gnu/packages/bioinformatics.scm

   1 ;;; GNU Guix --- Functional package management for GNU
   2 ;;; Copyright © 2014, 2015, 2016, 2017, 2018, 2019 Ricardo Wurmus <rekado@elephly.net>
   3 ;;; Copyright © 2015, 2016, 2017, 2018 Ben Woodcroft <donttrustben@gmail.com>
   4 ;;; Copyright © 2015, 2016 Pjotr Prins <pjotr.guix@thebird.nl>
   5 ;;; Copyright © 2015 Andreas Enge <andreas@enge.fr>
   6 ;;; Copyright © 2016 Roel Janssen <roel@gnu.org>
   7 ;;; Copyright © 2016, 2017, 2018, 2019 Efraim Flashner <efraim@flashner.co.il>
   8 ;;; Copyright © 2016 Marius Bakke <mbakke@fastmail.com>
   9 ;;; Copyright © 2016, 2018 Raoul Bonnal <ilpuccio.febo@gmail.com>
  10 ;;; Copyright © 2017, 2018 Tobias Geerinckx-Rice <me@tobias.gr>
  11 ;;; Copyright © 2017 Arun Isaac <arunisaac@systemreboot.net>
  12 ;;; Copyright © 2018 Joshua Sierles, Nextjournal <joshua@nextjournal.com>
  13 ;;; Copyright © 2018 Gábor Boskovits <boskovits@gmail.com>
  14 ;;; Copyright © 2018 Mădălin Ionel Patrașcu <madalinionel.patrascu@mdc-berlin.de>
  15 ;;; Copyright © 2019 Maxim Cournoyer <maxim.cournoyer@gmail.com>
  16 ;;;
  17 ;;; This file is part of GNU Guix.
  18 ;;;
  19 ;;; GNU Guix is free software; you can redistribute it and/or modify it
  20 ;;; under the terms of the GNU General Public License as published by
  21 ;;; the Free Software Foundation; either version 3 of the License, or (at
  22 ;;; your option) any later version.
  23 ;;;
  24 ;;; GNU Guix is distributed in the hope that it will be useful, but
  25 ;;; WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
  26 ;;; MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the
  27 ;;; GNU General Public License for more details.
  28 ;;;
  29 ;;; You should have received a copy of the GNU General Public License
  30 ;;; along with GNU Guix.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  31
  32 (define-module (gnu packages bioinformatics)
  33   #:use-module ((guix licenses) #:prefix license:)
  34   #:use-module (guix packages)
  35   #:use-module (guix utils)
  36   #:use-module (guix download)
  37   #:use-module (guix git-download)
  38   #:use-module (guix hg-download)
  39   #:use-module (guix build-system ant)
  40   #:use-module (guix build-system gnu)
  41   #:use-module (guix build-system cmake)
  42   #:use-module (guix build-system haskell)
  43   #:use-module (guix build-system meson)
  44   #:use-module (guix build-system ocaml)
  45   #:use-module (guix build-system perl)
  46   #:use-module (guix build-system python)
  47   #:use-module (guix build-system r)
  48   #:use-module (guix build-system ruby)
  49   #:use-module (guix build-system scons)
  50   #:use-module (guix build-system trivial)
  51   #:use-module (gnu packages)
  52   #:use-module (gnu packages autotools)
  53   #:use-module (gnu packages algebra)
  54   #:use-module (gnu packages base)
  55   #:use-module (gnu packages bash)
  56   #:use-module (gnu packages bison)
  57   #:use-module (gnu packages bioconductor)
  58   #:use-module (gnu packages boost)
  59   #:use-module (gnu packages check)
  60   #:use-module (gnu packages code)
  61   #:use-module (gnu packages compression)
  62   #:use-module (gnu packages cpio)
  63   #:use-module (gnu packages cran)
  64   #:use-module (gnu packages curl)
  65   #:use-module (gnu packages documentation)
  66   #:use-module (gnu packages databases)
  67   #:use-module (gnu packages datastructures)
  68   #:use-module (gnu packages file)
  69   #:use-module (gnu packages flex)
  70   #:use-module (gnu packages gawk)
  71   #:use-module (gnu packages gcc)
  72   #:use-module (gnu packages gd)
  73   #:use-module (gnu packages gtk)
  74   #:use-module (gnu packages glib)
  75   #:use-module (gnu packages graph)
  76   #:use-module (gnu packages groff)
  77   #:use-module (gnu packages guile)
  78   #:use-module (gnu packages guile-xyz)
  79   #:use-module (gnu packages haskell)
  80   #:use-module (gnu packages haskell-check)
  81   #:use-module (gnu packages haskell-web)
  82   #:use-module (gnu packages image)
  83   #:use-module (gnu packages imagemagick)
  84   #:use-module (gnu packages java)
  85   #:use-module (gnu packages java-compression)
  86   #:use-module (gnu packages jemalloc)
  87   #:use-module (gnu packages dlang)
  88   #:use-module (gnu packages linux)
  89   #:use-module (gnu packages lisp)
  90   #:use-module (gnu packages logging)
  91   #:use-module (gnu packages machine-learning)
  92   #:use-module (gnu packages man)
  93   #:use-module (gnu packages maths)
  94   #:use-module (gnu packages mpi)
  95   #:use-module (gnu packages ncurses)
  96   #:use-module (gnu packages ocaml)
  97   #:use-module (gnu packages pcre)
  98   #:use-module (gnu packages parallel)
  99   #:use-module (gnu packages pdf)
 100   #:use-module (gnu packages perl)
 101   #:use-module (gnu packages perl-check)
 102   #:use-module (gnu packages pkg-config)
 103   #:use-module (gnu packages popt)
 104   #:use-module (gnu packages protobuf)
 105   #:use-module (gnu packages python)
 106   #:use-module (gnu packages python-compression)
 107   #:use-module (gnu packages python-web)
 108   #:use-module (gnu packages python-xyz)
 109   #:use-module (gnu packages readline)
 110   #:use-module (gnu packages ruby)
 111   #:use-module (gnu packages serialization)
 112   #:use-module (gnu packages shells)
 113   #:use-module (gnu packages sphinx)
 114   #:use-module (gnu packages statistics)
 115   #:use-module (gnu packages swig)
 116   #:use-module (gnu packages tbb)
 117   #:use-module (gnu packages tex)
 118   #:use-module (gnu packages texinfo)
 119   #:use-module (gnu packages textutils)
 120   #:use-module (gnu packages time)
 121   #:use-module (gnu packages tls)
 122   #:use-module (gnu packages vim)
 123   #:use-module (gnu packages web)
 124   #:use-module (gnu packages xml)
 125   #:use-module (gnu packages xorg)
 126   #:use-module (srfi srfi-1)
 127   #:use-module (ice-9 match))
 128
 129 (define-public aragorn
 130   (package
 131     (name "aragorn")
 132     (version "1.2.38")
 133     (source (origin
 134               (method url-fetch)
 135               (uri (string-append
 136                     "http://mbio-serv2.mbioekol.lu.se/ARAGORN/Downloads/aragorn"
 137                     version ".tgz"))
 138               (sha256
 139                (base32
 140                 "09i1rg716smlbnixfm7q1ml2mfpaa2fpn3hwjg625ysmfwwy712b"))))
 141     (build-system gnu-build-system)
 142     (arguments
 143      `(#:tests? #f ; there are no tests
 144        #:phases
 145        (modify-phases %standard-phases
 146          (delete 'configure)
 147          (replace 'build
 148            (lambda _
 149              (invoke "gcc"
 150                      "-O3"
 151                      "-ffast-math"
 152                      "-finline-functions"
 153                      "-o"
 154                      "aragorn"
 155                      (string-append "aragorn" ,version ".c"))
 156              #t))
 157          (replace 'install
 158            (lambda* (#:key outputs #:allow-other-keys)
 159              (let* ((out (assoc-ref outputs "out"))
 160                     (bin (string-append out "/bin"))
 161                     (man (string-append out "/share/man/man1")))
 162                (install-file "aragorn" bin)
 163                (install-file "aragorn.1" man))
 164              #t)))))
 165     (home-page "http://mbio-serv2.mbioekol.lu.se/ARAGORN")
 166     (synopsis "Detect tRNA, mtRNA and tmRNA genes in nucleotide sequences")
 167     (description
 168      "Aragorn identifies transfer RNA, mitochondrial RNA and
 169 transfer-messenger RNA from nucleotide sequences, based on homology to known
 170 tRNA consensus sequences and RNA structure.  It also outputs the secondary
 171 structure of the predicted RNA.")
 172     (license license:gpl2)))
 173
 174 (define-public bamm
 175   (package
 176     (name "bamm")
 177     (version "1.7.3")
 178     (source (origin
 179               (method git-fetch)
 180               ;; BamM is not available on pypi.
 181               (uri (git-reference
 182                     (url "https://github.com/Ecogenomics/BamM.git")
 183                     (commit version)
 184                     (recursive? #t)))
 185               (file-name (git-file-name name version))
 186               (sha256
 187                (base32
 188                 "1p83ahi984ipslxlg4yqy1gdnya9rkn1v71z8djgxkm9d2chw4c5"))
 189               (modules '((guix build utils)))
 190               (snippet
 191                `(begin
 192                   ;; Delete bundled htslib.
 193                   (delete-file-recursively "c/htslib-1.3.1")
 194                   #t))))
 195     (build-system python-build-system)
 196     (arguments
 197      `(#:python ,python-2 ; BamM is Python 2 only.
 198        ;; Do not use bundled libhts.  Do use the bundled libcfu because it has
 199        ;; been modified from its original form.
 200        #:configure-flags
 201        (let ((htslib (assoc-ref %build-inputs "htslib")))
 202          (list "--with-libhts-lib" (string-append htslib "/lib")
 203                "--with-libhts-inc" (string-append htslib "/include/htslib")))
 204        #:phases
 205        (modify-phases %standard-phases
 206          (add-after 'unpack 'autogen
 207            (lambda _
 208              (with-directory-excursion "c"
 209                (let ((sh (which "sh")))
 210                  (for-each make-file-writable (find-files "." ".*"))
 211                  ;; Use autogen so that 'configure' works.
 212                  (substitute* "autogen.sh" (("/bin/sh") sh))
 213                  (setenv "CONFIG_SHELL" sh)
 214                  (invoke "./autogen.sh")))
 215              #t))
 216          (delete 'build)
 217          ;; Run tests after installation so compilation only happens once.
 218          (delete 'check)
 219          (add-after 'install 'wrap-executable
 220            (lambda* (#:key outputs #:allow-other-keys)
 221             (let* ((out  (assoc-ref outputs "out"))
 222                    (path (getenv "PATH")))
 223               (wrap-program (string-append out "/bin/bamm")
 224                 `("PATH" ":" prefix (,path))))
 225             #t))
 226          (add-after 'wrap-executable 'post-install-check
 227            (lambda* (#:key inputs outputs #:allow-other-keys)
 228              (setenv "PATH"
 229                      (string-append (assoc-ref outputs "out")
 230                                     "/bin:"
 231                                     (getenv "PATH")))
 232              (setenv "PYTHONPATH"
 233                      (string-append
 234                       (assoc-ref outputs "out")
 235                       "/lib/python"
 236                       (string-take (string-take-right
 237                                     (assoc-ref inputs "python") 5) 3)
 238                       "/site-packages:"
 239                       (getenv "PYTHONPATH")))
 240              ;; There are 2 errors printed, but they are safe to ignore:
 241              ;; 1) [E::hts_open_format] fail to open file ...
