doc/README_visualization.txt

   1 For Jan's fire visualization via .txt files see wrf/other/Matlab/vis
   2 For Jan's fire visualization via wrfrst* files see wrf/other/Matlab/netcdf
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   5
   6 WRF visualization guide
   7 Jonathan Beezley
   8 06-09-2007
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  11 1. WRF I/O
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  13 The io format used by WRF is netcdf.  The netcdf library is installed
  14 at $NETCDF/lib  (NETCDF is defined by wrf/env.csh and wrf/env.sh).
  15 When you wish to run WRF, the following files must be present:
  16   wrfbdy_dxx
  17   wrfinput_dxx
  18 They specify the initial and boundary conditions for the run for each
  19 domain, dxx.
  20
  21 WRF produces output files of the form:
  22   wrfout_dxx_yyyy-mm-dd_HH:MM:SS
  23   wrfrst_dxx_yyyy-mm-dd_HH:MM:SS
  24 where xx is the domain number, and the rest is the date/time of the output
  25 in the simulation time.  You can control when WRF will output these files
  26 by editing namelist.input in the run directory, for example
  27   history_interval = 10,60,60,
  28   restart_interval = 180,
  29 will output a history file every 10 minutes for domain 1 and every 60 minutes
  30 for domains 2 and 3.  WRF will stop running after 3 hours (in simulation time)
  31 and output a restart file, which you can use to restart the run where it left
  32 off.  Necessarily, the restart file will contain more variables because it
  33 requires all (non-derivable) run time variables.  What gets put into these
  34 files is configureable by the Registry, but this is outside the scope of this
  35 document.
  36
  37 2. NETCDF files
  38
  39 NETCDF creates compressed, binary data files which must be interpreted through
  40 functions in libnetcdf.a.  The source is distributed with a simple command line
  41 program called ncdump, which allows you to quickly get information about the
  42 contents of the data files.  The standard ncdump executable is located at
  43   $NETCDF/bin/ncdump
  44 Execute the binary with no arguments to get usage information.  Two useful flags
  45 are:
  46   -h : outputs header information only (variable descriptions, sizes, etc)
  47   -v var : outputs only the variable named var
  48 NOTE: Executing with a flag, but no file (like ncdump -h) name will cause a segfault.
  49       This is how the standard release is, don't blame me.
  50
  51 In addition to the standard ncdump, I have written a modified version that accepts
  52 an additional flag (-w).  The modified version of the source is in
  53   wrf/other/netcdf_write_matrix
  54 You can compile it on your own using the instructions in
  55   wrf/other/netcdf_write_matrix/README_WRITE_MATRIX
  56 or you can just use ~jbeezley/bin/ncdump
  57 The purpose of this version is to output files formatted as write_matrix from
  58 libutil1_jan.a so that our matlab scripts will read them.  You should be able to use
  59 any other flag given by the usage statement in addition to -w.
  60 EXAMPLE:
  61   ncdump -w file : output all variables in file to separate files VAR.txt, where
  62                    VAR is the variable name.
  63   ncdump -v VAR -w file : output only VAR.txt
  64
  65 LIMITATION:
  66   ncdump will not output any variables with metadata indicated that it is > 3 diminnsional.
  67
  68 3. NCARG and NCL
  69
  70 I have had limited luck using these for several reasons, mostly because NCL
  71 is closed source and the scripts are poorly written (pgf77 hard coded, etc.)
  72 I'll update here if I figure out some repeatable instructions, until then
  73 GOOD LUCK.
  74
  75 4.  MEXCDF
  76
  77 Matlab scripts for visualization and importation of netCDF data.  These
  78 scripts seem to be very useful, but they don't work with Matlab versions >6.
  79 Perhaps there is a simple fix somewhere, but I haven't been able to get it to
  80 work.
  81
  82 5.  OTHERS
  83
  84 ??