examples/shootout/fasta.pir

   1 #!./parrot -R cgp
   2 # Copyright (C) 2005-2009, Parrot Foundation.
   3 # $Id$
   4 #
   5 # fasta.pir N         (N = 2500000 for shootout)
   6 # by Joshua Isom
   7 # modified by karl : fixed bug in default value (N=1000) assignment
   8
   9
  10 # 48.2 sec on AMD@2000/512K cache
  11
  12 .sub makeCumulative
  13         .param pmc genelist
  14         .param int count
  15         .local num cp
  16         .local int i
  17         cp = 0.0
  18         i = 0
  19 beginfor:
  20         unless i < count goto endfor
  21         $N0 = genelist[i;1]
  22         cp += $N0
  23         genelist[i;1] = cp
  24         inc i
  25         goto beginfor
  26 endfor:
  27 .end
  28
  29 .sub selectRandom
  30         .param pmc genelist
  31         .param int count
  32         .local num r
  33         r = gen_random(1.0)
  34         .local int i, lo, hi
  35
  36         $N0 = genelist[0;1]
  37         unless r < $N0 goto endif
  38         $S0 = genelist[0;0]
  39         .return($S0)
  40 endif:
  41         lo = 0
  42         hi = count - 1
  43 beginwhile:
  44         $I0 = lo + 1
  45         unless hi > $I0 goto endwhile
  46         i = hi + lo
  47         i /= 2
  48         $N0 = genelist[i;1]
  49         unless r < $N0 goto else_1
  50         hi = i
  51         goto endif_1
  52 else_1:
  53         lo = i
  54 endif_1:
  55         goto beginwhile
  56 endwhile:
  57         $S0 = genelist[hi;0]
  58         .return($S0)
  59 .end
  60
  61 .const int LINE_LENGTH = 60
  62
  63 .sub makeRandomFasta
  64         .param string id
  65         .param string desc
  66         .param pmc genelist
  67         .param int count
  68         .param int n
  69         .local int todo, i, m
  70         todo = n
  71
  72         print ">"
  73         print id
  74         print " "
  75         print desc
  76         print "\n"
  77
  78         .local string pick
  79 beginfor:
  80         unless todo > 0 goto endfor
  81
  82         unless todo < LINE_LENGTH goto else
  83                 m = todo
  84         goto endif
  85         else:
  86                 m = LINE_LENGTH
  87         endif:
  88
  89         i = 0
  90 beginfor_1:
  91         unless i < m goto endfor_1
  92         $S0 = selectRandom(genelist, count)
  93         pick .= $S0
  94         inc i
  95         goto beginfor_1
  96 endfor_1:
  97         print pick
  98         print "\n"
  99         pick = ''
 100
 101         todo -= LINE_LENGTH
 102         goto beginfor
 103 endfor:
 104 .end
 105
 106 .sub makeRepeatFasta
 107         .param string id
 108         .param string desc
 109         .param string s
 110         .param int n
 111         .local int todo, k, kn, m
 112         todo = n
 113         k = 0
 114         kn = length s
 115
 116         print ">"
 117         print id
 118         print " "
 119         print desc
 120         print "\n"
 121
 122 beginfor:
 123         unless todo > 0 goto endfor
 124
 125         unless todo < LINE_LENGTH goto else
 126                 m = todo
 127         goto endif
 128         else:
 129                 m = LINE_LENGTH
 130         endif:
 131
 132 beginwhile:
 133         $I0 = kn - k
 134         unless m >= $I0 goto endwhile
 135         $S0 = substr s, k
 136         print $S0
 137         $I0 = kn - k
 138         m -= $I0
 139         k = 0