 242              ;; 2) samtools view: failed to open ...
 243              (invoke "nosetests")
 244              #t)))))
 245     (native-inputs
 246      `(("autoconf" ,autoconf)
 247        ("automake" ,automake)
 248        ("libtool" ,libtool)
 249        ("zlib" ,zlib)
 250        ("python-nose" ,python2-nose)
 251        ("python-pysam" ,python2-pysam)))
 252     (inputs
 253      `(("htslib" ,htslib-1.3) ; At least one test fails on htslib-1.4+.
 254        ("samtools" ,samtools)
 255        ("bwa" ,bwa)
 256        ("grep" ,grep)
 257        ("sed" ,sed)
 258        ("coreutils" ,coreutils)))
 259     (propagated-inputs
 260      `(("python-numpy" ,python2-numpy)))
 261     (home-page "http://ecogenomics.github.io/BamM/")
 262     (synopsis "Metagenomics-focused BAM file manipulator")
 263     (description
 264      "BamM is a C library, wrapped in python, to efficiently generate and
 265 parse BAM files, specifically for the analysis of metagenomic data.  For
 266 instance, it implements several methods to assess contig-wise read coverage.")
 267     (license license:lgpl3+)))
 268
 269 (define-public bamtools
 270   (package
 271     (name "bamtools")
 272     (version "2.5.1")
 273     (source (origin
 274               (method git-fetch)
 275               (uri (git-reference
 276                     (url "https://github.com/pezmaster31/bamtools.git")
 277                     (commit (string-append "v" version))))
 278               (file-name (git-file-name name version))
 279               (sha256
 280                (base32
 281                 "0nfb2ypcx9959xnbz6wxh6py3xfizgmg8nrknxl95c507m9hmq8b"))))
 282     (build-system cmake-build-system)
 283     (arguments
 284      `(#:tests? #f ;no "check" target
 285        #:phases
 286        (modify-phases %standard-phases
 287          (add-before
 288           'configure 'set-ldflags
 289           (lambda* (#:key outputs #:allow-other-keys)
 290             (setenv "LDFLAGS"
 291                     (string-append
 292                      "-Wl,-rpath="
 293                      (assoc-ref outputs "out") "/lib/bamtools"))
 294             #t)))))
 295     (inputs `(("zlib" ,zlib)))
 296     (home-page "https://github.com/pezmaster31/bamtools")
 297     (synopsis "C++ API and command-line toolkit for working with BAM data")
 298     (description
 299      "BamTools provides both a C++ API and a command-line toolkit for handling
 300 BAM files.")
 301     (license license:expat)))
 302
 303 (define-public bcftools
 304   (package
 305     (name "bcftools")
 306     (version "1.9")
 307     (source (origin
 308               (method url-fetch)
 309               (uri (string-append "https://github.com/samtools/bcftools/"
 310                                   "releases/download/"
 311                                   version "/bcftools-" version ".tar.bz2"))
 312               (sha256
 313                (base32
 314                 "1j3h638i8kgihzyrlnpj82xg1b23sijibys9hvwari3fy7kd0dkg"))
 315               (modules '((guix build utils)))
 316               (snippet '(begin
 317                           ;; Delete bundled htslib.
 318                           (delete-file-recursively "htslib-1.9")
 319                           #t))))
 320     (build-system gnu-build-system)
 321     (arguments
 322      `(#:configure-flags
 323        (list "--enable-libgsl")
 324        #:test-target "test"
 325        #:phases
 326        (modify-phases %standard-phases
 327          (add-before 'check 'patch-tests
 328            (lambda _
 329              (substitute* "test/test.pl"
 330                (("/bin/bash") (which "bash")))
 331              #t)))))
 332     (native-inputs
 333      `(("htslib" ,htslib)
 334        ("perl" ,perl)))
 335     (inputs
 336      `(("gsl" ,gsl)
 337        ("zlib" ,zlib)))
 338     (home-page "https://samtools.github.io/bcftools/")
 339     (synopsis "Utilities for variant calling and manipulating VCFs and BCFs")
 340     (description
 341      "BCFtools is a set of utilities that manipulate variant calls in the
 342 Variant Call Format (VCF) and its binary counterpart BCF.  All commands work
 343 transparently with both VCFs and BCFs, both uncompressed and BGZF-compressed.")
 344     ;; The sources are dual MIT/GPL, but becomes GPL-only when USE_GPL=1.
 345     (license (list license:gpl3+ license:expat))))
 346
 347 (define-public bedops
 348   (package
 349     (name "bedops")
 350     (version "2.4.35")
 351     (source (origin
 352               (method git-fetch)
 353               (uri (git-reference
 354                     (url "https://github.com/bedops/bedops.git")
 355                     (commit (string-append "v" version))))
 356               (file-name (git-file-name name version))
 357               (sha256
 358                (base32
 359                 "0mmgsgwz5r9w76hzgxkxc9s9lkdhhaf7vr6i02b09vbswvs1fyqx"))))
 360     (build-system gnu-build-system)
 361     (arguments
 362      '(#:tests? #f
 363        #:make-flags (list (string-append "BINDIR=" %output "/bin"))
 364        #:phases
 365        (modify-phases %standard-phases
 366          (add-after 'unpack 'unpack-tarballs
 367            (lambda _
 368              ;; FIXME: Bedops includes tarballs of minimally patched upstream
 369              ;; libraries jansson, zlib, and bzip2.  We cannot just use stock
 370              ;; libraries because at least one of the libraries (zlib) is
 371              ;; patched to add a C++ function definition (deflateInit2cpp).
 372              ;; Until the Bedops developers offer a way to link against system
 373              ;; libraries we have to build the in-tree copies of these three
 374              ;; libraries.
 375
 376              ;; See upstream discussion:
 377              ;; https://github.com/bedops/bedops/issues/124
 378
 379              ;; Unpack the tarballs to benefit from shebang patching.
 380              (with-directory-excursion "third-party"
 381                (invoke "tar" "xvf" "jansson-2.6.tar.bz2")
 382                (invoke "tar" "xvf" "zlib-1.2.7.tar.bz2")
 383                (invoke "tar" "xvf" "bzip2-1.0.6.tar.bz2"))
 384              ;; Disable unpacking of tarballs in Makefile.
 385              (substitute* "system.mk/Makefile.linux"
 386                (("^\tbzcat .*") "\t@echo \"not unpacking\"\n")
 387                (("\\./configure") "CONFIG_SHELL=bash ./configure"))
 388              (substitute* "third-party/zlib-1.2.7/Makefile.in"
 389                (("^SHELL=.*$") "SHELL=bash\n"))
 390              #t))
 391          (delete 'configure))))
 392     (home-page "https://github.com/bedops/bedops")
 393     (synopsis "Tools for high-performance genomic feature operations")
 394     (description
 395      "BEDOPS is a suite of tools to address common questions raised in genomic
 396 studies---mostly with regard to overlap and proximity relationships between
 397 data sets.  It aims to be scalable and flexible, facilitating the efficient
 398 and accurate analysis and management of large-scale genomic data.
 399
 400 BEDOPS provides tools that perform highly efficient and scalable Boolean and
 401 other set operations, statistical calculations, archiving, conversion and
 402 other management of genomic data of arbitrary scale.  Tasks can be easily
 403 split by chromosome for distributing whole-genome analyses across a
 404 computational cluster.")
 405     (license license:gpl2+)))
 406
 407 (define-public bedtools
 408   (package
 409     (name "bedtools")
 410     (version "2.27.1")
 411     (source (origin
 412               (method url-fetch)
 413               (uri (string-append "https://github.com/arq5x/bedtools2/releases/"
 414                                   "download/v" version "/"
 415                                   "bedtools-" version ".tar.gz"))
 416               (sha256
 417                (base32
 418                 "1ndg5yknrxl4djx8ddzgk12rrbiidfpmkkg5z3f95jzryfxarhn8"))))
 419     (build-system gnu-build-system)
 420     (arguments
 421      '(#:test-target "test"
 422        #:make-flags
 423        (list (string-append "prefix=" (assoc-ref %outputs "out")))
 424        #:phases
 425        (modify-phases %standard-phases
 426          (delete 'configure))))
 427     (native-inputs `(("python" ,python-2)))
 428     (inputs
 429      `(("samtools" ,samtools)
 430        ("zlib" ,zlib)))
 431     (home-page "https://github.com/arq5x/bedtools2")
 432     (synopsis "Tools for genome analysis and arithmetic")
 433     (description
 434      "Collectively, the bedtools utilities are a swiss-army knife of tools for
 435 a wide-range of genomics analysis tasks.  The most widely-used tools enable
 436 genome arithmetic: that is, set theory on the genome.  For example, bedtools
 437 allows one to intersect, merge, count, complement, and shuffle genomic
 438 intervals from multiple files in widely-used genomic file formats such as BAM,
 439 BED, GFF/GTF, VCF.")
 440     (license license:gpl2)))
 441
 442 ;; Later releases of bedtools produce files with more columns than
 443 ;; what Ribotaper expects.
 444 (define-public bedtools-2.18
 445   (package (inherit bedtools)
 446     (name "bedtools")
 447     (version "2.18.0")
 448     (source (origin
 449               (method url-fetch)
 450               (uri (string-append "https://github.com/arq5x/bedtools2/"
 451                                   "releases/download/v" version
 452                                   "/bedtools-" version ".tar.gz"))
 453               (sha256
 454                (base32
 455                 "11rvca19ncg03kxd0wzlfx5ws7r3nisd0z8s9j9n182d8ksp2pxz"))))
 456     (arguments
 457      '(#:test-target "test"
 458        #:phases
 459        (modify-phases %standard-phases
 460          (delete 'configure)
 461          (replace 'install
 462            (lambda* (#:key outputs #:allow-other-keys)
 463              (let ((bin (string-append (assoc-ref outputs "out") "/bin/")))
 464                (for-each (lambda (file)
 465                            (install-file file bin))
 466                          (find-files "bin" ".*")))
 467              #t)))))))
 468
 469 ;; Needed for pybedtools.
 470 (define-public bedtools-2.26
 471   (package (inherit bedtools)
 472     (name "bedtools")
 473     (version "2.26.0")
 474     (source (origin
 475               (method url-fetch)
 476               (uri (string-append "https://github.com/arq5x/bedtools2/releases/"
 477                                   "download/v" version "/"
 478                                   "bedtools-" version ".tar.gz"))
 479               (sha256
 480                (base32
 481                 "0jhavwifnf7lmkb11h9y7dynr8d699h0rd2l52j1pfgircr2zwv5"))))))
 482
 483 (define-public pbbam
 484   (package
 485     (name "pbbam")
 486     (version "0.23.0")
 487     (source (origin
 488               (method git-fetch)
 489               (uri (git-reference
 490                     (url "https://github.com/PacificBiosciences/pbbam.git")
 491                     (commit version)))
 492               (file-name (git-file-name name version))
 493               (sha256
 494                (base32
 495                 "0h9gkrpf2lrxklxp72xfl5bi3h5zcm5hprrya9gf0hr3xwlbpp0x"))))
 496     (build-system meson-build-system)
 497     (arguments
 498      `(#:phases
 499        (modify-phases %standard-phases
 500          (add-after 'unpack 'find-googletest
 501            (lambda* (#:key inputs #:allow-other-keys)
 502              ;; It doesn't find gtest_main because there's no pkg-config file
 503              ;; for it.  Find it another way.
 504              (substitute* "tests/meson.build"
 505                (("pbbam_gtest_dep = dependency\\('gtest_main'.*")
 506                 (format #f "cpp = meson.get_compiler('cpp')
 507 pbbam_gtest_dep = cpp.find_library('gtest_main', dirs : '~a')\n"
 508                         (assoc-ref inputs "googletest"))))
 509              #t)))
 510        ;; TODO: tests/pbbam_test cannot be linked
 511        ;; ld: tests/59830eb@@pbbam_test@exe/src_test_Accuracy.cpp.o:
 512        ;;   undefined reference to symbol '_ZTIN7testing4TestE'
 513        ;; ld: /gnu/store/...-googletest-1.8.0/lib/libgtest.so:
 514        ;;   error adding symbols: DSO missing from command line
 515        #:tests? #f
 516        #:configure-flags '("-Dtests=false")))
 517     ;; These libraries are listed as "Required" in the pkg-config file.
 518     (propagated-inputs
 519      `(("htslib" ,htslib)
 520        ("zlib" ,zlib)))
 521     (inputs
 522      `(("boost" ,boost)
 523        ("samtools" ,samtools)))
 524     (native-inputs
 525      `(("googletest" ,googletest)
 526        ("pkg-config" ,pkg-config)
 527        ("python" ,python-wrapper))) ; for tests
 528     (home-page "https://github.com/PacificBiosciences/pbbam")
 529     (synopsis "Work with PacBio BAM files")
 530     (description
 531      "The pbbam software package provides components to create, query, and
 532 edit PacBio BAM files and associated indices.  These components include a core
 533 C++ library, bindings for additional languages, and command-line utilities.
 534 This library is not intended to be used as a general-purpose BAM utility - all
 535 input and output BAMs must adhere to the PacBio BAM format specification.
 536 Non-PacBio BAMs will cause exceptions to be thrown.")
 537     (license license:bsd-3)))
 538
 539 (define-public blasr-libcpp
 540   (package
 541     (name "blasr-libcpp")
 542     (version "5.3.3")
 543     (source (origin
 544               (method git-fetch)
 545               (uri (git-reference
 546                     (url "https://github.com/PacificBiosciences/blasr_libcpp.git")
 547                     (commit version)))
 548               (file-name (git-file-name name version))
 549               (sha256
 550                (base32
 551                 "0cn5l42zyq67sj0g2imqkhayz2iqvv0a1pgpbmlq0qynjmsrbfd2"))))
 552     (build-system meson-build-system)
 553     (arguments
 554      `(#:phases
 555        (modify-phases %standard-phases
 556          (add-after 'unpack 'link-with-hdf5
 557            (lambda* (#:key inputs #:allow-other-keys)
 558              (let ((hdf5 (assoc-ref inputs "hdf5")))
 559                (substitute* "meson.build"
 560                  (("libblasr_deps = \\[" m)
 561                   (string-append
 562                    m
 563                    (format #f "cpp.find_library('hdf5', dirs : '~a'), \
 564 cpp.find_library('hdf5_cpp', dirs : '~a'), "
 565                            hdf5 hdf5)))))
 566              #t))
 567          (add-after 'unpack 'find-googletest
 568            (lambda* (#:key inputs #:allow-other-keys)
 569              ;; It doesn't find gtest_main because there's no pkg-config file
 570              ;; for it.  Find it another way.
 571              (substitute* "unittest/meson.build"
 572                (("libblasr_gtest_dep = dependency\\('gtest_main'.*")
 573                 (format #f "cpp = meson.get_compiler('cpp')
 574 libblasr_gtest_dep = cpp.find_library('gtest_main', dirs : '~a')\n"
 575                         (assoc-ref inputs "googletest"))))
 576              #t)))
 577        ;; TODO: unittest/libblasr_unittest cannot be linked
 578        ;; ld: ;; unittest/df08227@@libblasr_unittest@exe/alignment_utils_FileUtils_gtest.cpp.o:
 579        ;; undefined reference to symbol
 580        ;; '_ZN7testing8internal9DeathTest6CreateEPKcPKNS0_2REES3_iPPS1_'
 581        ;; ld: /gnu/store/...-googletest-1.8.0/lib/libgtest.so:
 582        ;;   error adding symbols: DSO missing from command line
 583        #:tests? #f
 584        #:configure-flags '("-Dtests=false")))
 585     (inputs
 586      `(("boost" ,boost)
 587        ("hdf5" ,hdf5)
 588        ("pbbam" ,pbbam)
 589        ("zlib" ,zlib)))
 590     (native-inputs
 591      `(("googletest" ,googletest)
 592        ("pkg-config" ,pkg-config)))
 593     (home-page "https://github.com/PacificBiosciences/blasr_libcpp")
 594     (synopsis "Library for analyzing PacBio genomic sequences")
 595     (description
 596      "This package provides three libraries used by applications for analyzing
 597 PacBio genomic sequences.  This library contains three sub-libraries: pbdata,
 598 hdf and alignment.")
 599     (license license:bsd-3)))
 600
 601 (define-public blasr
 602   (package
 603     (name "blasr")
 604     (version "5.3.3")
 605     (source (origin
 606               (method git-fetch)
 607               (uri (git-reference
 608                     (url "https://github.com/PacificBiosciences/blasr.git")
 609                     (commit version)))
 610               (file-name (git-file-name name version))
 611               (sha256
 612                (base32
 613                 "1skgy2mvz8gsgfh1gc2nfgwvpyzb1hpmp2cf2773h5wsj8nw22kl"))))
 614     (build-system meson-build-system)
 615     (arguments
 616      `(#:phases
 617        (modify-phases %standard-phases
 618          (add-after 'unpack 'link-with-hdf5
 619            (lambda* (#:key inputs #:allow-other-keys)
 620              (let ((hdf5 (assoc-ref inputs "hdf5")))
 621                (substitute* "meson.build"
 622                  (("blasr_deps = \\[" m)
 623                   (string-append
 624                    m
 625                    (format #f "cpp.find_library('hdf5', dirs : '~a'), \
 626 cpp.find_library('hdf5_cpp', dirs : '~a'), "
 627                            hdf5 hdf5)))))
 628              #t)))
 629        ;; Tests require "cram" executable, which is not packaged.
 630        #:tests? #f
 631        #:configure-flags '("-Dtests=false")))
 632     (inputs
 633      `(("boost" ,boost)
 634        ("blasr-libcpp" ,blasr-libcpp)
 635        ("hdf5" ,hdf5)
 636        ("pbbam" ,pbbam)
 637        ("zlib" ,zlib)))
 638     (native-inputs
 639      `(("pkg-config" ,pkg-config)))
 640     (home-page "https://github.com/PacificBiosciences/blasr")
 641     (synopsis "PacBio long read aligner")
 642     (description
 643      "Blasr is a genomic sequence aligner for processing PacBio long reads.")
 644     (license license:bsd-3)))
 645
 646 (define-public ribotaper
 647   (package
 648     (name "ribotaper")
 649     (version "1.3.1")
 650     (source (origin
 651               (method url-fetch)
 652               (uri (string-append "https://ohlerlab.mdc-berlin.de/"
 653                                   "files/RiboTaper/RiboTaper_Version_"
 654                                   version ".tar.gz"))
 655               (sha256
 656                (base32
 657                 "0ykjbps1y3z3085q94npw8i9x5gldc6shy8vlc08v76zljsm07hv"))))
 658     (build-system gnu-build-system)
 659     (arguments
 660      `(#:phases
 661        (modify-phases %standard-phases
 662          (add-after 'install 'wrap-executables
 663            (lambda* (#:key inputs outputs #:allow-other-keys)
 664              (let* ((out (assoc-ref outputs "out")))
 665                (for-each
 666                 (lambda (script)
 667                   (wrap-program (string-append out "/bin/" script)
 668                     `("R_LIBS_SITE" ":" = (,(getenv "R_LIBS_SITE")))))
 669                 '("create_annotations_files.bash"
 670                   "create_metaplots.bash"
 671                   "Ribotaper_ORF_find.sh"
 672                   "Ribotaper.sh")))
 673              #t)))))
 674     (inputs
 675      `(("bedtools" ,bedtools-2.18)
 676        ("samtools" ,samtools-0.1)
 677        ("r-minimal" ,r-minimal)
 678        ("r-foreach" ,r-foreach)
 679        ("r-xnomial" ,r-xnomial)
 680        ("r-domc" ,r-domc)
 681        ("r-multitaper" ,r-multitaper)
 682        ("r-seqinr" ,r-seqinr)))
 683     (home-page "https://ohlerlab.mdc-berlin.de/software/RiboTaper_126/")
 684     (synopsis "Define translated ORFs using ribosome profiling data")
 685     (description
 686      "Ribotaper is a method for defining translated @dfn{open reading
 687 frames} (ORFs) using ribosome profiling (ribo-seq) data.  This package
 688 provides the Ribotaper pipeline.")
 689     (license license:gpl3+)))
 690
 691 (define-public ribodiff
 692   (package
 693     (name "ribodiff")
 694     (version "0.2.2")
 695     (source
 696      (origin
 697        (method git-fetch)
 698        (uri (git-reference
 699              (url "https://github.com/ratschlab/RiboDiff.git")
 700              (commit (string-append "v" version))))
 701        (file-name (git-file-name name version))
 702        (sha256
 703         (base32
 704          "0x75nlp7qnmm64jasbi6l21f2cy99r2cjyl6b4hr8zf2bq22drnz"))))
 705     (build-system python-build-system)
 706     (arguments
 707      `(#:python ,python-2
 708        #:phases
 709        (modify-phases %standard-phases
 710          ;; Generate an installable executable script wrapper.
 711          (add-after 'unpack 'patch-setup.py
 712            (lambda _
 713              (substitute* "setup.py"
 714                (("^(.*)packages=.*" line prefix)
 715                 (string-append line "\n"
 716                                prefix "scripts=['scripts/TE.py'],\n")))
 717              #t)))))
 718     (inputs
 719      `(("python-numpy" ,python2-numpy)
 720        ("python-matplotlib" ,python2-matplotlib)
 721        ("python-scipy" ,python2-scipy)
 722        ("python-statsmodels" ,python2-statsmodels)))
 723     (native-inputs
 724      `(("python-mock" ,python2-mock)
 725        ("python-nose" ,python2-nose)))
 726     (home-page "http://public.bmi.inf.ethz.ch/user/zhongy/RiboDiff/")
 727     (synopsis "Detect translation efficiency changes from ribosome footprints")
 728     (description "RiboDiff is a statistical tool that detects the protein
 729 translational efficiency change from Ribo-Seq (ribosome footprinting) and
 730 RNA-Seq data.  It uses a generalized linear model to detect genes showing
 731 difference in translational profile taking mRNA abundance into account.  It
 732 facilitates us to decipher the translational regulation that behave
 733 independently with transcriptional regulation.")
