t/SABlastPlus.t

   1 #-*-perl-*-
   2 #$Id$
   3 # testing StandAloneBlastPlus.pm
   4
   5 use strict;
   6 use warnings;
   7 use lib '../lib';
   8 our $home;
   9 BEGIN {
  10     use Bio::Root::Test;
  11     test_begin(-tests => 73);
  12 #               -requires_modules => [qw( Bio::Tools::Run::BlastPlus)]);
  13 }
  14
  15 use_ok( 'Bio::Tools::Run::StandAloneBlastPlus' );
  16 use_ok( 'Bio::Tools::Run::WrapperBase' );
  17 use_ok( 'Bio::Tools::Run::WrapperBase::CommandExts' );
  18 use Bio::SeqIO;
  19 use Bio::AlignIO;
  20
  21 ok my $bpfac = Bio::Tools::Run::BlastPlus->new(-command => 'makeblastdb'),
  22     "BlastPlus factory";
  23
  24 SKIP : {
  25     test_skip( -tests => 65,
  26                -requires_executable => $bpfac);
  27     diag('DB and mask make tests');
  28
  29     # testing using fasta files as input...
  30     ok my $fac = Bio::Tools::Run::StandAloneBlastPlus->new(
  31         -db_data => test_input_file('test-spa.fas'),
  32         -create  => 1
  33     ), "make factory";
  34     ok $fac->make_db, "test db made with fasta";
  35     like $fac->db, qr/DB.{5}/, "temp db";
  36     is ($fac->db_type, 'nucl', "right type");
  37     $fac->cleanup;
  38
  39     ok $fac = Bio::Tools::Run::StandAloneBlastPlus->new(
  40         -db_name => 'test',
  41         -db_data => test_input_file('test-spa.fas'),
  42         -create => 1
  43     );
  44
  45     like($fac->program_version, qr/2\.\d+\.\d+/, 'program version');
  46     like($fac->package_version, qr/2\.\d+\.\d+/, 'package version');
  47
  48     ok $fac->make_db, "named db made";
  49     ok $fac->check_db, "check_db";
  50     is $fac->db, 'test', "correct name";
  51     is ref $fac->db_info, 'HASH', "dbinfo hash returned";
  52     is $fac->db_type, 'nucl', "correct type";
  53
  54     ok $fac->make_mask(
  55         -data   => test_input_file('test-spa.fas'),
  56         -masker => 'windowmasker'
  57     ), "windowmasker mask made";
  58     ok $fac->make_mask(
  59         -data   => test_input_file('test-spa.fas'),
  60         -masker => 'dustmasker'
  61     ), "dustmasker mask made";
  62     $fac->cleanup;
  63
  64     $fac = Bio::Tools::Run::StandAloneBlastPlus->new(
  65         -db_data => test_input_file('test-spa-p.fas'),
  66         -create  => 1
  67     );
  68     ok $fac->check_db('test'), "check_db with arg";
  69     is $fac->db_info('test')->{_db_type}, 'nucl', "db_info with arg";
  70     ok $fac->make_db, "protein db made";
  71     is $fac->db_type, 'prot', "correct type";
  72     ok $fac->make_mask(-data=>$fac->db, -masker=>'segmasker'), "segmasker mask made";
  73     ok $fac->make_mask(
  74         -data   => $fac->db,
  75         -masker => 'segmasker'
  76     ), "segmasker mask made; blastdb as data";
  77     $fac->_register_temp_for_cleanup('test');
  78     $fac->cleanup;
  79
  80     ok $fac = Bio::Tools::Run::StandAloneBlastPlus->new(
  81         -db_data   => test_input_file('test-spa-p.fas'),
  82         -mask_file => test_input_file('segmask_data.asn'),
  83         -create    => 1
  84     );
  85     ok $fac->make_db, "protein db made with pre-built mask";
  86     is $fac->db_filter_algorithms->[0]{algorithm_name}, 'seg', "db_info records mask info";
  87     $fac->cleanup;
  88
  89     ok $fac = Bio::Tools::Run::StandAloneBlastPlus->new(
