parset: support for associative arrays in bash, ksh, zsh.
[parallel.git] / NEWS
blobc640cb88a2f6e9a5e8f6be47bfa71cd7f4c2988a
1 20210622
3 New in this release:
5 * Bug fixes and man page updates.
7 News about GNU Parallel:
9 * How to use GNU Parallel
10   https://techtipbits.com/linux/how-to-use-gnu-parallel/
12 * How to Speed Up Bash Scripts with Multithreading and GNU Parallel
13   https://adamtheautomator.com/how-to-speed-up-bash-scripts-with-multithreading-and-gnu-parallel/
15 * Use Parallel to split by line
16   https://madflex.de/use-parallel-to-split-by-line/
18 * Optimizing long batch processes or ETL by using buff/cache properly
19   II (parallelizing network operations)
20   http://www.elsotanillo.net/2021/06/optimizing-long-batch-processes-or-etl-by-using-buff-cache-properly-ii-parallelizing-network-operations/
22 * Parallelization 3: GNU Parallel https://www.youtube.com/watch?v=Rl06WD60afA
25 20210522
27 New in this release:
29 * --plus includes {%%regexp} and {##regexp}.
31 * Bug fixes and man page updates.
33 News about GNU Parallel:
35 * Batch Calculate and Verify MD5 Checksum With GNU Parallel
36   https://omicx.cc/posts/2021-04-28-calculate-and-verify-md5-checksum-with-gnu-parallel/
38 * HerrComp Gnu parallel, c++11 threads 2021 04 28
39   https://www.youtube.com/watch?v=wDd9F9nn0qA
41 * Distributing embarrassingly parallel tasks GNU Parallel
42   https://ulhpc-tutorials.readthedocs.io/en/latest/sequential/gnu-parallel/
44 * Job Parallelization on Niagara
45   https://www.maryamdaryalal.com/post/job-parallelization-on-niagara
47 * Use Parallel to split by line
48   https://madflex.de/use-parallel-to-split-by-line/
50 * m1 multi-core batch convert with gpu parallel + ffmpeg
51   https://www.youtube.com/watch?v=hAuc0YsXv6A
54 20210422
56 New in this release:
58 * Bug fixes and man page updates.
60 News about GNU Parallel:
62 * Bioinformatics tutorials - linux and shell advanced - parallel
63   https://www.youtube.com/watch?v=5leL8pyl0XA
65 * GNU Parallel for quick gains
66   https://edbennett.github.io/high-performance-python/04-gnu-parallel/index.html
68 * Processing Linux Commands in Parallel
69   https://www.baeldung.com/linux/processing-commands-in-parallel
71 * GNU parallel
72   https://docs-research-it.berkeley.edu/services/high-performance-computing/user-guide/running-your-jobs/gnu-parallel/
74 * GNU Parallel 활용 가이드https://genoglobe.com/kribb/gnu_parallel
76 * Parallel Grep and Awk
77   https://www.highonscience.com/blog/2021/03/21/parallel-grep/
79 * Getting things done with shell scripting
80   https://doma.dev/blog/get-things-done-with-bash/
83 20210322
85 * Bug fixes and man page updates.
87 News about GNU Parallel:
89 * The very first version of Parallel dated 2002-01-06 was found in an
90   old backup:
92   #!/usr/bin/perl
94   $processes=shift;
96   chomp(@jobs=<>);
97   for (@jobs) {
98       $jobnr++;
99       push @makefile,
100       (".PHONY : job$jobnr\n",
101        "job$jobnr :\n",
102        "\t$_\n");
103   }
104   unshift @makefile, "all : ",(map { "job$_ " } 1 .. $jobnr),"\n";
105   
106   open (MAKE, "| make -k -f - -j $processes") || die;
107   print MAKE @makefile;
108   close MAKE;
110 * Introduction to GNU Parallel
111   https://www.youtube.com/watch?v=Kj-6JkAqw-8
113 * Using GNU Parallel with GooseSLURM
114   https://readthedocs.org/projects/gooseslurm/downloads/pdf/latest/#chapter.7
116 * Why GNU-parallel?
117   https://github.com/lijingbu/omics/blob/main/why_gnu_parallel.md
120 20210222
122 * --filter only run jobs where the filter is true. The filter can
123   contain replacement strings and Perl code such as: '{1} < {2}+1'
125 * --template takes a text file as a template with replacement
126   strings. Then it replaces the replacement strings and saves it
127   under a new filename.
129 * --plus implements {0%} {0#} replacement string for zero padded slot
130   and sequence.
132 * Warn that you probably mean -d '\r\n' if the first 3 values end in
133   \r\n (DOS newline).
135 * {= perlexpression =} must return the same value, if run twice on the
136   same input.
138 * Man pages available as .rst-format.
140 * Bug fixes and man page updates.
142 News about GNU Parallel:
144 * A short tutorial on Gnu Parallel
145   https://www.polarmicrobes.org/a-short-tutorial-on-gnu-parallel/
147 * 5 reasons why I love coding on Linux
148   https://opensource.com/article/21/2/linux-programming
150 * Simple Tutorial to install & use GNU Parallel
151   https://medium.com/analytics-vidhya/simple-tutorial-to-install-use-gnu-parallel-79251120d618
153 * LiDO3 - first contact
154   https://www.lido.tu-dortmund.de/cms/de/LiDO3/LiDO3_first_contact_handout.pdf
156 * Rill Stage 2-1: Ways of command-line data analysis
157   https://blog.jastix.biz/post/rill-stage-2-1-cli-data-analysis/
159 * Introduction to GNU Parallel
160   https://blog.knoldus.com/introduction-to-gnu-parallel/
162 * GNU Parallel https://www.hahwul.com/cullinan/parallel/
165 20210122
167 * --memsuspend suspends jobs when there is little memory free. This
168   way you can run jobs in parallel that added up potentially will take
169   up more RAM than is available.
171 * $PARALLEL_ARGHOSTGROUPS and the replacement string {agrp} will give
172   the hostgroup given on the argument when using --hostgroup.
174 * Handy time functions for {= =}: yyyy_mm_dd_hh_mm_ss()
175   yyyy_mm_dd_hh_mm() yyyy_mm_dd() yyyymmddhhmmss() yyyymmddhhmm()
176   yyyymmdd() hash($str)
178 * Bug fixes and man page updates.
180 News about GNU Parallel:
182 * Software Engineering For Scientists
183   https://canvas.stanford.edu/courses/133091
185 * Optional Individual Submission 4 Job Handling - GNU Parallel
186   https://www.youtube.com/watch?v=-tX0bFAYAxM
188 * 关于gnu parallel:GnuParallel:在集群上并行化脚本,脚本将文件写入主
189   节点https://www.codenong.com/25172209/
191 * すぐ忘れてしまう、仕事で使う技
192   https://qiita.com/hana_shin/items/53c3c78525c9c758ae7c
195 20201222
197 * --pipe engine changed making --pipe alpha quality.
199 * --results -.json outputs results as JSON objects on stdout (standard
200   output).
202 * --delay 123auto will auto-adjust --delay. If jobs fail due to being
203   spawned too quickly, --delay will exponentially increase.
205 * --plus sets {hgrp} that gives the intersection of the hostgroups of
206   the job and the sshlogin that the job is run on.
208 * Bug fixes and man page updates.
210 News about GNU Parallel:
212 * Best practices for accelerating data migrations using AWS Snowball
213   Edge
214   https://aws.amazon.com/blogs/storage/best-practices-for-accelerating-data-migrations-using-aws-snowball-edge/
216 * Pass the Output of a Command as an Argument for Another
217   https://www.baeldung.com/linux/pass-cmd-output-as-an-argument
219 * Warwick RSE Drop-in - Workflow Management Part 2 - GNU Parallel
220   https://www.youtube.com/watch?v=t_v2Otgt87g
223 20201122
225 * Bug fixes and man page updates.
227 News about GNU Parallel:
229 * https://bash-prompt.net/guides/gnu-parallel-multi-server/
232 20201022
234 * --termseq now works for jobs running remotely.
236 * parsort: Performance optimized for 64-core machines.
238 * Bug fixes and man page updates.
240 News about GNU Parallel:
242 * Juan Sierra Pons has made a testimonial:
243   http://www.elsotanillo.net/wp-content/uploads/GnuParallel_JuanSierraPons.mp4
245 * 「翻译」在生物信息学中使用 GNU-Parallel
246   https://cloud.tencent.com/developer/article/1705499
249 20200922
251 * New CPU detection for GNU/Linux.
253 * Bug fixes and man page updates.
255 News about GNU Parallel:
257 * Aug 21, 2020 - More Unix tools
258   https://floki.blog/2020/08/more_unix_tools
261 20200822
263 New in this release:
265 * Max command line length is changed for MacOS - making this version
266   beta quality for MacOS.
268 * Bug fixes and man page updates.
271 20200722
273 New in this release:
275 * No new functionality
277 * Bug fixes and man page updates.
279 News about GNU Parallel:
281 * Tips for Running Jobs on your VM
282   https://support.ehelp.edu.au/support/solutions/articles/6000089713-tips-for-running-jobs-on-your-vm#parallel
284 * Introduction to GNU Parallel: Parallelizing Massive Individual Tasks
285   https://www.youtube.com/watch?v=QSFLTEyCKvo
287 * Slides for same
288   http://www.hpc.lsu.edu/training/weekly-materials/2020-Spring/GNUParallel_Spring_2020.pdf
290 * Linux-Fu: Parallel Universe
291   https://hackaday.com/2020/06/29/linux-fu-parallel-universe/
293 * Resumable batch jobs with gnu parallel https://igor.io/parallel/
295 * Introducing Parallel into Shell
296   https://www.petelawson.com/post/parallel-in-shell/
298 * AV1 encoding parallelization with GNU Parallel
299   https://www.reddit.com/r/AV1/comments/fjvqp9/av1_encoding_parallelization_with_gnu_parallel/
301 * Beschleunigte Befehlsbearbeitung mit GNU Parallel
302   https://www.linux-community.de/ausgaben/linuxuser/2013/06/beschleunigte-befehlsbearbeitung-mit-gnu-parallel/
305 20200622
307 New in this release:
309 * No new functionality
311 * Bug fixes and man page updates.
313 News about GNU Parallel:
315 * GNU Parallel is used at NERSC:
316   https://www.nersc.gov/assets/Uploads/08-Workflows-20200616.pdf
318 * Resumable batch jobs with GNU Parallel https://igor.io/parallel/
320 * Lab Meeting technical talk
321   https://www.slideshare.net/hoffmanlab/gnu-parallel-194030490
323 * Open Sky Software Website Credits
324   https://www.openskysoftware.com/site-credits.htm
326 * Speed up your Python Scripts using Ubuntu and GNU Parallel
327   https://ecce.esri.ca/wpecce/2019/12/24/speed-up-your-python-scripts-using-ubuntu-and-gnu-parallel/
329 * Indispensable command-line tools
330   https://negfeedback.blogspot.com/2020/05/indispensable-command-line-tools.html
332 * GNU Parallel for simulations
333   http://pdebuyl.be/blog/2020/gnu-parallel-for-simulations.html
335 * Introduction to GNU parallel
336   https://bioinformaticsworkbook.org/Appendix/GNUparallel/GNU_parallel_examples.html
339 20200522
341 New in this release:
343 * While running a job $PARALLEL_JOBSLOT is the jobslot of the job. It
344   is equal to {%} unless the job is being retried. See {%} for
345   details.
347 * While running a job $PARALLEL_SSHLOGIN is the sshlogin line with
348   number of cores removed. E.g. '4//usr/bin/specialssh user@host'
349   becomes: '/usr/bin/specialssh user@host'
351 * While running a job $PARALLEL_SSHHOST is the host part of an
352   sshlogin line. E.g. '4//usr/bin/specialssh user@host' becomes:
353   'host'
355 * --plus activates the replacement strings {slot} = $PARALLEL_JOBSLOT,
356   {sshlogin} = $PARALLEL_SSHLOGIN, {host} = $PARALLEL_SSHHOST
358 * Bug fixes and man page updates.
360 News about GNU Parallel:
362 * Portable Batch System (PBS) & GNU Parallel - Running a Program
363   Multiple Times in Parallel
364   https://www.youtube.com/watch?v=6ccbWu6Befo
366 * GNU Parallel przykład https://www.youtube.com/watch?v=gs_wG4Kt2G4
368 * Demo of LINUX APP - GNU PARALLEL - running multiple Gstreamer webcam
369   .sh scripts with only 1 command
370   https://www.youtube.com/watch?v=trQuA_wmWjg
373 20200422
375 This release celebrates GNU Parallel's 10 years as a GNU tool:
377 > commit ed2dfb1043768154d4e7678e01e10287155fa834
378 > Author: Ole Tange <ole@tange.dk>
379 > Date:   Thu Apr 22 01:23:00 2010 +0200
381 >    Name change: Parallel is now GNU Parallel.
382 >    Basic structure for sshlogin and sshloginfile.
384 New in this release:
386 * parsort makes GNU sort run faster for files with more than 1M lines.
388 * Bug fixes and man page updates.
390 News about GNU Parallel:
392 * Several clusters have updated their documentation of GNU Parallel:
393   https://www.grid5000.fr/w/GNU_Parallel
394   https://research-it.berkeley.edu/virtual-training-running-jobs-parallel-savio
395   http://www.hpc.lsu.edu/training/archive/tutorials.php
397 * add_pho uses GNU Parallel: https://github.com/SeedlingsBabylab/add_pho
399 * GNU parallel使用笔记https://zhuanlan.zhihu.com/p/37340011
401 * Virtual Workshop: Running Jobs in Parallel on Savio
402   https://ais.berkeley.edu/events/virtual-workshop-running-jobs-parallel-savio/2020-04-20
404 * Free Concurrency with GNU Parallel
405   https://phili.pe/posts/free-concurrency-with-gnu-parallel/
408 20200322
410 * Bug fixes and man page updates.
412 News about GNU Parallel:
414 * The GNU Parallel course in Copenhagen is cancelled
415   https://www.prosa.dk/nc/arrangementer/arrangement/gnu-parallel-med-ole-tange/
417 * The GNU Parallel course in Århus is cancelled
418   https://www.prosa.dk/nc/arrangementer/arrangement/gnu-parallel-og-parallelisering-i-unix-shellen/
420 * The 10 year anniversary may be cancelled, see
421   https://www.gnu.org/software/parallel/10-years-anniversary.html
423 * Running shell commands in parallel, via GNU Parallel
424   https://dev.to/saveriomiroddi/running-shell-commands-in-parallel-via-gnu-parallel-3a72
426 * Faster nmap scanning with the help of GNU parallel
427   https://badshah.io/experiment/faster-nmap-scanning-with-the-help-of-gnu-parallel/
430 20200222
432 * Bug fixes and man page updates.
435 20200122
437 * --blocktimeout dur - Time out for reading block when using
438   --pipe. If it takes longer than dur to read a full block, use the
439   partial block read so far.
441 * Bug fixes and man page updates.
443 News about GNU Parallel:
445 * GNU Parallel course in Copenhagen
446   https://www.prosa.dk/nc/arrangementer/arrangement/gnu-parallel-med-ole-tange/
448 * GNU Parallel course in Århus
449   https://www.prosa.dk/nc/arrangementer/arrangement/gnu-parallel-og-parallelisering-i-unix-shellen/
451 * GNU Parallel pour accélérer vos process sous Linux
452   https://www.yvonh.com/gnu-parallel-pour-accelerer-vos-process-sous-linux/
454 * How to copy a file to multiple directories in Linux
455   https://net2.com/how-to-copy-a-file-to-multiple-directories-in-linux/
457 * Running linux commands in parallel https://dev.to/voyeg3r/runing-linux-commands-in-parallel-4ff8
460 20191222
462 * GNU Parallel course in Copenhagen
463   https://www.prosa.dk/nc/arrangementer/arrangement/gnu-parallel-med-ole-tange/
465 * GNU Parallel course in Århus
466   https://www.prosa.dk/nc/arrangementer/arrangement/gnu-parallel-og-parallelisering-i-unix-shellen/
468 * GNU Parallel is used in
469   https://github.com/JeffersonLab/rfw_tsf_extractor
471 * Bug fixes and man page updates.
474 20191122
476 * GNU Parallel was presented at Driving IT. Slides:
477   cloud.prosa.dk/s/drivingit
479 * Restarting supervisord processes in parallel
480   https://blog.naderman.de/2019/11/14/restarting-supervisord-processes-in-parallel/
482 * Using GNU Parallel to Create Archives Faster
483   https://www.reddit.com/r/DataHoarder/comments/dsgmhc/parallel_archiving_techniques/
485 * Bug fixes and man page updates.
488 20191022
490 * --tee will use --output-error=warn-nopipe if supported by tee.
492 * GNU Parallel will be presented at Driving IT 2019:
493   https://ida.dk/arrangementer-og-kurser/konferencer/driving-it/tools
495 * UMN Duluth: Job parallelization with task arrays and GNU parallel
496   https://www.msi.umn.edu/tutorials/umn-duluth-job-parallelization-task-arrays-and-gnu-parallel
498 * Genome updater uses GNU Parallel
499   https://github.com/pirovc/genome_updater
501 * Using GNU-Parallel for bioinformatics
502   https://www.danielecook.com/using-gnu-parallel-for-bioinformatics/
504 * Speeding up PostgreSQL ETL pipeline with the help of GODS
505   https://cfengine.com/company/blog-detail/speeding-up-postgresql-etl-pipeline-with-the-help-of-gods/
507 * Runing linux commands in parallel
508   https://dev.to/voyeg3r/runing-linux-commands-in-parallel-4ff8
510 * Research Computing University of Colorado Boulder contains an intro
511   to GNU Parallel
512   https://readthedocs.org/projects/curc/downloads/pdf/latest/
514 * 如何使用Parallel在Shell中并行执行命令
515   https://www.myfreax.com/gnu-parallel/
517 * 如何测试 Amazon Elastic File System
518   https://aws.amazon.com/cn/blogs/china/how-to-test-drive-amazon-elastic-file-system/
520 * Bug fixes and man page updates.
523 20190922
525 * --nice is now inherited by the nice level that GNU Parallel is
526   started at. So 'nice -n10 parallel' will also cause remote jobs to
527   be run at nice level 10.
529 * --delay is now accurate to within 10 ms
531 * GNU Parallel will be presented at Driving IT 2019:
532   https://ida.dk/arrangementer-og-kurser/konferencer/driving-it/tools
534 * Greenland Ice Sheet solid ice discharge from 1986 through 2017
535   https://www.earth-syst-sci-data.net/11/769/2019/essd-11-769-2019.pdf
537 * App Center Cloud Build Machines > Installed Software > Utilities
538   https://docs.microsoft.com/en-us/appcenter/build/software
540 * Curryfinger - SNI & Host header spoofing utility
541   https://dualuse.io/blog/curryfinger/
543 * Hyak parallel-sql
544   https://wiki.cac.washington.edu/display/hyakusers/Hyak+parallel-sql
546 * A meditation on analysing data with Perl in parallel using GNU Parallel
547   https://www.reddit.com/r/perl/comments/cyo2qc/a_meditation_on_analysing_data_with_perl_in/
549 * Accélérer ses tâches avec GNU Parallel et les lots de tâches (UL)
550   https://www.eventbrite.ca/e/inscription-accelerer-ses-taches-avec-gnu-parallel-et-les-lots-de-taches-ul-71412840729
552 * RMACC Summit GNU Parallel
553   https://curc.readthedocs.io/en/latest/software/GNUParallel.html
555 * Introducing Parallel into Shell
556   https://petelawson.com/post/parallel-in-shell/
558 * Linux Productivity Tools
559   https://www.usenix.org/conference/lisa19/presentation/maheshwari
561 * Gnu/parallel + Nfs 实现共享文件网络的并发计算等操作
562   http://atomicer.cn/2018/01/18/gnu-parallel-nfs-%E5%AE%9E%E7%8E%B0%E5%85%B1%E4%BA%AB%E6%96%87%E4%BB%B6%E7%BD%91%E7%BB%9C%E7%9A%84%E5%B9%B6%E5%8F%91%E8%AE%A1%E7%AE%97%E7%AD%89%E6%93%8D%E4%BD%9C/#more
564 * Bug fixes and man page updates.
567 20190822
569 * GNU Parallel will be presented at Driving IT 2019:
570   https://ida.dk/arrangementer-og-kurser/konferencer/driving-it#beskrivelse
572 * Linux Productivity Tools
573   https://www.usenix.org/conference/lisa19/presentation/maheshwari
575 * Improve your reconnaissance performance by using GNU Parallel
576   https://mailchi.mp/3f46ceb46357/improve-your-reconnaissance-performance-by-using-gnu-parallel
578 * Paralel İşler / İşlemler / Programlar Bash’de Nasıl Çalıştırılır?
579   https://kaleinfo.com/2019/07/29/paralel-isler-islemler-programlar-bashde-nasil-calistirilir-2/
581 * Use POLYBAR to change WALLPAPER with GNU Parallel
582   https://www.youtube.com/watch?v=rjYg-b_eiRU
584 * Finding the Balance Between Speed & Accuracy During an Internet-wide
585   Port Scanning
586   https://captmeelo.com/pentest/2019/07/29/port-scanning.html
588 * GNU Parallel Ryugu released
589   https://linuxreviews.org/GNU_Parallel_Ryugu_released
591 * CO2017 - CW1 - Operating Systems & Networks - Shell scripting
592   http://www.7daixie.com/2019071646302396.html
594 * Bug fixes and man page updates.
597 20190722
599 * {= uq; =} causes the replacement string to be unquoted. Example:
600   parallel echo '{=uq;=}.jpg' ::: '*'
602 * --tagstring {=...=} is now evaluated for each line with --linebuffer.
604 * Use -J ./profile to read a profile in current dir.
606 * Speedup of startup by 40%: Find the parent shell differently on
607   GNU/Linux, cache information about the CPU and which setpgrp method
608   to use to make GNU Parallel start 40% faster.
610 * $PARALLEL_SSHLOGIN can be used in the command line.
612 * Occasionally sane: Simple usage of GNU parallel
613   https://vfoley.xyz/parallel/
615 * How to run multiple bash scripts in parallel
616   https://techieroop.com/how-to-run-multiple-bash-scripts-in-parallel/
618 * Announcing Oracle Solaris 11.4 SRU10
619   https://blogs.oracle.com/solaris/announcing-oracle-solaris-114-sru10
621 * Руководство по использованию GNU Parallel https://zalinux.ru/?p=2623
623 * Bug fixes and man page updates.
626 20190622
628 * --shard can now take a column name and optionally a perl
629   expression. Similar to --group-by and replacement strings.
631 * Using AWK and R to parse 25tb
632   https://livefreeordichotomize.com/2019/06/04/using_awk_and_r_to_parse_25tb/
634 * Parallel and Visual testing with Behat
635   http://parallelandvisualtestingwithbehat.blogspot.com/p/blog-page.html
637 * 维基百科,自由的百科全书https://zh.wikipedia.org/wiki/GNU_parallel
639 * Bug fixes and man page updates.
642 20190522
644 * --group-by groups lines depending on value of a column. The value
645   can be computed.
647 * How to compress (bzip / gzip) a very large text quickly?
648   https://medium.com/@gchandra/how-to-compress-bzip-gzip-a-very-large-text-quickly-27c11f4c6681
650 * Simple tutorial to install & use GNU Parallel
651   https://medium.com/@gchandra/simple-tutorial-to-install-use-gnu-parallel-79251120d618
653 * Introducing Parallel into Shell
654   https://petelawson.com/post/parallel-in-shell/
656 * Bug fixes and man page updates.
659 20190422
661 * Invitation to the 10 years anniversary next year.
663 * Bug fixes and man page updates.
666 20190322
668 * SIGTERM is changed to SIGHUP, so sending SIGHUP will make GNU
669   Parallel start no more jobs, but wait for running jobs to finish.
671 * SIGTERM SIGTERM is changed to SIGTERM, so sending SIGTERM will make
672   GNU Parallel kill all running jobs.
674 * GNU Parallel now includes a cheat sheet: parallel_cheat.pdf
676 * High Throughput Computing on RMACC Summit and Beyond
677   https://calendar.colorado.edu/event/high_throughput_computing_on_rmacc_summit_and_beyond#.XH2NBhB7mV4
679 * GNU Parallel Cheat Sheet by cpriest
680   https://www.cheatography.com/cpriest/cheat-sheets/gnu-parallel/
682 * Use Multiple CPU Cores(Parallelize) with Single Threaded Linux
683   Commands
684   http://xensoft.com/use-multiple-cpu-cores-parallelize-with-single-threaded-linux-commands/
686 * Bug fixes and man page updates.
689 20190222
691 * --shard makes it possible to send input to a the same jobslot based
692   on the value in one column of the input. It is similar to sharding
693   in databases.
695 * --shellquote --shellquote will shell quote the input twice.
697 * GNU Parallel is available in Termux
698   https://github.com/termux/termux-packages/tree/master/packages/parallel
700 * Linux, command line & MetaCentrum
701   https://trapa.cz/sites/default/files/linux_bash_metacentrum_course_4.pdf
703 * How to supercharge your bash workflows with GNU parallel
704   https://medium.freecodecamp.org/how-to-supercharge-your-bash-workflows-with-gnu-parallel-53aab0aea141
706 * GNU Parallel Spring 2017 https://www.youtube.com/watch?v=LHb29uW_KyI
708 * Parallelizing Freesurfer blog.cogneurostats.com/?p=148
710 * FreeSurfer #4: Running recon-all in Parallel https://www.youtube.com/watch?v=XHN2tm3tNaw
712 * FreeSurfer: recon-all https://www.neurotrivial.com/2019/01/24/freesurfer-recon-all/
714 * Come ridimensionare 10k foto con la riga di comando
715   https://pigrecoinfinito.wordpress.com/2018/12/22/come-ridimensionare-10k-foto-con-la-riga-di-comando/
717 * 并行处理 – Gnu Parallel:嵌套并行
718   https://codeday.me/bug/20190122/552902.html
720 * シェルスクリプトでコマンドを並列実行する方法
721   https://www.kwbtblog.com/entry/2019/01/12/020423
723 * Bug fixes and man page updates.
726 20190122
728 * 'env_parallel --end-session' makes it possible to nest 'env_parallel
729   --session'
731 * Using GNU Parallel in pentesting https://youtu.be/mZ0OUJmkIlA?t=873
733 * Supercomputer Workshop: Feb 1&7
734   http://www.ece.unm.edu/featured-students/supercomputer-workshop-feb-17.html
736 * Bug fixes and man page updates.
739 20181222
741 * Better /proc/cpuinfo parser.
743 * Simpler job scheduling flow.
745 * MPGI Workshop: Job Parallelization with Task Arrays and GNU Parallel
746   https://www.msi.umn.edu/tutorials/mpgi-workshop-module-4
748 * CONCOCT uses GNU Parallel
749   https://media.readthedocs.org/pdf/concoct/latest/concoct.pdf
751 * If you use SLURM read
752   https://wiki.hpc.uconn.edu/index.php/Advanced_SLURM
754 * すぐ忘れてしまう、仕事で使う技
755   https://qiita.com/hana_shin/items/53c3c78525c9c758ae7c
757 * Bug fixes and man page updates.
760 20181122
762 * Experimental simpler job flow control.
764 * 時間がかかるコマンドを GNU parallel で 並列実行する
765   https://qiita.com//grohiro/items/4db3fa951a4778c5c479
767 * Bug fixes and man page updates.
770 20181022
772 * env_parallel.fish: --session support (alpha quality)
774 * GNU Parallel was cited in: High-throughput sequencing of murine
775   immunoglobulin heavy chain repertoires using single side unique
776   molecular identifiers on an Ion Torrent PGM
777   https://doi.org/10.18632/oncotarget.25493
779 * GNU parallel in Japanese Wikipedia
780   https://ja.wikipedia.org/wiki/GNU_parallel
782 * Outils de paramétrisation des tâches: lots de tâches, GNU Parallel
783   https://www.eventbrite.ca/e/inscription-outils-de-parametrisation-des-taches-lots-de-taches-gnu-parallel-et-bqtools-midi-conference-de-50271076142
785 * Bug fixes and man page updates.
788 20180922
790 * Minix is supported again.
792 * Updated graph showing GNU Parallel's overhead per job for each
793   version. https://www.gnu.org/software/parallel/process-time-j2-1700MHz-3000-1000.pdf
795 * Intro to Computing at CARC includes introduction to GNU Parallel
796   http://carc.unm.edu/education--training/workshops-and-seminars.html
798 * Fast-GBS uses GNU Parallel https://bitbucket.org/jerlar73/fast-gbs/wiki/Home
800 * Belgium at 10 m resolution in July 2018 http://www.cesbio.ups-tlse.fr/multitemp/?p=14116
802 * Bug fixes and man page updates.
805 20180822
807 * parset sets exit code.
809 * How to install GNU Parallel
810   https://www.techrepublic.com/videos/how-to-install-gnu-parallel/
812 * Bug fixes and man page updates.
815 20180722
817 * The quoting engine has been changed. Instead of using \-quoting GNU
818   Parallel now uses '-quoting in bash/ash/dash/ksh. This should
819   improve compatibility with different locales. This is a big change
820   causing this release to be alpha quality.
822 * The CPU calculation has changed. By default GNU Parallel uses the
823   number of CPU threads as the number of CPUs. This can be changed to
824   the number of CPU cores or number of CPU sockets with
825   --use-cores-instead-of-threads or --use-sockets-instead-of-threads.
827 * The detected number of sockets, cores, and threads can be shown with
828   --number-of-sockets, --number-of-cores, and --number-of-threads.
830 * env_parallel now support mksh using env_parallel.mksh.
832 * GNU Parallel is distributed as part of Snippy
833   https://github.com/tseemann/snippy
835 * GNU Parallel: Ejecutar comandos simultáneamente en Linux
836   https://esgeeks.com/gnu-parallel-ejecutar-comandos-simultaneo-linux/
838 * Parallel download genomic data with GNU-Parallel
839   https://digibio.blogspot.com/search/label/GNU-Parallel
841 * Bug fixes and man page updates.
844 20180622
846 * Deal better with multibyte chars by forcing LC_ALL=C.
848 * GNU Parallel was introduced in Pincount Podcast:
849   https://pincountpodcast.com/episodes/29.html
851 * GNU Parallel was shown on Danish national news for 1.7 seconds: dr.dk
853 * How to run Linux commands simultaneously with GNU Parallel
854   https://www.techrepublic.com/article/how-to-run-commands-simultaneously-with-gnu-parallel/#ftag=RSS56d97e7
856 * Easy parallelization with GNU parallel
857   http://mpharrigan.com/2016/08/02/parallel.html
859 * GNU Parallel for mutlithreaded tasks
860   http://slhogle.github.io/2016/gnu-parallel/
862 * A GNU Parallel Clustering Demo
863   https://www.crowdsupply.com/ground-electronics/circumference/updates/a-gnu-parallel-clustering-demo
865 * 使用 GNU Parallel 提高 Linux 命令行执行效率
866   https://linux.cn/article-9718-1.html
868 * Ejecutando tareas desde consola simultáneamente con GNU Parallel
869   https://poesiabinaria.net/2018/06/ejecutando-tareas-desde-consola-simultaneamente-gnu-parallel/
871 * Cómo ejecutar varias tareas simultáneamente en el terminal con GNU
872   Parallel
873   https://www.ubuntizando.com/como-ejecutar-varias-tareas-simultaneamente-en-el-terminal-con-gnu-parallel/
875 * GNU Parallel 활용 가이드 http://genoglobe.kr/kribb/gnu_parallel
877 * Bug fixes and man page updates.
880 20180522
882 * --tty allows for more programs accessing /dev/tty in parallel. Some
883   programs require tty access without using it.
885 * env_parallel --session will record names in current environment in
886   $PARALLEL_IGNORED_NAMES and exit. It is only used with env_parallel,
887   and can work like --record-env but in a single session.
889 * 35 day course: Linux shell scripting and text processing for big
890   data https://comquest.in/training
892 * How To Use Your Entire CPU In Bash With Parallel
893   https://bash-prompt.net/guides/parallell-bash/
895 * An easy way to run parallel jobs on Stampede2
896   https://blog.uta.edu/xus/2017/09/29/an-easy-way-to-run-parallel-jobs-on-stampede2/
898 * Get more done at the Linux command line with GNU Parallel
899   https://opensource.com/article/18/5/gnu-parallel
901 * Save Time with Modern Search Techniques
902   https://www.sans.org/summit-archives/file/summit-archive-1524582079.pdf
904 * GNU Parallel: haz más cosas simultáneamente en el terminal
905   https://blog.desdelinux.net/gnu-parallel-haz-mas-cosas-simultaneamente-en-el-terminal/
907 * 「今日から使い切る」ための GNU Parallelによる並列処理入門
908   https://www.slideshare.net/koji_matsuda/gnu-parallel
910 * Bug fixes and man page updates.
913 20180422
915 * --csv makes GNU Parallel parse the input sources as CSV. When used
916   with --pipe it only passes full CSV-records.
918 * Time in --bar is printed as 1d02h03m04s.
920 * Optimization of --tee: It spawns a process less per value.
922 * The GNU Parallel 2018 book is now available:
923   http://www.lulu.com/shop/ole-tange/gnu-parallel-2018/paperback/product-23558902.html
925 * Modern pentest tricks for faster, wider, greater engagement (15)
926   https://conference.hitb.org/hitbsecconf2018ams/materials/D1%20COMMSEC%20-%20Thomas%20Debize%20-%20Modern%20Pentest%20Tricks%20for%20Faster,%20Wider,%20Greater%20Engagements.pdf
928 * Running many serial jobs efficiently
929   https://userinfo.surfsara.nl/documentation/running-many-serial-jobs-efficiently
931 * GNU Parallel: как сохранить результаты нескольких команд для
932   переменной? http://fliplinux.com/gnu-parallel-6.html
934 * Running Multiple Commands in Parallel on a GNU Linux
935   https://www.youtube.com/watch?v=sHpTywpb4_4
937 * Klaatu covers the documentation of GNU parallel in episode 12x15
938   http://gnuworldorder.info/
940 * Bug fixes and man page updates.
943 20180322
945 * niceload -p can now take multiple pids separated by comma
947 * --timeout gives a warning when killing processes
949 * --embed now uses the same code for all supported shells
951 * --delay can now take arguments like 1h12m07s
953 * Parallel. Straight from your command line
954   https://medium.com/@alonisser/parallel-straight-from-your-command-line-feb6db8b6cee
956 * GNU Parallel was used in POAP-Parallelized Open Babel & Autodock
957   suite Pipeline https://github.com/inpacdb/POAP
959 * Pi Cluster Parallel Script First Fire
960   https://chiefio.wordpress.com/2018/02/23/pi-cluster-parallel-script-first-fire/
962 * How to Restore MySQL Logical Backup at Maximum Speed
963   https://www.percona.com/blog/2018/02/22/restore-mysql-logical-backup-maximum-speed/
965 * Bug fixes and man page updates.
968 20180222
970 * --embed makes it possible to embed GNU parallel in a shell
971   script. This is useful if you need to distribute your script to
972   someone who does not want to install GNU parallel.
974 * Parallelize Your Large Batches of Small Jobs
975   https://amito.me/2018/02/Parallelize-Your-Large-Batches-of-Small-Jobs/
977 * Klaatu expounds upon xargs and talks GNU parallel in episode 12x6
978   http://gnuworldorder.info/
980 * How to use parallel to speed up your work
981   https://mike42.me/blog/how-to-use-parallel-to-speed-up-your-work
983 * Transient compute clustering with GNU Parallel and sshfs
984   https://dennismungai.wordpress.com/2018/02/06/transient-compute-clustering-with-gnu-parallel-and-sshfs/
986 * Useful Examples of ffmpeg and GNU parallel on the command-line
987   https://dennismungai.wordpress.com/2018/02/06/useful-examples-of-ffmpeg-and-gnu-parallel-on-the-command-line/
989 * Data Science at the Command Line (Chapter 8.3)
990   https://www.datascienceatthecommandline.com/
992 * Bug fixes and man page updates.
995 20180122
997 * bash / 병렬 https://code.i-harness.com/ko/docs/bash/2a1a
999 * 15分钟神器gnu parallel 入门观止
1000   http://www.ezilin.com/2018/01/15gnu-parallel.html
1002 * How To Run Multiple Commands In Parallel on Linux
1003   https://www.slashroot.in/how-run-multiple-commands-parallel-linux
1005 * Bug fixes and man page updates.
1008 20171222
1010 * env_parset for ash, dash, ksh, sh, zsh
1012 * Automatically create hostgroups if argument ends in @sshlogin
1014 * Tips for running jobs on your VM
1015   https://support.ehelp.edu.au/support/solutions/articles/6000089713-tips-for-running-jobs-on-your-vm#parallel
1017 * Node-local scheduling
1018   https://mogonwiki.zdv.uni-mainz.de/dokuwiki/node_local_scheduling
1020 * GNU Parallel https://docs.computecanada.ca/wiki/GNU_Parallel
1022 * GNU Parallel のエラー処理 https://qiita.com/inouet/items/bfc208668c86caf8ff74
1024 * Using GNU Parallel
1025   https://wiki.ncsa.illinois.edu/display/ROGER/Using+GNU+Parallel
1027 * Bug fixes and man page updates.
1030 20171122
1032 * Using GNU Parallel to speed up Google Cloud Infrastructure
1033   management
1034   https://medium.com/@pczarkowski/using-gnu-parallel-to-speed-up-google-cloud-infrastructure-management-53e5c555ec05
1036 * What is gnu parallel
1037   http://wiki.chpc.ac.za/howto:bioinformatics:gnu-parallel
1039 * Parallel, Scripts, Clusters, & Easy Use
1040   https://chiefio.wordpress.com/2017/11/10/parallel-scripts-clusters-easy-use/
1042 * Bug fixes and man page updates.
1045 20171022
1047 * Initial support for XDG Base Directory $XDG_* environment variables.
1049 * Validating half a million TIFF files. Part
1050   Two
1051   https://www.dpoc.ac.uk/2017/08/17/validating-half-a-million-tiff-files-part-two/
1053 * Turing data science class: Cluster computing
1054   https://www.turing.ac.uk/events/masterclass-cluster-computing/
1056 * Butlin:Unix for Bioinformatics - advanced tutorial
1057   https://openwetware.org/wiki/Butlin:Unix_for_Bioinformatics_-_advanced_tutorial
1059 * พยายามใช้ CPU ให้ครบทุก CORE
1060   https://veer66.wordpress.com/2017/09/02/use-multi-core/
1062 * Examples on using GNU Parallel
1063   https://gist.github.com/drmalex07/de8ff1379a560f6d84a0d863e60ae378
1065 * Bug fixes and man page updates.
1068 20170922
1070 * Use '--limit myprog' to make a dynamic job limit. Just return 0 to
1071   spawn another job, 1 to not spawn another job, and 2 to kill the
1072   youngest job.
1074 * PARALLEL_RSYNC_OPTS and --rsync-opts sets the options for rsync
1075   (Default: -rlDzR).
1077 * Download all of humble bundle books in parallel
1078   https://til.hashrocket.com/posts/ggt1jaes4y-download-all-of-humble-bundle-books-in-parallel
1080 * Bug fixes and man page updates.
1083 20170822
1085 * --line-buffer no longer uses tempfiles. This is faster and makes it
1086   possible for a single process to output more data than there is free
1087   disk space.
1089 * Vote for GNU Parallel's community ads on
1090   http://meta.unix.stackexchange.com/a/4356/2972
1091   http://meta.askubuntu.com/a/16750/22307
1092   http://meta.serverfault.com/a/9040/45704
1094 * Edit images with GNU Parallel and ImageMagick
1095   https://fedoramagazine.org/edit-images-parallel-imagemagick/
1097 * Running Bash Commands in Parallel
1098   https://dzone.com/articles/running-bash-commands-in-parallel-1
1100 * Today I Learned: GNU parallel, plate tectonics
1101   https://medium.com/@nornagon/today-i-learned-gnu-parallel-plate-tectonics-9fcf24045e63
1103 * GNU Parallel Tutorial
1104   https://www.upf.edu/web/sct-sit/gnu-parallel-tutorial
1106 * Validating half a million TIFF files
1107   http://www.dpoc.ac.uk/2017/08/17/validating-half-a-million-tiff-files-part-two/
1109 * Blender and GNU Parallel
1110   https://www.blendernation.com/2017/08/16/blender-gnu-parallel/
1112 * Quick Introduction to GNU Parallel
1113   https://github.com/LangilleLab/microbiome_helper/wiki/Quick-Introduction-to-GNU-Parallel
1115 * A simple distributed animation render example using GNU Parallel
1116   https://gitlab.com/skororu/scripts
1118 * Do stuff on things, in parallel
1119   http://blogs.fluidinfo.com/terry/2017/08/05/do-stuff-on-things-in-parallel/
1121 * Bash And GNU Parallel NGS Bidniz
1122   http://ino.pm/outreach/presentations/2014/03/genomics-wranglers/index.html
1124 * Using for loop vs Gnu parallel for BLAST
1125   http://www.ettemalab.org/using-for-loop-vs-gnu-parallel-for-blast/
1127 * 并行rsync https://gxnotes.com/article/175866.html
1129 * Bug fixes and man page updates.
1132 20170722
1134 * Vote for GNU Parallel's community ads on
1135   http://meta.unix.stackexchange.com/a/4356/2972
1136   http://meta.askubuntu.com/a/16750/22307
1137   http://meta.serverfault.com/a/9040/45704
1139 * GNU Parallel was cited in: Hayabusa: Simple and Fast Full-Text
1140   Search Engine for Massive System Log Data
1141   http://dl.acm.org/citation.cfm?id=3095788
1143 * コマンドの並列化を行える『GNU parallel』の個人的使い方まとめ
1144   https://orebibou.com/2017/07/%E3%82%B3%E3%83%9E%E3%83%B3%E3%83%89%E3%81%AE%E4%B8%A6%E5%88%97%E5%8C%96%E3%82%92%E8%A1%8C%E3%81%88%E3%82%8B%E3%80%8Egnu-parallel%E3%80%8F%E3%81%AE%E5%80%8B%E4%BA%BA%E7%9A%84%E4%BD%BF%E3%81%84/
1146 * How to play and play with thousands of digitized 78rpm records
1147   https://blog.archive.org/2017/07/10/how-to-play-and-play-with-78rpm-record-transfers/
1149 * 并行一个for循环 https://gxnotes.com/article/130363.html
1151 * RFC 8142: GeoJSON Text Sequences
1152   https://sgillies.net/2017/05/18/rfc-8142-geojson-text-sequences.html
1154 * Git auto fetch script I run every day
1155   https://lukas.zapletalovi.com/2017/07/git-auto-fetch-script-i-run-every-day.html
1157 * cores, cpus and threads
1158   http://crazyhottommy.blogspot.de/2017/07/cores-cpus-and-threads.html
1160 * Bug fixes and man page updates.
1163 20170622
1165 * The command line can now contain \257 (Macron) or UTF characters
1166   containing \257.
1168 * Vote for GNU Parallel's community ads on
1169   http://meta.unix.stackexchange.com/a/4356/2972
1170   http://meta.askubuntu.com/a/16750/22307
1171   http://meta.serverfault.com/a/9040/45704
1173 * Graph for overhead for 1000 jobs has been updated. It remains
1174   steadily at 3.5 ms per job on a 1.7 GHz machine
1175   https://www.gnu.org/software/parallel/process-time-j2-1700MHz-3000-1000.pdf
1177 * GNU Parallel was cited in: The topology of the directed clique
1178   complex as a network invariant
1179   https://springerplus.springeropen.com/articles/10.1186/s40064-016-2022-y
1181 * GNU Parallel was cited in: Improving Optical Character Recognition
1182   of Finnish Historical Newspapers with a Combination of Fraktur &
1183   Antiqua Models and Image
1184   http://www.ep.liu.se/ecp/131/038/ecp17131038.pdf
1186 * GNU Parallel was cited in: Parallel Execution of Structural Mechanic
1187   Tasks with Use of Small Supercomputers
1188   http://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S1877705817324815
1190 * GNU Parallel was cited in: Integration of a Multilingual Preordering
1191   Component into a Commercial SMT Platform
1192   https://www.degruyter.com/downloadpdf/j/pralin.2017.108.issue-1/pralin-2017-0009/pralin-2017-0009.pdf
1194 * Tips For Running Jobs On Your VM
1195   https://support.ehelp.edu.au/support/solutions/articles/6000089713-tips-for-running-jobs-on-your-vm#parallel
1197 * Speed up ML model development with GNU Parallel
1198   https://pzelasko.github.io/posts/speed-up-ml-model-development-with-gnu-parallel
1200 * Parallelizing a Python Function for the Extremely Lazy
1201   http://tdhopper.com/blog/2017/Jun/07/parallelizing-a-python-function-for-the-extremely-lazy/
1203 * 使用GNU parallel
1204   http://www.android5.online/Android/androidjc/androidkf/gykf/201603/8741.html
1206 * Bug fixes and man page updates.
1209 20170522
1211 * --timeout can now use s=second,m=minute,h=hour,d=day.
1213 * --dr is now an alias for --dry-run.
1215 * Vote for GNU Parallel's community ads on
1216   http://meta.unix.stackexchange.com/a/4356/2972
1217   http://meta.askubuntu.com/a/16750/22307
1218   http://meta.serverfault.com/a/9040/45704
1220 * GNU Parallel was cited in: Feature Detection in Visual Cortex during
1221   Different Functional States
1222   https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC5397493/
1224 * GNU Parallel was cited in: From genotype to phenotype: inferring
1225   relationships between microbial traits and genomic components
1226   https://docserv.uni-duesseldorf.de/servlets/DerivateServlet/Derivate-44622/main.pdf
1228 * GNU Parallel was cited in: Designing fecal microbiota transplant
1229   trials that account for differences in donor stool efficacy
1230   http://biorxiv.org/content/biorxiv/early/2016/07/25/065383.full.pdf
1232 * GNU Parallel was cited in: Assessing the predictability of
1233   anharmonic vibrational modes at the example of hydroxyl groups - ad
1234   hoc construction of localised modes and the influence of structural
1235   solute–solvent motifs
1236   http://pubs.rsc.org/-/content/articlelanding/2017/cp/c7cp01662j#!divAbstract
1238 * GNU Parallel was cited in: Mapping Environmental Influences on
1239   Utility Fire Threat
1240   ftp://frapftp.fire.ca.gov/outgoing/transfer/PUC_Map1/Utility%20Fire%20map%201%20final%20review%20and%20development%20report21616.pdf
1242 * GNU Parallel was cited in: Weak vs. Strong Disorder Superfluid-Bose
1243   Glass Transition in One Dimension
1244   https://arxiv.org/pdf/1704.02257.pdf
1246 * GNU Parallel was cited in: Online Automatic Post-editing for MT in a
1247   Multi-Domain Translation Environment
1248   https://www.aclweb.org/anthology/E/E17/E17-1050.pdf
1250 * GNU Parallel was cited in: Cross-calibration of S-NPP VIIRS
1251   moderate-resolution reflective solar bands against MODIS Aqua over
1252   dark water scenes
1253   http://www.atmos-meas-tech.net/10/1425/2017/amt-10-1425-2017.pdf
1255 * GNU Parallel was cited in: Scattering Networks: Efficient 2D
1256   Implementation And Application To Melanoma Classification
1257   http://amslaurea.unibo.it/12261/1/nurrito_eugenio_tesi_fisica_magistrale.pdf
1259 * GNU Parallel was cited in: Genome-scale detection of positive
1260   selection in 9 primates predicts human-virus evolutionary conflicts
1261   http://biorxiv.org/content/biorxiv/early/2017/04/27/131680.full.pdf
1263 * GNU Parallel is used in: Creates a speech dataset for deep learning
1264   https://github.com/jupiter126/Create_Speech_Dataset
1266 * GNU Parallel is used in: Parse and process the demixing secrets
1267   dataset (DSD100) https://github.com/faroit/dsdtools
1269 * First glance at the gnu parallel utility
1270   https://ibiscybernetics.com/blog/2017-04-05.html
1272 * Installing parallel from source
1273   https://bitsanddragons.wordpress.com/2017/05/03/installing-parallel-from-source/
1275 * How to run command or code in parallel in bash shell under Linux or
1276   Unix
1277   https://www.cyberciti.biz/faq/how-to-run-command-or-code-in-parallel-in-bash-shell-under-linux-or-unix/
1279 * Parallel Serial Jobs Using GNU Parallel
1280   http://www.hpc.lsu.edu/training/weekly-materials/2017-Spring/gnuparallel-Feb2017.pdf
1282 * GNU Parallel or How to list millions of S3 objects
1283   https://joeray.me/gnu-parallel-how-to-list-millions-objects.html
1285 * Which Is the Best Tool for Copying a Large Directory Tree Locally?
1286   http://arjon.es/2017/05/11/which-is-the-best-tool-for-copying-a-large-directory-tree-locally/
1288 * Bug fixes and man page updates.
1291 20170422
1293 * --halt supports done in addition to success and fail.
1295 * parset will set variables in parallel in Bash.
1297 * Perl 5.6 on Irix is no longer supported.