 734     (license license:gpl3+)))
 735
 736 (define-public bioawk
 737   (package
 738     (name "bioawk")
 739     (version "1.0")
 740     (source (origin
 741               (method git-fetch)
 742               (uri (git-reference
 743                     (url "https://github.com/lh3/bioawk.git")
 744                     (commit (string-append "v" version))))
 745               (file-name (git-file-name name version))
 746               (sha256
 747                (base32
 748                 "1pxc3zdnirxbf9a0az698hd8xdik7qkhypm7v6hn922x8y9qmspm"))))
 749     (build-system gnu-build-system)
 750     (inputs
 751      `(("zlib" ,zlib)))
 752     (native-inputs
 753      `(("bison" ,bison)))
 754     (arguments
 755      `(#:tests? #f ; There are no tests to run.
 756        ;; Bison must generate files, before other targets can build.
 757        #:parallel-build? #f
 758        #:phases
 759        (modify-phases %standard-phases
 760          (delete 'configure) ; There is no configure phase.
 761          (replace 'install
 762            (lambda* (#:key outputs #:allow-other-keys)
 763              (let* ((out (assoc-ref outputs "out"))
 764                     (bin  (string-append out "/bin"))
 765                     (man (string-append out "/share/man/man1")))
 766                (mkdir-p man)
 767                (copy-file "awk.1" (string-append man "/bioawk.1"))
 768                (install-file "bioawk" bin))
 769              #t)))))
 770     (home-page "https://github.com/lh3/bioawk")
 771     (synopsis "AWK with bioinformatics extensions")
 772     (description "Bioawk is an extension to Brian Kernighan's awk, adding the
 773 support of several common biological data formats, including optionally gzip'ed
 774 BED, GFF, SAM, VCF, FASTA/Q and TAB-delimited formats with column names.  It
 775 also adds a few built-in functions and a command line option to use TAB as the
 776 input/output delimiter.  When the new functionality is not used, bioawk is
 777 intended to behave exactly the same as the original BWK awk.")
 778     (license license:x11)))
 779
 780 (define-public python-pybedtools
 781   (package
 782     (name "python-pybedtools")
 783     (version "0.8.0")
 784     (source (origin
 785               (method url-fetch)
 786               (uri (pypi-uri "pybedtools" version))
 787               (sha256
 788                (base32
 789                 "1xl454ijvd4dzfvqgfahad49b49j7qy710fq9xh1rvk42z6x5ssf"))))
 790     (build-system python-build-system)
 791     (arguments
 792      `(#:modules ((ice-9 ftw)
 793                   (srfi srfi-1)
 794                   (srfi srfi-26)
 795                   (guix build utils)
 796                   (guix build python-build-system))
 797        ;; See https://github.com/daler/pybedtools/issues/192
 798        #:phases
 799        (modify-phases %standard-phases
 800          ;; See https://github.com/daler/pybedtools/issues/261
 801          (add-after 'unpack 'disable-broken-tests
 802            (lambda _
 803              ;; This test (pybedtools.test.test_scripts.test_venn_mpl) needs a
 804              ;; graphical environment.
 805              (substitute* "pybedtools/test/test_scripts.py"
 806                (("def test_venn_mpl")
 807                 "def _do_not_test_venn_mpl"))
 808              (substitute* "pybedtools/test/test_helpers.py"
 809                ;; Requires internet access.
 810                (("def test_chromsizes")
 811                 "def _do_not_test_chromsizes")
 812                ;; Broken as a result of the workaround used in the check phase
 813                ;; (see: https://github.com/daler/pybedtools/issues/192).
 814                (("def test_getting_example_beds")
 815                 "def _do_not_test_getting_example_beds"))
 816              #t))
 817          ;; TODO: Remove phase after it's part of PYTHON-BUILD-SYSTEM.
 818          ;; build system.
 819          ;; Force the Cythonization of C++ files to guard against compilation
 820          ;; problems.
 821          (add-after 'unpack 'remove-cython-generated-files
 822            (lambda _
 823              (let ((cython-sources (map (cut string-drop-right <> 4)
 824                                         (find-files "." "\\.pyx$")))
 825                    (c/c++-files (find-files "." "\\.(c|cpp|cxx)$")))
 826                (define (strip-extension filename)
 827                  (string-take filename (string-index-right filename #\.)))
 828                (define (cythonized? c/c++-file)
 829                  (member (strip-extension c/c++-file) cython-sources))
 830                (for-each delete-file (filter cythonized? c/c++-files))
 831                #t)))
 832          (add-after 'remove-cython-generated-files 'generate-cython-extensions
 833            (lambda _
 834              (invoke "python" "setup.py" "cythonize")))
 835          (replace 'check
 836            (lambda _
 837              (let* ((cwd (getcwd))
 838                     (build-root-directory (string-append cwd "/build/"))
 839                     (build (string-append
 840                             build-root-directory
 841                             (find (cut string-prefix? "lib" <>)
 842                                   (scandir (string-append
 843                                             build-root-directory)))))
 844                     (scripts (string-append
 845                               build-root-directory
 846                               (find (cut string-prefix? "scripts" <>)
 847                                     (scandir build-root-directory)))))
 848                (setenv "PYTHONPATH"
 849                        (string-append build ":" (getenv "PYTHONPATH")))
 850                ;; Executable scripts such as 'intron_exon_reads.py' must be
 851                ;; available in the PATH.
 852                (setenv "PATH"
 853                        (string-append scripts ":" (getenv "PATH"))))
 854              ;; The tests need to be run from elsewhere...
 855              (mkdir-p "/tmp/test")
 856              (copy-recursively "pybedtools/test" "/tmp/test")
 857              (with-directory-excursion "/tmp/test"
 858                (invoke "pytest")))))))
 859     (propagated-inputs
 860      `(("bedtools" ,bedtools)
 861        ("samtools" ,samtools)
 862        ("python-matplotlib" ,python-matplotlib)
 863        ("python-pysam" ,python-pysam)
 864        ("python-pyyaml" ,python-pyyaml)))
 865     (native-inputs
 866      `(("python-numpy" ,python-numpy)
 867        ("python-pandas" ,python-pandas)
 868        ("python-cython" ,python-cython)
 869        ("kentutils" ,kentutils)         ; for bedGraphToBigWig
 870        ("python-six" ,python-six)
 871        ;; For the test suite.
 872        ("python-pytest" ,python-pytest)
 873        ("python-psutil" ,python-psutil)))
 874     (home-page "https://pythonhosted.org/pybedtools/")
 875     (synopsis "Python wrapper for BEDtools programs")
 876     (description
 877      "pybedtools is a Python wrapper for Aaron Quinlan's BEDtools programs,
 878 which are widely used for genomic interval manipulation or \"genome algebra\".
 879 pybedtools extends BEDTools by offering feature-level manipulations from with
 880 Python.")
 881     (license license:gpl2+)))
 882
 883 (define-public python2-pybedtools
 884   (package-with-python2 python-pybedtools))
 885
 886 (define-public python-biom-format
 887   (package
 888     (name "python-biom-format")
 889     (version "2.1.7")
 890     (source
 891      (origin
 892        (method git-fetch)
 893        ;; Use GitHub as source because PyPI distribution does not contain
 894        ;; test data: https://github.com/biocore/biom-format/issues/693
 895        (uri (git-reference
 896              (url "https://github.com/biocore/biom-format.git")
 897              (commit version)))
 898        (file-name (git-file-name name version))
 899        (sha256
 900         (base32
 901          "1rna16lyk5aqhnv0dp77wwaplias93f1vw28ad3jmyw6hwkai05v"))
 902        (modules '((guix build utils)))
 903        (snippet '(begin
 904                    ;; Delete generated C files.
 905                    (for-each delete-file (find-files "." "\\.c"))
 906                    #t))))
 907     (build-system python-build-system)
 908     (arguments
 909      `(#:phases
 910        (modify-phases %standard-phases
 911          (add-after 'unpack 'use-cython
 912            (lambda _ (setenv "USE_CYTHON" "1") #t))
 913          (add-after 'unpack 'disable-broken-tests
 914            (lambda _
 915              (substitute* "biom/tests/test_cli/test_validate_table.py"
 916                (("^(.+)def test_invalid_hdf5" m indent)
 917                 (string-append indent
 918                                "@npt.dec.skipif(True, msg='Guix')\n"
 919                                m)))
 920              (substitute* "biom/tests/test_table.py"
 921                (("^(.+)def test_from_hdf5_issue_731" m indent)
 922                 (string-append indent
 923                                "@npt.dec.skipif(True, msg='Guix')\n"
 924                                m)))
 925              #t))
 926          (add-before 'reset-gzip-timestamps 'make-files-writable
 927            (lambda* (#:key outputs #:allow-other-keys)
 928              (let ((out (assoc-ref outputs "out")))
 929                (for-each (lambda (file) (chmod file #o644))
 930                          (find-files out "\\.gz"))
 931                #t))))))
 932     (propagated-inputs
 933      `(("python-numpy" ,python-numpy)
 934        ("python-scipy" ,python-scipy)
 935        ("python-flake8" ,python-flake8)
 936        ("python-future" ,python-future)
 937        ("python-click" ,python-click)
 938        ("python-h5py" ,python-h5py)
 939        ("python-pandas" ,python-pandas)))
 940     (native-inputs
 941      `(("python-cython" ,python-cython)
 942        ("python-pytest" ,python-pytest)
 943        ("python-pytest-cov" ,python-pytest-cov)
 944        ("python-nose" ,python-nose)))
 945     (home-page "http://www.biom-format.org")
 946     (synopsis "Biological Observation Matrix (BIOM) format utilities")
 947     (description
 948      "The BIOM file format is designed to be a general-use format for
 949 representing counts of observations e.g. operational taxonomic units, KEGG
 950 orthology groups or lipid types, in one or more biological samples
 951 e.g. microbiome samples, genomes, metagenomes.")
 952     (license license:bsd-3)
 953     (properties `((python2-variant . ,(delay python2-biom-format))))))
 954
 955 (define-public python2-biom-format
 956   (let ((base (package-with-python2 (strip-python2-variant python-biom-format))))
 957     (package
 958       (inherit base)
 959       (arguments
 960        (substitute-keyword-arguments (package-arguments base)
 961          ((#:phases phases)
 962           `(modify-phases ,phases
 963              ;; Do not require the unmaintained pyqi library.