  90         -db_data   => test_input_file('test-spa.fas'),
  91         -masker    => 'windowmasker',
  92         -mask_data => test_input_file('test-spa.fas'),
  93         -create    => 1
  94     );
  95     $fac->no_throw_on_crash(1);
  96     ok $fac->make_db, "mask built and db made on construction (windowmasker)";
  97     $fac->cleanup;
  98
  99     ok $fac = Bio::Tools::Run::StandAloneBlastPlus->new(
 100         -db_data   => test_input_file('test-spa-p.fas'),
 101         -masker    => 'segmasker',
 102         -mask_data => test_input_file('test-spa-p.fas'),
 103         -create    => 1
 104     );
 105     $fac->no_throw_on_crash(1);
 106     ok $fac->make_db, "mask built and db made on construction (segmasker)";
 107     $fac->cleanup;
 108
 109     ok $fac = Bio::Tools::Run::StandAloneBlastPlus->new(
 110         -db_data   => test_input_file('test-spa.fas'),
 111         -masker    => 'dustmasker',
 112         -mask_data => test_input_file('test-spa.fas'),
 113         -create    => 1
 114     );
 115     $fac->no_throw_on_crash(1);
 116     ok $fac->make_db, "mask built and db made on construction (dustmasker)";
 117     $fac->cleanup;
 118
 119     # tests with Bio:: objects as input
 120     ok my $sio = Bio::SeqIO->new(-file => test_input_file('test-spa.fas'));
 121     ok my $aio = Bio::AlignIO->new(-file => test_input_file('test-spa-p.fas'));
 122
 123     ok $fac = Bio::Tools::Run::StandAloneBlastPlus->new(
 124         -db_name => 'siodb',
 125         -db_data => $sio,
 126         -create  => 1
 127     );
 128     ok $fac->make_db, "make db from Bio::SeqIO";
 129     $fac->cleanup;
 130
 131     ok $fac = Bio::Tools::Run::StandAloneBlastPlus->new(
 132         -db_name => 'aiodb',
 133         -db_data => $aio,
 134         -create  => 1
 135     );
 136     ok $fac->make_db, "make db from Bio::AlignIO";
 137     $fac->cleanup;
 138
 139     $aio = Bio::AlignIO->new(-file => test_input_file('test-aln.msf'));
 140     my @seqs = $aio->next_aln->each_seq;
 141     ok $fac = Bio::Tools::Run::StandAloneBlastPlus->new(
 142         -db_name => 'aiodb',
 143         -db_data => \@seqs,
 144         -create  => 1
 145     );
 146     ok $fac->make_db, 'make db from \@seqs';
 147
 148     $fac->_register_temp_for_cleanup( 'aiodb', 'siodb' );
 149     $fac->cleanup;
 150
 151     # bug#3003 :
 152     #$DB::single=1;
 153     mkdir "./a"; mkdir "./a/b";
 154     ok $fac = Bio::Tools::Run::StandAloneBlastPlus->new(
 155         -db_dir  => "./a/b",
 156         -db_name => "test",
 157         -db_data => test_input_file('test-spa.fas'),
 158         -create  => 1
 159     ), "dbdir : ./a/b; dbname : test; create";
 160     ok $fac->make_db, "make db";
 161     lives_ok { Bio::Tools::Run::StandAloneBlastPlus->new(
 162         -db_dir  => "./a",
 163         -db_name => "b/test"
 164     ) };
 165     lives_ok { Bio::Tools::Run::StandAloneBlastPlus->new(
 166         -db_dir  => ".",
 167         -db_name => "a/b/test"
 168     ) };
 169     lives_ok { Bio::Tools::Run::StandAloneBlastPlus->new(
 170         -db_name => "a/b/test"
 171     ) };
 172     dies_ok { Bio::Tools::Run::StandAloneBlastPlus->new(
 173         -db_name => "/a/b/test"
 174     ) };
 175     $fac->_register_temp_for_cleanup('a/b/test');
 176     $fac->cleanup;
 177     rmdir 'a/b';
 178     rmdir 'a';
 179     # exception tests here someday.
