t/SABlastPlus.t

   1 #-*-perl-*-
   2
   3 # testing StandAloneBlastPlus.pm
   4
   5 use strict;
   6 use warnings;
   7 use lib '../lib';
   8 our $home;
   9 BEGIN {
  10     use Bio::Root::Test;
  11     test_begin(-tests => 73,
  12                -requires_module => "IPC::Run");
  13     use_ok( 'Bio::Tools::Run::StandAloneBlastPlus' );
  14     use_ok( 'Bio::Tools::Run::WrapperBase' );
  15     use_ok( 'Bio::Tools::Run::WrapperBase::CommandExts' );
  16 }
  17
  18 use Bio::SeqIO;
  19 use Bio::AlignIO;
  20
  21 ok my $bpfac = Bio::Tools::Run::BlastPlus->new(-command => 'makeblastdb'),
  22     "BlastPlus factory";
  23
  24 SKIP : {
  25     test_skip( -tests => 69,
  26                -requires_executable => $bpfac);
  27
  28     diag('DB and mask make tests');
  29
  30     # testing using fasta files as input...
  31     ok my $fac = Bio::Tools::Run::StandAloneBlastPlus->new(
  32         -db_data => test_input_file('test-spa.fas'),
  33         -create  => 1
  34     ), "make factory";
  35     ok $fac->make_db, "test db made with fasta";
  36     like $fac->db, qr/DB.{5}/, "temp db";
  37     is ($fac->db_type, 'nucl', "right type");
  38     $fac->cleanup;
  39
  40     ok $fac = Bio::Tools::Run::StandAloneBlastPlus->new(
  41         -db_name => 'test',
  42         -db_data => test_input_file('test-spa.fas'),
  43         -create => 1
  44     );
  45
  46     like($fac->program_version, qr/2\.\d+\.\d+/, 'program version');
  47     like($fac->package_version, qr/2\.\d+\.\d+/, 'package version');
  48
  49     ok $fac->make_db, "named db made";
  50     ok $fac->check_db, "check_db";
  51     is $fac->db, 'test', "correct name";
  52     is ref $fac->db_info, 'HASH', "dbinfo hash returned";
  53     is $fac->db_type, 'nucl', "correct type";
  54
  55     ok $fac->make_mask(
  56         -data   => test_input_file('test-spa.fas'),
  57         -masker => 'windowmasker'
  58     ), "windowmasker mask made";
  59     ok $fac->make_mask(
  60         -data   => test_input_file('test-spa.fas'),
  61         -masker => 'dustmasker'
  62     ), "dustmasker mask made";
  63     $fac->cleanup;
  64
  65     $fac = Bio::Tools::Run::StandAloneBlastPlus->new(
  66         -db_data => test_input_file('test-spa-p.fas'),
  67         -create  => 1
  68     );
  69     ok $fac->check_db('test'), "check_db with arg";
  70     is $fac->db_info('test')->{_db_type}, 'nucl', "db_info with arg";
  71     ok $fac->make_db, "protein db made";
  72     is $fac->db_type, 'prot', "correct type";
  73     ok $fac->make_mask(-data=>$fac->db, -masker=>'segmasker'), "segmasker mask made";
  74     ok $fac->make_mask(
  75         -data   => $fac->db,
  76         -masker => 'segmasker'
  77     ), "segmasker mask made; blastdb as data";
  78     $fac->_register_temp_for_cleanup('test');
  79     $fac->cleanup;
  80
  81     ok $fac = Bio::Tools::Run::StandAloneBlastPlus->new(
  82         -db_data   => test_input_file('test-spa-p.fas'),
  83         -mask_file => test_input_file('segmask_data.asn'),
  84         -create    => 1
  85     );
  86     ok $fac->make_db, "protein db made with pre-built mask";
  87     is $fac->db_filter_algorithms->[0]{algorithm_name}, 'seg', "db_info records mask info";
  88     $fac->cleanup;
  89
  90     ok $fac = Bio::Tools::Run::StandAloneBlastPlus->new(