 964              (add-after 'unpack 'remove-pyqi
 965                (lambda _
 966                  (substitute* "setup.py"
 967                    (("install_requires.append\\(\"pyqi\"\\)") "pass"))
 968                  #t)))))))))
 969
 970 (define-public bioperl-minimal
 971   (let* ((inputs `(("perl-module-build" ,perl-module-build)
 972                    ("perl-data-stag" ,perl-data-stag)
 973                    ("perl-libwww" ,perl-libwww)
 974                    ("perl-uri" ,perl-uri)))
 975          (transitive-inputs
 976           (map (compose package-name cadr)
 977                (delete-duplicates
 978                 (concatenate
 979                  (map (compose package-transitive-target-inputs cadr) inputs))))))
 980     (package
 981       (name "bioperl-minimal")
 982       (version "1.7.0")
 983       (source
 984        (origin
 985          (method url-fetch)
 986          (uri (string-append "https://github.com/bioperl/bioperl-live/"
 987                              "archive/release-"
 988                              (string-map (lambda (c)
 989                                            (if (char=? c #\.)
 990                                                #\- c)) version)
 991                              ".tar.gz"))
 992          (sha256
 993           (base32
 994            "12phgpxwgkqflkwfb9dcqg7a31dpjlfhar8wcgv0aj5ln4akfz06"))))
 995       (build-system perl-build-system)
 996       (arguments
 997        `(#:phases
 998          (modify-phases %standard-phases
 999            (add-after
1000             'install 'wrap-programs
1001             (lambda* (#:key outputs #:allow-other-keys)
1002               ;; Make sure all executables in "bin" find the required Perl
1003               ;; modules at runtime.  As the PERL5LIB variable contains also
1004               ;; the paths of native inputs, we pick the transitive target
1005               ;; inputs from %build-inputs.
1006               (let* ((out  (assoc-ref outputs "out"))
1007                      (bin  (string-append out "/bin/"))
1008                      (path (string-join
1009                             (cons (string-append out "/lib/perl5/site_perl")
1010                                   (map (lambda (name)
1011                                          (assoc-ref %build-inputs name))
1012                                        ',transitive-inputs))
1013                             ":")))
1014                 (for-each (lambda (file)
1015                             (wrap-program file
1016                               `("PERL5LIB" ":" prefix (,path))))
1017                           (find-files bin "\\.pl$"))
1018                 #t))))))
1019       (inputs inputs)
1020       (native-inputs
1021        `(("perl-test-most" ,perl-test-most)))
1022       (home-page "https://metacpan.org/release/BioPerl")
1023       (synopsis "Bioinformatics toolkit")
1024       (description
1025        "BioPerl is the product of a community effort to produce Perl code which
1026 is useful in biology.  Examples include Sequence objects, Alignment objects
1027 and database searching objects.  These objects not only do what they are
1028 advertised to do in the documentation, but they also interact - Alignment
1029 objects are made from the Sequence objects, Sequence objects have access to
1030 Annotation and SeqFeature objects and databases, Blast objects can be
1031 converted to Alignment objects, and so on.  This means that the objects
1032 provide a coordinated and extensible framework to do computational biology.")
1033       (license license:perl-license))))
1034
1035 (define-public python-biopython
1036   (package
1037     (name "python-biopython")
1038     (version "1.70")
1039     (source (origin
1040               (method url-fetch)
1041               ;; use PyPi rather than biopython.org to ease updating
1042               (uri (pypi-uri "biopython" version))
1043               (sha256
1044                (base32
1045                 "0nz4n9d2y2dg849gn1z0vjlkwcpzzkzy3fij7x94a6ixy2c54z2a"))))
1046     (build-system python-build-system)
1047     (arguments
1048      `(#:phases
1049        (modify-phases %standard-phases
1050          (add-before 'check 'set-home
1051            ;; Some tests require a home directory to be set.
1052            (lambda _ (setenv "HOME" "/tmp") #t)))))
1053     (propagated-inputs
1054      `(("python-numpy" ,python-numpy)))
1055     (home-page "http://biopython.org/")
1056     (synopsis "Tools for biological computation in Python")
1057     (description
1058      "Biopython is a set of tools for biological computation including parsers
1059 for bioinformatics files into Python data structures; interfaces to common
1060 bioinformatics programs; a standard sequence class and tools for performing
1061 common operations on them; code to perform data classification; code for
1062 dealing with alignments; code making it easy to split up parallelizable tasks
1063 into separate processes; and more.")
1064     (license (license:non-copyleft "http://www.biopython.org/DIST/LICENSE"))))
1065
1066 (define-public python2-biopython
1067   (package-with-python2 python-biopython))
1068
1069 (define-public python-fastalite
1070   (package
1071     (name "python-fastalite")
1072     (version "0.3")
1073     (source
1074      (origin
1075        (method url-fetch)
1076        (uri (pypi-uri "fastalite" version))
1077        (sha256
1078         (base32
1079          "1qli6pxp77i9xn2wfciq2zaxhl82bdxb33cpzqzj1z25yd036wqj"))))
1080     (build-system python-build-system)
1081     (arguments
1082      `(#:tests? #f)) ; Test data is not distributed.
1083     (home-page "https://github.com/nhoffman/fastalite")
1084     (synopsis "Simplest possible FASTA parser")
1085     (description "This library implements a FASTA and a FASTQ parser without
1086 relying on a complex dependency tree.")
1087     (license license:expat)))
1088
1089 (define-public python2-fastalite
1090   (package-with-python2 python-fastalite))
1091
1092 (define-public bpp-core
1093   ;; The last release was in 2014 and the recommended way to install from source
1094   ;; is to clone the git repository, so we do this.
1095   ;; http://biopp.univ-montp2.fr/wiki/index.php/Main_Page
1096   (let ((commit "7d8bced0d1a87291ea8dd7046b7fb5ff9c35c582"))
1097     (package
1098       (name "bpp-core")
1099       (version (string-append "2.2.0-1." (string-take commit 7)))
1100       (source (origin
1101                 (method git-fetch)
1102                 (uri (git-reference
1103                       (url "http://biopp.univ-montp2.fr/git/bpp-core")
1104                       (commit commit)))
1105                 (file-name (string-append name "-" version "-checkout"))
1106                 (sha256
1107                  (base32
1108                   "10djsq5vlnkilv436gnmh4irpk49v29pa69r6xiryg32xmvn909j"))))
1109       (build-system cmake-build-system)
1110       (arguments
1111        `(#:parallel-build? #f))
1112       (inputs
1113        `(("gcc" ,gcc-5))) ; Compilation of bpp-phyl fails with GCC 4.9 so we
1114                           ; compile all of the bpp packages with GCC 5.
1115       (home-page "http://biopp.univ-montp2.fr")
1116       (synopsis "C++ libraries for Bioinformatics")
1117       (description
1118        "Bio++ is a set of C++ libraries for Bioinformatics, including sequence
1119 analysis, phylogenetics, molecular evolution and population genetics.  It is
1120 Object Oriented and is designed to be both easy to use and computer efficient.
1121 Bio++ intends to help programmers to write computer expensive programs, by
1122 providing them a set of re-usable tools.")
1123       (license license:cecill-c))))
1124
1125 (define-public bpp-phyl
1126   ;; The last release was in 2014 and the recommended way to install from source
1127   ;; is to clone the git repository, so we do this.
1128   ;; http://biopp.univ-montp2.fr/wiki/index.php/Main_Page
1129   (let ((commit "0c07167b629f68b569bf274d1ad0c4af83276ae2"))
1130     (package
1131       (name "bpp-phyl")
1132       (version (string-append "2.2.0-1." (string-take commit 7)))
1133       (source (origin
1134                 (method git-fetch)
1135                 (uri (git-reference
1136                       (url "http://biopp.univ-montp2.fr/git/bpp-phyl")
1137                       (commit commit)))
1138                 (file-name (string-append name "-" version "-checkout"))
1139                 (sha256
1140                  (base32
1141                   "1ssjgchzwj3iai26kyly7gwkdv8sk59nqhkb1wpap3sf5m6kyllh"))))
1142       (build-system cmake-build-system)
1143       (arguments
1144        `(#:parallel-build? #f
1145          ;; If out-of-source, test data is not copied into the build directory
1146          ;; so the tests fail.
1147          #:out-of-source? #f))
1148       (inputs
1149        `(("bpp-core" ,bpp-core)
1150          ("bpp-seq" ,bpp-seq)
1151          ;; GCC 4.8 fails due to an 'internal compiler error', so we use a more
1152          ;; modern GCC.
1153          ("gcc" ,gcc-5)))
1154       (home-page "http://biopp.univ-montp2.fr")
1155       (synopsis "Bio++ phylogenetic Library")
1156       (description
1157        "Bio++ is a set of C++ libraries for Bioinformatics, including sequence
1158 analysis, phylogenetics, molecular evolution and population genetics.  This
1159 library provides phylogenetics-related modules.")
1160       (license license:cecill-c))))
1161
1162 (define-public bpp-popgen
1163   ;; The last release was in 2014 and the recommended way to install from source
1164   ;; is to clone the git repository, so we do this.
1165   ;; http://biopp.univ-montp2.fr/wiki/index.php/Main_Page
1166   (let ((commit "e472bac9b1a148803895d747cd6d0c5904f85d9f"))
1167     (package
1168       (name "bpp-popgen")
1169       (version (string-append "2.2.0-1." (string-take commit 7)))
1170       (source (origin
1171                 (method git-fetch)
1172                 (uri (git-reference
1173                       (url "http://biopp.univ-montp2.fr/git/bpp-popgen")
1174                       (commit commit)))
1175                 (file-name (string-append name "-" version "-checkout"))
1176                 (sha256
1177                  (base32
1178                   "0yn82dzn1n5629nzja68xfrhi655709rjanyryb36vzkmymy6dw5"))))
1179       (build-system cmake-build-system)
1180       (arguments
1181        `(#:parallel-build? #f
1182          #:tests? #f)) ; There are no tests.
1183       (inputs
1184        `(("bpp-core" ,bpp-core)
1185          ("bpp-seq" ,bpp-seq)
1186          ("gcc" ,gcc-5)))
1187       (home-page "http://biopp.univ-montp2.fr")
1188       (synopsis "Bio++ population genetics library")
1189       (description
1190        "Bio++ is a set of C++ libraries for Bioinformatics, including sequence
1191 analysis, phylogenetics, molecular evolution and population genetics.  This
1192 library provides population genetics-related modules.")
1193       (license license:cecill-c))))
1194
1195 (define-public bpp-seq
1196   ;; The last release was in 2014 and the recommended way to install from source
1197   ;; is to clone the git repository, so we do this.
1198   ;; http://biopp.univ-montp2.fr/wiki/index.php/Main_Page
1199   (let ((commit "6cfa07965ce152e5598a89df2fa80a75973bfa33"))
1200     (package
1201       (name "bpp-seq")
1202       (version (string-append "2.2.0-1." (string-take commit 7)))
1203       (source (origin
1204                 (method git-fetch)
1205                 (uri (git-reference
1206                       (url "http://biopp.univ-montp2.fr/git/bpp-seq")
1207                       (commit commit)))
1208                 (file-name (string-append name "-" version "-checkout"))
1209                 (sha256
1210                  (base32
1211                   "1nys5jq7jqvdg40d91wsmj3q2yzy4276cp7sp44n67p468f27zf2"))))
1212       (build-system cmake-build-system)
1213       (arguments
1214        `(#:parallel-build? #f
1215          ;; If out-of-source, test data is not copied into the build directory
1216          ;; so the tests fail.
