t/SeqIO/table.t

   1 # -*-Perl-*- Test Harness script for Bioperl
   2
   3 use strict;
   4
   5 BEGIN {
   6     use lib '.';
   7     use Bio::Root::Test;
   8
   9     test_begin(-tests => 463,
  10                            -requires_module => 'IO::Scalar');
  11
  12         use_ok('Bio::Tools::CodonTable');
  13         use_ok('Bio::SeqIO::table');
  14 }
  15
  16 my @names = qw(A6
  17                A6r
  18                A6ps1
  19                A6ps2
  20                CaMK2d
  21                CaMKK2
  22                AMPKa1
  23                AMPKa2
  24                MARK3
  25                MARK2);
  26 my @accs = qw(SK001
  27               SK512
  28               SK752
  29               SK766
  30               SK703
  31               SK482
  32               SK032
  33               SK033
  34               SK096
  35               SK120);
  36 my @num_anns = (5, 5, 5, 5, 6, 7, 7, 7, 7, 7);
  37 my @psg = (0, 0, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0);
  38 my @rs = (0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 1, 1, 1);
  39
  40 ok my $seqin = Bio::SeqIO->new(-file => test_input_file("test.tsv"),
  41                             -format  => 'table',
  42                             -species => "Homo sapiens",
  43                             -delim   => "\t",
  44                             -header  => 1,
  45                             -display_id => 1,
  46                             -accession_number => 2,
  47                             -seq => 7,
  48                             -annotation => 1,
  49                             -trim => 1);
  50 run_tests([@names],[@accs],[@num_anns],[@psg],[@rs]);
  51
  52 $seqin->close();
  53
  54 ok $seqin = Bio::SeqIO->new(-file => test_input_file("test.tsv"),
  55                          -format  => 'table',
  56                          -species => "Homo sapiens",
  57                          -delim   => "\t",
  58                          -header  => 1,
  59                          -display_id => 1,
  60                          -accession_number => 2,
  61                          -seq => 7,
  62                          -colnames => "[Family,Subfamily,Pseudogene?,Protein,Novelty]",
  63                          -trim => 1);
  64 run_tests([@names],[@accs],[4,4,4,4,4,5,5,5,5,5],[@psg],[@rs]);
  65
  66 $seqin->close();
  67
  68 ok $seqin = Bio::SeqIO->new(-file => test_input_file("test.tsv"),
  69                          -format  => 'table',
  70                          -species => "Homo sapiens",
  71                          -delim   => "\t",
  72                          -header  => 1,
  73                          -display_id => 1,
  74                          -accession_number => 2,
  75                          -seq => 7,
  76                          -annotation => "[4,5,6,8,10]",
  77                          -trim => 1);
  78 run_tests([@names],[@accs],[4,4,4,4,4,5,5,5,5,5],[@psg],[@rs]);
  79
  80 # Tests to check that 'description' is read from 'table' format
  81 ok $seqin = Bio::SeqIO->new(
  82     -file   => test_input_file("test-1.tab"),
  83     -format => 'table',
  84     -header => 1,
  85     -display_id => 1,
  86     -accession_number => 1,
  87     -seq => 3,
  88     -desc => 2
  89 );
  90 ok($seqin);
  91 my $seq = $seqin->next_seq;
  92 ok($seq);
  93 is( $seq->desc, 'd1');
  94 is( $seq->display_id, 'n1');
  95 is( $seq->seq, 'aaaa');
  96 $seq = $seqin->next_seq;
  97 ok($seq);
  98 is( $seq->desc, 'd2');
  99 is( $seq->display_id, 'n2');
 100 is( $seq->seq, 'tttt');
 101
 102 $seqin->close();
 103
 104 # Tests to check that we can _not_ write to 'table' format
 105 ok $seqin = Bio::SeqIO->new(
 106     -file   => test_input_file("test-1.tab.gb"),
 107     -format => 'genbank'
 108 );
 109 ok($seqin);
 110 my $seq = $seqin->next_seq;
 111 ok($seq);
 112 my $tmpfile = test_output_file();
 113 my $seqout = Bio::SeqIO->new( -format => 'table', -file => ">$tmpfile" );
 114 # dies_ok not available
 115 # dies_ok { $seqout->write_seq($seq) } "write_seq() not implemented";
 116
 117 # Need Spreadsheet::ParseExcel installed for testing Excel format
 118 SKIP: {
 119         test_skip(-tests => 112, -requires_module => 'Spreadsheet::ParseExcel');
 120
 121         ok $seqin = Bio::SeqIO->new(-file => test_input_file("test.xls"),
 122                                                          -format  => 'excel',
 123                                                          -species => "Homo sapiens",
 124                                                          -header  => 1,
 125                                                          -display_id => 1,
 126                                                          -accession_number => 2,
 127                                                          -seq => 7,
 128                                                          -annotation => 1,
 129                                                          -trim => 1);
 130         run_tests([@names],[@accs],[@num_anns],[@psg],[@rs]);
 131
 132         $seqin->close();
 133 }
 134
 135 sub run_tests {
 136     my ($names_,$accs_,$num_anns_,$psg_,$rs_) = @_;
 137
 138     my @names = @$names_;
 139     my @accs = @$accs_;
 140     my @num_anns = @$num_anns_;
 141     my @psg = @$psg_;
 142     my @rs = @$rs_;
 143
 144     my $n = 0;
 145     my $translator = Bio::Tools::CodonTable->new(-id => 1);
 146     while (my $seq = $seqin->next_seq()) {
 147         $n++;
 148         is ($seq->display_id, shift(@names));
 149         is ($seq->accession_number, shift(@accs));
 150         ok ($seq->species);
 151         is ($seq->species->binomial, "Homo sapiens");
 152         my @anns = $seq->annotation->get_Annotations();
 153         is (scalar(@anns), shift(@num_anns));
 154         @anns = grep { $_->value eq "Y";
 155                      } $seq->annotation->get_Annotations("Pseudogene?");
 156         is (scalar(@anns), shift(@psg));
 157
 158         # check sequences and that they translate to what we expect
 159         if (($n >= 5) && ($seq->display_id ne "MARK3")) {
 160             my $dna = $seq->seq;
 161             my $protein = "";
 162             my $frame = 0;
 163             while ($frame <= 2) {
 164                 my $inframe = substr($dna,$frame);
 165                 # translate to protein
 166                 my $protseq = $translator->translate($inframe);
 167                 # chop off everything after the stop and before the first Met
 168                 while ($protseq =~ /(M[^\*]+)/g) {
 169                     $protein = $1 if length($1) > length($protein);
 170                 }
 171                 $frame++;
 172             }
 173             # retrieve expected result from annotation and compare
 174             my ($protann) = $seq->annotation->get_Annotations("Protein");
 175             ok (defined $protann);
 176             is ($protein, $protann->value);
 177         }
 178
 179         @anns = grep { $_->value eq "Known - Refseq";
 180                      } $seq->annotation->get_Annotations("Novelty");
 181         is (scalar(@anns), shift(@rs));
 182         @anns = $seq->annotation->get_Annotations("Subfamily");
 183         is (scalar(@anns), ($n <= 5) ? 0 : 1);
 184         @anns = $seq->annotation->get_Annotations("Family");
 185         is (scalar(@anns), 1);
 186         is (substr($anns[0]->value,0,4), ($n <= 4) ? "A6" : "CAMK");
 187     }
 188
 189     is ($n, 10);
 190 }