Changes

   1 Revision history for bioperl-run modules
   2
   3 1.7.000
   4
   5 * Bio::Tools::Run::WrapperBase moved from bioperl core to bioperl-run
   6 * Updaed Samtools wrapper, minimal support for samtools > v.1 added [cjfields]
   7 * Minor updates to sync with BioPerl v. 1.7.x release series
   8
   9 1.6.901
  10
  11 * added run support for MSAProbs [Jessen Bredeson]
  12
  13
  14 1.6.900
  15
  16 * Bowtie and BWA wrappers for NGS [maj, Ben Bimber, Dan Kortschak]
  17 * ClustalW v2 support [cjfields]
  18 * tRNAscanSE support [Mark Johnson, cjfields]
  19 * Glimmer v2 updates [Mark Johnson, cjfields]
  20 * PAML codeml wrapper updated to work with PAML 4.4d [DaveMessina]
  21 * Phyml updates [hyphaltip]
  22 * Repeatmasker updates [cjfields]
  23 * Initial BLAST+ modules (Bio::Tools::Run::BlastPlus/StandAloneBlastPlus) [maj]
  24 * Improved Bio::Tools::Run::AssemblerBase module and update of the wrappers
  25   that use it [fangly, maj]
  26 * Support for running new de novo and comparative assemblers: 454 Newbler
  27   [fangly], Minimo [fangly], Maq [maj], Samtools [maj], Bowtie [maj]
  28 * [bug 2728] add support to Bio::Tools::Run::Alignment::ClustalW for ClustalW2
  29   [cjfields]
  30 * [RT 50363] make a bit more Windows friendly with file paths
  31 * [bug 2713] - Bio::Tools::Run::Infernal now works with Infernal 1.0 (older
  32   versions deprecated) [cjfields]
  33 * Bio::Tools::Run::Alignment::Gmap added [hartzell]
  34 * [bug 2798] - patch to fix clustalw premature file unlinking error [Wei Zhou]
  35
  36 1.6.0 Release
  37
  38 * All Pise and Pise-related modules and scripts have been moved to the new
  39   bioperl-pise repository. The Pise service is no longer available and has been
  40   replaced by Mobyle. They have been retained as one can still install a Pise
  41   server, and as these modules can possibly be used to create a new BioPerl API
  42   for Mobyle.
  43
  44 1.5.2 Release in sync with bioperl core
  45
  46 * Several wrappers updated for newer versions of the programs.
  47
  48 1.5.1 Release in sync with bioperl core
  49
  50    o First major release in a while, so lots of things in this release
  51
  52    o PHYLIP wrappers are updated for PHYLIP 3.6, some programs will no
  53      longer work (DrawTree and DrawGram specifically) for 3.5 at ths
  54      point. It will depend on whether or not anyone really wants this
  55      if we'll add in the necessary stuf to support 3.5.  It isn't
  56      hard, just requires some stuff in th PhylipConf.pm modules.
  57
  58    o Bio::Tools::Run::Alignment::Muscle added
  59
  60    o PAML wrapper for Yn00 and Codeml are more forgiving about the
  61      argument validation.
  62
  63    o Several wrappers updated for newer versions of the programs.
  64      TribeMCL, Genewise, RepeatMasker
  65
  66
  67 1.2.2 Release update in sync with bioperl core
  68
  69     o Soaplab
  70       - API changes
  71       - binary input added
  72
  73     o Pise - changes affecting most Bio::Tools::Run:PiseApplication modules
  74       - Numerous documentation fixes in almost all modules
  75       - Added code in the SYNOPSIS, as well as the FEEDBACK, COPYRIGHT
  76         and SEE ALSO parts.
  77       - the DESCRIPTION section now contains *only* the parameters that
  78         can be set by the client.
  79       - remote parameter to -location to conform to
  80         Bio::Tools::Run::AnalysisFactory interface
  81       - new programs sirna, tranalign, twofeat (from EMBOSS 2.6).
  82
  83     o Bio::Tools::Run::Eponine
  84       - More standardized way of running
  85
  86     o Bio::Tools::Run::FootPrinter
  87       - Write the files properly
  88       - Mark Wagner's enhancements bug #1399
  89
  90     o Bio::Tools::Run::Genewise
  91       - more options
  92
  93     o Bio::Tools::Run::Genscan
  94       - doc fix
  95
  96     o Bio::Tools::Run::Hmmpfam
  97       - Updated to set params properly and return a SearchIO object
  98
  99     o Bio::Tools::Run::Mdust
 100       - new location
 101       - Modified to inherit Bio::Tools::Run::WrapperBase
 102       - use Bio::Root::IO to build up paths
 103       - Modified documentation to conform to bioperl format
 104
 105     o Bio::Tools::Run::Signalp
 106       - uniform sequence truncation lenght
 107
 108     o Bio::Tools::Run::Vista
 109       - new module
 110       - Support more options
 111       - More documentation
 112       - fix reverse sequence bug
 113
 114     o Bio::Tools::Run::Phylo::Phylip::SeqBoot
 115       - Allow more than one alignment
 116
 117     o Bio::Tools::Run::Phylo::Phylip::Neighbor
 118       - Check for multiple data sets and set parameter accordingly
 119
 120     o Bio::Tools::Run::Alignment::Blat
 121       - moved from Bio::Tools::Run name space
 122       - some code cleanup to avoid warnings and insure filehandles are
 123         properly closed, etc
 124
 125     o Bio::Tools::Run::Alignment::Lagan
 126       - program name included
 127       - small fixes and addition of options
 128       - added the right credits.
 129       - Bio::Tools::Run::Alignment::DBA and Bio::Tools::Run::Alignment::Sim4
 130       - Quiet declaration warnings
 131
 132
 133 1.2  Developer release
 134
 135     o Analysis Factory framework- currently providing SOAP access to EMBOSS
 136       applications
 137
 138     o Support for FootPrinter, Genewise, Hmmpfam, Primate, Prints,
 139       Profile, Promoterwise, Pseudowise, Seg, Signalp, Tmhmm,TribeMCL,
 140       Blat,DBA,Lagan,Sim4,Fasta,ProtML,Vista
 141
 142     o Added support for PHYLIP apps: Consense, DrawGram, DrawTree, SeqBoot
 143
 144     o Added INSTALL.PROGRAMS providing references to download the program binaries.
 145
 146     o Bug Fixes that hopefully solves the 'too many open files' problem
 147
 148 0.01 Initial release
 149
 150     o Package is broken off from bioperl-live to support just
 151       runnable wrapper modules.
 152
 153     o Support for PAML codeml tested, aaml still waiting
 154
 155     o Support for Molphy protml, nucml to come
 156
 157     o Support for EMBOSS pkg - still need to move component from
 158       bioperl-live Bio::Factory::EMBOSS to this package and
 159       rename it Bio::Tools::Run::EMBOSSFactory or something
 160       equivalent.
 161
 162     o Support for Clustalw, TCoffee, Local NCBI BLAST.
 163
 164     o RepeatMasker, Genscan, Pseudowise, TribeMCL, Primate, Eponine.
 165
 166     o Support for remote analysis through Pise and NCBI Web Blast
 167       queue.
 168
 169     o Select PHYLIP apps: Neighbor, ProtDist, and ProtPars.