1217          #:out-of-source? #f))
1218       (inputs
1219        `(("bpp-core" ,bpp-core)
1220          ("gcc" ,gcc-5))) ; Use GCC 5 as per 'bpp-core'.
1221       (home-page "http://biopp.univ-montp2.fr")
1222       (synopsis "Bio++ sequence library")
1223       (description
1224        "Bio++ is a set of C++ libraries for Bioinformatics, including sequence
1225 analysis, phylogenetics, molecular evolution and population genetics.  This
1226 library provides sequence-related modules.")
1227       (license license:cecill-c))))
1228
1229 (define-public bppsuite
1230   ;; The last release was in 2014 and the recommended way to install from source
1231   ;; is to clone the git repository, so we do this.
1232   ;; http://biopp.univ-montp2.fr/wiki/index.php/Main_Page
1233   (let ((commit "c516147f57aa50961121cd505bed52cd7603698b"))
1234     (package
1235       (name "bppsuite")
1236       (version (string-append "2.2.0-1." (string-take commit 7)))
1237       (source (origin
1238                 (method git-fetch)
1239                 (uri (git-reference
1240                       (url "http://biopp.univ-montp2.fr/git/bppsuite")
1241                       (commit commit)))
1242                 (file-name (string-append name "-" version "-checkout"))
1243                 (sha256
1244                  (base32
1245                   "1y87pxvw0jxjizhq2dr9g2r91md45k1p9ih2sl1yy1y3p934l2kb"))))
1246       (build-system cmake-build-system)
1247       (arguments
1248        `(#:parallel-build? #f
1249          #:tests? #f)) ; There are no tests.
1250       (native-inputs
1251        `(("groff" ,groff)
1252          ("man-db" ,man-db)
1253          ("texinfo" ,texinfo)))
1254       (inputs
1255        `(("bpp-core" ,bpp-core)
1256          ("bpp-seq" ,bpp-seq)
1257          ("bpp-phyl" ,bpp-phyl)
1258          ("bpp-phyl" ,bpp-popgen)
1259          ("gcc" ,gcc-5)))
1260       (home-page "http://biopp.univ-montp2.fr")
1261       (synopsis "Bioinformatics tools written with the Bio++ libraries")
1262       (description
1263        "Bio++ is a set of C++ libraries for Bioinformatics, including sequence
1264 analysis, phylogenetics, molecular evolution and population genetics.  This
1265 package provides command line tools using the Bio++ library.")
1266       (license license:cecill-c))))
1267
1268 (define-public blast+
1269   (package
1270     (name "blast+")
1271     (version "2.7.1")
1272     (source (origin
1273               (method url-fetch)
1274               (uri (string-append
1275                     "ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/blast/executables/blast+/"
1276                     version "/ncbi-blast-" version "+-src.tar.gz"))
1277               (sha256
1278                (base32
1279                 "1jlq0afxxgczpp35k6mxh8mn4jzq7vqcnaixk166sfj10wq8v9qh"))
1280               (modules '((guix build utils)))
1281               (snippet
1282                '(begin
1283                   ;; Remove bundled bzip2, zlib and pcre.
1284                   (delete-file-recursively "c++/src/util/compress/bzip2")
1285                   (delete-file-recursively "c++/src/util/compress/zlib")
1286                   (delete-file-recursively "c++/src/util/regexp")
1287                   (substitute* "c++/src/util/compress/Makefile.in"
1288                     (("bzip2 zlib api") "api"))
1289                   ;; Remove useless msbuild directory
1290                   (delete-file-recursively
1291                    "c++/src/build-system/project_tree_builder/msbuild")
1292                   #t))))
1293     (build-system gnu-build-system)
1294     (arguments
1295      `(;; There are two(!) tests for this massive library, and both fail with
1296        ;; "unparsable timing stats".
1297        ;; ERR [127] --  [serial/datatool] datatool.sh     (unparsable timing stats)
1298        ;; ERR [127] --  [serial/datatool] datatool_xml.sh     (unparsable timing stats)
1299        #:tests? #f
1300        #:out-of-source? #t
1301        #:parallel-build? #f ; not supported
1302        #:phases
1303        (modify-phases %standard-phases
1304          (add-before 'configure 'set-HOME
1305           ;; $HOME needs to be set at some point during the configure phase
1306           (lambda _ (setenv "HOME" "/tmp") #t))
1307          (add-after 'unpack 'enter-dir
1308           (lambda _ (chdir "c++") #t))
1309          (add-after 'enter-dir 'fix-build-system
1310           (lambda _
1311             (define (which* cmd)
1312               (cond ((string=? cmd "date")
1313                      ;; make call to "date" deterministic
1314                      "date -d @0")
1315                     ((which cmd)
1316                      => identity)
1317                     (else
1318                      (format (current-error-port)
1319                              "WARNING: Unable to find absolute path for ~s~%"
1320                              cmd)
1321                      #f)))
1322
1323             ;; Rewrite hardcoded paths to various tools
1324             (substitute* (append '("src/build-system/configure.ac"
1325                                    "src/build-system/configure"
1326                                    "src/build-system/helpers/run_with_lock.c"
1327                                    "scripts/common/impl/if_diff.sh"
1328                                    "scripts/common/impl/run_with_lock.sh"
1329                                    "src/build-system/Makefile.configurables.real"
1330                                    "src/build-system/Makefile.in.top"
1331                                    "src/build-system/Makefile.meta.gmake=no"
1332                                    "src/build-system/Makefile.meta.in"
1333                                    "src/build-system/Makefile.meta_l"
1334                                    "src/build-system/Makefile.meta_p"
1335                                    "src/build-system/Makefile.meta_r"
1336                                    "src/build-system/Makefile.mk.in"
1337                                    "src/build-system/Makefile.requirements"
1338                                    "src/build-system/Makefile.rules_with_autodep.in")
1339                                  (find-files "scripts/common/check" "\\.sh$"))
1340               (("(/usr/bin/|/bin/)([a-z][-_.a-z]*)" all dir cmd)
1341                (or (which* cmd) all)))
1342
1343             (substitute* (find-files "src/build-system" "^config.*")
1344               (("LN_S=/bin/\\$LN_S") (string-append "LN_S=" (which "ln")))
1345               (("^PATH=.*") ""))
1346
1347             ;; rewrite "/var/tmp" in check script
1348             (substitute* "scripts/common/check/check_make_unix.sh"
1349               (("/var/tmp") "/tmp"))
1350
1351             ;; do not reset PATH
1352             (substitute* (find-files "scripts/common/impl/" "\\.sh$")
1353               (("^ *PATH=.*") "")
1354               (("action=/bin/") "action=")
1355               (("export PATH") ":"))
1356             #t))
1357          (replace 'configure
1358            (lambda* (#:key inputs outputs #:allow-other-keys)
1359              (let ((out     (assoc-ref outputs "out"))
1360                    (lib     (string-append (assoc-ref outputs "lib") "/lib"))
1361                    (include (string-append (assoc-ref outputs "include")
1362                                            "/include/ncbi-tools++")))
1363                ;; The 'configure' script doesn't recognize things like
1364                ;; '--enable-fast-install'.
1365                (invoke "./configure.orig"
1366                        (string-append "--with-build-root=" (getcwd) "/build")
1367                        (string-append "--prefix=" out)
1368                        (string-append "--libdir=" lib)
1369                        (string-append "--includedir=" include)
1370                        (string-append "--with-bz2="
1371                                       (assoc-ref inputs "bzip2"))
1372                        (string-append "--with-z="
1373                                       (assoc-ref inputs "zlib"))
1374                        (string-append "--with-pcre="
1375                                       (assoc-ref inputs "pcre"))
1376                        ;; Each library is built twice by default, once
1377                        ;; with "-static" in its name, and again
1378                        ;; without.
1379                        "--without-static"
1380                        "--with-dll")
1381                #t))))))
1382     (outputs '("out"       ;  21 MB
1383                "lib"       ; 226 MB
1384                "include")) ;  33 MB
1385     (inputs
1386      `(("bzip2" ,bzip2)
1387        ("lmdb" ,lmdb)
1388        ("zlib" ,zlib)
1389        ("pcre" ,pcre)
1390        ("perl" ,perl)
1391        ("python" ,python-wrapper)))
1392     (native-inputs
1393      `(("cpio" ,cpio)))
1394     (home-page "http://blast.ncbi.nlm.nih.gov")
1395     (synopsis "Basic local alignment search tool")
1396     (description
1397      "BLAST is a popular method of performing a DNA or protein sequence
1398 similarity search, using heuristics to produce results quickly.  It also
1399 calculates an “expect value” that estimates how many matches would have
1400 occurred at a given score by chance, which can aid a user in judging how much
1401 confidence to have in an alignment.")
1402     ;; Most of the sources are in the public domain, with the following
1403     ;; exceptions:
1404     ;;   * Expat:
1405     ;;     * ./c++/include/util/bitset/
1406     ;;     * ./c++/src/html/ncbi_menu*.js
1407     ;;   * Boost license:
1408     ;;     * ./c++/include/util/impl/floating_point_comparison.hpp
1409     ;;   * LGPL 2+:
1410     ;;     * ./c++/include/dbapi/driver/odbc/unix_odbc/
1411     ;;   * ASL 2.0:
1412     ;;     * ./c++/src/corelib/teamcity_*
1413     (license (list license:public-domain
1414                    license:expat
1415                    license:boost1.0
1416                    license:lgpl2.0+
1417                    license:asl2.0))))
1418
1419 (define-public bless
1420   (package
1421     (name "bless")
1422     (version "1p02")
1423     (source (origin
1424               (method url-fetch)
1425               (uri (string-append "mirror://sourceforge/bless-ec/bless.v"
1426                                   version ".tgz"))
1427               (sha256
1428                (base32
1429                 "0rm0gw2s18dqwzzpl3c2x1z05ni2v0xz5dmfk3d33j6g4cgrlrdd"))
1430               (modules '((guix build utils)))
1431               (snippet
1432                `(begin
1433                   ;; Remove bundled boost, pigz, zlib, and .git directory
1434                   ;; FIXME: also remove bundled sources for murmurhash3 and
1435                   ;; kmc once packaged.
