gnu/packages/parallel.scm

   1 ;;; GNU Guix --- Functional package management for GNU
   2 ;;; Copyright © 2013, 2014 Eric Bavier <bavier@member.fsf.org>
   3 ;;; Copyright © 2015 Mark H Weaver <mhw@netris.org>
   4 ;;; Copyright © 2015, 2016, 2017, 2018 Efraim Flashner <efraim@flashner.co.il>
   5 ;;; Copyright © 2016 Pjotr Prins <pjotr.guix@thebird.nl>
   6 ;;; Copyright © 2016 Andreas Enge <andreas@enge.fr>
   7 ;;; Copyright © 2016 Ricardo Wurmus <rekado@elephly.net>
   8 ;;; Copyright © 2016 Ben Woodcroft <donttrustben@gmail.com>
   9 ;;; Copyright © 2017, 2018 Rutger Helling <rhelling@mykolab.com>
  10 ;;; Copyright © 2018, 2019 Tobias Geerinckx-Rice <me@tobias.gr>
  11 ;;; Copyright © 2018 Clément Lassieur <clement@lassieur.org>
  12 ;;;
  13 ;;; This file is part of GNU Guix.
  14 ;;;
  15 ;;; GNU Guix is free software; you can redistribute it and/or modify it
  16 ;;; under the terms of the GNU General Public License as published by
  17 ;;; the Free Software Foundation; either version 3 of the License, or (at
  18 ;;; your option) any later version.
  19 ;;;
  20 ;;; GNU Guix is distributed in the hope that it will be useful, but
  21 ;;; WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
  22 ;;; MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the
  23 ;;; GNU General Public License for more details.
  24 ;;;
  25 ;;; You should have received a copy of the GNU General Public License
  26 ;;; along with GNU Guix.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  27
  28 (define-module (gnu packages parallel)
  29   #:use-module (guix build-system gnu)
  30   #:use-module (guix download)
  31   #:use-module ((guix licenses) #:prefix license:)
  32   #:use-module (guix packages)
  33   #:use-module (gnu packages)
  34   #:use-module (gnu packages admin)
  35   #:use-module (gnu packages autotools)
  36   #:use-module (gnu packages base)
  37   #:use-module (gnu packages freeipmi)
  38   #:use-module (gnu packages linux)
  39   #:use-module (gnu packages mpi)
  40   #:use-module (gnu packages perl)
  41   #:use-module (gnu packages pkg-config)
  42   #:use-module (gnu packages python)
  43   #:use-module (gnu packages readline)
  44   #:use-module (gnu packages tcl)
  45   #:use-module (gnu packages tls)
  46   #:use-module (gnu packages web))
  47
  48 (define-public parallel
  49   (package
  50     (name "parallel")
  51     (version "20190422")
  52     (source
  53      (origin
  54       (method url-fetch)
  55       (uri (string-append "mirror://gnu/parallel/parallel-"
  56                           version ".tar.bz2"))
  57       (sha256
  58        (base32 "0xdl5fnh1vpjp3zpmqsrbbgjixazlhl4d9awk42nz4snzynysjxl"))))
  59     (build-system gnu-build-system)
  60     (arguments
  61      `(#:phases
  62        (modify-phases %standard-phases
  63          (add-after 'unpack 'patch-bin-sh
  64            (lambda _
  65              (for-each
  66               (lambda (file)
  67                 (substitute* file
  68                   ;; Patch hard coded '/bin/sh' in the line ending in:
  69                   ;; $Global::shell = $ENV{'PARALLEL_SHELL'} ||
  70                   ;;  parent_shell($$) || $ENV{'SHELL'} || "/bin/sh";
  71                   (("/bin/sh\\\";\n$") (string-append (which "sh") "\";\n"))))
  72               (list "src/parallel" "src/sem"))
  73              #t))
  74          (add-after 'install 'wrap-program
  75            (lambda* (#:key inputs outputs #:allow-other-keys)
  76              (let ((out (assoc-ref outputs "out")))
  77                (wrap-program (string-append out "/bin/parallel")
  78                  `("PATH" ":" prefix
  79                    ,(map (lambda (input)
  80                            (string-append (assoc-ref inputs input) "/bin"))
  81                          '("perl"
  82                            "procps"))))
  83                #t)))
  84          (add-after 'wrap-program 'post-install-test
  85            (lambda* (#:key outputs #:allow-other-keys)
  86              (invoke (string-append
  87                       (assoc-ref outputs "out") "/bin/parallel")
  88                      "echo"
  89                      ":::" "1" "2" "3"))))))
  90     (inputs
  91      `(("perl" ,perl)
  92        ("procps" ,procps)))
  93     (home-page "https://www.gnu.org/software/parallel/")
  94     (synopsis "Build and execute command lines in parallel")
  95     (description
  96      "GNU Parallel is a tool for executing shell jobs in parallel using one
  97 or more computers.  Jobs can consist of single commands or of scripts
  98 and they are executed on lists of files, hosts, users or other items.")
  99     (license license:gpl3+)))
 100
 101 (define-public slurm
 102   (package
 103    (name "slurm")
 104    (version "17.11.3")
 105    (source (origin
 106             (method url-fetch)
 107             (uri (string-append
 108                   "https://download.schedmd.com/slurm/slurm-"
 109                   version ".tar.bz2"))
 110             (sha256
 111              (base32
 112               "1x3i6z03d9m46fvj1cslrapm1drvgyqch9pn4xf23kvbz4gkhaps"))
 113             (modules '((guix build utils)))
 114             (snippet
 115              '(begin
 116                 (substitute* "configure.ac"
 117                   (("^[[:space:]]+contribs/.*$") ""))
 118                 (delete-file-recursively "contribs")
 119                 #t))))
 120    ;; FIXME: More optional inputs could be added,
 121    ;; in particular mysql and gtk+.
 122    (inputs `(("expect" ,expect)
 123              ("freeipmi" ,freeipmi)
 124              ("hwloc" ,hwloc "lib")
 125              ("json-c" ,json-c)
 126              ("linux-pam" , linux-pam)
 127              ("munge" ,munge)
 128              ("numactl" ,numactl)
 129              ("openssl" ,openssl)
 130              ("perl" ,perl)
 131              ("python" ,python-wrapper)
 132              ("readline" ,readline)))
 133    (native-inputs
 134     `(("autoconf" ,autoconf)
 135       ("pkg-config" ,pkg-config)))
 136    (build-system gnu-build-system)
 137    (arguments
 138     `(#:configure-flags
 139       (list "--enable-pam" "--sysconfdir=/etc/slurm"
 140             (string-append "--with-freeipmi=" (assoc-ref %build-inputs "freeipmi"))
 141             (string-append "--with-hwloc=" (assoc-ref %build-inputs "hwloc"))
 142             (string-append "--with-json=" (assoc-ref %build-inputs "json-c"))
 143             (string-append "--with-munge=" (assoc-ref %build-inputs "munge"))
 144             (string-append "--with-ssl=" (assoc-ref %build-inputs "openssl")))
 145       #:phases
 146       (modify-phases %standard-phases
 147         (add-after 'unpack 'autoconf
 148           (lambda _ (invoke "autoconf")))))) ; configure.ac was patched
 149    (home-page "https://slurm.schedmd.com/")
 150    (synopsis "Workload manager for cluster computing")
 151    (description
 152     "SLURM is a fault-tolerant and highly scalable cluster management and job
 153 scheduling system for large and small clusters.  It allocates access to
 154 resources (computer nodes) to users for some duration of time, provides a
 155 framework for starting, executing, and monitoring work (typically a parallel
 156 job) on a set of allocated nodes, and arbitrates contention for resources
 157 by managing a queue of pending work.")
 158    (license (list license:bsd-2       ; src/common/log.[ch], src/common/uthash
 159                   license:expat       ; slurm/pmi.h
 160                   license:isc         ; src/common/strlcpy.c
 161                   license:lgpl2.1+    ; hilbert.[ch], src/common/slurm_time.h
 162                   license:zlib        ; src/common/strnatcmp.c
 163                   license:gpl2+))))   ; the rest, often with OpenSSL exception
 164
 165 (define-public slurm-drmaa
 166   (package
 167     (name "slurm-drmaa")
 168     (version "1.0.7")
 169     (source (origin
 170               (method url-fetch)
 171               (uri "http://apps.man.poznan.pl/trac/slurm-drmaa/downloads/9")
 172               (file-name (string-append name "-" version ".tar.gz"))
 173               (sha256
 174                (base32
 175                 "0grw55hmny2mc4nc0y1arnvxd2k0dcdfn476kzs180fibjxgfw14"))))
 176     (build-system gnu-build-system)
 177     (inputs
 178      `(("slurm" ,slurm)))
 179     (native-inputs
 180      `(("which" ,which)))
 181     (home-page "http://apps.man.poznan.pl/trac/slurm-drmaa")
 182     (synopsis "Distributed resource management application API for SLURM")
 183     (description
 184      "PSNC DRMAA for Simple Linux Utility for Resource Management (SLURM) is
 185 an implementation of Open Grid Forum DRMAA 1.0 (Distributed Resource
 186 Management Application API) specification for submission and control of jobs
 187 to SLURM.  Using DRMAA, grid applications builders, portal developers and ISVs
 188 can use the same high-level API to link their software with different
 189 cluster/resource management systems.")
 190     (license license:gpl3+)))