Changes

   1 Summary of important user-visible changes for BioPerl-Run
   2 ---------------------------------------------------------
   3
   4 1.7.3
   5
   6     * The following modules have been moved to the BioPerl
   7       distribution so that new BioPerl Run tools can be developed
   8       without being dependent on the whole BioPerl-Run distribution:
   9
  10           Bio::Tools::Run::Analysis
  11           Bio::Tools::Run::AnalysisFactory
  12           Bio::Tools::Run::Phylo::PhyloBase
  13           Bio::Tools::Run::WrapperBase
  14           Bio::Tools::Run::WrapperBase::CommandExts
  15
  16     * The following modules have been removed from BioPerl-Run to be
  17       part of separate distributions and have independent development:
  18
  19           Bio::Tools::Phylo::Gumby
  20           Bio::Tools::Run::AssemblerBase
  21           Bio::Tools::Run::BWA
  22           Bio::Tools::Run::BWA::Config
  23           Bio::Tools::Run::Bowtie
  24           Bio::Tools::Run::Bowtie::Config
  25           Bio::Tools::Run::Cap3
  26           Bio::Tools::Run::Maq
  27           Bio::Tools::Run::Maq::Config
  28           Bio::Tools::Run::Meme
  29           Bio::Tools::Run::Minimo
  30           Bio::Tools::Run::Newbler
  31           Bio::Tools::Run::Phrap
  32           Bio::Tools::Run::Phylo::Gumby
  33           Bio::Tools::Run::TigrAssembler
  34
  35     * New program previously part of the BioPerl distribution:
  36
  37           bp_blast2tree
  38
  39     * All Bio::Installer modules and the bioperl_application_installer
  40       script have been removed.  These were unsafe and out of date.
  41       Use a package manager of your choice to install external
  42       programs.
  43
  44
  45 1.7.2
  46
  47 * Minor release - PAML, Clustalw, and TCoffee related modules are all
  48   separate distributions, one for each set.  These are Bio-Tools-Phylo-PAML,
  49   Bio-Tools-Run-Alignment-TCoffee and Bio-Tools-Run-Alignment-Clustalw
  50   [carandraug]
  51 * Fix EMBOSS and SABlastPlus test count, which was failing when EMBOSS wasn't installed [cjfields]
  52 * Fix various tests to skip if Bio::FeatureIO isn't installed [cjfields]
  53 * Various documentation fixes, including INSTALL updates [bosborne]
  54 * Add Bio::FeatureIO as a 'recommends' (needed for Gumby, MCS, Match, Phastcons)
  55
  56 1.7.001
  57
  58 * Minor release to deal with version indexing
  59
  60 1.7.000
  61
  62 * Bio::Tools::Run::WrapperBase moved from bioperl core to bioperl-run
  63 * Updaed Samtools wrapper, minimal support for samtools > v.1 added [cjfields]
  64 * Minor updates to sync with BioPerl v. 1.7.x release series
  65
  66 1.6.901
  67
  68 * added run support for MSAProbs [Jessen Bredeson]
  69
  70
  71 1.6.900
  72
  73 * Bowtie and BWA wrappers for NGS [maj, Ben Bimber, Dan Kortschak]
  74 * ClustalW v2 support [cjfields]
  75 * tRNAscanSE support [Mark Johnson, cjfields]
  76 * Glimmer v2 updates [Mark Johnson, cjfields]
  77 * PAML codeml wrapper updated to work with PAML 4.4d [DaveMessina]
  78 * Phyml updates [hyphaltip]
  79 * Repeatmasker updates [cjfields]
  80 * Initial BLAST+ modules (Bio::Tools::Run::BlastPlus/StandAloneBlastPlus) [maj]
  81 * Improved Bio::Tools::Run::AssemblerBase module and update of the wrappers
  82   that use it [fangly, maj]
  83 * Support for running new de novo and comparative assemblers: 454 Newbler
  84   [fangly], Minimo [fangly], Maq [maj], Samtools [maj], Bowtie [maj]
  85 * [bug 2728] add support to Bio::Tools::Run::Alignment::ClustalW for ClustalW2
  86   [cjfields]
  87 * [RT 50363] make a bit more Windows friendly with file paths
  88 * [bug 2713] - Bio::Tools::Run::Infernal now works with Infernal 1.0 (older
  89   versions deprecated) [cjfields]
  90 * Bio::Tools::Run::Alignment::Gmap added [hartzell]
  91 * [bug 2798] - patch to fix clustalw premature file unlinking error [Wei Zhou]
  92
  93 1.6.0 Release
  94
  95 * All Pise and Pise-related modules and scripts have been moved to the new
  96   bioperl-pise repository. The Pise service is no longer available and has been
  97   replaced by Mobyle. They have been retained as one can still install a Pise
  98   server, and as these modules can possibly be used to create a new BioPerl API
  99   for Mobyle.
 100
 101 1.5.2 Release in sync with bioperl core
 102
 103 * Several wrappers updated for newer versions of the programs.
