standalone/matlab/model_test.m

   1 function model_test\r
   2 %a=load('model_test_out.txt');\r
   3 f=fopen('model_test_out.txt','r');\r
   4 if f<0, error('cannot open input file'), end\r
   5 dx=next_mat(f);\r
   6 dy=next_mat(f);\r
   7 eof=0;\r
   8 i=0;\r
   9 t=next_mat(f);\r
  10 while ~isempty(t),\r
  11     i=i+1;\r
  12     lfn=next_mat(f);\r
  13     if(i>1),\r
  14         fprintf('step %i time %g ',i,t),\r
  15         fprintf('lfn change %g\n',...\r
  16             max(max(abs(lfn-lfn_last))));\r
  17     end\r
  18     lfn_last=lfn;\r
  19     tign=next_mat(f);\r
  20     tign(lfn>0)=NaN;\r
  21     vx=next_mat(f);\r
  22     vy=next_mat(f);\r
  23     flux=next_mat(f);\r
  24     vis(lfn,flux,vx,vy,dx,dy,t)\r
  25     drawnow\r
  26     pause(0.3)\r
  27     t=next_mat(f);\r
  28 end\r
  29 fclose(f);\r
  30     \r
  31 end\r
  32 \r
  33 function vis(u,f,vx,vy,dx,dy,tNow)\r
  34 % u = level function\r
  35 % f = reaction intensity or flux\r
  36 clf\r
  37 [m,n]=size(u);\r
  38 x=[0:m-1]*dx;\r
  39 y=[0:n-1]*dy;\r
  40 hold off\r
  41 vis_type= '2d';\r
  42 drawn=false;\r
  43 switch vis_type\r
  44     case '3d'\r
  45     h=surf(y,x,u);\r
  46     set(h,'edgecolor','none')\r
  47     alpha(0.3)\r
  48     hold on\r
  49     contour3(y,x,u,[0 0],'k')\r
  50     drawn=true;\r
  51     case '2d'\r
  52     xh=[1/2:m-1/2]*dx;\r
  53     yh=[1/2:n-1/2]*dy;\r
  54     h=pcolor(xh,yh,f');\r
  55     % shading('interp')\r
  56     set(h,'edgecolor','none')\r
  57     colorbar\r
  58     hold on\r
  59     contour(y,x,u',[0 0],'k')\r
  60     s=20;\r
  61     ix=1:ceil(m/s):m;\r
  62     iy=1:ceil(n/s):n;\r
  63     [xx,yy]=ndgrid(x,y);\r
  64     quiver(xx(ix,iy),yy(ix,iy),vx(ix,iy),vy(ix,iy))\r
  65     axis image\r
  66     drawn=true;\r
  67     otherwise\r
  68         disp('no visualization selected, set vis=type to 2d or 3d')\r
  69 end\r
  70 hold off\r
  71 if drawn,\r
  72     title(sprintf('t=%g',tNow));\r
  73 end\r
  74 end\r