 140         goto beginwhile
 141 endwhile:
 142
 143         $S0 = substr s, k, m
 144         print $S0
 145         print "\n"
 146         k += m
 147
 148         todo -= LINE_LENGTH
 149         goto beginfor
 150 endfor:
 151 .end
 152
 153 .macro InitStruct (iub, i, char, num)
 154         $P0 = new 'FixedPMCArray'
 155         $P0 = 2
 156         .iub[.i] = $P0
 157         .iub[.i;0] = .char
 158         .iub[.i;1] = .num
 159 .endm
 160
 161 .sub main :main
 162         .param pmc argv
 163         .local pmc stdout
 164         .local int n
 165         # stdout is linebuffered per default - make it block buffered
 166         stdout = getstdout
 167         stdout.'buffer_size'(40960)
 168         $I0 = argv
 169         if $I0 > 1 goto argsok
 170         n = 1000
 171         goto argsdone
 172 argsok:
 173         $S0 = argv[1]
 174         n = $S0
 175 argsdone:
 176         .local pmc iub
 177         iub = new 'FixedPMCArray'
 178         iub = 15
 179         .InitStruct(iub, 0, "a", 0.27)
 180         .InitStruct(iub, 1, "c", 0.12)
 181         .InitStruct(iub, 2, "g", 0.12)
 182         .InitStruct(iub, 3, "t", 0.27)
 183
 184         .InitStruct(iub, 4, "B", 0.02)
 185         .InitStruct(iub, 5, "D", 0.02)
 186         .InitStruct(iub, 6, "H", 0.02)
 187         .InitStruct(iub, 7, "K", 0.02)
 188         .InitStruct(iub, 8, "M", 0.02)
 189         .InitStruct(iub, 9, "N", 0.02)
 190         .InitStruct(iub, 10, "R", 0.02)
 191         .InitStruct(iub, 11, "S", 0.02)
 192         .InitStruct(iub, 12, "V", 0.02)
 193         .InitStruct(iub, 13, "W", 0.02)
 194         .InitStruct(iub, 14, "Y", 0.02)
 195
 196         .local pmc homosapiens
 197         homosapiens = new 'FixedPMCArray'
 198         homosapiens = 4
 199         .InitStruct(homosapiens, 0, "a", 0.3029549426680)
 200         .InitStruct(homosapiens, 1, "c", 0.1979883004921)
 201         .InitStruct(homosapiens, 2, "g", 0.1975473066391)
 202         .InitStruct(homosapiens, 3, "t", 0.3015094502008)
 203
 204         .local string alu
 205         alu = "GGCCGGGCGCGGTGGCTCACGCCTGTAATCCCAGCACTTTGGGAGGCCGAGGCGGGCGGATCACCTGAGGTCAGGAGTTCGAGACCAGCCTGGCCAACATGGTGAAACCCCGTCTCTACTAAAAATACAAAAATTAGCCGGGCGTGGTGGCGCGCGCCTGTAATCCCAGCTACTCGGGAGGCTGAGGCAGGAGAATCGCTTGAACCCGGGAGGCGGAGGTTGCAGTGAGCCGAGATCGCGCCACTGCACTCCAGCCTGGGCGACAGAGCGAGACTCCGTCTCAAAAA"
 206
 207         makeCumulative(iub, 15)
 208         makeCumulative(homosapiens, 4)
 209
 210         $I0 = n * 2
 211         makeRepeatFasta("ONE", "Homo sapiens alu", alu, $I0)
 212         $I0 = n * 3
 213         makeRandomFasta ("TWO", "IUB ambiguity codes", iub, 15, $I0)
 214         $I0 = n * 5
 215         makeRandomFasta ("THREE", "Homo sapiens frequency", homosapiens, 4, $I0)
 216 .end
 217
 218 .const num IM = 139968.0
 219 .const num IA = 3877.0
 220 .const num IC = 29573.0
 221
 222 .sub gen_random
 223         .param num max
 224         .local num last
 225         last = 42.0
 226 loop:
 227         $N0 = last
 228         $N0 *= IA
 229         $N0 += IC
 230         $N0 %= IM
 231         $N1 = max
 232         $N1 *= $N0
 233         $N1 /= IM
 234         last = $N0
 235         .yield($N1)
 236         get_params "0", max
 237         goto loop
 238 .end
 239
 240
 241 # Local Variables:
 242 #   mode: pir
 243 #   fill-column: 100
 244 # End:
 245 # vim: expandtab shiftwidth=4 ft=pir: