Build.PL

   1 use strict;
   2 use Module::Build;
   3
   4 my $build = Module::Build->new(
   5     dist_name          => 'Phenome',
   6     dist_author        => 'Sol Genomics Network',
   7     dist_abstract      => 'scripts and libraries for managing the SGN Phenome database',
   8     license            => 'perl',
   9     create_makefile_pl => 'passthrough',
  10
  11     # current version of our core libraries distribution
  12     dist_version => '0.1',
  13
  14     recursive_test_files => 1,
  15
  16     # and now the list of perl module dependencies
  17     requires => {
  18         perl => '5.10.0',
  19
  20         'Bio::Chado::Schema'         => '0.065',
  21         'Bio::GMOD::GenericGenePage' => '0.12',
  22
  23 #       'CXGN::Chado::Cvterm' => 0,
  24 #       'CXGN::Chado::Dbxref' => 0,
  25 #       'CXGN::Chado::Dbxref::DbxrefI' => 0,
  26 #       'CXGN::Chado::Dbxref::EvidenceI' => 0,
  27 #       'CXGN::Chado::Organism' => 0,
  28 #       'CXGN::Chado::Phenotype' => 0,
  29 #       'CXGN::Chado::Publication' => 0,
  30 #       'CXGN::Contact' => 0,
  31 #       'CXGN::Cview::MapFactory' => 0,
  32 #       'CXGN::DB::Connection' => 0,
  33 #       'CXGN::DB::ModifiableI' => 0,
  34 #       'CXGN::DB::Object' => 0,
  35 #       'CXGN::Image' => 0,
  36 #       'CXGN::Marker' => 0,
  37 #       'CXGN::People::Person' => 0,
  38 #       'CXGN::Search::BasicResult' => 0,
  39 #       'CXGN::Search::DBI::Simple' => 0,
  40 #       'CXGN::Search::DBI::Simple::WWWQuery' => 0,
  41 #       'CXGN::Search::WWWSearch' => 0,
  42 #       'CXGN::Tools::Class' => 0,
  43 #       'CXGN::Tools::Organism' => 0,
  44 #       'CXGN::Tools::Tsearch' => 0,
  45 #       'CXGN::Transcript::Unigene' => 0,
  46
  47         'Cache::File' => 0,
  48         'DBIx::Class' => 0,
  49         'DBIx::Class::Schema' => 0,
  50         'JSON' => 0,
  51         'List::Compare' => 0,
  52     },
  53
  54     build_requires => {
  55         'Test::More' => 0,
  56         'Test::Exception' => 0,
  57     },
  58 );
  59 $build->create_build_script;
  60
  61 ## print the db_patches that this module needs to run to work
  62
  63 my $db_patches = {
  64     '1. mx-run AddStockLinks -H [host] -D [dbname] -u [sgn username]'  => 1,
  65     '2. LoadChadoContact' => 1,
  66     '3. LoadChadoProject' =>1,
  67     '4. LoadChadoGenotype' =>1 ,
  68     '5. LoadChadoStock' => 1,
  69     '6. LoadChadoND' => 1,
  70     '7. GrantStockPermissions' => 1,
  71     '8. CopyAccessionToStock' => 1,
  72     '9. LoadPhenomeInStock' => 1,
  73 };
  74
  75 ## For now it will print the dbpatches that this Build.PL requires
  76
  77 if (%{$db_patches}) {
  78     print "\nDB: db_patches required:\n";
  79     for my $dbpatch (sort  keys %{$db_patches}) {
  80         print "\t+ $dbpatch\n";
  81     }
  82 }