sql/6_0_0-to-6_1_0_upgrade.sql

   1 --
   2 --  Comment Meta Language Constructs:
   3 --
   4 --  #IfNotTable
   5 --    argument: table_name
   6 --    behavior: if the table_name does not exist,  the block will be executed
   7
   8 --  #IfTable
   9 --    argument: table_name
  10 --    behavior: if the table_name does exist, the block will be executed
  11
  12 --  #IfColumn
  13 --    arguments: table_name colname
  14 --    behavior:  if the table and column exist,  the block will be executed
  15
  16 --  #IfMissingColumn
  17 --    arguments: table_name colname
  18 --    behavior:  if the table exists but the column does not,  the block will be executed
  19
  20 --  #IfNotColumnType
  21 --    arguments: table_name colname value
  22 --    behavior:  If the table table_name does not have a column colname with a data type equal to value, then the block will be executed
  23
  24 --  #IfNotColumnTypeDefault
  25 --    arguments: table_name colname value value2
  26 --    behavior:  If the table table_name does not have a column colname with a data type equal to value and a default equal to value2, then the block will be executed
  27
  28 --  #IfNotRow
  29 --    arguments: table_name colname value
  30 --    behavior:  If the table table_name does not have a row where colname = value, the block will be executed.
  31
  32 --  #IfNotRow2D
  33 --    arguments: table_name colname value colname2 value2
  34 --    behavior:  If the table table_name does not have a row where colname = value AND colname2 = value2, the block will be executed.
  35
  36 --  #IfNotRow3D
  37 --    arguments: table_name colname value colname2 value2 colname3 value3
  38 --    behavior:  If the table table_name does not have a row where colname = value AND colname2 = value2 AND colname3 = value3, the block will be executed.
  39
  40 --  #IfNotRow4D
  41 --    arguments: table_name colname value colname2 value2 colname3 value3 colname4 value4
  42 --    behavior:  If the table table_name does not have a row where colname = value AND colname2 = value2 AND colname3 = value3 AND colname4 = value4, the block will be executed.
  43
  44 --  #IfNotRow2Dx2
  45 --    desc:      This is a very specialized function to allow adding items to the list_options table to avoid both redundant option_id and title in each element.
  46 --    arguments: table_name colname value colname2 value2 colname3 value3
  47 --    behavior:  The block will be executed if both statements below are true:
  48 --               1) The table table_name does not have a row where colname = value AND colname2 = value2.
  49 --               2) The table table_name does not have a row where colname = value AND colname3 = value3.
  50
  51 --  #IfRow
  52 --    arguments: table_name colname value
  53 --    behavior:  If the table table_name does have a row where colname = value, the block will be executed.
  54
  55 --  #IfRow2D
  56 --    arguments: table_name colname value colname2 value2
  57 --    behavior:  If the table table_name does have a row where colname = value AND colname2 = value2, the block will be executed.
  58
  59 --  #IfRow3D
  60 --        arguments: table_name colname value colname2 value2 colname3 value3
  61 --        behavior:  If the table table_name does have a row where colname = value AND colname2 = value2 AND colname3 = value3, the block will be executed.
  62
  63 --  #IfRowIsNull
  64 --    arguments: table_name colname
  65 --    behavior:  If the table table_name does have a row where colname is null, the block will be executed.
  66
  67 --  #IfIndex
  68 --    desc:      This function is most often used for dropping of indexes/keys.
  69 --    arguments: table_name colname
  70 --    behavior:  If the table and index exist the relevant statements are executed, otherwise not.
  71
  72 --  #IfNotIndex
  73 --    desc:      This function will allow adding of indexes/keys.
  74 --    arguments: table_name colname
  75 --    behavior:  If the index does not exist, it will be created
  76
  77 --  #EndIf
  78 --    all blocks are terminated with a #EndIf statement.
  79
  80 --  #IfNotListReaction
  81 --    Custom function for creating Reaction List
  82
  83 --  #IfNotListOccupation
  84 --    Custom function for creating Occupation List
  85
  86 --  #IfTextNullFixNeeded
  87 --    desc: convert all text fields without default null to have default null.
  88 --    arguments: none
  89
  90 --  #IfTableEngine
  91 --    desc:      Execute SQL if the table has been created with given engine specified.
  92 --    arguments: table_name engine
  93 --    behavior:  Use when engine conversion requires more than one ALTER TABLE
  94
  95 --  #IfInnoDBMigrationNeeded
  96 --    desc: find all MyISAM tables and convert them to InnoDB.
  97 --    arguments: none
  98 --    behavior: can take a long time.
  99
 100 --  #IfDocumentNamingNeeded
 101 --    desc: populate name field with document names.
 102 --    arguments: none
 103
 104 #IfMissingColumn insurance_companies uuid
 105 ALTER TABLE `insurance_companies` ADD `uuid` binary(16) DEFAULT NULL;
 106 #EndIf
 107
 108 #IfNotIndex insurance_companies uuid
 109 CREATE UNIQUE INDEX `uuid` ON `insurance_companies` (`uuid`);
 110 #EndIf
 111
 112 #IfMissingColumn insurance_data uuid
 113 ALTER TABLE `insurance_data` ADD `uuid` binary(16) DEFAULT NULL;
 114 #EndIf
 115
 116 #IfNotIndex insurance_data uuid
 117 CREATE UNIQUE INDEX `uuid` ON `insurance_data` (`uuid`);
 118 #EndIf
 119
 120 #IfMissingColumn facility weno_id
 121 ALTER TABLE `facility` ADD `weno_id` VARCHAR(10) DEFAULT NULL;
 122 #EndIf
 123
 124 #IfMissingColumn x12_partners x12_gs03
 125 ALTER TABLE `x12_partners` ADD COLUMN `x12_gs03` varchar(15) DEFAULT NULL;
 126 #EndIf
 127
 128 #IfMissingColumn x12_partners x12_submitter_name
 129 ALTER TABLE `x12_partners` ADD COLUMN `x12_submitter_name` varchar(255) DEFAULT NULL;
 130 #EndIf
 131
 132 #IfMissingColumn x12_partners x12_sftp_login
 133 ALTER TABLE `x12_partners` ADD COLUMN `x12_sftp_login` varchar(255) DEFAULT NULL;
 134 #EndIf
 135
 136 #IfMissingColumn x12_partners x12_sftp_pass
 137 ALTER TABLE `x12_partners` ADD COLUMN `x12_sftp_pass` varchar(255) DEFAULT NULL;
 138 #EndIf
 139
 140 #IfMissingColumn x12_partners x12_sftp_host
 141 ALTER TABLE `x12_partners` ADD COLUMN `x12_sftp_host` varchar(255) DEFAULT NULL;
 142 #EndIf
 143
 144 #IfMissingColumn x12_partners x12_sftp_port
 145 ALTER TABLE `x12_partners` ADD COLUMN `x12_sftp_port` varchar(255) DEFAULT NULL;
 146 #EndIf
 147
 148 #IfMissingColumn x12_partners x12_sftp_local_dir
 149 ALTER TABLE `x12_partners` ADD COLUMN `x12_sftp_local_dir` varchar(255) DEFAULT NULL;
 150 #EndIf
 151
 152 #IfMissingColumn x12_partners x12_sftp_remote_dir
 153 ALTER TABLE `x12_partners` ADD COLUMN `x12_sftp_remote_dir` varchar(255) DEFAULT NULL;
 154 #EndIf
 155
 156 #IfNotRow background_services name X12_SFTP
 157 INSERT INTO `background_services` (`name`, `title`, `active`, `running`, `next_run`, `execute_interval`, `function`, `require_once`, `sort_order`) VALUES
 158 ('X12_SFTP', 'SFTP Claims to X12 Partner Service', 0, 0, '2021-01-18 11:25:10', 1, 'start_X12_SFTP', '/library/billing_sftp_service.php', 100);
 159 #EndIf
 160
 161 #IfNotTable x12_remote_tracker
 162 CREATE TABLE `x12_remote_tracker` (
 163 `id` bigint(20) NOT NULL AUTO_INCREMENT,
 164 `x12_partner_id` int(11) NOT NULL,
 165 `x12_filename` varchar(255) NOT NULL,
 166 `status` varchar(255) NOT NULL,
 167 `claims` text,
 168 `messages` text,
 169 `created_at` datetime DEFAULT NULL,
 170 `updated_at` datetime DEFAULT NULL,
 171 PRIMARY KEY (`id`)
 172 ) ENGINE=InnoDB;
 173
 174 #IfNotRow2D list_options list_id lists option_id Procedure_Billing
 175 INSERT INTO list_options (list_id,option_id,title, seq, is_default, option_value) VALUES ('lists','Procedure_Billing','Procedure Billing',0, 1, 0);
 176 INSERT INTO list_options (list_id,option_id,title,seq,is_default,activity) VALUES ('Procedure_Billing','T','Third-Party',10,1,1);
 177 INSERT INTO list_options (list_id,option_id,title,seq,is_default,activity) VALUES ('Procedure_Billing','P','Self Pay',20,0,1);
 178 INSERT INTO list_options (list_id,option_id,title,seq,is_default,activity) VALUES ('Procedure_Billing','C','Bill Clinic',30,0,1);
 179 #EndIf
 180
 181 #IfMissingColumn procedure_order billing_type
 182 ALTER TABLE `procedure_order` ADD `billing_type` VARCHAR(4) DEFAULT NULL;
 183 #EndIf
 184
 185 #IfMissingColumn procedure_order specimen_fasting
 186 ALTER TABLE `procedure_order` ADD `specimen_fasting` VARCHAR(31) DEFAULT NULL;
 187 #EndIf
 188
 189 #IfMissingColumn procedure_order order_psc
 190 ALTER TABLE `procedure_order` ADD `order_psc` TINYINT(4) DEFAULT NULL;
 191 #EndIf
 192
 193 #IfMissingColumn procedure_order order_abn
 194 ALTER TABLE `procedure_order` ADD `order_abn` VARCHAR(31) NOT NULL DEFAULT 'not_required';
 195 #EndIf
 196
 197 #IfMissingColumn procedure_order collector_id
 198 ALTER TABLE `procedure_order` ADD `collector_id` BIGINT(11) NOT NULL DEFAULT '0';
 199 #EndIf
 200
 201 #IfMissingColumn procedure_order account
 202 ALTER TABLE `procedure_order` ADD `account` VARCHAR(60) DEFAULT NULL;
 203 #EndIf
 204
 205 #IfMissingColumn procedure_order account_facility
 206 ALTER TABLE `procedure_order` ADD `account_facility` int(11) DEFAULT NULL;
 207 #EndIf
 208
 209 #IfMissingColumn procedure_order provider_number
 210 ALTER TABLE `procedure_order` ADD `provider_number` VARCHAR(30) DEFAULT NULL;
 211 #EndIf
 212
 213 #IfMissingColumn procedure_order procedure_order_type
 214 ALTER TABLE `procedure_order` ADD `procedure_order_type` varchar(32) NOT NULL DEFAULT 'laboratory_test';
 215 #EndIf
 216
 217 #IfMissingColumn procedure_order_code procedure_type
 218 ALTER TABLE `procedure_order_code` ADD `procedure_type` VARCHAR(31) DEFAULT NULL;
 219 #EndIf
 220
 221 #IfMissingColumn procedure_order_code transport
 222 ALTER TABLE `procedure_order_code` ADD `transport` VARCHAR(31) DEFAULT NULL;
 223 #EndIf
 224
 225 #IfMissingColumn procedure_type transport
 226 ALTER TABLE `procedure_type` ADD `transport` VARCHAR(31) DEFAULT NULL;
 227 #EndIf
 228
 229 #IfMissingColumn procedure_providers type
 230 ALTER TABLE `procedure_providers` ADD `type` VARCHAR(31) DEFAULT NULL;
 231 #EndIf
 232
 233 #IfMissingColumn procedure_answers procedure_code
 234 ALTER TABLE `procedure_answers` ADD `procedure_code` VARCHAR(31) DEFAULT NULL;
 235 #EndIf
 236
 237 #IfNotRow users username oe-system
 238 INSERT INTO `users`(`username`,`password`,`lname`,`authorized`,`active`) VALUES ('oe-system','NoLogin','System Operation User',0,0);
 239 INSERT INTO `gacl_aro`(`id`, `section_value`, `value`, `order_value`, `name`, `hidden`)
 240     SELECT max(`id`)+1,'users','oe-system',10,'System Operation User', 0 FROM `gacl_aro`;
 241 INSERT INTO `gacl_groups_aro_map`(`group_id`, `aro_id`)
 242     VALUES (
 243         (SELECT `id` FROM `gacl_aro_groups` WHERE parent_id=10 AND value='admin')
 244         ,(SELECT `id` FROM `gacl_aro` WHERE `section_value` = 'users' AND `value` = 'oe-system')
 245     );
 246 #EndIf
 247
 248 #IfNotTable export_job
 249 CREATE TABLE `export_job` (
 250   `id` bigint(20) NOT NULL AUTO_INCREMENT,
 251   `uuid` binary(16) DEFAULT NULL ,
 252   `user_id` varchar(40) NOT NULL,
 253   `client_id` varchar(80) NOT NULL,
 254   `status` varchar(40) NOT NULL,
 255   `start_time` datetime DEFAULT NULL,
 256   `resource_include_time` datetime DEFAULT NULL,
 257   `output_format` varchar(128) NOT NULL,
 258   `request_uri` varchar(128) NOT NULL,
 259   `resources` text,
 260   `output` text,
 261   `errors` text,
 262   `access_token_id` text,
 263   PRIMARY KEY  (`id`),
 264   UNIQUE (`uuid`)
 265 ) ENGINE=InnoDB COMMENT='fhir export jobs';
 266 #EndIf
 267
 268 #IfNotRow categories name FHIR Export Document
 269 SET @max_rght = (SELECT MAX(rght) FROM categories);
 270 INSERT INTO categories(`id`,`name`, `value`, `parent`, `lft`, `rght`, `aco_spec`) select (select MAX(id) from categories) + 1, 'FHIR Export Document', '', 1, @max_rght, @max_rght + 1, 'admin|super' from categories where name = 'Categories';
 271 UPDATE categories SET rght = rght + 2 WHERE name = 'Categories';
 272 UPDATE categories_seq SET id = (select MAX(id) from categories);
 273 #EndIf
 274
 275 #IfMissingColumn documents date_expires
 276 ALTER TABLE `documents` ADD COLUMN `date_expires` DATETIME DEFAULT NULL;
 277 #EndIf
 278
 279 #IfMissingColumn documents foreign_reference_id
 280 ALTER TABLE `documents` ADD COLUMN `foreign_reference_id` bigint(20) default NULL,
 281                         ADD COLUMN `foreign_reference_table` VARCHAR(40) default NULL;
 282 ALTER TABLE `documents` ADD KEY `foreign_reference` (`foreign_reference_id`, `foreign_reference_table`);
 283
 284 #IfNotRow background_services name WenoExchange
 285 INSERT INTO `background_services` (`name`, `title`, `active`, `running`, `next_run`, `execute_interval`, `function`, `require_once`, `sort_order`) VALUES
 286 ('WenoExchange', 'Weno Log Sync', 0, 0, '2021-01-18 11:25:10', 0, 'start_weno', '/library/weno_log_sync.php', 100);
 287 #EndIf
 288
 289 #IfNotRow2D list_options list_id Eye_Defaults_for_GENERAL option_id ODVITREOUS
 290 INSERT INTO list_options (list_id,option_id,title,seq,is_default,option_value,mapping,notes,codes,toggle_setting_1,toggle_setting_2,activity,subtype) VALUES ('Eye_Defaults_for_GENERAL', 'ODVITREOUS', 'clear', 504, 0, 0,'', 'RETINA','', 0, 0, 1,'');
 291 #EndIf
 292
 293 #IfNotRow2D list_options list_id Eye_Defaults_for_GENERAL option_id OSVITREOUS
 294 INSERT INTO list_options (list_id,option_id,title,seq,is_default,option_value,mapping,notes,codes,toggle_setting_1,toggle_setting_2,activity,subtype) VALUES ('Eye_Defaults_for_GENERAL', 'OSVITREOUS', 'clear', 506, 0, 0,'', 'RETINA','', 0, 0, 1,'');
 295 #EndIf
 296
 297 DELETE FROM medex_icons;
 298 INSERT INTO `medex_icons` (`i_UID`, `msg_type`, `msg_status`, `i_description`, `i_html`, `i_blob`) VALUES
 299 (1, 'SMS', 'ALLOWED', '', '<i title="SMS is possible." class="far fa-comment-dots fa-fw"></i>', ''),
 300 (2, 'SMS', 'NotAllowed', '', '<span class="fas fa-stack" title="SMS not possible"><i title="SMS is not possible." class="fas fa-comment-dots fa-fw"></i><i class="fas fa-ban fa-stack-2x text-danger"></i></span>', ''),
 301 (3, 'SMS', 'SCHEDULED', '', '<span class="btn scheduled" title="SMS scheduled"><i class="fas fa-comment-dots fa-fw"></i></span>', ''),
 302 (4, 'SMS', 'SENT', '', '<span class="btn" title="SMS Sent - in process" style="background-color:yellow;"><i aria-hidden="true" class="fas fa-comment-dots fa-fw"></i></span>', ''),
 303 (5, 'SMS', 'READ', '', '<span class="btn" title="SMS Delivered - waiting for response" aria-label="SMS Delivered" style="background-color:#146abd;"><i aria-hidden="true" class="fas fa-comment-dots fa-inverse fa-flip-horizontal fa-fw"></i></span>', ''),
 304 (6, 'SMS', 'FAILED', '', '<span class="btn" title="SMS Failed to be delivered" style="background-color:#ffc4c4;"><i aria-hidden="true" class="fas fa-comment-dots fa-fw"></i></span>', ''),
 305 (7, 'SMS', 'CONFIRMED', '', '<span class="btn" title="Confirmed by SMS" style="background-color:green;"><i aria-hidden="true" class="fas fa-comment-dots fa-inverse fa-flip-horizontal fa-fw"></i></span>', ''),
 306 (8, 'SMS', 'CALL', '', '<span class="btn" style="background-color: red;" title="Patient requests Office Call"><i class="fas fa-flag fa-inverse fa-fw"></i></span>', ''),
 307 (9, 'SMS', 'EXTRA', '', '<span class="btn" title="EXTRA" style="background-color:#000;color:#fff;"><i class="fas fa-terminal fa-fw"></i></span>', ''),
 308 (10, 'SMS', 'STOP', '', '<span class="btn btn-danger fas fa-comment-dots" title="OptOut of SMS Messaging. Demographics updated." aria-label=\'Optout SMS\'> STOP</span>', ''),
 309 (11, 'AVM', 'ALLOWED', '', '<span title="Automated Voice Messages are possible" class="fas fa-phone fa-fw"></span>', ''),
 310 (12, 'AVM', 'NotAllowed', '', '<span class="fas fa-stack" title="Automated Voice Messages are not allowed"><i class="fas fa-phone fa-fw fa-stack-1x"></i><i class="fas fa-ban fa-stack-2x text-danger"></i></span>', ''),
 311 (13, 'AVM', 'SCHEDULED', '', '<span class="btn scheduled" title="AVM scheduled"><i class="fas fa-phone fa-fw"></i></span>', ''),
 312 (14, 'AVM', 'SENT', '', '<span class="btn" title="AVM in process, no response" style="background-color:yellow;"><i class="fas fa-phone-volume fa-reverse fa-fw"></i></span>', ''),
 313 (15, 'AVM', 'FAILED', '', '<span class="btn" title="AVM: Failed.  Check patient\'s phone numbers." style="background-color:#ffc4c4;"><i class="fas fa-phone fa-fw"></i></span>', ''),
 314 (16, 'AVM', 'CONFIRMED', '', '<span class="btn" title="Confirmed by AVM" style="padding:5px;background-color:green;"><i class="fas fa-phone fa-inverse fa-fw"></i></span>', ''),
 315 (17, 'AVM', 'CALL', '', '<span class="btn" style="background-color: red;" title="Patient requests Office Call">\r\n<i class="fas fa-flag fa-inverse fa-fw"></i></span>', ''),
 316 (18, 'AVM', 'Other', '', '<span class="fas fa-stack fa-lg"><i class="fas fa-square fa-stack-2x"></i><i class="fas fa-terminal fa-fw fa-stack-1x fa-inverse"></i></span>', ''),
 317 (19, 'AVM', 'STOP', '', '<span class="btn btn-danger" title="OptOut of Voice Messaging. Demographics updated." aria-label="Optout AVM"><i class="fas fa-phone" aria-hidden="true"> STOP</i></span>', ''),
 318 (20, 'EMAIL', 'ALLOWED', '', '<span title="EMAIL is possible" class="fas fa-envelope fa-fw"></span>', ''),
 319 (21, 'EMAIL', 'NotAllowed', '', '<span class="fas fa-stack" title="EMAIL is not possible"><i class="fas fa-envelope fa-fw fa-stack-1x"></i><i class="fas fa-ban fa-stack-2x text-danger"></i></span>', ''),
 320 (22, 'EMAIL', 'SCHEDULED', '', '<span class="btn scheduled" title="EMAIL scheduled"><i class="fas fa-envelope fa-fw"></i></span>', ''),
 321 (23, 'EMAIL', 'SENT', '', '<span class="btn" style="background-color:yellow;" title="EMAIL Message sent, not opened"><i class="fas fa-envelope fa-fw"></i></span>', ''),
 322 (24, 'EMAIL', 'READ', '', '<span class="btn" style="background-color:#146abd;" title="E-Mail was read/opened by patient" aria-label="Read via email"><i aria-hidden="true" class="fas fa-envelope fa-inverse fa-fw"></i></span>', ''),
 323 (25, 'EMAIL', 'FAILED', '', '<span class="btn" title="EMAIL: Failed.  Check patient\'s email address." style="background-color:#ffc4c4;"><i class="fas fa-envelope fa-fw"></i></span>', ''),
 324 (26, 'EMAIL', 'CONFIRMED', '', '<span class="btn" title="Confirmed by E-Mail" aria-label="Confirmed via email" style="background-color: green;"><i aria-hidden="true" class="fas fa-envelope fa-inverse fa-fw"></i></span>', ''),
 325 (27, 'EMAIL', 'CALL', '', '<span class="btn" style="background-color: red;" title="Patient requests Office Call"><i class="fas fa-flag fa-inverse fa-fw"></i></span>', ''),
 326 (28, 'EMAIL', 'Other', '', '<span class="fas fa-stack fa-lg"><i class="fas fa-square fa-stack-2x"></i><i class="fas fa-terminal fa-fw fa-stack-1x fa-inverse fa-fw"></i></span>', ''),
 327 (29, 'EMAIL', 'STOP', '', '<span class="btn btn-danger" title="OptOut of EMAIL Messaging. Demographics updated." aria-label="Optout EMAIL"><i class="fas fa-envelope-o" aria-hidden="true"> STOP</i></span>', ''),
 328 (30, 'POSTCARD', 'SENT', '', '<span class="btn" title="Postcard Sent - in process" style="padding:5px;background-color:yellow;color:black"><i class="fas fa-image fa-fw"></i></span>', ''),
 329 (31, 'POSTCARD', 'READ', '', '<span class="btn" style="background-color:#146abd;" title="e-Postcard was delivered" aria-label="Postcard Delivered"><i class="fas fa-image fa-fw" aria-hidden="true"></i></span>', ''),
 330 (32, 'POSTCARD', 'FAILED', '', '<span class="fas fa-stack fa-lg" title="Delivery Failure - check Address for this patient"><i class="fas fa-image fa-fw fa-stack-1x"></i><i class="fas fa-ban fa-stack-2x text-danger"></i></span>', ''),
 331 (33, 'POSTCARD', 'SCHEDULED', '', '<span class="btn scheduled" title="Postcard Campaign Event is scheduled."><i class="fas fa-image fa-fw"></i></span>', ''),
 332 (36, 'AVM', 'READ', '', '<span class="btn" title="AVM completed - waiting for manual response" aria-label="AVM Delivered" style="padding:5px;background-color:#146abd;"><i class="fas fa-inverse fa-phone fa-fw" aria-hidden="true"></i></span>', ''),
 333 (37, 'SMS', 'CALLED', '', '<span class="btn" style="background-color:#146abd;" title="Patient requests Office Call: COMPLETED"><i class="fas fa-flag fa-fw"></i></span>', ''),
 334 (38, 'AVM', 'CALLED', '', '<span class="btn" style="background-color:#146abd;" title="Patient requests Office Call: COMPLETED"><i class="fas fa-flag fa-fw"></i></span>    ', ''),
 335 (39, 'EMAIL', 'CALLED', '', '<span class="btn" style="background-color:#146abd;" title="Patient requests Office Call: COMPLETED"><i class="fas fa-flag fa-fw"></i></span>', '');
 336
 337 #IfNotRow2D list_options list_id sex option_id UNK
 338 INSERT INTO list_options ( list_id, option_id, title, seq, is_default, codes ) VALUES ('sex', 'UNK', 'Unknown', 10, 0, 'HL7:UNK');
 339 #EndIf
 340
 341 #IfNotRow3D list_options list_id sex option_id Female codes HL7:F
 342 UPDATE `list_options` SET `codes` = 'HL7:F' WHERE `list_id` = 'sex' AND `option_id` = 'Female';
 343 #EndIf
 344
 345 #IfNotRow3D list_options list_id sex option_id Male codes HL7:M
 346 UPDATE `list_options` SET `codes` = 'HL7:M' WHERE `list_id` = 'sex' AND `option_id` = 'Male';
 347 #EndIf
 348
 349 #IfMissingColumn patient_data sexual_orientation
 350 ALTER TABLE patient_data ADD sexual_orientation TEXT;
 351 #EndIf
 352
 353 #IfMissingColumn patient_data gender_identity
 354 ALTER TABLE patient_data ADD gender_identity TEXT;
 355 #EndIf
 356
 357 #IfNotRow2D list_options list_id lists option_id sexual_orientation
 358 INSERT INTO list_options (`list_id`, `option_id`, `title`, `seq`) VALUES ('lists', 'sexual_orientation', 'Sexual Orientation', '13');
 359 INSERT INTO `list_options`(`list_id`, `option_id`, `title`, `seq`, `is_default`, `option_value`, `codes`) VALUES ('sexual_orientation','20430005','Straight or heterosexual',10,0,0,'SNOMED:20430005');
 360 INSERT INTO `list_options`(`list_id`, `option_id`, `title`, `seq`, `is_default`, `option_value`, `codes`) VALUES ('sexual_orientation','38628009','Lesbian, gay or homosexual',20,0,0,'SNOMED:38628009');
 361 INSERT INTO `list_options`(`list_id`, `option_id`, `title`, `seq`, `is_default`, `option_value`, `codes`) VALUES ('sexual_orientation','42035005','Bisexual',30,0,0,'SNOMED:42035005');
 362 INSERT INTO `list_options`(`list_id`, `option_id`, `title`, `seq`, `is_default`, `option_value`, `codes`) VALUES ('sexual_orientation','comment_OTH','Something else, please describe',40,0,0,'HL7:OTH');
 363 INSERT INTO `list_options`(`list_id`, `option_id`, `title`, `seq`, `is_default`, `option_value`, `codes`) VALUES ('sexual_orientation','UNK','Don\'t know',50,0,0,'HL7:UNK');
 364 INSERT INTO `list_options`(`list_id`, `option_id`, `title`, `seq`, `is_default`, `option_value`, `codes`) VALUES ('sexual_orientation','ASKU','Choose not to disclose',60,0,0,'HL7:ASKU');
 365 #EndIf
 366
 367 #IfNotRow2D list_options list_id lists option_id gender_identity
 368 INSERT INTO list_options (`list_id`, `option_id`, `title`, `seq`) VALUES ('lists', 'gender_identity', 'Gender Identity', '1');
 369 INSERT INTO `list_options`(`list_id`, `option_id`, `title`, `seq`, `is_default`, `option_value`, `codes`) VALUES ('gender_identity','446151000124109','Identifies as Male',10,0,0,'SNOMED:446151000124109');
 370 INSERT INTO `list_options`(`list_id`, `option_id`, `title`, `seq`, `is_default`, `option_value`, `codes`) VALUES ('gender_identity','446141000124107','Identifies as Female',20,0,0,'SNOMED:446141000124107');
 371 INSERT INTO `list_options`(`list_id`, `option_id`, `title`, `seq`, `is_default`, `option_value`, `codes`) VALUES ('gender_identity','407377005','Female-to-Male (FTM)/Transgender Male/Trans Man',30,0,0,'SNOMED:407377005');
 372 INSERT INTO `list_options`(`list_id`, `option_id`, `title`, `seq`, `is_default`, `option_value`, `codes`) VALUES ('gender_identity','407376001','Male-to-Female (MTF)/Transgender Female/Trans Woman',40,0,0,'SNOMED:407376001');
 373 INSERT INTO `list_options`(`list_id`, `option_id`, `title`, `seq`, `is_default`, `option_value`, `codes`) VALUES ('gender_identity','446131000124102','Genderqueer, neither exclusively male nor female',50,0,0,'SNOMED:446131000124102');
 374 INSERT INTO `list_options`(`list_id`, `option_id`, `title`, `seq`, `is_default`, `option_value`, `codes`) VALUES ('gender_identity','comment_OTH','Additional gender category or other, please specify',60,0,0,'HL7:OTH');
 375 INSERT INTO `list_options`(`list_id`, `option_id`, `title`, `seq`, `is_default`, `option_value`, `codes`) VALUES ('gender_identity','ASKU','Choose not to disclose',70,0,0,'HL7:ASKU');
 376 #EndIf
 377
 378 #IfNotRow2D layout_options form_id DEM field_id gender_identity
 379 SET @group_id = (SELECT group_id FROM layout_options WHERE field_id='sex' AND form_id='DEM');
 380 SET @backup_group_id = (SELECT group_id FROM layout_options WHERE field_id='DOB' AND form_id='DEM');
 381 SET @seq = (SELECT MAX(seq) FROM layout_options WHERE group_id = IFNULL(@group_id,@backup_group_id) AND form_id='DEM');
 382 INSERT INTO `layout_options` (`form_id`,`field_id`,`group_id`,`title`,`seq`,`data_type`,`uor`,`fld_length`,`max_length`,`list_id`,`titlecols`,`datacols`,`default_value`,`edit_options`,`description`,`fld_rows`) VALUES ('DEM', 'gender_identity', IFNULL(@group_id,@backup_group_id), 'Gender Identity', @seq+1, 46, 1, 0, 100, 'gender_identity' , 1 , 1 , '' , 'N' , 'Gender Identity', 0);
 383 #EndIf
 384
 385 #IfNotRow2D layout_options form_id DEM field_id sexual_orientation
 386 SET @group_id = (SELECT group_id FROM layout_options WHERE field_id='sex' AND form_id='DEM');
 387 SET @backup_group_id = (SELECT group_id FROM layout_options WHERE field_id='DOB' AND form_id='DEM');
 388 SET @seq = (SELECT MAX(seq) FROM layout_options WHERE group_id = IFNULL(@group_id,@backup_group_id) AND form_id='DEM');
 389 INSERT INTO `layout_options` (`form_id`,`field_id`,`group_id`,`title`,`seq`,`data_type`,`uor`,`fld_length`,`max_length`,`list_id`,`titlecols`,`datacols`,`default_value`,`edit_options`,`description`,`fld_rows`) VALUES ('DEM', 'sexual_orientation', IFNULL(@group_id,@backup_group_id), 'Sexual Orientation', @seq+1, 46, 1, 0, 100, 'sexual_orientation', 1, 1, '' ,'N' ,'Sexual Orientation', 0);
 390 #EndIf
 391
 392 #IfMissingColumn users google_signin_email
 393 ALTER TABLE `users` ADD COLUMN `google_signin_email` VARCHAR(255) UNIQUE DEFAULT NULL;
 394 #EndIf
 395
 396 #IfNotRow background_services name UUID_Service
 397 INSERT INTO `background_services` (`name`, `title`, `active`, `running`, `next_run`, `execute_interval`, `function`, `require_once`, `sort_order`) VALUES
 398 ('UUID_Service', 'Automated UUID Creation Service', 1, 0, '2021-01-18 11:25:10', 240, 'autoPopulateAllMissingUuids', '/library/uuid.php', 100);
 399 #EndIf
 400
 401 #IfNotRow codes code_text SARS-COV-2 (COVID-19) vaccine, vector non-replicating, recombinant spike protein-Ad26, preservative free, 0.5 mL
 402 SET @codetypeid = (SELECT `ct_id` FROM `code_types` WHERE `ct_key` = 'CVX');
 403 INSERT INTO `codes` (`id`, `code_text`, `code_text_short`, `code`, `code_type`, `modifier`, `units`, `fee`, `superbill`, `related_code`, `taxrates`, `active`)
 404 VALUES
 405 (NULL, "SARS-COV-2 (COVID-19) vaccine, vector non-replicating, recombinant spike protein-Ad26, preservative free, 0.5 mL", "COVID-19 vaccine, vector-nr, rS-Ad26, PF, 0.5 mL", 212, @codetypeid, '', 0, 0, '', '', '', 1);
 406 #EndIf
 407
 408 #IfNotRow2D list_options list_id lists option_id Document_Template_Categories
 409 INSERT INTO `list_options` (`list_id`, `option_id`, `title`, `seq`, `is_default`, `option_value`, `mapping`, `notes`, `codes`, `toggle_setting_1`, `toggle_setting_2`, `activity`) VALUES ('lists','Document_Template_Categories','Document Template Categories',0,1,0,'',NULL,'',0,0,1);
 410 INSERT INTO `list_options` (`list_id`, `option_id`, `title`, `seq`, `is_default`, `option_value`, `mapping`, `notes`, `codes`, `toggle_setting_1`, `toggle_setting_2`, `activity`) VALUES ('Document_Template_Categories','repository','Repository',1,1,0,'','','',0,0,1);
 411
 412 #IfMissingColumn layout_group_properties grp_save_close
 413 ALTER TABLE `layout_group_properties` ADD COLUMN `grp_save_close` tinyint(1) not null default 0;
 414 #EndIf
 415
 416 #IfMissingColumn layout_group_properties grp_init_open
 417 ALTER TABLE `layout_group_properties` ADD COLUMN `grp_init_open` tinyint(1) not null default 0;
 418 UPDATE layout_group_properties AS p, layout_options AS o SET p.grp_init_open = 1 WHERE
 419   o.form_id = p.grp_form_id AND o.group_id = p.grp_group_id AND o.uor > 0 AND o.edit_options LIKE '%I%';
 420 UPDATE layout_group_properties AS p SET p.grp_init_open = 1 WHERE p.grp_group_id = '1' AND
 421   (SELECT count(*) FROM layout_options AS o WHERE o.form_id = p.grp_form_id AND o.uor > 0 AND o.edit_options LIKE '%I%') = 0;
 422 #EndIf
 423
 424 #IfMissingColumn layout_group_properties grp_last_update
 425 ALTER TABLE `layout_group_properties` ADD COLUMN `grp_last_update` timestamp NULL;
 426 #EndIf
 427
 428 #---------- Support for Referrals section of LBFs. ----------#
 429 #IfMissingColumn layout_group_properties grp_referrals
 430 ALTER TABLE `layout_group_properties` ADD COLUMN `grp_referrals` tinyint(1) not null default 0;
 431 #EndIf
 432
 433 #IfMissingColumn drug_sales trans_type
 434 ALTER TABLE drug_sales
 435   ADD trans_type tinyint NOT NULL DEFAULT 1 COMMENT '1=sale, 2=purchase, 3=return, 4=transfer, 5=adjustment';
 436 UPDATE drug_sales SET trans_type = 4 WHERE pid = 0 AND xfer_inventory_id != 0;
 437 UPDATE drug_sales SET trans_type = 5 WHERE trans_type = 1 AND pid = 0 AND fee = 0;
 438 UPDATE drug_sales SET trans_type = 2 WHERE trans_type = 1 AND pid = 0 AND quantity >= 0;
 439 UPDATE drug_sales SET trans_type = 3 WHERE trans_type = 1 AND pid = 0;
 440 #EndIf
 441
 442 #IfMissingColumn ar_activity post_date
 443 ALTER TABLE ar_activity
 444   ADD post_date date DEFAULT NULL COMMENT 'Posting date if specified at payment time';
 445 UPDATE ar_activity SET post_date = post_time;
 446 #EndIf
 447
 448 #IfMissingColumn form_encounter shift
 449 ALTER TABLE form_encounter ADD shift varchar(31) NOT NULL DEFAULT '';
 450 #EndIf
 451
 452 #IfNotRow2D list_options list_id lists option_id shift
 453 INSERT INTO list_options ( list_id, option_id, title, seq, is_default ) VALUES ('lists','shift','Shifts', 1, 0);
 454 #EndIf
 455
 456 #IfMissingColumn form_encounter voucher_number
 457 ALTER TABLE form_encounter ADD voucher_number varchar(255) NOT NULL DEFAULT '' COMMENT 'also called referral number';
 458 #EndIf
 459
 460 #IfMissingColumn billing chargecat
 461 ALTER TABLE `billing` ADD COLUMN `chargecat` varchar(31) default '';
 462 #EndIf
 463
 464 #IfMissingColumn drug_sales chargecat
 465 ALTER TABLE `drug_sales` ADD COLUMN `chargecat` varchar(31) default '';
 466
 467 #IfMissingColumn users_facility warehouse_id
 468 ALTER TABLE `users_facility` ADD COLUMN `warehouse_id` varchar(31) NOT NULL default '';
 469 ALTER TABLE `users_facility` DROP PRIMARY KEY, ADD PRIMARY KEY (`tablename`,`table_id`,`facility_id`,`warehouse_id`);
 470 #EndIf
 471
 472 #IfNotColumnType drugs form varchar(31)
 473 ALTER TABLE `drugs` CHANGE `form`  `form`  varchar(31) NOT NULL default '0';
 474 #EndIf
 475 #IfNotColumnType drugs unit varchar(31)
 476 ALTER TABLE `drugs` CHANGE `unit`  `unit`  varchar(31) NOT NULL default '0';
 477 #EndIf
 478 #IfNotColumnType drugs route varchar(31)
 479 ALTER TABLE `drugs` CHANGE `route` `route` varchar(31) NOT NULL default '0';
 480 #EndIf
 481
 482 #IfMissingColumn drug_templates pkgqty
 483 ALTER TABLE `drug_templates` ADD COLUMN `pkgqty` float NOT NULL DEFAULT 1.0 COMMENT 'Number of product items per template item';
 484 #EndIf
 485
 486 #IfMissingColumn voids reason
 487 ALTER TABLE `voids` ADD COLUMN `reason` VARCHAR(31) default '';
 488 #EndIf
 489
 490 #IfMissingColumn voids notes
 491 ALTER TABLE `voids` ADD COLUMN `notes` VARCHAR(255) default '';
 492 #EndIf
 493
 494 #IfNotRow2D list_options list_id lists option_id void_reasons
 495 INSERT INTO `list_options` (`list_id`, `option_id`, `title`, `seq`, `is_default`) VALUES ('lists','void_reasons','Void Reasons',1,0);
 496 INSERT INTO `list_options` (`list_id`, `option_id`, `title`, `seq`, `is_default`) VALUES ('void_reasons','one'  ,'Reason 1',10,1);
 497 INSERT INTO `list_options` (`list_id`, `option_id`, `title`, `seq`, `is_default`) VALUES ('void_reasons','two'  ,'Reason 2',20,0);
 498 #EndIf
 499
 500 #IfNotIndex log patient_id
 501 CREATE INDEX `patient_id` ON `log` (`patient_id`);
 502 #EndIf
 503
 504 #IfNotRow2D list_options list_id lists option_id paymethod
 505 INSERT INTO `list_options` (`list_id`, `option_id`, `title`, `seq`, `is_default`) VALUES ('lists','paymethod','Payment Methods', 1,0);
 506 INSERT INTO `list_options` (`list_id`, `option_id`, `title`, `seq`, `is_default`) VALUES ('paymethod','Cash' ,'Cash' ,10,0);
 507 INSERT INTO `list_options` (`list_id`, `option_id`, `title`, `seq`, `is_default`) VALUES ('paymethod','Check','Check',20,0);
 508 INSERT INTO `list_options` (`list_id`, `option_id`, `title`, `seq`, `is_default`) VALUES ('paymethod','MC'   ,'MC'   ,30,0);
 509 INSERT INTO `list_options` (`list_id`, `option_id`, `title`, `seq`, `is_default`) VALUES ('paymethod','VISA' ,'VISA' ,40,0);
 510 INSERT INTO `list_options` (`list_id`, `option_id`, `title`, `seq`, `is_default`) VALUES ('paymethod','AMEX' ,'AMEX' ,50,0);
 511 INSERT INTO `list_options` (`list_id`, `option_id`, `title`, `seq`, `is_default`) VALUES ('paymethod','DISC' ,'DISC' ,60,0);
 512 INSERT INTO `list_options` (`list_id`, `option_id`, `title`, `seq`, `is_default`) VALUES ('paymethod','Other','Other',70,0);
 513 #EndIf
 514
 515 #IfNotRow2D issue_types category default type medical_device
 516 INSERT INTO `issue_types` (`ordering`,`category`,`type`,`plural`,`singular`,`abbreviation`,`style`,`force_show`) VALUES ('35','default','medical_device','Medical Devices','Device','I','0','0');
 517 #EndIf
 518
 519 #IfMissingColumn lists udi
 520 ALTER TABLE `lists` ADD COLUMN `udi` varchar(255) default NULL;
 521 #EndIf
 522
 523 #IfMissingColumn lists udi_data
 524 ALTER TABLE `lists` ADD COLUMN `udi_data` text;
 525 #EndIf
 526
 527 #IfNotRow globals gl_name gbl_fac_warehouse_restrictions
 528 INSERT INTO `globals` (gl_name, gl_index, gl_value) SELECT 'gbl_fac_warehouse_restrictions', gl_index, gl_value
 529   FROM globals WHERE gl_name = 'restrict_user_facility';
 530 #EndIf
 531
 532 #IfNotRow2D list_options list_id lists option_id chargecats
 533 INSERT INTO `list_options` (`list_id`, `option_id`, `title`, `seq`, `is_default`)
 534   VALUES ('lists','chargecats','Customers', 1,0);
 535 #EndIf
 536
 537 #IfNotRow2D list_options list_id lists option_id Clinical_Note_Type
 538 INSERT INTO `list_options` (`list_id`, `option_id`, `title`, `seq`, `is_default`, `option_value`, `mapping`, `notes`, `codes`, `toggle_setting_1`, `toggle_setting_2`, `activity`, `subtype`, `edit_options`) VALUES ('lists','Clinical_Note_Type','Clinical Note Type',0,1,0,'',NULL,'',0,0,1,'',1);
 539 INSERT INTO `list_options` (`list_id`, `option_id`, `title`, `seq`, `is_default`, `option_value`, `mapping`, `notes`, `codes`, `toggle_setting_1`, `toggle_setting_2`, `activity`, `subtype`, `edit_options`) VALUES ('Clinical_Note_Type','progress_note','Progress Note',10,0,0,'','LOINC:11506-3','',0,0,1,'',1);
 540 INSERT INTO `list_options` (`list_id`, `option_id`, `title`, `seq`, `is_default`, `option_value`, `mapping`, `notes`, `codes`, `toggle_setting_1`, `toggle_setting_2`, `activity`, `subtype`, `edit_options`) VALUES ('Clinical_Note_Type','nurse_note','Nurse Note',20,0,0,'','LOINC:34746-8','',0,0,1,'',1);
 541 INSERT INTO `list_options` (`list_id`, `option_id`, `title`, `seq`, `is_default`, `option_value`, `mapping`, `notes`, `codes`, `toggle_setting_1`, `toggle_setting_2`, `activity`, `subtype`, `edit_options`) VALUES ('Clinical_Note_Type','history_physical','History & Physical',30,0,0,'','LOINC:34117-2','',0,0,1,'',1);
 542 INSERT INTO `list_options` (`list_id`, `option_id`, `title`, `seq`, `is_default`, `option_value`, `mapping`, `notes`, `codes`, `toggle_setting_1`, `toggle_setting_2`, `activity`, `subtype`, `edit_options`) VALUES ('Clinical_Note_Type','general_note','General Note',40,0,0,'','LOINC:34109-9','',0,0,1,'',1);
 543 INSERT INTO `list_options` (`list_id`, `option_id`, `title`, `seq`, `is_default`, `option_value`, `mapping`, `notes`, `codes`, `toggle_setting_1`, `toggle_setting_2`, `activity`, `subtype`, `edit_options`) VALUES ('Clinical_Note_Type','discharge_summary','Discharge Summary Note',50,0,0,'','LOINC:18842-5','',0,0,1,'',1);
 544 INSERT INTO `list_options` (`list_id`, `option_id`, `title`, `seq`, `is_default`, `option_value`, `mapping`, `notes`, `codes`, `toggle_setting_1`, `toggle_setting_2`, `activity`, `subtype`, `edit_options`) VALUES ('Clinical_Note_Type','procedure_note','Procedure Note',60,0,0,'','LOINC:28570-0','',0,0,1,'',1);
 545 INSERT INTO `list_options` (`list_id`, `option_id`, `title`, `seq`, `is_default`, `option_value`, `mapping`, `notes`, `codes`, `toggle_setting_1`, `toggle_setting_2`, `activity`, `subtype`, `edit_options`) VALUES ('Clinical_Note_Type','consultation_note','Consultation Note',70,0,0,'','LOINC:81222-2','',0,0,1,'',1);
 546 INSERT INTO `list_options` (`list_id`, `option_id`, `title`, `seq`, `is_default`, `option_value`, `mapping`, `notes`, `codes`, `toggle_setting_1`, `toggle_setting_2`, `activity`, `subtype`, `edit_options`) VALUES ('Clinical_Note_Type','imaging_narrative','Imaging Narrative',80,0,0,'','LOINC:28570-0','',0,0,1,'',1);
 547 INSERT INTO `list_options` (`list_id`, `option_id`, `title`, `seq`, `is_default`, `option_value`, `mapping`, `notes`, `codes`, `toggle_setting_1`, `toggle_setting_2`, `activity`, `subtype`, `edit_options`) VALUES ('Clinical_Note_Type','laboratory_report_narrative','Laboratory Report Narrative',90,0,0,'','','',0,0,1,'',1);
 548 INSERT INTO `list_options` (`list_id`, `option_id`, `title`, `seq`, `is_default`, `option_value`, `mapping`, `notes`, `codes`, `toggle_setting_1`, `toggle_setting_2`, `activity`, `subtype`, `edit_options`) VALUES ('Clinical_Note_Type','pathology_report_narrative','Pathology Report Narrative',100,0,0,'','','',0,0,1,'',1);
 549 #EndIf
 550
 551 #---------- Migrate old form_clinical_notes to form_clinic_note if it is installed ----------#
 552 #IfColumn form_clinical_notes followup_timing
 553 ALTER TABLE `form_clinical_notes` RENAME TO `form_clinic_note`;
 554 UPDATE `forms` SET `form_name` = 'Clinic Note' WHERE `form_name` = 'Clinical Notes';
 555 UPDATE `forms` SET `formdir` = 'clinic_note' WHERE `formdir` = 'clinical_notes';
 556 UPDATE `registry` SET `name` = 'Clinic Note' WHERE `name` LIKE 'Clinical Notes%' AND `directory` = 'clinical_notes';
 557 UPDATE `registry` SET `directory` = 'clinic_note' WHERE `directory` = 'clinical_notes';
 558 #EndIf
 559
 560 #IfNotTable form_clinical_notes
 561 CREATE TABLE `form_clinical_notes` (
 562     `id` bigint(20) NOT NULL,
 563     `date` DATE DEFAULT NULL,
 564     `pid` bigint(20) DEFAULT NULL,
 565     `encounter` varchar(255) DEFAULT NULL,
 566     `user` varchar(255) DEFAULT NULL,
 567     `groupname` varchar(255) DEFAULT NULL,
 568     `authorized` tinyint(4) DEFAULT NULL,
 569     `activity` tinyint(4) DEFAULT NULL,
 570     `code` varchar(255) DEFAULT NULL,
 571     `codetext` text,
 572     `description` text,
 573     `external_id` VARCHAR(30) DEFAULT NULL,
 574     `clinical_notes_type` varchar(100) DEFAULT NULL
 575 ) ENGINE=InnoDB;
 576 INSERT INTO `registry` (`name`, `state`, `directory`, `sql_run`, `unpackaged`, `date`, `priority`, `category`, `nickname`, `patient_encounter`, `therapy_group_encounter`, `aco_spec`) VALUES ('Clinical Notes', 1, 'clinical_notes', 1, 1, '2015-09-09 00:00:00', 0, 'Clinical', '', 1, 0, 'encounters|notes');
 577 #EndIf
 578
 579 #IfNotRow ccda_components ccda_components_field medical_devices
 580 INSERT INTO `ccda_components` (`ccda_components_id`, `ccda_components_field`, `ccda_components_name`, `ccda_type`) VALUES
 581 (23, 'medical_devices', 'Medical Devices', 1),
 582 (24, 'goals', 'Goals', 1);
 583 #EndIf
 584
 585 #IfNotRow ccda_sections ccda_sections_field medical_devices
 586 INSERT INTO `ccda_sections` (`ccda_sections_id`, `ccda_components_id`, `ccda_sections_field`, `ccda_sections_name`, `ccda_sections_req_mapping`) VALUES
 587 (46, 3, 'medical_devices', 'Medical Devices', 0),
 588 (47, 3, 'goals', 'Goals', 0);
 589 #EndIf
 590
 591 #IfNotRow2D list_options list_id lists option_id Care_Team_Status
 592 INSERT INTO `list_options` (`list_id`, `option_id`, `title`, `seq`) VALUES ('lists', 'Care_Team_Status', 'Care Team Status', 1);
 593 INSERT INTO `list_options` (`list_id`, `option_id`, `title`, `seq`, `is_default`, `option_value`) VALUES ('Care_Team_Status', 'active', 'Active', 10, 0, 0);
 594 INSERT INTO `list_options` (`list_id`, `option_id`, `title`, `seq`, `is_default`, `option_value`) VALUES ('Care_Team_Status', 'inactive', 'Inactive', 20, 0, 0);
 595 INSERT INTO `list_options` (`list_id`, `option_id`, `title`, `seq`, `is_default`, `option_value`) VALUES ('Care_Team_Status', 'suspended', 'Suspended', 30, 0, 0);
 596 INSERT INTO `list_options` (`list_id`, `option_id`, `title`, `seq`, `is_default`, `option_value`) VALUES ('Care_Team_Status', 'proposed', 'Proposed', 40, 0, 0);
 597 INSERT INTO `list_options` (`list_id`, `option_id`, `title`, `seq`, `is_default`, `option_value`) VALUES ('Care_Team_Status', 'entered-in-error', 'Entered In Error', 50, 0, 0);
 598 #EndIf
 599
 600 #IfMissingColumn patient_data birth_fname
 601 ALTER TABLE `patient_data` ADD `birth_fname` TEXT;
 602 #EndIf
 603
 604 #IfMissingColumn patient_data birth_lname
 605 ALTER TABLE `patient_data` ADD `birth_lname` TEXT;
 606 #EndIf
 607
 608 #IfMissingColumn patient_data birth_mname
 609 ALTER TABLE `patient_data` ADD `birth_mname` TEXT;
 610 #EndIf
 611
 612 #IfNotRow2D layout_options form_id DEM field_id birth_fname
 613 SET @group_id = (SELECT group_id FROM layout_options WHERE field_id='fname' AND form_id='DEM');
 614 SET @backup_group_id = (SELECT group_id FROM layout_options WHERE field_id='lname' AND form_id='DEM');
 615 SET @seq = (SELECT MAX(seq) FROM layout_options WHERE group_id = IFNULL(@group_id,@backup_group_id) AND form_id='DEM');
 616 INSERT INTO `layout_options` (`form_id`,`field_id`,`group_id`,`title`,`seq`,`data_type`,`uor`,`fld_length`,`max_length`,`list_id`,`titlecols`,`datacols`,`default_value`,`edit_options`,`description`,`fld_rows`) VALUES ('DEM', 'birth_fname', IFNULL(@group_id,@backup_group_id), 'Birth Name', @seq+1, 2, 1, 10, 63, '', 1, 1, '', 'C', 'Birth First Name', 0);
 617 INSERT INTO `layout_options` (`form_id`,`field_id`,`group_id`,`title`,`seq`,`data_type`,`uor`,`fld_length`,`max_length`,`list_id`,`titlecols`,`datacols`,`default_value`,`edit_options`,`description`,`fld_rows`) VALUES ('DEM', 'birth_mname', IFNULL(@group_id,@backup_group_id), '', @seq+2, 2, 1, 2, 63, '', 0, 0, '', 'C', 'Birth Middle Name', 0);
 618 INSERT INTO `layout_options` (`form_id`,`field_id`,`group_id`,`title`,`seq`,`data_type`,`uor`,`fld_length`,`max_length`,`list_id`,`titlecols`,`datacols`,`default_value`,`edit_options`,`description`,`fld_rows`) VALUES ('DEM', 'birth_lname', IFNULL(@group_id,@backup_group_id), '', @seq+3, 2, 1, 10, 63, '', 0, 0, '', 'C', 'Birth Last Name', 0);
 619 #EndIf
 620
 621 #IfNotRow2D list_options list_id Clinical_Note_Type option_id evaluation_note
 622 INSERT INTO `list_options` (`list_id`, `option_id`, `title`, `seq`, `is_default`, `option_value`, `mapping`, `notes`, `codes`, `toggle_setting_1`, `toggle_setting_2`, `activity`, `subtype`, `edit_options`) VALUES ('Clinical_Note_Type','evaluation_note','Evaluation Note',5,0,0,'','LOINC:51848-0','',0,0,1,'',1);
 623 #EndIf
 624
 625 #IfNotRow2D list_options list_id Plan_of_Care_Type option_id goal
 626 INSERT INTO `list_options` (`list_id`, `option_id`, `title`, `seq`, `is_default`, `option_value`, `mapping`, `notes`, `codes`, `activity`, `toggle_setting_1`, `toggle_setting_2`, `subtype`) VALUES('Plan_of_Care_Type','goal','Goal','6','0','0','','GOL','','1','0','0','');
 627 #EndIf
 628
 629 #IfNotIndex audit_details audit_master_id
 630 CREATE INDEX `audit_master_id` ON `audit_details` (`audit_master_id`);
 631 #EndIf
 632
 633 #IfNotRow2D list_options list_id Plan_of_Care_Type option_id health_concern
 634 INSERT INTO `list_options` (`list_id`, `option_id`, `title`, `seq`, `is_default`, `option_value`, `mapping`, `notes`, `codes`, `activity`, `toggle_setting_1`, `toggle_setting_2`, `subtype`) VALUES('Plan_of_Care_Type','health_concern','Health Concern','7','0','0','','ACT','','1','0','0','');
 635 INSERT INTO `list_options` (`list_id`, `option_id`, `title`, `seq`, `is_default`, `option_value`, `mapping`, `notes`, `codes`, `activity`, `toggle_setting_1`, `toggle_setting_2`, `subtype`) VALUES('Plan_of_Care_Type','medication','Medication','8','0','0','','INT','','1','0','0','');
 636 #EndIf
 637
 638 #IfMissingColumn form_vitals oxygen_flow_rate
 639 ALTER TABLE `form_vitals` ADD `oxygen_flow_rate` FLOAT(5,2) NULL DEFAULT '0.00';
 640 #EndIf
 641
 642 #IfMissingColumn form_clinical_notes note_related_to
 643 ALTER TABLE `form_clinical_notes` ADD `note_related_to` TEXT COMMENT 'Reference to lists id for note relationships(json)';
 644 #EndIf
 645
 646 #IfMissingColumn form_care_plan note_related_to
 647 ALTER TABLE `form_care_plan` ADD `note_related_to` TEXT COMMENT 'Reference to lists id for note relationships(json)';
 648 #EndIf
 649
 650 #IfNotTable insurance_type_codes
 651 CREATE TABLE `insurance_type_codes` (
 652   `id` int(2) NOT NULL,
 653   `type` varchar(60) NOT NULL,
 654   `claim_type` text,
 655   PRIMARY KEY (`id`)
 656 ) ENGINE=InnoDB;
 657
 658 INSERT INTO insurance_type_codes(`id`,`type`,`claim_type`) VALUES ('1','Other HCFA','16');
 659 INSERT INTO insurance_type_codes(`id`,`type`,`claim_type`) VALUES ('2','Medicare Part B','MB');
 660 INSERT INTO insurance_type_codes(`id`,`type`,`claim_type`) VALUES ('3','Medicaid','MC');
 661 INSERT INTO insurance_type_codes(`id`,`type`,`claim_type`) VALUES ('4','ChampUSVA','CH');
 662 INSERT INTO insurance_type_codes(`id`,`type`,`claim_type`) VALUES ('5','ChampUS','CH');
 663 INSERT INTO insurance_type_codes(`id`,`type`,`claim_type`) VALUES ('6','Blue Cross Blue Shield','BL');
 664 INSERT INTO insurance_type_codes(`id`,`type`,`claim_type`) VALUES ('7','FECA','16');
 665 INSERT INTO insurance_type_codes(`id`,`type`,`claim_type`) VALUES ('8','Self Pay','09');
 666 INSERT INTO insurance_type_codes(`id`,`type`,`claim_type`) VALUES ('9','Central Certification','10');
 667 INSERT INTO insurance_type_codes(`id`,`type`,`claim_type`) VALUES ('10','Other Non-Federal Programs','11');
 668 INSERT INTO insurance_type_codes(`id`,`type`,`claim_type`) VALUES ('11','Preferred Provider Organization (PPO)','12');
 669 INSERT INTO insurance_type_codes(`id`,`type`,`claim_type`) VALUES ('12','Point of Service (POS)','13');
 670 INSERT INTO insurance_type_codes(`id`,`type`,`claim_type`) VALUES ('13','Exclusive Provider Organization (EPO)','14');
 671 INSERT INTO insurance_type_codes(`id`,`type`,`claim_type`) VALUES ('14','Indemnity Insurance','15');
 672 INSERT INTO insurance_type_codes(`id`,`type`,`claim_type`) VALUES ('15','Health Maintenance Organization (HMO) Medicare Risk','16');
 673 INSERT INTO insurance_type_codes(`id`,`type`,`claim_type`) VALUES ('16','Automobile Medical','AM');
 674 INSERT INTO insurance_type_codes(`id`,`type`,`claim_type`) VALUES ('17','Commercial Insurance Co.','CI');
 675 INSERT INTO insurance_type_codes(`id`,`type`,`claim_type`) VALUES ('18','Disability','DS');
 676 INSERT INTO insurance_type_codes(`id`,`type`,`claim_type`) VALUES ('19','Health Maintenance Organization','HM');
 677 INSERT INTO insurance_type_codes(`id`,`type`,`claim_type`) VALUES ('20','Liability','LI');
 678 INSERT INTO insurance_type_codes(`id`,`type`,`claim_type`) VALUES ('21','Liability Medical','LM');
 679 INSERT INTO insurance_type_codes(`id`,`type`,`claim_type`) VALUES ('22','Other Federal Program','OF');
 680 INSERT INTO insurance_type_codes(`id`,`type`,`claim_type`) VALUES ('23','Title V','TV');
 681 INSERT INTO insurance_type_codes(`id`,`type`,`claim_type`) VALUES ('24','Veterans Administration Plan','VA');
 682 INSERT INTO insurance_type_codes(`id`,`type`,`claim_type`) VALUES ('25','Workers Compensation Health Plan','WC');
 683 INSERT INTO insurance_type_codes(`id`,`type`,`claim_type`) VALUES ('26','Mutually Defined','ZZ');
 684 #EndIf
 685
 686 #IfNotColumnTypeDefault insurance_companies alt_cms_id varchar(15) NULL
 687 ALTER TABLE `insurance_companies` MODIFY `alt_cms_id` varchar(15) NULL;
 688 #EndIf
 689
 690 #IfMissingColumn form_vitals uuid
 691 ALTER TABLE `form_vitals` ADD `uuid` binary(16) DEFAULT NULL AFTER `id`;
 692 #EndIf
 693
 694 #IfNotIndex form_vitals uuid
 695 CREATE UNIQUE INDEX `uuid` ON `form_vitals` (`uuid`);
 696 #EndIf
 697
 698 #IfMissingColumn uuid_mapping resource_path
 699 ALTER TABLE `uuid_mapping` ADD `resource_path` VARCHAR(255) DEFAULT NULL;
 700 #EndIf
 701
 702 #IfMissingColumn form_vitals ped_weight_height
 703 ALTER TABLE `form_vitals` ADD `ped_weight_height` FLOAT(4,1) DEFAULT '0.00';
 704 #EndIf
 705
 706 #IfMissingColumn form_vitals ped_bmi
 707 ALTER TABLE `form_vitals` ADD `ped_bmi` FLOAT(4,1) DEFAULT '0.00';
 708 #EndIf
 709
 710 #IfMissingColumn form_vitals ped_head_circ
 711 ALTER TABLE `form_vitals` ADD `ped_head_circ` FLOAT(4,1) DEFAULT '0.00';
 712 #EndIf
 713
 714 #IfMissingColumn history_data uuid
 715 ALTER TABLE `history_data` ADD `uuid` binary(16) DEFAULT NULL AFTER `id`;
 716 #EndIf
 717
 718 #IfNotIndex history_data uuid
 719 CREATE UNIQUE INDEX `uuid` ON `history_data` (`uuid`);
 720 #EndIf
 721
 722 #IfMissingColumn form_clinical_notes form_id
 723 ALTER TABLE `form_clinical_notes` CHANGE `id` `form_id` bigint(20) NOT NULL;
 724 ALTER TABLE `form_clinical_notes` ADD COLUMN `id` bigint(20) NOT NULL AUTO_INCREMENT PRIMARY KEY FIRST;
 725 #EndIf
 726
 727 #IfMissingColumn form_clinical_notes uuid
 728 ALTER TABLE `form_clinical_notes` ADD `uuid` binary(16) DEFAULT NULL AFTER `id`;
 729 #EndIf
 730
 731 #IfNotIndex form_clinical_notes uuid
 732 CREATE UNIQUE INDEX `uuid` ON `form_clinical_notes` (`uuid`);
 733 #EndIf
 734
 735 #IfMissingColumn documents uuid
 736 ALTER TABLE `documents` ADD `uuid` binary(16) DEFAULT NULL AFTER `id`;
 737 #EndIf
 738
 739 #IfNotIndex documents uuid
 740 CREATE UNIQUE INDEX `uuid` ON `documents` (`uuid`);
 741 #EndIf
 742
 743 #IfNotRow list_options list_id Clinical_Note_Category
 744 INSERT INTO `list_options` (`list_id`, `option_id`, `title`, `seq`, `is_default`, `option_value`, `mapping`
 745     , `notes`, `codes`, `toggle_setting_1`, `toggle_setting_2`, `activity`, `subtype`, `edit_options`)
 746 VALUES
 747        ('lists','Clinical_Note_Category','Clinical Note Category',1,0,0,'','',0,0,0,1,'',1);
 748 INSERT INTO `list_options`(`list_id`, `option_id`, `title`, `seq`, `is_default`, `option_value`, `mapping`
 749     , `notes`, `codes`, `toggle_setting_1`, `toggle_setting_2`, `activity`, `subtype`, `edit_options`, `timestamp`)
 750 VALUES
 751     ('Clinical_Note_Category','cardiology','Cardiology',10,0,0,'','LOINC:LP29708-2',0,0,0,1,'',1,NOW()),
 752     ('Clinical_Note_Category','pathology','Pathology',20,0,0,'','LOINC:LP7839-6',0,0,0,1,'',1,NOW()),
 753     ('Clinical_Note_Category','radiology','Radiology',30,0,0,'','LOINC:LP29684-5',0,0,0,1,'',1,NOW());
 754 #EndIf
 755
 756 #IfMissingColumn form_clinical_notes clinical_notes_category
 757 ALTER TABLE `form_clinical_notes` ADD COLUMN `clinical_notes_category` varchar(100) DEFAULT NULL;
 758 #EndIf
 759
 760
 761 #IfRow3D list_options list_id Clinical_Note_Type option_id consultation_note notes LOINC:81222-2
 762 UPDATE `list_options` SET notes="LOINC:11488-4" WHERE list_id="Clinical_Note_Type" AND option_id="consultation_note" AND notes="LOINC:81222-2";
 763 #EndIf
 764
 765 #IfMissingColumn procedure_report uuid
 766 ALTER TABLE `procedure_report` ADD `uuid` binary(16) DEFAULT NULL AFTER `procedure_report_id`;
 767 #EndIf
 768
 769 #IfNotIndex procedure_report uuid
 770 CREATE UNIQUE INDEX `uuid` ON `procedure_report` (`uuid`);
 771 #EndIf
 772
 773 #IfMissingColumn procedure_providers uuid
 774 ALTER TABLE `procedure_providers` ADD `uuid` binary(16) DEFAULT NULL AFTER `ppid`;
 775 #EndIf
 776
 777 #IfNotIndex procedure_providers uuid
 778 CREATE UNIQUE INDEX `uuid` ON `procedure_providers` (`uuid`);
 779 #EndIf
 780
 781 #IfMissingColumn patient_data dupscore
 782 ALTER TABLE `patient_data` ADD COLUMN `dupscore` INT NOT NULL default -9;
 783 #EndIf
 784
 785 #IfMissingColumn procedure_type procedure_type_name
 786 ALTER TABLE `procedure_type` ADD `procedure_type_name` VARCHAR(64) NULL;
 787 #EndIf
 788
 789 #IfNotIndex external_procedures ep_pid
 790 CREATE INDEX `ep_pid` ON `external_procedures` (`ep_pid`);
 791 #EndIf
 792
 793 #IfNotIndex users abook_type
 794 CREATE INDEX `abook_type` ON `users` (`abook_type`);
 795 #EndIf
 796
 797
 798 #IfNotIndex procedure_type ptype_procedure_code
 799 ALTER TABLE `procedure_type` ADD INDEX `ptype_procedure_code`(`procedure_code`);
 800 #EndIf
 801
 802 #IfNotTable form_vital_details
 803 CREATE TABLE `form_vital_details` (
 804 `id` bigint(20) NOT NULL AUTO_INCREMENT,
 805 `form_id` bigint(20) NOT NULL COMMENT 'FK to vital_forms.id',
 806 `vitals_column` varchar(64) NOT NULL COMMENT 'Column name from form_vitals',
 807 `interpretation_list_id` varchar(100) DEFAULT NULL COMMENT 'FK to list_options.list_id for observation_interpretation',
 808 `interpretation_option_id` varchar(100) DEFAULT NULL COMMENT 'FK to list_options.option_id for observation_interpretation',
 809 `interpretation_codes` varchar(255) DEFAULT NULL COMMENT 'Archived original codes value from list_options observation_interpretation',
 810 `interpretation_title` varchar(255) DEFAULT NULL COMMENT 'Archived original title value from list_options observation_interpretation',
 811 PRIMARY KEY (`id`),
 812 KEY `fk_form_id` (`form_id`),
 813 KEY `fk_list_options_id` (`interpretation_list_id`, `interpretation_option_id`)
 814 ) ENGINE=InnoDB COMMENT='Detailed information of each vital_forms observation column';
 815 #EndIf
 816
 817 #IfNotRow2D list_options list_id lists option_id vitals-interpretation
 818 INSERT INTO list_options (list_id,option_id,title, seq, is_default, option_value) VALUES ('lists','vitals-interpretation','Observation Interpretation',0, 1, 0);
 819 INSERT INTO list_options (list_id,option_id,title,seq,is_default,activity) VALUES ('vitals-interpretation','N','Normal',10,0,1);
 820 INSERT INTO list_options (list_id,option_id,title,seq,is_default,activity) VALUES ('vitals-interpretation','H','High',20,0,1);
 821 INSERT INTO list_options (list_id,option_id,title,seq,is_default,activity) VALUES ('vitals-interpretation','L','Low',30,0,1);
 822 INSERT INTO list_options (list_id,option_id,title,seq,is_default,activity) VALUES ('vitals-interpretation','A','Abnormal',40,0,1);
 823 INSERT INTO list_options (list_id,option_id,title,seq,is_default,activity) VALUES ('vitals-interpretation','AA','Critical abnormal',50,0,1);
 824 INSERT INTO list_options (list_id,option_id,title,seq,is_default,activity) VALUES ('vitals-interpretation','HH','Critical high',60,0,1);
 825 INSERT INTO list_options (list_id,option_id,title,seq,is_default,activity) VALUES ('vitals-interpretation','LL','Critical low',70,0,1);
 826 INSERT INTO list_options (list_id,option_id,title,seq,is_default,activity) VALUES ('vitals-interpretation','HU','Significantly high',80,0,1);
 827 INSERT INTO list_options (list_id,option_id,title,seq,is_default,activity) VALUES ('vitals-interpretation','LU','Significantly low',90,0,1);
 828 #EndIf
 829
 830 #IfRow2D list_options list_id page_validation option_id messages#new_note
 831 UPDATE `list_options` SET `notes` = '{"form_datetime":{"futureDate":{"message": "Must be future date"}}, "reply_to":{"presence": {"message": "Please choose a patient"}}, "note":{"presence": {"message": "Please enter a note"}}}' where option_id = 'messages#new_note';
 832 #EndIf
 833
 834 #IfNotRow2D list_options list_id lists option_id discharge-disposition
 835 INSERT INTO list_options (list_id,option_id,title, seq, is_default, option_value) VALUES ('lists','discharge-disposition','Discharge Disposition',0, 1, 0);
 836 INSERT INTO list_options (list_id,option_id,title,seq,is_default,activity) VALUES ('discharge-disposition','home','Home',10,1,1);
 837 INSERT INTO list_options (list_id,option_id,title,seq,is_default,activity) VALUES ('discharge-disposition','alt-home','Alternative Home',20,0,1);
 838 INSERT INTO list_options (list_id,option_id,title,seq,is_default,activity) VALUES ('discharge-disposition','other-hcf','Other healthcare facility',30,0,1);
 839 INSERT INTO list_options (list_id,option_id,title,seq,is_default,activity) VALUES ('discharge-disposition','hosp','Hospice',40,0,1);
 840 INSERT INTO list_options (list_id,option_id,title,seq,is_default,activity) VALUES ('discharge-disposition','long','Long-term care',50,0,1);
 841 INSERT INTO list_options (list_id,option_id,title,seq,is_default,activity) VALUES ('discharge-disposition','aadvice','Left against advice',60,0,1);
 842 INSERT INTO list_options (list_id,option_id,title,seq,is_default,activity) VALUES ('discharge-disposition','exp','Expired',70,0,1);
 843 INSERT INTO list_options (list_id,option_id,title,seq,is_default,activity) VALUES ('discharge-disposition','psy','Psychiatric hospital',80,0,1);
 844 INSERT INTO list_options (list_id,option_id,title,seq,is_default,activity) VALUES ('discharge-disposition','rehab','Rehabilitation',90,0,1);
 845 INSERT INTO list_options (list_id,option_id,title,seq,is_default,activity) VALUES ('discharge-disposition','snf','Skilled nursing facility',100,0,1);
 846 INSERT INTO list_options (list_id,option_id,title,seq,is_default,activity) VALUES ('discharge-disposition','oth','Other',110,0,1);
 847 #EndIf
 848
 849 #IfMissingColumn form_encounter discharge_disposition
 850 ALTER TABLE `form_encounter` ADD COLUMN `discharge_disposition` varchar(100) NULL DEFAULT NULL;
 851 #EndIf
 852 #IfMissingColumn form_vitals inhaled_oxygen_concentration
 853 ALTER TABLE `form_vitals` ADD `inhaled_oxygen_concentration` float(4,1) DEFAULT '0.00';
 854 #EndIf
 855
 856 UPDATE `list_options` SET `notes` = 'LOINC:11502-2' WHERE `list_options`.`list_id` = 'Clinical_Note_Type' AND `list_options`.`option_id` = 'laboratory_report_narrative';
 857
 858 #IfMissingColumn patient_data care_team_status
 859 ALTER TABLE patient_data ADD COLUMN care_team_status TEXT;
 860 UPDATE `patient_data` SET `care_team_status` = 'active' WHERE `care_team_status` = '' OR `care_team_status` IS NULL;
 861 #EndIf
 862
 863 #IfNotTable patient_history
 864 CREATE TABLE `patient_history` (
 865     `id` BIGINT(20) NOT NULL AUTO_INCREMENT
 866     , `uuid` BINARY(16) NULL
 867     , `date` DATETIME NOT NULL DEFAULT CURRENT_TIMESTAMP
 868     , `care_team_provider` TEXT
 869     , `care_team_facility` TEXT
 870     , `pid` BIGINT(20) NOT NULL
 871     , PRIMARY KEY (`id`)
 872     , UNIQUE `uuid` (`uuid`)
 873 ) ENGINE = InnoDB;
 874 #EndIf
 875
 876 #IfNotRow2D layout_options form_id DEM field_id care_team_status
 877 SET @group_id = (SELECT group_id FROM layout_options WHERE field_id='care_team_provider' AND form_id='DEM');
 878 SET @backup_group_id = (SELECT group_id FROM layout_options WHERE field_id='DOB' AND form_id='DEM');
 879 SET @seq = (SELECT MAX(seq) FROM layout_options WHERE group_id = COALESCE(@group_id,@backup_group_id) AND form_id='DEM');
 880 INSERT INTO `layout_options` (`form_id`,`field_id`,`group_id`,`title`,`seq`,`data_type`,`uor`,`fld_length`,`max_length`,`list_id`,`titlecols`,`datacols`,`default_value`,`edit_options`,`description`,`fld_rows`)
 881         VALUES ('DEM', 'care_team_status', COALESCE(@group_id,@backup_group_id), 'Care Team Status', @seq+1, 1, 1, 0, 0, 'Care_Team_Status', 1, 1, '', '', 'Indicates whether the care team is current , represents future intentions or is now a historical record.', 0);
 882 #EndIf
 883
 884 #IfNotRow3D list_options list_id Care_Team_Status option_id entered-in-error notes The care team should have never existed.
 885 UPDATE `list_options` SET `notes` = 'This list originally comes from http://hl7.org/fhir/R4/valueset-care-team-status.html' WHERE `list_id` = 'lists' AND `option_id` = 'Care_Team_Status';
 886 UPDATE `list_options` SET `seq` = 10, `notes` = 'The care team has been drafted and proposed, but not yet participating in the coordination and delivery of patient care.' WHERE `list_id` = 'Care_Team_Status' AND `option_id` = 'proposed';
 887 UPDATE `list_options` SET `is_default` = 1, `seq` = 20, `notes` = 'The care team is currently participating in the coordination and delivery of care.' WHERE `list_id` = 'Care_Team_Status' AND `option_id` = 'active';
 888 UPDATE `list_options` SET `seq` = 30, `notes` = 'The care team is temporarily on hold or suspended and not participating in the coordination and delivery of care.' WHERE `list_id` = 'Care_Team_Status' AND `option_id` = 'suspended';
 889 UPDATE `list_options` SET `seq` = 40, `notes` = 'The care team was, but is no longer, participating in the coordination and delivery of care.' WHERE `list_id` = 'Care_Team_Status' AND `option_id` = 'inactive';
 890 UPDATE `list_options` SET `seq` = 50, `notes` = 'The care team should have never existed.' WHERE `list_id` = 'Care_Team_Status' AND `option_id` = 'entered-in-error';
 891 #EndIf
 892
 893 #IfMissingColumn prescriptions drug_dosage_instructions
 894 ALTER TABLE `prescriptions` ADD COLUMN drug_dosage_instructions longtext COMMENT 'Medication dosage instructions';
 895 #EndIf
 896
 897 #IfMissingColumn prescriptions usage_category
 898 ALTER TABLE `prescriptions` ADD COLUMN `usage_category` VARCHAR(100) NULL COMMENT 'option_id in list_options.list_id=medication-usage-category';
 899 ALTER TABLE `prescriptions` ADD COLUMN `usage_category_title` VARCHAR(255) NOT NULL COMMENT 'title in list_options.list_id=medication-usage-category';
 900 ALTER TABLE `prescriptions` ADD COLUMN `request_intent` VARCHAR(100) NULL COMMENT 'option_id in list_options.list_id=medication-request-intent';
 901 ALTER TABLE `prescriptions` ADD COLUMN `request_intent_title` VARCHAR(255) NOT NULL COMMENT 'title in list_options.list_id=medication-request-intent';
 902 #EndIf
 903
 904 #IfNotTable lists_medication
 905 CREATE TABLE `lists_medication` (
 906     `id` BIGINT(20) NOT NULL AUTO_INCREMENT
 907     , `list_id` BIGINT(20) NULL COMMENT 'FK Reference to lists.id'
 908     , `drug_dosage_instructions` LONGTEXT COMMENT 'Free text dosage instructions for taking the drug'
 909     , `usage_category` VARCHAR(100) NULL COMMENT 'option_id in list_options.list_id=medication-usage-category'
 910     , `usage_category_title` VARCHAR(255) NOT NULL COMMENT 'title in list_options.list_id=medication-usage-category'
 911     , `request_intent` VARCHAR(100) NULL COMMENT 'option_id in list_options.list_id=medication-request-intent'
 912     , `request_intent_title` VARCHAR(255) NOT NULL COMMENT 'title in list_options.list_id=medication-request-intent'
 913     , PRIMARY KEY (`id`)
 914     , INDEX `lists_med_usage_category_idx`(`usage_category`)
 915     , INDEX `lists_med_request_intent_idx`(`request_intent`)
 916     , INDEX `lists_medication_list_idx` (`list_id`)
 917 ) ENGINE = InnoDB COMMENT = 'Holds additional data about patient medications.';
 918 #EndIf
 919
 920 #IfNotRow2D list_options list_id lists option_id medication-usage-category
 921 INSERT INTO list_options (list_id,option_id,title, seq, is_default, option_value, notes) VALUES ('lists','medication-usage-category','Medication Usage Category',0, 1, 0, 'Values taken from http://hl7.org/fhir/R4/valueset-medicationrequest-category.html');
 922 INSERT INTO list_options (list_id,option_id,title,seq,is_default,activity, notes) VALUES ('medication-usage-category','inpatient','Inpatient',10,0,1, 'Includes requests for medications to be administered or consumed in an inpatient or acute care setting');
 923 INSERT INTO list_options (list_id,option_id,title,seq,is_default,activity, notes) VALUES ('medication-usage-category','outpatient','Outpatient',20,0,1, 'Includes requests for medications to be administered or consumed in an outpatient setting (for example, Emergency Department, Outpatient Clinic, Outpatient Surgery, Doctor''s office)');
 924 INSERT INTO list_options (list_id,option_id,title,seq,is_default,activity, notes) VALUES ('medication-usage-category','community','Home/Community',30,1,1, 'Includes requests for medications to be administered or consumed by the patient in their home (this would include long term care or nursing homes, hospices, etc.)');
 925 INSERT INTO list_options (list_id,option_id,title,seq,is_default,activity, notes) VALUES ('medication-usage-category','discharge','Discharge',40,0,1, 'Includes requests for medications created when the patient is being released from a facility');
 926 #EndIf
 927
 928 #IfNotRow2D list_options list_id lists option_id medication-request-intent
 929 INSERT INTO list_options (list_id,option_id,title, seq, is_default, option_value, notes) VALUES ('lists','medication-request-intent','Medication Request Intent',0, 1, 0, 'Values taken from http://hl7.org/fhir/R4/valueset-medicationrequest-intent.html');
 930 INSERT INTO list_options (list_id,option_id,title,seq,is_default,activity, notes) VALUES ('medication-request-intent','proposal','Proposal',10,0,1, 'The request is a suggestion made by someone/something that doesn''t have an intention to ensure it occurs and without providing an authorization to act.');
 931 INSERT INTO list_options (list_id,option_id,title,seq,is_default,activity, notes) VALUES ('medication-request-intent','plan','Plan',20,0,1, 'The request represents an intention to ensure something occurs without providing an authorization for others to act.');
 932 INSERT INTO list_options (list_id,option_id,title,seq,is_default,activity, notes) VALUES ('medication-request-intent','order','Order',30,1,1, 'The request represents a request/demand and authorization for action');
 933 INSERT INTO list_options (list_id,option_id,title,seq,is_default,activity, notes) VALUES ('medication-request-intent','original-order','Original Order',40,0,1, 'The request represents the original authorization for the medication request.');
 934 INSERT INTO list_options (list_id,option_id,title,seq,is_default,activity, notes) VALUES ('medication-request-intent','reflex-order','Reflex Order',50,0,1, 'The request represents an automatically generated supplemental authorization for action based on a parent authorization together with initial results of the action taken against that parent authorization.');
 935 INSERT INTO list_options (list_id,option_id,title,seq,is_default,activity, notes) VALUES ('medication-request-intent','filler-order','Filler Order',60,0,1, 'The request represents the view of an authorization instantiated by a fulfilling system representing the details of the fulfiller''s intention to act upon a submitted order.');
 936 INSERT INTO list_options (list_id,option_id,title,seq,is_default,activity, notes) VALUES ('medication-request-intent','instance-order','Instance Order',70,0,1, 'The request represents an instance for the particular order, for example a medication administration record.');
 937 INSERT INTO list_options (list_id,option_id,title,seq,is_default,activity, notes) VALUES ('medication-request-intent','option','Option',80,0,1, 'The request represents a component or option for a RequestGroup that establishes timing, conditionality and/or other constraints among a set of requests.');
 938 #EndIf
 939
 940 #IfMissingColumn api_token revoked
 941 ALTER TABLE `api_token` ADD COLUMN `revoked` TINYINT(1) NOT NULL DEFAULT 0 COMMENT '1=revoked,0=not revoked';
 942 #EndIf
 943
 944 #IfNotTable api_refresh_token
 945 CREATE TABLE `api_refresh_token` (
 946     `id` BIGINT(20) NOT NULL AUTO_INCREMENT,
 947     `user_id` VARCHAR(40) DEFAULT NULL,
 948     `client_id` VARCHAR(80) DEFAULT NULL,
 949     `token` VARCHAR(128) NOT NULL,
 950     `expiry` DATETIME DEFAULT NULL,
 951     `revoked` TINYINT(1) NOT NULL DEFAULT 0 COMMENT '1=revoked,0=not revoked',
 952     PRIMARY KEY (`id`),
 953     UNIQUE KEY (`token`),
 954     INDEX `api_refresh_token_usr_client_idx` (`client_id`, `user_id`)
 955 ) ENGINE = InnoDB COMMENT = 'Holds information about api refresh tokens.';
 956 #EndIf
 957
 958 #IfMissingColumn patient_history history_type_key
 959 ALTER TABLE `patient_history` ADD `history_type_key` VARCHAR(36) NULL, ADD `previous_name_prefix` TEXT, ADD `previous_name_first` TEXT, ADD `previous_name_middle` TEXT, ADD `previous_name_last` TEXT, ADD `previous_name_suffix` TEXT, ADD `previous_name_enddate` DATE DEFAULT NULL;
 960 #EndIf
 961
 962 #IfNotRow2D layout_options form_id DEM field_id name_history
 963 SET @group_id = (SELECT group_id FROM layout_options WHERE field_id='billing_note' AND form_id='DEM');
 964 SET @backup_group_id = (SELECT group_id FROM layout_options WHERE field_id='DOB' AND form_id='DEM');
 965 SET @seq = (SELECT MAX(seq) FROM layout_options WHERE group_id = COALESCE(@group_id,@backup_group_id) AND form_id='DEM');
 966 INSERT INTO `layout_options` (`form_id`, `field_id`, `group_id`, `title`, `seq`, `data_type`, `uor`, `fld_length`, `max_length`, `list_id`, `titlecols`, `datacols`, `default_value`, `edit_options`, `description`, `fld_rows`) VALUES ('DEM','name_history', COALESCE(@group_id,@backup_group_id),'Previous Names',@seq+1,52,1,0,80,'',1,3,'','[\"EP\"]','Patient Previous names',0);
 967 #EndIf
 968
 969 #IfNotColumnType modules mod_ui_name varchar(64)
 970 ALTER TABLE `modules` MODIFY `mod_ui_name` VARCHAR(64) NOT NULL DEFAULT '';
 971 UPDATE `modules` SET `mod_ui_name` = 'Syndromicsurveillance' WHERE `mod_ui_name` = 'Syndromicsurveillanc';
 972 #EndIf
 973
 974 #IfNotRow modules mod_name Immunization
 975 INSERT INTO `modules` (`mod_name`, `mod_directory`, `mod_parent`, `mod_type`, `mod_active`, `mod_ui_name`, `mod_relative_link`, `mod_ui_order`, `mod_ui_active`, `mod_description`, `mod_nick_name`, `mod_enc_menu`, `permissions_item_table`, `directory`, `date`, `sql_run`, `type`, `sql_version`, `acl_version`) VALUES ('Immunization', 'Immunization', '', '', 1, 'Immunization', 'public/immunization/', 0, 0, '', '', '', NULL, '', NOW(), 1, 1, '0', '');
 976 SET @module_id = (SELECT `mod_id` FROM `modules` WHERE `mod_name` = 'Immunization' LIMIT 1);
 977 SET @section_id = (SELECT MAX(section_id) FROM module_acl_sections);
 978 INSERT INTO `module_acl_sections` (`section_id`, `section_name`, `parent_section`, `section_identifier`, `module_id`) VALUES (IFNULL(@section_id,0)+1, 'Immunization', 0, 'immunization', @module_id);
 979 #EndIf
 980
 981 #IfNotRow modules mod_name Syndromicsurveillance
 982 INSERT INTO `modules` (`mod_name`, `mod_directory`, `mod_parent`, `mod_type`, `mod_active`, `mod_ui_name`, `mod_relative_link`, `mod_ui_order`, `mod_ui_active`, `mod_description`, `mod_nick_name`, `mod_enc_menu`, `permissions_item_table`, `directory`, `date`, `sql_run`, `type`, `sql_version`, `acl_version`) VALUES ('Syndromicsurveillance', 'Syndromicsurveillance', '', '', 1, 'Syndromicsurveillance', 'public/syndromicsurveillance/', 0, 0, '', '', '', NULL, '', NOW(), 1, 1, '0', '');
 983 SET @module_id = (SELECT `mod_id` FROM `modules` WHERE `mod_name` = 'Syndromicsurveillance' LIMIT 1);
 984 SET @section_id = (SELECT MAX(section_id) FROM module_acl_sections);
 985 INSERT INTO `module_acl_sections` (`section_id`, `section_name`, `parent_section`, `section_identifier`, `module_id`) VALUES (IFNULL(@section_id,0)+1, 'Syndromicsurveillance', 0, 'syndromicsurveillance', @module_id);
 986 #EndIf
 987
 988 #IfNotRow modules mod_name Documents
 989 INSERT INTO `modules` (`mod_name`, `mod_directory`, `mod_parent`, `mod_type`, `mod_active`, `mod_ui_name`, `mod_relative_link`, `mod_ui_order`, `mod_ui_active`, `mod_description`, `mod_nick_name`, `mod_enc_menu`, `permissions_item_table`, `directory`, `date`, `sql_run`, `type`, `sql_version`, `acl_version`) VALUES ('Documents', 'Documents', '', '', 1, 'Documents', 'public/documents/', 0, 0, '', '', '', NULL, '', NOW(), 1, 1, '0', '');
 990 SET @module_id = (SELECT `mod_id` FROM `modules` WHERE `mod_name` = 'Documents' LIMIT 1);
 991 SET @section_id = (SELECT MAX(section_id) FROM module_acl_sections);
 992 INSERT INTO `module_acl_sections` (`section_id`, `section_name`, `parent_section`, `section_identifier`, `module_id`) VALUES (IFNULL(@section_id,0)+1, 'Documents', 0, 'documents', @module_id);
 993 #EndIf
 994
 995 #IfNotRow modules mod_name Ccr
 996 INSERT INTO `modules` (`mod_name`, `mod_directory`, `mod_parent`, `mod_type`, `mod_active`, `mod_ui_name`, `mod_relative_link`, `mod_ui_order`, `mod_ui_active`, `mod_description`, `mod_nick_name`, `mod_enc_menu`, `permissions_item_table`, `directory`, `date`, `sql_run`, `type`, `sql_version`, `acl_version`) VALUES ('Ccr', 'Ccr', '', '', 1, 'Ccr', 'public/ccr/', 0, 0, '', '', '', NULL, '', NOW(), 1, 1, '0', '');
 997 SET @module_id = (SELECT `mod_id` FROM `modules` WHERE `mod_name` = 'Ccr' LIMIT 1);
 998 SET @section_id = (SELECT MAX(section_id) FROM module_acl_sections);
 999 INSERT INTO `module_acl_sections` (`section_id`, `section_name`, `parent_section`, `section_identifier`, `module_id`) VALUES (IFNULL(@section_id,0)+1, 'Ccr', 0, 'ccr', @module_id);
1000 #EndIf
1001
1002 #IfNotRow modules mod_name Carecoordination
1003 INSERT INTO `modules` (`mod_name`, `mod_directory`, `mod_parent`, `mod_type`, `mod_active`, `mod_ui_name`, `mod_relative_link`, `mod_ui_order`, `mod_ui_active`, `mod_description`, `mod_nick_name`, `mod_enc_menu`, `permissions_item_table`, `directory`, `date`, `sql_run`, `type`, `sql_version`, `acl_version`) VALUES ('Carecoordination', 'Carecoordination', '', '', 1, 'Carecoordination', 'public/carecoordination/', 0, 0, '', '', '', NULL, '', NOW(), 1, 1, '0', '');
1004 SET @module_id = (SELECT `mod_id` FROM `modules` WHERE `mod_name` = 'Carecoordination' LIMIT 1);
1005 SET @section_id = (SELECT MAX(section_id) FROM module_acl_sections);
1006 INSERT INTO `module_acl_sections` (`section_id`, `section_name`, `parent_section`, `section_identifier`, `module_id`) VALUES (IFNULL(@section_id,0)+1, 'Carecoordination', 0, 'carecoordination', @module_id);
1007 SET @group_id = (SELECT `id` FROM `gacl_aro_groups` WHERE `value` = 'admin' LIMIT 1);
1008 INSERT INTO `module_acl_group_settings` (`module_id`, `group_id`, `section_id`, `allowed`) VALUES (@module_id, @group_id, @section_id+1, 1);
1009 #EndIf
1010
1011 #IfRowIsNull patient_history history_type_key
1012 UPDATE patient_history SET history_type_key = "care_team_history"
1013 WHERE history_type_key IS NULL
1014         AND (care_team_provider IS NOT NULL OR care_team_facility IS NOT NULL);
1015 #EndIf
1016
1017 #IfMissingColumn patient_data name_history
1018 ALTER TABLE `patient_data` ADD COLUMN `name_history` TINYTEXT;
1019 #EndIf
1020
1021 #IfMissingColumn patient_data suffix
1022 ALTER TABLE `patient_data` ADD COLUMN `suffix` TINYTEXT;
1023 #EndIf
1024
1025 #IfNotRow2D layout_options form_id DEM field_id suffix
1026 SET @group_id = (SELECT group_id FROM layout_options WHERE field_id='lname' AND form_id='DEM');
1027 UPDATE `layout_options` SET `seq` = `seq`*10 WHERE group_id = @group_id AND form_id='DEM';
1028 SET @seq_add_to = (SELECT seq FROM layout_options WHERE group_id = @group_id AND field_id='lname' AND form_id='DEM');
1029 INSERT INTO `layout_options` (`form_id`,`field_id`,`group_id`,`title`,`seq`,`data_type`,`uor`,`fld_length`,`max_length`,`list_id`,`titlecols`,`datacols`,`default_value`,`edit_options`,`description`,`fld_rows`) VALUES ('DEM', 'suffix', @group_id, '', @seq_add_to+5, 2, 1, 5, 63, '', 0, 0, '', '[\"EP\"]', 'Name Suffix', 0);
1030
1031 #IfNotTable jwt_grant_history
1032 CREATE TABLE `jwt_grant_history` (
1033      `id` INT NOT NULL AUTO_INCREMENT
1034     , `jti` VARCHAR(100) NOT NULL COMMENT 'Unique JWT id'
1035     , `client_id` VARCHAR(80) NOT NULL COMMENT 'FK oauth2_clients.client_id'
1036     , `jti_exp` TIMESTAMP NULL DEFAULT NULL COMMENT 'jwt exp claim when the jwt expires'
1037     , `creation_date` DATETIME NOT NULL DEFAULT CURRENT_TIMESTAMP COMMENT 'datetime the grant authorization was requested'
1038     , PRIMARY KEY (`id`)
1039     , KEY `jti` (`jti`)
1040 ) ENGINE = InnoDB COMMENT = 'Holds JWT authorization grant ids to prevent replay attacks';
1041 #EndIf
1042
1043 #IfNotIndex sct_description idx_concept_id
1044 ALTER TABLE sct_description ADD INDEX `idx_concept_id` (`ConceptId`);
1045 #EndIf
1046
1047 #IfNotIndex sct2_description idx_concept_id
1048 ALTER TABLE sct2_description ADD INDEX `idx_concept_id` (`conceptId`);
1049 #EndIf
1050
1051 #IfNotRow4D supported_external_dataloads load_type ICD10 load_source CMS load_release_date 2021-10-01 load_filename 2022-Code Descriptions.zip
1052 INSERT INTO `supported_external_dataloads` (`load_type`, `load_source`, `load_release_date`, `load_filename`, `load_checksum`) VALUES
1053 ('ICD10', 'CMS', '2021-10-01', '2022-Code Descriptions.zip', '11d1d725c84e55d52ef6633da88aa137');
1054 #EndIf
1055
1056 #IfNotRow4D supported_external_dataloads load_type ICD10 load_source CMS load_release_date 2021-10-01 load_filename Zip File 3 2022 ICD-10-PCS Codes File.zip
1057 INSERT INTO `supported_external_dataloads` (`load_type`, `load_source`, `load_release_date`, `load_filename`, `load_checksum`) VALUES
1058 ('ICD10', 'CMS', '2021-10-01', 'Zip File 3 2022 ICD-10-PCS Codes File.zip', 'a432177acbdaf9908aa528078ae72176');
1059 #EndIf