runtime/syntax/acedb.vim

   1 " Vim syntax file
   2 " Language:     AceDB model files
   3 " Maintainer:   Stewart Morris (Stewart.Morris@ed.ac.uk)
   4 " Last change:  Thu Apr 26 10:38:01 BST 2001
   5 " URL:          http://www.ed.ac.uk/~swmorris/vim/acedb.vim
   6
   7 " Syntax file to handle all $ACEDB/wspec/*.wrm files, primarily models.wrm
   8 " AceDB software is available from http://www.acedb.org
   9
  10 " For version 5.x: Clear all syntax items
  11 " For version 6.x: Quit when a syntax file was already loaded
  12 if version < 600
  13   syntax clear
  14 elseif exists("b:current_syntax")
  15   finish
  16 endif
  17
  18 syn keyword     acedbXref       XREF
  19 syn keyword     acedbModifier   UNIQUE REPEAT
  20
  21 syn case ignore
  22 syn keyword     acedbModifier   Constraints
  23 syn keyword     acedbType       DateType Int Text Float
  24
  25 " Magic tags from: http://genome.cornell.edu/acedocs/magic/summary.html
  26 syn keyword     acedbMagic      pick_me_to_call No_cache Non_graphic Title
  27 syn keyword     acedbMagic      Flipped Centre Extent View Default_view
  28 syn keyword     acedbMagic      From_map Minimal_view Main_Marker Map Includes
  29 syn keyword     acedbMagic      Mapping_data More_data Position Ends Left Right
  30 syn keyword     acedbMagic      Multi_Position Multi_Ends With Error Relative
  31 syn keyword     acedbMagic      Min Anchor Gmap Grid_map Grid Submenus Cambridge
  32 syn keyword     acedbMagic      No_buttons Columns Colour Surround_colour Tag
  33 syn keyword     acedbMagic      Scale_unit Cursor Cursor_on Cursor_unit
  34 syn keyword     acedbMagic      Locator Magnification Projection_lines_on
  35 syn keyword     acedbMagic      Marker_points Marker_intervals Contigs
  36 syn keyword     acedbMagic      Physical_genes Two_point Multi_point Likelihood
  37 syn keyword     acedbMagic      Point_query Point_yellow Point_width
  38 syn keyword     acedbMagic      Point_pne Point_pe Point_nne Point_ne
  39 syn keyword     acedbMagic      Derived_tags DT_query DT_width DT_no_duplicates
  40 syn keyword     acedbMagic      RH_data RH_query RH_spacing RH_show_all
  41 syn keyword     acedbMagic      Names_on Width Symbol Colours Pne Pe Nne pMap
  42 syn keyword     acedbMagic      Sequence Gridded FingerPrint In_Situ Cosmid_grid
  43 syn keyword     acedbMagic      Layout Lines_at Space_at No_stagger A1_labelling
  44 syn keyword     acedbMagic      DNA Structure From Source Source_Exons
  45 syn keyword     acedbMagic      Coding CDS Transcript Assembly_tags Allele
  46 syn keyword     acedbMagic      Display Colour Frame_sensitive Strand_sensitive
  47 syn keyword     acedbMagic      Score_bounds Percent Bumpable Width Symbol
  48 syn keyword     acedbMagic      Blixem_N Address E_mail Paper Reference Title
  49 syn keyword     acedbMagic      Point_1 Point_2 Calculation Full One_recombinant
  50 syn keyword     acedbMagic      Tested Selected_trans Backcross Back_one
  51 syn keyword     acedbMagic      Dom_semi Dom_let Direct Complex_mixed Calc
  52 syn keyword     acedbMagic      Calc_upper_conf Item_1 Item_2 Results A_non_B
  53 syn keyword     acedbMagic      Score Score_by_offset Score_by_width
  54 syn keyword     acedbMagic      Right_priority Blastn Blixem Blixem_X
  55 syn keyword     acedbMagic      Journal Year Volume Page Author
  56 syn keyword     acedbMagic      Selected One_all Recs_all One_let
  57 syn keyword     acedbMagic      Sex_full Sex_one Sex_cis Dom_one Dom_selected
  58 syn keyword     acedbMagic      Calc_distance Calc_lower_conf Canon_for_cosmid
  59 syn keyword     acedbMagic      Reversed_physical Points Positive Negative
  60 syn keyword     acedbMagic      Point_error_scale Point_segregate_ordered
  61 syn keyword     acedbMagic      Point_symbol Interval_JTM Interval_RD
  62 syn keyword     acedbMagic      EMBL_feature Homol Feature
  63 syn keyword     acedbMagic      DT_tag Spacer Spacer_colour Spacer_width
  64 syn keyword     acedbMagic      RH_positive RH_negative RH_contradictory Query
  65 syn keyword     acedbMagic      Clone Y_remark PCR_remark Hybridizes_to
  66 syn keyword     acedbMagic      Row Virtual_row Mixed In_pool Subpool B_non_A
  67 syn keyword     acedbMagic      Interval_SRK Point_show_marginal Subsequence
  68 syn keyword     acedbMagic      Visible Properties Transposon
  69
  70 syn match       acedbClass      "^?\w\+\|^#\w\+"
  71 syn match       acedbComment    "//.*"
  72 syn region      acedbComment    start="/\*" end="\*/"
  73 syn match       acedbComment    "^#\W.*"
  74 syn match       acedbHelp       "^\*\*\w\+$"
  75 syn match       acedbTag        "[^^]?\w\+\|[^^]#\w\+"
  76 syn match       acedbBlock      "//#.\+#$"
  77 syn match       acedbOption     "^_[DVH]\S\+"
  78 syn match       acedbFlag       "\s\+-\h\+"
  79 syn match       acedbSubclass   "^Class"
  80 syn match       acedbSubtag     "^Visible\|^Is_a_subclass_of\|^Filter\|^Hidden"
  81 syn match       acedbNumber     "\<\d\+\>"
  82 syn match       acedbNumber     "\<\d\+\.\d\+\>"
  83 syn match       acedbHyb        "\<Positive_\w\+\>\|\<Negative\w\+\>"
  84 syn region      acedbString     start=/"/ end=/"/ skip=/\\"/ oneline
  85
  86 " Rest of syntax highlighting rules start here
  87
  88 " Define the default highlighting.
  89 " For version 5.7 and earlier: only when not done already
  90 " For version 5.8 and later: only when an item doesn't have highlighting yet
  91 if version >= 508 || !exists("did_acedb_syn_inits")
  92   if version < 508
  93     let did_acedb_syn_inits = 1
  94     command -nargs=+ HiLink hi link <args>
  95   else
  96     command -nargs=+ HiLink hi def link <args>
  97   endif
  98
  99   HiLink acedbMagic     Special
 100   HiLink acedbHyb       Special
 101   HiLink acedbType      Type
 102   HiLink acedbOption    Type
 103   HiLink acedbSubclass  Type
 104   HiLink acedbSubtag    Include
 105   HiLink acedbFlag      Include
 106   HiLink acedbTag       Include
 107   HiLink acedbClass     Todo
 108   HiLink acedbHelp      Todo
 109   HiLink acedbXref      Identifier
 110   HiLink acedbModifier  Label
 111   HiLink acedbComment   Comment
 112   HiLink acedbBlock     ModeMsg
 113   HiLink acedbNumber    Number
 114   HiLink acedbString    String
 115
 116   delcommand HiLink
 117 endif
 118
 119 let b:current_syntax = "acedb"
 120
 121 " The structure of the model.wrm file is sensitive to mixed tab and space
 122 " indentation and assumes tabs are 8 so...
 123 se ts=8