sql/6_0_0-to-6_1_0_upgrade.sql

   1 --
   2 --  Comment Meta Language Constructs:
   3 --
   4 --  #IfNotTable
   5 --    argument: table_name
   6 --    behavior: if the table_name does not exist,  the block will be executed
   7
   8 --  #IfTable
   9 --    argument: table_name
  10 --    behavior: if the table_name does exist, the block will be executed
  11
  12 --  #IfColumn
  13 --    arguments: table_name colname
  14 --    behavior:  if the table and column exist,  the block will be executed
  15
  16 --  #IfMissingColumn
  17 --    arguments: table_name colname
  18 --    behavior:  if the table exists but the column does not,  the block will be executed
  19
  20 --  #IfNotColumnType
  21 --    arguments: table_name colname value
  22 --    behavior:  If the table table_name does not have a column colname with a data type equal to value, then the block will be executed
  23
  24 --  #IfNotColumnTypeDefault
  25 --    arguments: table_name colname value value2
  26 --    behavior:  If the table table_name does not have a column colname with a data type equal to value and a default equal to value2, then the block will be executed
  27
  28 --  #IfNotRow
  29 --    arguments: table_name colname value
  30 --    behavior:  If the table table_name does not have a row where colname = value, the block will be executed.
  31
  32 --  #IfNotRow2D
  33 --    arguments: table_name colname value colname2 value2
  34 --    behavior:  If the table table_name does not have a row where colname = value AND colname2 = value2, the block will be executed.
  35
  36 --  #IfNotRow3D
  37 --    arguments: table_name colname value colname2 value2 colname3 value3
  38 --    behavior:  If the table table_name does not have a row where colname = value AND colname2 = value2 AND colname3 = value3, the block will be executed.
  39
  40 --  #IfNotRow4D
  41 --    arguments: table_name colname value colname2 value2 colname3 value3 colname4 value4
  42 --    behavior:  If the table table_name does not have a row where colname = value AND colname2 = value2 AND colname3 = value3 AND colname4 = value4, the block will be executed.
  43
  44 --  #IfNotRow2Dx2
  45 --    desc:      This is a very specialized function to allow adding items to the list_options table to avoid both redundant option_id and title in each element.
  46 --    arguments: table_name colname value colname2 value2 colname3 value3
  47 --    behavior:  The block will be executed if both statements below are true:
  48 --               1) The table table_name does not have a row where colname = value AND colname2 = value2.
  49 --               2) The table table_name does not have a row where colname = value AND colname3 = value3.
  50
  51 --  #IfRow
  52 --    arguments: table_name colname value
  53 --    behavior:  If the table table_name does have a row where colname = value, the block will be executed.
  54
  55 --  #IfRow2D
  56 --    arguments: table_name colname value colname2 value2
  57 --    behavior:  If the table table_name does have a row where colname = value AND colname2 = value2, the block will be executed.
  58
  59 --  #IfRow3D
  60 --        arguments: table_name colname value colname2 value2 colname3 value3
  61 --        behavior:  If the table table_name does have a row where colname = value AND colname2 = value2 AND colname3 = value3, the block will be executed.
  62
  63 --  #IfIndex
  64 --    desc:      This function is most often used for dropping of indexes/keys.
  65 --    arguments: table_name colname
  66 --    behavior:  If the table and index exist the relevant statements are executed, otherwise not.
  67
  68 --  #IfNotIndex
  69 --    desc:      This function will allow adding of indexes/keys.
  70 --    arguments: table_name colname
  71 --    behavior:  If the index does not exist, it will be created
  72
  73 --  #IfUuidNeedUpdate
  74 --    argument: table_name
  75 --    behavior: this will populate a uuid column in table (table needs to be mapped in UUID_TABLE_DEFINITIONS in UuidRegistry class)
  76
  77 --  #IfMappingUuidNeedUpdate
  78 --    behavior: this will populate the mapping_uuid table
  79
  80 --  #EndIf
  81 --    all blocks are terminated with a #EndIf statement.
  82
  83 --  #IfNotListReaction
  84 --    Custom function for creating Reaction List
  85
  86 --  #IfNotListOccupation
  87 --    Custom function for creating Occupation List
  88
  89 --  #IfTextNullFixNeeded
  90 --    desc: convert all text fields without default null to have default null.
  91 --    arguments: none
  92
  93 --  #IfTableEngine
  94 --    desc:      Execute SQL if the table has been created with given engine specified.
  95 --    arguments: table_name engine
  96 --    behavior:  Use when engine conversion requires more than one ALTER TABLE
  97
  98 --  #IfInnoDBMigrationNeeded
  99 --    desc: find all MyISAM tables and convert them to InnoDB.
 100 --    arguments: none
 101 --    behavior: can take a long time.
 102
 103 --  #IfDocumentNamingNeeded
 104 --    desc: populate name field with document names.
 105 --    arguments: none
 106
 107 #IfUuidNeedUpdate patient_data
 108 #EndIf
 109
 110 #IfUuidNeedUpdate form_encounter
 111 #EndIf
 112
 113 #IfUuidNeedUpdate users
 114 #EndIf
 115
 116 #IfUuidNeedUpdate facility_user_ids
 117 #EndIf
 118
 119 #IfUuidNeedUpdate facility
 120 #EndIf
 121
 122 #IfUuidNeedUpdate immunizations
 123 #EndIf
 124
 125 #IfUuidNeedUpdate lists
 126 #EndIf
 127
 128 #IfUuidNeedUpdate procedure_order
 129 #EndIf
 130
 131 #IfUuidNeedUpdate drugs
 132 #EndIf
 133
 134 #IfUuidNeedUpdate prescriptions
 135 #EndIf
 136
 137 #IfUuidNeedUpdate procedure_result
 138 #EndIf
 139
 140 #IfUuidNeedUpdate ccda
 141 #EndIf
 142
 143 #IfMissingColumn insurance_companies uuid
 144 ALTER TABLE `insurance_companies` ADD `uuid` binary(16) DEFAULT NULL;
 145 #EndIf
 146
 147 #IfNotIndex insurance_companies uuid
 148 CREATE UNIQUE INDEX `uuid` ON `insurance_companies` (`uuid`);
 149 #EndIf
 150
 151 #IfUuidNeedUpdate insurance_companies
 152 #EndIf
 153
 154 #IfMissingColumn insurance_data uuid
 155 ALTER TABLE `insurance_data` ADD `uuid` binary(16) DEFAULT NULL;
 156 #EndIf
 157
 158 #IfNotIndex insurance_data uuid
 159 CREATE UNIQUE INDEX `uuid` ON `insurance_data` (`uuid`);
 160 #EndIf
 161
 162 #IfUuidNeedUpdate insurance_data
 163 #EndIf
 164
 165 #IfMissingColumn facility weno_id
 166 ALTER TABLE `facility` ADD `weno_id` VARCHAR(10) DEFAULT NULL;
 167 #EndIf
 168
 169 #IfMissingColumn x12_partners x12_gs03
 170 ALTER TABLE `x12_partners` ADD COLUMN `x12_gs03` varchar(15) DEFAULT NULL;
 171 #EndIf
 172
 173 #IfMissingColumn x12_partners x12_submitter_name
 174 ALTER TABLE `x12_partners` ADD COLUMN `x12_submitter_name` varchar(255) DEFAULT NULL;
 175 #EndIf
 176
 177 #IfMissingColumn x12_partners x12_sftp_login
 178 ALTER TABLE `x12_partners` ADD COLUMN `x12_sftp_login` varchar(255) DEFAULT NULL;
 179 #EndIf
 180
 181 #IfMissingColumn x12_partners x12_sftp_pass
 182 ALTER TABLE `x12_partners` ADD COLUMN `x12_sftp_pass` varchar(255) DEFAULT NULL;
 183 #EndIf
 184
 185 #IfMissingColumn x12_partners x12_sftp_host
 186 ALTER TABLE `x12_partners` ADD COLUMN `x12_sftp_host` varchar(255) DEFAULT NULL;
 187 #EndIf
 188
 189 #IfMissingColumn x12_partners x12_sftp_port
 190 ALTER TABLE `x12_partners` ADD COLUMN `x12_sftp_port` varchar(255) DEFAULT NULL;
 191 #EndIf
 192
 193 #IfMissingColumn x12_partners x12_sftp_local_dir
 194 ALTER TABLE `x12_partners` ADD COLUMN `x12_sftp_local_dir` varchar(255) DEFAULT NULL;
 195 #EndIf
 196
 197 #IfMissingColumn x12_partners x12_sftp_remote_dir
 198 ALTER TABLE `x12_partners` ADD COLUMN `x12_sftp_remote_dir` varchar(255) DEFAULT NULL;
 199 #EndIf
 200
 201 #IfNotRow background_services name X12_SFTP
 202 INSERT INTO `background_services` (`name`, `title`, `active`, `running`, `next_run`, `execute_interval`, `function`, `require_once`, `sort_order`) VALUES
 203 ('X12_SFTP', 'SFTP Claims to X12 Partner Service', 0, 0, '2021-01-18 11:25:10', 1, 'start_X12_SFTP', '/library/billing_sftp_service.php', 100);
 204 #EndIf
 205
 206 #IfNotTable x12_remote_tracker
 207 CREATE TABLE `x12_remote_tracker` (
 208 `id` bigint(20) NOT NULL AUTO_INCREMENT,
 209 `x12_partner_id` int(11) NOT NULL,
 210 `x12_filename` varchar(255) NOT NULL,
 211 `status` varchar(255) NOT NULL,
 212 `claims` text,
 213 `messages` text,
 214 `created_at` datetime DEFAULT NULL,
 215 `updated_at` datetime DEFAULT NULL,
 216 PRIMARY KEY (`id`)
 217 ) ENGINE=InnoDB;
 218
 219 #IfNotRow2D list_options list_id lists option_id Procedure_Billing
 220 INSERT INTO list_options (list_id,option_id,title, seq, is_default, option_value) VALUES ('lists','Procedure_Billing','Procedure Billing',0, 1, 0);
 221 INSERT INTO list_options (list_id,option_id,title,seq,is_default,activity) VALUES ('Procedure_Billing','T','Third-Party',10,1,1);
 222 INSERT INTO list_options (list_id,option_id,title,seq,is_default,activity) VALUES ('Procedure_Billing','P','Self Pay',20,0,1);
 223 INSERT INTO list_options (list_id,option_id,title,seq,is_default,activity) VALUES ('Procedure_Billing','C','Bill Clinic',30,0,1);
 224 #EndIf
 225
 226 #IfMissingColumn procedure_order billing_type
 227 ALTER TABLE `procedure_order` ADD `billing_type` VARCHAR(4) DEFAULT NULL;
 228 #EndIf
 229
 230 #IfMissingColumn procedure_order specimen_fasting
 231 ALTER TABLE `procedure_order` ADD `specimen_fasting` VARCHAR(31) DEFAULT NULL;
 232 #EndIf
 233
 234 #IfMissingColumn procedure_order order_psc
 235 ALTER TABLE `procedure_order` ADD `order_psc` TINYINT(4) DEFAULT NULL;
 236 #EndIf
 237
 238 #IfMissingColumn procedure_order order_abn
 239 ALTER TABLE `procedure_order` ADD `order_abn` VARCHAR(31) NOT NULL DEFAULT 'not_required';
 240 #EndIf
 241
 242 #IfMissingColumn procedure_order collector_id
 243 ALTER TABLE `procedure_order` ADD `collector_id` BIGINT(11) NOT NULL DEFAULT '0';
 244 #EndIf
 245
 246 #IfMissingColumn procedure_order account
 247 ALTER TABLE `procedure_order` ADD `account` VARCHAR(60) DEFAULT NULL;
 248 #EndIf
 249
 250 #IfMissingColumn procedure_order account_facility
 251 ALTER TABLE `procedure_order` ADD `account_facility` int(11) DEFAULT NULL;
 252 #EndIf
 253
 254 #IfMissingColumn procedure_order provider_number
 255 ALTER TABLE `procedure_order` ADD `provider_number` VARCHAR(30) DEFAULT NULL;
 256 #EndIf
 257
 258 #IfMissingColumn procedure_order procedure_order_type
 259 ALTER TABLE `procedure_order` ADD `procedure_order_type` varchar(32) NOT NULL DEFAULT 'laboratory_test';
 260 #EndIf
 261
 262 #IfMissingColumn procedure_order_code procedure_type
 263 ALTER TABLE `procedure_order_code` ADD `procedure_type` VARCHAR(31) DEFAULT NULL;
 264 #EndIf
 265
 266 #IfMissingColumn procedure_order_code transport
 267 ALTER TABLE `procedure_order_code` ADD `transport` VARCHAR(31) DEFAULT NULL;
 268 #EndIf
 269
 270 #IfMissingColumn procedure_type transport
 271 ALTER TABLE `procedure_type` ADD `transport` VARCHAR(31) DEFAULT NULL;
 272 #EndIf
 273
 274 #IfMissingColumn procedure_providers type
 275 ALTER TABLE `procedure_providers` ADD `type` VARCHAR(31) DEFAULT NULL;
 276 #EndIf
 277
 278 #IfMissingColumn procedure_answers procedure_code
 279 ALTER TABLE `procedure_answers` ADD `procedure_code` VARCHAR(31) DEFAULT NULL;
 280 #EndIf
 281
 282 #IfNotRow users username oe-system
 283 INSERT INTO `users`(`username`,`password`,`lname`,`authorized`,`active`) VALUES ('oe-system','NoLogin','System Operation User',0,0);
 284 INSERT INTO `gacl_aro`(`id`, `section_value`, `value`, `order_value`, `name`, `hidden`)
 285     SELECT max(`id`)+1,'users','oe-system',10,'System Operation User', 0 FROM `gacl_aro`;
 286 INSERT INTO `gacl_groups_aro_map`(`group_id`, `aro_id`)
 287     VALUES (
 288         (SELECT `id` FROM `gacl_aro_groups` WHERE parent_id=10 AND value='admin')
 289         ,(SELECT `id` FROM `gacl_aro` WHERE `section_value` = 'users' AND `value` = 'oe-system')
 290     );
 291 #EndIf
 292
 293 #IfNotTable export_job
 294 CREATE TABLE `export_job` (
 295   `id` bigint(20) NOT NULL AUTO_INCREMENT,
 296   `uuid` binary(16) DEFAULT NULL ,
 297   `user_id` varchar(40) NOT NULL,
 298   `client_id` varchar(80) NOT NULL,
 299   `status` varchar(40) NOT NULL,
 300   `start_time` datetime DEFAULT NULL,
 301   `resource_include_time` datetime DEFAULT NULL,
 302   `output_format` varchar(128) NOT NULL,
 303   `request_uri` varchar(128) NOT NULL,
 304   `resources` text,
 305   `output` text,
 306   `errors` text,
 307   `access_token_id` text,
 308   PRIMARY KEY  (`id`),
 309   UNIQUE (`uuid`)
 310 ) ENGINE=InnoDB COMMENT='fhir export jobs';
 311 #EndIf
 312
 313 #IfNotRow categories name FHIR Export Document
 314 SET @max_rght = (SELECT MAX(rght) FROM categories);
 315 INSERT INTO categories(`id`,`name`, `value`, `parent`, `lft`, `rght`, `aco_spec`) select (select MAX(id) from categories) + 1, 'FHIR Export Document', '', 1, @max_rght, @max_rght + 1, 'admin|super' from categories where name = 'Categories';
 316 UPDATE categories SET rght = rght + 2 WHERE name = 'Categories';
 317 UPDATE categories_seq SET id = (select MAX(id) from categories);
 318 #EndIf
 319
 320 #IfMissingColumn documents date_expires
 321 ALTER TABLE `documents` ADD COLUMN `date_expires` DATETIME DEFAULT NULL;
 322 #EndIf
 323
 324 #IfMissingColumn documents foreign_reference_id
 325 ALTER TABLE `documents` ADD COLUMN `foreign_reference_id` bigint(20) default NULL,
 326                         ADD COLUMN `foreign_reference_table` VARCHAR(40) default NULL;
 327 ALTER TABLE `documents` ADD KEY `foreign_reference` (`foreign_reference_id`, `foreign_reference_table`);
 328
 329 #IfNotRow background_services name WenoExchange
 330 INSERT INTO `background_services` (`name`, `title`, `active`, `running`, `next_run`, `execute_interval`, `function`, `require_once`, `sort_order`) VALUES
 331 ('WenoExchange', 'Weno Log Sync', 0, 0, '2021-01-18 11:25:10', 0, 'start_weno', '/library/weno_log_sync.php', 100);
 332 #EndIf
 333
 334 #IfNotRow2D list_options list_id Eye_Defaults_for_GENERAL option_id ODVITREOUS
 335 INSERT INTO list_options (list_id,option_id,title,seq,is_default,option_value,mapping,notes,codes,toggle_setting_1,toggle_setting_2,activity,subtype) VALUES ('Eye_Defaults_for_GENERAL', 'ODVITREOUS', 'clear', 504, 0, 0,'', 'RETINA','', 0, 0, 1,'');
 336 #EndIf
 337
 338 #IfNotRow2D list_options list_id Eye_Defaults_for_GENERAL option_id OSVITREOUS
 339 INSERT INTO list_options (list_id,option_id,title,seq,is_default,option_value,mapping,notes,codes,toggle_setting_1,toggle_setting_2,activity,subtype) VALUES ('Eye_Defaults_for_GENERAL', 'OSVITREOUS', 'clear', 506, 0, 0,'', 'RETINA','', 0, 0, 1,'');
 340 #EndIf
 341
 342 DELETE FROM medex_icons;
 343 INSERT INTO `medex_icons` (`i_UID`, `msg_type`, `msg_status`, `i_description`, `i_html`, `i_blob`) VALUES
 344 (1, 'SMS', 'ALLOWED', '', '<i title="SMS is possible." class="far fa-comment-dots fa-fw"></i>', ''),
 345 (2, 'SMS', 'NotAllowed', '', '<span class="fas fa-stack" title="SMS not possible"><i title="SMS is not possible." class="fas fa-comment-dots fa-fw"></i><i class="fas fa-ban fa-stack-2x text-danger"></i></span>', ''),
 346 (3, 'SMS', 'SCHEDULED', '', '<span class="btn scheduled" title="SMS scheduled"><i class="fas fa-comment-dots fa-fw"></i></span>', ''),
 347 (4, 'SMS', 'SENT', '', '<span class="btn" title="SMS Sent - in process" style="background-color:yellow;"><i aria-hidden="true" class="fas fa-comment-dots fa-fw"></i></span>', ''),
 348 (5, 'SMS', 'READ', '', '<span class="btn" title="SMS Delivered - waiting for response" aria-label="SMS Delivered" style="background-color:#146abd;"><i aria-hidden="true" class="fas fa-comment-dots fa-inverse fa-flip-horizontal fa-fw"></i></span>', ''),
 349 (6, 'SMS', 'FAILED', '', '<span class="btn" title="SMS Failed to be delivered" style="background-color:#ffc4c4;"><i aria-hidden="true" class="fas fa-comment-dots fa-fw"></i></span>', ''),
 350 (7, 'SMS', 'CONFIRMED', '', '<span class="btn" title="Confirmed by SMS" style="background-color:green;"><i aria-hidden="true" class="fas fa-comment-dots fa-inverse fa-flip-horizontal fa-fw"></i></span>', ''),
 351 (8, 'SMS', 'CALL', '', '<span class="btn" style="background-color: red;" title="Patient requests Office Call"><i class="fas fa-flag fa-inverse fa-fw"></i></span>', ''),
 352 (9, 'SMS', 'EXTRA', '', '<span class="btn" title="EXTRA" style="background-color:#000;color:#fff;"><i class="fas fa-terminal fa-fw"></i></span>', ''),
 353 (10, 'SMS', 'STOP', '', '<span class="btn btn-danger fas fa-comment-dots" title="OptOut of SMS Messaging. Demographics updated." aria-label=\'Optout SMS\'> STOP</span>', ''),
 354 (11, 'AVM', 'ALLOWED', '', '<span title="Automated Voice Messages are possible" class="fas fa-phone fa-fw"></span>', ''),
 355 (12, 'AVM', 'NotAllowed', '', '<span class="fas fa-stack" title="Automated Voice Messages are not allowed"><i class="fas fa-phone fa-fw fa-stack-1x"></i><i class="fas fa-ban fa-stack-2x text-danger"></i></span>', ''),
 356 (13, 'AVM', 'SCHEDULED', '', '<span class="btn scheduled" title="AVM scheduled"><i class="fas fa-phone fa-fw"></i></span>', ''),
 357 (14, 'AVM', 'SENT', '', '<span class="btn" title="AVM in process, no response" style="background-color:yellow;"><i class="fas fa-phone-volume fa-reverse fa-fw"></i></span>', ''),
 358 (15, 'AVM', 'FAILED', '', '<span class="btn" title="AVM: Failed.  Check patient\'s phone numbers." style="background-color:#ffc4c4;"><i class="fas fa-phone fa-fw"></i></span>', ''),
 359 (16, 'AVM', 'CONFIRMED', '', '<span class="btn" title="Confirmed by AVM" style="padding:5px;background-color:green;"><i class="fas fa-phone fa-inverse fa-fw"></i></span>', ''),
 360 (17, 'AVM', 'CALL', '', '<span class="btn" style="background-color: red;" title="Patient requests Office Call">\r\n<i class="fas fa-flag fa-inverse fa-fw"></i></span>', ''),
 361 (18, 'AVM', 'Other', '', '<span class="fas fa-stack fa-lg"><i class="fas fa-square fa-stack-2x"></i><i class="fas fa-terminal fa-fw fa-stack-1x fa-inverse"></i></span>', ''),
 362 (19, 'AVM', 'STOP', '', '<span class="btn btn-danger" title="OptOut of Voice Messaging. Demographics updated." aria-label="Optout AVM"><i class="fas fa-phone" aria-hidden="true"> STOP</i></span>', ''),
 363 (20, 'EMAIL', 'ALLOWED', '', '<span title="EMAIL is possible" class="fas fa-envelope fa-fw"></span>', ''),
 364 (21, 'EMAIL', 'NotAllowed', '', '<span class="fas fa-stack" title="EMAIL is not possible"><i class="fas fa-envelope fa-fw fa-stack-1x"></i><i class="fas fa-ban fa-stack-2x text-danger"></i></span>', ''),
 365 (22, 'EMAIL', 'SCHEDULED', '', '<span class="btn scheduled" title="EMAIL scheduled"><i class="fas fa-envelope fa-fw"></i></span>', ''),
 366 (23, 'EMAIL', 'SENT', '', '<span class="btn" style="background-color:yellow;" title="EMAIL Message sent, not opened"><i class="fas fa-envelope fa-fw"></i></span>', ''),
 367 (24, 'EMAIL', 'READ', '', '<span class="btn" style="background-color:#146abd;" title="E-Mail was read/opened by patient" aria-label="Read via email"><i aria-hidden="true" class="fas fa-envelope fa-inverse fa-fw"></i></span>', ''),
 368 (25, 'EMAIL', 'FAILED', '', '<span class="btn" title="EMAIL: Failed.  Check patient\'s email address." style="background-color:#ffc4c4;"><i class="fas fa-envelope fa-fw"></i></span>', ''),
 369 (26, 'EMAIL', 'CONFIRMED', '', '<span class="btn" title="Confirmed by E-Mail" aria-label="Confirmed via email" style="background-color: green;"><i aria-hidden="true" class="fas fa-envelope fa-inverse fa-fw"></i></span>', ''),
 370 (27, 'EMAIL', 'CALL', '', '<span class="btn" style="background-color: red;" title="Patient requests Office Call"><i class="fas fa-flag fa-inverse fa-fw"></i></span>', ''),
 371 (28, 'EMAIL', 'Other', '', '<span class="fas fa-stack fa-lg"><i class="fas fa-square fa-stack-2x"></i><i class="fas fa-terminal fa-fw fa-stack-1x fa-inverse fa-fw"></i></span>', ''),
 372 (29, 'EMAIL', 'STOP', '', '<span class="btn btn-danger" title="OptOut of EMAIL Messaging. Demographics updated." aria-label="Optout EMAIL"><i class="fas fa-envelope-o" aria-hidden="true"> STOP</i></span>', ''),
 373 (30, 'POSTCARD', 'SENT', '', '<span class="btn" title="Postcard Sent - in process" style="padding:5px;background-color:yellow;color:black"><i class="fas fa-image fa-fw"></i></span>', ''),
 374 (31, 'POSTCARD', 'READ', '', '<span class="btn" style="background-color:#146abd;" title="e-Postcard was delivered" aria-label="Postcard Delivered"><i class="fas fa-image fa-fw" aria-hidden="true"></i></span>', ''),
 375 (32, 'POSTCARD', 'FAILED', '', '<span class="fas fa-stack fa-lg" title="Delivery Failure - check Address for this patient"><i class="fas fa-image fa-fw fa-stack-1x"></i><i class="fas fa-ban fa-stack-2x text-danger"></i></span>', ''),
 376 (33, 'POSTCARD', 'SCHEDULED', '', '<span class="btn scheduled" title="Postcard Campaign Event is scheduled."><i class="fas fa-image fa-fw"></i></span>', ''),
 377 (36, 'AVM', 'READ', '', '<span class="btn" title="AVM completed - waiting for manual response" aria-label="AVM Delivered" style="padding:5px;background-color:#146abd;"><i class="fas fa-inverse fa-phone fa-fw" aria-hidden="true"></i></span>', ''),
 378 (37, 'SMS', 'CALLED', '', '<span class="btn" style="background-color:#146abd;" title="Patient requests Office Call: COMPLETED"><i class="fas fa-flag fa-fw"></i></span>', ''),
 379 (38, 'AVM', 'CALLED', '', '<span class="btn" style="background-color:#146abd;" title="Patient requests Office Call: COMPLETED"><i class="fas fa-flag fa-fw"></i></span>    ', ''),
 380 (39, 'EMAIL', 'CALLED', '', '<span class="btn" style="background-color:#146abd;" title="Patient requests Office Call: COMPLETED"><i class="fas fa-flag fa-fw"></i></span>', '');
 381
 382 #IfNotRow2D list_options list_id sex option_id UNK
 383 INSERT INTO list_options ( list_id, option_id, title, seq, is_default, codes ) VALUES ('sex', 'UNK', 'Unknown', 10, 0, 'HL7:UNK');
 384 #EndIf
 385
 386 #IfNotRow3D list_options list_id sex option_id Female codes HL7:F
 387 UPDATE `list_options` SET `codes` = 'HL7:F' WHERE `list_id` = 'sex' AND `option_id` = 'Female';
 388 #EndIf
 389
 390 #IfNotRow3D list_options list_id sex option_id Male codes HL7:M
 391 UPDATE `list_options` SET `codes` = 'HL7:M' WHERE `list_id` = 'sex' AND `option_id` = 'Male';
 392 #EndIf
 393
 394 #IfMissingColumn patient_data sexual_orientation
 395 ALTER TABLE patient_data ADD sexual_orientation TEXT;
 396 #EndIf
 397
 398 #IfMissingColumn patient_data gender_identity
 399 ALTER TABLE patient_data ADD gender_identity TEXT;
 400 #EndIf
 401
 402 #IfNotRow2D list_options list_id lists option_id sexual_orientation
 403 INSERT INTO list_options (`list_id`, `option_id`, `title`, `seq`) VALUES ('lists', 'sexual_orientation', 'Sexual Orientation', '13');
 404 INSERT INTO `list_options`(`list_id`, `option_id`, `title`, `seq`, `is_default`, `option_value`, `codes`) VALUES ('sexual_orientation','20430005','Straight or heterosexual',10,0,0,'SNOMED:20430005');
 405 INSERT INTO `list_options`(`list_id`, `option_id`, `title`, `seq`, `is_default`, `option_value`, `codes`) VALUES ('sexual_orientation','38628009','Lesbian, gay or homosexual',20,0,0,'SNOMED:38628009');
 406 INSERT INTO `list_options`(`list_id`, `option_id`, `title`, `seq`, `is_default`, `option_value`, `codes`) VALUES ('sexual_orientation','42035005','Bisexual',30,0,0,'SNOMED:42035005');
 407 INSERT INTO `list_options`(`list_id`, `option_id`, `title`, `seq`, `is_default`, `option_value`, `codes`) VALUES ('sexual_orientation','comment_OTH','Something else, please describe',40,0,0,'HL7:OTH');
 408 INSERT INTO `list_options`(`list_id`, `option_id`, `title`, `seq`, `is_default`, `option_value`, `codes`) VALUES ('sexual_orientation','UNK','Don\'t know',50,0,0,'HL7:UNK');
 409 INSERT INTO `list_options`(`list_id`, `option_id`, `title`, `seq`, `is_default`, `option_value`, `codes`) VALUES ('sexual_orientation','ASKU','Choose not to disclose',60,0,0,'HL7:ASKU');
 410 #EndIf
 411
 412 #IfNotRow2D list_options list_id lists option_id gender_identity
 413 INSERT INTO list_options (`list_id`, `option_id`, `title`, `seq`) VALUES ('lists', 'gender_identity', 'Gender Identity', '1');
 414 INSERT INTO `list_options`(`list_id`, `option_id`, `title`, `seq`, `is_default`, `option_value`, `codes`) VALUES ('gender_identity','446151000124109','Identifies as Male',10,0,0,'SNOMED:446151000124109');
 415 INSERT INTO `list_options`(`list_id`, `option_id`, `title`, `seq`, `is_default`, `option_value`, `codes`) VALUES ('gender_identity','446141000124107','Identifies as Female',20,0,0,'SNOMED:446141000124107');
 416 INSERT INTO `list_options`(`list_id`, `option_id`, `title`, `seq`, `is_default`, `option_value`, `codes`) VALUES ('gender_identity','407377005','Female-to-Male (FTM)/Transgender Male/Trans Man',30,0,0,'SNOMED:407377005');
 417 INSERT INTO `list_options`(`list_id`, `option_id`, `title`, `seq`, `is_default`, `option_value`, `codes`) VALUES ('gender_identity','407376001','Male-to-Female (MTF)/Transgender Female/Trans Woman',40,0,0,'SNOMED:407376001');
 418 INSERT INTO `list_options`(`list_id`, `option_id`, `title`, `seq`, `is_default`, `option_value`, `codes`) VALUES ('gender_identity','446131000124102','Genderqueer, neither exclusively male nor female',50,0,0,'SNOMED:446131000124102');
 419 INSERT INTO `list_options`(`list_id`, `option_id`, `title`, `seq`, `is_default`, `option_value`, `codes`) VALUES ('gender_identity','comment_OTH','Additional gender category or other, please specify',60,0,0,'HL7:OTH');
 420 INSERT INTO `list_options`(`list_id`, `option_id`, `title`, `seq`, `is_default`, `option_value`, `codes`) VALUES ('gender_identity','ASKU','Choose not to disclose',70,0,0,'HL7:ASKU');
 421 #EndIf
 422
 423 #IfNotRow2D layout_options form_id DEM field_id gender_identity
 424 SET @group_id = (SELECT group_id FROM layout_options WHERE field_id='sex' AND form_id='DEM');
 425 SET @backup_group_id = (SELECT group_id FROM layout_options WHERE field_id='DOB' AND form_id='DEM');
 426 SET @seq = (SELECT MAX(seq) FROM layout_options WHERE group_id = IFNULL(@group_id,@backup_group_id) AND form_id='DEM');
 427 INSERT INTO `layout_options` (`form_id`,`field_id`,`group_id`,`title`,`seq`,`data_type`,`uor`,`fld_length`,`max_length`,`list_id`,`titlecols`,`datacols`,`default_value`,`edit_options`,`description`,`fld_rows`) VALUES ('DEM', 'gender_identity', IFNULL(@group_id,@backup_group_id), 'Gender Identity', @seq+1, 46, 1, 0, 100, 'gender_identity' , 1 , 1 , '' , 'N' , 'Gender Identity', 0);
 428 #EndIf
 429
 430 #IfNotRow2D layout_options form_id DEM field_id sexual_orientation
 431 SET @group_id = (SELECT group_id FROM layout_options WHERE field_id='sex' AND form_id='DEM');
 432 SET @backup_group_id = (SELECT group_id FROM layout_options WHERE field_id='DOB' AND form_id='DEM');
 433 SET @seq = (SELECT MAX(seq) FROM layout_options WHERE group_id = IFNULL(@group_id,@backup_group_id) AND form_id='DEM');
 434 INSERT INTO `layout_options` (`form_id`,`field_id`,`group_id`,`title`,`seq`,`data_type`,`uor`,`fld_length`,`max_length`,`list_id`,`titlecols`,`datacols`,`default_value`,`edit_options`,`description`,`fld_rows`) VALUES ('DEM', 'sexual_orientation', IFNULL(@group_id,@backup_group_id), 'Sexual Orientation', @seq+1, 46, 1, 0, 100, 'sexual_orientation', 1, 1, '' ,'N' ,'Sexual Orientation', 0);
 435 #EndIf
 436
 437 #IfMissingColumn users google_signin_email
 438 ALTER TABLE `users` ADD COLUMN `google_signin_email` VARCHAR(255) UNIQUE DEFAULT NULL;
 439 #EndIf
 440
 441 #IfNotRow background_services name UUID_Service
 442 INSERT INTO `background_services` (`name`, `title`, `active`, `running`, `next_run`, `execute_interval`, `function`, `require_once`, `sort_order`) VALUES
 443 ('UUID_Service', 'Automated UUID Creation Service', 1, 0, '2021-01-18 11:25:10', 240, 'autoPopulateAllMissingUuids', '/library/uuid.php', 100);
 444 #EndIf
 445
 446 #IfNotRow codes code_text SARS-COV-2 (COVID-19) vaccine, vector non-replicating, recombinant spike protein-Ad26, preservative free, 0.5 mL
 447 SET @codetypeid = (SELECT `ct_id` FROM `code_types` WHERE `ct_key` = 'CVX');
 448 INSERT INTO `codes` (`id`, `code_text`, `code_text_short`, `code`, `code_type`, `modifier`, `units`, `fee`, `superbill`, `related_code`, `taxrates`, `active`)
 449 VALUES
 450 (NULL, "SARS-COV-2 (COVID-19) vaccine, vector non-replicating, recombinant spike protein-Ad26, preservative free, 0.5 mL", "COVID-19 vaccine, vector-nr, rS-Ad26, PF, 0.5 mL", 212, @codetypeid, '', 0, 0, '', '', '', 1);
 451 #EndIf
 452
 453 #IfNotRow2D list_options list_id lists option_id Document_Template_Categories
 454 INSERT INTO `list_options` (`list_id`, `option_id`, `title`, `seq`, `is_default`, `option_value`, `mapping`, `notes`, `codes`, `toggle_setting_1`, `toggle_setting_2`, `activity`) VALUES ('lists','Document_Template_Categories','Document Template Categories',0,1,0,'',NULL,'',0,0,1);
 455 INSERT INTO `list_options` (`list_id`, `option_id`, `title`, `seq`, `is_default`, `option_value`, `mapping`, `notes`, `codes`, `toggle_setting_1`, `toggle_setting_2`, `activity`) VALUES ('Document_Template_Categories','repository','Repository',1,1,0,'','','',0,0,1);
 456
 457 #IfMissingColumn layout_group_properties grp_save_close
 458 ALTER TABLE `layout_group_properties` ADD COLUMN `grp_save_close` tinyint(1) not null default 0;
 459 #EndIf
 460
 461 #IfMissingColumn layout_group_properties grp_init_open
 462 ALTER TABLE `layout_group_properties` ADD COLUMN `grp_init_open` tinyint(1) not null default 0;
 463 UPDATE layout_group_properties AS p, layout_options AS o SET p.grp_init_open = 1 WHERE
 464   o.form_id = p.grp_form_id AND o.group_id = p.grp_group_id AND o.uor > 0 AND o.edit_options LIKE '%I%';
 465 UPDATE layout_group_properties AS p SET p.grp_init_open = 1 WHERE p.grp_group_id = '1' AND
 466   (SELECT count(*) FROM layout_options AS o WHERE o.form_id = p.grp_form_id AND o.uor > 0 AND o.edit_options LIKE '%I%') = 0;
 467 #EndIf
 468
 469 #IfMissingColumn layout_group_properties grp_last_update
 470 ALTER TABLE `layout_group_properties` ADD COLUMN `grp_last_update` timestamp NULL;
 471 #EndIf
 472
 473 #---------- Support for Referrals section of LBFs. ----------#
 474 #IfMissingColumn layout_group_properties grp_referrals
 475 ALTER TABLE `layout_group_properties` ADD COLUMN `grp_referrals` tinyint(1) not null default 0;
 476 #EndIf
 477
 478 #IfMissingColumn drug_sales trans_type
 479 ALTER TABLE drug_sales
 480   ADD trans_type tinyint NOT NULL DEFAULT 1 COMMENT '1=sale, 2=purchase, 3=return, 4=transfer, 5=adjustment';
 481 UPDATE drug_sales SET trans_type = 4 WHERE pid = 0 AND xfer_inventory_id != 0;
 482 UPDATE drug_sales SET trans_type = 5 WHERE trans_type = 1 AND pid = 0 AND fee = 0;
 483 UPDATE drug_sales SET trans_type = 2 WHERE trans_type = 1 AND pid = 0 AND quantity >= 0;
 484 UPDATE drug_sales SET trans_type = 3 WHERE trans_type = 1 AND pid = 0;
 485 #EndIf
 486
 487 #IfMissingColumn ar_activity post_date
 488 ALTER TABLE ar_activity
 489   ADD post_date date DEFAULT NULL COMMENT 'Posting date if specified at payment time';
 490 UPDATE ar_activity SET post_date = post_time;
 491 #EndIf
 492
 493 #IfMissingColumn form_encounter shift
 494 ALTER TABLE form_encounter ADD shift varchar(31) NOT NULL DEFAULT '';
 495 #EndIf
 496
 497 #IfNotRow2D list_options list_id lists option_id shift
 498 INSERT INTO list_options ( list_id, option_id, title, seq, is_default ) VALUES ('lists','shift','Shifts', 1, 0);
 499 #EndIf
 500
 501 #IfMissingColumn form_encounter voucher_number
 502 ALTER TABLE form_encounter ADD voucher_number varchar(255) NOT NULL DEFAULT '' COMMENT 'also called referral number';
 503 #EndIf
 504
 505 #IfMissingColumn billing chargecat
 506 ALTER TABLE `billing` ADD COLUMN `chargecat` varchar(31) default '';
 507 #EndIf
 508
 509 #IfMissingColumn drug_sales chargecat
 510 ALTER TABLE `drug_sales` ADD COLUMN `chargecat` varchar(31) default '';
 511
 512 #IfMissingColumn users_facility warehouse_id
 513 ALTER TABLE `users_facility` ADD COLUMN `warehouse_id` varchar(31) NOT NULL default '';
 514 ALTER TABLE `users_facility` DROP PRIMARY KEY, ADD PRIMARY KEY (`tablename`,`table_id`,`facility_id`,`warehouse_id`);
 515 #EndIf
 516
 517 #IfNotColumnType drugs form varchar(31)
 518 ALTER TABLE `drugs` CHANGE `form`  `form`  varchar(31) NOT NULL default '0';
 519 #EndIf
 520 #IfNotColumnType drugs unit varchar(31)
 521 ALTER TABLE `drugs` CHANGE `unit`  `unit`  varchar(31) NOT NULL default '0';
 522 #EndIf
 523 #IfNotColumnType drugs route varchar(31)
 524 ALTER TABLE `drugs` CHANGE `route` `route` varchar(31) NOT NULL default '0';
 525 #EndIf
 526
 527 #IfMissingColumn drug_templates pkgqty
 528 ALTER TABLE `drug_templates` ADD COLUMN `pkgqty` float NOT NULL DEFAULT 1.0 COMMENT 'Number of product items per template item';
 529 #EndIf
 530
 531 #IfMissingColumn voids reason
 532 ALTER TABLE `voids` ADD COLUMN `reason` VARCHAR(31) default '';
 533 #EndIf
 534
 535 #IfMissingColumn voids notes
 536 ALTER TABLE `voids` ADD COLUMN `notes` VARCHAR(255) default '';
 537 #EndIf
 538
 539 #IfNotRow2D list_options list_id lists option_id void_reasons
 540 INSERT INTO `list_options` (`list_id`, `option_id`, `title`, `seq`, `is_default`) VALUES ('lists','void_reasons','Void Reasons',1,0);
 541 INSERT INTO `list_options` (`list_id`, `option_id`, `title`, `seq`, `is_default`) VALUES ('void_reasons','one'  ,'Reason 1',10,1);
 542 INSERT INTO `list_options` (`list_id`, `option_id`, `title`, `seq`, `is_default`) VALUES ('void_reasons','two'  ,'Reason 2',20,0);
 543 #EndIf
 544
 545 #IfNotIndex log patient_id
 546 CREATE INDEX `patient_id` ON `log` (`patient_id`);
 547 #EndIf
 548
 549 #IfNotRow2D list_options list_id lists option_id paymethod
 550 INSERT INTO `list_options` (`list_id`, `option_id`, `title`, `seq`, `is_default`) VALUES ('lists','paymethod','Payment Methods', 1,0);
 551 INSERT INTO `list_options` (`list_id`, `option_id`, `title`, `seq`, `is_default`) VALUES ('paymethod','Cash' ,'Cash' ,10,0);
 552 INSERT INTO `list_options` (`list_id`, `option_id`, `title`, `seq`, `is_default`) VALUES ('paymethod','Check','Check',20,0);
 553 INSERT INTO `list_options` (`list_id`, `option_id`, `title`, `seq`, `is_default`) VALUES ('paymethod','MC'   ,'MC'   ,30,0);
 554 INSERT INTO `list_options` (`list_id`, `option_id`, `title`, `seq`, `is_default`) VALUES ('paymethod','VISA' ,'VISA' ,40,0);
 555 INSERT INTO `list_options` (`list_id`, `option_id`, `title`, `seq`, `is_default`) VALUES ('paymethod','AMEX' ,'AMEX' ,50,0);
 556 INSERT INTO `list_options` (`list_id`, `option_id`, `title`, `seq`, `is_default`) VALUES ('paymethod','DISC' ,'DISC' ,60,0);
 557 INSERT INTO `list_options` (`list_id`, `option_id`, `title`, `seq`, `is_default`) VALUES ('paymethod','Other','Other',70,0);
 558 #EndIf
 559
 560 #IfNotRow2D issue_types category default type medical_device
 561 INSERT INTO `issue_types` (`ordering`,`category`,`type`,`plural`,`singular`,`abbreviation`,`style`,`force_show`) VALUES ('35','default','medical_device','Medical Devices','Device','I','0','0');
 562 #EndIf
 563
 564 #IfMissingColumn lists udi
 565 ALTER TABLE `lists` ADD COLUMN `udi` varchar(255) default NULL;
 566 #EndIf
 567
 568 #IfMissingColumn lists udi_data
 569 ALTER TABLE `lists` ADD COLUMN `udi_data` text;
 570 #EndIf
 571
 572 #IfNotRow globals gl_name gbl_fac_warehouse_restrictions
 573 INSERT INTO `globals` (gl_name, gl_index, gl_value) SELECT 'gbl_fac_warehouse_restrictions', gl_index, gl_value
 574   FROM globals WHERE gl_name = 'restrict_user_facility';
 575 #EndIf
 576
 577 #IfNotRow2D list_options list_id lists option_id chargecats
 578 INSERT INTO `list_options` (`list_id`, `option_id`, `title`, `seq`, `is_default`)
 579   VALUES ('lists','chargecats','Customers', 1,0);
 580 #EndIf
 581
 582 #IfNotRow2D list_options list_id lists option_id Clinical_Note_Type
 583 INSERT INTO `list_options` (`list_id`, `option_id`, `title`, `seq`, `is_default`, `option_value`, `mapping`, `notes`, `codes`, `toggle_setting_1`, `toggle_setting_2`, `activity`, `subtype`, `edit_options`) VALUES ('lists','Clinical_Note_Type','Clinical Note Type',0,1,0,'',NULL,'',0,0,1,'',1);
 584 INSERT INTO `list_options` (`list_id`, `option_id`, `title`, `seq`, `is_default`, `option_value`, `mapping`, `notes`, `codes`, `toggle_setting_1`, `toggle_setting_2`, `activity`, `subtype`, `edit_options`) VALUES ('Clinical_Note_Type','progress_note','Progress Note',10,0,0,'','LOINC:11506-3','',0,0,1,'',1);
 585 INSERT INTO `list_options` (`list_id`, `option_id`, `title`, `seq`, `is_default`, `option_value`, `mapping`, `notes`, `codes`, `toggle_setting_1`, `toggle_setting_2`, `activity`, `subtype`, `edit_options`) VALUES ('Clinical_Note_Type','nurse_note','Nurse Note',20,0,0,'','LOINC:34746-8','',0,0,1,'',1);
 586 INSERT INTO `list_options` (`list_id`, `option_id`, `title`, `seq`, `is_default`, `option_value`, `mapping`, `notes`, `codes`, `toggle_setting_1`, `toggle_setting_2`, `activity`, `subtype`, `edit_options`) VALUES ('Clinical_Note_Type','history_physical','History & Physical',30,0,0,'','LOINC:34117-2','',0,0,1,'',1);
 587 INSERT INTO `list_options` (`list_id`, `option_id`, `title`, `seq`, `is_default`, `option_value`, `mapping`, `notes`, `codes`, `toggle_setting_1`, `toggle_setting_2`, `activity`, `subtype`, `edit_options`) VALUES ('Clinical_Note_Type','general_note','General Note',40,0,0,'','LOINC:34109-9','',0,0,1,'',1);
 588 INSERT INTO `list_options` (`list_id`, `option_id`, `title`, `seq`, `is_default`, `option_value`, `mapping`, `notes`, `codes`, `toggle_setting_1`, `toggle_setting_2`, `activity`, `subtype`, `edit_options`) VALUES ('Clinical_Note_Type','discharge_summary','Discharge Summary Note',50,0,0,'','LOINC:18842-5','',0,0,1,'',1);
 589 INSERT INTO `list_options` (`list_id`, `option_id`, `title`, `seq`, `is_default`, `option_value`, `mapping`, `notes`, `codes`, `toggle_setting_1`, `toggle_setting_2`, `activity`, `subtype`, `edit_options`) VALUES ('Clinical_Note_Type','procedure_note','Procedure Note',60,0,0,'','LOINC:28570-0','',0,0,1,'',1);
 590 INSERT INTO `list_options` (`list_id`, `option_id`, `title`, `seq`, `is_default`, `option_value`, `mapping`, `notes`, `codes`, `toggle_setting_1`, `toggle_setting_2`, `activity`, `subtype`, `edit_options`) VALUES ('Clinical_Note_Type','consultation_note','Consultation Note',70,0,0,'','LOINC:81222-2','',0,0,1,'',1);
 591 INSERT INTO `list_options` (`list_id`, `option_id`, `title`, `seq`, `is_default`, `option_value`, `mapping`, `notes`, `codes`, `toggle_setting_1`, `toggle_setting_2`, `activity`, `subtype`, `edit_options`) VALUES ('Clinical_Note_Type','imaging_narrative','Imaging Narrative',80,0,0,'','LOINC:28570-0','',0,0,1,'',1);
 592 INSERT INTO `list_options` (`list_id`, `option_id`, `title`, `seq`, `is_default`, `option_value`, `mapping`, `notes`, `codes`, `toggle_setting_1`, `toggle_setting_2`, `activity`, `subtype`, `edit_options`) VALUES ('Clinical_Note_Type','laboratory_report_narrative','Laboratory Report Narrative',90,0,0,'','','',0,0,1,'',1);
 593 INSERT INTO `list_options` (`list_id`, `option_id`, `title`, `seq`, `is_default`, `option_value`, `mapping`, `notes`, `codes`, `toggle_setting_1`, `toggle_setting_2`, `activity`, `subtype`, `edit_options`) VALUES ('Clinical_Note_Type','pathology_report_narrative','Pathology Report Narrative',100,0,0,'','','',0,0,1,'',1);
 594 #EndIf
 595
 596 #---------- Migrate old form_clinical_notes to form_clinic_note if it is installed ----------#
 597 #IfColumn form_clinical_notes followup_timing
 598 ALTER TABLE `form_clinical_notes` RENAME TO `form_clinic_note`;
 599 UPDATE `forms` SET `form_name` = 'Clinic Note' WHERE `form_name` = 'Clinical Notes';
 600 UPDATE `forms` SET `formdir` = 'clinic_note' WHERE `formdir` = 'clinical_notes';
 601 UPDATE `registry` SET `name` = 'Clinic Note' WHERE `name` LIKE 'Clinical Notes%' AND `directory` = 'clinical_notes';
 602 UPDATE `registry` SET `directory` = 'clinic_note' WHERE `directory` = 'clinical_notes';
 603 #EndIf
 604
 605 #IfNotTable form_clinical_notes
 606 CREATE TABLE `form_clinical_notes` (
 607     `id` bigint(20) NOT NULL,
 608     `date` DATE DEFAULT NULL,
 609     `pid` bigint(20) DEFAULT NULL,
 610     `encounter` varchar(255) DEFAULT NULL,
 611     `user` varchar(255) DEFAULT NULL,
 612     `groupname` varchar(255) DEFAULT NULL,
 613     `authorized` tinyint(4) DEFAULT NULL,
 614     `activity` tinyint(4) DEFAULT NULL,
 615     `code` varchar(255) DEFAULT NULL,
 616     `codetext` text,
 617     `description` text,
 618     `external_id` VARCHAR(30) DEFAULT NULL,
 619     `clinical_notes_type` varchar(100) DEFAULT NULL
 620 ) ENGINE=InnoDB;
 621 INSERT INTO `registry` (`name`, `state`, `directory`, `sql_run`, `unpackaged`, `date`, `priority`, `category`, `nickname`, `patient_encounter`, `therapy_group_encounter`, `aco_spec`) VALUES ('Clinical Notes', 1, 'clinical_notes', 1, 1, '2015-09-09 00:00:00', 0, 'Clinical', '', 1, 0, 'encounters|notes');
 622 #EndIf
 623
 624 #IfNotRow ccda_components ccda_components_field medical_devices
 625 INSERT INTO `ccda_components` (`ccda_components_id`, `ccda_components_field`, `ccda_components_name`, `ccda_type`) VALUES
 626 (23, 'medical_devices', 'Medical Devices', 1),
 627 (24, 'goals', 'Goals', 1);
 628 #EndIf
 629
 630 #IfNotRow ccda_sections ccda_sections_field medical_devices
 631 INSERT INTO `ccda_sections` (`ccda_sections_id`, `ccda_components_id`, `ccda_sections_field`, `ccda_sections_name`, `ccda_sections_req_mapping`) VALUES
 632 (46, 3, 'medical_devices', 'Medical Devices', 0),
 633 (47, 3, 'goals', 'Goals', 0);
 634 #EndIf
 635
 636 #IfNotRow2D list_options list_id lists option_id Care_Team_Status
 637 INSERT INTO `list_options` (`list_id`, `option_id`, `title`, `seq`) VALUES ('lists', 'Care_Team_Status', 'Care Team Status', '1');
 638 INSERT INTO `list_options` (`list_id`, `option_id`, `title`, `seq`, `is_default`, `option_value`) VALUES ('Care_Team_Status','active','Active',10,0,0);
 639 INSERT INTO `list_options` (`list_id`, `option_id`, `title`, `seq`, `is_default`, `option_value`) VALUES ('Care_Team_Status','inactive','Inactive',20,0,0);
 640 INSERT INTO `list_options` (`list_id`, `option_id`, `title`, `seq`, `is_default`, `option_value`) VALUES ('Care_Team_Status','suspended','Suspended',30,0,0);
 641 INSERT INTO `list_options` (`list_id`, `option_id`, `title`, `seq`, `is_default`, `option_value`) VALUES ('Care_Team_Status','proposed','Proposed',40,0,0);
 642 INSERT INTO `list_options` (`list_id`, `option_id`, `title`, `seq`, `is_default`, `option_value`) VALUES ('Care_Team_Status','entered-in-error','Entered In Error',50,0,0);
 643 #EndIf
 644
 645 #IfMissingColumn patient_data birth_fname
 646 ALTER TABLE `patient_data` ADD `birth_fname` TEXT;
 647 #EndIf
 648
 649 #IfMissingColumn patient_data birth_lname
 650 ALTER TABLE `patient_data` ADD `birth_lname` TEXT;
 651 #EndIf
 652
 653 #IfMissingColumn patient_data birth_mname
 654 ALTER TABLE `patient_data` ADD `birth_mname` TEXT;
 655 #EndIf
 656
 657 #IfNotRow2D layout_options form_id DEM field_id birth_fname
 658 SET @group_id = (SELECT group_id FROM layout_options WHERE field_id='fname' AND form_id='DEM');
 659 SET @backup_group_id = (SELECT group_id FROM layout_options WHERE field_id='lname' AND form_id='DEM');
 660 SET @seq = (SELECT MAX(seq) FROM layout_options WHERE group_id = IFNULL(@group_id,@backup_group_id) AND form_id='DEM');
 661 INSERT INTO `layout_options` (`form_id`,`field_id`,`group_id`,`title`,`seq`,`data_type`,`uor`,`fld_length`,`max_length`,`list_id`,`titlecols`,`datacols`,`default_value`,`edit_options`,`description`,`fld_rows`) VALUES ('DEM', 'birth_fname', IFNULL(@group_id,@backup_group_id), 'Birth Name', @seq+1, 2, 1, 10, 63, '', 1, 1, '', 'C', 'Birth First Name', 0);
 662 INSERT INTO `layout_options` (`form_id`,`field_id`,`group_id`,`title`,`seq`,`data_type`,`uor`,`fld_length`,`max_length`,`list_id`,`titlecols`,`datacols`,`default_value`,`edit_options`,`description`,`fld_rows`) VALUES ('DEM', 'birth_mname', IFNULL(@group_id,@backup_group_id), '', @seq+2, 2, 1, 2, 63, '', 0, 0, '', 'C', 'Birth Middle Name', 0);
 663 INSERT INTO `layout_options` (`form_id`,`field_id`,`group_id`,`title`,`seq`,`data_type`,`uor`,`fld_length`,`max_length`,`list_id`,`titlecols`,`datacols`,`default_value`,`edit_options`,`description`,`fld_rows`) VALUES ('DEM', 'birth_lname', IFNULL(@group_id,@backup_group_id), '', @seq+3, 2, 1, 10, 63, '', 0, 0, '', 'C', 'Birth Last Name', 0);
 664 #EndIf
 665
 666 #IfNotRow2D list_options list_id Clinical_Note_Type option_id evaluation_note
 667 INSERT INTO `list_options` (`list_id`, `option_id`, `title`, `seq`, `is_default`, `option_value`, `mapping`, `notes`, `codes`, `toggle_setting_1`, `toggle_setting_2`, `activity`, `subtype`, `edit_options`) VALUES ('Clinical_Note_Type','evaluation_note','Evaluation Note',5,0,0,'','LOINC:51848-0','',0,0,1,'',1);
 668 #EndIf
 669
 670 #IfNotRow2D list_options list_id Plan_of_Care_Type option_id goal
 671 INSERT INTO `list_options` (`list_id`, `option_id`, `title`, `seq`, `is_default`, `option_value`, `mapping`, `notes`, `codes`, `activity`, `toggle_setting_1`, `toggle_setting_2`, `subtype`) VALUES('Plan_of_Care_Type','goal','Goal','6','0','0','','GOL','','1','0','0','');
 672 #EndIf
 673
 674 #IfNotIndex audit_details audit_master_id
 675 CREATE INDEX `audit_master_id` ON `audit_details` (`audit_master_id`);
 676 #EndIf
 677
 678 #IfNotRow2D list_options list_id Plan_of_Care_Type option_id health_concern
 679 INSERT INTO `list_options` (`list_id`, `option_id`, `title`, `seq`, `is_default`, `option_value`, `mapping`, `notes`, `codes`, `activity`, `toggle_setting_1`, `toggle_setting_2`, `subtype`) VALUES('Plan_of_Care_Type','health_concern','Health Concern','7','0','0','','ACT','','1','0','0','');
 680 INSERT INTO `list_options` (`list_id`, `option_id`, `title`, `seq`, `is_default`, `option_value`, `mapping`, `notes`, `codes`, `activity`, `toggle_setting_1`, `toggle_setting_2`, `subtype`) VALUES('Plan_of_Care_Type','medication','Medication','8','0','0','','INT','','1','0','0','');
 681 #EndIf
 682
 683 #IfMissingColumn form_vitals oxygen_flow_rate
 684 ALTER TABLE `form_vitals` ADD `oxygen_flow_rate` FLOAT(5,2) NULL DEFAULT '0.00';
 685 #EndIf
 686
 687 #IfMissingColumn form_clinical_notes note_related_to
 688 ALTER TABLE `form_clinical_notes` ADD `note_related_to` TEXT COMMENT 'Reference to lists id for note relationships(json)';
 689 #EndIf
 690
 691 #IfMissingColumn form_care_plan note_related_to
 692 ALTER TABLE `form_care_plan` ADD `note_related_to` TEXT COMMENT 'Reference to lists id for note relationships(json)';
 693 #EndIf
 694
 695 #IfNotTable insurance_type_codes
 696 CREATE TABLE `insurance_type_codes` (
 697   `id` int(2) NOT NULL,
 698   `type` varchar(60) NOT NULL,
 699   `claim_type` text,
 700   PRIMARY KEY (`id`)
 701 ) ENGINE=InnoDB;
 702
 703 INSERT INTO insurance_type_codes(`id`,`type`,`claim_type`) VALUES ('1','Other HCFA','16');
 704 INSERT INTO insurance_type_codes(`id`,`type`,`claim_type`) VALUES ('2','Medicare Part B','MB');
 705 INSERT INTO insurance_type_codes(`id`,`type`,`claim_type`) VALUES ('3','Medicaid','MC');
 706 INSERT INTO insurance_type_codes(`id`,`type`,`claim_type`) VALUES ('4','ChampUSVA','CH');
 707 INSERT INTO insurance_type_codes(`id`,`type`,`claim_type`) VALUES ('5','ChampUS','CH');
 708 INSERT INTO insurance_type_codes(`id`,`type`,`claim_type`) VALUES ('6','Blue Cross Blue Shield','BL');
 709 INSERT INTO insurance_type_codes(`id`,`type`,`claim_type`) VALUES ('7','FECA','16');
 710 INSERT INTO insurance_type_codes(`id`,`type`,`claim_type`) VALUES ('8','Self Pay','09');
 711 INSERT INTO insurance_type_codes(`id`,`type`,`claim_type`) VALUES ('9','Central Certification','10');
 712 INSERT INTO insurance_type_codes(`id`,`type`,`claim_type`) VALUES ('10','Other Non-Federal Programs','11');
 713 INSERT INTO insurance_type_codes(`id`,`type`,`claim_type`) VALUES ('11','Preferred Provider Organization (PPO)','12');
 714 INSERT INTO insurance_type_codes(`id`,`type`,`claim_type`) VALUES ('12','Point of Service (POS)','13');
 715 INSERT INTO insurance_type_codes(`id`,`type`,`claim_type`) VALUES ('13','Exclusive Provider Organization (EPO)','14');
 716 INSERT INTO insurance_type_codes(`id`,`type`,`claim_type`) VALUES ('14','Indemnity Insurance','15');
 717 INSERT INTO insurance_type_codes(`id`,`type`,`claim_type`) VALUES ('15','Health Maintenance Organization (HMO) Medicare Risk','16');
 718 INSERT INTO insurance_type_codes(`id`,`type`,`claim_type`) VALUES ('16','Automobile Medical','AM');
 719 INSERT INTO insurance_type_codes(`id`,`type`,`claim_type`) VALUES ('17','Commercial Insurance Co.','CI');
 720 INSERT INTO insurance_type_codes(`id`,`type`,`claim_type`) VALUES ('18','Disability','DS');
 721 INSERT INTO insurance_type_codes(`id`,`type`,`claim_type`) VALUES ('19','Health Maintenance Organization','HM');
 722 INSERT INTO insurance_type_codes(`id`,`type`,`claim_type`) VALUES ('20','Liability','LI');
 723 INSERT INTO insurance_type_codes(`id`,`type`,`claim_type`) VALUES ('21','Liability Medical','LM');
 724 INSERT INTO insurance_type_codes(`id`,`type`,`claim_type`) VALUES ('22','Other Federal Program','OF');
 725 INSERT INTO insurance_type_codes(`id`,`type`,`claim_type`) VALUES ('23','Title V','TV');
 726 INSERT INTO insurance_type_codes(`id`,`type`,`claim_type`) VALUES ('24','Veterans Administration Plan','VA');
 727 INSERT INTO insurance_type_codes(`id`,`type`,`claim_type`) VALUES ('25','Workers Compensation Health Plan','WC');
 728 INSERT INTO insurance_type_codes(`id`,`type`,`claim_type`) VALUES ('26','Mutually Defined','ZZ');
 729 #EndIf
 730
 731 #IfNotColumnTypeDefault insurance_companies alt_cms_id varchar(15) NULL
 732 ALTER TABLE `insurance_companies` MODIFY `alt_cms_id` varchar(15) NULL;
 733 #EndIf
 734
 735 #IfMissingColumn form_vitals uuid
 736 ALTER TABLE `form_vitals` ADD `uuid` binary(16) DEFAULT NULL AFTER `id`;
 737 #EndIf
 738
 739 #IfNotIndex form_vitals uuid
 740 CREATE UNIQUE INDEX `uuid` ON `form_vitals` (`uuid`);
 741 #EndIf
 742
 743 #IfUuidNeedUpdate form_vitals
 744 #EndIf
 745
 746 #IfMissingColumn uuid_mapping resource_path
 747 ALTER TABLE `uuid_mapping` ADD `resource_path` VARCHAR(255) DEFAULT NULL;
 748 #EndIf
 749
 750 #IfMissingColumn form_vitals ped_weight_height
 751 ALTER TABLE `form_vitals` ADD `ped_weight_height` FLOAT(4,1) DEFAULT '0.00';
 752 #EndIf
 753
 754 #IfMissingColumn form_vitals ped_bmi
 755 ALTER TABLE `form_vitals` ADD `ped_bmi` FLOAT(4,1) DEFAULT '0.00';
 756 #EndIf
 757
 758 #IfMissingColumn form_vitals ped_head_circ
 759 ALTER TABLE `form_vitals` ADD `ped_head_circ` FLOAT(4,1) DEFAULT '0.00';
 760 #EndIf
 761
 762 #IfMissingColumn history_data uuid
 763 ALTER TABLE `history_data` ADD `uuid` binary(16) DEFAULT NULL AFTER `id`;
 764 #EndIf
 765
 766 #IfNotIndex history_data uuid
 767 CREATE UNIQUE INDEX `uuid` ON `history_data` (`uuid`);
 768 #EndIf
 769
 770 #IfUuidNeedUpdate history_data
 771 #EndIf
 772
 773 #IfMissingColumn form_clinical_notes form_id
 774 ALTER TABLE `form_clinical_notes` CHANGE `id` `form_id` bigint(20) NOT NULL;
 775 ALTER TABLE `form_clinical_notes` ADD COLUMN `id` bigint(20) NOT NULL AUTO_INCREMENT PRIMARY KEY FIRST;
 776 #EndIf
 777
 778 #IfMissingColumn form_clinical_notes uuid
 779 ALTER TABLE `form_clinical_notes` ADD `uuid` binary(16) DEFAULT NULL AFTER `id`;
 780 #EndIf
 781
 782 #IfNotIndex form_clinical_notes uuid
 783 CREATE UNIQUE INDEX `uuid` ON `form_clinical_notes` (`uuid`);
 784 #EndIf
 785
 786 #IfUuidNeedUpdate form_clinical_notes
 787 #EndIf
 788
 789 #IfMissingColumn documents uuid
 790 ALTER TABLE `documents` ADD `uuid` binary(16) DEFAULT NULL AFTER `id`;
 791 #EndIf
 792
 793 #IfNotIndex documents uuid
 794 CREATE UNIQUE INDEX `uuid` ON `documents` (`uuid`);
 795 #EndIf
 796
 797 #IfUuidNeedUpdate documents
 798 #EndIf
 799
 800 #IfNotRow list_options list_id Clinical_Note_Category
 801 INSERT INTO `list_options` (`list_id`, `option_id`, `title`, `seq`, `is_default`, `option_value`, `mapping`
 802     , `notes`, `codes`, `toggle_setting_1`, `toggle_setting_2`, `activity`, `subtype`, `edit_options`)
 803 VALUES
 804        ('lists','Clinical_Note_Category','Clinical Note Category',1,0,0,'','',0,0,0,1,'',1);
 805 INSERT INTO `list_options`(`list_id`, `option_id`, `title`, `seq`, `is_default`, `option_value`, `mapping`
 806     , `notes`, `codes`, `toggle_setting_1`, `toggle_setting_2`, `activity`, `subtype`, `edit_options`, `timestamp`)
 807 VALUES
 808     ('Clinical_Note_Category','cardiology','Cardiology',10,0,0,'','LOINC:LP29708-2',0,0,0,1,'',1,NOW()),
 809     ('Clinical_Note_Category','pathology','Pathology',20,0,0,'','LOINC:LP7839-6',0,0,0,1,'',1,NOW()),
 810     ('Clinical_Note_Category','radiology','Radiology',30,0,0,'','LOINC:LP29684-5',0,0,0,1,'',1,NOW());
 811 #EndIf
 812
 813 #IfMissingColumn form_clinical_notes clinical_notes_category
 814 ALTER TABLE `form_clinical_notes` ADD COLUMN `clinical_notes_category` varchar(100) DEFAULT NULL;
 815 #EndIf
 816
 817
 818 #IfRow3D list_options list_id Clinical_Note_Type option_id consultation_note notes LOINC:11488-4
 819 UPDATE `list_options` SET notes="LOINC:11488-4" WHERE list_id="Clinical_Note_Type" AND option_id="consultation_note" AND notes="LOINC:81222-2";
 820 #EndIf
 821
 822 #IfMissingColumn procedure_report uuid
 823 ALTER TABLE `procedure_report` ADD `uuid` binary(16) DEFAULT NULL AFTER `procedure_report_id`;
 824 #EndIf
 825
 826 #IfNotIndex procedure_report uuid
 827 CREATE UNIQUE INDEX `uuid` ON `procedure_report` (`uuid`);
 828 #EndIf
 829
 830 #IfUuidNeedUpdate procedure_report
 831 #EndIf
 832
 833 #IfMissingColumn procedure_providers uuid
 834 ALTER TABLE `procedure_providers` ADD `uuid` binary(16) DEFAULT NULL AFTER `ppid`;
 835 #EndIf
 836
 837 #IfNotIndex procedure_providers uuid
 838 CREATE UNIQUE INDEX `uuid` ON `procedure_providers` (`uuid`);
 839 #EndIf
 840
 841 #IfUuidNeedUpdate procedure_providers
 842 #EndIf
 843
 844 #IfMissingColumn patient_data dupscore
 845 ALTER TABLE `patient_data` ADD COLUMN `dupscore` INT NOT NULL default -9;
 846 #EndIf
 847
 848 #IfMissingColumn procedure_type procedure_type_name
 849 ALTER TABLE `procedure_type` ADD `procedure_type_name` VARCHAR(64) NULL;
 850 #EndIf
 851
 852 #IfNotIndex external_procedures ep_pid
 853 CREATE INDEX `ep_pid` ON `external_procedures` (`ep_pid`);
 854 #EndIf
 855
 856 #IfNotIndex users abook_type
 857 CREATE INDEX `abook_type` ON `users` (`abook_type`);
 858 #EndIf
 859
 860
 861 #IfNotIndex procedure_type ptype_procedure_code
 862 ALTER TABLE `procedure_type` ADD INDEX `ptype_procedure_code`(`procedure_code`);
 863 #EndIf
 864
 865 #IfNotTable form_vital_details
 866 CREATE TABLE `form_vital_details` (
 867 `id` bigint(20) NOT NULL AUTO_INCREMENT,
 868 `form_id` bigint(20) NOT NULL COMMENT 'FK to vital_forms.id',
 869 `vitals_column` varchar(64) NOT NULL COMMENT 'Column name from form_vitals',
 870 `interpretation_list_id` varchar(100) DEFAULT NULL COMMENT 'FK to list_options.list_id for observation_interpretation',
 871 `interpretation_option_id` varchar(100) DEFAULT NULL COMMENT 'FK to list_options.option_id for observation_interpretation',
 872 `interpretation_codes` varchar(255) DEFAULT NULL COMMENT 'Archived original codes value from list_options observation_interpretation',
 873 `interpretation_title` varchar(255) DEFAULT NULL COMMENT 'Archived original title value from list_options observation_interpretation',
 874 PRIMARY KEY (`id`),
 875 KEY `fk_form_id` (`form_id`),
 876 KEY `fk_list_options_id` (`interpretation_list_id`, `interpretation_option_id`)
 877 ) ENGINE=InnoDB COMMENT='Detailed information of each vital_forms observation column';
 878 #EndIf
 879
 880 #IfNotRow2D list_options list_id lists option_id vitals-interpretation
 881 INSERT INTO list_options (list_id,option_id,title, seq, is_default, option_value) VALUES ('lists','vitals-interpretation','Observation Interpretation',0, 1, 0);
 882 INSERT INTO list_options (list_id,option_id,title,seq,is_default,activity) VALUES ('vitals-interpretation','N','Normal',10,0,1);
 883 INSERT INTO list_options (list_id,option_id,title,seq,is_default,activity) VALUES ('vitals-interpretation','H','High',20,0,1);
 884 INSERT INTO list_options (list_id,option_id,title,seq,is_default,activity) VALUES ('vitals-interpretation','L','Low',30,0,1);
 885 INSERT INTO list_options (list_id,option_id,title,seq,is_default,activity) VALUES ('vitals-interpretation','A','Abnormal',40,0,1);
 886 INSERT INTO list_options (list_id,option_id,title,seq,is_default,activity) VALUES ('vitals-interpretation','AA','Critical abnormal',50,0,1);
 887 INSERT INTO list_options (list_id,option_id,title,seq,is_default,activity) VALUES ('vitals-interpretation','HH','Critical high',60,0,1);
 888 INSERT INTO list_options (list_id,option_id,title,seq,is_default,activity) VALUES ('vitals-interpretation','LL','Critical low',70,0,1);
 889 INSERT INTO list_options (list_id,option_id,title,seq,is_default,activity) VALUES ('vitals-interpretation','HU','Significantly high',80,0,1);
 890 INSERT INTO list_options (list_id,option_id,title,seq,is_default,activity) VALUES ('vitals-interpretation','LU','Significantly low',90,0,1);
 891 #EndIf
 892
 893
 894 #IfMappingUuidNeedUpdate
 895 #EndIf
 896
 897 #IfRow2D list_options list_id page_validation option_id messages#new_note
 898 UPDATE `list_options` SET `notes` = '{"form_datetime":{"futureDate":{"message": "Must be future date"}}, "reply_to":{"presence": {"message": "Please choose a patient"}}, "note":{"presence": {"message": "Please enter a note"}}}' where option_id = 'messages#new_note';
 899 #EndIf