sql/6_0_0-to-6_1_0_upgrade.sql

   1 --
   2 --  Comment Meta Language Constructs:
   3 --
   4 --  #IfNotTable
   5 --    argument: table_name
   6 --    behavior: if the table_name does not exist,  the block will be executed
   7
   8 --  #IfTable
   9 --    argument: table_name
  10 --    behavior: if the table_name does exist, the block will be executed
  11
  12 --  #IfColumn
  13 --    arguments: table_name colname
  14 --    behavior:  if the table and column exist,  the block will be executed
  15
  16 --  #IfMissingColumn
  17 --    arguments: table_name colname
  18 --    behavior:  if the table exists but the column does not,  the block will be executed
  19
  20 --  #IfNotColumnType
  21 --    arguments: table_name colname value
  22 --    behavior:  If the table table_name does not have a column colname with a data type equal to value, then the block will be executed
  23
  24 --  #IfNotColumnTypeDefault
  25 --    arguments: table_name colname value value2
  26 --    behavior:  If the table table_name does not have a column colname with a data type equal to value and a default equal to value2, then the block will be executed
  27
  28 --  #IfNotRow
  29 --    arguments: table_name colname value
  30 --    behavior:  If the table table_name does not have a row where colname = value, the block will be executed.
  31
  32 --  #IfNotRow2D
  33 --    arguments: table_name colname value colname2 value2
  34 --    behavior:  If the table table_name does not have a row where colname = value AND colname2 = value2, the block will be executed.
  35
  36 --  #IfNotRow3D
  37 --    arguments: table_name colname value colname2 value2 colname3 value3
  38 --    behavior:  If the table table_name does not have a row where colname = value AND colname2 = value2 AND colname3 = value3, the block will be executed.
  39
  40 --  #IfNotRow4D
  41 --    arguments: table_name colname value colname2 value2 colname3 value3 colname4 value4
  42 --    behavior:  If the table table_name does not have a row where colname = value AND colname2 = value2 AND colname3 = value3 AND colname4 = value4, the block will be executed.
  43
  44 --  #IfNotRow2Dx2
  45 --    desc:      This is a very specialized function to allow adding items to the list_options table to avoid both redundant option_id and title in each element.
  46 --    arguments: table_name colname value colname2 value2 colname3 value3
  47 --    behavior:  The block will be executed if both statements below are true:
  48 --               1) The table table_name does not have a row where colname = value AND colname2 = value2.
  49 --               2) The table table_name does not have a row where colname = value AND colname3 = value3.
  50
  51 --  #IfRow
  52 --    arguments: table_name colname value
  53 --    behavior:  If the table table_name does have a row where colname = value, the block will be executed.
  54
  55 --  #IfRow2D
  56 --    arguments: table_name colname value colname2 value2
  57 --    behavior:  If the table table_name does have a row where colname = value AND colname2 = value2, the block will be executed.
  58
  59 --  #IfRow3D
  60 --        arguments: table_name colname value colname2 value2 colname3 value3
  61 --        behavior:  If the table table_name does have a row where colname = value AND colname2 = value2 AND colname3 = value3, the block will be executed.
  62
  63 --  #IfIndex
  64 --    desc:      This function is most often used for dropping of indexes/keys.
  65 --    arguments: table_name colname
  66 --    behavior:  If the table and index exist the relevant statements are executed, otherwise not.
  67
  68 --  #IfNotIndex
  69 --    desc:      This function will allow adding of indexes/keys.
  70 --    arguments: table_name colname
  71 --    behavior:  If the index does not exist, it will be created
  72
  73 --  #IfUuidNeedUpdate
  74 --    argument: table_name
  75 --    behavior: this will add and populate a uuid column into table
  76
  77 --  #IfUuidNeedUpdateId
  78 --    argument: table_name primary_id
  79 --    behavior: this will add and populate a uuid column into table
  80
  81 --  #IfUuidNeedUpdateVertical
  82 --    argument: table_name table_columns
  83 --    behavior: this will add and populate a uuid column into vertical table for combinations of table_columns given
  84
  85 --  #EndIf
  86 --    all blocks are terminated with a #EndIf statement.
  87
  88 --  #IfNotListReaction
  89 --    Custom function for creating Reaction List
  90
  91 --  #IfNotListOccupation
  92 --    Custom function for creating Occupation List
  93
  94 --  #IfTextNullFixNeeded
  95 --    desc: convert all text fields without default null to have default null.
  96 --    arguments: none
  97
  98 --  #IfTableEngine
  99 --    desc:      Execute SQL if the table has been created with given engine specified.
 100 --    arguments: table_name engine
 101 --    behavior:  Use when engine conversion requires more than one ALTER TABLE
 102
 103 --  #IfInnoDBMigrationNeeded
 104 --    desc: find all MyISAM tables and convert them to InnoDB.
 105 --    arguments: none
 106 --    behavior: can take a long time.
 107
 108 --  #IfDocumentNamingNeeded
 109 --    desc: populate name field with document names.
 110 --    arguments: none
 111
 112 #IfUuidNeedUpdate patient_data
 113 #EndIf
 114
 115 #IfUuidNeedUpdate form_encounter
 116 #EndIf
 117
 118 #IfUuidNeedUpdate users
 119 #EndIf
 120
 121 #IfUuidNeedUpdateVertical facility_user_ids uid:facility_id
 122 #EndIf
 123
 124 #IfUuidNeedUpdate facility
 125 #EndIf
 126
 127 #IfUuidNeedUpdate immunizations
 128 #EndIf
 129
 130 #IfUuidNeedUpdate lists
 131 #EndIf
 132
 133 #IfUuidNeedUpdateId procedure_order procedure_order_id
 134 #EndIf
 135
 136 #IfUuidNeedUpdateId drugs drug_id
 137 #EndIf
 138
 139 #IfUuidNeedUpdate prescriptions
 140 #EndIf
 141
 142 #IfUuidNeedUpdateId procedure_result procedure_result_id
 143 #EndIf
 144
 145 #IfUuidNeedUpdate ccda
 146 #EndIf
 147
 148 #IfMissingColumn insurance_companies uuid
 149 ALTER TABLE `insurance_companies` ADD `uuid` binary(16) DEFAULT NULL;
 150 #EndIf
 151
 152 #IfNotIndex insurance_companies uuid
 153 CREATE UNIQUE INDEX `uuid` ON `insurance_companies` (`uuid`);
 154 #EndIf
 155
 156 #IfUuidNeedUpdate insurance_companies
 157 #EndIf
 158
 159 #IfMissingColumn insurance_data uuid
 160 ALTER TABLE `insurance_data` ADD `uuid` binary(16) DEFAULT NULL;
 161 #EndIf
 162
 163 #IfNotIndex insurance_data uuid
 164 CREATE UNIQUE INDEX `uuid` ON `insurance_data` (`uuid`);
 165 #EndIf
 166
 167 #IfUuidNeedUpdate insurance_data
 168 #EndIf
 169
 170 #IfMissingColumn facility weno_id
 171 ALTER TABLE `facility` ADD `weno_id` VARCHAR(10) DEFAULT NULL;
 172 #EndIf
 173
 174 #IfMissingColumn x12_partners x12_gs03
 175 ALTER TABLE `x12_partners` ADD COLUMN `x12_gs03` varchar(15) DEFAULT NULL;
 176 #EndIf
 177
 178 #IfMissingColumn x12_partners x12_submitter_name
 179 ALTER TABLE `x12_partners` ADD COLUMN `x12_submitter_name` varchar(255) DEFAULT NULL;
 180 #EndIf
 181
 182 #IfMissingColumn x12_partners x12_sftp_login
 183 ALTER TABLE `x12_partners` ADD COLUMN `x12_sftp_login` varchar(255) DEFAULT NULL;
 184 #EndIf
 185
 186 #IfMissingColumn x12_partners x12_sftp_pass
 187 ALTER TABLE `x12_partners` ADD COLUMN `x12_sftp_pass` varchar(255) DEFAULT NULL;
 188 #EndIf
 189
 190 #IfMissingColumn x12_partners x12_sftp_host
 191 ALTER TABLE `x12_partners` ADD COLUMN `x12_sftp_host` varchar(255) DEFAULT NULL;
 192 #EndIf
 193
 194 #IfMissingColumn x12_partners x12_sftp_port
 195 ALTER TABLE `x12_partners` ADD COLUMN `x12_sftp_port` varchar(255) DEFAULT NULL;
 196 #EndIf
 197
 198 #IfMissingColumn x12_partners x12_sftp_local_dir
 199 ALTER TABLE `x12_partners` ADD COLUMN `x12_sftp_local_dir` varchar(255) DEFAULT NULL;
 200 #EndIf
 201
 202 #IfMissingColumn x12_partners x12_sftp_remote_dir
 203 ALTER TABLE `x12_partners` ADD COLUMN `x12_sftp_remote_dir` varchar(255) DEFAULT NULL;
 204 #EndIf
 205
 206 #IfNotRow background_services name X12_SFTP
 207 INSERT INTO `background_services` (`name`, `title`, `active`, `running`, `next_run`, `execute_interval`, `function`, `require_once`, `sort_order`) VALUES
 208 ('X12_SFTP', 'SFTP Claims to X12 Partner Service', 0, 0, '2021-01-18 11:25:10', 1, 'start_X12_SFTP', '/library/billing_sftp_service.php', 100);
 209 #EndIf
 210
 211 #IfNotTable x12_remote_tracker
 212 CREATE TABLE `x12_remote_tracker` (
 213 `id` bigint(20) NOT NULL AUTO_INCREMENT,
 214 `x12_partner_id` int(11) NOT NULL,
 215 `x12_filename` varchar(255) NOT NULL,
 216 `status` varchar(255) NOT NULL,
 217 `claims` text,
 218 `messages` text,
 219 `created_at` datetime DEFAULT NULL,
 220 `updated_at` datetime DEFAULT NULL,
 221 PRIMARY KEY (`id`)
 222 ) ENGINE=InnoDB;
 223
 224 #IfNotRow2D list_options list_id lists option_id Procedure_Billing
 225 INSERT INTO list_options (list_id,option_id,title, seq, is_default, option_value) VALUES ('lists','Procedure_Billing','Procedure Billing',0, 1, 0);
 226 INSERT INTO list_options (list_id,option_id,title,seq,is_default,activity) VALUES ('Procedure_Billing','T','Third-Party',10,1,1);
 227 INSERT INTO list_options (list_id,option_id,title,seq,is_default,activity) VALUES ('Procedure_Billing','P','Self Pay',20,0,1);
 228 INSERT INTO list_options (list_id,option_id,title,seq,is_default,activity) VALUES ('Procedure_Billing','C','Bill Clinic',30,0,1);
 229 #EndIf
 230
 231 #IfMissingColumn procedure_order billing_type
 232 ALTER TABLE `procedure_order` ADD `billing_type` VARCHAR(4) DEFAULT NULL;
 233 #EndIf
 234
 235 #IfMissingColumn procedure_order specimen_fasting
 236 ALTER TABLE `procedure_order` ADD `specimen_fasting` VARCHAR(31) DEFAULT NULL;
 237 #EndIf
 238
 239 #IfMissingColumn procedure_order order_psc
 240 ALTER TABLE `procedure_order` ADD `order_psc` TINYINT(4) DEFAULT NULL;
 241 #EndIf
 242
 243 #IfMissingColumn procedure_order order_abn
 244 ALTER TABLE `procedure_order` ADD `order_abn` VARCHAR(31) NOT NULL DEFAULT 'not_required';
 245 #EndIf
 246
 247 #IfMissingColumn procedure_order collector_id
 248 ALTER TABLE `procedure_order` ADD `collector_id` BIGINT(11) NOT NULL DEFAULT '0';
 249 #EndIf
 250
 251 #IfMissingColumn procedure_order account
 252 ALTER TABLE `procedure_order` ADD `account` VARCHAR(60) DEFAULT NULL;
 253 #EndIf
 254
 255 #IfMissingColumn procedure_order account_facility
 256 ALTER TABLE `procedure_order` ADD `account_facility` int(11) DEFAULT NULL;
 257 #EndIf
 258
 259 #IfMissingColumn procedure_order provider_number
 260 ALTER TABLE `procedure_order` ADD `provider_number` VARCHAR(30) DEFAULT NULL;
 261 #EndIf
 262
 263 #IfMissingColumn procedure_order procedure_order_type
 264 ALTER TABLE `procedure_order` ADD `procedure_order_type` varchar(32) NOT NULL DEFAULT 'laboratory_test';
 265 #EndIf
 266
 267 #IfMissingColumn procedure_order_code procedure_type
 268 ALTER TABLE `procedure_order_code` ADD `procedure_type` VARCHAR(31) DEFAULT NULL;
 269 #EndIf
 270
 271 #IfMissingColumn procedure_order_code transport
 272 ALTER TABLE `procedure_order_code` ADD `transport` VARCHAR(31) DEFAULT NULL;
 273 #EndIf
 274
 275 #IfMissingColumn procedure_type transport
 276 ALTER TABLE `procedure_type` ADD `transport` VARCHAR(31) DEFAULT NULL;
 277 #EndIf
 278
 279 #IfMissingColumn procedure_providers type
 280 ALTER TABLE `procedure_providers` ADD `type` VARCHAR(31) DEFAULT NULL;
 281 #EndIf
 282
 283 #IfMissingColumn procedure_answers procedure_code
 284 ALTER TABLE `procedure_answers` ADD `procedure_code` VARCHAR(31) DEFAULT NULL;
 285 #EndIf
 286
 287 #IfNotRow users username oe-system
 288 INSERT INTO `users`(`username`,`password`,`lname`,`authorized`,`active`) VALUES ('oe-system','NoLogin','System Operation User',0,0);
 289 INSERT INTO `gacl_aro`(`id`, `section_value`, `value`, `order_value`, `name`, `hidden`)
 290     SELECT max(`id`)+1,'users','oe-system',10,'System Operation User', 0 FROM `gacl_aro`;
 291 INSERT INTO `gacl_groups_aro_map`(`group_id`, `aro_id`)
 292     VALUES (
 293         (SELECT `id` FROM `gacl_aro_groups` WHERE parent_id=10 AND value='admin')
 294         ,(SELECT `id` FROM `gacl_aro` WHERE `section_value` = 'users' AND `value` = 'oe-system')
 295     );
 296 #EndIf
 297
 298 #IfNotTable export_job
 299 CREATE TABLE `export_job` (
 300   `id` bigint(20) NOT NULL AUTO_INCREMENT,
 301   `uuid` binary(16) DEFAULT NULL ,
 302   `user_id` varchar(40) NOT NULL,
 303   `client_id` varchar(80) NOT NULL,
 304   `status` varchar(40) NOT NULL,
 305   `start_time` datetime DEFAULT NULL,
 306   `resource_include_time` datetime DEFAULT NULL,
 307   `output_format` varchar(128) NOT NULL,
 308   `request_uri` varchar(128) NOT NULL,
 309   `resources` text,
 310   `output` text,
 311   `errors` text,
 312   `access_token_id` text,
 313   PRIMARY KEY  (`id`),
 314   UNIQUE (`uuid`)
 315 ) ENGINE=InnoDB COMMENT='fhir export jobs';
 316 #EndIf
 317
 318 #IfNotRow categories name FHIR Export Document
 319 SET @max_rght = (SELECT MAX(rght) FROM categories);
 320 INSERT INTO categories(`id`,`name`, `value`, `parent`, `lft`, `rght`, `aco_spec`) select (select MAX(id) from categories) + 1, 'FHIR Export Document', '', 1, @max_rght, @max_rght + 1, 'admin|super' from categories where name = 'Categories';
 321 UPDATE categories SET rght = rght + 2 WHERE name = 'Categories';
 322 UPDATE categories_seq SET id = (select MAX(id) from categories);
 323 #EndIf
 324
 325 #IfMissingColumn documents date_expires
 326 ALTER TABLE `documents` ADD COLUMN `date_expires` DATETIME DEFAULT NULL;
 327 #EndIf
 328
 329 #IfMissingColumn documents foreign_reference_id
 330 ALTER TABLE `documents` ADD COLUMN `foreign_reference_id` bigint(20) default NULL,
 331                         ADD COLUMN `foreign_reference_table` VARCHAR(40) default NULL;
 332 ALTER TABLE `documents` ADD KEY `foreign_reference` (`foreign_reference_id`, `foreign_reference_table`);
 333
 334 #IfNotRow background_services name WenoExchange
 335 INSERT INTO `background_services` (`name`, `title`, `active`, `running`, `next_run`, `execute_interval`, `function`, `require_once`, `sort_order`) VALUES
 336 ('WenoExchange', 'Weno Log Sync', 0, 0, '2021-01-18 11:25:10', 0, 'start_weno', '/library/weno_log_sync.php', 100);
 337 #EndIf
 338
 339 #IfNotRow2D list_options list_id Eye_Defaults_for_GENERAL option_id ODVITREOUS
 340 INSERT INTO list_options (list_id,option_id,title,seq,is_default,option_value,mapping,notes,codes,toggle_setting_1,toggle_setting_2,activity,subtype) VALUES ('Eye_Defaults_for_GENERAL', 'ODVITREOUS', 'clear', 504, 0, 0,'', 'RETINA','', 0, 0, 1,'');
 341 #EndIf
 342
 343 #IfNotRow2D list_options list_id Eye_Defaults_for_GENERAL option_id OSVITREOUS
 344 INSERT INTO list_options (list_id,option_id,title,seq,is_default,option_value,mapping,notes,codes,toggle_setting_1,toggle_setting_2,activity,subtype) VALUES ('Eye_Defaults_for_GENERAL', 'OSVITREOUS', 'clear', 506, 0, 0,'', 'RETINA','', 0, 0, 1,'');
 345 #EndIf
 346
 347 DELETE FROM medex_icons;
 348 INSERT INTO `medex_icons` (`i_UID`, `msg_type`, `msg_status`, `i_description`, `i_html`, `i_blob`) VALUES
 349 (1, 'SMS', 'ALLOWED', '', '<i title="SMS is possible." class="far fa-comment-dots fa-fw"></i>', ''),
 350 (2, 'SMS', 'NotAllowed', '', '<span class="fas fa-stack" title="SMS not possible"><i title="SMS is not possible." class="fas fa-comment-dots fa-fw"></i><i class="fas fa-ban fa-stack-2x text-danger"></i></span>', ''),
 351 (3, 'SMS', 'SCHEDULED', '', '<span class="btn scheduled" title="SMS scheduled"><i class="fas fa-comment-dots fa-fw"></i></span>', ''),
 352 (4, 'SMS', 'SENT', '', '<span class="btn" title="SMS Sent - in process" style="background-color:yellow;"><i aria-hidden="true" class="fas fa-comment-dots fa-fw"></i></span>', ''),
 353 (5, 'SMS', 'READ', '', '<span class="btn" title="SMS Delivered - waiting for response" aria-label="SMS Delivered" style="background-color:#146abd;"><i aria-hidden="true" class="fas fa-comment-dots fa-inverse fa-flip-horizontal fa-fw"></i></span>', ''),
 354 (6, 'SMS', 'FAILED', '', '<span class="btn" title="SMS Failed to be delivered" style="background-color:#ffc4c4;"><i aria-hidden="true" class="fas fa-comment-dots fa-fw"></i></span>', ''),
 355 (7, 'SMS', 'CONFIRMED', '', '<span class="btn" title="Confirmed by SMS" style="background-color:green;"><i aria-hidden="true" class="fas fa-comment-dots fa-inverse fa-flip-horizontal fa-fw"></i></span>', ''),
 356 (8, 'SMS', 'CALL', '', '<span class="btn" style="background-color: red;" title="Patient requests Office Call"><i class="fas fa-flag fa-inverse fa-fw"></i></span>', ''),
 357 (9, 'SMS', 'EXTRA', '', '<span class="btn" title="EXTRA" style="background-color:#000;color:#fff;"><i class="fas fa-terminal fa-fw"></i></span>', ''),
 358 (10, 'SMS', 'STOP', '', '<span class="btn btn-danger fas fa-comment-dots" title="OptOut of SMS Messaging. Demographics updated." aria-label=\'Optout SMS\'> STOP</span>', ''),
 359 (11, 'AVM', 'ALLOWED', '', '<span title="Automated Voice Messages are possible" class="fas fa-phone fa-fw"></span>', ''),
 360 (12, 'AVM', 'NotAllowed', '', '<span class="fas fa-stack" title="Automated Voice Messages are not allowed"><i class="fas fa-phone fa-fw fa-stack-1x"></i><i class="fas fa-ban fa-stack-2x text-danger"></i></span>', ''),
 361 (13, 'AVM', 'SCHEDULED', '', '<span class="btn scheduled" title="AVM scheduled"><i class="fas fa-phone fa-fw"></i></span>', ''),
 362 (14, 'AVM', 'SENT', '', '<span class="btn" title="AVM in process, no response" style="background-color:yellow;"><i class="fas fa-phone-volume fa-reverse fa-fw"></i></span>', ''),
 363 (15, 'AVM', 'FAILED', '', '<span class="btn" title="AVM: Failed.  Check patient\'s phone numbers." style="background-color:#ffc4c4;"><i class="fas fa-phone fa-fw"></i></span>', ''),
 364 (16, 'AVM', 'CONFIRMED', '', '<span class="btn" title="Confirmed by AVM" style="padding:5px;background-color:green;"><i class="fas fa-phone fa-inverse fa-fw"></i></span>', ''),
 365 (17, 'AVM', 'CALL', '', '<span class="btn" style="background-color: red;" title="Patient requests Office Call">\r\n<i class="fas fa-flag fa-inverse fa-fw"></i></span>', ''),
 366 (18, 'AVM', 'Other', '', '<span class="fas fa-stack fa-lg"><i class="fas fa-square fa-stack-2x"></i><i class="fas fa-terminal fa-fw fa-stack-1x fa-inverse"></i></span>', ''),
 367 (19, 'AVM', 'STOP', '', '<span class="btn btn-danger" title="OptOut of Voice Messaging. Demographics updated." aria-label="Optout AVM"><i class="fas fa-phone" aria-hidden="true"> STOP</i></span>', ''),
 368 (20, 'EMAIL', 'ALLOWED', '', '<span title="EMAIL is possible" class="fas fa-envelope fa-fw"></span>', ''),
 369 (21, 'EMAIL', 'NotAllowed', '', '<span class="fas fa-stack" title="EMAIL is not possible"><i class="fas fa-envelope fa-fw fa-stack-1x"></i><i class="fas fa-ban fa-stack-2x text-danger"></i></span>', ''),
 370 (22, 'EMAIL', 'SCHEDULED', '', '<span class="btn scheduled" title="EMAIL scheduled"><i class="fas fa-envelope fa-fw"></i></span>', ''),
 371 (23, 'EMAIL', 'SENT', '', '<span class="btn" style="background-color:yellow;" title="EMAIL Message sent, not opened"><i class="fas fa-envelope fa-fw"></i></span>', ''),
 372 (24, 'EMAIL', 'READ', '', '<span class="btn" style="background-color:#146abd;" title="E-Mail was read/opened by patient" aria-label="Read via email"><i aria-hidden="true" class="fas fa-envelope fa-inverse fa-fw"></i></span>', ''),
 373 (25, 'EMAIL', 'FAILED', '', '<span class="btn" title="EMAIL: Failed.  Check patient\'s email address." style="background-color:#ffc4c4;"><i class="fas fa-envelope fa-fw"></i></span>', ''),
 374 (26, 'EMAIL', 'CONFIRMED', '', '<span class="btn" title="Confirmed by E-Mail" aria-label="Confirmed via email" style="background-color: green;"><i aria-hidden="true" class="fas fa-envelope fa-inverse fa-fw"></i></span>', ''),
 375 (27, 'EMAIL', 'CALL', '', '<span class="btn" style="background-color: red;" title="Patient requests Office Call"><i class="fas fa-flag fa-inverse fa-fw"></i></span>', ''),
 376 (28, 'EMAIL', 'Other', '', '<span class="fas fa-stack fa-lg"><i class="fas fa-square fa-stack-2x"></i><i class="fas fa-terminal fa-fw fa-stack-1x fa-inverse fa-fw"></i></span>', ''),
 377 (29, 'EMAIL', 'STOP', '', '<span class="btn btn-danger" title="OptOut of EMAIL Messaging. Demographics updated." aria-label="Optout EMAIL"><i class="fas fa-envelope-o" aria-hidden="true"> STOP</i></span>', ''),
 378 (30, 'POSTCARD', 'SENT', '', '<span class="btn" title="Postcard Sent - in process" style="padding:5px;background-color:yellow;color:black"><i class="fas fa-image fa-fw"></i></span>', ''),
 379 (31, 'POSTCARD', 'READ', '', '<span class="btn" style="background-color:#146abd;" title="e-Postcard was delivered" aria-label="Postcard Delivered"><i class="fas fa-image fa-fw" aria-hidden="true"></i></span>', ''),
 380 (32, 'POSTCARD', 'FAILED', '', '<span class="fas fa-stack fa-lg" title="Delivery Failure - check Address for this patient"><i class="fas fa-image fa-fw fa-stack-1x"></i><i class="fas fa-ban fa-stack-2x text-danger"></i></span>', ''),
 381 (33, 'POSTCARD', 'SCHEDULED', '', '<span class="btn scheduled" title="Postcard Campaign Event is scheduled."><i class="fas fa-image fa-fw"></i></span>', ''),
 382 (36, 'AVM', 'READ', '', '<span class="btn" title="AVM completed - waiting for manual response" aria-label="AVM Delivered" style="padding:5px;background-color:#146abd;"><i class="fas fa-inverse fa-phone fa-fw" aria-hidden="true"></i></span>', ''),
 383 (37, 'SMS', 'CALLED', '', '<span class="btn" style="background-color:#146abd;" title="Patient requests Office Call: COMPLETED"><i class="fas fa-flag fa-fw"></i></span>', ''),
 384 (38, 'AVM', 'CALLED', '', '<span class="btn" style="background-color:#146abd;" title="Patient requests Office Call: COMPLETED"><i class="fas fa-flag fa-fw"></i></span>    ', ''),
 385 (39, 'EMAIL', 'CALLED', '', '<span class="btn" style="background-color:#146abd;" title="Patient requests Office Call: COMPLETED"><i class="fas fa-flag fa-fw"></i></span>', '');
 386
 387 #IfNotRow2D list_options list_id sex option_id UNK
 388 INSERT INTO list_options ( list_id, option_id, title, seq, is_default, codes ) VALUES ('sex', 'UNK', 'Unknown', 10, 0, 'HL7:UNK');
 389 #EndIf
 390
 391 #IfNotRow3D list_options list_id sex option_id Female codes HL7:F
 392 UPDATE `list_options` SET `codes` = 'HL7:F' WHERE `list_id` = 'sex' AND `option_id` = 'Female';
 393 #EndIf
 394
 395 #IfNotRow3D list_options list_id sex option_id Male codes HL7:M
 396 UPDATE `list_options` SET `codes` = 'HL7:M' WHERE `list_id` = 'sex' AND `option_id` = 'Male';
 397 #EndIf
 398
 399 #IfMissingColumn patient_data sexual_orientation
 400 ALTER TABLE patient_data ADD sexual_orientation TEXT;
 401 #EndIf
 402
 403 #IfMissingColumn patient_data gender_identity
 404 ALTER TABLE patient_data ADD gender_identity TEXT;
 405 #EndIf
 406
 407 #IfNotRow2D list_options list_id lists option_id sexual_orientation
 408 INSERT INTO list_options (`list_id`, `option_id`, `title`, `seq`) VALUES ('lists', 'sexual_orientation', 'Sexual Orientation', '13');
 409 INSERT INTO `list_options`(`list_id`, `option_id`, `title`, `seq`, `is_default`, `option_value`, `codes`) VALUES ('sexual_orientation','20430005','Straight or heterosexual',10,0,0,'SNOMED:20430005');
 410 INSERT INTO `list_options`(`list_id`, `option_id`, `title`, `seq`, `is_default`, `option_value`, `codes`) VALUES ('sexual_orientation','38628009','Lesbian, gay or homosexual',20,0,0,'SNOMED:38628009');
 411 INSERT INTO `list_options`(`list_id`, `option_id`, `title`, `seq`, `is_default`, `option_value`, `codes`) VALUES ('sexual_orientation','42035005','Bisexual',30,0,0,'SNOMED:42035005');
 412 INSERT INTO `list_options`(`list_id`, `option_id`, `title`, `seq`, `is_default`, `option_value`, `codes`) VALUES ('sexual_orientation','comment_OTH','Something else, please describe',40,0,0,'HL7:OTH');
 413 INSERT INTO `list_options`(`list_id`, `option_id`, `title`, `seq`, `is_default`, `option_value`, `codes`) VALUES ('sexual_orientation','UNK','Don\'t know',50,0,0,'HL7:UNK');
 414 INSERT INTO `list_options`(`list_id`, `option_id`, `title`, `seq`, `is_default`, `option_value`, `codes`) VALUES ('sexual_orientation','ASKU','Choose not to disclose',60,0,0,'HL7:ASKU');
 415 #EndIf
 416
 417 #IfNotRow2D list_options list_id lists option_id gender_identity
 418 INSERT INTO list_options (`list_id`, `option_id`, `title`, `seq`) VALUES ('lists', 'gender_identity', 'Gender Identity', '1');
 419 INSERT INTO `list_options`(`list_id`, `option_id`, `title`, `seq`, `is_default`, `option_value`, `codes`) VALUES ('gender_identity','446151000124109','Identifies as Male',10,0,0,'SNOMED:446151000124109');
 420 INSERT INTO `list_options`(`list_id`, `option_id`, `title`, `seq`, `is_default`, `option_value`, `codes`) VALUES ('gender_identity','446141000124107','Identifies as Female',20,0,0,'SNOMED:446141000124107');
 421 INSERT INTO `list_options`(`list_id`, `option_id`, `title`, `seq`, `is_default`, `option_value`, `codes`) VALUES ('gender_identity','407377005','Female-to-Male (FTM)/Transgender Male/Trans Man',30,0,0,'SNOMED:407377005');
 422 INSERT INTO `list_options`(`list_id`, `option_id`, `title`, `seq`, `is_default`, `option_value`, `codes`) VALUES ('gender_identity','407376001','Male-to-Female (MTF)/Transgender Female/Trans Woman',40,0,0,'SNOMED:407376001');
 423 INSERT INTO `list_options`(`list_id`, `option_id`, `title`, `seq`, `is_default`, `option_value`, `codes`) VALUES ('gender_identity','446131000124102','Genderqueer, neither exclusively male nor female',50,0,0,'SNOMED:446131000124102');
 424 INSERT INTO `list_options`(`list_id`, `option_id`, `title`, `seq`, `is_default`, `option_value`, `codes`) VALUES ('gender_identity','comment_OTH','Additional gender category or other, please specify',60,0,0,'HL7:OTH');
 425 INSERT INTO `list_options`(`list_id`, `option_id`, `title`, `seq`, `is_default`, `option_value`, `codes`) VALUES ('gender_identity','ASKU','Choose not to disclose',70,0,0,'HL7:ASKU');
 426 #EndIf
 427
 428 #IfNotRow2D layout_options form_id DEM field_id gender_identity
 429 SET @group_id = (SELECT group_id FROM layout_options WHERE field_id='sex' AND form_id='DEM');
 430 SET @backup_group_id = (SELECT group_id FROM layout_options WHERE field_id='DOB' AND form_id='DEM');
 431 SET @seq = (SELECT MAX(seq) FROM layout_options WHERE group_id = IFNULL(@group_id,@backup_group_id) AND form_id='DEM');
 432 INSERT INTO `layout_options` (`form_id`,`field_id`,`group_id`,`title`,`seq`,`data_type`,`uor`,`fld_length`,`max_length`,`list_id`,`titlecols`,`datacols`,`default_value`,`edit_options`,`description`,`fld_rows`) VALUES ('DEM', 'gender_identity', IFNULL(@group_id,@backup_group_id), 'Gender Identity', @seq+1, 46, 1, 0, 100, 'gender_identity' , 1 , 1 , '' , 'N' , 'Gender Identity', 0);
 433 #EndIf
 434
 435 #IfNotRow2D layout_options form_id DEM field_id sexual_orientation
 436 SET @group_id = (SELECT group_id FROM layout_options WHERE field_id='sex' AND form_id='DEM');
 437 SET @backup_group_id = (SELECT group_id FROM layout_options WHERE field_id='DOB' AND form_id='DEM');
 438 SET @seq = (SELECT MAX(seq) FROM layout_options WHERE group_id = IFNULL(@group_id,@backup_group_id) AND form_id='DEM');
 439 INSERT INTO `layout_options` (`form_id`,`field_id`,`group_id`,`title`,`seq`,`data_type`,`uor`,`fld_length`,`max_length`,`list_id`,`titlecols`,`datacols`,`default_value`,`edit_options`,`description`,`fld_rows`) VALUES ('DEM', 'sexual_orientation', IFNULL(@group_id,@backup_group_id), 'Sexual Orientation', @seq+1, 46, 1, 0, 100, 'sexual_orientation', 1, 1, '' ,'N' ,'Sexual Orientation', 0);
 440 #EndIf
 441
 442 #IfMissingColumn users google_signin_email
 443 ALTER TABLE `users` ADD COLUMN `google_signin_email` VARCHAR(255) UNIQUE DEFAULT NULL;
 444 #EndIf
 445
 446 #IfNotRow background_services name UUID_Service
 447 INSERT INTO `background_services` (`name`, `title`, `active`, `running`, `next_run`, `execute_interval`, `function`, `require_once`, `sort_order`) VALUES
 448 ('UUID_Service', 'Automated UUID Creation Service', 1, 0, '2021-01-18 11:25:10', 240, 'autoPopulateAllMissingUuids', '/library/uuid.php', 100);
 449 #EndIf
 450
 451 #IfNotRow codes code_text SARS-COV-2 (COVID-19) vaccine, vector non-replicating, recombinant spike protein-Ad26, preservative free, 0.5 mL
 452 SET @codetypeid = (SELECT `ct_id` FROM `code_types` WHERE `ct_key` = 'CVX');
 453 INSERT INTO `codes` (`id`, `code_text`, `code_text_short`, `code`, `code_type`, `modifier`, `units`, `fee`, `superbill`, `related_code`, `taxrates`, `active`)
 454 VALUES
 455 (NULL, "SARS-COV-2 (COVID-19) vaccine, vector non-replicating, recombinant spike protein-Ad26, preservative free, 0.5 mL", "COVID-19 vaccine, vector-nr, rS-Ad26, PF, 0.5 mL", 212, @codetypeid, '', 0, 0, '', '', '', 1);
 456 #EndIf
 457
 458 #IfNotRow2D list_options list_id lists option_id Document_Template_Categories
 459 INSERT INTO `list_options` (`list_id`, `option_id`, `title`, `seq`, `is_default`, `option_value`, `mapping`, `notes`, `codes`, `toggle_setting_1`, `toggle_setting_2`, `activity`) VALUES ('lists','Document_Template_Categories','Document Template Categories',0,1,0,'',NULL,'',0,0,1);
 460 INSERT INTO `list_options` (`list_id`, `option_id`, `title`, `seq`, `is_default`, `option_value`, `mapping`, `notes`, `codes`, `toggle_setting_1`, `toggle_setting_2`, `activity`) VALUES ('Document_Template_Categories','repository','Repository',1,1,0,'','','',0,0,1);
 461
 462 #IfMissingColumn layout_group_properties grp_save_close
 463 ALTER TABLE `layout_group_properties` ADD COLUMN `grp_save_close` tinyint(1) not null default 0;
 464 #EndIf
 465
 466 #IfMissingColumn layout_group_properties grp_init_open
 467 ALTER TABLE `layout_group_properties` ADD COLUMN `grp_init_open` tinyint(1) not null default 0;
 468 UPDATE layout_group_properties AS p, layout_options AS o SET p.grp_init_open = 1 WHERE
 469   o.form_id = p.grp_form_id AND o.group_id = p.grp_group_id AND o.uor > 0 AND o.edit_options LIKE '%I%';
 470 UPDATE layout_group_properties AS p SET p.grp_init_open = 1 WHERE p.grp_group_id = '1' AND
 471   (SELECT count(*) FROM layout_options AS o WHERE o.form_id = p.grp_form_id AND o.uor > 0 AND o.edit_options LIKE '%I%') = 0;
 472 #EndIf
 473
 474 #IfMissingColumn layout_group_properties grp_last_update
 475 ALTER TABLE `layout_group_properties` ADD COLUMN `grp_last_update` timestamp NULL;
 476 #EndIf
 477
 478 #---------- Support for Referrals section of LBFs. ----------#
 479 #IfMissingColumn layout_group_properties grp_referrals
 480 ALTER TABLE `layout_group_properties` ADD COLUMN `grp_referrals` tinyint(1) not null default 0;
 481 #EndIf
 482
 483 #IfMissingColumn drug_sales trans_type
 484 ALTER TABLE drug_sales
 485   ADD trans_type tinyint NOT NULL DEFAULT 1 COMMENT '1=sale, 2=purchase, 3=return, 4=transfer, 5=adjustment';
 486 UPDATE drug_sales SET trans_type = 4 WHERE pid = 0 AND xfer_inventory_id != 0;
 487 UPDATE drug_sales SET trans_type = 5 WHERE trans_type = 1 AND pid = 0 AND fee = 0;
 488 UPDATE drug_sales SET trans_type = 2 WHERE trans_type = 1 AND pid = 0 AND quantity >= 0;
 489 UPDATE drug_sales SET trans_type = 3 WHERE trans_type = 1 AND pid = 0;
 490 #EndIf
 491
 492 #IfMissingColumn ar_activity post_date
 493 ALTER TABLE ar_activity
 494   ADD post_date date DEFAULT NULL COMMENT 'Posting date if specified at payment time';
 495 UPDATE ar_activity SET post_date = post_time;
 496 #EndIf
 497
 498 #IfMissingColumn form_encounter shift
 499 ALTER TABLE form_encounter ADD shift varchar(31) NOT NULL DEFAULT '';
 500 #EndIf
 501
 502 #IfNotRow2D list_options list_id lists option_id shift
 503 INSERT INTO list_options ( list_id, option_id, title, seq, is_default ) VALUES ('lists','shift','Shifts', 1, 0);
 504 #EndIf
 505
 506 #IfMissingColumn form_encounter voucher_number
 507 ALTER TABLE form_encounter ADD voucher_number varchar(255) NOT NULL DEFAULT '' COMMENT 'also called referral number';
 508 #EndIf
 509
 510 #IfMissingColumn billing chargecat
 511 ALTER TABLE `billing` ADD COLUMN `chargecat` varchar(31) default '';
 512 #EndIf
 513
 514 #IfMissingColumn drug_sales chargecat
 515 ALTER TABLE `drug_sales` ADD COLUMN `chargecat` varchar(31) default '';
 516
 517 #IfMissingColumn users_facility warehouse_id
 518 ALTER TABLE `users_facility` ADD COLUMN `warehouse_id` varchar(31) NOT NULL default '';
 519 ALTER TABLE `users_facility` DROP PRIMARY KEY, ADD PRIMARY KEY (`tablename`,`table_id`,`facility_id`,`warehouse_id`);
 520 #EndIf
 521
 522 #IfNotColumnType drugs form varchar(31)
 523 ALTER TABLE `drugs` CHANGE `form`  `form`  varchar(31) NOT NULL default '0';
 524 #EndIf
 525 #IfNotColumnType drugs unit varchar(31)
 526 ALTER TABLE `drugs` CHANGE `unit`  `unit`  varchar(31) NOT NULL default '0';
 527 #EndIf
 528 #IfNotColumnType drugs route varchar(31)
 529 ALTER TABLE `drugs` CHANGE `route` `route` varchar(31) NOT NULL default '0';
 530 #EndIf
 531
 532 #IfMissingColumn drug_templates pkgqty
 533 ALTER TABLE `drug_templates` ADD COLUMN `pkgqty` float NOT NULL DEFAULT 1.0 COMMENT 'Number of product items per template item';
 534 #EndIf
 535
 536 #IfMissingColumn voids reason
 537 ALTER TABLE `voids` ADD COLUMN `reason` VARCHAR(31) default '';
 538 #EndIf
 539
 540 #IfMissingColumn voids notes
 541 ALTER TABLE `voids` ADD COLUMN `notes` VARCHAR(255) default '';
 542 #EndIf
 543
 544 #IfNotRow2D list_options list_id lists option_id void_reasons
 545 INSERT INTO `list_options` (`list_id`, `option_id`, `title`, `seq`, `is_default`) VALUES ('lists','void_reasons','Void Reasons',1,0);
 546 INSERT INTO `list_options` (`list_id`, `option_id`, `title`, `seq`, `is_default`) VALUES ('void_reasons','one'  ,'Reason 1',10,1);
 547 INSERT INTO `list_options` (`list_id`, `option_id`, `title`, `seq`, `is_default`) VALUES ('void_reasons','two'  ,'Reason 2',20,0);
 548 #EndIf
 549
 550 #IfNotIndex log patient_id
 551 CREATE INDEX `patient_id` ON `log` (`patient_id`);
 552 #EndIf
 553
 554 #IfNotRow2D list_options list_id lists option_id paymethod
 555 INSERT INTO `list_options` (`list_id`, `option_id`, `title`, `seq`, `is_default`) VALUES ('lists','paymethod','Payment Methods', 1,0);
 556 INSERT INTO `list_options` (`list_id`, `option_id`, `title`, `seq`, `is_default`) VALUES ('paymethod','Cash' ,'Cash' ,10,0);
 557 INSERT INTO `list_options` (`list_id`, `option_id`, `title`, `seq`, `is_default`) VALUES ('paymethod','Check','Check',20,0);
 558 INSERT INTO `list_options` (`list_id`, `option_id`, `title`, `seq`, `is_default`) VALUES ('paymethod','MC'   ,'MC'   ,30,0);
 559 INSERT INTO `list_options` (`list_id`, `option_id`, `title`, `seq`, `is_default`) VALUES ('paymethod','VISA' ,'VISA' ,40,0);
 560 INSERT INTO `list_options` (`list_id`, `option_id`, `title`, `seq`, `is_default`) VALUES ('paymethod','AMEX' ,'AMEX' ,50,0);
 561 INSERT INTO `list_options` (`list_id`, `option_id`, `title`, `seq`, `is_default`) VALUES ('paymethod','DISC' ,'DISC' ,60,0);
 562 INSERT INTO `list_options` (`list_id`, `option_id`, `title`, `seq`, `is_default`) VALUES ('paymethod','Other','Other',70,0);
 563 #EndIf
 564
 565 #IfNotRow2D issue_types category default type medical_device
 566 INSERT INTO `issue_types` (`ordering`,`category`,`type`,`plural`,`singular`,`abbreviation`,`style`,`force_show`) VALUES ('35','default','medical_device','Medical Devices','Device','I','0','0');
 567 #EndIf
 568
 569 #IfMissingColumn lists udi
 570 ALTER TABLE `lists` ADD COLUMN `udi` varchar(255) default NULL;
 571 #EndIf
 572
 573 #IfMissingColumn lists udi_data
 574 ALTER TABLE `lists` ADD COLUMN `udi_data` text;
 575 #EndIf
 576
 577 #IfNotRow globals gl_name gbl_fac_warehouse_restrictions
 578 INSERT INTO `globals` (gl_name, gl_index, gl_value) SELECT 'gbl_fac_warehouse_restrictions', gl_index, gl_value
 579   FROM globals WHERE gl_name = 'restrict_user_facility';
 580 #EndIf
 581
 582 #IfNotRow2D list_options list_id lists option_id chargecats
 583 INSERT INTO `list_options` (`list_id`, `option_id`, `title`, `seq`, `is_default`)
 584   VALUES ('lists','chargecats','Customers', 1,0);
 585 #EndIf
 586
 587 #IfNotRow2D list_options list_id lists option_id Clinical_Note_Type
 588 INSERT INTO `list_options` (`list_id`, `option_id`, `title`, `seq`, `is_default`, `option_value`, `mapping`, `notes`, `codes`, `toggle_setting_1`, `toggle_setting_2`, `activity`, `subtype`, `edit_options`) VALUES ('lists','Clinical_Note_Type','Clinical Note Type',0,1,0,'',NULL,'',0,0,1,'',1);
 589 INSERT INTO `list_options` (`list_id`, `option_id`, `title`, `seq`, `is_default`, `option_value`, `mapping`, `notes`, `codes`, `toggle_setting_1`, `toggle_setting_2`, `activity`, `subtype`, `edit_options`) VALUES ('Clinical_Note_Type','progress_note','Progress Note',10,0,0,'','LOINC:11506-3','',0,0,1,'',1);
 590 INSERT INTO `list_options` (`list_id`, `option_id`, `title`, `seq`, `is_default`, `option_value`, `mapping`, `notes`, `codes`, `toggle_setting_1`, `toggle_setting_2`, `activity`, `subtype`, `edit_options`) VALUES ('Clinical_Note_Type','nurse_note','Nurse Note',20,0,0,'','LOINC:34746-8','',0,0,1,'',1);
 591 INSERT INTO `list_options` (`list_id`, `option_id`, `title`, `seq`, `is_default`, `option_value`, `mapping`, `notes`, `codes`, `toggle_setting_1`, `toggle_setting_2`, `activity`, `subtype`, `edit_options`) VALUES ('Clinical_Note_Type','history_physical','History & Physical',30,0,0,'','LOINC:34117-2','',0,0,1,'',1);
 592 INSERT INTO `list_options` (`list_id`, `option_id`, `title`, `seq`, `is_default`, `option_value`, `mapping`, `notes`, `codes`, `toggle_setting_1`, `toggle_setting_2`, `activity`, `subtype`, `edit_options`) VALUES ('Clinical_Note_Type','general_note','General Note',40,0,0,'','LOINC:34109-9','',0,0,1,'',1);
 593 INSERT INTO `list_options` (`list_id`, `option_id`, `title`, `seq`, `is_default`, `option_value`, `mapping`, `notes`, `codes`, `toggle_setting_1`, `toggle_setting_2`, `activity`, `subtype`, `edit_options`) VALUES ('Clinical_Note_Type','discharge_summary','Discharge Summary Note',50,0,0,'','LOINC:18842-5','',0,0,1,'',1);
 594 INSERT INTO `list_options` (`list_id`, `option_id`, `title`, `seq`, `is_default`, `option_value`, `mapping`, `notes`, `codes`, `toggle_setting_1`, `toggle_setting_2`, `activity`, `subtype`, `edit_options`) VALUES ('Clinical_Note_Type','procedure_note','Procedure Note',60,0,0,'','LOINC:28570-0','',0,0,1,'',1);
 595 INSERT INTO `list_options` (`list_id`, `option_id`, `title`, `seq`, `is_default`, `option_value`, `mapping`, `notes`, `codes`, `toggle_setting_1`, `toggle_setting_2`, `activity`, `subtype`, `edit_options`) VALUES ('Clinical_Note_Type','consultation_note','Consultation Note',70,0,0,'','LOINC:81222-2','',0,0,1,'',1);
 596 INSERT INTO `list_options` (`list_id`, `option_id`, `title`, `seq`, `is_default`, `option_value`, `mapping`, `notes`, `codes`, `toggle_setting_1`, `toggle_setting_2`, `activity`, `subtype`, `edit_options`) VALUES ('Clinical_Note_Type','imaging_narrative','Imaging Narrative',80,0,0,'','LOINC:28570-0','',0,0,1,'',1);
 597 INSERT INTO `list_options` (`list_id`, `option_id`, `title`, `seq`, `is_default`, `option_value`, `mapping`, `notes`, `codes`, `toggle_setting_1`, `toggle_setting_2`, `activity`, `subtype`, `edit_options`) VALUES ('Clinical_Note_Type','laboratory_report_narrative','Laboratory Report Narrative',90,0,0,'','','',0,0,1,'',1);
 598 INSERT INTO `list_options` (`list_id`, `option_id`, `title`, `seq`, `is_default`, `option_value`, `mapping`, `notes`, `codes`, `toggle_setting_1`, `toggle_setting_2`, `activity`, `subtype`, `edit_options`) VALUES ('Clinical_Note_Type','pathology_report_narrative','Pathology Report Narrative',100,0,0,'','','',0,0,1,'',1);
 599 #EndIf
 600
 601 #IfNotTable form_clinical_notes
 602 CREATE TABLE `form_clinical_notes` (
 603     `id` bigint(20) NOT NULL,
 604     `date` DATE DEFAULT NULL,
 605     `pid` bigint(20) DEFAULT NULL,
 606     `encounter` varchar(255) DEFAULT NULL,
 607     `user` varchar(255) DEFAULT NULL,
 608     `groupname` varchar(255) DEFAULT NULL,
 609     `authorized` tinyint(4) DEFAULT NULL,
 610     `activity` tinyint(4) DEFAULT NULL,
 611     `code` varchar(255) DEFAULT NULL,
 612     `codetext` text,
 613     `description` text,
 614     `external_id` VARCHAR(30) DEFAULT NULL,
 615     `clinical_notes_type` varchar(100) DEFAULT NULL
 616 ) ENGINE=InnoDB;
 617 INSERT INTO `registry` (`name`, `state`, `directory`, `sql_run`, `unpackaged`, `date`, `priority`, `category`, `nickname`, `patient_encounter`, `therapy_group_encounter`, `aco_spec`) VALUES ('Clinical Notes', 1, 'clinical_notes', 1, 1, '2015-09-09 00:00:00', 0, 'Clinical', '', 1, 0, 'encounters|notes');
 618 #EndIf