Add comparator based on Needleman-Wunsch score
[autophylo.git] / ex_class / G.dna
blob0c91adac2454a8113c6a1951098d8ff273c21954
1 gttaatgtagcttaaattatcaaagcaaggcactgaaaatgcctagatgagcctcacagctccataaacacacaggtttggtcctggcctttctattaattcttaataaaattacacatgcaagtatccgcgccccggtgagaatgccctccagatcttaaagatcaaaaggagcaggtatcaagcacacctataacggtagctcataacgccttgctcaaccacacccccacgggaaacagcagtgataaaaattaagccatgaacgaaagtttgactaagttatattaattagagttggtaaatctcgtgccagccaccgcggtcatacgattaacccaaattaatagatccacggcgtaaagagtgtttaagaaaaaaaatcacaatagagttaaattataactaagctgtaaaaagccctagttaaaataaaataacccacgaaagtgactctaataatcctgacacacgatagctaggacccaaactgggattagataccccactatgcctagccctaaacccaaatagttacataacaaaactattcgccagagtactactcgcaactgcctaaaactcaaaggacttggcggtgcttcacatccacctagaggagcctgttctataatcgataaaccccgatagaccttaccaacccttgccaattcagcctatataccgccatcttcagcaaaccctaaaaaggaacaatagtaagcacaatcatagcacataaaaacgttaggtcaaggtgtagcttatgggttggaaagaaatgggctacattttctacataagaatatccaccacacgaaagtttttatgaaactaaaaaccaaaggaggatttagcagtaaatcaagaatagagtgcttgattgaataaggccatgaagcacgcacacaccgcccgtcaccctcctcaagcatgtagtaataaaaataacctatattcaattacacaaccatgcaagaagagacaagtcgtaacaaggtaagcatactggaaagtgtgcttggattaccaaagcatagcttaaactaaagcacctagtttacacctagaagatcccacaatgtatgggtactttgaaccaaagctagctcaacatactaaacaaatacaaaaatacaccaaaataaaataaaacattcacctaacattaaagtataggagatagaaatttttatcctgacgctatagagatagtaccgtaagggaaagatgaaagaataaaataaaagtaaaaaaaagcaaagattaccccttctaccttttgcataatggtttaaccagaaaaaatctaacaaagagaactttagctagataccccgaaaccagacgagctacccatgagcagtttaaaagaaccaactcatctatgtggcaaaatagtgagaagacttgtaggtagaggtgaaaagcctaacgagcctggtgatagctggttgtccgagaaagaattttagttcaaccttaaaaataccccaaaaaccctaaattccaatgtatttttaagagatagtctaaaaaggtacagctttttagaaacggatacaaccttgactagagagtaaaatcttaatactaccatagtaggcctaaaagcagccatcaattgagaaagcgttaaagctcaacaaattcaccaacataatcccaaaaactaataacaaactcctagcccaataccggactaatctattgaaacatagaagcaataatgttaatatgagtaacaagaagcctttctcctcgcacacgcttacatcagtaactaataatatactgataattaacaaccaataaaccaaaacaacactaaaacgtttattaattacattgttaacccaacacaggagtgcaccaaggaaagattaaaagaagtaaaaggaactcggcaaacacaaaccccgcctgtttaccaaaaacatcacctctagcattactagtattagaggcaatgcctgcccagtgacaccagtttaacggccgcggtattctgaccgtgcaaaggtagcataatcacttgttctccaaataaggacttgtatgaatggccacacgagggttttactgtctcttacttccaatcagtgaaattaaccttcccgtgaagaggcgggaataaaaaaataagacgagaagaccctatggagctttaattaactattccaaaagttaaacaactcaaccacaaagggataaaacataacttaacatggactagcaatttcggttggggtgacctcggagtacaaaaaaccctccgagtgattttaatctagacaaaccagtcaaaataaccataacatcacttattgatccaaaattttgatcaacggaacaagttaccctagggataacagcgcaatcctgttctagagttcctatcgacaatagggtttacgacctcgatgttggatcaggacacccaaatggtgcaaccgctattaaaggttcgtttgttcaacgattaaagtcctacgtgatctgagttcagaccggagcaatccaggtcggtttctatctattataaatttctcccagtacgaaaggacaagagaaatgggaccaacctcacaaacgcgtctcagagataattaatgatttaatcttaacctaattaactcataataaatccagccctagaacagggcacattagggtggcagagaccggtaattgcgtaaaacttaaacctttattaccagaggttcaactcctctccctaataacatgttcataattaatattctaagcctaattattcctatcctactggccgtagcattcctcaccctagtagaacgaaaagtgctaggttatatgcaactacgaaaaggacccaacgttgtaggcccctacggcctactccaacccatcgccgatgccctaaaactattcaccaaagaacccctacgaccagccacatcctcaatctccatgttcattattgcaccaatcctagccttatccctagcactaacaatatgagttccactaccaataccctaccctctaatcaacataaatctaggagtactattcatgctagccatgtcaagcctagcagtctactctatcctatgatcaggatgagcatccaactcaaaatacgcactcatcggggccctacgagcagtagcccaaacaatctcatatgaagtaacactagcaatcatcctactatcagtactcctaataaatggatcatatactctatcaaccctaatcacaacacaagagcacatttgaataatctttacatcctgacccctagccataatatgatttatctcaaccctagcagaaaccaaccgagccccgttcgaccttacagaaggagagtcagaacttgtatcaggctttaacgtagaatatgcagccggacctttcgccatattcttcatagcagaatatgccaacatcatcataataaatgcatttacagcaattctcttcctaggagcatcccacgacccacacacaccagaactatatacaatcaacttcgtactaaaaacactcgcattaacaatcaccttcctatgaatccgagcatcatacccacgattccgatacgaccaactaatacatttactatgaaaaagcttcctgcccctaacactagctctatgtatatgacacatctcactccctattataacagcaagcattcccccacaatcatagaaatatgtctgataaaagagttactttgatagagtaaaaaatagaggttcaaaccctcttatttctagaacaataggactcgaacctaaacctgagaattcaaaattctccgtgctaccaaaatacaccacattctacagtaaggtcagctaagctaagctatcgggcccataccccgaaaatgttggttcatacccttcccatactaattaatcccattatctacactacccttatcataacagtaatgtccggaaccatactagtaataatcagctcacactgactactcatctgaatcggattcgaaataaacctattagcaataatcccagtattaataaaaaattttaacccacgagccacagaagcagccacaaaatatttcctaacacaagccacagcctccataatactaataatagccatcatcatcaacctcctatattctggccaatggaccattacaaaaatatttaacccagtagcaataacaataataaccatggccctagccataaaactaggactctcacctttccacttctgagtcccagaagtaacccaaggcatttcactacaagcaggcctactgttactaacatgacaaaaactagccccattatcagtactatgccaaatctcacaatcaatcaacccaaacctaatactaactatagccatattatcaattttaatcggagggtgaggagggctaaatcaaacccaacttcgaaaaatcatagcatactcatcaatcgcacacataggatgaatgacagcagtattaccatacaacacaaccataacaatcttaaacctactaatttacatcacaataacactagcaatattcatactattaatccacagctcagcaaccacaactttatccctatcccatacatgaaacaaaatacccgtcatcacaagcctaataatagtaaccctactctcaataggaggcctgcctccactatcaggatttatgccaaaatgaataattattcaagaaataacaaaaaatgaaagcatcatcatgccaacactcatagcaataacagcactgctaaacctctatttctacatacgactagcctactcctcctcactgactatgttcccatccaccaacaacataaaaataaaatgacaattcgaacacacaaaacaaataaaattacttcccacaataattgtattatcaacactagtcctacctataacaccagccctctcgtccctaaactaggaatttaggttaacacagaccaagagccttcaaagctctaagtaagtacaaagtacttaactcctgaaaacctaaggactgcaggacttatcctacatcaattgaatgcaaatcaaacactttaattaagctaaatcctcactagattggtgggattacatacccacgaaacttttagttaacagctaaacaccctaatcaactggcttcaatctacttctcccgccgcaggaaaaaaaaggcgggagaagtcccggcagaattgaagctgcttctttgaatttgcaattcaacatgatattcaccacggaactggcaaaaagagggcttaacctctgtctttagatttacagtctaatgcttactcagccattttacctatgttcgtaaatcgttgactatactcaacaaaccacaaagacatcggcaccctgtacctactatttggtgcctgagcaggaatagtgggcactgccttgagcctactaattcgcgctgaactaggtcagcccggaaccctacttggcgatgatcaaatctataatgtaattgttacagctcatgcctttgtaataatcttctttatagtaatacccattatgattgggggttttggtaactgactcgtaccgctaataatcggagctcccgatatggcctttccacgtataaacaacataagtttctgactacttccaccatccttcctattacttctggcatcctcaatagtagaagccggagcgggtactggatgaactgtatacccacctttagctggaaacttagcccatgcaggggcttcagttgatttaacaattttctccctacaccttgcaggtgtatcatcaatcctaggggctattaatttcattaccacaattattaacataaaaccccccgcaatgtctcaataccaaacacccctgtttgtctgatcagtactaatcacagccgtactacttctactatccctgccagttctagcagctggcattactatactactgacagaccgcaacctaaacacaaccttttttgatccagcaggtggtggagaccctatcctttatcaacacttgttctgatttttcggacacccagaagtatacattctcatcttaccaggattcggaataatctcccacattgtaacctactattcaggtaaaaaagaaccatttggatatataggcatagtatgagccataatgtccattggattcttaggttttattgtatgggctcaccacatattcaccgtaggaatagacgtagatacccgagcatactttacatctgctacaataatcattgctattcccactggagtaaaagtatttagttgattagctaccctgcacggcggcaatattaaatgatcacccgcaatactatgagctctgggcttcatcttcctattcaccgtaggaggtctaacgggcattgtactagctaattcctccctagacattgtattacatgatacatattatgtagtcgcacacttccactatgtcttatctataggagcagtgttcgccattatagggggctttgttcactgattccccctattctccgggtacacactcaaccaagcatgagcaaaaattcactttgtaatcatattcgtaggagtaaatataacattctttccacaacactttctaggactatccggaatacctcgacgatactccgattatcctgacgcatacacagcatgaaatactatttcctcaataggctcattcatctcactaacagcagtgatattaataatcttcattatctgagaagcattcgcatcaaaacgagaagtatctgcagtagaactgacaagcacaaacctagaatgactacacggatgtcctcctccctatcacacatttgaagaaccaacatatatcaacctaaaataagcataagaaaggaaggaatcgaaccctctcccactggtttcaagccaacgtcataaccactatgtctttctcgataatcgaggtattagtaaaatattacataactttgtcgaagttatattataggtgaaagccctatatgcctctatggcttaccctttccaactaggcttccaagacgccacttcacccatcatagaagaactcctacactttcacgatcacaccttaataatcgtattcttaatcagctctttagtgttatatatcatttcactcatactaacaacaaaactgacacacactagcacaatggatgcccaagaagtagaaacaatttgaacaatcctacccgctattattctaattcttattgcccttccatcattacgaatcctttatataatagacgaaattaataacccagccttaaccgtaaaaaccataggacatcaatgatactgaagctacgagtatacagactatgaagacctcacctttgactcatatataatccccacatcagatcttaaacctggagaaatacgactactagaagtagacaatcgagttgttctaccaatagaaataacaatccgaatattagtatcctctgaagacgtactgcactcatgagccgtcccatccctcggtttaaaaacagatgctatcccaggacgactaaaccaaacaactctaatatccacacgacctggcctttattacggacagtgctcagaaatctgtggatcaaaccacagcttcatgcccattgtacttgaacttgtcccattaaagtacttcgaaaaatggtcaacatcaatattaacaggttcattgagaagctagtcagcactaaccttttaagttagagatcgggagcctaaatctcccctcaatggtatgccacaactagatacatccacatgattcattacaattacatcaataattataacattatttattttattccaactaaaaatctcaaactactcatacccagcaagcccaaaatcaattgaactcaaaactcaaaaacatagcaccccttgagaaataaaatgaacgaaaatctatttgcctcttttattgcccccacgataataggactacctattgtcaccttaattattatattcccaagcttactattcccaacacccaaacgactcattaataaccgcacaatctcgatccaacaatgattaatccaactaacatccaaacaaataatagctattcacaaccaaaaaggccaaacctgatcactaatacttatatctctaattatattcatcggctcaacaaacatcctaggcctactaccacactcattcacacccaccacacaactatcaataaacctgggtatagcaatccccctatgatcagcaaccgtattcacaggattccgctataaaaccaaaacatcactagcccactttctaccacaaggaacacccgccctattaattcctatgctcgtaattattgaaactattagcctatttattcaaccagtagccctagccgtacgactgacagccaacattacagcagggcacctattaattcatctaattggaggggccacattagcactactcaacatcaacactataacagcttttatcacatttactatcctcattctattaactattcttgaatttgcagtagctctgatccaagcttatgtgtttacactgctagtaagcttatacctacacgacaatacataatgacccaccaaacacatgcataccacatagtaaacccaagcccatgaccacttaccggagccctatcagcccttttaataacatcaggcctaactatatgattccactttaactctatactcttactatctctaggactattaaccaatactttgacaatataccaatggtgacgagacattattcgagagagcactttccaaggccaccacacatcagttgtccaaaaaggcttacgatacggtataattttatttattatttccgaggttctgttcttcactggattcttttgagctttctaccactcaagcctagcaccaacacccgaattaggaggttgctgaccaccaacaggaattcacccactaaaccccctagaagtacccctactaaacacctcaatcctcctcgcctcaggagtatccattacctgagcccatcacagcctaatagaaggggaccgaaaacacataatccaagcactatccatcaccattgcactaggcgtatacttcaccctcctccaagcctcagaatattacgaagcaccattcacaatctccgacggagtgtatggatccactttctttgtggctacagggtttcacgggttgcacgtaatcatcggatctaccttcctagcagtatgcttactacgacaactaaaattccacttcacatccaaccaccacttcggctttgaagccgcagcctgatactgacacttcgtagatgtagtttgactattcctttacgtatcaatctattgatgaggatcctactcttttagtattaagtagtacaattgacttccaatcaatcagtttcggtaaactccgaaaaagagtaataaatattatactaacactactcacaaacgtaaccctagcctccctactcgtactaatcgcattctgactaccccaactaaacgcatattcagaaaaaacaagcccatatgaatgtggatttgaccccataggatcagcacgcctcccattctcaataaaatttttcctagtagccattacatttctcctttttgatctagaaatcgcccttctccttcccctaccatgagcatcccaaacaaacaatctaaaaacaatacttacaatagcactattccttcttatcctactagcagcaagcctagcatacgaatgaacccaaaaaggcctagaatgagcagaatatgataattagtttaaaacaaaacaaatgatttcgactcattagactatgatttacttcataattatcaagtgccattagtatatataaacatcattatagcattcgcgatcgcccttgcagggttacttatatatcgatctcacttaatatcttcactactatgcctagaaggaatgatactatcactattcatcatatcgactctaattatcctaaacacacacttcaccctagctaacataatacccattattttactagtgtttgcagcctgcgaagctgcactaggcctgtcactactagtaatagtatccaacacatacggtaccgattacgtccaaaacttaaaccttttacaatgctaaaaattattatcccaacaacaatactactacccataacatgaatatctaaacacaacataatctgaatcaatgcaacagtacatagtctcctcattagcctgatcagtctatccctactaaaccaactaggcgaaaacagccttaatttttccttaacattcttctccgactcactatcagcacccctactagttctaaccacatgactcctcccccttatactaatagctagccaatctcacctatcaaaagaaaccacaacccgaaaaaaactatatattaccatactaatcctactacaactattcctaattataaccttcaccgccaccgaactaatcctattctatatcctattcgaagcaacactagtacccacactaattatcatcacacgctgaggaaaccaaacagaacgactcaatgcaggactttatttcctattctacaccctagcaggatccctaccactgctagtagcactagtttatatccaaaataccacaggctcactaaacttcttaattatccattactgatcccacccattatccaactcttgatcaaacatttttatatgattagcatgcatcatagccttcatagtaaaaatacctctgtacggactccatctttgactgccaaaagcccatgtagaagcccccattgcaggttcaatagtacttgcagccgtactgctaaaactcggaggctatggcataatgcgaatcactactattctaaacccactaacaaactacatagcctatccattcctcatgctttccatatgaggcataatcataaccagctctatctgcttacgtcaaaccgacctaaaatccttaatcgcctattcatcagtaagtcatatagcacttgtaatcgtagcaatcataattcaaaccccctgaagcttcataggggccacagctctcataattgcccacggactaacatcctccatactattctgcctagccaacactaactatgaacgagtacacagccgaaccataatcctggcccgaggactgcaaacactcctaccactcatagcaacatgatgactagtagcaagcctcacaaacctagccctacccccatccatcaatctaatcggagaattatttatcatcacagcatcattttcatgatccaacatcacaattattctcataggaataaacataataattacagccctctactctctctacatactaattactacacaacgaggaaaatacacccaccacattaacaacatcaaaccctcattcacacgagaaaacgccctcatagccctacatattctaccactactactactgaccttaaaccctaaaataatcctaggacccctttactgtagatatagtttaataaaaaccctagattgtgaatctagtaatagaaaattaaatattcttatctaccgaaaaagtttgcaagaactgctaactcatgcttccacacttaaaaatgtggctttttcaacttttaaaggataacagctatccgttggtcttaggaaccaaaaaattggtgcaactccaaataaaagtaataaacccattcgcctcactcacattaaccacactaactattctaaccatcccaattataatatccaactcaaacatctacaaaactaacctttaccctaactacgtaaaaaccaccgtatcctacgccttcactctcagcctagtccccttactaatatttatacacacaggccaagaaataatcatttcaaactgacattgaataaccctacagaccgtagaactctctcttagctttaaaatagactatttctcagtaatattcattcccgtagcactattcgtcacatggtcaattatagaattctccatatgatacatacactcagaccccttcatcaaccgattctttaaatacctactactattcttaatcactataataatcctcgtaaccgccaacaacctcttccaactatttatcggatgagaaggcgtaggaatcatatcattcctgctaattggatgatgacacggacgaacagacgccaacacagctgcactacaagcaatcctatacaaccgcatcggagacattggatttgtcctatccatagcatgattcctaacccactcaaacgcatgagatcttcaacaaatctttatactaaacaatgaatgcccaaacataccattaatcggcctactcctagctgcagcaggaaaatcagctcaattcggactacatccctgattgccctcagcaatagaaggcccaactcccgtatcagcattactacactccagtacaatagtagtagcaggggtatttctactcatccgcttctaccccttaatagaaactaacaaactagttcaaactataacactatgcctaggagctatcaccaccttatttacagcactatgtgcaatcacacaaaatgatatcaaaaaaatcgtagccttctcaacttcaagccaactaggcttgataatagtgacaatcggcatcaaccaaccccacctagcatttcttcacatctgcatgcacgctttcttcaaagcaatactattcatatgctccggatccattatccacagcctcaatgacgaacaagacatccgaaaaataggcggactgtataaagcaataccattcacaacaacagcactaattattggaagcctggcattaacaggaatgccttatctcacaggattctactcaaaagaccttatcattgaagcagtaaatatatcctacacaaacgcctgagccctactaataacattaattgccacatccctaaccgctgcctacagcactcgaattatcttctttgcattcctagggaaaccacgtttcccacccctagtcctaattaatgaaaataaccccctattaattaactctattaaacgccttttaatcggaagcattttcgctggctttatcatctccaacaacatcccaccaataacagtaccaaacacaacaatacccctttacataaaaataacagccctaatcgtaactatcataggattcatactagccctagagctaaacaacacaacctactacctgaaatttaaatacccctcacaaacatacaaattttccaacatactaggatattatccctccatcatacaccgcctaccaacataccacaacctatctataagccaaaaatccgcatcatcattactagacttaatttgactagaaactattctaccaaaaacaacctctttcatccaaataaaaatatcaatcatagtatcaaatcaaaaaggcctaatcaaactatactttctctccttcctaatcactattataatcagcataacactatttaattaccacgagtaatctctataataacaacaactccaataagcaatgatcaaccagtaacaataactaatcaagtaccataactatataaagcagcaatccccatagcttcctcactaaaaaaccccgaatcacccgtatcataaattactcaatccccaagcccattaaacttaaagataatttctacttcctcttccttcaacgcataataaaccatacaaaactccattattaaaccagaaacaaatgctccaaaaacagtcttattagaaactcaaacctcaggatacatctcagtagccatagcagtagtataaccaaaaaccaccaacataccccccaaataaatcaaaaacaccattaaacctaaaaaagacccaccaaaattcaatacaataccacaaccaactccaccacttacaatcaacccaagtccaccataaataggagagggcttagaagaaaaaccaacaaacccaataacaaaaatagtacttaaaataaatgcaatatacattgtcattattctcacatggaatttaaccacgaccaatgacatgaaaaatcatcgttgtacttcaactacaagaaccttaatgaccaacatccgaaaatcacacccactaataaaaattatcaacaacgcattcattgacctcccagccccctcaaacatctcatcatgatgaaacttcggttccctcttaggcatctgcctaatcttgcaaatcctaacaggcctgttcttagcaatacattacacatcagacacaacaacagctttctcatcagttacacacatttgtcgagacgtaaattacggatgagttattcgctatctacatgcaaacggagcatccatattctttatttgcctattcatccacgtaggccgaggtctatactacggatcctatatattcctagaaacatgaaacattggagtagtcctactatttaccgttatagcaacagccttcataggctacgtcctgccctgaggacaaatatcattctgaggagctacggtcatcacaaatctactatcagctatcccttatatcggaacagacctcgtagaatgaatctgagggggcttttccgtcgacaaagcaaccctcacacgattcttcgccttccactttatcctgccattcatcattaccgccctcgcagccgtacatctcctattcctgcacgaaaccggatccaacaaccctaccggaatctcatcagacatagacaaaattccatttcacccatactacactattaaagacattctaggagccttatttataatactaatcctactaatccttgtactattctcaccagacctactaggagacccagacaactacaccccagcaaacccactaaacaccccaccccatattaaaccagaatgatatttcttattcgcctacgct