Changes

   1 Revision history for bioperl-run modules
   2
   3 1.7.001
   4 * Minor release to deal with version indexing
   5
   6 1.7.000
   7
   8 * Bio::Tools::Run::WrapperBase moved from bioperl core to bioperl-run
   9 * Updaed Samtools wrapper, minimal support for samtools > v.1 added [cjfields]
  10 * Minor updates to sync with BioPerl v. 1.7.x release series
  11
  12 1.6.901
  13
  14 * added run support for MSAProbs [Jessen Bredeson]
  15
  16
  17 1.6.900
  18
  19 * Bowtie and BWA wrappers for NGS [maj, Ben Bimber, Dan Kortschak]
  20 * ClustalW v2 support [cjfields]
  21 * tRNAscanSE support [Mark Johnson, cjfields]
  22 * Glimmer v2 updates [Mark Johnson, cjfields]
  23 * PAML codeml wrapper updated to work with PAML 4.4d [DaveMessina]
  24 * Phyml updates [hyphaltip]
  25 * Repeatmasker updates [cjfields]
  26 * Initial BLAST+ modules (Bio::Tools::Run::BlastPlus/StandAloneBlastPlus) [maj]
  27 * Improved Bio::Tools::Run::AssemblerBase module and update of the wrappers
  28   that use it [fangly, maj]
  29 * Support for running new de novo and comparative assemblers: 454 Newbler
  30   [fangly], Minimo [fangly], Maq [maj], Samtools [maj], Bowtie [maj]
  31 * [bug 2728] add support to Bio::Tools::Run::Alignment::ClustalW for ClustalW2
  32   [cjfields]
  33 * [RT 50363] make a bit more Windows friendly with file paths
  34 * [bug 2713] - Bio::Tools::Run::Infernal now works with Infernal 1.0 (older
  35   versions deprecated) [cjfields]
  36 * Bio::Tools::Run::Alignment::Gmap added [hartzell]
  37 * [bug 2798] - patch to fix clustalw premature file unlinking error [Wei Zhou]
  38
  39 1.6.0 Release
  40
  41 * All Pise and Pise-related modules and scripts have been moved to the new
  42   bioperl-pise repository. The Pise service is no longer available and has been
  43   replaced by Mobyle. They have been retained as one can still install a Pise
  44   server, and as these modules can possibly be used to create a new BioPerl API
  45   for Mobyle.
  46
  47 1.5.2 Release in sync with bioperl core
  48
  49 * Several wrappers updated for newer versions of the programs.
  50
  51 1.5.1 Release in sync with bioperl core
  52
  53    o First major release in a while, so lots of things in this release
  54
  55    o PHYLIP wrappers are updated for PHYLIP 3.6, some programs will no
  56      longer work (DrawTree and DrawGram specifically) for 3.5 at ths
  57      point. It will depend on whether or not anyone really wants this
  58      if we'll add in the necessary stuf to support 3.5.  It isn't
  59      hard, just requires some stuff in th PhylipConf.pm modules.
  60
  61    o Bio::Tools::Run::Alignment::Muscle added
  62
  63    o PAML wrapper for Yn00 and Codeml are more forgiving about the
  64      argument validation.
  65
  66    o Several wrappers updated for newer versions of the programs.
  67      TribeMCL, Genewise, RepeatMasker
  68
  69
  70 1.2.2 Release update in sync with bioperl core
  71
  72     o Soaplab
  73       - API changes
  74       - binary input added
  75
  76     o Pise - changes affecting most Bio::Tools::Run:PiseApplication modules
  77       - Numerous documentation fixes in almost all modules
  78       - Added code in the SYNOPSIS, as well as the FEEDBACK, COPYRIGHT
  79         and SEE ALSO parts.
  80       - the DESCRIPTION section now contains *only* the parameters that
  81         can be set by the client.
  82       - remote parameter to -location to conform to
  83         Bio::Tools::Run::AnalysisFactory interface
  84       - new programs sirna, tranalign, twofeat (from EMBOSS 2.6).
  85
  86     o Bio::Tools::Run::Eponine
  87       - More standardized way of running
  88
  89     o Bio::Tools::Run::FootPrinter
  90       - Write the files properly
  91       - Mark Wagner's enhancements bug #1399
  92
  93     o Bio::Tools::Run::Genewise
  94       - more options
  95
  96     o Bio::Tools::Run::Genscan
  97       - doc fix
  98
  99     o Bio::Tools::Run::Hmmpfam
 100       - Updated to set params properly and return a SearchIO object
 101
 102     o Bio::Tools::Run::Mdust
 103       - new location
 104       - Modified to inherit Bio::Tools::Run::WrapperBase
 105       - use Bio::Root::IO to build up paths
 106       - Modified documentation to conform to bioperl format
 107
 108     o Bio::Tools::Run::Signalp
 109       - uniform sequence truncation lenght
 110
 111     o Bio::Tools::Run::Vista
 112       - new module
 113       - Support more options
 114       - More documentation
 115       - fix reverse sequence bug
 116
 117     o Bio::Tools::Run::Phylo::Phylip::SeqBoot
 118       - Allow more than one alignment
 119
 120     o Bio::Tools::Run::Phylo::Phylip::Neighbor
 121       - Check for multiple data sets and set parameter accordingly
 122
 123     o Bio::Tools::Run::Alignment::Blat
 124       - moved from Bio::Tools::Run name space
 125       - some code cleanup to avoid warnings and insure filehandles are
 126         properly closed, etc
 127
 128     o Bio::Tools::Run::Alignment::Lagan
 129       - program name included
 130       - small fixes and addition of options
 131       - added the right credits.
 132       - Bio::Tools::Run::Alignment::DBA and Bio::Tools::Run::Alignment::Sim4
 133       - Quiet declaration warnings
 134
 135
 136 1.2  Developer release
 137
 138     o Analysis Factory framework- currently providing SOAP access to EMBOSS
 139       applications
 140
 141     o Support for FootPrinter, Genewise, Hmmpfam, Primate, Prints,
 142       Profile, Promoterwise, Pseudowise, Seg, Signalp, Tmhmm,TribeMCL,
 143       Blat,DBA,Lagan,Sim4,Fasta,ProtML,Vista
 144
 145     o Added support for PHYLIP apps: Consense, DrawGram, DrawTree, SeqBoot
 146
 147     o Added INSTALL.PROGRAMS providing references to download the program binaries.
 148
 149     o Bug Fixes that hopefully solves the 'too many open files' problem
 150
 151 0.01 Initial release
 152
 153     o Package is broken off from bioperl-live to support just
 154       runnable wrapper modules.
 155
 156     o Support for PAML codeml tested, aaml still waiting
 157
 158     o Support for Molphy protml, nucml to come
 159
 160     o Support for EMBOSS pkg - still need to move component from
 161       bioperl-live Bio::Factory::EMBOSS to this package and
 162       rename it Bio::Tools::Run::EMBOSSFactory or something
 163       equivalent.
 164
 165     o Support for Clustalw, TCoffee, Local NCBI BLAST.
 166
 167     o RepeatMasker, Genscan, Pseudowise, TribeMCL, Primate, Eponine.
 168
 169     o Support for remote analysis through Pise and NCBI Web Blast
 170       queue.
 171
 172     o Select PHYLIP apps: Neighbor, ProtDist, and ProtPars.