library/standard_tables_capture.inc

   1 <?php
   2 /**
   3  * This library contains functions that implement the database load processing
   4  * of external database files into openEMR
   5  *
   6  * Copyright (C) 2011 Phyaura, LLC <info@phyaura.com>
   7  *
   8  * LICENSE: This program is free software; you can redistribute it and/or
   9  * modify it under the terms of the GNU General Public License
  10  * as published by the Free Software Foundation; either version 2
  11  * of the License, or (at your option) any later version.
  12  * This program is distributed in the hope that it will be useful,
  13  * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
  14  * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE. See the
  15  * GNU General Public License for more details.
  16  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  17  * along with this program. If not, see <http://opensource.org/licenses/gpl-license.php>;.
  18  *
  19  * @package OpenEMR
  20  * @author  Rohit Kumar <pandit.rohit@netsity.com>
  21  * @author  (Mac) Kevin McAloon <mcaloon@patienthealthcareanalytics.com>
  22  * @author  Brady Miller <brady.g.miller@gmail.com>
  23  * @link    http://www.open-emr.org
  24  */
  25
  26
  27 // Function to copy a package to temp
  28 // $type (RXNORM, SNOMED etc.)
  29 function temp_copy($filename, $type)
  30 {
  31
  32     if (!file_exists($filename)) {
  33         return false;
  34     }
  35
  36     if (!file_exists($GLOBALS['temporary_files_dir']."/".$type)) {
  37         if (!mkdir($GLOBALS['temporary_files_dir']."/".$type, 0777, true)) {
  38                 return false;
  39         }
  40     }
  41
  42     if (copy($filename, $GLOBALS['temporary_files_dir']."/".$type."/".basename($filename))) {
  43         return true;
  44     } else {
  45         return false;
  46     }
  47 }
  48
  49 // Function to unarchive a package
  50 // $type (RXNORM, SNOMED etc.)
  51 function temp_unarchive($filename, $type)
  52 {
  53     $filename = $GLOBALS['temporary_files_dir']."/".$type."/".basename($filename);
  54     if (!file_exists($filename)) {
  55         return false;
  56     } else {
  57     // let's uzip the file
  58     // use checksums to determine the "version"
  59     //
  60         $zip = new ZipArchive;
  61         if ($zip->open($filename) === true) {
  62             if (!($zip->extractTo($GLOBALS['temporary_files_dir']."/".$type))) {
  63                 return false;
  64             }
  65
  66             $zip->close();
  67             return true;
  68         } else {
  69             return false;
  70         }
  71     }
  72 }
  73
  74 // Function to import the RXNORM tables
  75 // $is_windows_flag - pass the IS_WINDOWS constant
  76 function rxnorm_import($is_windows_flag)
  77 {
  78
  79     // set paths
  80     $dirScripts = $GLOBALS['temporary_files_dir']."/RXNORM/scripts/mysql";
  81     $dir = $GLOBALS['temporary_files_dir']."/RXNORM/rrf";
  82     $dir=str_replace('\\', '/', $dir);
  83
  84     $rx_info = array();
  85     $rx_info['rxnatomarchive'] = array('title' => "Archive Data", 'dir' => "$dir", 'origin' => "RXNATOMARCHIVE.RRF", 'filename' => "RXNATOMARCHIVE.RRF", 'table' => "rxnatomarchive", 'required' => 0);
  86     $rx_info['rxnconso'] = array('title' => "Concept Names and Sources", 'dir' => "$dir", 'origin' => "RXNCONSO.RRF", 'filename' => "RXNCONSO.RRF", 'table' => "rxnconso",  'required' => 1);
  87     $rx_info['rxncui'] = array('title' => "Retired RXCUI Data", 'dir' => "$dir", 'origin' => "RXNCUI.RRF", 'filename' => "RXNCUI.RRF", 'table' => "rxncui", 'required' => 1);
  88     $rx_info['rxncuichanges'] = array('title' => "Concept Changes", 'dir' => "$dir", 'origin' => "RXNCUICHANGES.RRF", 'filename' => "RXNCUICHANGES.RRF", 'table' => "rxncuichanges", 'required' => 1);
  89     $rx_info['rxndoc'] = array('title' => "Documentation for Abbreviated Values", 'dir' => "$dir", 'origin' => "RXNDOC.RRF", 'filename' => "RXNDOC.RRF", 'table' => "rxndoc", 'required' => 1);
  90     $rx_info['rxnrel'] = array('title' => "Relationships", 'dir' => "$dir", 'origin' => "RXNREL.RRF", 'filename' => "RXNREL.RRF", 'table' => "rxnrel", 'required' => 1);
  91     $rx_info['rxnsab'] = array('title' => "Source Information", 'dir' => "$dir", 'origin' => "RXNSAB.RRF", 'filename' => "RXNSAB.RRF", 'table' => "rxnsab", 'required' => 0);
  92     $rx_info['rxnsat'] = array('title' => "Simple Concept and Atom Attributes", 'dir' => "$dir", 'origin' => "RXNSAT.RRF", 'filename' => "RXNSAT.RRF", 'table' => "rxnsat", 'required' => 0);
  93     $rx_info['rxnsty'] = array('title' => "Semantic Types ", 'dir' => "$dir", 'origin' => "RXNSTY.RRF", 'filename' => "RXNSTY.RRF", 'table' => "rxnsty", 'required' => 1);
  94
  95     // load scripts
  96     $file_load = file_get_contents($dirScripts.'/Table_scripts_mysql_rxn.sql', true);
  97     if ($is_windows_flag) {
  98         $data_load = file_get_contents($dirScripts.'/Load_scripts_mysql_rxn_win.sql', true);
  99     } else {
 100         $data_load = file_get_contents($dirScripts.'/Load_scripts_mysql_rxn_unix.sql', true);
 101     }
 102
 103     $indexes_load = file_get_contents($dirScripts.'/Indexes_mysql_rxn.sql', true);
 104
 105     //
 106     // Creating the structure for table and applying indexes
 107     //
 108
 109     $file_array=explode(";", $file_load);
 110     foreach ($file_array as $val) {
 111         if (trim($val)!='') {
 112             sqlStatementNoLog($val);
 113         }
 114     }
 115
 116     $indexes_array=explode(";", $indexes_load);
 117
 118     foreach ($indexes_array as $val1) {
 119         if (trim($val1)!='') {
 120             sqlStatementNoLog($val1);
 121         }
 122     }
 123
 124
 125     // Settings to drastically speed up import with InnoDB
 126     sqlStatementNoLog("SET autocommit=0");
 127     sqlStatementNoLog("START TRANSACTION");
 128     $data=explode(";", $data_load);
 129     foreach ($data as $val) {
 130         foreach ($rx_info as $key => $value) {
 131             $file_name= $value['origin'];
 132             $replacement=$dir."/".$file_name;
 133
 134             $pattern='/'.$file_name.'/';
 135             if (strpos($val, $file_name) !== false) {
 136                 $val1 = str_replace($file_name, $replacement, $val);
 137                 if (trim($val1)!='') {
 138                     sqlStatementNoLog($val1);
 139                 }
 140             }
 141         }
 142     }
 143
 144     // Settings to drastically speed up import with InnoDB
 145     sqlStatementNoLog("COMMIT");
 146     sqlStatementNoLog("SET autocommit=1");
 147
 148     return true;
 149 }
 150
 151 // Function to import SNOMED tables
 152 function snomed_import($us_extension = false)
 153 {
 154
 155     // set up array
 156     $table_array_for_snomed=array(
 157         "sct_concepts_drop"=>"DROP TABLE IF EXISTS `sct_concepts`",
 158         "sct_concepts_structure"=>"CREATE TABLE IF NOT EXISTS `sct_concepts` (
 159             `ConceptId` bigint(20) NOT NULL,
 160             `ConceptStatus` int(11) NOT NULL,
 161             `FullySpecifiedName` varchar(255) NOT NULL,
 162             `CTV3ID` varchar(5) NOT NULL,
 163             `SNOMEDID` varchar(8) NOT NULL,
 164             `IsPrimitive` tinyint(1) NOT NULL,
 165             PRIMARY KEY (`ConceptId`)
 166             ) ENGINE=InnoDB",
 167         "sct_descriptions_drop"=>"DROP TABLE IF EXISTS `sct_descriptions`",
 168         "sct_descriptions_structure"=>"CREATE TABLE IF NOT EXISTS `sct_descriptions` (
 169             `DescriptionId` bigint(20) NOT NULL,
 170             `DescriptionStatus` int(11) NOT NULL,
 171             `ConceptId` bigint(20) NOT NULL,
 172             `Term` varchar(255) NOT NULL,
 173             `InitialCapitalStatus` tinyint(1) NOT NULL,
 174             `DescriptionType` int(11) NOT NULL,
 175             `LanguageCode` varchar(8) NOT NULL,
 176             PRIMARY KEY (`DescriptionId`)
 177             ) ENGINE=InnoDB",
 178         "sct_relationships_drop"=>"DROP TABLE IF EXISTS `sct_relationships`",
 179         "sct_relationships_structure"=>"CREATE TABLE IF NOT EXISTS `sct_relationships` (
 180             `RelationshipId` bigint(20) NOT NULL,
 181             `ConceptId1` bigint(20) NOT NULL,
 182             `RelationshipType` bigint(20) NOT NULL,
 183             `ConceptId2` bigint(20) NOT NULL,
 184             `CharacteristicType` int(11) NOT NULL,
 185             `Refinability` int(11) NOT NULL,
 186             `RelationshipGroup` int(11) NOT NULL,
 187             PRIMARY KEY (`RelationshipId`)
 188             ) ENGINE=InnoDB"
 189     );
 190
 191     // set up paths
 192     $dir_snomed = $GLOBALS['temporary_files_dir']."/SNOMED/";
 193     $sub_path="Terminology/Content/";
 194     $dir=$dir_snomed;
 195     $dir=str_replace('\\', '/', $dir);
 196
 197     // executing the create statement for tables, these are defined in snomed_capture.inc file
 198     // this is skipped if the US extension is being added
 199     if (!$us_extension) {
 200         foreach ($table_array_for_snomed as $val) {
 201             if (trim($val)!='') {
 202                 sqlStatement($val);
 203             }
 204         }
 205     }
 206
 207     // reading the SNOMED directory and identifying the files to import and replacing the variables by originals values.
 208     if (is_dir($dir) && $handle = opendir($dir)) {
 209         while (false !== ($filename = readdir($handle))) {
 210             if ($filename != "." && $filename != ".." && !strpos($filename, "zip")) {
 211                 $path=$dir."".$filename."/".$sub_path;
 212                 if (!(is_dir($path))) {
 213                     $path=$dir."".$filename."/RF1Release/".$sub_path;
 214                 }
 215
 216                 if (is_dir($path) && $handle1 = opendir($path)) {
 217                     while (false !== ($filename1 = readdir($handle1))) {
 218                         $load_script="Load data local infile '#FILENAME#' into table #TABLE# fields terminated by '\\t' ESCAPED BY '' lines terminated by '\\n' ignore 1 lines   ";
 219                         $array_replace=array("#FILENAME#","#TABLE#");
 220                         if ($filename1 != "." && $filename1 != "..") {
 221                             $file_replace=$path.$filename1;
 222                             if (strpos($filename1, "Concepts") !== false) {
 223                                 $new_str=str_replace($array_replace, array($file_replace,"sct_concepts"), $load_script);
 224                             }
 225
 226                             if (strpos($filename1, "Descriptions") !== false) {
 227                                 $new_str=str_replace($array_replace, array($file_replace,"sct_descriptions"), $load_script);
 228                             }
 229
 230                             if (strpos($filename1, "Relationships") !== false) {
 231                                 $new_str=str_replace($array_replace, array($file_replace,"sct_relationships"), $load_script);
 232                             }
 233
 234                             if ($new_str!='') {
 235                                 sqlStatement($new_str);
 236                             }
 237                         }
 238                     }
 239                 }
 240
 241                 closedir($handle1);
 242             }
 243         }
 244
 245         closedir($handle);
 246     }
 247
 248     return true;
 249 }
 250
 251 // Function to import ICD tables $type differentiates ICD 9, 10 and eventually 11 (circa 2018 :-) etc.
 252 //
 253 function icd_import($type)
 254 {
 255
 256     // set up paths
 257     $dir_icd = $GLOBALS['temporary_files_dir']."/".$type."/";
 258     $dir=str_replace('\\', '/', $dir_icd);
 259     $db_load = '';
 260     $db_update = '';
 261
 262     // the incoming array is a metadata array containing keys that substr match to the incoming filename
 263     // followed by the field name, position and length of each fixed length text record in the incoming
 264     // flat files. There are separate definitions for ICD 9 and 10 based on the type passed in
 265     $incoming = array();
 266     if ($type == 'ICD9') {
 267         $incoming['SHORT_DX'] = array('#TABLENAME#' => "icd9_dx_code",
 268         '#FLD1#' => "dx_code", '#POS1#' => 1, '#LEN1#' => 5,
 269         '#FLD2#' => "short_desc", '#POS2#' => 7, '#LEN2#' => 60);
 270         $incoming['SHORT_SG'] = array('#TABLENAME#' => "icd9_sg_code",
 271         '#FLD1#' => "sg_code", '#POS1#' => 1, '#LEN1#' => 4,
 272         '#FLD2#' => "short_desc", '#POS2#' => 6, '#LEN2#' => 60);
 273         $incoming['LONG_SG'] = array('#TABLENAME#' => "icd9_sg_long_code",
 274         '#FLD1#' => "sg_code", '#POS1#' => 1, '#LEN1#' => 4,
 275         '#FLD2#' => "long_desc", '#POS2#' => 6, '#LEN2#' => 300);
 276         $incoming['LONG_DX'] = array('#TABLENAME#' => "icd9_dx_long_code",
 277         '#FLD1#' => "dx_code", '#POS1#' => 1, '#LEN1#' => 5,
 278         '#FLD2#' => "long_desc", '#POS2#' => 7, '#LEN2#' => 300);
 279     } else {
 280         $incoming['icd10pcs_order_'] = array('#TABLENAME#' => "icd10_pcs_order_code",
 281         '#FLD1#' => "pcs_code", '#POS1#' => 7, '#LEN1#' => 7,
 282         '#FLD2#' => "valid_for_coding", '#POS2#' => 15, '#LEN2#' => 1,
 283         '#FLD3#' => "short_desc", '#POS3#' => 17, '#LEN3#' => 60,
 284         '#FLD4#' => "long_desc", '#POS4#' => 78, '#LEN4#' => 300);
 285         $incoming['icd10cm_order_'] = array('#TABLENAME#' => "icd10_dx_order_code",
 286         '#FLD1#' => "dx_code", '#POS1#' =>7, '#LEN1#' => 7,
 287         '#FLD2#' => "valid_for_coding", '#POS2#' => 15, '#LEN2#' => 1,
 288         '#FLD3#' => "short_desc", '#POS3#' => 17, '#LEN3#' => 60,
 289         '#FLD4#' => "long_desc", '#POS4#' => 78, '#LEN4#' => 300);
 290         $incoming['reimb_map_pr_'] = array('#TABLENAME#' => "icd10_reimbr_pcs_9_10",
 291         '#FLD1#' => "code", '#POS1#' => 1, '#LEN1#' => 7,
 292         '#FLD2#' => "code_cnt", '#POS2#' => 9, '#LEN2#' => 1,
 293         '#FLD3#' => "ICD9_01", '#POS3#' => 11, '#LEN3#' => 5,
 294         '#FLD4#' => "ICD9_02", '#POS4#' => 17, '#LEN4#' => 5,
 295         '#FLD5#' => "ICD9_03", '#POS5#' => 23, '#LEN5#' => 5,
 296         '#FLD6#' => "ICD9_04", '#POS6#' => 29, '#LEN6#' => 5,
 297         '#FLD7#' => "ICD9_05", '#POS7#' => 35, '#LEN7#' => 5,
 298         '#FLD8#' => "ICD9_06", '#POS8#' => 41, '#LEN8#' => 5);
 299         $incoming['reimb_map_dx_'] = array('#TABLENAME#' => "icd10_reimbr_dx_9_10",
 300         '#FLD1#' => "code", '#POS1#' => 1, '#LEN1#' => 7,
 301         '#FLD2#' => "code_cnt", '#POS2#' => 9, '#LEN2#' => 1,
 302         '#FLD3#' => "ICD9_01", '#POS3#' => 11, '#LEN3#' => 5,
 303         '#FLD4#' => "ICD9_02", '#POS4#' => 17, '#LEN4#' => 5,
 304         '#FLD5#' => "ICD9_03", '#POS5#' => 23, '#LEN5#' => 5,
 305         '#FLD6#' => "ICD9_04", '#POS6#' => 29, '#LEN6#' => 5,
 306         '#FLD7#' => "ICD9_05", '#POS7#' => 35, '#LEN7#' => 5,
 307         '#FLD8#' => "ICD9_06", '#POS8#' => 41, '#LEN8#' => 5);
 308         $incoming['I10gem'] = array('#TABLENAME#' => "icd10_gem_dx_10_9",
 309         '#FLD1#' => "dx_icd10_source", '#POS1#' => 1, '#LEN1#' => 7,
 310         '#FLD2#' => "dx_icd9_target", '#POS2#' => 9, '#LEN2#' => 5,
 311         '#FLD3#' => "flags", '#POS3#' => 15, '#LEN3#' => 5);
 312         $incoming['I9gem'] = array('#TABLENAME#' => "icd10_gem_dx_9_10",
 313         '#FLD1#' => "dx_icd9_source", '#POS1#' => 1, '#LEN1#' => 5,
 314         '#FLD2#' => "dx_icd10_target", '#POS2#' => 7, '#LEN2#' => 7,
 315         '#FLD3#' => "flags", '#POS3#' => 15, '#LEN3#' => 5);
 316         $incoming['gem_pcsi9'] = array('#TABLENAME#' => "icd10_gem_pcs_10_9",
 317         '#FLD1#' => "pcs_icd10_source", '#POS1#' => 1, '#LEN1#' => 7,
 318         '#FLD2#' => "pcs_icd9_target", '#POS2#' => 9, '#LEN2#' => 5,
 319         '#FLD3#' => "flags", '#POS3#' => 15, '#LEN3#' => 5);
 320         $incoming['gem_i9pcs'] = array('#TABLENAME#' => "icd10_gem_pcs_9_10",
 321         '#FLD1#' => "pcs_icd9_source", '#POS1#' => 1, '#LEN1#' => 5,
 322         '#FLD2#' => "pcs_icd10_target", '#POS2#' => 7, '#LEN2#' => 7,
 323         '#FLD3#' => "flags", '#POS3#' => 15, '#LEN3#' => 5);
 324     }
 325
 326     // set up the start of the load script to be appended from the incoming array defined above where incoming
 327     // file matches
 328     $db_load = "LOAD DATA LOCAL INFILE '#INFILE#' INTO TABLE #TABLENAME# FIELDS TERMINATED BY '\0' (@var) SET revision = 0, ";
 329     $col_template = "#FLD# = trim(Substring(@var, #POS#, #LEN#))";
 330
 331     // load all data and set active revision
 332     if (is_dir($dir) && $handle = opendir($dir)) {
 333         while (false !== ($filename = readdir($handle))) {
 334         // bypass unwanted entries
 335             if (!stripos($filename, ".txt") || stripos($filename, "diff") || stripos($filename, "addenda")) {
 336                 continue;
 337             }
 338
 339         // reset the sql load command and susbtitute the filename
 340             $run_sql = $db_load;
 341             $run_sql = str_replace("#INFILE#", $dir . $filename, $run_sql);
 342             $keys = array_keys($incoming);
 343             while ($this_key = array_pop($keys)) {
 344                 if (stripos($filename, $this_key) !== false) {
 345                     // now substitute the tablename
 346                         $run_sql = str_replace("#TABLENAME#", $incoming[$this_key]['#TABLENAME#'], $run_sql);
 347
 348                     // the range defines the maximum number of fields contained
 349                     // in any of the incoming files
 350                     foreach (range(1, 8) as $field) {
 351                         $fld = "#FLD" . $field . "#";
 352                         $nxtfld = "#FLD" . ($field+1) . "#";
 353                         $pos = "#POS" . $field . "#";
 354                         $len = "#LEN" . $field . "#";
 355
 356                 // concat this fields template in the sql string
 357                         $run_sql .= $col_template;
 358                         $run_sql = str_replace("#FLD#", $incoming[$this_key][$fld], $run_sql);
 359                         $run_sql = str_replace("#POS#", $incoming[$this_key][$pos], $run_sql);
 360                         $run_sql = str_replace("#LEN#", $incoming[$this_key][$len], $run_sql);
 361                 // at the end of this table's field list
 362                         if (!array_key_exists($nxtfld, $incoming[$this_key])) {
 363                             break;
 364                         }
 365
 366                         $run_sql .= ",";
 367                     }
 368
 369                     sqlStatement($run_sql);
 370
 371                     // now update the revision for this load
 372                     $res = sqlStatement("SELECT max(revision) rev FROM " . $incoming[$this_key]['#TABLENAME#']);
 373                     $row = sqlFetchArray($res);
 374                     $next_rev = $row['rev'] + 1;
 375                     $run_sql = "UPDATE " . $incoming[$this_key]['#TABLENAME#'] . " SET active = 0";
 376                     sqlQuery($run_sql);
 377                     $run_sql = "UPDATE " . $incoming[$this_key]['#TABLENAME#'] . " SET active = 1, revision = ? WHERE revision = 0";
 378                     sqlQuery($run_sql, array($next_rev));
 379                     break;
 380                 }
 381             }
 382         }
 383
 384         closedir($handle);
 385     } else {
 386         echo htmlspecialchars(xl('ERROR: No ICD import directory.'), ENT_NOQUOTES)."<br>";
 387         return;
 388     }
 389
 390     // now update the tables where necessary
 391     if ($type == 'ICD9') {
 392         sqlStatement("update `icd9_dx_code` SET formatted_dx_code = dx_code");
 393         sqlStatement("update `icd9_dx_code` SET formatted_dx_code = concat(concat(left(dx_code, 3), '.'), substr(dx_code, 4)) WHERE dx_code RLIKE '^[V0-9]{1}.*' AND LENGTH(dx_code) > 3");
 394         sqlStatement("update `icd9_dx_code` SET formatted_dx_code = concat(concat(left(dx_code, 4), '.'), substr(dx_code, 5)) WHERE dx_code RLIKE '^[E]{1}.*' AND LENGTH(dx_code) > 4");
 395         sqlStatement("update `icd9_sg_code` SET formatted_sg_code = concat(concat(left(sg_code, 2), '.'), substr(sg_code, 3))");
 396         sqlStatement("update `icd9_dx_code` A, `icd9_dx_long_code` B set A.long_desc = B.long_desc where A.dx_code = B.dx_code and A.active = 1 and A.long_desc is NULL");
 397         sqlStatement("update `icd9_sg_code` A, `icd9_sg_long_code` B set A.long_desc = B.long_desc where A.sg_code = B.sg_code and A.active = 1 and A.long_desc is NULL");
 398     } else { // ICD 10
 399         sqlStatement("update `icd10_dx_order_code` SET formatted_dx_code = dx_code");
 400         sqlStatement("update `icd10_dx_order_code` SET formatted_dx_code = concat(concat(left(dx_code, 3), '.'), substr(dx_code, 4)) WHERE LENGTH(dx_code) > 3");
 401     }
 402
 403     return true;
 404 }
 405
 406 function valueset_import($type)
 407 {
 408     $dir_valueset = $GLOBALS['temporary_files_dir']."/".$type."/";
 409         $dir = str_replace('\\', '/', $dir_valueset);
 410
 411     // Settings to drastically speed up import with InnoDB
 412     sqlStatementNoLog("SET autocommit=0");
 413     sqlStatementNoLog("START TRANSACTION");
 414     if (is_dir($dir) && $handle = opendir($dir)) {
 415         while (false !== ($filename = readdir($handle))) {
 416             if (stripos($filename, ".xml")) {
 417                     $abs_path = $dir.$filename;
 418                     $xml  = simplexml_load_file($abs_path, null, null, 'ns0', true);
 419                 foreach ($xml->DescribedValueSet as $vset) {
 420                     $vset_attr = $vset->attributes();
 421                     $nqf = $vset->xpath('ns0:Group[@displayName="NQF Number"]/ns0:Keyword');
 422                     foreach ($vset->ConceptList as $cp) {
 423                         foreach ($nqf as $nqf_code) {
 424                             foreach ($cp->Concept as $con) {
 425                                 $con_attr = $con->attributes();
 426                                 sqlStatementNoLog("INSERT INTO valueset values(?,?,?,?,?,?,?) on DUPLICATE KEY UPDATE code_system = values(code_system),description = values(description),valueset_name = values(valueset_name)", array($nqf_code,$con_attr->code,$con_attr->codeSystem,$con_attr->codeSystemName,$vset_attr->ID,$con_attr->displayName,$vset_attr->displayName));
 427                             }
 428                         }
 429                     }
 430                 }
 431
 432                     sqlStatementNoLog("UPDATE valueset set code_type='SNOMED CT' where code_type='SNOMEDCT'");
 433                     sqlStatementNoLog("UPDATE valueset set code_type='ICD9' where code_type='ICD9CM'");
 434                     sqlStatementNoLog("UPDATE valueset set code_type='ICD10' where code_type='ICD10CM'");
 435             }
 436         }
 437     }
 438
 439     // Settings to drastically speed up import with InnoDB
 440     sqlStatementNoLog("COMMIT");
 441     sqlStatementNoLog("SET autocommit=1");
 442         return true;
 443 }
 444
 445 // Function to clean up temp files
 446 // $type (RXNORM etc.)
 447 function temp_dir_cleanup($type)
 448 {
 449     if (is_dir($GLOBALS['temporary_files_dir']."/".$type)) {
 450         rmdir_recursive($GLOBALS['temporary_files_dir']."/".$type);
 451     }
 452 }
 453
 454 // Function to update version tracker table if successful
 455 // $type (RXNORM etc.)
 456 function update_tracker_table($type, $revision, $version, $file_checksum)
 457 {
 458     if ($type == 'RXNORM') {
 459         sqlStatement("INSERT INTO `standardized_tables_track` (`imported_date`,`name`,`revision_date`, `revision_version`, `file_checksum`) VALUES (NOW(),'RXNORM',?,?,?)", array($revision, $version, $file_checksum));
 460         return true;
 461     } else if ($type == 'SNOMED') {
 462         sqlStatement("INSERT INTO `standardized_tables_track` (`imported_date`,`name`,`revision_date`, `revision_version`, `file_checksum`) VALUES (NOW(),'SNOMED',?,?,?)", array($revision, $version, $file_checksum));
 463         return true;
 464     } else if ($type == 'ICD9') {
 465         sqlStatement("INSERT INTO `standardized_tables_track` (`imported_date`,`name`,`revision_date`, `revision_version`, `file_checksum`) VALUES (NOW(),'ICD9',?,?,?)", array($revision, $version, $file_checksum));
 466         return true;
 467     } else if ($type == 'CQM_VALUESET') {
 468         sqlStatement("INSERT INTO `standardized_tables_track` (`imported_date`,`name`,`revision_date`, `revision_version`, `file_checksum`) VALUES (NOW(),'CQM_VALUESET',?,?,?)", array($revision, $version, $file_checksum));
 469         return true;
 470     } else { // $type == 'ICD10')
 471         sqlStatement("INSERT INTO `standardized_tables_track` (`imported_date`,`name`,`revision_date`, `revision_version`, `file_checksum`) VALUES (NOW(),'ICD10',?,?,?)", array($revision, $version, $file_checksum));
 472         return true;
 473     }
 474
 475     return false;
 476 }
 477
 478 // Function to delete an entire directory
 479 function rmdir_recursive($dir)
 480 {
 481     $files = scandir($dir);
 482     array_shift($files);    // remove '.' from array
 483     array_shift($files);    // remove '..' from array
 484
 485     foreach ($files as $file) {
 486         $file = $dir . '/' . $file;
 487         if (is_dir($file)) {
 488             rmdir_recursive($file);
 489             continue;
 490         }
 491
 492         unlink($file);
 493     }
 494
 495     rmdir($dir);
 496 }
 497
 498 // function to cleanup temp, copy and unarchive the zip file
 499 function handle_zip_file($mode, $file)
 500 {
 501         // 1. copy the file to temp directory
 502     if (!temp_copy($file, $mode)) {
 503         echo htmlspecialchars(xl('ERROR: Unable to copy the file.'), ENT_NOQUOTES)."<br>";
 504         temp_dir_cleanup($mode);
 505         exit;
 506     }
 507
 508         // 2. unarchive the file
 509     if (!temp_unarchive($file, $mode)) {
 510         echo htmlspecialchars(xl('ERROR: Unable to extract the file.'), ENT_NOQUOTES)."<br>";
 511         temp_dir_cleanup($mode);
 512         exit;
 513     }
 514 }