  91         -db_data   => test_input_file('test-spa.fas'),
  92         -masker    => 'windowmasker',
  93         -mask_data => test_input_file('test-spa.fas'),
  94         -create    => 1
  95     );
  96     $fac->no_throw_on_crash(1);
  97     ok $fac->make_db, "mask built and db made on construction (windowmasker)";
  98     $fac->cleanup;
  99
 100     ok $fac = Bio::Tools::Run::StandAloneBlastPlus->new(
 101         -db_data   => test_input_file('test-spa-p.fas'),
 102         -masker    => 'segmasker',
 103         -mask_data => test_input_file('test-spa-p.fas'),
 104         -create    => 1
 105     );
 106     $fac->no_throw_on_crash(1);
 107     ok $fac->make_db, "mask built and db made on construction (segmasker)";
 108     $fac->cleanup;
 109
 110     ok $fac = Bio::Tools::Run::StandAloneBlastPlus->new(
 111         -db_data   => test_input_file('test-spa.fas'),
 112         -masker    => 'dustmasker',
 113         -mask_data => test_input_file('test-spa.fas'),
 114         -create    => 1
 115     );
 116     $fac->no_throw_on_crash(1);
 117     ok $fac->make_db, "mask built and db made on construction (dustmasker)";
 118     $fac->cleanup;
 119
 120     # tests with Bio:: objects as input
 121     ok my $sio = Bio::SeqIO->new(-file => test_input_file('test-spa.fas'));
 122     ok my $aio = Bio::AlignIO->new(-file => test_input_file('test-spa-p.fas'));
 123
 124     ok $fac = Bio::Tools::Run::StandAloneBlastPlus->new(
 125         -db_name => 'siodb',
 126         -db_data => $sio,
 127         -create  => 1
 128     );
 129     ok $fac->make_db, "make db from Bio::SeqIO";
 130     $fac->cleanup;
 131
 132     ok $fac = Bio::Tools::Run::StandAloneBlastPlus->new(
 133         -db_name => 'aiodb',
 134         -db_data => $aio,
 135         -create  => 1
 136     );
 137     ok $fac->make_db, "make db from Bio::AlignIO";
 138     $fac->cleanup;
 139
 140     $aio = Bio::AlignIO->new(-file => test_input_file('test-aln.msf'));
 141     my @seqs = $aio->next_aln->each_seq;
 142     ok $fac = Bio::Tools::Run::StandAloneBlastPlus->new(
 143         -db_name => 'aiodb',
 144         -db_data => \@seqs,
 145         -create  => 1
 146     );
 147     ok $fac->make_db, 'make db from \@seqs';
 148
 149     $fac->_register_temp_for_cleanup( 'aiodb', 'siodb' );
 150     $fac->cleanup;
 151
 152     # bug#3003 :
 153     #$DB::single=1;
 154     mkdir "./a"; mkdir "./a/b";
 155     ok $fac = Bio::Tools::Run::StandAloneBlastPlus->new(
 156         -db_dir  => "./a/b",
 157         -db_name => "test",
 158         -db_data => test_input_file('test-spa.fas'),
 159         -create  => 1
 160     ), "dbdir : ./a/b; dbname : test; create";
 161     ok $fac->make_db, "make db";
 162     lives_ok { Bio::Tools::Run::StandAloneBlastPlus->new(
 163         -db_dir  => "./a",
 164         -db_name => "b/test"
 165     ) };
 166     lives_ok { Bio::Tools::Run::StandAloneBlastPlus->new(
 167         -db_dir  => ".",
 168         -db_name => "a/b/test"
 169     ) };
 170     lives_ok { Bio::Tools::Run::StandAloneBlastPlus->new(
 171         -db_name => "a/b/test"
 172     ) };
 173     dies_ok { Bio::Tools::Run::StandAloneBlastPlus->new(
 174         -db_name => "/a/b/test"
 175     ) };
 176     $fac->_register_temp_for_cleanup('a/b/test');
 177     $fac->cleanup;
 178     rmdir 'a/b';
 179     rmdir 'a';
 180     # exception tests here someday.