1299 * Vote for GNU Parallel's community ads on
1300   http://meta.unix.stackexchange.com/a/4356/2972
1301   http://meta.askubuntu.com/a/16750/22307
1302   http://meta.serverfault.com/a/9040/45704
1304 * GNU Parallel was cited in: Halvade-RNA: Parallel variant calling
1305   from transcriptomic data using MapReduce
1306   http://journals.plos.org/plosone/article?id=10.1371/journal.pone.0174575
1308 * GNU Parallel was cited in: StrAuto: automation and parallelization
1309   of STRUCTURE analysis
1310   http://bmcbioinformatics.biomedcentral.com/articles/10.1186/s12859-017-1593-0
1312 * GNU Parallel was cited in: Trespassing the Boundaries: Labeling
1313   Temporal Bounds for Object Interactions in Egocentric Video
1314   https://128.84.21.199/pdf/1703.09026.pdf
1316 * GNU Parallel is used in: https://github.com/lucascbeyeler/zmbackup
1318 * Using GNU Parallel
1319   https://wiki.ncsa.illinois.edu/display/ROGER/Using+GNU+Parallel
1321 * Find and xargs and parallel
1322   http://helpful.knobs-dials.com/index.php/Find_and_xargs_and_parallel#Parallel
1324 * Quick Introduction to GNU Parallel
1325   https://github.com/mlangill/microbiome_helper/wiki/Quick-Introduction-to-GNU-Parallel
1327 * Data science at the command line https://www.slideshare.net/sharatsc/data-science-at-the-command-line
1329 * Bedtools笔记 http://www.jianshu.com/p/67b0665490ac
1331 * Bug fixes and man page updates.
1334 20170322
1336 * --rpl can now take arguments by adding '(regexp)' in the replacement
1337   string.
1339 * Vote for GNU Parallel's community ads on
1340   http://meta.unix.stackexchange.com/a/4356/2972
1341   http://meta.askubuntu.com/a/16750/22307
1342   http://meta.serverfault.com/a/9040/45704
1344 * GNU Parallel was cited in: shmlast: An improved implementation of
1345   Conditional Reciprocal Best Hits with LAST and Python
1346   https://joss.theoj.org/papers/3cde54de7dfbcada7c0fc04f569b36c7
1348 * GNU Parallel was cited in: Prediction of relativistic electron flux
1349   in the Earth’s outer radiation belt at geostationary orbit by
1350   adaptive methods
1351   https://link.springer.com/article/10.1134/S0016793217010108
1353 * GNU Parallel was cited in: Higher likelihood of multiple bit-flips
1354   due to neutron-induced strikes on logic gates
1355   https://arxiv.org/pdf/1612.08239.pdf
1357 * GNU Parallel was cited in: A Monte Carlo Resampling Approach for the
1358   Calculation of Hybrid Classical and Quantum Free Energies
1359   http://pubs.acs.org/doi/pdfplus/10.1021/acs.jctc.6b00506
1361 * GNU Parallel was cited in: Learning string distance with smoothing
1362   for OCR spelling correction
1363   https://link.springer.com/article/10.1007/s11042-016-4185-5
1365 * GNU Parallel was cited in: The Breakdown of String Perturbation
1366   Theory for Many External Particles
1367   https://arxiv.org/pdf/1611.08003.pdf
1369 * GNU Parallel was cited in: Operations Research Applications in
1370   Nuclear Energy
1371   https://dspace.library.colostate.edu/bitstream/handle/11124/170687/Johnson_mines_0052E_11207.pdf?sequence=1&isAllowed=y
1373 * GNU Parallel was cited in: Parallel Computing: GNU Parallel
1374   http://www.blopig.com/blog/2017/02/parallel-computing-gnu-parallel/
1376 * Stig Sandbeck Mathisen: Change All The Passwords (Again)
1377   http://garf.us/2017/02/stig-sandbeck-mathisen-change-all-the-passwords-again/
1379 * Trabalhando como Paralelismo no Bash usando o GNU Parallel
1380   http://www.beyeler.com.br/2017/03/trabalhando-como-paralelismo-no-bash-usando-o-gnu-parallel/
1382 * GNU parallel と SQL*Loader 組み合わせ実行例
1383   https://blogs.oracle.com/LetTheSunShineIn/entry/gnu_parallel_%E3%81%A8_sql_loader
1385 * Bug fixes and man page updates.
1388 20170222
1390 * env_parallel now supports /bin/sh, ash, dash.
1392 * --tee will pipe all data to all jobs. Used with --pipe/--pipepart
1393   and :::. Small example: seq 3333 | parallel --pipe --tee --tag 'grep
1394   {} | wc -l' ::: {0..9}
1396 * If --results {replstr} ends in /: save in dir. Otherwise save as
1397   file. Example: parallel --results {} echo {} ::: a b c
1399 * Vote for GNU Parallel's community ads on
1400   http://meta.unix.stackexchange.com/a/4356/2972
1401   http://meta.askubuntu.com/a/16750/22307
1402   http://meta.serverfault.com/a/9040/45704
1404 * GNU Parallel was cited in: Low-delay forwarding with multiple
1405   candidates for VANETs using multi-criteria decision making
1406   http://ieeexplore.ieee.org/document/7835961/
1408 * GNU Parallel was cited in: An Integrated Simulator and Dataset that
1409   Combines Grasping and Vision for Deep Learning
1410   https://arxiv.org/pdf/1702.02103.pdf
1412 * GNU Parallel was cited in: A Bayesian model selection approach for
1413   identifying differentially expressed transcripts from RNA sequencing
1414   data http://onlinelibrary.wiley.com/doi/10.1111/rssc.12213/full
1416 * GNU Parallel was cited in: The impact of copy number variation on
1417   gout, and the apple genome
1418   https://ourarchive.otago.ac.nz/bitstream/handle/10523/7060/BoocockJames2016MSc.pdf?sequence=3
1420 * GNU Parallel was cited in: Reaction rates for reaction-diffusion
1421   kinetics on unstructured meshes
1422   http://aip.scitation.org/doi/10.1063/1.4975167
1424 * GNU Parallel was cited in: Modeling prediction error improves power
1425   of transcriptome-wide association studies
1426   http://biorxiv.org/content/biorxiv/early/2017/02/14/108316.full.pdf
1428 * GNU Parallel was cited in: Proper experimental design requires
1429   randomization/balancing of molecular ecology experiments
1430   http://biorxiv.org/content/biorxiv/early/2017/02/17/109280.full.pdf
1432 * GNU Parallel was cited in: Experiment-based thermal micromagnetic
1433   simulations of the magnetization reversal for ns-range clocked
1434   nanomagnetic logic
1435   http://aip.scitation.org/doi/full/10.1063/1.4974021
1437 * GNU Parallel was cited in: The University of Edinburgh’s systems
1438   submission to the MT task at IWSLT
1439   http://workshop2016.iwslt.org/downloads/IWSLT_2016_paper_27.pdf
1441 * Fast-GBS uses GNU Parallel: https://bitbucket.org/jerlar73/fast-gbs
1443 * Job: DevOps Engineer/Senior Systems Administrator in New York, New
1444   York
1445   http://rockefeller.jobs/new-york-ny/devops-engineersenior-systems-administrator/2DB3408EAC9E4617AD238550F31C7641/job/
1447 * Training in GNU Parallel:
1448   https://www.carc.unm.edu/education-outreach/workshops--training/
1450 * Training in GNU Parallel:
1451   http://www.hpc.lsu.edu/training/registration.php?topic=Parallel%20Serial%20Jobs%20Using%20GNU%20Parallel&date=February%2022,%202017&time=9:00%20AM%20-%2011:00%20AM&place=307%20Frey&deadline=2017-02-21%2016:30:00
1453 * Batch Convert Images from PNG to JPEG
1454   http://coreygoldberg.blogspot.dk/2017/02/batch-convert-images-from-png-to-jpeg.html
1456 * Accelerating Oxford Nanopore Basecalling
1457   http://fowlerlab.org/2017/01/26/accelerating-oxford-nanopore-basecalling/
1459 * parallel и imagemagick в loop на bash
1460   https://www.linux.org.ru/forum/development/13190247
1462 * Bug fixes and man page updates.
1465 20170206alpha
1467 * --tee introduced.
1470 20170122
1472 * sql now uses a temporary credentials file for MySQL to avoid
1473   warning.
1475 * --sqlmaster and --sqlworker have been reworked.
1477 * --sqlworker only reads from the DBURL: any command and any arguments
1478   are ignored.
1480 * --sqlmaster +DBURL will append different commands to the DBURL and
1481   not erase the table.
1483 * If --results contain a replacement string, no tree structure with
1484   args will be generated.
1486 * --fg --tmux or --fg --tmuxpane will connect to the tmux.
1488 * GNU Parallel was cited in: Fast, Automated Indoor Light Detection,
1489   Classification, and Measurement
1490   https://www2.eecs.berkeley.edu/Pubs/TechRpts/2016/EECS-2016-212.pdf
1492 * GNU Parallel was cited in: Unbiased RNA Shotgun Metagenomics in
1493   Social and Solitary Wild Bees Detects Associations with Eukaryote
1494   Parasites and New Viruses
1495   http://journals.plos.org/plosone/article?id=10.1371/journal.pone.0168456
1497 * GNU Parallel was cited in: Almost Event-Rate Independent Monitoring
1498   of Metric Temporal Logic
1499   http://people.inf.ethz.ch/trayteld/papers/tacas17-aerial/aerial.pdf
1501 * 使用GNU parallel命令并行预处理数据: https://blog.razrlele.com/p/1843
1503 * GNU Parallel as a queuing system:
1504   http://puntoblogspot.blogspot.com/2017/01/gnu-parallel-as-queuing-system.html
1506 * AWS re:Invent 2016: Deep Dive on Amazon Elastic File System (STG202)
1507   slide 45
1508   http://www.slideshare.net/AmazonWebServices/aws-reinvent-2016-deep-dive-on-amazon-elastic-file-system-stg202
1509   and https://youtu.be/PlTuJx4VnGw?t=30m16s
1511 * Bug fixes and man page updates.
1514 20161222
1516 * --results foo.csv will save output as a CSV-file. Can be directly
1517   imported into R or LibreCalc.
1519 * When using --pipepart a negative --block-size is not interpreted as
1520   a block size but as the number of blocks each jobslot should have.
1522 * --sqlmaster/--sqlandworker will append jobs to the DBURL if the
1523   DBURL is prepended with +.
1525 * GNU Parallel was cited in: A cloud-based workflow to quantify
1526   transcript-expression levels in public cancer compendia
1527   http://www.nature.com/articles/srep39259
1529 * GNU Parallel was cited in: Determination of crystal structures of
1530   proteins of unknown identity using a marathon molecular replacement
1531   procedure: Structure of Stenotrophomonas maltophilia
1532   phosphate-binding protein
1533   https://www.researchgate.net/publication/308186413_Determination_of_crystal_structures_of_proteins_of_unknown_identity_using_a_marathon_molecular_replacement_procedure_Structure_of_Stenotrophomonas_maltophilia_phosphate-binding_protein
1535 * GNU Parallel was cited in: Large-scale benchmarking reveals false
1536   discoveries and count transformation sensitivity in 16S rRNA gene
1537   amplicon data analysis methods used in microbiome studies
1538   http://microbiomejournal.biomedcentral.com/articles/10.1186/s40168-016-0208-8
1540 * GNU Parallel was cited in: Decomposing Images into Layers via
1541   RGB-space Geometry
1542   https://cs.gmu.edu/~ygingold/singleimage/Decomposing%20Images%20into%20Layers%20via%20RGB-space%20Geometry%20(Tan%20et%20al%202016%20TOG)%20small.pdf
1544 * Transient compute clustering with GNU Parallel and sshfs
1545   https://gist.github.com/Brainiarc7/24c966c8a001061ee86cc4bc05826bf4
1547 * 4 Ways to Batch Convert Your PNG to JPG and Vice-Versa
1548   http://www.tecmint.com/linux-image-conversion-tools/
1550 * All's Fair in Love and Distributed Storage
1551   http://cohesity.com/blog/alls-fair-love-distributed-storage/
1553 * How can I use GNU Parallel to run a lot of commands in parallel
1554   https://www.msi.umn.edu/support/faq/how-can-i-use-gnu-parallel-run-lot-commands-parallel
1556 * 정해영의 블로그 - JEONG Haeyoung's blog
1557   http://blog.genoglobe.com/2016/11/gnu-parallel.html
1559 * 在Linux下将PNG和JPG批量互转的四种方法
1560   http://os.51cto.com/art/201612/524182.htm
1562 * Running in parallel http://tomkimpson.com/howto/gnuparallel/
1564 * Taco Bell Parallel Programming
1565   https://giorgos.sealabs.net/taco-bell-parallel-programming.html
1567 * Bug fixes and man page updates.
1570 20161122
1572 * --record-env can now be used with env_parallel for bash, ksh, pdksh,
1573   and zsh.
1575 * GNU Parallel was cited in: An improved implementation of Conditional
1576   Reciprocal Best Hits with LAST and Python
1577   https://pypi.python.org/pypi/shmlast/1.0.3
1579 * GNU Parallel was cited in: miRPathDB: a new dictionary on microRNAs
1580   and target pathways
1581   http://nar.oxfordjournals.org/content/early/2016/10/13/nar.gkw926.full
1583 * GNU/Parallel – Run multiple commands simultaneously
1584   https://vinusumi.wordpress.com/2016/11/08/gnuparallel-run-multiple-commands-simultaneously/
1586 * Tutorial: Parallel web scraping with CasperJS and GNU Parallel
1587   http://g-liu.com/blog/2016/10/tutorial-parallel-web-scraping-with-casperjs-and-gnu-parallel/
1589 * Bug fixes and man page updates.
1592 20161022
1594 * First command no longer gets stdin as it causes unpredictable issues.
1596 * GNU Parallel was cited in: Efficiently parallelized modeling of
1597   tightly focused, large bandwidth laser pulses
1598   https://arxiv.org/pdf/1609.08146v1.pdf
1600 * How to crunch lots of geodata in parallel
1601   http://blog.faraday.io/how-to-crunch-lots-of-geodata-in-parallel/
1603 * GNU parallel is my new toaster
1604   http://amedee.me/gnu-parallel-is-my-new-toaster/index.html
1606 * Bug fixes and man page updates.
1609 20160922
1611 * parcat - cat files or fifos in parallel
1613 * GNU Parallel was cited in: Velocity: A Netflow Based Optimized
1614   Geo-IP Lookup Tool
1615   https://mospace.umsystem.edu/xmlui/bitstream/handle/10355/50842/Thesis_2016_Pakhare.pdf?sequence=1&isAllowed=y
1617 * GNU Parallel was cited in: Viral deep sequencing needs an adaptive
1618   approach: IRMA, the iterative refinement meta-assembler
1619   http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC5011931/
1621 * Using GNU Parallel and ImageMagick for Conversions
1622   https://blog.fractalcomic.com/tutorials/using-gnu-parallel-and-imagemagick-for-conversions/
1624 * Training in GNU Parallel
1625   http://www.cism.ucl.ac.be/Services/Formations/parcomp.pdf
1627 * Chown Ceph OSD data directory using GNU Parallel
1628   http://blog.widodh.nl/2016/08/chown-ceph-osd-data-directory-using-gnu-parallel/
1630 * FastGBS uses GNU Parallel https://bitbucket.org/jerlar73/fastgbs
1632 * dDocent: A guide to ddRAD sequencing
1633   https://ddocent.wordpress.com/ddocent-pipeline-user-guide/
1635 * SOFTWARE GNU Parallel
1636   http://msi-riss.readthedocs.io/en/latest/software/gnu-parallel.html
1638 * Bug fixes and man page updates.
1641 20160822
1643 * --tmuxpane opens jobs in panes in tmux. Useful if you want to
1644   monitor progress of less than 100 simultaneous jobs.
1646 * --linebuffer now treats \r as line ending, too.
1648 * Perl changes forces use of floats to be given with leading zero, so
1649   0.1 and not .1
1651 * --xapply renamed to --link.
1653 * Support for pdksh will fade until someone packages it for Ubuntu 16.
1655 * GNU Parallel was cited in: Exome sequencing of geographically
1656   diverse barley landraces and wild relatives gives insights into
1657   environmental adaptation
1658   http://www.nature.com/ng/journal/vaop/ncurrent/full/ng.3612.html?WT.feed_name=subjects_genetics#references
1660 * GNU Parallel was cited in: Vision-Enhanced Lidar Odometry and
1661   Mapping https://www.ri.cmu.edu/pub_files/2016/8/DLL-thesis.pdf
1663 * Easy parallelization with GNU parallel
1664   http://mpharrigan.com/2016/08/02/parallel.html
1666 * Facebook V: Predicting Check Ins, Winner's Interview: 2nd Place,
1667   Markus Kliegl
1668   http://blog.kaggle.com/2016/08/02/facebook-v-predicting-check-ins-winners-interview-2nd-place-markus-kliegl/
1670 * Parallel import
1671   http://www.manitou-mail.org/blog/2016/07/parallel-import/
1673 * Large file batch processing using NodeJs and GNU Parallel
1674   http://www.zacorndorff.com/2016/07/27/large-file-batch-processing-using-nodejs-and-gnu-parallel/
1676 * Bug fixes and man page updates.
1679 20160722
1681 * env_parallel is now ready for wider testing. It is still beta
1682   quality.
1684 * env_parallel is heavily modified for all shells and testing has been
1685   increased.
1687 * Selectively choosing what to export using --env now works for
1688   env_parallel (bash, csh, fish, ksh, pdksh, tcsh, zsh).
1690 * --round-robin now gives more work to a job that processes faster
1691   instead of same amount to all jobs.
1693 * --pipepart works on block devices on GNU/Linux.
1695 * GNU Parallel was cited in: HybPiper: Extracting Coding Sequence and
1696   Introns for Phylogenetics from High-Throughput Sequencing Reads
1697   Using Target Enrichment
1698   http://www.bioone.org/doi/full/10.3732/apps.1600016
1700 * GNU Parallel was cited in: StrAuto - Automation and Parallelization
1701   of STRUCTURE Analysis
1702   http://www.crypticlineage.net/download/strauto/strauto_doc.pdf
1704 * GNU Parallel was cited in: Tools and techniques for computational
1705   reproducibility
1706   http://gigascience.biomedcentral.com/articles/10.1186/s13742-016-0135-4
1708 * GNU Parallel was cited in: FlashPCA: fast sparse canonical
1709   correlation analysis of genomic data
1710   http://biorxiv.org/content/biorxiv/suppl/2016/04/06/047217.DC1/047217-1.pdf
1712 * GNU Parallel was cited in: Math Indexer and Searcher under the Hood:
1713   Fine-tuning Query Expansion and Unification Strategies
1714   http://research.nii.ac.jp/ntcir/workshop/OnlineProceedings12/pdf/ntcir/MathIR/05-NTCIR12-MathIR-RuzickaM.pdf
1716 * GNU Parallel was cited in: The Evolution and Fate of
1717   Super-Chandrasekhar Mass White Dwarf Merger Remnants
1718   http://arxiv.org/pdf/1606.02300.pdf
1720 * GNU Parallel was cited in: Evaluation of Coastal Scatterometer
1721   Products
1722   https://mdc.coaps.fsu.edu/scatterometry/meeting/docs/2016/Thu_AM/coastal-poster.pdf
1724 * GNU Parallel was used in: https://github.com/splitice/bulkdnsblcheck
1726 * The iconv slurp misfeature
1727   http://www.openfusion.net/linux/iconv_slurp_misfeature
1729 * แบบว่า CPU เหลือ https://veer66.wordpress.com/2016/06/15/gnu-parallel/
1731 * Bug fixes and man page updates.
1734 20160622
1736 * $PATH can now be exported using --env PATH. Useful if GNU Parallel
1737   is not in your path on remote machines.
1739 * If --block is left out, --pipepart will use a block size that will
1740   result in 10 jobs per jobslot.
1742 * The cookie from 2016-01-04 was won by Morgan Rodgers on the
1743   2016-06-06 after 5 months.
1745 * Vote for GNU Parallel's community ad on
1746   https://meta.askubuntu.com/questions/14925/community-promotion-ads-2016/15046#15046
1748 * GNU Parallel was cited in: Genotypic Resistance Tests Sequences
1749   Reveal the Role of Marginalized Populations in HIV-1 Transmission in
1750   Switzerland http://www.nature.com/articles/srep27580
1752 * GNU Parallel was cited in: A Deep-Learning Approach for Operation of
1753   an Automated Realtime Flare Forecast
1754   https://arxiv.org/pdf/1606.01587.pdf
1756 * Unix parallel: Populating all the USB sticks
1757   http://www.markhneedham.com/blog/2016/06/01/unix-parallel-populating-all-the-usb-sticks/
1759 * GNU Parallel is a fantastic utility https://www.dray.be/parallel/
1761 * Combining a large number of VCF files
1762   https://gtamazian.com/2016/06/16/combining-a-large-number-of-vcf-files/
1764 * Useful Scraping Techniques
1765   http://blog.apps.npr.org/2016/06/17/scraping-tips.html
1767 * Tools of the trade
1768   http://onox.com.br/2015/05/tools-of-the-trade/#more-198
1770 * Armslist scraper https://github.com/nprapps/armslist-scraper/
1772 * Bug fixes and man page updates.
1775 20160522
1777 * niceload --net pauses the program if the internet connection is
1778   overloaded.
1780 * Vote for GNU Parallel's community ad on
1781   https://meta.askubuntu.com/questions/14925/community-promotion-ads-2016/15046#15046
1783 * Updated speed comparison between versions
1784   https://www.gnu.org/software/parallel/process-time-j2-1700MHz-3000-1000.pdf
1786 * GNU Parallel was cited in: Improving computation efficiency by
1787   parallel programming
1788   http://www.irbis-nbuv.gov.ua/cgi-bin/irbis_nbuv/cgiirbis_64.exe?C21COM=2&I21DBN=UJRN&P21DBN=UJRN&IMAGE_FILE_DOWNLOAD=1&Image_file_name=PDF/ape_2013_3_44.pdf
1790 * GNU Parallel was cited in: A supernova feedback implementation for
1791   the astrophysical simulation software Arepo
1792   https://arxiv.org/abs/1604.06071
1794 * GNU Parallel was cited in: Lorenz-Mie theory for 2D scattering and
1795   resonance calculations https://arxiv.org/pdf/1505.07691v2.pdf
1797 * GNU Parallel was cited in: Host-pathogen co-evolution and the
1798   emergence of broadly neutralizing antibodies in chronic infections
1799   https://arxiv.org/abs/1512.06296
1801 * GNU Parallel was cited in: Pacific People, Metabolic Disease and
1802   Evolutionary Processes: a mitochondrial DNA study
1803   https://otago.ourarchive.ac.nz/handle/10523/6340
1805 * GNU Parallel was cited in: The effect of domain modeling on
1806   efficiency of planning: Lessons from the Nomystery domain
1807   http://ieeexplore.ieee.org/xpls/abs_all.jsp?arnumber=7407131
1809 * GNU Parallel was cited in: Oops, my tests broke the build: An
1810   analysis of Travis CI builds with GitHub
1811   https://peerj.com/preprints/1984/
1813 * GNU Parallel was cited in: Drosophila Muller F Elements Maintain a
1814   Distinct Set of Genomic Properties Over 40 Million Years of
1815   Evolution http://www.g3journal.org/content/5/5/719.full.pdf+html
1817 * GNU Parallel was cited in: An Empirical Comparison of Neural
1818   Architectures for Reinforcement Learning in Partially Observable
1819   Environments
1820   http://biorxiv.org/content/biorxiv/early/2016/03/24/022707.full.pdf
1822 * GNU Parallel was cited in: PleaseTM: Enabling Transaction Conflict
1823   Management in Requester-wins Hardware Transactional Memory
1824   http://ieeexplore.ieee.org/stamp/stamp.jsp?tp=&arnumber=7446072
1826 * GNU Parallel was cited in: EASE-MM: Sequence-Based Prediction of
1827   Mutation-Induced Stability Changes with Feature-Based Multiple
1828   Models
1829   http://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S0022283616000310
1831 * GNU Parallel was cited in: A new orthology assessment method for
1832   phylogenomic data: Unrooted Phylogenetic Orthology
1833   http://mbe.oxfordjournals.org/content/early/2016/04/06/molbev.msw069.short
1834   https://github.com/ballesterus/UPhO
1836 * GNU Parallel was cited in: Distinctive Interest Point Selection for
1837   Efficient Near-duplicate Image Retrieval
1838   http://ieeexplore.ieee.org/stamp/stamp.jsp?tp=&arnumber=7459172
1840 * GNU Parallel was cited in: The Evolution of C Programming Practices:
1841   A Study of the Unix Operating System 1973–2015
1842   https://dl.acm.org/citation.cfm?id=2884799 (It has the cutest
1843   thumbnail graphs I have ever seen scattered all over the text)
1845 * GNU Parallel was cited in: Data processing pipeline for serial
1846   femtosecond crystallography at SACLA
1847   http://journals.iucr.org/j/issues/2016/03/00/zw5001/index.html
1849 * GNU Parallel was cited in: Reconstruction of Fine-Scale Auroral
1850   Dynamics http://arxiv.org/pdf/1512.01460.pdf
1852 * GNU Parallel was cited in: Genomic legacy of the African cheetah,
1853   Acinonyx jubatus
1854   https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC4676127/pdf/13059_2015_Article_837.pdf
1856 * GNU Parallel was cited in: Don’t Forget to Lock the Back Door! A
1857   Characterization of IPv6 Network Security Policy
1858   http://benign-research-probe2.eecs.umich.edu/ndss16_ipv6_final.pdf
1860 * GNU Parallel was cited in: Comprehensive Annotation of the
1861   Parastagonospora nodorum Reference Genome Using Next-Generation
1862   Genomics, Transcriptomics and Proteogenomics
1863   http://journals.plos.org/plosone/article/asset?id=10.1371%2Fjournal.pone.0147221.PDF
1865 * GNU Parallel was cited in: How attention influences perceptual
1866   decision making: Single-trial EEG correlates of drift-diffusion
1867   model parameters http://www.cidlab.com/prints/nunez2016attention.pdf
1869 * GNU Parallel was cited in: Telomere And Proximal Sequence Analysis
1870   Using High-Throughput Sequencing Reads
1871   http://repository.upenn.edu/edissertations/1460/
1873 * GNU Parallel was cited in: AT-GIS: Highly Parallel Spatial Query
1874   Processing with Associative Transducers
1875   http://lsds.doc.ic.ac.uk/sites/default/files/ATGIS-SIGMOD16.pdf
1877 * GNU Parallel was cited in: PVAIR: Partial Variable Assignment
1878   InterpolatoR http://verify.inf.usi.ch/sites/default/files/main-2.pdf
1880 * GNU Parallel was cited in: Comparative Cladistics: Fossils,
1881   Morphological Data Partitions and Lost Branches in the Fossil Tree
1882   of Life http://opus.bath.ac.uk/43955/
1884 * GNU Parallel was cited in: Shannon: An Information-Optimal de
1885   NovoRNA-Seq Assembler
1886   http://biorxiv.org/content/biorxiv/early/2016/02/09/039230.full.pdf
1888 * GNU Parallel was cited in: Adaptive Measure-Theoretic Parameter
1889   Estimation for Coastal Ocean Modeling
1890   https://repositories.lib.utexas.edu/handle/2152/32435
1892 * GNU Parallel was cited in: Computational Design of DNA-Binding
1893   Proteins
1894   http://link.springer.com/protocol/10.1007/978-1-4939-3569-7_16
1896 * GNU Parallel was cited in: Reference genotype and exome data from an
1897   Australian Aboriginal population for health-based research
1898   http://www.nature.com/articles/sdata201623
1900 * GNU Parallel was cited in: Do aye-ayes echolocate?
