t/SeqIO/table.t

   1 # -*-Perl-*- Test Harness script for Bioperl
   2
   3 use strict;
   4
   5 BEGIN {
   6     use Bio::Root::Test;
   7
   8     test_begin(-tests => 351,
   9                            -requires_module => 'IO::Scalar');
  10
  11         use_ok('Bio::Tools::CodonTable');
  12         use_ok('Bio::SeqIO::table');
  13 }
  14
  15 my @names = qw(A6
  16                A6r
  17                A6ps1
  18                A6ps2
  19                CaMK2d
  20                CaMKK2
  21                AMPKa1
  22                AMPKa2
  23                MARK3
  24                MARK2);
  25 my @accs = qw(SK001
  26               SK512
  27               SK752
  28               SK766
  29               SK703
  30               SK482
  31               SK032
  32               SK033
  33               SK096
  34               SK120);
  35 my @num_anns = (5, 5, 5, 5, 6, 7, 7, 7, 7, 7);
  36 my @psg = (0, 0, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0);
  37 my @rs = (0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 1, 1, 1);
  38
  39 ok my $seqin = Bio::SeqIO->new(-file => test_input_file("test.tsv"),
  40                             -format  => 'table',
  41                             -species => "Homo sapiens",
  42                             -delim   => "\t",
  43                             -header  => 1,
  44                             -display_id => 1,
  45                             -accession_number => 2,
  46                             -seq => 7,
  47                             -annotation => 1,
  48                             -trim => 1);
  49 run_tests([@names],[@accs],[@num_anns],[@psg],[@rs]);
  50
  51 $seqin->close();
  52
  53 ok $seqin = Bio::SeqIO->new(-file => test_input_file("test.tsv"),
  54                          -format  => 'table',
  55                          -species => "Homo sapiens",
  56                          -delim   => "\t",
  57                          -header  => 1,
  58                          -display_id => 1,
  59                          -accession_number => 2,
  60                          -seq => 7,
  61                          -colnames => "[Family,Subfamily,Pseudogene?,Protein,Novelty]",
  62                          -trim => 1);
  63 run_tests([@names],[@accs],[4,4,4,4,4,5,5,5,5,5],[@psg],[@rs]);
  64
  65 $seqin->close();
  66
  67 ok $seqin = Bio::SeqIO->new(-file => test_input_file("test.tsv"),
  68                          -format  => 'table',
  69                          -species => "Homo sapiens",
  70                          -delim   => "\t",
  71                          -header  => 1,
  72                          -display_id => 1,
  73                          -accession_number => 2,
  74                          -seq => 7,
  75                          -annotation => "[4,5,6,8,10]",
  76                          -trim => 1);
  77 run_tests([@names],[@accs],[4,4,4,4,4,5,5,5,5,5],[@psg],[@rs]);
  78
  79 # Tests to check that 'description' is read from 'table' format
  80 ok $seqin = Bio::SeqIO->new(
  81     -file   => test_input_file("test-1.tab"),
  82     -format => 'table',
  83     -header => 1,
  84     -display_id => 1,
  85     -accession_number => 1,
  86     -seq => 3,
  87     -desc => 2
  88 );
  89 ok($seqin);
  90 my $seq = $seqin->next_seq;
  91 ok($seq);
  92 is( $seq->desc, 'd1');
  93 is( $seq->display_id, 'n1');
  94 is( $seq->seq, 'aaaa');
  95 $seq = $seqin->next_seq;
  96 ok($seq);
  97 is( $seq->desc, 'd2');
  98 is( $seq->display_id, 'n2');
  99 is( $seq->seq, 'tttt');
 100
 101 $seqin->close();
 102
 103 # Tests to check that we can _not_ write to 'table' format
 104 ok $seqin = Bio::SeqIO->new(
 105     -file   => test_input_file("test-1.tab.gb"),
 106     -format => 'genbank'
 107 );
 108 ok($seqin);
 109 $seq = $seqin->next_seq;
 110 ok($seq);
 111 my $tmpfile = test_output_file();
 112 my $seqout = Bio::SeqIO->new( -format => 'table', -file => ">$tmpfile" );
 113 # dies_ok not available
 114 # dies_ok { $seqout->write_seq($seq) } "write_seq() not implemented";
 115
 116 sub run_tests {
 117     my ($names_,$accs_,$num_anns_,$psg_,$rs_) = @_;
 118
 119     my @names = @$names_;
 120     my @accs = @$accs_;
 121     my @num_anns = @$num_anns_;
 122     my @psg = @$psg_;
 123     my @rs = @$rs_;
 124
 125     my $n = 0;
 126     my $translator = Bio::Tools::CodonTable->new(-id => 1);
 127     while (my $seq = $seqin->next_seq()) {
 128         $n++;
 129         is ($seq->display_id, shift(@names));
 130         is ($seq->accession_number, shift(@accs));
 131         ok ($seq->species);
 132         is ($seq->species->binomial, "Homo sapiens");
 133         my @anns = $seq->annotation->get_Annotations();
 134         is (scalar(@anns), shift(@num_anns));
 135         @anns = grep { $_->value eq "Y";
 136                      } $seq->annotation->get_Annotations("Pseudogene?");
 137         is (scalar(@anns), shift(@psg));
 138
 139         # check sequences and that they translate to what we expect
 140         if (($n >= 5) && ($seq->display_id ne "MARK3")) {
 141             my $dna = $seq->seq;
 142             my $protein = "";
 143             my $frame = 0;
 144             while ($frame <= 2) {
 145                 my $inframe = substr($dna,$frame);
 146                 # translate to protein
 147                 my $protseq = $translator->translate($inframe);
 148                 # chop off everything after the stop and before the first Met
 149                 while ($protseq =~ /(M[^\*]+)/g) {
 150                     $protein = $1 if length($1) > length($protein);
 151                 }
 152                 $frame++;
 153             }
 154             # retrieve expected result from annotation and compare
 155             my ($protann) = $seq->annotation->get_Annotations("Protein");
 156             ok (defined $protann);
 157             is ($protein, $protann->value);
 158         }
 159
 160         @anns = grep { $_->value eq "Known - Refseq";
 161                      } $seq->annotation->get_Annotations("Novelty");
 162         is (scalar(@anns), shift(@rs));
 163         @anns = $seq->annotation->get_Annotations("Subfamily");
 164         is (scalar(@anns), ($n <= 5) ? 0 : 1);
 165         @anns = $seq->annotation->get_Annotations("Family");
 166         is (scalar(@anns), 1);
 167         is (substr($anns[0]->value,0,4), ($n <= 4) ? "A6" : "CAMK");
 168     }
 169
 170     is ($n, 10);
 171 }