 181
 182     # blast method tests
 183     diag("run BLAST methods");
 184
 185     $fac = Bio::Tools::Run::StandAloneBlastPlus->new(
 186         -db_data => test_input_file('test-spa.fas'),
 187         -create  => 1
 188     );
 189
 190     ok my $result = $fac->run(-method => 'blastn',
 191                               -query  => test_input_file('test-query.fas')
 192     ), "run blastn";
 193     is $result->num_hits, 291, "default hit limit";
 194     ok $result = $fac->blastn(-query       => test_input_file('test-query.fas'),
 195                               -method_args => [ -num_alignments => 1000 ]
 196     ), "return more alignments (arg spec)";
 197     is $result->num_hits, 291, "got more hits";
 198     $fac->cleanup;
 199
 200     my $ntseq = Bio::Seq->new(-seq => 'GACGATCCTTCGGTGAGCAAAGAAATTTTAGCAGAAGCTAAAAAGCTAAACGATGCTCAAGCACCAAAAG',
 201                               -id  => 'SA009');
 202     my $aaseq = $ntseq->translate;
 203
 204     ok $result = $fac->blastn( -query => $ntseq  ), "run blastn with Bio::Seq query";
 205     $fac->no_throw_on_crash(1);
 206     ok $result = $fac->tblastn( -query => $aaseq ), "run tblastn";
 207     is $result->num_hits, 299, "tblastn hits";
 208     ok $result = $fac->tblastx( -query => $ntseq ), "run tblastx";
 209     is $result->num_hits, 299, "tblastx hits";
 210     $fac->cleanup;
 211
 212     ok $fac = Bio::Tools::Run::StandAloneBlastPlus->new(
 213         -db_data => test_input_file('test-spa-p.fas'),
 214         -create  => 1
 215     );
 216     ok $result = $fac->blastp( -query => $aaseq ), "run blastp";
 217     is $result->num_hits, 222, "blastp hits";
 218     $fac->cleanup;
 219
 220     $sio = Bio::SeqIO->new(-file=>test_input_file('test-spa.fas'));
 221     $sio->next_seq;
 222     my $seq1 = $sio->next_seq;
 223     my $seq2 = $sio->next_seq;
 224
 225     ok $result = $fac->bl2seq(-method  => 'blastn',
 226                               -query   => $seq1,
 227                               -subject => $seq2
 228     ), "bl2seq (blastn)";
 229     is $result->num_hits, 1, "got hit";
 230
 231     ok $result = $fac->bl2seq(-method  => 'tblastx',
 232                               -query   => $seq1,
 233                               -subject => $seq2,
 234     ), "bl2seq (tblastx)";
 235     is $result->num_hits, 1, "got hit";
 236
 237     $seq2 = $seq2->translate(-frame => 1);
 238     ok $result = $fac->bl2seq(-method  => 'blastx',
 239                               -query   => $seq1,
 240                               -subject => $seq2
 241     ), "bl2seq (blastx)";
 242     is $result->num_hits, 1, "got hit";
 243
 244     # There is no similarity between the sequences
 245     # at these reading frames, so there should be no hits
 246     my $seq1_frame0 = $seq1->translate;
 247     ok $result = $fac->bl2seq(-method  => 'blastp',
 248                               -query   => $seq1_frame0,
 249                               -subject => $seq2
 250     ), "bl2seq (blastp)";
 251     is $result->num_hits, 0, "no hit";
 252
 253     # There is similarity between the sequences
 254     # at these reading frames, so there should be hits
 255     $seq1 = $seq1->translate(-frame => 2);
 256     ok $result = $fac->bl2seq(-method  => 'blastp',
 257                               -query   => $seq1,
 258                               -subject => $seq2
 259     ), "bl2seq (blastp)";
 260     is $result->num_hits, 1, "got hit";
 261
 262     # issue #12 (https://github.com/bioperl/bioperl-run/issues/12) : 4 tests
 263     $sio = Bio::SeqIO->new(-file=>test_input_file('test-spa.fas'));
 264     $sio->next_seq;
 265     $seq1 = $sio->next_seq;
 266     $seq2 = $sio->next_seq;
 267
 268     lives_ok { $fac->bl2seq(-method => 'tblastx',
 269                             -query => $seq1,
 270                             -subject => $seq2,
 271                             -method_args => [ '-outfmt' => '"6 qseqid sseqid"' ]
 272                            ) } "bl2seq (tblastx) - multiple outfmt options";
 273
 274     lives_ok { $fac->bl2seq(-method => 'tblastx',
 275                             -query => $seq1,
 276                             -subject => $seq2,
 277                             -outformat => '"6 qseqid sseqid"',
 278                            ) } "bl2seq (tblastx) - multiple outfmt options (use method arg)";
 279
 280     lives_ok { $fac->bl2seq(-method => 'tblastx',
 281                             -query => $seq1,
 282                             -subject => $seq2,
 283                             -outformat => '6 qseqid sseqid',
 284                            ) } "bl2seq (tblastx) - multiple outfmt options (no explict quotes should also work)";
 285
 286     lives_ok { $fac->bl2seq(-method => 'tblastx',
 287                             -query => $seq1,
 288                             -subject => $seq2,
 289                             -outformat => '"6"'
 290                            ) } "bl2seq (tblastx) - multiple outfmt options (a single format number in quotes";
 291
 292     $fac->cleanup;
 293 } # SKIP to here
 294
 295 1;