Changes

   1 $Id$
   2 Revision history for bioperl-run modules
   3
   4 Full details of changes between all versions are available online at:
   5 http://www.bioperl.org/wiki/Change_log
   6
   7 1.6.901
   8
   9 * added run support for MSAProbs [Jessen Bredeson]
  10
  11
  12 1.6.900
  13
  14 * Bowtie and BWA wrappers for NGS [maj, Ben Bimber, Dan Kortschak]
  15 * ClustalW v2 support [cjfields]
  16 * tRNAscanSE support [Mark Johnson, cjfields]
  17 * Glimmer v2 updates [Mark Johnson, cjfields]
  18 * PAML codeml wrapper updated to work with PAML 4.4d [DaveMessina]
  19 * Phyml updates [hyphaltip]
  20 * Repeatmasker updates [cjfields]
  21 * Initial BLAST+ modules (Bio::Tools::Run::BlastPlus/StandAloneBlastPlus) [maj]
  22 * Improved Bio::Tools::Run::AssemblerBase module and update of the wrappers
  23   that use it [fangly, maj]
  24 * Support for running new de novo and comparative assemblers: 454 Newbler
  25   [fangly], Minimo [fangly], Maq [maj], Samtools [maj], Bowtie [maj]
  26 * [bug 2728] add support to Bio::Tools::Run::Alignment::ClustalW for ClustalW2
  27   [cjfields]
  28 * [RT 50363] make a bit more Windows friendly with file paths
  29 * [bug 2713] - Bio::Tools::Run::Infernal now works with Infernal 1.0 (older
  30   versions deprecated) [cjfields]
  31 * Bio::Tools::Run::Alignment::Gmap added [hartzell]
  32 * [bug 2798] - patch to fix clustalw premature file unlinking error [Wei Zhou]
  33
  34 1.6.0 Release
  35
  36 * All Pise and Pise-related modules and scripts have been moved to the new
  37   bioperl-pise repository. The Pise service is no longer available and has been
  38   replaced by Mobyle. They have been retained as one can still install a Pise
  39   server, and as these modules can possibly be used to create a new BioPerl API
  40   for Mobyle.
  41
  42 1.5.2 Release in sync with bioperl core
  43
  44 * Several wrappers updated for newer versions of the programs.
  45
  46 1.5.1 Release in sync with bioperl core
  47
  48    o First major release in a while, so lots of things in this release
  49
  50    o PHYLIP wrappers are updated for PHYLIP 3.6, some programs will no
  51      longer work (DrawTree and DrawGram specifically) for 3.5 at ths
  52      point. It will depend on whether or not anyone really wants this
  53      if we'll add in the necessary stuf to support 3.5.  It isn't
  54      hard, just requires some stuff in th PhylipConf.pm modules.
  55
  56    o Bio::Tools::Run::Alignment::Muscle added
  57
  58    o PAML wrapper for Yn00 and Codeml are more forgiving about the
  59      argument validation.
  60
  61    o Several wrappers updated for newer versions of the programs.
  62      TribeMCL, Genewise, RepeatMasker
  63
  64
  65 1.2.2 Release update in sync with bioperl core
  66
  67     o Soaplab
  68       - API changes
  69       - binary input added
  70
  71     o Pise - changes affecting most Bio::Tools::Run:PiseApplication modules
  72       - Numerous documentation fixes in almost all modules
  73       - Added code in the SYNOPSIS, as well as the FEEDBACK, COPYRIGHT
  74         and SEE ALSO parts.
  75       - the DESCRIPTION section now contains *only* the parameters that
  76         can be set by the client.
  77       - remote parameter to -location to conform to
  78         Bio::Tools::Run::AnalysisFactory interface
  79       - new programs sirna, tranalign, twofeat (from EMBOSS 2.6).
  80
  81     o Bio::Tools::Run::Eponine
  82       - More standardized way of running
  83
  84     o Bio::Tools::Run::FootPrinter
  85       - Write the files properly
  86       - Mark Wagner's enhancements bug #1399
  87
  88     o Bio::Tools::Run::Genewise
  89       - more options
  90
  91     o Bio::Tools::Run::Genscan
  92       - doc fix
  93
  94     o Bio::Tools::Run::Hmmpfam
  95       - Updated to set params properly and return a SearchIO object
  96
  97     o Bio::Tools::Run::Mdust
  98       - new location
  99       - Modified to inherit Bio::Tools::Run::WrapperBase
 100       - use Bio::Root::IO to build up paths
 101       - Modified documentation to conform to bioperl format
 102
 103     o Bio::Tools::Run::Signalp
 104       - uniform sequence truncation lenght
 105
 106     o Bio::Tools::Run::Vista
 107       - new module
 108       - Support more options
 109       - More documentation
 110       - fix reverse sequence bug
 111
 112     o Bio::Tools::Run::Phylo::Phylip::SeqBoot
 113       - Allow more than one alignment
 114
 115     o Bio::Tools::Run::Phylo::Phylip::Neighbor
 116       - Check for multiple data sets and set parameter accordingly
 117
 118     o Bio::Tools::Run::Alignment::Blat
 119       - moved from Bio::Tools::Run name space
 120       - some code cleanup to avoid warnings and insure filehandles are
 121         properly closed, etc
 122
 123     o Bio::Tools::Run::Alignment::Lagan
 124       - program name included
 125       - small fixes and addition of options
 126       - added the right credits.
 127       - Bio::Tools::Run::Alignment::DBA and Bio::Tools::Run::Alignment::Sim4
 128       - Quiet declaration warnings
 129
 130
 131 1.2  Developer release
 132
 133     o Analysis Factory framework- currently providing SOAP access to EMBOSS
 134       applications
 135
 136     o Support for FootPrinter, Genewise, Hmmpfam, Primate, Prints,
 137       Profile, Promoterwise, Pseudowise, Seg, Signalp, Tmhmm,TribeMCL,
 138       Blat,DBA,Lagan,Sim4,Fasta,ProtML,Vista
 139
 140     o Added support for PHYLIP apps: Consense, DrawGram, DrawTree, SeqBoot
 141
 142     o Added INSTALL.PROGRAMS providing references to download the program binaries.
 143
 144     o Bug Fixes that hopefully solves the 'too many open files' problem
 145
 146 0.01 Initial release
 147
 148     o Package is broken off from bioperl-live to support just
 149       runnable wrapper modules.
 150
 151     o Support for PAML codeml tested, aaml still waiting
 152
 153     o Support for Molphy protml, nucml to come
 154
 155     o Support for EMBOSS pkg - still need to move component from
 156       bioperl-live Bio::Factory::EMBOSS to this package and
 157       rename it Bio::Tools::Run::EMBOSSFactory or something
 158       equivalent.
 159
 160     o Support for Clustalw, TCoffee, Local NCBI BLAST.
 161
 162     o RepeatMasker, Genscan, Pseudowise, TribeMCL, Primate, Eponine.
 163
 164     o Support for remote analysis through Pise and NCBI Web Blast
 165       queue.
 166
 167     o Select PHYLIP apps: Neighbor, ProtDist, and ProtPars.
 168
 169