bug fixes in the Bio::Tools::Blast modules
1457           including better exception handling and PSI-Blast 
1458           support. See Bio/Tools/Blast/CHANGES for more.
1459         - Fixed the Parse mechanism in Seq.pm to use readseq.
1460           Follow the instructions in README for how to install
1461           it (basically, you have to edit Parse.pm).
1462         - Improved documentation of Seq.pm, indicating where 
1463           objects are returned and where strings are returned.
1464         - Fixed uninitialized warnings in Bio::Root::Object.pm
1465           and Bio::Tools::SeqPattern.pm.
1466         - Bug fixes for PR#s: 30,31,33-35,41,42,44,45,47-50,52.
1468 0.05  Sun Apr 25 01:14:11 1999
1469         - Bio::Tools::Blast modules have less memory problems
1470           and faster parsing. Webblast uses LWP and supports
1471           more functionality. See Bio/Tools/Blast/CHANGES for more.
1472         - The Bio::SeqIO system has been started, moving the
1473           sequence reformatting code out of the sequence object
1474         - The Bio::Index:: system has been started, providing
1475           generic index capabilities and specifically works for
1476           Fasta formatted databases and EMBL .dat formatted 
1477           databases
1478         - The Bio::DB:: system started, providing access to 
1479           databases, both via flat file + index (see above) and
1480           via http to NCBI
1481         - The scripts/ directory, where industrial strength scripts
1482           are put has been started.
1483         - Many changes - a better distribution all round.
1485 0.04.4  Wed Feb 17 02:20:13 1999
1486         - Bug fixes in the Bio::Tools::Blast modules and postclient.pl
1487           (see Bio::Tools::Blast::CHANGES).
1488         - Fixed a bug in Bio::Tools::Fasta::num_seqs().
1489         - Beefed up the t/Fasta.t test script.
1490         - Small fix in Bio::Seq::type() (now always returns a string).
1491         - Changed Bio::Root::Utilities::get_newline_char() to 
1492           get_newline() since it could return more than one char.
1493         - Added $NEWLINE and $TIMEOUT_SECS to Bio::Root::Global.
1494         - Changed default timeout to 20 seconds (was 3).
1495         - Moved lengthy modification notes to the bottom of some files.
1496         - Fixed SimpleAlign write_fasta bug.
1497         - Beefed up SimpleAlign.t test
1499 0.04.3  Thu Feb  4 07:48:53 1999
1500         - Bio::Root::Object.pm and Global.pm now detect when
1501           script is run as a CGI and suppress output that is only
1502           appropriate when running interactively.
1503         - Bio::Root::Err::_set_context() adds name of script ($0).
1504         - Added comments in Bio::Tools::WWW.pm and Bio::Root::Utilities.pm
1505           regarding the use of the static objects via the qw(:obj) tag.
1506         - Fixed the ambiguous reverse calls in Seq.pm and UnivAln.pm to 
1507           CORE::reverse, avoiding Perl warnings.
1508         - Bug fixes in Bio::Tools::Blast modules (version 0.074) and 
1509           example scripts (see Bio::Tools::Blast::CHANGES).
1510         - examples/seq/seqtools.pl no longer always warns about using 
1511           -prot or -nucl command-line arguments; only when using the 
1512           -debug argument.
1513         - Methods added to Bio::Root::Utilities: create_filehandle(), 
1514           get_newline_char(), and taste_file() to generalize filehandle 
1515           creation and autodetect newline characters in files/streams
1516           (see bug report #19).
1517         - Bio::Root::IOManager::read() now handles timeouts and uses
1518           Utilities::create_filehandle().
1519         - Bio::Tools::Fasta.pm uses Utilities::get_newline_char() instead
1520           of hardwiring in "\n".
1521         - Bug fixes in the Bio::SimpleAlign and Bio::Tools::pSW
1523 0.04.2  Wed Dec 30 02:27:36 1998
1524         - Bug fixes in Bio::Tools::Blast modules, version 0.073
1525           (see Bio::Tools::Blast::CHANGES).
1526         - Changed reverse calls in Bio/Seq.pm and Bio/UnivAln.pm
1527           to CORE::reverse (prevents ambiguous warnings with 5.005).
1528         - Appending '.tmp.bioperl' to temporary files created by
1529           Bio::Root::Utilities::compress() or uncompress() to
1530           make it easy to identify & cleanup these files as needed.
1531         - Developers: Created CVS branch release-0-04-bug from
1532           release-0-04-1. Before making bug fixes to the 0.04.1 release,
1533           be sure to cvs checkout this branch into a clean area.
1535 0.04.1  Wed Dec 16 05:39:15 1998
1536         - Bug fixes in Bio::Tools::Blast modules, version 0.072
1537           (see Bio::Tools::Blast::CHANGES).
1538         - Compile/SW/Makefile.PL now removes *.o and *.a files 
1539           with make clean.
1541 0.04  Tue Dec  8 07:49:19 1998
1542         - Lots of new modules added including:
1543            * Ewan Birney's Bio::SimpleAlign.pm, Bio::Tools::AlignFactory.pm,
1544              and Bio/Compile directory containing XS-linked C code for
1545              creating Smith-Waterman sequence alignments from within Perl.
1546            * Steve Chervitz's Blast distribution has been incorporated.
1547            * Georg Fuellen's Bio::UnivAln.pm for multiple alignment objects.
1548         - Bio/examples directory for demo scripts for all included modules.
1549         - Bio/t directory containing test suit for all included modules.
1550         - For changes specific to the Blast-related modules prior to
1551           incorporation in this central distribution, see the CHANGES
1552           file in the Bio/Tools/Blast directory.
1553      
1554 0.01  Tue Sep  8 14:23:22 1998
1555         - original version from central CVS tree; created by h2xs 1.18