1436                   (delete-file-recursively "boost")
1437                   (delete-file-recursively "pigz")
1438                   (delete-file-recursively "google-sparsehash")
1439                   (delete-file-recursively "zlib")
1440                   (delete-file-recursively ".git")
1441                   #t))))
1442     (build-system gnu-build-system)
1443     (arguments
1444      '(#:tests? #f ;no "check" target
1445        #:make-flags
1446        (list (string-append "ZLIB="
1447                             (assoc-ref %build-inputs "zlib:static")
1448                             "/lib/libz.a")
1449              (string-append "LDFLAGS="
1450                             (string-join '("-lboost_filesystem"
1451                                            "-lboost_system"
1452                                            "-lboost_iostreams"
1453                                            "-lz"
1454                                            "-fopenmp"
1455                                            "-std=c++11"))))
1456        #:phases
1457        (modify-phases %standard-phases
1458          (add-after 'unpack 'do-not-build-bundled-pigz
1459           (lambda* (#:key inputs outputs #:allow-other-keys)
1460             (substitute* "Makefile"
1461               (("cd pigz/pigz-2.3.3; make") ""))
1462             #t))
1463          (add-after 'unpack 'patch-paths-to-executables
1464           (lambda* (#:key inputs outputs #:allow-other-keys)
1465             (substitute* "parse_args.cpp"
1466               (("kmc_binary = .*")
1467                (string-append "kmc_binary = \""
1468                               (assoc-ref outputs "out")
1469                               "/bin/kmc\";"))
1470               (("pigz_binary = .*")
1471                (string-append "pigz_binary = \""
1472                               (assoc-ref inputs "pigz")
1473                               "/bin/pigz\";")))
1474             #t))
1475          (replace 'install
1476           (lambda* (#:key outputs #:allow-other-keys)
1477             (let ((bin (string-append (assoc-ref outputs "out") "/bin/")))
1478               (for-each (lambda (file)
1479                           (install-file file bin))
1480                         '("bless" "kmc/bin/kmc"))
1481               #t)))
1482          (delete 'configure))))
1483     (native-inputs
1484      `(("perl" ,perl)))
1485     (inputs
1486      `(("openmpi" ,openmpi)
1487        ("boost" ,boost)
1488        ("sparsehash" ,sparsehash)
1489        ("pigz" ,pigz)
1490        ("zlib:static" ,zlib "static")
1491        ("zlib" ,zlib)))
1492     (supported-systems '("x86_64-linux"))
1493     (home-page "https://sourceforge.net/p/bless-ec/wiki/Home/")
1494     (synopsis "Bloom-filter-based error correction tool for NGS reads")
1495     (description
1496      "@dfn{Bloom-filter-based error correction solution for high-throughput
1497 sequencing reads} (BLESS) uses a single minimum-sized bloom filter is a
1498 correction tool for genomic reads produced by @dfn{Next-generation
1499 sequencing} (NGS).  BLESS produces accurate correction results with much less
1500 memory compared with previous solutions and is also able to tolerate a higher
1501 false-positive rate.  BLESS can extend reads like DNA assemblers to correct
1502 errors at the end of reads.")
1503     (license license:gpl3+)))
1504
1505 (define-public bowtie
1506   (package
1507     (name "bowtie")
1508     (version "2.3.4.3")
1509     (source (origin
1510               (method git-fetch)
1511               (uri (git-reference
1512                     (url "https://github.com/BenLangmead/bowtie2.git")
1513                     (commit (string-append "v" version))))
1514               (file-name (git-file-name name version))
1515               (sha256
1516                (base32
1517                 "1zl3cf327y2p7p03cavymbh7b00djc7lncfaqih33n96iy9q8ibp"))
1518               (modules '((guix build utils)))
1519               (snippet
1520                '(begin
1521                   (substitute* "Makefile"
1522                     ;; replace BUILD_HOST and BUILD_TIME for deterministic build
1523                     (("-DBUILD_HOST=.*") "-DBUILD_HOST=\"\\\"guix\\\"\"")
1524                     (("-DBUILD_TIME=.*") "-DBUILD_TIME=\"\\\"0\\\"\""))
1525                   #t))))
1526     (build-system gnu-build-system)
1527     (arguments
1528      '(#:make-flags
1529        (list "allall"
1530              "WITH_TBB=1"
1531              (string-append "prefix=" (assoc-ref %outputs "out")))
1532        #:phases
1533        (modify-phases %standard-phases
1534          (delete 'configure)
1535          (replace 'check
1536            (lambda _
1537              (invoke "perl"
1538                      "scripts/test/simple_tests.pl"
1539                      "--bowtie2=./bowtie2"
1540                      "--bowtie2-build=./bowtie2-build")
1541              #t)))))
1542     (inputs
1543      `(("tbb" ,tbb)
1544        ("zlib" ,zlib)
1545        ("python" ,python-wrapper)))
1546     (native-inputs
1547      `(("perl" ,perl)
1548        ("perl-clone" ,perl-clone)
1549        ("perl-test-deep" ,perl-test-deep)
1550        ("perl-test-simple" ,perl-test-simple)))
1551     (home-page "http://bowtie-bio.sourceforge.net/bowtie2/index.shtml")
1552     (synopsis "Fast and sensitive nucleotide sequence read aligner")
1553     (description
1554      "Bowtie 2 is a fast and memory-efficient tool for aligning sequencing
1555 reads to long reference sequences.  It is particularly good at aligning reads
1556 of about 50 up to 100s or 1,000s of characters, and particularly good at
1557 aligning to relatively long (e.g. mammalian) genomes.  Bowtie 2 indexes the
1558 genome with an FM Index to keep its memory footprint small: for the human
1559 genome, its memory footprint is typically around 3.2 GB.  Bowtie 2 supports
1560 gapped, local, and paired-end alignment modes.")
1561     (supported-systems '("x86_64-linux"))
1562     (license license:gpl3+)))
1563
1564 (define-public bowtie1
1565   (package
1566     (name "bowtie1")
1567     (version "1.2.2")
1568     (source (origin
1569               (method url-fetch)
1570               (uri (string-append "mirror://sourceforge/bowtie-bio/bowtie/"
1571                                   version "/bowtie-" version "-src.zip"))
1572               (sha256
1573                (base32
1574                 "1jl2cj9bz8lwz8dwnxbycn8yp8g4kky62fkcxifyf1ri0y6n2vc0"))
1575               (modules '((guix build utils)))
1576               (snippet
1577                '(substitute* "Makefile"
1578                   ;; replace BUILD_HOST and BUILD_TIME for deterministic build
1579                   (("-DBUILD_HOST=.*") "-DBUILD_HOST=\"\\\"guix\\\"\"")
1580                   (("-DBUILD_TIME=.*") "-DBUILD_TIME=\"\\\"0\\\"\"")))))
1581     (build-system gnu-build-system)
1582     (arguments
1583      '(#:tests? #f                      ; no "check" target
1584        #:make-flags
1585        (list "all"
1586              (string-append "prefix=" (assoc-ref %outputs "out")))
1587        #:phases
1588        (modify-phases %standard-phases
1589          (delete 'configure))))
1590     (inputs
1591      `(("tbb" ,tbb)
1592        ("zlib" ,zlib)))
1593     (supported-systems '("x86_64-linux"))
1594     (home-page "http://bowtie-bio.sourceforge.net/index.shtml")
1595     (synopsis "Fast aligner for short nucleotide sequence reads")
1596     (description
1597      "Bowtie is a fast, memory-efficient short read aligner.  It aligns short
1598 DNA sequences (reads) to the human genome at a rate of over 25 million 35-bp
1599 reads per hour.  Bowtie indexes the genome with a Burrows-Wheeler index to
1600 keep its memory footprint small: typically about 2.2 GB for the human
1601 genome (2.9 GB for paired-end).")
1602     (license license:artistic2.0)))
1603
1604 (define-public tophat
1605   (package
1606     (name "tophat")
1607     (version "2.1.1")
1608     (source (origin
1609               (method url-fetch)
1610               (uri (string-append
1611                     "http://ccb.jhu.edu/software/tophat/downloads/tophat-"
1612                     version ".tar.gz"))
1613               (sha256
1614                (base32
1615                 "19add02kv2xhd6ihd779dr7x35ggym3jqr0m5c4315i1yfb0p11p"))
1616               (modules '((guix build utils)))
1617               (snippet
1618                '(begin
1619                   ;; Remove bundled SeqAn and samtools
1620                   (delete-file-recursively "src/SeqAn-1.4.2")
1621                   (delete-file-recursively "src/samtools-0.1.18")
1622                   #t))))
1623     (build-system gnu-build-system)
1624     (arguments
1625      '(#:parallel-build? #f ; not supported
1626        #:phases
1627        (modify-phases %standard-phases
1628          (add-after 'unpack 'use-system-samtools
1629            (lambda* (#:key inputs #:allow-other-keys)
1630              (substitute* "src/Makefile.in"
1631                (("(noinst_LIBRARIES = )\\$\\(SAMLIB\\)" _ prefix) prefix)
1632                (("\\$\\(SAMPROG\\): \\$\\(SAMLIB\\)") "")
1633                (("SAMPROG = samtools_0\\.1\\.18") "")
1634                (("\\$\\(samtools_0_1_18_SOURCES\\)") "")
1635                (("am__EXEEXT_1 = samtools_0\\.1\\.18\\$\\(EXEEXT\\)") ""))
1636              (substitute* '("src/common.cpp"
1637                             "src/tophat.py")
1638                (("samtools_0.1.18") (which "samtools")))
1639              (substitute* '("src/common.h"
1640                             "src/bam2fastx.cpp")
1641                (("#include \"bam.h\"") "#include <samtools/bam.h>")
1642                (("#include \"sam.h\"") "#include <samtools/sam.h>"))
1643              (substitute* '("src/bwt_map.h"
1644                             "src/map2gtf.h"
1645                             "src/align_status.h")
1646                (("#include <bam.h>") "#include <samtools/bam.h>")
1647                (("#include <sam.h>") "#include <samtools/sam.h>"))
1648              #t)))))
1649     (inputs
1650      `(("boost" ,boost)
1651        ("bowtie" ,bowtie)
1652        ("samtools" ,samtools-0.1)
1653        ("ncurses" ,ncurses)
1654        ("python" ,python-2)
1655        ("perl" ,perl)
1656        ("zlib" ,zlib)
1657        ("seqan" ,seqan-1)))
1658     (home-page "http://ccb.jhu.edu/software/tophat/index.shtml")
1659     (synopsis "Spliced read mapper for RNA-Seq data")
1660     (description
1661      "TopHat is a fast splice junction mapper for nucleotide sequence
1662 reads produced by the RNA-Seq method.  It aligns RNA-Seq reads to
1663 mammalian-sized genomes using the ultra high-throughput short read
1664 aligner Bowtie, and then analyzes the mapping results to identify
1665 splice junctions between exons.")