1901   http://biorxiv.org/content/biorxiv/early/2016/04/11/048165.full.pdf
1903 * GNU Parallel was cited in: Functional enrichments of disease
1904   variants across thousands of independent loci in eight diseases
1905   http://biorxiv.org/content/biorxiv/early/2016/04/11/048066.full.pdf
1907 * GNU Parallel was cited in: From genomes to phenotypes: Traitar, the
1908   microbial trait analyzer
1909   http://biorxiv.org/content/biorxiv/early/2016/03/12/043315.full.pdf
1911 * GNU Parallel was mentioned in: Fast Playback Framework for Analysis
1912   of Ground-Based Doppler Radar Observations Using MapReduce
1913   Technology
1914   http://journals.ametsoc.org/doi/pdf/10.1175/JTECH-D-15-0118.1
1916 * NCBI blast tutorial
1917   https://github.com/enormandeau/ncbi_blast_tutorial
1919 * Distributed Preservation Made Simple
1920   https://blog.archive.org/2016/02/26/distributed-preservation-made-simple/
1922 * Parallel Jobs in Luigi http://rjbaxley.com/posts/2016/03/13/parallel_jobs_in_luigi.html
1924 * Bug fixes and man page updates.
1927 20160422
1929 * :::+ and ::::+ work like ::: and :::: but links this input source to
1930   the previous input source in a --xapply fashion. Contrary to
1931   --xapply values do not wrap: The shortest input source determines
1932   the length.
1934 * --line-buffer --keep-order now outputs continously from the oldest
1935   job still running. This is more what you would expect than the
1936   earlier behaviour where --keep-order had no effect with
1937   --line-buffer.
1939 * env_parallel supports tcsh, csh, pdksh. In fish it now supports
1940   arrays. In csh/tcsh it now supports variables, aliases, and arrays
1941   with no special chars. In pdksh it supports aliases, functions,
1942   variables, and arrays.
1944 * Function exporting on Mac OS X works around old Bash version.
1946 * Better CPU detection on OpenIndiana.
1948 * GNU Parallel was cited in: Automatic Methods for Assisted
1949   Recruitment
1950   https://www.researchgate.net/publication/297738658_Automatic_Methods_for_Assisted_Recruitment
1952 * GNU Parallel was cited in: Reinterpretation of ATLAS 8 TeV searches
1953   for Natural SUSY with a R-Sneutrino LSP
1954   http://arxiv.org/pdf/1603.06130.pdf
1956 * GNU Parallel was cited in: An Operational Radiometric Landsat
1957   Preprocessing Framework for Large-Area Time Series Applications
1958   https://www.uni-trier.de/fileadmin/fb6/prof/FER/Publikationen/frantz_et_al_ieee-tgrs-2016-post-print.pdf
1960 * A basic demo of how GNU Parallel can speed up execution of commands
1961   https://www.youtube.com/watch?v=kl8LO2jcvMc
1963 * qbatch uses GNU Parallel: https://pypi.python.org/pypi/qbatch/1.0rc2
1965 * FaceCrop uses GNU Parallel: https://github.com/EderSantana/FaceCrop
1967 * Parallel Processing with Catmandu
1968   https://librecatproject.wordpress.com/2016/04/20/parallel-processing-with-catmandu/
1970 * GNU parallel 應用範例
1971   http://staypython.blogspot.dk/2016/04/gnu-parallel.html
1973 * Bug fixes and man page updates.
1976 20160322
1978 * env_parallel is a function that exports the environment (functions,
1979   aliases, variables, and arrays) to GNU Parallel. Run 'man
1980   env_parallel' for details.
1982 * niceload --prg now searches for substrings if no process with the
1983   name is found.
1985 * GNU Parallel was cited in: Random Forest DBSCAN for USPTO Inventor
1986   Name Disambiguation http://arxiv.org/pdf/1602.01792.pdf
1988 * GNU Parallel was mentioned (with wrong citation) in: Dual Level
1989   Parallel Computations for LargeScale High-Fidelity Database to
1990   Design Aerospace Vehicles
1991   http://www.nas.nasa.gov/assets/pdf/papers/Guruswamy_2013_DualLevelParallelComputations.pdf
1993 * Using ‘Parallel’ in Unix
1994   https://shearnrylan.wordpress.com/2016/02/22/using-parallel-in-unix/
1996 * JPEG Squish uses (and co-distributes) GNU Parallel:
1997   http://dantidswell.co.uk/jpeg-squish/
1999 * Bug fixes and man page updates.
2002 20160222
2004 * Vote for new community on Superuser, Ask Ubuntu, Unix&Linux
2005   http://meta.superuser.com/questions/11127/community-promotion-ads-2016/11225#11225
2006   http://meta.askubuntu.com/questions/14925/community-promotion-ads-2016/15046#15046
2007   http://meta.unix.stackexchange.com/questions/3854/community-promotion-ads-2016/3893#3893
2009 * Daily Quick Tip: parallel
2010   https://medium.com/@jacaetevha/daily-quick-tip-parallel-8772435f6582
2012 * Downloading a list of URLs
2013   http://blog.gypsydave5.com/2016/02/04/xargs-and-curl/
2015 * Using GNU Parallel and ImageMagick for Conversions
2016   http://blog.fractalcomic.com/tutorials/using-gnu-parallel-and-imagemagick-for-conversions/
2018 * Running bash commands in parallel
2019   http://linuxcommando.blogspot.dk/2016/01/running-bash-commands-in-parallel.html
2021 * parallel processing in PDAL
2022   https://smathermather.wordpress.com/2016/01/28/parallel-processing-in-pdal/
2024 * A Million Text Files And A Single Laptop
2025   http://randyzwitch.com/gnu-parallel-medium-data/
2027 * 「今日から使い切る」ための GNU Parallelによる並列処理入門
2028   http://www.slideshare.net/koji_matsuda/gnu-parallel
2030 * Bug fixes and man page updates.
2033 20160122
2035 * --sql DBURL uses DBURL as storage for jobs and output. It does not
2036   run any jobs so it requires at least one --sqlworker. DBURL must
2037   point to a table.
2039 * --sqlworker DBURL gets jobs from DBURL and stores the result back to
2040   DBURL.
2042 * --sqlandworker is a shorthand for --sql and --sqlworker.
2044 * --sqlworker requires the output of a single job to fit in memory.
2046 * --results now also saves a file called 'seq' containing the sequence
2047   number.
2049 * If $PARALLEL_ENV is a file, then that file will be read into
2050   $PARALLEL_ENV.
2052 * man parallel_tutorial has been given an overhaul.
2054 * --workdir now accepts replacementstrings.
2056 * GNU Parallel was cited in: Possum - A Framework for
2057   Three-Dimensional Reconstruction of Brain Images from Serial
2058   Sections http://link.springer.com/article/10.1007/s12021-015-9286-1
2060 * GNU Parallel was cited in: A Genetic Algorithm for the selection of
2061   structural MRI features for classification of Mild Cognitive
2062   Impairment and Alzheimer's Disease
2063   http://ieeexplore.ieee.org/xpl/abstractReferences.jsp?tp=&arnumber=7359909&url=http%3A%2F%2Fieeexplore.ieee.org%2Fxpls%2Fabs_all.jsp%3Farnumber%3D7359909
2065 * GNU Parallel was cited in: The Effect of Domain Modeling on
2066   Performance of Planning Algorithms
2067   http://isaim2016.cs.virginia.edu/papers/ISAIM2016_Bartak_Vodrazka.pdf
2069 * Plotting time tables for jobs run by GNU Parallel
2070   https://github.com/ziotom78/plot_joblog
2072 * GNU Parallel was used in: Mission Impossible: you have 1 minute to
2073   analyze the Ebola Genome https://www.biostars.org/p/119397
2075 * GNU Parallel is used in LAST: http://last.cbrc.jp/
2077 * Distributed Log Search Using GNU Parallel
2078   http://codehate.com/blog/2015/12/01/distributed-log-search-using-gnu-parallel/
2080 * Bug fixes and man page updates.
2083 20151222
2085 * --transfer is now an alias for --transferfile {}.
2087 * --transferfile works like --transfer, but takes an argument like
2088   --return. This makes it possible to combine transferring files
2089   with multiple input sources: parallel -S server --tf {1} wc {2}
2090   {1} ::: * ::: -l -w -c
2092 * total_jobs() can now be used in {= =}: parallel echo job {#} of '{=
2093   $_=total_jobs() =}' ::: {1..50}
2095 * GNU Parallel was cited in: Evolution and Learning in Heterogeneous
2096   Environments
2097   http://research.gold.ac.uk/15078/1/COM_thesis_JonesD_2015.pdf
2099 * GNU Parallel was cited in: Achieving Consistent Doppler Measurements
2100   from SDO/HMI Vector Field Inversions
2101   http://arxiv.org/pdf/1511.06500.pdf
2103 * Flo uses GNU Parallel: https://github.com/wurmlab/flo
2105 * 使用 GNU parallel 來平行運算
2106   http://mutolisp.logdown.com/posts/316959-using-gnu-parallel-to-parallel-computing
2108 * Bug fixes and man page updates.
2111 20151122
2113 * GNU Parallel packaged for CERN CentOS:
2114   http://linuxsoft.cern.ch/cern/centos/7/cern/x86_64/repoview/parallel.html
2116 * GNU Parallel was cited in: The Outer Solar System Origins Survey:
2117   I. Design and First-Quarter Discoveries
2118   http://arxiv.org/pdf/1511.02895.pdf
2120 * GNU Parallel was cited in: Contrasting genetic architectures of
2121   schizophrenia and other complex diseases using fast
2122   variance-components analysis
2123   http://www.nature.com/ng/journal/vaop/ncurrent/full/ng.3431.html
2125 * GNU Parallel was cited in: Named-Entity Chunking for Norwegian Text
2126   using Support Vector Machines
2127   http://ojs.bibsys.no/index.php/NIK/article/viewFile/248/211
2129 * GNU Parallel was cited in: Multiscale Estimation of Binding Kinetics
2130   Using Brownian Dynamics, Molecular Dynamics and Milestoning
2131   http://journals.plos.org/ploscompbiol/article?id=10.1371/journal.pcbi.1004381#pcbi.1004381.ref072
2133 * GNU Parallel was cited in: A Detailed Characterization of Errors in
2134   Logic Circuits due to Single-Event Transients
2135   http://ieeexplore.ieee.org/xpl/articleDetails.jsp?tp=&arnumber=7302348&url=http%3A%2F%2Fieeexplore.ieee.org%2Fxpls%2Fabs_all.jsp%3Farnumber%3D7302348
2137 * GNU Parallel was cited in: Arabic Speaker Emotion Classification
2138   Using Rhythm Metrics and Neural Networks
2139   http://www.eurasip.org/Proceedings/Eusipco/Eusipco2015/papers/1570104855.pdf
2141 * GNU Parallel was cited in: Stride Search: a general algorithm for
2142   storm detection in high resolution climate data
2143   http://www.geosci-model-dev-discuss.net/8/7727/2015/gmdd-8-7727-2015.pdf
2145 * GNU Parallel was cited in: Decomposing Digital Paintings into Layers
2146   via RGB-space Geometry http://arxiv.org/pdf/1509.03335.pdf
2148 * GNU Parallel was cited in: Structure and evolutionary history of a
2149   large family of NLR proteins in the zebrafish
2150   http://www.biorxiv.org/content/biorxiv/early/2015/09/18/027151.full.pdf
2152 * GNU Parallel was cited in: Evolution of movement strategies under
2153   competitive interactions
2154   http://digital.csic.es/bitstream/10261/115973/1/evolution_movement_strategies_Kiziridis.pdf
2156 * Automating large numbers of tasks
2157   https://rcc.uchicago.edu/docs/tutorials/kicp-tutorials/running-jobs.html
2159 * Max out your IOPs with GNU Parallel
2160   http://blog.bitratchet.com/2015/11/11/max-out-your-iops-with-gnu-parallel/
2162 * Bug fixes and man page updates.
2165 20151022
2167 * --plus makes it possible to use {##} as a shorthand for
2168   {= $_=$Global::JobQueue->total_jobs() =} which gives the the number
2169   of jobs to run in total.
2171 * {= $_=$Global::JobQueue->total_jobs() =} is incompatible with -X,
2172   -m, and --xargs.
2174 * GNU Parallel is now mostly compatible with lsh
2175   (http://www.lysator.liu.se/~nisse/lsh/) and somewhat compatible with
2176   autossh (http://www.harding.motd.ca/autossh/).
2178 * --workdir ... now also works when run locally.
2180 * GNU Parallel was cited in: There is no (75, 32, 10, 16) strongly
2181   regular graph http://arxiv.org/pdf/1509.05933.pdf
2183 * GNU Parallel was cited in: Roary: rapid large-scale prokaryote pan
2184   genome analysis
2185   http://bioinformatics.oxfordjournals.org/content/early/2015/08/05/bioinformatics.btv421.full.pdf+html
2187 * GNU Parallel is used in TraitAR:
2188   https://testpypi.python.org/pypi/traitar/0.1.4
2190 * A parallel and fast way to download multiple files
2191   http://onetipperday.blogspot.com/2015/10/a-parallel-and-fast-way-to-download.html
2193 * Usar GNU Parallel para aumentar el rendimiento de tus scripts
2194   http://adrianarroyocalle.github.io/blog/2015/10/20/usar-gnu-parallel/
2196 * Bug fixes and man page updates.
2199 20150922
2201 * GNU Parallel was cited in: Flexible Modeling of Epidemics with an
2202   Empirical Bayes Framework
2203   http://journals.plos.org/ploscompbiol/article?id=10.1371%2Fjournal.pcbi.1004382
2205 * GNU Parallel was cited in: BL1: 2D Potts Model with a Twist
2206   https://sucs.swan.ac.uk/~rjames93/Dissertation.pdf
2208 * GNU Parallel was cited in: A Scalable Parallel Implementation of
2209   Evolutionary Algorithms for Multi-Objective Optimization on GPUs
2210   http://ieeexplore.ieee.org/stamp/stamp.jsp?tp=&arnumber=7257074
2212 * GNU Parallel was cited in: How Can We Measure the Similarity Between
2213   Résumés of Selected Candidates for a Job?
2214   https://www.researchgate.net/publication/275954089_How_can_we_measure_the_similarity_between_rsums_of_selected_candidates_for_a_job
2216 * GNU Parallel was cited in: Interplay of cell dynamics and epithelial
2217   tension during morphogenesis of the Drosophila pupal wing
2218   http://www.researchgate.net/profile/Raphael_Etournay/publication/279061859_Interplay_of_cell_dynamics_and_epithelial_tension_during_morphogenesis_of_the_Drosophila_pupal_wing/links/558a95ad08aeae8413bcceea.pdf
2220 * Third-party selling GNU Parallel T-shirts
2221   http://www.aliexpress.com/item/2015F-BSO-GNU-LOGO-GNU-PARALLEL-men-s-shirt-sleeve-visual-illusion-error/32464827966.html
2223 * Joys of gnu parallel
2224   http://scottolesen.com/index.php/2015/08/26/joys-of-gnu-parallel/
2226 * Crop and resize images with bash and ImageMagick
2227   https://www.simonholywell.com/post/2015/08/image-resize-crop-bash-imagemagick/
2229 * Three Ways to Script Processes in Parallel
2230   http://www.codeword.xyz/2015/09/02/three-ways-to-script-processes-in-parallel/
2232 * What It Looks Like to Process 3.5 Million Books
2233   http://blog.gdeltproject.org/what-it-looks-like-to-process-3-5-million-books/
2235 * Bug fixes and man page updates.
2238 20150822
2240 * If $job->skip() is called in {= =} the job will not be run.
2242 * @arg can now be used in {= =}: parallel echo '{= $arg[2] < 5 and
2243   $_="j" =}' ::: 1 2 3 ::: 4 5 6
2245 * Version of GNU Parallel that uses PostgreSQL as backend
2246   https://github.com/stephen-fralich/parallel-sql/
2248 * SpeedSeq: ultra-fast personal genome analysis and interpretation
2249   http://www.nature.com/nmeth/journal/vaop/ncurrent/full/nmeth.3505.html
2251 * GNU Parallel is used in elPrep: https://github.com/ExaScience/elprep
2253 * Who actually reads the code?
2254   http://www.fsf.org/blogs/community/who-actually-reads-the-code
2256 * Introduction to GNU Parallel
2257   http://erictleung.com/2015/08/06/intro-to-gnu-parallel/
2259 * ¿Alguien se lee el código?
2260   http://www.taringa.net/post/linux/18854759/Alguien-se-lee-el-codigo.html
2262 * ¿Quién se lee el código fuente?
2263   https://victorhckinthefreeworld.wordpress.com/2015/08/12/quien-se-lee-el-codigo-fuente/
2265 * Distribution des traitements avec GNU Parallel
2266   http://blog.inovia-conseil.fr/?p=226#4
2268 * Эксперимент по проверке, читают ли код открытых проектов
2269   http://www.opennet.ru/opennews/art.shtml?num=42718
2271 * 多核心主機搭配 GNU parallel
2272   http://blog.zeroplex.tw/2015/08/gnu-parallel.html
2274 * Bug fixes and man page updates.
2277 20150722
2279 * If a record fits in a block, --block only reads upto the size of
2280   --block. If not: --block reads a full --block more.
2282 * Due to widely spread distributions still using --tollef even after a
2283   year of being retired following a year of being obsolete, --tollef
2284   now gives an error unless used with --gnu.
2286 * --nice now uses a perl wrapper instead of the nice command.
2288 * Cookie 2013-08-18 was won by Mark Maimone, 1 year and 11 months
2289   after release.
2291 * A parser for GNU Parallel --joblog files:
2292   https://github.com/harryjubb/joblog
2294 * GNU Parallel was cited in: Dynamical formation & scattering of
2295   hierarchical triples: Cross sections, Kozai-Lidov oscillations, and
2296   collisions http://arxiv.org/pdf/1507.03593.pdf
2298 * GNU Parallel was cited in: A Fast Compiler for NetKAT
2299   http://arxiv.org/pdf/1506.06378.pdf
2301 * GNU Parallel was cited in: Decomposing Time-Lapse Paintings into
2302   Layers
2303   http://cs.gmu.edu/~ygingold/timemap/Decomposing%20Time-Lapse%20Paintings%20into%20Layers%20(Tan%20et%20al%202015%20SIGGRAPH)%20600dpi.pdf
2305 * GNU Parallel was used in: Somatic mutation calling from the matched
2306   tumor-normal exome-sequencing
2307   http://fafner.meb.ki.se/biostatwiki/somac/
2309 * Parallel Processing from the Command Line
2310   https://www.perpetual-beta.org/weblog/parallel-processing-from-the-command-line.html
2312 * Using GNU Parallel to speed up network operations
2313   http://vielmetti.typepad.com/vacuum/2015/06/using-gnu-parallel-to-speed-up-network-operations.html
2315 * Crawl faster with "parallel" - but how fast?
2316   http://andreas-wpv.blogspot.com/2015/07/crawl-faster-with-parallel-but-how-fast.html
2318 * Simultaneously benchmark many URLs with ApacheBench and GNU parallel
2319   https://www.simonholywell.com/post/2015/06/parallel-benchmark-many-urls-with-apachebench/
2321 * Bug fixes and man page updates.
2324 20150622
2326 * --halt has been rewritten completely. You can now combine
2327   percentages with success or fail. See the man page.
2329 * Exit values 102..254 have been removed. 101 means more than 100 jobs
2330   failed.
2332 * Killing through --timeout, --memfree, or --halt is now done as a
2333   process group.
2335 * --termseq determines which signals are sent when a job is killed.
2337 * An empty argument would previously cause no string to be
2338   inserted. This is now changed to '' being inserted, thus prepending
2339   a space to the output of: parallel echo {} b ::: ''
2341 * $PARALLEL_ENV can now be set to an environment prepending the
2342   command. Used in env_parallel as mentioned in the manpage.
2344 * --retry-failed will retry all failed jobs in a joblog. It will
2345   ignore any command given.
2347 * --ssh and $PARALLEL_SSH can be used to set the command used for
2348   ssh. The command is assumed to behave the same way as ssh.
2350 * --fifo now works in csh, too.
2352 * Q(...) can be used in {= =} to shell quote a string.
2354 * GNU Parallel was cited in: DockBench: An Integrated Informatic
2355   Platform Bridging the Gap between the Robust Validation of Docking
2356   Protocols and Virtual Screening Simulations
2357   http://www.mdpi.com/1420-3049/20/6/9977
2359 * GNU Parallel was cited in: Swedes Online: You Are More Tracked Than
2360   You Think
2361   http://www.diva-portal.org/smash/get/diva2:807623/FULLTEXT01.pdf
2363 * GNU Parallel was cited in: Tutorial: Lorenz-Mie theory for 2D
2364   scattering and resonance calculations
2365   http://arxiv.org/pdf/1505.07691.pdf
2367 * GNU Parallel was cited in: A quantitative assessment of the Hadoop
2368   framework for analyzing massively parallel DNA sequencing data
2369   http://link.springer.com/article/10.1186/s13742-015-0058-5
2371 * GNU Parallel was cited in: A composite genome approach to identify
2372   phylogenetically informative data from next-generation sequencing
2373   http://www.biomedcentral.com/content/pdf/s12859-015-0632-y.pdf
2375 * GNU Parallel is used in: taxator-tk
2376   http://algbio.cs.uni-duesseldorf.de/webapps/wa-download/
2378 * GNU Parallel is used in: https://github.com/d2207197/local-mapreduce
2380 * GNU Parallel is used in: wiki-edit-news https://github.com/albert-decatur/wiki-edit-news
2382 * GNU Parallel is used in: A Fingerprint Identification System
2383   https://curve.carleton.ca/system/files/theses/28733.pdf
2385 * Job ad asking for GNU Parallel experience:
2386   http://searchjobs.intel.com/gdansk-pol/software-validation-engineer/63A06826DAF24797AB414DC146201C2E/job/
2388 * Using BLAT http://wangzhengyuan.blogspot.dk/2015/06/using-blat.html
2390 * Bug fixes and man page updates.
2393 20150522
2395 * Security: The security issue for --sshlogin + --fifo/--cat has been
2396   fixed. Thereby all issues with
2397   http://lists.gnu.org/archive/html/parallel/2015-04/msg00045.html
2398   have been fixed.
2400 * Security: After further security analysis the issue fixed in
2401   20150422 also fixed the problem for --tmux.
2403 * GNU Parallel was cited in: CIDER: a pipeline for detecting waves of
2404   coordinated transcriptional regulation in gene expression
2405   time-course data
2406   http://biorxiv.org/content/biorxiv/early/2015/03/17/012518.full.pdf
2408 * GNU Parallel was cited in: Building Genomic Analysis Pipelines in a
2409   Hackathon Setting with Bioinformatician Teams: DNA-seq, Epigenomics,
2410   Metagenomics and RNA-seq
2411   http://biorxiv.org/content/biorxiv/early/2015/05/05/018085.full.pdf
2413 * GNU Parallel was cited in: Sequencing the cap-snatching repertoire
2414   of H1N1 influenza provides insight into the mechanism of viral
2415   transcription initiation
2416   http://nar.oxfordjournals.org/content/early/2015/04/20/nar.gkv333.full.pdf
2418 * GNU Parallel was cited in: Genome assembly using Nanopore-guided
2419   long and error-free DNA reads
2420   http://www.biomedcentral.com/content/pdf/s12864-015-1519-z.pdf
2422 * GNU Parallel was used (unfortunately with wrong citation) in:
2423   Comparing the CarbonTracker and TM5-4DVar data assimilation systems
2424   for CO2 surface flux inversions
2425   http://www.atmos-chem-phys-discuss.net/15/8883/2015/acpd-15-8883-2015-discussion.html
2427 * GNU Parallel was used in: Gene Set Omic Analysis (GSOA) method
2428   https://bitbucket.org/srp33/gsoa
2430 * A Quick and Neat :) Orchestrator using GNU Parallel
2431   http://www.elsotanillo.net/2015/05/a-quick-and-neat-orchestrator-using-gnu-parallel/
2433 * Execute commands on multiple computers using GNU Parallel (setting
2434   up a cluster on the cheap)
2435   https://spectraldifferences.wordpress.com/2015/04/26/execute-commands-on-multiple-computers-using-gnu-parallel-setting-up-a-cluster-on-the-cheap/
2437 * Functions and GNU parallel for effective cluster load management
2438   http://genomespot.blogspot.dk/2015/04/functions-and-gnu-parallel-for.html
2440 * Use parallel processing to save time importing databases
2441   http://drupalsun.com/node/41854
2443 * Run multiple ssh commands in parallel with GNU Parallel
2444   http://www.ameir.net/blog/archives/380-run-multiple-ssh-commands-in-parallel-with-gnu-parallel.html
2446 * Importing huge databases faster
2447   https://www.lullabot.com/blog/article/importing-huge-databases-faster
2449 * Parallel? Gnu parallel! https://debian.pro/1834
2451 * Bug fixes and man page updates.
2454 20150422
2456 New in this release:
2458 * Security fix. An attacker on the local system could make you
2459   overwrite one of your own files with a single byte. The problem
2460   exist when you use --compress or --tmux or --pipe or --cat or
2461   --fifo. The attacker must figure out the randomly chosen file name
2462   and create a symlink within a time window of 15 ms.
2464 * --shuf will generate all jobs, and shuffle them before running
2465   them. This is useful to get a quick preview of the results before
2466   running the full batch.
2468 * GNU Parallel now has a DOI: https://dx.doi.org/10.5281/zenodo.16303
2470 * GNU Parallel was cited in: Scaling Machine Learning for Target
2471   Prediction in Drug Discovery using Apache Spark
2472   https://cris.cumulus.vub.ac.be/portal/files/5147244/spark.pdf
2474 * GNU Parallel was cited in: Bayesian inference of protein structure
2475   from chemical shift data https://peerj.com/articles/861/
2477 * GNU Parallel was cited in: Toward Enhanced Metadata Quality of
2478   Large-Scale Digital Libraries: Estimating Volume Time Range
2479   https://www.ideals.illinois.edu/bitstream/handle/2142/73656/186_ready.pdf
2481 * GNU Parallel was cited in: Experimental study on the Wind Farm
2482   Substation Cable Installation Problem
2483   http://i11www.iti.uni-karlsruhe.de/_media/teaching/theses/ma-schmitz-14.pdf
2485 * GNU Parallel was used in: https://github.com/KAPPS-/landsat-gifworks
2487 * GNU Parallel was used in: https://github.com/exascience/elprep
2489 * GNU Parallel was used in:
2490   http://search.cpan.org/~jillrowe/HPC-Runner-GnuParallel-0.01/
2492 * GNU Parallel was used in:
2493   http://search.cpan.org/~ajpage/Bio-Roary-2.0.7/lib/Bio/Roary/JobRunner/Parallel.pm
2495 * GNU Parallel was used in: Rapid haploid SNP calling
2496   https://github.com/tseemann/snippy
2498 * Pictures and Metadata
2499   http://www.ozzy.no/2015/02/05/pictures-and-metadata/
2501 * Task automation with bash and parallel
2502   https://biowize.wordpress.com/2015/03/23/task-automation-with-bash-and-parallel/
2504 * How To: Speed Up File Transfers in Linux using RSync with GNU
2505   Parallel
2506   http://www.yourownlinux.com/2015/04/speed-up-file-transfers-using-rsync-with-gnu-parallel.html
2508 * Mirroring a Git Repository
2509   https://avacariu.me/articles/mirroring-a-git-repository.html
2511 * Add an ENVI header to JAXA Global Mangrove Watch PALSAR tiles
2512   https://spectraldifferences.wordpress.com/2015/03/24/add-an-envi-header-to-jaxa-global-mangrove-watch-palsar-tiles/
2514 * 你见过的最牛逼的命令行程序是什么?
2515   http://www.zhihu.com/question/29257300
2517 * Bug fixes and man page updates.
2520 20150322
2522 New in this release:
2524 * --number-of-cores respects 'taskset' on GNU/Linux.
2526 * --joblog --pipe gives the data send and received in the log.
2528 * GNU Parallel was tested to support 100 GB sized records in --pipe. A
2529   few bugs was fixed to support >2 GB records. It works, but is rather
2530   slow.
2532 * GNU Parallel was cited in: RIG: Recalibration and Interrelation of
2533   genomic sequence data with the GATK
2534   http://www.g3journal.org/content/early/2015/02/13/g3.115.017012.full.pdf+html
2536 * GNU Parallel was cited in: MPI-blastn and NCBI-TaxCollector:
2537   Improving metagenomic analysis with high performance classification
2538   and wide taxonomic attachment
2539   http://www.worldscientific.com/doi/abs/10.1142/S0219720014500139?af=R&
2541 * GNU Parallel was cited in: Recent evolution in Rattus norvegicus is
2542   shaped by declining effective population size
2543   http://biorxiv.org/content/biorxiv/early/2015/03/01/015818.full.pdf
2545 * GNU Parallel was cited in: Evidence for DCO+ as a probe of
2546   ionization in the warm disk surface
2547   http://arxiv.org/pdf/1503.02659.pdf
2549 * GNU Parallel was cited in: De novo assembly and annotation of the
2550   Asian tiger mosquito (Aedes albopictus) repeatome with dnaPipeTE
2551   from raw genomic reads and comparative analysis with the yellow
2552   fever mosquito (Aedes aegypti)
2553   http://gbe.oxfordjournals.org/content/early/2015/03/11/gbe.evv050.full.pdf
2555 * GNU Parallel was cited in: A General Approach to Network
2556   Configuration Analysis
2557   http://research.microsoft.com/en-us/um/people/ratul/papers/nsdi2015-batfish.pdf
2559 * GNU Parallel was cited in: Scrimer: designing primers from
2560   transcriptome data
2561   http://onlinelibrary.wiley.com/doi/10.1111/1755-0998.12403/pdf
2563 * GNU Parallel was cited in: Efficient Retrieval of Key Material for
2564   Inspecting Potentially Malicious Traffic in the Cloud
2565   http://sacko.uk/pdf/2015.1.pdf
2567 * GNU Parallel will be presented at Strataconf: Poor Man's Parallel
2568   Pipelines
2569   http://strataconf.com/big-data-conference-uk-2015/public/schedule/detail/40031
2571 * GNU Parallel was used in:
2572   https://github.com/alexbyrnes/FCC-Political-Ads_The-Code
2574 * GNU Parallel was used in: https://github.com/martymac/fpart
2576 * GNU Parallel was used in:
2577   https://github.com/hoytak/diabetic-retinopathy-code
2579 * GNU Parallel was used in:
2580   https://github.com/mehmattski/HybSeqPipeline
2582 * GNU Parallel was used in:
2583   http://search.cpan.org/~ajpage/Bio-Roary-2.0.0/lib/Bio/Roary/JobRunner/Parallel.pm
2585 * Using GNU Parallel on a Raspberry Pi cluster:
2586   http://www.dcglug.org.uk/cluster-progress/
2588 * An introduction to vector tiling and map reduce in postgis:
2589   http://dimensionaledge.com/intro-vector-tiling-map-reduce-postgis/
2591 * Running scripts in parallel with GNU Parallel:
2592   http://code.jasonbhill.com/2015/03/
2594 * Mahout: Parallelising the creation of DecisionTrees:
2595   http://www.markhneedham.com/blog/2012/12/27/mahout-parallelising-the-creation-of-decisiontrees/
2597 * High-Performance Scientific Computing: Running serial jobs in
2598   parallel
2599   https://support.scinet.utoronto.ca/education/staticpublic/course178/serial.pdf
2601 * Parallel cardinality on your laptop
2602   https://highonscience.wordpress.com/2015/03/15/parallel-cardinality-on-your-laptop/
2604 * Experiments about a better locate using grep
2605   http://a3nm.net/blog/better_locate.html
2607 * Homework with GNU Parallel:
2608   https://support.scinet.utoronto.ca/education/staticpublic/course178content349.html
2610 * Parallel - Jobs in Skripten parallelisieren:
2611   https://slzm.de/blog/linux-tool-des-tages-parallel-jobs-in-skripten-parallelisieren/#more-612
2613 * GNU Parallel, czyli 100% użycia procesora
2614   http://matmatyk.blogspot.dk/2015/03/gnu-parallel-czyli-100-uzycia-procesora.html
2616 * Bug fixes and man page updates.
2619 20150222
2621 * --tmux has gotten a major overhaul.
2623 * GNU Parallel was cited in: RaftLib: A C++ Template Library for High
2624   Performance Stream Parallel Processing
2625   http://www.cs.wustl.edu/~lip/pubs/pmam15_jbeard.pdf
2627 * GNU Parallel was cited in: Quantifying properties of hot and dense
2628   QCD matter through systematic model-to-data comparison
2629   http://arxiv.org/pdf/1502.00339.pdf
2631 * GNU Parallel was cited in: Towards Collaborative Exploration and
2632   Analysis of Big Data from Mars: A Noachis Terra Case Study
2633   http://link.springer.com/chapter/10.1007/978-3-319-13865-7_25
2635 * GNU Parallel was used (unfortunately with wrong citation) in:
2636   Performance and Scaling Comparison Study of RDBMS and NoSQL
2637   (MongoDB)
2638   http://ijact.in/wp-content/uploads/2014/11/COMPUSOFT-311-1270-1275.pdf
2640 * GNU Parallel was used (unfortunately without citation) in: Parallel
2641   Implementation of Big Data Pre-Processing Algorithms for Sentiment
2642   Analysis of Social Networking Data
2643   http://www.researchmathsci.org/IJFMAart/ijfma-v6n2-7.pdf
2645 * GNU Parallel was used (unfortunately without citation) in: SpeedSeq:
2646   Ultra-fast personal genome analysis and interpretation
2647   http://biorxiv.org/content/biorxiv/early/2014/12/05/012179.full.pdf
2649 * Zip Folders with GNU Parallel
2650   http://fazky.github.io/posts/Linux/2015-01-07-GNU-Parallel.html
2652 * Using GNU Parallel with Freesurfer
2653   http://programminginadarkroom.blogspot.dk/2015/02/using-gnu-parallel-with-freesurfer.html
2655 * GNU Parallel is used in Velociraptor: https://github.com/ericwhyne/Velociraptor
2657 * Marcus Beach GNU Parallel http://marcusbeach.co/gnu-parallel/
2659 * Bug fixes and man page updates.
2662 20150122
2664 * Remote jobs now send stderr (standard error) to stderr (standard
2665   error) instead of stdout (standard output).
2667 * Remote execution command is now packed using base64 encoded
2668   bzip2. This means that big environments (app. 100 KB) can be
2669   transferred. This change makes remote execution alpha quality.
2671 * --semaphoretimeout now takes a negative value. This means give up if
2672   the semaphore is not gotten within the timeout.
2674 * --halt -1 and -2 now means halt if a job succeeds (so the opposite
2675   of 1 and 2).
2677 * --no-keep-order will reverse --keep-order.
2679 * Bash's second fix of shellshock caused --env to break again when
2680   exporting functions. This has been fixed again.
2682 * A semibig refactoring of big functions. All non-trivial functions
2683   are now less than 100 lines. The refactoring makes this release beta
2684   quality.
2686 * A description of the design decisions for GNU Parallel can be found
2687   in 'man parallel_design'.
2689 * A bug fix in replacement strings caused rewrite of the replacement
2690   function. This makes use of replacement strings alpha quality.
2692 * GNU Parallel was cited in: Improving Energy and Performance with
2693   Spintronics Caches in Multicore Systems
2694   http://link.springer.com/chapter/10.1007/978-3-319-14313-2_24
2696 * GNU Parallel was cited in: Parallel post-processing with MPI-Bash
2697   http://dl.acm.org/citation.cfm?id=2691137
2699 * GNU Parallel was cited in: Distinguishing cause from effect using
2700   observational data: methods and benchmarks
2701   http://arxiv-web3.library.cornell.edu/pdf/1412.3773.pdf
2703 * GNU Parallel was cited in: Data Science at the Command Line
2704   http://cdn.oreillystatic.com/oreilly/booksamplers/9781491947852_sampler.pdf
2706 * GNU Parallel was cited in: Resolution of Genetic Map Expansion
2707   Caused by Excess Heterozygosity in Plant Recombinant Inbred
2708   Populations http://www.g3journal.org/content/4/10/1963.full.pdf
2710 * GNU Parallel was cited in: Bayesian Inference of Protein Structure
2711   from Chemical Shift Data https://peerj.com/preprints/692v1.pdf
2713 * GNU Parallel was cited in: Clonal interference and Mullerʼs ratchet
2714   in spatial habitats http://iopscience.iop.org/1478-3975/11/5/056003
2716 * GNU Parallel was cited in: Computação Verde na Camada de Aplicação
2717   https://linux.ime.usp.br/~tpaiva/mac0499/files/monografia.pdf
2719 * GNU Parallel was cited in: Frameshift alignment: statistics and
2720   post-genomic applications
2721   http://bioinformatics.oxfordjournals.org/content/30/24/3575.full.pdf+html
2723 * GNU Parallel was cited in: Towards Recommender Engineering Tools and
2724   Experiments for Identifying Recommender Differences
2725   http://elehack.net/research/thesis/mde-thesis.pdf
2727 * GNU Parallel was cited in: Speaker Environment Classification Using
2728   Rhythm Metrics in Levantine Arabic Dialect
2729   http://ieeexplore.ieee.org/stamp/stamp.jsp?tp=&arnumber=6923918
2731 * GNU Parallel was cited in: A Formal Proof Of The Kepler Conjecture
2732   http://arxiv.org/pdf/1501.02155.pdf
2734 * GNU Parallel was cited in: Allocation Policy Analysis for Cache
2735   Coherence Protocols for STT-MRAM-based caches
2736   http://conservancy.umn.edu/bitstream/handle/11299/169362/Nandkar_umn_0130M_15551.pdf
2738 * GNU Parallel was cited in: Using Trusted Platform Module for
2739   securing virtual environment access in Cloud
2740   http://dar.aucegypt.edu:8080/bitstream/handle/10526/4237/Using%20Trusted%20Platform%20Module%20for%20Securing%20Virtual%20Environment%20Access%20in%20Cloud.pdf
2742 * GNU Parallel was cited in: Weakly Supervised Learning for
2743   Compositional Sentiment Recognition
2744   http://computerlinguist.org/static/downloads/ma-thesis/Master_Thesis-Michael_Haas-Weakly_Supervised_Learning_for_Compositional_Sentiment_Recognition.pdf
2746 * GNU Parallel was cited in: Agility and Performance in Elastic
2747   Distributed Storage http://dl.acm.org/citation.cfm?id=2668129
2749 * GNU Parallel was used (unfortunately without citation) in: Large
2750   Scale Author Name Disambiguation in Digital Libraries
2751   http://semanticommunity.info/@api/deki/files/31523/P227_3546.pdf
2753 * GNU Parallel is used in BEDOPS:
2754   https://media.readthedocs.org/pdf/bedops/v2p5p0/bedops.pdf
2756 * Job ad asking for GNU Parallel skills:
2757   http://www.aplitrak.com/?adid=dXMzMTYxMjQuMzg0MTkuMTU1MEBtYW5wb3dlcmZveG5hLmFwbGl0cmFrLmNvbQ#sthash.kYCIhhty.KcoT6HnJ.dpbs
2759 * GNU Parallel: Open Source For You (OSFY) magazine, October 2013
2760   edition
2761   http://www.shakthimaan.com/posts/2014/11/27/gnu-parallel/news.html
2763 * Multithreaded Encryption and Compression
2764   http://www.krazyworks.com/multithreaded-encryption-and-compression/
2766 * GNU Parallel on OSX and Linux
2767   https://darknightelf.wordpress.com/2015/01/01/gnu-parallel-on-osx/
2769 * How to build gnu parallel from source on Ubuntu PC?
2770   http://blog.ovidiuparvu.com/build-gnu-parallel-source-ubuntu-pc/
2772 * GNU parallel for openaddr-process-one
2773   https://nelsonslog.wordpress.com/2015/01/09/gnu-parallel-for-openaddr-process-one/
2775 * From SRA Project to FastQ http://danielecook.com/sra-project-fastq/
2777 * Software Development Tooling
2778   http://www.computer.org/csdl/mags/so/2014/06/mso2014060021.pdf
2780 * コマンドを並列に実行するGNU parallelがとても便利
2781   http://bicycle1885.hatenablog.com/entry/2014/08/10/143612
2783 * Bug fixes and man page updates.
2786 20141122
2788 * Remote systems can be divided into hostgroups (e.g. web and db) by
2789   prepending '@groupname/' to the sshlogin. Multiple groups can be
2790   given by separating groups with '+'. E.g. @web/www1 @web+db/www2
2791   @db/mariadb
2793 * Remote execution can be restricted to servers that are part of one
2794   or more groups by '@groupname' as an sshlogin. Multiple groups can
2795   be given by separating groups with '+'. E.g. -S @web or -S @db+web
2797 * With --hostgroup you can restrict arguments to certain hostgroups by
2798   appending '@groupname' to the argument.  Multiple groups can be
2799   given by separating groups with '+'. E.g. my_web_arg@web
2800   db-or-web-arg@db+web db-only-arg@db Thanks to Michel Courtine for
2801   developing a prototype for this.
2803 * GNU Parallel was cited in: HTSeq-Hadoop: Extending HTSeq for
2804   Massively Parallel Sequencing Data Analysis using Hadoop
2805   http://essenceofescience.se/wp-content/uploads/2014/11/Siretskiy.pdf
2807 * GNU Parallel was cited in: SlideToolkit: An Assistive Toolset for
2808   the Histological Quantification of Whole Slide Images
2809   http://www.plosone.org/article/info%3Adoi%2F10.1371%2Fjournal.pone.0110289
2811 * GNU Parallel was cited in: Exploring a multiprocessor design space
2812   to analyze the impact of using STT-RAM in the memory hierarchy
2813   http://conservancy.umn.edu/bitstream/handle/11299/167286/Borse_umn_0130M_15431.pdf
2815 * Command-Line OCR with Tesseract on Mac OS X
2816   https://ryanfb.github.io/etc/2014/11/13/command_line_ocr_on_mac_os_x.html
2818 * Bug fixes and man page updates.
2821 20141022
2823 * --env was changed to deal with Bash's new way of exporting a function.
2825 * GNU Parallel was cited in: Exclusion of cosmic rays in
2826   protoplanetary disks. II. Chemical gradients and observational
2827   signatures http://iopscience.iop.org/0004-637X/794/2/123/article
2829 * GNU Parallel was cited in: Application of Machine Learning to
2830   Algorithm Selection for TSP
2831   http://www.dbai.tuwien.ac.at/staff/musliu/art_ictai_cam.pdf
2833 * GNU Parallel was cited in: Performance Models for LTE-Advanced
2834   Random Access
2835   http://repository.asu.edu/attachments/137242/content/Tyagi_asu_0010E_14116.pdf
2837 * GNU Parallel was used (unfortunately without citation) in: De Novo
2838   Insertions and Deletions of Predominantly Paternal Origin Are
2839   Associated with Autism Spectrum Disorder
2840   http://www.cell.com/cms/attachment/2019079667/2039310868/mmc1.pdf
2842 * GNU Parallel was determined 'popular' by Statistical Analysis of
2843   Popular Open Source Software Projects and Their Communities
2844   http://andiwre.itmaranatha.org/prosiding/ICITEE2014/PaperAndiWRE-ICITEE2014.pdf
2846 * GNU Parallel is demonstrated in: Data Science at the Command Line:
2847   Facing the Future with Time-Tested Tools
2849 * GNU Parallel was covered in a talk at Sydney Perl Mongers group
2850   http://www.openfusion.net/talks/pwp/#24
2852 * GNU Parallel and how to get started with it
2853   http://www.jduck.net/blog/2014/09/30/gnu-paralell/
2855 * Behat/Selenium/Parallel
2856   http://jaffamonkey.com/behat-selenium-parallel/
2858 * Comparing Golang, Scala, Elixir and Ruby for ETL
2859   http://www.dimroc.com/2014/09/29/etl-language-showdown/
2861 * Assemble a list of which of these hosts are up or down
2862   http://opsfun.wordpress.com/2014/03/31/gnu-parallel/
2864 * Running commands on many nodes simultaneously
2865   http://opsfun.wordpress.com/2014/03/31/19/
2867 * Ubuntu 13.04でGNU ParallelをGNUモードで動かす
2868   http://qiita.com/YusukeSuzuki@github/items/7b96b5876bf980f21e85
2870 * Bug fixes and man page updates.
2873 20140922
2875 * If the file give as --sshloginfile is changed it will be re-read
2876   when a job finishes though at most once per second. This makes it
2877   possible to add and remove hosts while running.
2879 * Brutha uses GNU Parallel https://pypi.python.org/pypi/brutha/1.0.2
2881 * OCRmyPDF uses GNU Parallel https://github.com/fritz-hh/OCRmyPDF/
2883 * GNU Parallel was presented at Balti and Bioinformatics "On-Air"
2884   http://youtu.be/UtXlr19xTh8?t=2h5m0s
2886 * Pleiades Plus uses GNU Parallel
2887   https://github.com/ryanfb/pleiades-plus
2889 * Imagemagick and GNU Parallel
2890   http://deepdish.io/2014/09/15/gnu-parallel/
2892 * GNU Parallel (Sebuah Uji Coba)
2893   http://pr4ka5a.wordpress.com/2014/09/04/gnu-parallel-sebuah-uji-coba/
2895 * GNU Parallel: 并行执行Linux命令
2896   http://blog.csdn.net/xzz_hust/article/details/39183837
2899 20140822
2901 * GNU Parallel now uses the same shell it was started from as the
2902   command shell for local jobs. So if GNU Parallel is started from
2903   tcsh it will use tcsh as its shell even if the login $SHELL is
2904   different. For remote jobs the login $SHELL will be used.
2906 * The whole current environment in bash can be copied by using a shell
2907   wrapper function (Search manual for env_parallel).