 180
 181     # blast method tests
 182     diag("run BLAST methods");
 183
 184     $fac = Bio::Tools::Run::StandAloneBlastPlus->new(
 185         -db_data => test_input_file('test-spa.fas'),
 186         -create  => 1
 187     );
 188
 189     ok my $result = $fac->run(-method => 'blastn',
 190                               -query  => test_input_file('test-query.fas')
 191     ), "run blastn";
 192     is $result->num_hits, 291, "default hit limit";
 193     ok $result = $fac->blastn(-query       => test_input_file('test-query.fas'),
 194                               -method_args => [ -num_alignments => 1000 ]
 195     ), "return more alignments (arg spec)";
 196     is $result->num_hits, 291, "got more hits";
 197     $fac->cleanup;
 198
 199     my $ntseq = Bio::Seq->new(-seq => 'GACGATCCTTCGGTGAGCAAAGAAATTTTAGCAGAAGCTAAAAAGCTAAACGATGCTCAAGCACCAAAAG',
 200                               -id  => 'SA009');
 201     my $aaseq = $ntseq->translate;
 202
 203     ok $result = $fac->blastn( -query => $ntseq  ), "run blastn with Bio::Seq query";
 204     $fac->no_throw_on_crash(1);
 205     ok $result = $fac->tblastn( -query => $aaseq ), "run tblastn";
 206     is $result->num_hits, 299, "tblastn hits";
 207     ok $result = $fac->tblastx( -query => $ntseq ), "run tblastx";
 208     is $result->num_hits, 299, "tblastx hits";
 209     $fac->cleanup;
 210
 211     ok $fac = Bio::Tools::Run::StandAloneBlastPlus->new(
 212         -db_data => test_input_file('test-spa-p.fas'),
 213         -create  => 1
 214     );
 215     ok $result = $fac->blastp( -query => $aaseq ), "run blastp";
 216     is $result->num_hits, 222, "blastp hits";
 217     $fac->cleanup;
 218
 219     $sio = Bio::SeqIO->new(-file=>test_input_file('test-spa.fas'));
 220     $sio->next_seq;
 221     my $seq1 = $sio->next_seq;
 222     my $seq2 = $sio->next_seq;
 223
 224     ok $result = $fac->bl2seq(-method  => 'blastn',
 225                               -query   => $seq1,
 226                               -subject => $seq2
 227     ), "bl2seq (blastn)";
 228     is $result->num_hits, 1, "got hit";
 229
 230     ok $result = $fac->bl2seq(-method  => 'tblastx',
 231                               -query   => $seq1,
 232                               -subject => $seq2,
 233     ), "bl2seq (tblastx)";
 234     is $result->num_hits, 1, "got hit";
 235
 236     $seq2 = $seq2->translate(-frame => 1);
 237     ok $result = $fac->bl2seq(-method  => 'blastx',
 238                               -query   => $seq1,
 239                               -subject => $seq2
 240     ), "bl2seq (blastx)";
 241     is $result->num_hits, 1, "got hit";
 242
 243     # There is no similarity between the sequences
 244     # at these reading frames, so there should be no hits
 245     my $seq1_frame0 = $seq1->translate;
 246     ok $result = $fac->bl2seq(-method  => 'blastp',
 247                               -query   => $seq1_frame0,
 248                               -subject => $seq2
 249     ), "bl2seq (blastp)";
 250     is $result->num_hits, 0, "no hit";
 251
 252     # There is similarity between the sequences
 253     # at these reading frames, so there should be hits
 254     $seq1 = $seq1->translate(-frame => 2);
 255     ok $result = $fac->bl2seq(-method  => 'blastp',
 256                               -query   => $seq1,
 257                               -subject => $seq2
 258     ), "bl2seq (blastp)";
 259     is $result->num_hits, 1, "got hit";
 260
 261     # issue #12 (https://github.com/bioperl/bioperl-run/issues/12) : 4 tests
 262     $sio = Bio::SeqIO->new(-file=>test_input_file('test-spa.fas'));
 263     $sio->next_seq;
 264     $seq1 = $sio->next_seq;
 265     $seq2 = $sio->next_seq;
 266
 267     lives_ok { $fac->bl2seq(-method => 'tblastx',
 268                             -query => $seq1,
 269                             -subject => $seq2,
 270                             -method_args => [ '-outfmt' => '"6 qseqid sseqid"' ]
 271                            ) } "bl2seq (tblastx) - multiple outfmt options";
 272
 273     lives_ok { $fac->bl2seq(-method => 'tblastx',
 274                             -query => $seq1,
 275                             -subject => $seq2,
 276                             -outformat => '"6 qseqid sseqid"',
 277                            ) } "bl2seq (tblastx) - multiple outfmt options (use method arg)";
 278
 279     lives_ok { $fac->bl2seq(-method => 'tblastx',
 280                             -query => $seq1,
 281                             -subject => $seq2,
 282                             -outformat => '6 qseqid sseqid',
 283                            ) } "bl2seq (tblastx) - multiple outfmt options (no explict quotes should also work)";
 284
 285     lives_ok { $fac->bl2seq(-method => 'tblastx',
 286                             -query => $seq1,
 287                             -subject => $seq2,
 288                             -outformat => '"6"'
 289                            ) } "bl2seq (tblastx) - multiple outfmt options (a single format number in quotes";
 290
 291     $fac->cleanup;
 292 } # SKIP to here
 293
 294 1;