biology/pdbalign/DESCR

   1 Given a GCG multiple sequence alignment file (a GCG MSF file), which a
   2 includes a sequence of known structure, the program pdbalign maps the
   3 sequence variability onto the known structure. The central premise is
   4 of course, that for a closely related family of proteins (sequence ID
   5 > 40%) the 3-D structures will not be significantly different.pdbdist
   6 calculates the distance from each atom in the pdb file to each atom in
   7 the ligand and records the minimum in the temperature field for that
   8 atom record.distalign reads the output from pdbdist and also the
   9 original GCG MSF file and produces an MSF file annotated with a
  10 measure of sequence variability and the distance of the residue at
  11 that position (of the sequence of known structure) from the ligand.