t/GuessSeqFormat.t

   1 # -*-Perl-*- Test Harness script for Bioperl
   2 # $Id$
   3
   4
   5 use strict;
   6
   7 BEGIN {
   8    use lib 't/lib';
   9    use BioperlTest;
  10
  11    test_begin(-tests => 49);
  12
  13    use_ok('Bio::SeqIO');
  14    use_ok('Bio::AlignIO');
  15    use_ok('Bio::Tools::GuessSeqFormat');
  16 }
  17
  18 my @seqformats = qw{ ace embl fasta gcg genbank mase
  19                         pfam pir raw swiss tab game};
  20
  21 my $format;
  22 my $verbose = test_debug();
  23 #
  24 # Seqio formats
  25 #
  26
  27 #not tested:  waba
  28
  29 my %no_seqio_module = map {$_=>1} qw {gcgblast gcgfasta mase pfam};
  30
  31 my $guessed_format = Bio::Tools::GuessSeqFormat->new
  32         (-file => test_input_file('test.waba'))->guess;
  33 is $guessed_format, undef ;
  34
  35 my $seq;
  36
  37 eval {
  38    my $input = Bio::SeqIO->new
  39        (-file=>test_input_file('test.waba'));
  40    $seq = $input->next_seq();
  41 };
  42
  43 ok !$seq;
  44
  45 $@ ? ok 1 : ok 0;
  46
  47 foreach $format (@seqformats) {
  48    SKIP: {
  49       if ($format eq 'game') {
  50          test_skip(-tests => 2, -requires_modules => [qw(XML::Writer XML::Parser::PerlSAX)]);
  51       }
  52
  53       my $guessed_format = Bio::Tools::GuessSeqFormat->new
  54           (-file => test_input_file("test.$format"),
  55            #-verbose=> $verbose;
  56           )->guess;
  57       $format =~ s/\..*$//;
  58       is $guessed_format, $format, "Guessed:$format";
  59       next if $no_seqio_module{$format};
  60
  61       eval {
  62           my $input = Bio::SeqIO->new
  63               (-file=>test_input_file("test.$format"));
  64           $seq = $input->next_seq();
  65       };
  66
  67       my $implemented = $format eq 'ace' ? 'Bio::PrimarySeqI' : 'Bio::SeqI';
  68
  69       isa_ok $seq, $implemented;
  70
  71       is 0, 1, $@ if $@;
  72    }
  73 }
  74
  75 #
  76 # AlignIO formats
  77 #
  78
  79 @seqformats = qw{ aln:clustalw fasta mase msf nexus pfam phylip
  80                   prodom stockholm}; # not selex (same as pfam, mainly)
  81
  82 my %no_alignio_module = map {$_=>1} qw {};
  83
  84 foreach my $ext (@seqformats) {
  85     my $format;
  86     ($ext, $format) = split /:/, $ext;
  87     my $guesser = Bio::Tools::GuessSeqFormat->new
  88         (-file => test_input_file("testaln.$ext"));
  89     $format ||= $ext;
  90     ok $guesser->guess(), $format;
  91
  92     next if $no_alignio_module{$format};
  93
  94     eval {
  95         my $input = Bio::AlignIO->new
  96             (-file=>test_input_file("testaln.$ext"));
  97         $seq = $input->next_aln();
  98     };
  99
 100     isa_ok $seq, 'Bio::Align::AlignI';
 101     #ok 0, 1, $@ if $@;
 102 }
 103
 104
 105 #
 106 # File handle tests
 107 #
 108 SKIP: {
 109    test_skip(-tests => 3, -requires_modules => [qw(IO::String)]);
 110
 111     my $string = ">test1 no comment
 112 agtgctagctagctagctagct
 113 >test2 no comment
 114 gtagttatgc
 115 ";
 116
 117     my $stringfh = new IO::String($string);
 118
 119     my $seqio = Bio::SeqIO->new(-fh => $stringfh);
 120     while( my $seq = $seqio->next_seq ) {
 121         ok $seq->id =~ /test/;
 122     }
 123
 124 #
 125 # text guessing
 126 #
 127
 128     ok new Bio::Tools::GuessSeqFormat( -text => $string )->guess, 'fasta';
 129 }