t/compilers/pge/pge_examples.t

   1 #! perl
   2 # Copyright (C) 2001-2006, The Perl Foundation.
   3 # $Id$
   4
   5 use strict;
   6 use warnings;
   7 use lib qw( t . lib ../lib ../../lib );
   8
   9 use Test::More;
  10 use Parrot::Test tests => 2;
  11 use Parrot::Test::PGE;
  12
  13 =head1 NAME
  14
  15 t/library/pge_examples.t - Parrot Grammar Engine tests of examples
  16
  17 =head1 SYNOPSIS
  18
  19     % prove t/compilers/pge/pge_examples.t
  20
  21 =cut
  22
  23 # 1
  24 pir_output_is( <<'CODE', <<'OUT', "This made Parrot m4 fail" );
  25
  26 .sub 'test' :main
  27   load_bytecode "PGE.pbc"
  28
  29   .local pmc p6rule
  30   p6rule = compreg "PGE::Perl6Regex"
  31
  32   .local pmc rulesub_a, rulesub_b
  33   rulesub_a  = p6rule( "a" )
  34   rulesub_b  = p6rule( "^(<[b]>)" )
  35
  36   .local string input_string
  37   input_string    = "_____________________________________________________________________"
  38
  39   rulesub_b( input_string )
  40
  41   print "ok1\n"
  42   # end
  43
  44   rulesub_a( input_string )
  45   print "ok2\n"
  46
  47 .end
  48
  49 CODE
  50 ok1
  51 ok2
  52 OUT
  53
  54 # 2
  55 pir_output_is( <<'CODE', <<'OUT', "parse FASTA" );
  56
  57 # Grok fasta files, which usually contain DNA, RNA or protein sequences.
  58 # http://en.wikipedia.org/wiki/FASTA_format
  59
  60 .sub "example" :main
  61     load_bytecode 'PGE.pbc'
  62     load_bytecode 'PGE/Perl6Grammar.pbc'
  63
  64     .local string fasta_grammar
  65     fasta_grammar = <<'END_FASTA_GRAMMAR'
  66 grammar Bio::Fasta;
  67
  68 regex databank    { <Bio::Fasta::entry>+ }
  69 regex entry       { <Bio::Fasta::desc_line> \n <Bio::Fasta::sequence> }
  70 regex desc_line   { <Bio::Fasta::start_entry> <Bio::Fasta::id> \s+ <Bio::Fasta::desc> }
  71 regex start_entry { \> }
  72 regex id          { (\S+) }
  73 regex desc        { (\N*) }
  74 regex sequence    { (<-[>]>*) }
  75
  76 END_FASTA_GRAMMAR
  77
  78     .local string fasta
  79     fasta = <<'END_FASTA'
  80 >gi|5524211|gb|AAD44166.1| cytochrome b [Elephas maximus maximus]
  81 LCLYTHIGRNIYYGSYLYSETWNTGIMLLLITMATAFMGYVLPWGQMSFWGATVITNLFSAIPYIGTNLV
  82 EWIWGGFSVDKATLNRFFAFHFILPFTMVALAGVHLTFLHETGSNNPLGLTSDSDKIPFHPYYTIKDFLG
  83 LLILILLLLLLALLSPDMLGDPDNHMPADPLNTPLHIKPEWYFLFAYAILRSVPNKLGGVLALFLSIVIL
  84 GLMPFLHTSKHRSMMLRPLSQALFWTLTMDLLTLTWIGSQPVEYPYTIIGQMASILYFSIILAFLPIAGX
  85 IENY
  86 >poly_a teasing the parser with DNA
  87 aaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaa
  88 END_FASTA
  89
  90     .local pmc p6grammar
  91     p6grammar = compreg "PGE::Perl6Grammar"
  92     .local pmc code
  93     ( code ) = p6grammar.'compile'(fasta_grammar, 'target'=>'PIR')
  94     $P0 = compreg 'PIR'
  95     $P1 = $P0(code)
  96     $P1()
  97     # print code
  98
  99     .local pmc fasta_rule
 100     fasta_rule = get_global ['Bio::Fasta'], "databank"
 101     .local pmc match
 102     ( match ) = fasta_rule( fasta )
 103
 104     # TODO: Extract named or positional captures
 105     print match
 106
 107 .end
 108
 109 CODE
 110 >gi|5524211|gb|AAD44166.1| cytochrome b [Elephas maximus maximus]
 111 LCLYTHIGRNIYYGSYLYSETWNTGIMLLLITMATAFMGYVLPWGQMSFWGATVITNLFSAIPYIGTNLV
 112 EWIWGGFSVDKATLNRFFAFHFILPFTMVALAGVHLTFLHETGSNNPLGLTSDSDKIPFHPYYTIKDFLG
 113 LLILILLLLLLALLSPDMLGDPDNHMPADPLNTPLHIKPEWYFLFAYAILRSVPNKLGGVLALFLSIVIL
 114 GLMPFLHTSKHRSMMLRPLSQALFWTLTMDLLTLTWIGSQPVEYPYTIIGQMASILYFSIILAFLPIAGX
 115 IENY
 116 >poly_a teasing the parser with DNA
 117 aaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaa
 118 OUT
 119
 120 # Local Variables:
 121 #   mode: cperl
 122 #   cperl-indent-level: 4
 123 #   fill-column: 100
 124 # End:
 125 # vim: expandtab shiftwidth=4: