library/standard_tables_capture.inc

   1 <?php
   2 /**
   3  * This library contains functions that implement the database load processing
   4  * of external database files into openEMR
   5  *
   6  * Copyright (C) 2011 Phyaura, LLC <info@phyaura.com>
   7  *
   8  * LICENSE: This program is free software; you can redistribute it and/or
   9  * modify it under the terms of the GNU General Public License
  10  * as published by the Free Software Foundation; either version 2
  11  * of the License, or (at your option) any later version.
  12  * This program is distributed in the hope that it will be useful,
  13  * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
  14  * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE. See the
  15  * GNU General Public License for more details.
  16  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  17  * along with this program. If not, see <http://opensource.org/licenses/gpl-license.php>;.
  18  *
  19  * @package OpenEMR
  20  * @author  Rohit Kumar <pandit.rohit@netsity.com>
  21  * @author  (Mac) Kevin McAloon <mcaloon@patienthealthcareanalytics.com>
  22  * @author  Brady Miller <brady.g.miller@gmail.com>
  23  * @link    http://www.open-emr.org
  24  */
  25
  26
  27 // Function to copy a package to temp
  28 // $type (RXNORM, SNOMED etc.)
  29 function temp_copy($filename,$type) {
  30
  31     if(!file_exists($filename)) {
  32         return false;
  33     }
  34
  35     if(!file_exists($GLOBALS['temporary_files_dir']."/".$type)) {
  36         if(!mkdir($GLOBALS['temporary_files_dir']."/".$type, 0777, true)) {
  37                 return false;
  38         }
  39     }
  40
  41     if(copy($filename,$GLOBALS['temporary_files_dir']."/".$type."/".basename($filename))) {
  42         return true;
  43     }
  44     else {
  45         return false;
  46     }
  47 }
  48
  49 // Function to unarchive a package
  50 // $type (RXNORM, SNOMED etc.)
  51 function temp_unarchive($filename,$type) {
  52     $filename = $GLOBALS['temporary_files_dir']."/".$type."/".basename($filename);
  53     if(!file_exists($filename)) {
  54         return false;
  55     }
  56     else {
  57
  58         // let's uzip the file
  59         // use checksums to determine the "version"
  60         //
  61         $zip = new ZipArchive;
  62         if ($zip->open($filename) === TRUE) {
  63             if (!($zip->extractTo($GLOBALS['temporary_files_dir']."/".$type))) {
  64                 return false;
  65             }
  66             $zip->close();
  67             return true;
  68         }
  69         else {
  70             return false;
  71         }
  72     }
  73 }
  74
  75 // Function to import the RXNORM tables
  76 // $is_windows_flag - pass the IS_WINDOWS constant
  77 function rxnorm_import($is_windows_flag) {
  78
  79     // set paths
  80     $dirScripts = $GLOBALS['temporary_files_dir']."/RXNORM/scripts/mysql";
  81     $dir = $GLOBALS['temporary_files_dir']."/RXNORM/rrf";
  82     $dir=str_replace('\\','/',$dir);
  83
  84     $rx_info = array();
  85     $rx_info['rxnatomarchive'] = array('title' => "Archive Data", 'dir' => "$dir", 'origin' => "RXNATOMARCHIVE.RRF", 'filename' => "RXNATOMARCHIVE.RRF", 'table' => "rxnatomarchive", 'required' => 0);
  86     $rx_info['rxnconso'] = array('title' => "Concept Names and Sources", 'dir' => "$dir", 'origin' => "RXNCONSO.RRF", 'filename' => "RXNCONSO.RRF", 'table' => "rxnconso",  'required' => 1);
  87     $rx_info['rxncui'] = array('title' => "Retired RXCUI Data", 'dir' => "$dir", 'origin' => "RXNCUI.RRF", 'filename' => "RXNCUI.RRF", 'table' => "rxncui", 'required' => 1);
  88     $rx_info['rxncuichanges'] = array('title' => "Concept Changes", 'dir' => "$dir", 'origin' => "RXNCUICHANGES.RRF", 'filename' => "RXNCUICHANGES.RRF", 'table' => "rxncuichanges", 'required' => 1);
  89     $rx_info['rxndoc'] = array('title' => "Documentation for Abbreviated Values", 'dir' => "$dir", 'origin' => "RXNDOC.RRF", 'filename' => "RXNDOC.RRF", 'table' => "rxndoc", 'required' => 1);
  90     $rx_info['rxnrel'] = array('title' => "Relationships", 'dir' => "$dir", 'origin' => "RXNREL.RRF", 'filename' => "RXNREL.RRF", 'table' => "rxnrel", 'required' => 1);
  91     $rx_info['rxnsab'] = array('title' => "Source Information", 'dir' => "$dir", 'origin' => "RXNSAB.RRF", 'filename' => "RXNSAB.RRF", 'table' => "rxnsab", 'required' => 0);
  92     $rx_info['rxnsat'] = array('title' => "Simple Concept and Atom Attributes", 'dir' => "$dir", 'origin' => "RXNSAT.RRF", 'filename' => "RXNSAT.RRF", 'table' => "rxnsat", 'required' => 0);
  93     $rx_info['rxnsty'] = array('title' => "Semantic Types ", 'dir' => "$dir", 'origin' => "RXNSTY.RRF", 'filename' => "RXNSTY.RRF", 'table' => "rxnsty", 'required' => 1);
  94
  95     // load scripts
  96     $file_load = file_get_contents($dirScripts.'/Table_scripts_mysql_rxn.sql', true);
  97     if ($is_windows_flag) {
  98         $data_load = file_get_contents($dirScripts.'/Load_scripts_mysql_rxn_win.sql', true);
  99     }
 100     else {
 101         $data_load = file_get_contents($dirScripts.'/Load_scripts_mysql_rxn_unix.sql', true);
 102     }
 103     $indexes_load = file_get_contents($dirScripts.'/Indexes_mysql_rxn.sql', true);
 104
 105     //
 106     // Creating the structure for table and applying indexes
 107     //
 108
 109     $file_array=explode(";",$file_load);
 110     foreach($file_array as $val){
 111         if(trim($val)!='')
 112         {
 113             sqlStatementNoLog($val);
 114         }
 115     }
 116
 117     $indexes_array=explode(";",$indexes_load);
 118
 119     foreach($indexes_array as $val1){
 120         if(trim($val1)!='')
 121         {
 122             sqlStatementNoLog($val1);
 123         }
 124     }
 125
 126
 127     // Settings to drastically speed up import with InnoDB
 128     sqlStatementNoLog("SET autocommit=0");
 129     sqlStatementNoLog("START TRANSACTION");
 130     $data=explode(";",$data_load);
 131     foreach($data as $val)
 132     {
 133         foreach($rx_info as $key => $value)
 134         {
 135             $file_name= $value['origin'];
 136             $replacement=$dir."/".$file_name;
 137
 138             $pattern='/'.$file_name.'/';
 139             if(strpos($val,$file_name) !== false) {
 140                 $val1 = str_replace($file_name,$replacement,$val);
 141                 if(trim($val1)!='') {
 142                     sqlStatementNoLog($val1);
 143                 }
 144             }
 145         }
 146     }
 147     // Settings to drastically speed up import with InnoDB
 148     sqlStatementNoLog("COMMIT");
 149     sqlStatementNoLog("SET autocommit=1");
 150
 151     return true;
 152 }
 153
 154 // Function to import SNOMED tables
 155 function snomed_import($us_extension=FALSE) {
 156
 157     // set up array
 158     $table_array_for_snomed=array(
 159         "sct_concepts_drop"=>"DROP TABLE IF EXISTS `sct_concepts`",
 160         "sct_concepts_structure"=>"CREATE TABLE IF NOT EXISTS `sct_concepts` (
 161             `ConceptId` bigint(20) NOT NULL,
 162             `ConceptStatus` int(11) NOT NULL,
 163             `FullySpecifiedName` varchar(255) NOT NULL,
 164             `CTV3ID` varchar(5) NOT NULL,
 165             `SNOMEDID` varchar(8) NOT NULL,
 166             `IsPrimitive` tinyint(1) NOT NULL,
 167             PRIMARY KEY (`ConceptId`)
 168             ) ENGINE=InnoDB",
 169         "sct_descriptions_drop"=>"DROP TABLE IF EXISTS `sct_descriptions`",
 170         "sct_descriptions_structure"=>"CREATE TABLE IF NOT EXISTS `sct_descriptions` (
 171             `DescriptionId` bigint(20) NOT NULL,
 172             `DescriptionStatus` int(11) NOT NULL,
 173             `ConceptId` bigint(20) NOT NULL,
 174             `Term` varchar(255) NOT NULL,
 175             `InitialCapitalStatus` tinyint(1) NOT NULL,
 176             `DescriptionType` int(11) NOT NULL,
 177             `LanguageCode` varchar(8) NOT NULL,
 178             PRIMARY KEY (`DescriptionId`)
 179             ) ENGINE=InnoDB",
 180         "sct_relationships_drop"=>"DROP TABLE IF EXISTS `sct_relationships`",
 181         "sct_relationships_structure"=>"CREATE TABLE IF NOT EXISTS `sct_relationships` (
 182             `RelationshipId` bigint(20) NOT NULL,
 183             `ConceptId1` bigint(20) NOT NULL,
 184             `RelationshipType` bigint(20) NOT NULL,
 185             `ConceptId2` bigint(20) NOT NULL,
 186             `CharacteristicType` int(11) NOT NULL,
 187             `Refinability` int(11) NOT NULL,
 188             `RelationshipGroup` int(11) NOT NULL,
 189             PRIMARY KEY (`RelationshipId`)
 190             ) ENGINE=InnoDB"
 191 );
 192
 193     // set up paths
 194     $dir_snomed = $GLOBALS['temporary_files_dir']."/SNOMED/";
 195     $sub_path="Terminology/Content/";
 196     $dir=$dir_snomed;
 197     $dir=str_replace('\\','/',$dir);
 198
 199     // executing the create statement for tables, these are defined in snomed_capture.inc file
 200     // this is skipped if the US extension is being added
 201     if (!$us_extension) {
 202         foreach($table_array_for_snomed as $val){
 203             if(trim($val)!=''){
 204                 sqlStatement($val);
 205             }
 206         }
 207     }
 208
 209     // reading the SNOMED directory and identifying the files to import and replacing the variables by originals values.
 210     if( is_dir($dir) && $handle = opendir($dir)) {
 211         while (false !== ($filename = readdir($handle))) {
 212             if ($filename != "." && $filename != ".." && !strpos($filename,"zip")) {
 213                 $path=$dir."".$filename."/".$sub_path;
 214                 if (!(is_dir($path))) {
 215                     $path=$dir."".$filename."/RF1Release/".$sub_path;
 216                 }
 217                 if( is_dir($path) && $handle1 = opendir($path)) {
 218                     while (false !== ($filename1 = readdir($handle1))) {
 219                         $load_script="Load data local infile '#FILENAME#' into table #TABLE# fields terminated by '\\t' ESCAPED BY '' lines terminated by '\\n' ignore 1 lines   ";
 220                         $array_replace=array("#FILENAME#","#TABLE#");
 221                         if ($filename1 != "." && $filename1 != "..") {
 222                             $file_replace=$path.$filename1;
 223                             if(strpos($filename1,"Concepts") !== false){
 224                                 $new_str=str_replace($array_replace,array($file_replace,"sct_concepts"),$load_script);
 225                             }
 226                             if(strpos($filename1,"Descriptions") !== false){
 227                                 $new_str=str_replace($array_replace,array($file_replace,"sct_descriptions"),$load_script);
 228                             }
 229                             if(strpos($filename1,"Relationships") !== false){
 230                                 $new_str=str_replace($array_replace,array($file_replace,"sct_relationships"),$load_script);
 231                             }
 232                             if($new_str!=''){
 233                                 sqlStatement($new_str);
 234                             }
 235                         }
 236                     }
 237                 }
 238                 closedir($handle1);
 239             }
 240         }
 241         closedir($handle);
 242     }
 243     return true;
 244 }
 245
 246 // Function to import ICD tables $type differentiates ICD 9, 10 and eventually 11 (circa 2018 :-) etc.
 247 //
 248 function icd_import($type) {
 249
 250     // set up paths
 251     $dir_icd = $GLOBALS['temporary_files_dir']."/".$type."/";
 252     $dir=str_replace('\\','/',$dir_icd);
 253     $db_load = '';
 254     $db_update = '';
 255
 256     // the incoming array is a metadata array containing keys that substr match to the incoming filename
 257     // followed by the field name, position and length of each fixed length text record in the incoming
 258     // flat files. There are separate definitions for ICD 9 and 10 based on the type passed in
 259     $incoming = array();
 260     if ($type == 'ICD9') {
 261         $incoming['SHORT_DX'] = array('#TABLENAME#' => "icd9_dx_code",
 262                 '#FLD1#' => "dx_code", '#POS1#' => 1, '#LEN1#' => 5,
 263                 '#FLD2#' => "short_desc", '#POS2#' => 7, '#LEN2#' => 60);
 264         $incoming['SHORT_SG'] = array('#TABLENAME#' => "icd9_sg_code",
 265                 '#FLD1#' => "sg_code", '#POS1#' => 1, '#LEN1#' => 4,
 266                 '#FLD2#' => "short_desc", '#POS2#' => 6, '#LEN2#' => 60);
 267         $incoming['LONG_SG'] = array('#TABLENAME#' => "icd9_sg_long_code",
 268                 '#FLD1#' => "sg_code", '#POS1#' => 1, '#LEN1#' => 4,
 269                 '#FLD2#' => "long_desc", '#POS2#' => 6, '#LEN2#' => 300);
 270         $incoming['LONG_DX'] = array('#TABLENAME#' => "icd9_dx_long_code",
 271                 '#FLD1#' => "dx_code", '#POS1#' => 1, '#LEN1#' => 5,
 272                 '#FLD2#' => "long_desc", '#POS2#' => 7, '#LEN2#' => 300);
 273     } else {
 274
 275         $incoming['icd10pcs_order_'] = array('#TABLENAME#' => "icd10_pcs_order_code",
 276                 '#FLD1#' => "pcs_code", '#POS1#' => 7, '#LEN1#' => 7,
 277                 '#FLD2#' => "valid_for_coding", '#POS2#' => 15, '#LEN2#' => 1,
 278                 '#FLD3#' => "short_desc", '#POS3#' => 17, '#LEN3#' => 60,
 279                 '#FLD4#' => "long_desc", '#POS4#' => 78, '#LEN4#' => 300);
 280         $incoming['icd10cm_order_'] = array('#TABLENAME#' => "icd10_dx_order_code",
 281                 '#FLD1#' => "dx_code", '#POS1#' =>7, '#LEN1#' => 7,
 282                 '#FLD2#' => "valid_for_coding", '#POS2#' => 15, '#LEN2#' => 1,
 283                 '#FLD3#' => "short_desc", '#POS3#' => 17, '#LEN3#' => 60,
 284                 '#FLD4#' => "long_desc", '#POS4#' => 78, '#LEN4#' => 300);
 285         $incoming['reimb_map_pr_'] = array('#TABLENAME#' => "icd10_reimbr_pcs_9_10",
 286                 '#FLD1#' => "code", '#POS1#' => 1, '#LEN1#' => 7,
 287                 '#FLD2#' => "code_cnt", '#POS2#' => 9, '#LEN2#' => 1,
 288                 '#FLD3#' => "ICD9_01", '#POS3#' => 11, '#LEN3#' => 5,
 289                 '#FLD4#' => "ICD9_02", '#POS4#' => 17, '#LEN4#' => 5,
 290                 '#FLD5#' => "ICD9_03", '#POS5#' => 23, '#LEN5#' => 5,
 291                 '#FLD6#' => "ICD9_04", '#POS6#' => 29, '#LEN6#' => 5,
 292                 '#FLD7#' => "ICD9_05", '#POS7#' => 35, '#LEN7#' => 5,
 293                 '#FLD8#' => "ICD9_06", '#POS8#' => 41, '#LEN8#' => 5);
 294         $incoming['reimb_map_dx_'] = array('#TABLENAME#' => "icd10_reimbr_dx_9_10",
 295                 '#FLD1#' => "code", '#POS1#' => 1, '#LEN1#' => 7,
 296                 '#FLD2#' => "code_cnt", '#POS2#' => 9, '#LEN2#' => 1,
 297                 '#FLD3#' => "ICD9_01", '#POS3#' => 11, '#LEN3#' => 5,
 298                 '#FLD4#' => "ICD9_02", '#POS4#' => 17, '#LEN4#' => 5,
 299                 '#FLD5#' => "ICD9_03", '#POS5#' => 23, '#LEN5#' => 5,
 300                 '#FLD6#' => "ICD9_04", '#POS6#' => 29, '#LEN6#' => 5,
 301                 '#FLD7#' => "ICD9_05", '#POS7#' => 35, '#LEN7#' => 5,
 302                 '#FLD8#' => "ICD9_06", '#POS8#' => 41, '#LEN8#' => 5);
 303         $incoming['I10gem'] = array('#TABLENAME#' => "icd10_gem_dx_10_9",
 304                 '#FLD1#' => "dx_icd10_source", '#POS1#' => 1, '#LEN1#' => 7,
 305                 '#FLD2#' => "dx_icd9_target", '#POS2#' => 9, '#LEN2#' => 5,
 306                 '#FLD3#' => "flags", '#POS3#' => 15, '#LEN3#' => 5);
 307         $incoming['I9gem'] = array('#TABLENAME#' => "icd10_gem_dx_9_10",
 308                 '#FLD1#' => "dx_icd9_source", '#POS1#' => 1, '#LEN1#' => 5,
 309                 '#FLD2#' => "dx_icd10_target", '#POS2#' => 7, '#LEN2#' => 7,
 310                 '#FLD3#' => "flags", '#POS3#' => 15, '#LEN3#' => 5);
 311         $incoming['gem_pcsi9'] = array('#TABLENAME#' => "icd10_gem_pcs_10_9",
 312                 '#FLD1#' => "pcs_icd10_source", '#POS1#' => 1, '#LEN1#' => 7,
 313                 '#FLD2#' => "pcs_icd9_target", '#POS2#' => 9, '#LEN2#' => 5,
 314                 '#FLD3#' => "flags", '#POS3#' => 15, '#LEN3#' => 5);
 315         $incoming['gem_i9pcs'] = array('#TABLENAME#' => "icd10_gem_pcs_9_10",
 316                 '#FLD1#' => "pcs_icd9_source", '#POS1#' => 1, '#LEN1#' => 5,
 317                 '#FLD2#' => "pcs_icd10_target", '#POS2#' => 7, '#LEN2#' => 7,
 318                 '#FLD3#' => "flags", '#POS3#' => 15, '#LEN3#' => 5);
 319     }
 320
 321     // set up the start of the load script to be appended from the incoming array defined above where incoming
 322     // file matches
 323     $db_load = "LOAD DATA LOCAL INFILE '#INFILE#' INTO TABLE #TABLENAME# FIELDS TERMINATED BY '\0' (@var) SET revision = 0, ";
 324     $col_template = "#FLD# = trim(Substring(@var, #POS#, #LEN#))";
 325
 326     // load all data and set active revision
 327     if( is_dir($dir) && $handle = opendir($dir)) {
 328         while (false !== ($filename = readdir($handle))) {
 329             // bypass unwanted entries
 330             if (!stripos($filename, ".txt") || stripos($filename,"diff") || stripos($filename, "addenda")) {
 331                 continue;
 332             }
 333
 334             // reset the sql load command and susbtitute the filename
 335             $run_sql = $db_load;
 336             $run_sql = str_replace("#INFILE#", $dir . $filename, $run_sql);
 337             $keys = array_keys($incoming);
 338             while ($this_key = array_pop($keys)) {
 339                 if (stripos($filename, $this_key) !== false) {
 340
 341                     // now substitute the tablename
 342                     $run_sql = str_replace("#TABLENAME#", $incoming[$this_key]['#TABLENAME#'], $run_sql);
 343
 344                     // the range defines the maximum number of fields contained
 345                     // in any of the incoming files
 346                     foreach(range(1, 8) as $field) {
 347                         $fld = "#FLD" . $field . "#";
 348                         $nxtfld = "#FLD" . ($field+1) . "#";
 349                         $pos = "#POS" . $field . "#";
 350                         $len = "#LEN" . $field . "#";
 351
 352                         // concat this fields template in the sql string
 353                         $run_sql .= $col_template;
 354                         $run_sql = str_replace("#FLD#", $incoming[$this_key][$fld], $run_sql);
 355                         $run_sql = str_replace("#POS#", $incoming[$this_key][$pos], $run_sql);
 356                         $run_sql = str_replace("#LEN#", $incoming[$this_key][$len], $run_sql);
 357                         // at the end of this table's field list
 358                         if (!array_key_exists($nxtfld, $incoming[$this_key])) {
 359                             break;
 360                         }
 361                         $run_sql .= ",";
 362                     }
 363                     sqlStatement($run_sql);
 364
 365                     // now update the revision for this load
 366                     $res = sqlStatement("SELECT max(revision) rev FROM " . $incoming[$this_key]['#TABLENAME#']);
 367                     $row = sqlFetchArray($res);
 368                     $next_rev = $row['rev'] + 1;
 369                     $run_sql = "UPDATE " . $incoming[$this_key]['#TABLENAME#'] . " SET active = 0";
 370                     sqlQuery($run_sql);
 371                     $run_sql = "UPDATE " . $incoming[$this_key]['#TABLENAME#'] . " SET active = 1, revision = ? WHERE revision = 0";
 372                     sqlQuery($run_sql, array($next_rev) );
 373                     break;
 374                 }
 375             }
 376         }
 377         closedir($handle);
 378     }
 379     else {
 380         echo htmlspecialchars( xl('ERROR: No ICD import directory.'), ENT_NOQUOTES)."<br>";
 381         return;
 382     }
 383
 384     // now update the tables where necessary
 385     if ($type == 'ICD9') {
 386         sqlStatement("update `icd9_dx_code` SET formatted_dx_code = dx_code");
 387         sqlStatement("update `icd9_dx_code` SET formatted_dx_code = concat(concat(left(dx_code, 3), '.'), substr(dx_code, 4)) WHERE dx_code RLIKE '^[V0-9]{1}.*' AND LENGTH(dx_code) > 3");
 388         sqlStatement("update `icd9_dx_code` SET formatted_dx_code = concat(concat(left(dx_code, 4), '.'), substr(dx_code, 5)) WHERE dx_code RLIKE '^[E]{1}.*' AND LENGTH(dx_code) > 4");
 389         sqlStatement("update `icd9_sg_code` SET formatted_sg_code = concat(concat(left(sg_code, 2), '.'), substr(sg_code, 3))");
 390         sqlStatement("update `icd9_dx_code` A, `icd9_dx_long_code` B set A.long_desc = B.long_desc where A.dx_code = B.dx_code and A.active = 1 and A.long_desc is NULL");
 391         sqlStatement("update `icd9_sg_code` A, `icd9_sg_long_code` B set A.long_desc = B.long_desc where A.sg_code = B.sg_code and A.active = 1 and A.long_desc is NULL");
 392     }
 393     else { // ICD 10
 394         sqlStatement("update `icd10_dx_order_code` SET formatted_dx_code = dx_code");
 395         sqlStatement("update `icd10_dx_order_code` SET formatted_dx_code = concat(concat(left(dx_code, 3), '.'), substr(dx_code, 4)) WHERE LENGTH(dx_code) > 3");
 396     }
 397
 398     return true;
 399 }
 400
 401 function valueset_import($type){
 402         $dir_valueset = $GLOBALS['temporary_files_dir']."/".$type."/";
 403         $dir = str_replace('\\','/',$dir_valueset);
 404
 405         // Settings to drastically speed up import with InnoDB
 406         sqlStatementNoLog("SET autocommit=0");
 407         sqlStatementNoLog("START TRANSACTION");
 408         if( is_dir($dir) && $handle = opendir($dir)) {
 409                 while (false !== ($filename = readdir($handle))) {
 410                         if(stripos($filename, ".xml")){
 411                                         $abs_path = $dir.$filename;
 412                                         $xml  = simplexml_load_file($abs_path,null,null,'ns0',true);
 413                                         foreach($xml->DescribedValueSet as $vset){
 414                                                 $vset_attr = $vset->attributes();
 415                                                 $nqf = $vset->xpath('ns0:Group[@displayName="NQF Number"]/ns0:Keyword');
 416                                                 foreach($vset->ConceptList as $cp){
 417                                                 foreach($nqf as $nqf_code){
 418                                                         foreach($cp->Concept as $con){
 419                                                                 $con_attr = $con->attributes();
 420                                                                 sqlStatementNoLog("INSERT INTO valueset values(?,?,?,?,?,?,?) on DUPLICATE KEY UPDATE code_system = values(code_system),description = values(description),valueset_name = values(valueset_name)",array($nqf_code,$con_attr->code,$con_attr->codeSystem,$con_attr->codeSystemName,$vset_attr->ID,$con_attr->displayName,$vset_attr->displayName));
 421                                                         }
 422                                                 }
 423                                                 }
 424                                         }
 425
 426                                 sqlStatementNoLog("UPDATE valueset set code_type='SNOMED CT' where code_type='SNOMEDCT'");
 427                                 sqlStatementNoLog("UPDATE valueset set code_type='ICD9' where code_type='ICD9CM'");
 428                                 sqlStatementNoLog("UPDATE valueset set code_type='ICD10' where code_type='ICD10CM'");
 429                         }
 430                 }
 431         }
 432
 433         // Settings to drastically speed up import with InnoDB
 434         sqlStatementNoLog("COMMIT");
 435         sqlStatementNoLog("SET autocommit=1");
 436         return true;
 437 }
 438
 439 // Function to clean up temp files
 440 // $type (RXNORM etc.)
 441 function temp_dir_cleanup($type) {
 442     if(is_dir($GLOBALS['temporary_files_dir']."/".$type)) {
 443         rmdir_recursive($GLOBALS['temporary_files_dir']."/".$type);
 444     }
 445 }
 446
 447 // Function to update version tracker table if successful
 448 // $type (RXNORM etc.)
 449 function update_tracker_table($type,$revision,$version,$file_checksum) {
 450     if ($type == 'RXNORM') {
 451         sqlStatement("INSERT INTO `standardized_tables_track` (`imported_date`,`name`,`revision_date`, `revision_version`, `file_checksum`) VALUES (NOW(),'RXNORM',?,?,?)", array($revision, $version, $file_checksum) );
 452         return true;
 453     }
 454     else if ($type == 'SNOMED') {
 455         sqlStatement("INSERT INTO `standardized_tables_track` (`imported_date`,`name`,`revision_date`, `revision_version`, `file_checksum`) VALUES (NOW(),'SNOMED',?,?,?)", array($revision, $version, $file_checksum) );
 456         return true;
 457     }
 458     else if ($type == 'ICD9') {
 459         sqlStatement("INSERT INTO `standardized_tables_track` (`imported_date`,`name`,`revision_date`, `revision_version`, `file_checksum`) VALUES (NOW(),'ICD9',?,?,?)", array($revision, $version, $file_checksum) );
 460         return true;
 461     }
 462     else if($type == 'CQM_VALUESET'){
 463         sqlStatement("INSERT INTO `standardized_tables_track` (`imported_date`,`name`,`revision_date`, `revision_version`, `file_checksum`) VALUES (NOW(),'CQM_VALUESET',?,?,?)", array($revision, $version, $file_checksum) );
 464         return true;
 465     }
 466     else { // $type == 'ICD10')
 467         sqlStatement("INSERT INTO `standardized_tables_track` (`imported_date`,`name`,`revision_date`, `revision_version`, `file_checksum`) VALUES (NOW(),'ICD10',?,?,?)", array($revision, $version, $file_checksum) );
 468         return true;
 469     }
 470     return false;
 471 }
 472
 473 // Function to delete an entire directory
 474 function rmdir_recursive($dir) {
 475     $files = scandir($dir);
 476     array_shift($files);    // remove '.' from array
 477     array_shift($files);    // remove '..' from array
 478
 479     foreach ($files as $file) {
 480         $file = $dir . '/' . $file;
 481         if (is_dir($file)) {
 482             rmdir_recursive($file);
 483             continue;
 484         }
 485         unlink($file);
 486     }
 487     rmdir($dir);
 488 }
 489
 490 // function to cleanup temp, copy and unarchive the zip file
 491 function handle_zip_file($mode, $file) {
 492         // 1. copy the file to temp directory
 493         if (!temp_copy($file,$mode)) {
 494             echo htmlspecialchars( xl('ERROR: Unable to copy the file.'), ENT_NOQUOTES)."<br>";
 495             temp_dir_cleanup($mode);
 496             exit;
 497         }
 498
 499         // 2. unarchive the file
 500         if (!temp_unarchive($file,$mode)) {
 501             echo htmlspecialchars( xl('ERROR: Unable to extract the file.'), ENT_NOQUOTES)."<br>";
 502             temp_dir_cleanup($mode);
 503             exit;
 504         }
 505 }
 506
 507 ?>