2909 * --plus adds the replacement strings {+/} {+.} {+..} {+...} {..}
2910   {...} {/..} {/...}. The idea being that '+foo' matches the opposite
2911   of 'foo' and {} = {+/}/{/} = {.}.{+.} = {+/}/{/.}.{+.} = {..}.{+..}
2912   = {+/}/{/..}.{+..} = {...}.{+...} = {+/}/{/...}.{+...}
2914 * GNU Parallel now deals correctly with the combination
2915   rsync-3.1.X-client and rsync-2.5.7-server
2917 * GNU Parallel was cited in: A Web Service for Scholarly Big Data
2918   Information Extraction
2919   http://patshih.ist.psu.edu/publications/Williams-CiteSeerExtractor-ICWS14.pdf
2921 * Comparison of the speed of different GNU Parallel versions:
2922   http://lists.gnu.org/archive/html/parallel/2014-08/msg00030.html
2924 * GNU Parallel was covered in the webcast 2014-08-20: Data Science at
2925   the Command Line http://www.oreilly.com/pub/e/3115
2927 * Distributed processing with GNU parallel
2928   http://kazjote.eu/2014/08/11/distributed-processing-with-gnu-parallel
2930 * A Peek into GNU Parallel
2931   http://blog.dataweave.in/post/94238943763/a-peek-into-gnu-parallel
2933 * Сборка GNU parallel для CentOS/RHEL
2934   http://www.stableit.ru/2014/07/gnu-parallel-centosrhel.html
2936 * Bug fixes and man page updates.
2939 20140722
2941 * {= perl expression =} can be used as replacement string. The
2942   expression should modify $_. E.g. {= s/\.gz$// =} to remove .gz from
2943   the string. This makes replacement strings extremely flexible.
2945 * Positional perl expressions (similar to {2}) are given as {=2 perl
2946   expression=} where 2 is the position.
2948 * One small backwards incompatibility: {1}_{2} will replace {2} with
2949   the empty string if there is only one argument. Previously {2} would
2950   have been left untouched.
2952 * Replacement strings can be defined using --rpl. E.g. parallel --rpl
2953   '{.gz} s/\.gz$//' echo {.gz} ::: *.gz
2955 * The parenthesis around {= perl expression =} can be changed with
2956   --parens.
2958 * --tmux will direct the output to a tmux session instead of
2959   files. Each running jobs will be in its own window.
2961 * --halt 10% will stop spawning new jobs if 10% failed so far.
2963 * GNU Parallel was cited in: bammds: A tool for assessing the ancestry
2964   of low depth whole genome data using multidimensional scaling (MDS)
2965   http://bioinformatics.oxfordjournals.org/content/early/2014/06/28/bioinformatics.btu410.abstract
2967 * GNU Parallel was cited in: Molecular ferroelectric contributions to
2968   anomalous hysteresis in hybrid perovskite solar cells
2969   http://people.bath.ac.uk/aw558/publications/2014/arxiv_hysteresis_14.pdf
2971 * GNU Parallel was cited in: Energy Sorghum-a genetic model for the
2972   design of C4 grass bioenergy crops
2973   http://jxb.oxfordjournals.org/content/early/2014/06/20/jxb.eru229.short
2975 * GNU Parallel was cited in: Web-scale Content Reuse Detection
2976   www.isi.edu/~johnh/PAPERS/Ardi14a.pdf
2978 * Tell your friends to sign up for the Webcast at 2014-08-20 covering
2979   GNU Parallel: Data Science at the Command Line
2980   http://www.oreilly.com/pub/e/3115
2982 * GNU Parallel all the things!
2983   http://longwayaround.org.uk/notes/gnu-parallel-all-the-things/
2985 * Shell command composition and dispatch
2986   http://lukeluo.blogspot.dk/2014/07/linux-virtual-console6-shell-command.html
2988 * Parallelising plink (or anything else) the easy way
2989   http://chrisladroue.com/2012/03/parallelising-plink-or-anything-else-the-easy-way/
2991 * Easy and cheap cluster building on AWS
2992   https://grapeot.me/easy-and-cheap-cluster-building-on-aws.html
2994 * Paralelizace běžných činností v konzoli pomocí GNU Parallel
2995   http://www.abclinuxu.cz/clanky/paralelizace-beznych-cinnosti-v-konzoli-pomoci-gnu-parallel
2997 * [原] Ubuntu 下使用 parallel 命令的注意事项
2998   http://blog.ailms.me/2014/06/28/ubuntu-with-parallel.html
3000 * 简单的并行, 可使用GNU parallel
3001   http://jerkwin.github.io/2014/06/10/GNU-parallel/
3003 * Bug fixes and man page updates.
3006 20140622
3008 * --shebang and --shebang-wrap now works on FreeBSD.
3010 * --pipepart works with --header, --regexp, --cat and --fifo.
3012 * ./configure --disable-documentation will not build documentation.
3014 * {%} works as job slot.
3016 * GNU Parallel was cited in: Energy Efficient, High-speed
3017   Communication in WSNs
3018   https://gupea.ub.gu.se/bitstream/2077/35801/1/gupea_2077_35801_1.pdf
3020 * GNU Parallel was cited in: Ferroelectric contributions to anomalous
3021   hysteresis in hybrid perovskite solar cells
3022   http://arxiv.org/pdf/1405.5810.pdf
3024 * Processes Paralleling to Speed up Computing and Tasks Execution in
3025   Linux
3026   http://kukuruku.co/hub/nix/processes-paralleling-to-speed-up-computing-and-tasks-execution-in-linux
3028 * Moving / Copying lots of s3 files quickly using gnu parallel
3029   http://blog.aclarke.eu/moving-copying-lots-of-s3-files-quickly-using-gnu-parallel/
3031 * Speeding up grep log queries with GNU Parallel
3032   http://www.tripwire.com/state-of-security/incident-detection/speeding-grep-queries-gnu-parallel/
3034 * Ubuntu - Gnu parallel - It's awesome
3035   http://kasunweranga.blogspot.dk/2014/06/ubuntu-gnu-parallel-its-awesome.html
3037 * Export quicklooks with vector overlay using TuiView
3038   http://spectraldifferences.wordpress.com/2014/03/08/export-quicklooks-with-vector-overlay-using-tuiview/
3040 * GNU Parallel指南 http://my.oschina.net/enyo/blog/271612
3042 * GNU parallelで違和感 http://jarp.does.notwork.org/diary/201405c.html#201405301
3044 * Bug fixes and man page updates.
3047 20140522
3049 * Use --semaphoretimeout to ignore the semaphore lock after a while.
3051 * {%} introduced as job slot replacement string. It has known bugs.
3053 * --slotreplace changes slot replacement string.
3055 * GNU Parallel officially in Solaris 11.2beta
3056   https://blogs.oracle.com/alanc/entry/solaris_11_2_changes_to
3058 * GNU Parallel was cited in: A Comparison of Antenna Placement
3059   Algorithms http://abhinavjauhri.com/publications/eap.pdf
3061 * Using GNU Parallel on a PBS cluster (nice use of --shebang-wrap)
3062   https://docs.it4i.cz/anselm-cluster-documentation/resource-allocation-and-job-execution/capacity-computing
3064 * BioLite uses GNU Parallel: https://bitbucket.org/caseywdunn/biolite
3066 * Isitdown uses GNU Parallel: http://www.isi.edu/~calvin/isitdown.md
3068 * Convert FLAC to MP3 with GNU parallel
3069   http://www.blogobramje.nl/posts/Convert_FLAC_to_MP3_with_GNU_parallel/
3071 * JD Edwards Business Function Documentation
3072   http://www.azertech.net/content/jd-edwards-business-function-documentation
3074 * Tools of the trade http://blog.eikeland.se/2014/05/01/tools-of-the-trade/
3076 * How I start a bioinformatics project
3077   http://nickloman.github.io/2014/05/14/how-i-start-a-bioinformatics-project/
3079 * No:The-Me GNU Parallel http://adityalaghate.in/gnu-parallel.html
3081 * Bug fixes and man page updates.
3084 20140422
3086 * --pipepart is a highly efficient alternative to --pipe if the input
3087   is a real file and not a pipe.
3089 * If using --cat or --fifo with --pipe the {} in the command will be
3090   replaced with the name of a physical file and a fifo respectively
3091   containing the block from --pipe. Useful for commands that cannot
3092   read from standard input (stdin).
3094 * --controlmaster has gotten an overhaul and is no longer
3095   experimental.
3097 * --env is now copied when determining CPUs on remote system. Useful
3098   for copying $PATH if parallel is not in the normal path.
3100 * --results now chops the argument if the argument is longer than the
3101   allowed path length.
3103 * Build now survives if pod2* are not installed.
3105 * The git repository now contains tags of releases.
3107 * GNU Parallel was cited in: Proactive System for Digital Forensic
3108   Investigation
3109   http://dspace.library.uvic.ca:8080/bitstream/handle/1828/5237/Alharbi_Soltan_PhD_2014.pdf
3111 * GNU Parallel was cited in: Beyond MAP estimation with the
3112   track-oriented multiple hypothesis tracker
3113   http://ieeexplore.ieee.org/xpl/abstractReferences.jsp?tp=&arnumber=6766651&url=http%3A%2F%2Fieeexplore.ieee.org%2Fxpls%2Fabs_all.jsp%3Farnumber%3D6766651
3115 * GNU Parallel was cited in: Prokka: rapid prokaryotic genome
3116   annotation
3117   http://bioinformatics.oxfordjournals.org/content/early/2014/03/18/bioinformatics.btu153.short
3119 * GNU Parallel was used (unfortunately with improper citation) in:
3120   Perspectives in magnetic resonance: NMR in the post-FFT era
3121   http://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S1090780713003054
3123 * GNU Parallel is used in https://github.com/cc2qe/speedseq
3125 * Batch XML validation at the command line.
3126   http://horothesia.blogspot.dk/2014/04/batch-xml-validation-at-command-line.html
3128 * freebayes-parallel uses GNU Parallel
3129   https://github.com/ekg/freebayes/commit/31ee997984cebe8a196381c3de57e618e34a2281
3131 * Org-mode with Parallel Babel http://draketo.de/english/emacs/parallel-babel#sec-2
3133 * Speeding Up Grep Log Queries with GNU Parallel
3134   http://www.cybersecurity.io/speeding-grep-queries-gnu-parallel/
3136 * How to run tbss_2_reg in parallel
3137   http://tadpolebrainimaging.blogspot.dk/2014/03/how-to-run-tbss2reg-in-parallel.html
3139 * GNU parallel example: blastn https://asciinema.org/a/8775
3141 * Iterative DNS Brute Forcing
3142   http://www.room362.com/blog/2014/02/19/iterative-dns-brute-forcing/
3144 * Ejecutando comandos en paralelo
3145   http://jesusmercado.com/guias/ejecutando-comandos-en-paralelo/
3147 * Ejecutando en paralelo en bash (ejemplo con rsync)
3148   http://eithel-inside.blogspot.dk/2014/04/ejecutando-en-paralelo-en-bash-ejemplo.html
3150 * Bug fixes and man page updates.
3153 20140322
3155 * Offical package for Alpine Linux now exists:
3156   http://alpinelinux.org/apk/main/x86/parallel
3158 * GNU Parallel was cited in: Estimating uncertainties in statistics
3159   computed from direct numerical simulation
3160   http://dx.doi.org/10.1063/1.4866813
3162 * GNU Parallel was cited in: Vehicle routing problems with time
3163   windows and multiple service workers: a systematic comparison
3164   between ACO and GRASP
3165   http://link.springer.com/article/10.1007/s10100-014-0341-z
3167 * GNU Parallel, quick and easy
3168   http://www.reganmian.net/blog/2014/03/09/gnu-parallel-quick-and-easy/
3170 * Using Multiple CPU Cores With Command Line Tools
3171   http://prateekvjoshi.com/2014/03/07/using-multiple-cpu-cores-with-command-line-tools/
3173 * Batch convert mp3 CBR to VBR
3174   http://blogs.zercle.com/bouroo/2013/03/batch-convert-mp3-cbr-to-vbr/
3176 * Running Behat in parallel with Selenium grid
3177   http://zalas.eu/running-behat-in-parallel-with-selenium-grid/
3179 * Git-Mirror per cronjob aktuell halten
3180   https://www.schtobia.de/2013/git-mirror-per-cronjob-aktuell-halten/
3182 * Пишем многопоточный скрипт на bash
3183   http://dafter.ru/duf/howto/130.html
3185 * 如何利用多核CPU来加速你的Linux命令
3186   http://www.chinadmd.com/file/xpcr6wpctzwtuu3ivwiaatcs_1.html
3188 * Bug fixes and man page updates.
3191 20140222
3193 * --tollef has been retired.
3195 * --compress has be redesigned due to bugs.
3197 * Format of --eta and --joblog has changed slightly.
3199 * GNU Parallel was cited in: Speaker Verification and Keyword Spotting
3200   Systems for Forensic Applications
3201   http://lantana.tenet.res.in/website_files/thesis/Phd/srikanth.pdf
3203 * GNU Parallel was cited in: Scaleable Code Clone Detection
3204   http://scg.unibe.ch/archive/phd/schwarz-phd.pdf
3206 * GNU Parallel was cited in: Clone Detection that scales
3207   http://scg.unibe.ch/archive/masters/Vogt14a.pdf
3209 * GNU Parallel was cited in: Scalable Positional Analysis for Studying
3210   Evolution of Nodes in Networks
3211   http://arxiv-web3.library.cornell.edu/pdf/1402.3797
3213 * GNU Parallel was cited in: Aggregate Characterization of User
3214   Behavior in Twitter and Analysis of the Retweet Graph
3215   http://arxiv.org/pdf/1402.2671v1
3217 * GNU Parallel was used (unfortunately without citation) in: Causal
3218   Network Models for Predicting Compound Targets and Driving Pathways
3219   in Cancer
3220   http://jbx.sagepub.com/content/early/2014/02/10/1087057114522690.full
3222 * GNU Parallel was used (unfortunately without citation) in:
3223   Performance and Energy Efficiency of Common Compression /
3224   Decompression Utilities
3225   http://www.researchgate.net/publication/243962643_Performance_and_Energy_Efficiency_of_Common_CompressionDecompression_Utilities_An_Experimental_Study_in_Mobile_and_Workstation_Computer_Platforms/file/3deec51d1dbc0474f9.pdf
3227 * GNU Parallel was used (unfortunately without citation) in: SpringFS:
3228   Bridging Agility and Performance in Elastic Distributed Storage
3229   http://www.istc-cc.cmu.edu/publications/papers/2014/SpringFS-FAST14.pdf
3231 * GNU Parallel was recommended (without citation) in: Redesigning the
3232   Specificity of Protein-DNA Interactions with Rosetta
3233   http://link.springer.com/protocol/10.1007/978-1-62703-968-0_17
3235 * GNU Parallel is co-distributed with RepeatExplorer
3236   http://www.vcru.wisc.edu/simonlab/bioinformatics/programs/repeatexplorer/README.txt
3238 * Convert MP3 to a scrolling spectrum waterfall plot video
3239   http://jdesbonnet.blogspot.dk/2014/02/convert-mp3-to-scrolling-spectrum.html
3241 * PHP wrapper class for the GNU Parallel tool
3242   https://github.com/geopal-solutions/gnu-parallel-wrapper/tree/master
3244 * Exploratory Data Analysis http://www.slideshare.net/thinrhino/gnunify
3246 * Copias de archivos con rsync y parallel
3247   http://linuxmanr4.com/2014/02/20/copias-de-archivos-con-rsync-y-parallel
3249 * Single-Thread-Programme auf Multicore-Rechnern parallelisieren
3250   http://www.adlerweb.info/blog/2014/02/08/linux-single-thread-programme-auf-multicore-rechnern-parallelisieren
3252 * Распараллеливаем процессы для ускорения вычислений и выполнения
3253   заданий в Linux http://savepearlharbor.com/?p=210480
3255 * Bug fixes and man page updates.
3258 20140122
3260 * GNU Parallel was cited in: On the likelihood of multiple bit upsets
3261   in logic circuits
3262   http://arxiv-web3.library.cornell.edu/pdf/1401.1003
3264 * HaploClique uses GNU Parallel
3265   https://github.com/armintoepfer/haploclique
3267 * Scraping NSScreencast
3268   https://blog.nicolai86.eu/posts/2014-01-12/scraping-nsscreencast/
3270 * 30 Cool Open Source Software I Discovered in 2013
3271   http://www.cyberciti.biz/open-source/30-cool-best-open-source-softwares-of-2013/
3273 * [Unix] 13. The power of doing things in Parallel
3274   http://leetaey.tistory.com/384
3276 * Parallel the execution of a job that read from stdin
3277   http://www.linuxask.com/questions/parallel-the-execution-of-a-job-that-read-from-stdin
3279 * Mon Make à moi (6:38-11:50)
3280   http://videos.rennes.inria.fr/ReNaBI-GO2013/indexPierreLindenbaum.html
3282 * Shell-Abarbeitung beschleunigen: Wie Sie mit parallelen Prozesse
3283   effizienter in der Shell arbeiten
3284   https://www.hosteurope.ch/blog/shell-abarbeitung-beschleunigen-wie-sie-mit-parallelen-prozesse-effizienter-in-der-shell-arbeiten/
3286 * Summary of GNU Parallel tutorial
3287   http://hacktracking.blogspot.dk/2014/01/gnu-parallel-tutorial.html
3289 * Bug fixes and man page updates.
3292 20131222
3294 * GNU Parallel now has a motto: For people who live life in the
3295   parallel lane.
3297 * Detect if the buffer dir $TMPDIR runs out of space. This changes a
3298   central piece of code, making this release alpha quality.
3300 * --keep-order --(n)onall will sort according to the sshlogin.
3302 * Detect the number of CPUs on DEC Tru64.
3304 * GNU sql: --list-tables for sqlite3.
3306 * GNU Parallel was cited in: Variational Message-Passing: Extension to
3307   Continuous Variables and Applications in Multi-Target Tracking
3308   http://www.ics.uci.edu/~ajfrank/pubs/thesis.pdf
3310 * GNU Parallel was cited in: Genome Assembly: Scaffolding Guided by
3311   Related Genomes
3312   https://www.duo.uio.no/handle/10852/37431
3314 * GNU Parallel was cited in: Metagenomic analysis of Mariana Trench
3315   sediment samples
3316   http://repositorio.ul.pt/handle/10451/9436
3318 * GNU Parallel was cited in: Diacritization, automatic segmentation
3319   and labeling for Levantine Arabic speech
3320   http://ieeexplore.ieee.org/xpl/articleDetails.jsp?tp=&arnumber=6642556
3322 * GNU Parallel was cited in: Investigation of emotion classification
3323   using speech rhythm metrics
3324   http://ieeexplore.ieee.org/xpl/articleDetails.jsp?tp=&arnumber=6642591
3326 * GNU Parallel was cited in: A Rhythm-Based Analysis of Arabic Native
3327   and Non-Native Speaking Styles
3328   http://www.ijsps.com/uploadfile/2013/1128/20131128014413279.pdf
3330 * GNU Parallel was cited in: Evolutionary optimization of wetlands
3331   design
3332   http://dl.acm.org/citation.cfm?id=2480400
3334 * GNU Parallel was cited (unfortunately with wrong citation) in:
3335   RDBMS vs NoSQL: Performance and Scaling Comparison
3336   http://www.epcc.ed.ac.uk/sites/default/files/Dissertations/2012-2013/RDBMS%20vs%20NoSQL%20-%20Performance%20and%20Scaling%20Comparison.pdf
3338 * GNU Parallel was used (without proper citation) in: Comprehensive
3339   Analysis Pipeline for Discovery of Human Genetic Variation
3340   http://www.google.com/patents/US20130311106
3342 * Encrypt and decrypt in parallel with GPG
3343   http://blog.tkassembled.com/412/encrypt-and-decrypt-in-parallel-with-gpg/
3345 * Using GNU Parallel to create a SVM classifier 
3346   http://ivanyu.me/blog/2013/12/01/parallel/
3348 * Parallel xz compression
3349   http://anthon.home.xs4all.nl/rants/2013/parallel_xz/
3351 * Got CPUs to burn? Put 'em to work with GNU parallel
3352   http://baoilleach.blogspot.dk/2013/11/got-cpus-to-burn-put-em-to-work-with.html
3354 * Parallel rsync
3355   http://pastebin.com/JmnB9ffq
3357 * Gnu Parallel for fun and profit
3358   https://gist.github.com/celoyd/f7eb55ad69c9b33fd8c3
3360 * Parallelization of Exploitation
3361   http://rantsideasstuff.com/parallelization-of-exploitation/
3363 * Running assemblies in parallel
3364   https://khmer-protocols.readthedocs.org/en/v0.8.3/metagenomics/4-assemble.html
3366 * Procesando la contabilidad del PP
3367   http://www.neorazorx.com/2013/07/procesando-la-contabilidad-del-pp.html
3369 * Mon make à moi (French)
3370   http://www.slideshare.net/lindenb/mon-make-moi-tout-sauf-galaxy
3372 * Bug fixes and man page updates.
3375 20131122
3377 * A citation notice is printed on stderr only if stderr is a terminal,
3378   the user has not specified --no-notice and the user has not run
3379   --bibtex once. This makes the release alpha quality.
3381 * --compress will compress temporary files. If the output is big and
3382   very compressible this will take up less disk space in $TMPDIR and
3383   possibly be faster due to less disk I/O.
3385 * --compress-program comtrols which program to use for compressing
3386   temporary files.
3388 * --bar show progress as a progress bar compatible with zenity.
3390 * --resume can now be used with --result: Jobs already run will be
3391   skipped.
3393 * --transfer and --basefile support paths relative to the --workdir by
3394   inserting /./ into the path. 
3396 * GNU Parallel was cited in: fastphylo: Fast tools for phylogenetics
3397   http://www.biomedcentral.com/1471-2105/14/334/abstract
3399 * Using GNU parallel
3400   http://davetang.org/muse/2013/11/18/using-gnu-parallel/
3402 * Techlux - GNU - Parallel (German)
3403   https://techlux.de/blog/2013/11/07/gnu-parallel/
3405 * awk, sed, bzip2, grep, wc на всех ядрах
3406   http://vk.com/page-30666517_45528467
3408 * 如何利用多核CPU來加速你的Linux命令 — awk, sed, bzip2, grep, wc等
3409   http://www.hksilicon.com/kb/articles/290543/CPULinuxawk-sed-bzip2-grep-wc
3411 * GNU Parallel (Japanese)
3412   http://jarp.does.notwork.org/diary/201311b.html#20131117
3414 * Bug fixes and man page updates.
3417 20131022
3419 * --transfer files with /./ in the path will copy the files relative
3420   to the --workdir.
3422 * The maximal command length is now cached in a file halfing the
3423   startup time.
3425 * GNU Parallel was cited in: Investigating speaker gender using rhythm
3426   metrics in Arabic dialects
3427   http://ieeexplore.ieee.org/xpl/login.jsp?tp=&arnumber=6602389
3429 * GNU Parallel was cited in: Tiedon erist ̈minen ja visualisointi a
3430   lastensuojelun asiakaskertomuksista
3431   https://tampub.uta.fi/handle/10024/84978
3433 * Some Additional Useful Bioinformatics Software
3434   http://nix-bio.blogspot.dk/2013/10/additional-software-for-bioinformatics.html
3436 * GNU Parallel Example Screen Cast (bil to Geotiff conversion)
3437   http://www.youtube.com/watch?v=PpF27eC7Mys
3439 * Using GNU Parallel to roll-your-own Map Reduce!
3440   http://www.rankfocus.com/hello-world/
3442 * Use multiple CPU Cores with your Linux commands
3443   http://www.rankfocus.com/use-cpu-cores-linux-commands/
3445 * Using GNU Parallel at HPC @ Uni.lu
3446   https://hpc.uni.lu/users/use_cases/
3448 * Scaling up with parallelization
3449   https://www.msi.umn.edu/sites/default/files/AdvPython_1.pdf
3451 * How to teach yourself to be a technical tester
3452   http://infiniteundo.com/post/62421363463/qa-toc
3454 * Faster Rasters For All
3455   http://2013.foss4g.org/conf/programme/presentations/52/
3457 * Optimizing translated file downloads
3458   http://www.smartling.com/blog/2013/05/20/optimizing-translated-file-downloads/
3460 * EMC NetWorker parallel saveset cloning with nsrclone and GNU parallel
3461   http://www.beebotech.com.au/2013/10/emc-networker-parallel-saveset-cloning-with-nsrclone-and-gnu-parallel/
3463 * Best Practices for Amazon EMR
3464   http://media.amazonwebservices.com/AWS_Amazon_EMR_Best_Practices.pdf
3466 * Computing checksums for backup
3467   https://identi.ca/evan/note/6yf1GzAARtyBhj__xzMvAg
3469 * Un exemplu de utilizare a programului GNU parallel
3470   http://vundicind.blogspot.dk/2013/10/exemplu-utilizare-gnu-parallel.html
3472 * 平行化你的工作
3473   http://www.slideshare.net/drakeguan/part1-23705978
3475 * なんか気持ちよかです Gnu Parallel
3476   http://a3-lab.jpn.org/note/%E3%81%AA%E3%82%93%E3%81%8B%E6%B0%97%E6%8C%81%E3%81%A1%E3%82%88%E3%81%8B%E3%81%A7%E3%81%99-gnu-parallel
3478 * Bug fixes and man page updates.
3481 20130922
3483 * PDF-files of documentation is now included.
3485 * Cloning at warp speed 100 VMs in 1 minute using one command line
3486   http://www.beebotech.com.au/tag/command-line/
3488 * Calcul Quebec's introduction to GNU Parallel
3489   https://wiki.calculquebec.ca/w/GNU_parallel
3491 * Brincando com o GNU parallel
3492   http://blog.tadeucruz.com/2013/09/brincando-com-o-gnu-parallel/
3494 * GNU Parallelで並列処理を行う 
3495   http://qiita.com/PENGUINANA_/items/af27a833e835fe17f09b
3497 * Bug fixes and man page updates.
3500 20130822
3502 * A tutorial showing much of GNU Parallel's functionality. Spend an
3503   hour walking through the tutorial. Your commandline will love you
3504   for it. man parallel_tutorial
3506 * --line-buffer will buffer output on line basis. --group keeps the
3507   output together for a whole job. --ungroup allows output to mixup
3508   with half a line coming from one job and half a line coming from
3509   another job. --line-buffer fits between these two; it prints a full
3510   line, but will allow for mixing lines of different jobs.
3512 * --record-env records all variables and functions set. Useful to
3513   record the normal environment before using --env _.
3515 * --env _ exports all functions and variables to the remote server
3516   except for the ones recorded.
3518 * New signing key. Due to recommendations from NIST
3519   http://www.keylength.com/en/4/ the signing key was changed from
3520   1024D/ID:FFFFFFF1 to 9888R/ID:88888888.
3522 * Agalma: an automated phylogenomics workflow
3523   http://arxiv.org/pdf/1307.6432
3525 * Job ad asking for GNU Parallel expertise
3526   http://seattle.craigslist.org/est/sof/4006079352.html
3528 * Transient Beowulf Clustering with GNU Parallel and SSHfs
3529   http://www.reddit.com/r/linux/comments/1ka8mn/transient_beowulf_clustering_with_gnu_parallel/
3531 * Aligning to unique regions
3532   http://davetang.org/muse/2013/07/22/aligning-to-unique-regions/
3534 * Top 10 scripting tricks for basic bioinformatics
3535   http://students.washington.edu/bowmanjs/wordpress/?p=873
3537 * Using GNU Parallel to speed up and simplify data analyzes
3538   http://www.sergeymarkov.com/blog/2013/07/using-gnu-parallel-to-speed-up-and-simplify-data-analyzes/
3540 * Compression of files in parallel using GNU parallel
3541   http://codextechnicanum.blogspot.dk/2013/07/compression-of-files-in-parallel-using.html
3543 * Using GNU Parallel with Amazon
3544   media.amazonwebservices.com/AWS_Amazon_EMR_Best_Practices.pdf
3546 * Some useful comments on GNU Parallel
3547   https://news.ycombinator.com/item?id=6209767
3549 * Using GNU Parallel to count reads mapping to genes for multiple BAMs
3550   http://drduanehassane.com/blog/sequencing-resources
3552 * TimeMachineっぽいバックアップスクリプト
3553   http://rio.tc/2013/07/timemachine-1.html
3555 * GNU ParallelでAndroid NDKの全バージョンを一括ダウンロード
3556   http://qiita.com/mazgi/items/b10bf0ff3da2045d19ab
3558 * Bug fixes and man page updates.
3561 20130722
3563 * --round-robin with --pipe will write all blocks to already running
3564   jobs.
3566 * --env can now transfer Bash function for remote execution. That is
3567   pretty cool!
3569 * GNU Parallel was used (unfortunately with improper citation) in:
3570   Understanding the Impact of E-Commerce Software on the Adoption of Structured Data on the Web
3571   http://link.springer.com/chapter/10.1007/978-3-642-38366-3_9#page-1
3573 * GNU Parallel was used (unfortunately with improper citation) in:
3574   CWI at TREC 2012, KBA track and Session Track
3575   http://trec.nist.gov/pubs/trec21/papers/CWI.kba.session.final.pdf
3577 * Mitigation of Adverse Effects Caused by Shock Wave Boundary Layer
3578   Interactions through Optimal Wall Shaping.
3579   http://arc.aiaa.org/doi/abs/10.2514/6.2013-2653
3581 * Using GNU parallel to convert images.
3582   http://www.brunokim.com.br/blog/?p=18
3584 * A quick way to parallelize.
3585   http://timotheepoisot.fr/2013/07/08/parallel/
3587 * GNU Parallel 20130522 ('Rana Plaza') 发布,并行作业执行.
3588   http://www.open-open.com/news/view/371301
3590 * Quite a few bug fixes and man page updates.
3593 20130622
3595 * --xapply now recycles arguments if an input source has more
3596   arguments than others.
3598 * The sleep time between jobs is now both increased and decreased
3599   exponentially.
3601 * 10 seconds installation check the signature using GnuPG if GnuPG is
3602   installed.
3604 * Developer job asking for GNU Parallel expertise.
3605   http://careers.stackoverflow.com/jobs/35562/developer-big-data-geo-and-web-climate-central
3607 * A small utility program to run youtube-dl in parallel.
3608   https://github.com/dlh/youtube-dl-parallel
3610 * Parallelizing Freesurfer:
3611   http://blog.cogneurostats.com/?p=148
3613 * Bug fixes and man page updates.
3616 20130522
3618 * --ctrlc is now default if --pipe is not used; thus making it
3619   possible to kill remotely started jobs simply by pressing Ctrl-C.
3621 * --timeout 200% now means kill jobs that take more than twice the
3622   time of the median run time of a job.
3624 * Jobs are now distributed round robin when having mulitiple
3625   --sshlogin instead of filling up one --sshlogin at a time.
3627 * niceload: darwin version of --io --mem --swap. Thanks to Anders F
3628   Björklund.
3630 * Bug fixes and man page updates.
3633 20130422
3635 * 10 seconds installation: wget -O - pi.dk/3 | sh
3637 * HPUX CPU/core detection. Thanks to Javier Tarradas.
3639 * CPU detection for HURD, IRIX, SCO OpenServer and (old) HPUX.
3641 * --ctrlc will send SIGINT to tasks running on remote computers and
3642   thus killing them.
3644 * --load now uses 'ps' to see immediately see the number of running
3645   processes instead of 'uptime' thus making --load react much faster.
3647 * Testing on Centos 3.9 and FreeBSD 7 revealed a lot of compability
3648   bugs. Some of these required quite extensive changes making this
3649   release beta quality.
3651 *  --retries works with --onall.
3653 * The new --load computation now works on FreeBSD 7.
3655 * --nice works under tcsh.
3657 * GNU Parallel is officially supported in NetBSD.
3658   http://ftp.netbsd.org/pub/pkgsrc/current/pkgsrc/parallel/parallel/README.html
3660 * GNU Parallel is accepted for openSUSE.
3661   http://software.opensuse.org/package/gnu_parallel
3663 * GNU Parallel can be installed under Microsoft Windows (CygWin).
3664   http://blogs.msdn.com/b/hpctrekker/archive/2013/03/30/preparing-and-uploading-datasets-for-hdinsight.aspx
3666 * Excuses for not installing GNU Parallel.
3667   http://oletange.blogspot.dk/2013/04/why-not-install-gnu-parallel.html
3669 * Job advert that requires GNU Parallel competence.
3670   http://versium.com/about/careers/
3672 * Parallelizing Batch Jobs for Fun and Profit.
3673   http://mikeseidle.com/tech/programming/2013/03/parallelizing-batch-jobs
3675 * Processing Transcription Start Sites(TSS) for the entire Mouse genome.
3676   http://qbrc.swmed.edu/2013/03/gnu-parallel-speeding-up-unix-commands-and-scripts/
3678 * GNU parallel is used throughout Scrimer.
3679   http://scrimer.readthedocs.org/en/latest/
3681 * GNU Parallel helped making public documents searchable.
3682   http://danpalmer.me/blog/articles/2013-04-06-unlocking-hillsborough.html
3684 * Identifying big movie files (German).
3685   http://blackappsolutions.wordpress.com/2013/03/23/wenn-der-plattenplatz-knapp-wird-filme-identifizieren-die-viel-platz-belegen/
3687 * Bug fixes and man page updates.
3690 20130222
3692 * --resume works with --pipe.
3694 * --resume-failed will go through --joblog, redo the failed jobs and
3695   then continue like --resume.
3697 * Negative positional arguments count from the end: {-1} means the
3698   last argument, {-2} the second to last.
3700 * NetBSD CPU detection.
3702 * --blocksize increases exponentially if it smaller than a full
3703   record.
3705 * Processing n-line records (--pipe -L n) is now much faster.
3707 * --tollef is obsoleted after discussion on the mailing list.
3709 * GNU Parallel is the highest rated tool on:
3710   http://www.biostars.org/show/tools/?sort=votes&since=all%20time
3712 * GNU Parallel was loved during FSFE's #ilovefs campaign.
3713   http://fsfe.org/news/2013/news-20130212-01.en.html
3715 * Using GNU Parallel with s3cmd (Japanese).
3716   http://blog.suz-lab.com/2013/02/s3cmd-gnu-paralells3.html
3718 * Intro to GNU Parallel (Chinese).
3719   http://guiquanz.github.com/2013/02/12/gnu-parallel-intro/
3721 * Bug fixes and man page updates.
3724 20130122
3726 * --sshdelay Delay starting next ssh by secs seconds. GNU parallel
3727   will pause secs seconds after starting each ssh. secs can be less
3728   than 1 seconds.
3730 * Official OpenBSD port:
3731   http://ftp.openbsd.org/ports/sysutils/parallel/
3733 * Official DragonFlyBSD package:
3734   http://www.mirrorservice.org/sites/ftp.dragonflybsd.org/packages/amd64/DragonFly-3.0.0/stable/parallel/
3736 * Post about niceload in Hungarian:
3737   http://commandline.blog.hu/2013/01/02/niceload
3739 * 自炊スキャンデータをKobo Gloに最適化
3740   http://interstadial.wordpress.com/2013/01/20/
3742 * GNU parallel+ssh で複数のリモートホストに複数のコマンドを実行させる
3743   http://oshiire.to/archives/1686
3745 * Bug fixes and man page updates.
3748 20121222
3750 * --shebang-wrap makes is possible to parallelize scripts by putting
3751   parallel in the shebang line (the first #! line in scripts).
3753 * --delay puts in a delay after starting each job. Useful to avoid
3754   raceconditions and thundering herd problems.
3756 * --results now uses / as separator instead of TAB and thus creates
3757   subdirs. Thanks to Drew Frank.
3759 * parallel: OpenBSD CPU detection. Thanks to Michał Markowski.
3761 * niceload --sensor allows for negative numbers to signify a lower
3762   number means the limit is lower.
3764 * niceload --prg suspend a named program that is already running.
3766 * niceload multiple --pid suspend process ids that are already running.
3768 * Convertir des images avec find et imagemagick
3769   http://roger.b.over-blog.com/article-convertir-des-images-avec-find-et-imagemagick-113416637.html
3771 * Bug fixes and man page updates.
3774 20121122
3776 * niceload --sensor makes it possible to use a program to control if a
3777   program should be suspended.
3779 * GNU Parallel was part of the justification for Nordic Free Software
3780   Award 2012
3781   https://fsfe.org/news/2012/news-20121112-01.html
3783 * Dateien schneller packen und konvertieren mit GNU parallel
3784   http://www.linux-community.de/Archiv/Tipp-der-Woche/Dateien-schneller-packen-und-konvertieren-mit-GNU-parallel
3786 * Processing images from Lunar Reconnaissance Orbiter Narrow Angle
3787   Camera http://lunokhod.org/?p=774
3789 * GNU Parallel is used in types2: Type and Hapax Accumulation Curves
3790   http://www.cs.helsinki.fi/u/josuomel/types2/
3792 * GNU Parallel used in: A Hybrid Factor Analysis and Probabilistic
3793   PCA-based system for Dictionary Learning and Encoding for Robust
3794   Speaker Recognition
3795   http://www.superlectures.com/odyssey2012/lecture.php?id=8&lang=en
3796   http://www.cse.iitm.ac.in/~mrsri/ppca.pdf
3798 * Mapreduce avec parallel, cat et une redirection
3799   http://datacratic.com/site/blog/mapreduce-avec-parallel-cat-et-une-redirection
3801 * GNU Parallel for Large Batches of Small Jobs
3802   https://support.scinet.utoronto.ca/wiki/images/7/7b/Tech-talk-gnu-parallel.pdf
3804 * GNU Parallel used in black belt tip (8:50-10:12)
3805   https://aws.amazon.com/apac/awspodcast/episode20/
3807 * Bug fixes and man page updates.
3810 20121022
3812 * --results structures output files so they can be imported using
3813   Pandas (http://pandas.pydata.org/). Useful when doing simulations to
3814   select output from some arguments.
3816 * Use --env to transfer environment variables through ssh to remote
3817   machines.
3819 * GNU Parallel is accepted for Ubuntu Quantal.
3820   http://packages.ubuntu.com/quantal/parallel
3822 * GNU Parallel was requested for OpenSUSE (go vote!)
3823   https://features.opensuse.org/314461
3825 * Kneth's Korner: Map/Reduce and GNU Parallel
3826   http://kenneth.geisshirt.dk/2012/10/mapreduce-and-gnu-parallel.html
3828 * Blog post in Japanese by Siguniang.
3829   https://siguniang.wordpress.com/2012/09/09/notes-on-gnu-parallel-the-command-line-power-tool/
3830   (Siguniang mentions the logo is called 'The Cafe Wall Illusion')
3831   http://www.michaelbach.de/ot/ang_cafewall/index.html
3833 * GNU Parallel, where have you been all my life?
3834   http://ssdigit.nothingisreal.com/2012/09/gnu-parallel-where-have-you-been-all-my.html
3836 * Reference-free ddRADseq analysis tools uses GNU Parallel.
3837   https://github.com/brantp/rtd#readme
3839 * When bash just isn’t quick enough.
3840   https://soimasysadmin.wordpress.com/2012/08/15/gnu-parallel-when-bash-just-isnt-quick-enough/
3842 * Using GNU Parallel to Package Multiple Jobs in a Single PBS Job.
3843   http://www.nas.nasa.gov/hecc/support/kb/Using-GNU-Parallel-to-Package-Multiple-Jobs-in-a-Single-PBS-Job_303.html
3845 * GNU Parallel Notes.
3846   http://xed.ch/help/parallel.html
3848 * Bug fixes and man page updates.
3851 20120822
3853 * Due to a bugfix the main flow has changed. Making this release beta
3854   quality.
3856 * Parallel Proxy Scraper & Checker Tool 
3857   https://www.youtube.com/watch?v=iXCeR_XsP6o
3859 * Bug fixes and man page updates.
3862 20120722
3864 * GNU Parallel was presented at Chiang Mai Bar Camp
3865   http://barcampchiangmai.org/
3866   See write up here:
3867   http://www.cnx-software.com/2012/07/02/use-gnu-parallel-to-speed-up-script-execution-on-multiple-cores-andor-machines/
3869 * I don't always max out all my CPUs, but when I do, I do it with GNU
3870   Parallel.
3871   http://memegenerator.net/instance/22638454
3873 * Bug fixes and man page updates.
3876 20120622
3878 * '-L n --pipe' will use records of n lines. This is useful when
3879   processing data that have fixed records with a fixed number of
3880   lines (e.g. fastq).
3882 * --filter-hosts will remove down hosts. For each remote host: check
3883   that login through ssh works. If not: do not use this host.
3884   Currently you can not put --filter-hosts in a profile, $PARALLEL,
3885   /etc/parallel/config or similar. This is because GNU Parallel uses
3886   GNU Parallel to compute this, so you will get an infinite loop. This
3887   will likely be fixed in a later release.
3889 * --pipe now uses fork() instead of busy wait. The performance should
3890   be better on computers with >10 cores while remaining the same on
3891   computers with few cores.
3893 * GNU Parallel will be represented at Chiang Mai Bar Camp.
3894   http://barcampchiangmai.org/
3896 * Indexing Big Data on Amazon AWS: The Screencast
3897   (Check out his T-shirt at 18:40-21:00).
3898   http://www.opensourceconnections.com/2012/06/06/indexing-big-data-on-amazon-aws-screencast/
3900 * biotoolbox uses GNU Parallel.
3901   https://code.google.com/p/biotoolbox/wiki/Pod_novo_wrapper
3903 * Spiceweasel uses GNU Parallel.
3904   https://github.com/mattray/spiceweasel
3906 * GNU Parallel part of The Administrators Challenge.
3907   http://challenge.twistedrack.com/questions/qs3.php
3909 * Finding Oldest Firefox Code using GNU Parallel.
3910   http://gregoryszorc.com/blog/2012/06/18/finding-oldest-firefox-code/
3912 * Bug fixes (quite a few for remote job running) and man page updates.
3915 20120522
3917 * Timings in --joblog now with milliseconds.
3919 * Thesis using GNU Parallel (correctly cited; hooray!).
3920   http://scholarworks.sjsu.edu/etd_projects/222/
3922 * Package for AIX.
3923   http://www.perzl.org/aix/index.php?n=Main.Parallel
3925 * Prokka uses GNU Parallel.
3926   http://bioinformatics.net.au/prokka-manual.html
3928 * GNU Parallel was presented at MUUG.
3929   http://muug.mb.ca/blog/meetings/2012/05/09/may-8th-2012-rtfm-gnu-parallel1/
3931 * Blog post: Manipulating many or large files with GNU parallel.
3932   http://compbiously.blogspot.com/2012/05/manipulating-many-or-large-files-with.html
3934 * Blog post: Running commands in parallel using bash.
3935   http://blog.michaelboman.org/2012/04/running-commands-in-parallel-using-bash.html  
3937 * Blog post in Hungarian.
3938   http://commandline.blog.hu/2012/05/03/gnu_parallel
3940 * Popularity of GNU Parallel in Debian explodes.
3941   http://qa.debian.org/popcon-graph.php?packages=parallel
3943 * Bug fixes and man page updates.
3946 20120422
3948 * A race condition bug caused restructuring of a central piece of the
3949   code. Thus this release of GNU Parallel should be considered beta
3950   quality.
3952 * sql --dbsize will now list sizes of all databases if given no
3953   database.
3955 * GNU Parallel is now in Debian Unstable.
3956   apt-get install parallel
3958 * Article: Computational and experimental analyses of
3959   retrotransposon-associated minisatellite DNAs in the soybean genome.
3960   http://www.biomedcentral.com/content/supplementary/1471-2105-13-s2-s13-s1.pdf
3962 * Blog post: GNU parallel - the best thing since sliced bread.
3963   https://arrayal.wordpress.com/2012/03/27/gnu-parallel-the-best-thing-since-sliced-bread/
3965 * Blog post: GNU Parallel makes everything faster.
3966   http://compbiously.blogspot.com/2012/03/gnu-parallel-makes-everything-faster.html
3968 * Blog post (German): Howto: GNU parallel.
3969   http://d24m.de/2012/04/05/howto-gnu-parallel/
3971 * Blog post: Running in Parallel
3972   http://interactivity.ifactory.com/2012/04/running-in-parallel/
3974 * 20000 watched the first intro video.
3975   http://pi.dk/1
3977 * The first 5 have received their GNU Parallel merchandise
3978   https://www.gnu.org/software/parallel/merchandise.html
3980 * Bug fixes and man page updates.
3983 20120322
3985 * Parallel Process Database Dumps.
3986   http://blog.mattoates.co.uk/2012/02/parallel-process-database-dumps.html
3988 * Using GNU Parallel to process images from Mars.
3989   http://lunokhod.org/?p=468
3991 * Using GNU Parallel with bzgrep.
3992   http://filip.rembialkowski.net/did-you-know-gnu-parallel/
3994 * Bug fixes and man page updates.
3997 20120222
3999 * --workdir . will use the current working dir. If the current working
4000   dir is beneath your home dir, the value . is treated as the relative
4001   path to your home dir. This means that if your home dir is different
4002   on remote computers (e.g. if your login is different) the relative
4003   path will still be relative to your home dir.
4005 * A texinfo file is now generated from the POD file using pod2texi.
4007 * The bioinformatics article "Fast large-scale clustering of protein
4008   structures using Gauss integrals" mentions GNU Parallel. They forgot
4009   to add the reference. Please remember --bibtex if you use GNU
4010   Parallel in an article.
4011   http://bioinformatics.oxfordjournals.org/content/28/4/510.short
4013 * The first supporter received his merchandise. Did you order yours?
4014   https://www.gnu.org/software/parallel/merchandise.html
4016 * How to use GNU Parallel with samtools.
4017   http://zvfak.blogspot.com/2012/02/samtools-in-parallel.html
4019 * How to use GNU Parallel for vacuuming PostgreSQL tables.
4020   http://blog.timmattison.com/archives/2012/01/24/mini-hack-parallel-vacuuming-in-postgresql/
4022 * Converting e-books with Calibre and GNU Parallel.
4023   http://www.linkhal.de/blog/2012/01/converting-massive-e-book-collections-with-calibre-and-gnu-parrallel/
4025 * Using GNU Parallel for tailing logfiles from multiple servers.
4026   http://silviud.blogspot.com/2012/02/shell-parallel-processing.html
4028 * Bug fixes and man page updates.
4031 20120122
4033 * --header : uses the first input line as column names and you can
4034   then use {colname} as a replacement string in the command. This also
4035   works with multiple :::'s.
4037 * --header <regexp> matches a header as a regular expression and
4038   repeats the header for each block with --pipe.
4040 * --resume resumes from the last unfinished job. Useful if you stop
4041   GNU Parallel and restart it later with the same arguments.
4043 * niceload now propagates exit status correctly.
4045 * Show your support for GNU Parallel. For a limited time you can get a
4046   GNU Parallel T-shirt+mug+pen+100 postcards at 20 EUR. See
4047   https://www.gnu.org/software/parallel/merchandise.html
4049 * Options -g -B -T -U -W -Y are retired as warned 6 months ago.
4051 * GNU Parallel referenced in article on Holographic Grid Cloud. Thanks
4052   to Stefano Gallozzi. http://arxiv.org/pdf/1112.6128
4054 * Article in IEEE Software on GNU Parallel. Thanks to Diomidis
4055   Spinellis.  http://www.spinellis.gr/blog/20110911/
4057 * An article on Narwhal which uses GNU Parallel. They forgot to add
4058   the reference. Please remember --bibtex if you use GNU Parallel in
4059   an article. 
4060   http://bioinformatics.oxfordjournals.org/content/early/2011/11/08/bioinformatics.btr613.full.pdf
4062 * Blog post on using GNU Parallel to speed up BLAST queries:
4063   http://blog.mckuhn.de/2012/01/embarrassingly-parallel-blast-search.html
4065 * Video showing Wake-on-LAN with GNU Parallel.
4066   https://www.youtube.com/watch?v=0mB-yIyKFLQ
4068 * Using GNU Parallel with Solr.
4069   http://sujitpal.blogspot.com/2011/12/solr-report-generation-with-python.html
4071 * First job ad including GNU Parallel:
4072   http://seeker.dice.com/jobsearch/servlet/JobSearch?op=101&dockey=xml/7/6/76f858de083a094f74b1a5d3ba53ffc5@endecaindex
4074 * Bug fixes and man page updates.
4077 20111222
4079 * --timeout will now kill grandchildren.
4081 * Interview in Hacker Public Radio.
4082   http://hackerpublicradio.org/eps.php?id=0860
4084 * Blog post in Chinese.
4085   http://blog.sina.com.cn/s/blog_3f7652740100y0ju.html
4087 * Bug fixes and man page updates.
4090 20111122
4092 * GNU Parallel package for Fedora.
4093   https://admin.fedoraproject.org/pkgdb/acls/name/parallel
4095 * Using GNU Parallel with Mozilla cross referencing.
4096   https://blog.mozilla.com/it/2011/11/15/mxr-improvements/
4098 * Neat flash presentation of GNU Parallel.
4099   http://prezi.com/0nq74b2elgtx/about-gnu-parallel/
4101 * How to create tar files of dirs in parallel.
4102   https://joneslee85.wordpress.com/2011/11/22/shell-tips-how-to-recursively-archive-many-folders/
4104 * Article in Admin Network&Security by Ben Martin.
4105   http://www.admin-magazine.com/HPC/Articles/GNU-Parallel
4107 * Blog post in Polish.
4108   http://blog.tiger.com.pl/2011/01/05/gnu-parallel/
4110 * Blog post on using GNU Parallel of Mac OS X.
4111   http://www.0xcb0.com/2011/10/19/running-parallel-bash-tasks-on-os-x/
4113 * Blog post in English by researcher.
4114   http://zandyware.wordpress.com/2011/10/15/gnu-parallell-make-best-use-of-your-multicore-computer/
4116 * Blog entry in Chinese.
4117   http://blog.csdn.net/tossense/article/details/6889026
4119 * Blog entry in Japanese on managing many servers.
4120   http://hiroakis.com/blog/2011/11/13/gnu-parallel/
4122 * GNU Parallel is now part of ppbs.
4123   http://physiology.med.cornell.edu/faculty/mason/lab/ppbs/introduction/introduction.html
4125 * How to use GNU Parallel with MCX.
4126   http://mcx.sourceforge.net/cgi-bin/index.cgi?MMC/Doc/MMCCluster
4128 * Bug fixes and man page updates.
4131 20111022
4133 * --tag prepends lines with the argument(s). If used with --(n)onall
4134   the line will be prepended with the sshlogin instead.
4136 * --shellquote does not run the command but quotes it using \'s.
4137   Useful for making quoted composed commands.
4139 * --profile can now be repeated merging multiple profiles.
4141 * --bibtex now gives the BibTeX entry.
4142   Thanks to Aleksandr Levchuk for testing.
4144 * Makefile for simple .deb package.
4145   cd packager/debian; make
4147 * sql: --list-databases lists the databases.
4149 * GNU Parallel officially in Fedora 16
4150   http://www.spinics.net/lists/fedora-package-announce/msg67130.html
4152 * Blog post on recompression FLAC audio.
4153   http://blog.oxplot.com/2011/08/reflac-flac-cleanser.html
4155 * The most complex use of ::: I have seen so far.
4156   http://agentzlerich.blogspot.com/2011/09/following-up-on-previous-failures-ive.html
4158 * Example of using GNU Parallel with sudo.
4159   http://loopkid.net/articles/2011/10/07/recursive-chmod-and-chown-on-files
4161 * Use wget and gnu parallel to download mp3s at rocket speed.
4162   http://sdbrain.posterous.com/use-wget-and-gnu-parallel-to-download-mp3s-at
4164 * First CV referring to GNU Parallel.
4165   http://www.peopleperhour.com/freelancers/stephen_/internet_researcher_and_protocol_develop/140602
4167 * Cartwright labs usage of GNU Parallel.
4168   http://cartwrightlab.wikispaces.com/The+Most+Bang+for+Your+Buck
4170 * Bug fixes and man page updates.
4173 20110822
4175 * --timeout implemented so that slow commands can be killed
4177 * CPU detection improved for Mac OSX. Thanks to Wayne E. Seguin.
4179 * Example of a parallel webcrawler in the man page.
4181 * Backup up PostgreSQL with GNU Parallel. Thanks to Stephane Wirtel.
4182   http://wirtel.be/2011/07/15/rsync_parallel/
4184 * Blog post in Japanese.
4185   http://dminor11th.blogspot.com/2011/08/gnu-parallel.html
4187 * Blog post about optimizing JPEGs. Thanks to Thomas Jost.
4188   http://schnouki.net/2011/07/22/optimizing-jpeg-pictures/
4190 * Bug fixes and man page updates.
4193 20110722
4195 * niceload: --hard will suspend a program if a limit is reached - as
4196   opposed to just slowing the program down.
4198 * niceload: --soft will slow the program down - as opposed to
4199   suspending the program completely.
4201 * niceload: --run-io will slow down a program if disk io goes above a
4202   certain limit.
4204 * niceload: --run-load will slow down a program if loadaverage goes
4205   above a certain limit.
4207 * niceload: --run-mem will slow down a program if free memory goes
4208   below a certain limit.
4210 * niceload: --run-noswap will slow down a program if the computer is
4211   swapping.
4213 * niceload: --start-io, --start-load, --start-mem, --start-noswap will
4214   defer starting a program until the system is below the limit.
4216 * --io, --load, --mem, and --noswap sets both --run-* and --start-*.
4218 * niceload got a major rewrite and is now object oriented.
4220 * GNU Parallel was presented at Nordic Perl Workshop 2011.
4221   http://conferences.yapceurope.org/npw2011/talk/3416
4223 * Blog post about zcat and GNU Parallel. Thanks to Dr. John.
4224   http://drjohnstechtalk.com/blog/2011/06/gnu-parallel-really-helps-with-zcat/
4226 * 2 blog posts in Japanese. Thanks to Negima.
4227   http://d.hatena.ne.jp/negima1976/20110607/1307412660
4228   http://d.hatena.ne.jp/negima1976/20110628/1309252494
4230 * Blog post for bioinformatics. Thanks to Chris Miller.
4231   http://chrisamiller.com/science/2010/05/26/use-parallel-for-easy-multi-processor-execution/
4233 * Bug fixes and man page updates.
4236 20110622
4238 * --onall will run all the jobs on all the computers. This is useful
4239   for systemadinistrators having multiple servers.
4241 * --nonall runs like --onall but reads no arguments from stdin
4242   (standard input), so is possible to do:
4243   parallel --nonall -S computer1,computer2 uptime
4245 * Context replace now works with multiple input sources:
4246   parallel -X echo {1}-{2} ::: 1 2 3 ::: a b c
4248 * --noswap do not start a job on a server that is swapping.
4250 * Article: Parallel processing without Hadoop!
4251   http://www.solutionhacker.com/parallel-processing-without-hadoop/
4253 * Article in Linux Magazine (Spanish). Thanks to Ben Martin.
4254   http://www.linux-magazine.es/issue/67/
4256 * First blog post in Korean. Thanks to 민병국.
4257   http://blog.daum.net/_blog/BlogTypeView.do?blogid=02RQ3&articleno=13380895&admin=#
4259 * Blog post in Japanese. Thanks to Naoya Nakazawa.
4260   http://www.sssg.org/blogs/naoya/archives/2003
4262 * Blog post in English. Thanks to Dagon.
4263   http://hekate.homeip.net/2011/05/29/
4265 * Bug fixes and man page updates.
4268 20110522
4270 * Multiple ::: can be put on the command line and will be treated
4271   similar to contents from multiple -a's.
4273 * ::: and :::: can now be mixed on the command line. Use {1} .. {n} to
4274   refer to inputs from the different input sources.
4276 * --xapply is now needed to get xapply's behaviour of reading one line
4277   from each of the input sources.
4279 * Multiple input sources will cause all combinations of arguments from
4280   the sources to be generated. E.g. 'parallel echo {1}+{2} ::: 1 2 :::
4281   a b c' will print 1+a 1+b 1+c 2+a 2+b 2+c. This can often replace
4282   nested loops.
4284 * Implemented {//} for the input line with the basename removed (dirname).
4286 * New video showing the new ::: and :::: input sources.
4287   http://tinyogg.com/watch/iOdhU/ http://www.youtube.com/watch?v=fOX1EyHkQwc
4289 * GNU Parallel now has a logo.
4290   http://www.gnu.org/software/parallel/logo.png
4292 * Article about GNU SQL in USENIX Magazine ;login: (print)
4293   http://www.usenix.org/publications/login/2011-04/
4295 * Using GNU Parallel with EC2. Thanks to Kevin Wu.
4296   http://blog.kevinformatics.com/post/4970574713/interested-in-your-experience-using-gnu-parallel-in
4298 * Review with idea for {..} and {...} in Japanese. Thanks to ichii386.
4299   http://d.hatena.ne.jp/ichii386/20110426
4301 * Upgrade GNU Parallel using Macports. Thanks to Phil Hollenback.
4302   http://www.hollenback.net/index.php/MacportsParallel
4304 * Robert from Echo One discusses using processes instead of threads:
4305   http://rrees.wordpress.com/2011/04/25/many-cores-many-threads/
4307 * How to run GNU Parallel on a SLURM cluster. Thanks to Kevin Stock.
4308   http://www.kevinstock.org/2011/04/using-the-ri-cluster/
4310 * Short article about using GNU Parallel with lame:
4311   http://loopkid.net/articles/2011/04/30/accelerate-lame-mp3-conversion
4313 * Using GNU Parallel to run tail -f in Japanese. Thanks to Clouder.
4314   http://blog.clouder.jp/archives/001140.html
4316 * BBC Research & Development uses GNU Parallel:
4317   http://www.bbc.co.uk/blogs/researchanddevelopment/2010/11/prototyping-weeknotes-41-26112.shtml
4319 * Short article about using GNU Parallel on RHEL. Thanks to Rishi Deshpande.
4320   http://nuclear-imaging.info/site_content/2011/05/11/gnu-parallel/
4322 * Using GNU Parallel for FLAC->MP3 conversion. Thanks to Derek Marcotte.
4323   http://derek.chezmarcotte.ca/?p=286
4325 * Bug fixes and man page updates.
4328 20110422
4330 * {#} now works as an alias for $PARALLEL_PID.
4332 * --eta now estimates way more accurately.
4334 * CPU detection code for AIX thanks to Christian Netrwal.
4336 * --joblog contains exitcode.
4338 * Thanks to Ævar Arnfjörð Bjarmason for reading my code.
4340 * GNU Parallel was presented at:
4341   - LUGA, Augsburg, 2011-03-26, http://www.luga.de/Aktionen/LIT-2011/Programm
4342   - OSAA.dk, Aarhus, 2011-04-12
4344 * Blog entry in Japanese. Thanks to Riywo.
4345   http://blog.riywo.com/2011/04/19/022802
4347 * Example of how to use GNU Parallel on PBS clusters. Thanks to Andrew
4348   J Dolgert: http://web0.tc.cornell.edu/wiki/index.php?title=Gnu_Parallel
4350 * First example of using GNU Parallel in Hebrew. Thanks to omry.
4351   http://nd.gd/jk
4353 * Intro video got past 10000 hits.
4354   http://www.youtube.com/watch?v=OpaiGYxkSuQ
4356 * Bug fixes and man page updates.
4359 20110322
4361 * --tollef to be switch compatible with Tollef's parallel. This will
4362   cause -l to mean --load, and the argument separator will be --
4363   instead of :::
4365 * --gnu will force GNU Parallel to behave like GNU Parallel even if
4366   --tollef is set.
4368 * Site wide config file: /etc/parallel/config
4370   This should solve the issue with some packagers renaming GNU
4371   Parallel to gparallel to avoid the naming conflict.
4373   By putting --tollef in the site wide config file you can deinstall
4374   Tollef's parallel and install GNU Parallel instead without any
4375   change for users or scripts. This is useful for packagers that
4376   currently rename GNU Parallel or simply do not distribute GNU
4377   Parallel because the command name conflicts with Tollef's parallel.
4379 * -L 0 -n 0, and -N 0 implemented. They will read one argument,
4380   but insert 0 arguments on the command line. Useful if you just want
4381   to run the same command with the same arguments a number of times.
4383 * GNU Parallel is now in Fink. Thanks to Jesse Alama.
4384   http://pdb.finkproject.org/pdb/package.php/parallel
4386 * Opscode Cookbook for Chef. Thanks to Joshua Timberman.
4387   https://github.com/opscode/cookbooks/tree/master/gnu_parallel
4389 * Man page examples translated into Japanese. Thanks to Koshigoe.
4390   http://w.koshigoe.jp/study/?%5Bsystem%5D+GNU+parallel+%BB%C8%CD%D1%CE%E3#l13
4392 * GNU Parallel will be presented at:
4393   - LUGA, Augsburg, 2011-03-26, http://www.luga.de/Aktionen/LIT-2011/Programm
4394   - OSAA.dk, Aarhus, 2011-04-12
4396 * Video of presentation from FSCONS 2010-11-07. The presenter was
4397   _really_ hoarse that day (Something to do with loads of alcohol the
4398   night before). http://vimeo.com/20838834
4400 * Review with examples in German. Thanks to M. Nieberg.
4401   http://kenntwas.de/2011/linux/gnu-parallel/
4403 * A review of the --pipe option in German. Thanks to Mathias Huber.
4404   http://www.linux-magazin.de/NEWS/GNU-Parallel-20110205-stueckelt-Daten
4406 * A small example of grepping maillogs. Thanks to François Maillet.
4407   http://www.francoismaillet.com/blog/?p=399
4409 * Using GNU Parallel instead of xargs. Thanks to James Cuff.
4410   http://blog.jcuff.net/2011/02/on-train-ride-in.html
4412 * Bug fixes and man page updates.
4415 20110205
4417 * --pipe splits piped data into blocks. Each block is piped to a
4418   program for processing. The piping and the programs will be run in
4419   parallel. Useful if the data you want to process is data for a
4420   program and not arguments.
4422 * --blocksize sets the blocksize in bytes for --pipe. The blocksize is
4423   approximate. It can deviate as much as the size of one record.
4424   Default is 1M.
4426 * --recstart sets the string matching the start of a
4427   record. Default is "".
4429 * --recend sets the string matching the end of a
4430   record. Default is '\n'. To specify none use --recend "".
4432   If both --recstart and --recend are set, the end of a record must be
4433   followed immediately by a start of a record. This is useful if
4434   either recend or recstart can occur in the middle of a record.
4436 * --remove-rec-sep removes the string matched by --recstart and
4437   --recend.
4439 * --regexp will make GNU Parallel treat --recstart and --recend as
4440   regular expressions.
4442 * --output-as-files will put the output of the programs into files and
4443   instead of giving the output GNU Parallel will output the name of
4444   these files.
4446 * -N if used with --pipe sets the number of records to read.
4448 * New video showing --pipe at
4449   http://www.youtube.com/watch?v=1ntxT-47VPA
4451 * GNU Parallel was presented at FOSDEM.
4453 * Article in USENIX Magazine ;login: (print)
4454   http://www.usenix.org/publications/login/2011-02/
4456 * GNU Parallel is now on ohloh.net. Thanks to Wim Muskee.
4457   https://www.ohloh.net/p/gnu-parallel
4459 * Advanced recursive example. Thanks to Ruarí Ødegaard.
4460   http://my.opera.com/ruario/blog/2011/01/24/editing-debian-packages-more-fun-with-gnu
4462 * Small example on using GNU Parallel through 0install (German).
4463   http://forum.ubuntuusers.de/topic/gnu-parallel-mit-zero-install-kurzinfo-kein-wi/
4465 * Bug fixes and man page updates.
4468 20110122
4470 * --joblog makes a simple log of completed jobs.
4472 * -X now spreads arguments between job slots when reaching last
4473   argument. Use -j1 to avoid this.
4475 * People on the email list have voted -j+0 to be the new default
4476   instead of -j9.
4478 * First review in Polish. Thanks to Patryk Krawaczyński.
4479   http://nfsec.pl/root/2458
4481 * Review in Spanish (in print).
4482   https://www.linux-magazine.es/issue/67/moreinfo.html
4484 * Review in English. Thanks to Brian Gough.
4485   http://blogs.fsfe.org/bjg/2011/01/gnu-parallel-a-map-operator-for-the-command-line/
4487 * Review in French. Thanks to Denis Dordoigne.
4488   http://linuxfr.org/2010/12/29/27715.html
4490 * Review in Spanish.
4491   http://gufete.net/index.php?entry=entry110116-200022
4493 * Article with advanced recursive example. Thanks to Ruarí Ødegaard
4494   http://my.opera.com/ruario/blog/2011/01/18/fun-with-gnu-parallel
4496 * Use case for memcache.
4497   http://www.dctrwatson.com/2010/12/how-to-dump-memcache-keyvalue-pairs-fast/
4499 * Bug fixes and man page updates.
4502 20101222
4504 * GNU niceload is now part of GNU Parallel. GNU niceload slows down a
4505   program if the load average is above a certain limit.
4507 * Implemented --tmpdir to buffer standard output and standard error in
4508   a different place.
4510 * Implemented --load to wait until the load is below a limit before
4511   starting another job on that computer.
4513 * Implemented --nice set the niceness of jobs running both locally and
4514   remotely.
4516 * Implemented --dry-run to print the job without running it.
4518 * Implemented --tty as the old default of assigning a tty to the first
4519   job causes problems.
4521 * Review with focus on clusters. Thanks to Taylor Gillespie
4522   http://www.unixpronews.com/unixpronews-49-20101019GNUParallelSpeedUpProcessingWithMulticoresClusters.html
4524 * Review with focus on protein similarity. 
4525   http://kevinformatics.tumblr.com/post/2142473893/cluster-like-computing-using-gnu-parallel
4527 * Review in Spanish.
4528   http://gr3p.com/2010/12/gnu-parallel-acelera-tus-scripts-en-linux
4530 * Quite a few bug fixes and man page updates.
4533 20101202
4535 * Implemented {/} for the input line with the path removed (basename).
4537 * Implemented {/.} for the input line with extension and path removed
4538   (basename).
4540 * Output from --progress is now sent to standard error instead of
4541   standard output.
4543 * --eta was broken and counted down from 0. Now fixed.
4545 * Standard output and standard error are flushed after every job so if
4546   standard output does not end with a newline it will still be grouped
4547   with the rest of standard output.
4549 * --command, -c, --file, and -f are now removed as options. They were
4550   never used in practice.
4552 * GetOptionsFromArray rewritten to work with old Perl libraries.
4554 * The file COPYING now contains the GNU General Public License 3
4556 * Major rewrite to make the code more object oriented and easier to
4557   maintain in the future.
4560 20101113
4562 * Using -j myfile the number of jobs can be changed while GNU Parallel
4563   is running simply by changing the content of myfile.
4565 * Implemented --profile to use different .parallel/config for
4566   different situations.
4568 * Ugly newlines in $PARALLEL and .parallel/config are no longer
4569   needed.  Instead you have to use \ in front of special shell
4570   characters.
4572 * --workdir puts the files transferred to remote machines in a
4573   specified directory.
4575 * $PARALLEL_PID is set to the process id of GNU Parallel.
4577 * $PARALLEL_SEQ is set to the sequence number of the job.
4579 * -v now only shows the command to run. Use -v -v to show the
4580    ssh/rsync wrapping.
4582 * Slow spawning error is now only a warning.
4584 * If stdin is a tty and input is read from stdin you now get a
4585   warning.
4587 * GNU sql: \n and \x0a in arguments is replaced with newline.
4589 * Patch for Debian package and spelling mistakes. Thanks to Rogério
4590   Brito <rbrito at ime dot usp dot br>
4592 * Mac OS X Homebrew package. Thanks to Jonathan Palardy <jonathan dot
4593   palardy at gmail dot com>
4595 * FreeBSD port. Thanks to Chris Howey <howeyc at gmail dot com>
4597 * Pardus package. Thanks to Fethican Coşkuner
4598   <fethicanc at gmail dot com>
4600 * First review in Chinese. Thanks to 曾義峰:
4601   http://antbsd.twbbs.org/~ant/wordpress/?p=2876
4603 * First review in print:
4604   http://www.linux-magazine.com/Issues/2010 Nov 2010
4606 * First review in Spanish:
4607   http://www.muylinux.com/2010/10/18/gnu-parallel-computacion-paralela-a-golpe-de-comando
4609 * First review in Dutch thanks to Koen Vervloesem <koen at vervloesem
4610   dot eu>:
4611   http://techworld.nl/technologie/33493/gebruik-al-je-processorkernen-met-gnu-parallel.html
4613 * Blog review thanks to R. Tyler Croy <tyler at monkeypox dot org>:
4614   http://unethicalblogger.com/posts/2010/11/gnuparallel_changed_my_life
4616 * 5000 views of the intro video:
4617   http://www.youtube.com/watch?v=OpaiGYxkSuQ
4619 * As usual a bunch of bugfixes and more usage examples in the man
4620   page.
4622 * GNU Parallel was presented at FSCONS 2010-11-07:
4623   http://www.fscons.org/fs/gnu-parallel Hopefully the
4624   video will be online soon.
4627 20100922
4629 * See GNU Parallel live at FSCONS 2010-11-07:
4630   http://www.fscons.org/fs/gnu-parallel
4632 * Untested Debian and xUbuntu packages available through OpenSUSE
4633   build service:
4634   https://build.opensuse.org/package/show?package=parallel&project=home%3Atange
4636 * Using --retries a job will be retried on another computer if it
4637   fails. This is useful if some jobs fail for no apparent reason (such
4638   as network failure).
4640 * BSD xargs -o (open /dev/tty) is now default for the job running in
4641   foreground. Useful for interactive commands like:
4642   ls | parallel -Xuj1 vi
4644 * GNU sql now supports SQLite.
4646 * Renamed .dburl.aliases to .sql/aliases and /etc/sql/aliases.
4648 * GNU sql now support --list-tables
4650 * Alias for DBURL can contain '?query' part with %-quoting.
4653 20100906
4655 * Using --shebang GNU Parallel can be used as the parser for a script.
4656   E.g: #!/usr/bin/parallel --shebang traceroute (followed by lines of
4657   hosts)
4659 * First community generated bugfixes
4661 * Alt Linux package of GNU Parallel. Thanks to Michael Shigorin <mike
4662   at altlinux dot org>
4664 * Sunfreeware package of GNU Parallel. Thanks to Steven M. Christensen
4665   <sunfreeware at gmail.com>
4667 * Untested CentOS, Fedora, Mandriva, RedHat, and SUSE packages
4668   available through OpenSUSE build service:
4669   https://build.opensuse.org/package/show?package=parallel&project=home%3Atange
4671 * Review of GNU Parallel. Thanks to Andrew McFague amcfague at wgen dot net
4672   http://www.andrew-mcfague.com/linux/utilities-linux/
4673   commands-every-serious-nix-user-should-know/#parallel
4675 * First 1000 views of the intro video
4677 * sql - a small script to access sql bases from the command line which
4678   is a handy companion to parallel --colsep
4681 20100822
4683 * Counting semaphore functionality: start a job in the background. If
4684   N jobs are already running, wait for one to complete. Examples:
4685   sem 'sleep 2; echo foo'; sem 'sleep 1; echo bar'; sem --wait
4686   sem -j2 'sleep 2; echo foo'; sem -j2 'sleep 1; echo bar'; sem --wait
4688 * With --colsep a table can be used as input. Example:
4689   cat tab_sep_table | parallel --colsep '\t' echo col1 {1} col2 {2}
4691 * --trim can remove white space around arguments.
4693 * --sshloginfile '..' means use ~/.parallel/sshloginfile
4695 * Zero install package. Thanks to Tim Cuthbertson <tim3d dot junk at
4696   gmail dot com>
4698 * OpenSUSE package. Thanks to Markus Ammer <mkmm at gmx-topmail dot
4699   de>
4701 * NixOS package. Thanks to Ludovic Courtès <ludo at gnu dot org>
4703 * Web review http://oentend.blogspot.com/2010/08/gnu-parallel.html
4704   Thanks to Pavel Nuzhdin <pnzhdin at gmail dot com>
4706 * Web review http://psung.blogspot.com/2010/08/gnu-parallel.html
4707   Thanks to Phil Sung <psung at alum dot mit dot edu>
4710 20100722
4712 * Arguments can now be given on the command line. Example:
4713   parallel bzip2 ::: *.txt
4715 * xapply like functionality. Example:
4716   parallel diff {1} {2} :::: filelist1 filelist2
4717   parallel diff {1} {2} ">"{1.}-{2.}.diff :::: filelist1 filelist2
4719 * Arch Linux package. Thanks to Peter Simons <simons at cryp dot to>
4721 * Mandriva package. Thanks to Sandro Cazzaniga <kharec at mandriva dot
4722   org>
4724 * -L -l -n -s now implies -X unless -m is set
4727 20100620
4729 * New video showing the new options.
4730   http://www.youtube.com/watch?v=OpaiGYxkSuQ or at
4731   http://tinyogg.com/watch/TORaR/ and http://tinyogg.com/watch/hfxKj/
4733 * 100% options complete with xargs. All options for xargs can now be
4734   used in GNU Parallel - even the more exotic.
4736 * --basefile for transferring basedata. When running jobs on remote
4737   computers --basefile will transfer files before the first jobs is
4738   run. It can be used to transfer data that remains the same for each
4739   job such as scripts or lookup tables.
4741 * --progress shows progress. To see how many jobs is running on each
4742   server use --progress. It can be turned on even after GNU Parallel
4743   is started.
4745 * --eta shows estimated time left in seconds.
4747 * --halt-on-error stops if an error occurs. GNU Parallel will default
4748   to run all jobs - even if some of them fail. With --halt-on-error
4749   GNU Parallel can ignore errors, wait for the currently running jobs
4750   to finish, or stop immediately when an error occurs.
4753 20100601
4755 * GNU Parallel now has support for running jobs on remote machines
4757 * Intro video http://www.youtube.com/watch?v=LlXDtd_pRaY
4758   http://openvideo.dailymotion.com/video/xdmqwz_gnu-parallel-script-processing-and_tech 
4761 20100424
4763 * GNU Parallel is now official GNU software