Changes

   1 $Id$
   2 Revision history for bioperl-run modules
   3
   4 Full details of changes between all versions are available online at:
   5 http://www.bioperl.org/wiki/Change_log
   6
   7 1.6.900
   8
   9 * Bowtie and BWA wrappers for NGS [maj, Ben Bimber, Dan Kortschak]
  10 * ClustalW v2 support [cjfields]
  11 * tRNAscanSE support [Mark Johnson, cjfields]
  12 * Glimmer v2 updates [Mark Johnson, cjfields]
  13 * PAML codeml wrapper updated to work with PAML 4.4d [DaveMessina]
  14 * Phyml updates [hyphaltip]
  15 * Repeatmasker updates [cjfields]
  16 * Initial BLAST+ modules (Bio::Tools::Run::BlastPlus/StandAloneBlastPlus) [maj]
  17 * Improved Bio::Tools::Run::AssemblerBase module and update of the wrappers
  18   that use it [fangly, maj]
  19 * Support for running new de novo and comparative assemblers: 454 Newbler
  20   [fangly], Minimo [fangly], Maq [maj], Samtools [maj], Bowtie [maj]
  21 * [bug 2728] add support to Bio::Tools::Run::Alignment::ClustalW for ClustalW2
  22   [cjfields]
  23 * [RT 50363] make a bit more Windows friendly with file paths
  24 * [bug 2713] - Bio::Tools::Run::Infernal now works with Infernal 1.0 (older
  25   versions deprecated) [cjfields]
  26 * Bio::Tools::Run::Alignment::Gmap added [hartzell]
  27 * [bug 2798] - patch to fix clustalw premature file unlinking error [Wei Zhou]
  28
  29 1.6.0 Release
  30
  31 * All Pise and Pise-related modules and scripts have been moved to the new
  32   bioperl-pise repository. The Pise service is no longer available and has been
  33   replaced by Mobyle. They have been retained as one can still install a Pise
  34   server, and as these modules can possibly be used to create a new BioPerl API
  35   for Mobyle.
  36
  37 1.5.2 Release in sync with bioperl core
  38
  39 * Several wrappers updated for newer versions of the programs.
  40
  41 1.5.1 Release in sync with bioperl core
  42
  43    o First major release in a while, so lots of things in this release
  44
  45    o PHYLIP wrappers are updated for PHYLIP 3.6, some programs will no
  46      longer work (DrawTree and DrawGram specifically) for 3.5 at ths
  47      point. It will depend on whether or not anyone really wants this
  48      if we'll add in the necessary stuf to support 3.5.  It isn't
  49      hard, just requires some stuff in th PhylipConf.pm modules.
  50
  51    o Bio::Tools::Run::Alignment::Muscle added
  52
  53    o PAML wrapper for Yn00 and Codeml are more forgiving about the
  54      argument validation.
  55
  56    o Several wrappers updated for newer versions of the programs.
  57      TribeMCL, Genewise, RepeatMasker
  58
  59
  60 1.2.2 Release update in sync with bioperl core
  61
  62     o Soaplab
  63       - API changes
  64       - binary input added
  65
  66     o Pise - changes affecting most Bio::Tools::Run:PiseApplication modules
  67       - Numerous documentation fixes in almost all modules
  68       - Added code in the SYNOPSIS, as well as the FEEDBACK, COPYRIGHT
  69         and SEE ALSO parts.
  70       - the DESCRIPTION section now contains *only* the parameters that
  71         can be set by the client.
  72       - remote parameter to -location to conform to
  73         Bio::Tools::Run::AnalysisFactory interface
  74       - new programs sirna, tranalign, twofeat (from EMBOSS 2.6).
  75
  76     o Bio::Tools::Run::Eponine
  77       - More standardized way of running
  78
  79     o Bio::Tools::Run::FootPrinter
  80       - Write the files properly
  81       - Mark Wagner's enhancements bug #1399
  82
  83     o Bio::Tools::Run::Genewise
  84       - more options
  85
  86     o Bio::Tools::Run::Genscan
  87       - doc fix
  88
  89     o Bio::Tools::Run::Hmmpfam
  90       - Updated to set params properly and return a SearchIO object
  91
  92     o Bio::Tools::Run::Mdust
  93       - new location
  94       - Modified to inherit Bio::Tools::Run::WrapperBase
  95       - use Bio::Root::IO to build up paths
  96       - Modified documentation to conform to bioperl format
  97
  98     o Bio::Tools::Run::Signalp
  99       - uniform sequence truncation lenght
 100
 101     o Bio::Tools::Run::Vista
 102       - new module
 103       - Support more options
 104       - More documentation
 105       - fix reverse sequence bug
 106
 107     o Bio::Tools::Run::Phylo::Phylip::SeqBoot
 108       - Allow more than one alignment
 109
 110     o Bio::Tools::Run::Phylo::Phylip::Neighbor
 111       - Check for multiple data sets and set parameter accordingly
 112
 113     o Bio::Tools::Run::Alignment::Blat
 114       - moved from Bio::Tools::Run name space
 115       - some code cleanup to avoid warnings and insure filehandles are
 116         properly closed, etc
 117
 118     o Bio::Tools::Run::Alignment::Lagan
 119       - program name included
 120       - small fixes and addition of options
 121       - added the right credits.
 122       - Bio::Tools::Run::Alignment::DBA and Bio::Tools::Run::Alignment::Sim4
 123       - Quiet declaration warnings
 124
 125
 126 1.2  Developer release
 127
 128     o Analysis Factory framework- currently providing SOAP access to EMBOSS
 129       applications
 130
 131     o Support for FootPrinter, Genewise, Hmmpfam, Primate, Prints,
 132       Profile, Promoterwise, Pseudowise, Seg, Signalp, Tmhmm,TribeMCL,
 133       Blat,DBA,Lagan,Sim4,Fasta,ProtML,Vista
 134
 135     o Added support for PHYLIP apps: Consense, DrawGram, DrawTree, SeqBoot
 136
 137     o Added INSTALL.PROGRAMS providing references to download the program binaries.
 138
 139     o Bug Fixes that hopefully solves the 'too many open files' problem
 140
 141 0.01 Initial release
 142
 143     o Package is broken off from bioperl-live to support just
 144       runnable wrapper modules.
 145
 146     o Support for PAML codeml tested, aaml still waiting
 147
 148     o Support for Molphy protml, nucml to come
 149
 150     o Support for EMBOSS pkg - still need to move component from
 151       bioperl-live Bio::Factory::EMBOSS to this package and
 152       rename it Bio::Tools::Run::EMBOSSFactory or something
 153       equivalent.
 154
 155     o Support for Clustalw, TCoffee, Local NCBI BLAST.
 156
 157     o RepeatMasker, Genscan, Pseudowise, TribeMCL, Primate, Eponine.
 158
 159     o Support for remote analysis through Pise and NCBI Web Blast
 160       queue.
 161
 162     o Select PHYLIP apps: Neighbor, ProtDist, and ProtPars.
 163
 164