 104
 105 1.5.1 Release in sync with bioperl core
 106
 107    o First major release in a while, so lots of things in this release
 108
 109    o PHYLIP wrappers are updated for PHYLIP 3.6, some programs will no
 110      longer work (DrawTree and DrawGram specifically) for 3.5 at ths
 111      point. It will depend on whether or not anyone really wants this
 112      if we'll add in the necessary stuf to support 3.5.  It isn't
 113      hard, just requires some stuff in th PhylipConf.pm modules.
 114
 115    o Bio::Tools::Run::Alignment::Muscle added
 116
 117    o PAML wrapper for Yn00 and Codeml are more forgiving about the
 118      argument validation.
 119
 120    o Several wrappers updated for newer versions of the programs.
 121      TribeMCL, Genewise, RepeatMasker
 122
 123
 124 1.2.2 Release update in sync with bioperl core
 125
 126     o Soaplab
 127       - API changes
 128       - binary input added
 129
 130     o Pise - changes affecting most Bio::Tools::Run:PiseApplication modules
 131       - Numerous documentation fixes in almost all modules
 132       - Added code in the SYNOPSIS, as well as the FEEDBACK, COPYRIGHT
 133         and SEE ALSO parts.
 134       - the DESCRIPTION section now contains *only* the parameters that
 135         can be set by the client.
 136       - remote parameter to -location to conform to
 137         Bio::Tools::Run::AnalysisFactory interface
 138       - new programs sirna, tranalign, twofeat (from EMBOSS 2.6).
 139
 140     o Bio::Tools::Run::Eponine
 141       - More standardized way of running
 142
 143     o Bio::Tools::Run::FootPrinter
 144       - Write the files properly
 145       - Mark Wagner's enhancements bug #1399
 146
 147     o Bio::Tools::Run::Genewise
 148       - more options
 149
 150     o Bio::Tools::Run::Genscan
 151       - doc fix
 152
 153     o Bio::Tools::Run::Hmmpfam
 154       - Updated to set params properly and return a SearchIO object
 155
 156     o Bio::Tools::Run::Mdust
 157       - new location
 158       - Modified to inherit Bio::Tools::Run::WrapperBase
 159       - use Bio::Root::IO to build up paths
 160       - Modified documentation to conform to bioperl format
 161
 162     o Bio::Tools::Run::Signalp
 163       - uniform sequence truncation lenght
 164
 165     o Bio::Tools::Run::Vista
 166       - new module
 167       - Support more options
 168       - More documentation
 169       - fix reverse sequence bug
 170
 171     o Bio::Tools::Run::Phylo::Phylip::SeqBoot
 172       - Allow more than one alignment
 173
 174     o Bio::Tools::Run::Phylo::Phylip::Neighbor
 175       - Check for multiple data sets and set parameter accordingly
 176
 177     o Bio::Tools::Run::Alignment::Blat
 178       - moved from Bio::Tools::Run name space
 179       - some code cleanup to avoid warnings and insure filehandles are
 180         properly closed, etc
 181
 182     o Bio::Tools::Run::Alignment::Lagan
 183       - program name included
 184       - small fixes and addition of options
 185       - added the right credits.
 186       - Bio::Tools::Run::Alignment::DBA and Bio::Tools::Run::Alignment::Sim4
 187       - Quiet declaration warnings
 188
 189
 190 1.2  Developer release
 191
 192     o Analysis Factory framework- currently providing SOAP access to EMBOSS
 193       applications
 194
 195     o Support for FootPrinter, Genewise, Hmmpfam, Primate, Prints,
 196       Profile, Promoterwise, Pseudowise, Seg, Signalp, Tmhmm,TribeMCL,
 197       Blat,DBA,Lagan,Sim4,Fasta,ProtML,Vista
 198
 199     o Added support for PHYLIP apps: Consense, DrawGram, DrawTree, SeqBoot
 200
 201     o Added INSTALL.PROGRAMS providing references to download the program binaries.
 202
 203     o Bug Fixes that hopefully solves the 'too many open files' problem
 204
 205 0.01 Initial release
 206
 207     o Package is broken off from bioperl-live to support just
 208       runnable wrapper modules.
 209
 210     o Support for PAML codeml tested, aaml still waiting
 211
 212     o Support for Molphy protml, nucml to come
 213
 214     o Support for EMBOSS pkg - still need to move component from
 215       bioperl-live Bio::Factory::EMBOSS to this package and
 216       rename it Bio::Tools::Run::EMBOSSFactory or something
 217       equivalent.
 218
 219     o Support for Clustalw, TCoffee, Local NCBI BLAST.
 220
 221     o RepeatMasker, Genscan, Pseudowise, TribeMCL, Primate, Eponine.
 222
 223     o Support for remote analysis through Pise and NCBI Web Blast
 224       queue.
 225
 226     o Select PHYLIP apps: Neighbor, ProtDist, and ProtPars.