1666     ;; TopHat is released under the Boost Software License, Version 1.0
1667     ;; See https://github.com/infphilo/tophat/issues/11#issuecomment-121589893
1668     (license license:boost1.0)))
1669
1670 (define-public bwa
1671   (package
1672     (name "bwa")
1673     (version "0.7.17")
1674     (source (origin
1675               (method url-fetch)
1676               (uri (string-append
1677                     "https://github.com/lh3/bwa/releases/download/v"
1678                     version "/bwa-" version ".tar.bz2"))
1679               (sha256
1680                (base32
1681                 "1zfhv2zg9v1icdlq4p9ssc8k01mca5d1bd87w71py2swfi74s6yy"))))
1682     (build-system gnu-build-system)
1683     (arguments
1684      '(#:tests? #f ;no "check" target
1685        #:phases
1686        (modify-phases %standard-phases
1687          (replace 'install
1688            (lambda* (#:key outputs #:allow-other-keys)
1689              (let ((bin (string-append
1690                          (assoc-ref outputs "out") "/bin"))
1691                    (doc (string-append
1692                          (assoc-ref outputs "out") "/share/doc/bwa"))
1693                    (man (string-append
1694                          (assoc-ref outputs "out") "/share/man/man1")))
1695                (install-file "bwa" bin)
1696                (install-file "README.md" doc)
1697                (install-file "bwa.1" man))
1698              #t))
1699            ;; no "configure" script
1700           (delete 'configure))))
1701     (inputs `(("zlib" ,zlib)))
1702     ;; Non-portable SSE instructions are used so building fails on platforms
1703     ;; other than x86_64.
1704     (supported-systems '("x86_64-linux"))
1705     (home-page "http://bio-bwa.sourceforge.net/")
1706     (synopsis "Burrows-Wheeler sequence aligner")
1707     (description
1708      "BWA is a software package for mapping low-divergent sequences against a
1709 large reference genome, such as the human genome.  It consists of three
1710 algorithms: BWA-backtrack, BWA-SW and BWA-MEM.  The first algorithm is
1711 designed for Illumina sequence reads up to 100bp, while the rest two for
1712 longer sequences ranged from 70bp to 1Mbp.  BWA-MEM and BWA-SW share similar
1713 features such as long-read support and split alignment, but BWA-MEM, which is
1714 the latest, is generally recommended for high-quality queries as it is faster
1715 and more accurate.  BWA-MEM also has better performance than BWA-backtrack for
1716 70-100bp Illumina reads.")
1717     (license license:gpl3+)))
1718
1719 (define-public bwa-pssm
1720   (package (inherit bwa)
1721     (name "bwa-pssm")
1722     (version "0.5.11")
1723     (source (origin
1724               (method git-fetch)
1725               (uri (git-reference
1726                     (url "https://github.com/pkerpedjiev/bwa-pssm.git")
1727                     (commit version)))
1728               (file-name (git-file-name name version))
1729               (sha256
1730                (base32
1731                 "076c4q0cdqz8jgylb067y9zmvxglppnzi3qiscn0xiypgc6lgb5r"))))
1732     (build-system gnu-build-system)
1733     (inputs
1734      `(("gdsl" ,gdsl)
1735        ("zlib" ,zlib)
1736        ("perl" ,perl)))
1737     (home-page "http://bwa-pssm.binf.ku.dk/")
1738     (synopsis "Burrows-Wheeler transform-based probabilistic short read mapper")
1739     (description
1740      "BWA-PSSM is a probabilistic short genomic sequence read aligner based on
1741 the use of @dfn{position specific scoring matrices} (PSSM).  Like many of the
1742 existing aligners it is fast and sensitive.  Unlike most other aligners,
1743 however, it is also adaptible in the sense that one can direct the alignment
1744 based on known biases within the data set.  It is coded as a modification of
1745 the original BWA alignment program and shares the genome index structure as
1746 well as many of the command line options.")
1747     (license license:gpl3+)))
1748
1749 (define-public bwa-meth
1750   (package
1751     (name "bwa-meth")
1752     (version "0.2.2")
1753     (source (origin
1754               (method git-fetch)
1755               (uri (git-reference
1756                     (url "https://github.com/brentp/bwa-meth.git")
1757                     (commit (string-append "v" version))))
1758               (file-name (git-file-name name version))
1759               (sha256
1760                (base32
1761                 "17j31i7zws5j7mhsq9x3qgkxly6mlmrgwhfq0qbflgxrmx04yaiz"))))
1762     (build-system python-build-system)
1763     (arguments
1764      `(#:phases
1765        (modify-phases %standard-phases
1766          (add-after 'unpack 'keep-references-to-bwa
1767            (lambda* (#:key inputs #:allow-other-keys)
1768              (substitute* "bwameth.py"
1769                (("bwa mem")
1770                 (string-append (which "bwa") " mem"))
1771                ;; There's an ill-advised check for "samtools" on PATH.
1772                (("^checkX.*") ""))
1773              #t)))))
1774     (inputs
1775      `(("bwa" ,bwa)))
1776     (native-inputs
1777      `(("python-toolshed" ,python-toolshed)))
1778     (home-page "https://github.com/brentp/bwa-meth")
1779     (synopsis "Fast and accurante alignment of BS-Seq reads")
1780     (description
1781      "BWA-Meth works for single-end reads and for paired-end reads from the
1782 directional protocol (most common).  It uses the method employed by
1783 methylcoder and Bismark of in silico conversion of all C's to T's in both
1784 reference and reads.  It recovers the original read (needed to tabulate
1785 methylation) by attaching it as a comment which BWA appends as a tag to the
1786 read.  It performs favorably to existing aligners gauged by number of on and
1787 off-target reads for a capture method that targets CpG-rich region.")
1788     (license license:expat)))
1789
1790 (define-public python-bx-python
1791   (package
1792     (name "python-bx-python")
1793     (version "0.8.2")
1794     (source (origin
1795               (method url-fetch)
1796               (uri (pypi-uri "bx-python" version))
1797               (sha256
1798                (base32
1799                 "11kksg2rbzihpmcid823xvg42xi88m7sz58rzk29abybkxy0rszs"))))
1800     (build-system python-build-system)
1801     ;; Tests fail because test data are not included
1802     (arguments '(#:tests? #f))
1803     (propagated-inputs
1804      `(("python-numpy" ,python-numpy)
1805        ("python-six" ,python-six)))
1806     (inputs
1807      `(("zlib" ,zlib)))
1808     (native-inputs
1809      `(("python-lzo" ,python-lzo)
1810        ("python-nose" ,python-nose)
1811        ("python-cython" ,python-cython)))
1812     (home-page "https://github.com/bxlab/bx-python")
1813     (synopsis "Tools for manipulating biological data")
1814     (description
1815      "bx-python provides tools for manipulating biological data, particularly
1816 multiple sequence alignments.")
1817     (license license:expat)))
1818
1819 (define-public python2-bx-python
1820   (package-with-python2 python-bx-python))
1821
1822 (define-public python-pysam
1823   (package
1824     (name "python-pysam")
1825     (version "0.15.1")
1826     (source (origin
1827               (method git-fetch)
1828               ;; Test data is missing on PyPi.
1829               (uri (git-reference
1830                     (url "https://github.com/pysam-developers/pysam.git")
1831                     (commit (string-append "v" version))))
1832               (file-name (git-file-name name version))
1833               (sha256
1834                (base32
1835                 "1vj367w6xbn9bpmksm162l1aipf7cj97h1q83y7jcpm33ihwpf7x"))
1836               (modules '((guix build utils)))
1837               (snippet '(begin
1838                           ;; Drop bundled htslib. TODO: Also remove samtools
1839                           ;; and bcftools.
1840                           (delete-file-recursively "htslib")
1841                           #t))))
1842     (build-system python-build-system)
1843     (arguments
1844      `(#:modules ((ice-9 ftw)
1845                   (srfi srfi-26)
1846                   (guix build python-build-system)
1847                   (guix build utils))
1848        #:phases
1849        (modify-phases %standard-phases
1850          (add-before 'build 'set-flags
1851            (lambda* (#:key inputs #:allow-other-keys)
1852              (setenv "HTSLIB_MODE" "external")
1853              (setenv "HTSLIB_LIBRARY_DIR"
1854                      (string-append (assoc-ref inputs "htslib") "/lib"))
1855              (setenv "HTSLIB_INCLUDE_DIR"
1856                      (string-append (assoc-ref inputs "htslib") "/include"))
1857              (setenv "LDFLAGS" "-lncurses")
1858              (setenv "CFLAGS" "-D_CURSES_LIB=1")
1859              #t))
1860          (replace 'check
1861            (lambda* (#:key inputs outputs #:allow-other-keys)
1862              ;; This file contains tests that require a connection to the
1863              ;; internet.
1864              (delete-file "tests/tabix_test.py")
1865              ;; FIXME: This test fails
1866              (delete-file "tests/AlignmentFile_test.py")
1867              ;; Add first subdirectory of "build" directory to PYTHONPATH.
1868              (setenv "PYTHONPATH"
1869                      (string-append
1870                       (getenv "PYTHONPATH")
1871                       ":" (getcwd) "/build/"
1872                       (car (scandir "build"
1873                                     (negate (cut string-prefix? "." <>))))))
1874              ;; Step out of source dir so python does not import from CWD.
1875              (with-directory-excursion "tests"
1876                (setenv "HOME" "/tmp")
1877                (invoke "make" "-C" "pysam_data")
1878                (invoke "make" "-C" "cbcf_data")
1879                ;; Running nosetests without explicitly asking for a single
1880                ;; process leads to a crash.  Running with multiple processes
1881                ;; fails because the tests are not designed to run in parallel.
1882
1883                ;; FIXME: tests keep timing out on some systems.
1884                (invoke "nosetests" "-v" "--processes" "1")))))))
1885     (propagated-inputs
1886      `(("htslib" ,htslib))) ; Included from installed header files.
1887     (inputs
1888      `(("ncurses" ,ncurses)
1889        ("curl" ,curl)
1890        ("zlib" ,zlib)))
1891     (native-inputs
1892      `(("python-cython" ,python-cython)
1893        ;; Dependencies below are are for tests only.
1894        ("samtools" ,samtools)
1895        ("bcftools" ,bcftools)
1896        ("python-nose" ,python-nose)))
1897     (home-page "https://github.com/pysam-developers/pysam")
1898     (synopsis "Python bindings to the SAMtools C API")
1899     (description
1900      "Pysam is a Python module for reading and manipulating files in the
1901 SAM/BAM format.  Pysam is a lightweight wrapper of the SAMtools C API.  It
1902 also includes an interface for tabix.")
1903     (license license:expat)))
1904
1905 (define-public python2-pysam
1906   (package-with-python2 python-pysam))
1907
1908 (define-public python-twobitreader
1909   (package
1910     (name "python-twobitreader")
1911     (version "3.1.6")
1912     (source (origin
1913               (method git-fetch)
1914               (uri (git-reference
1915                     (url "https://github.com/benjschiller/twobitreader")
1916                     (commit version)))
1917               (file-name (git-file-name name version))
1918               (sha256
1919                (base32
1920                 "1qbxvv1h58cismbk1anpjrkpghsaiy64a11ir3lhy6qch6xf8n62"))))
1921     (build-system python-build-system)
1922     ;; Tests are not included
1923     (arguments '(#:tests? #f))
1924     (native-inputs
1925      `(("python-sphinx" ,python-sphinx)))
1926     (home-page "https://github.com/benjschiller/twobitreader")
1927     (synopsis "Python library for reading .2bit files")
1928     (description
1929      "twobitreader is a Python library for reading .2bit files as used by the
1930 UCSC genome browser.")
1931     (license license:artistic2.0)))
1932
1933 (define-public python2-twobitreader
1934   (package-with-python2 python-twobitreader))
1935
1936 (define-public python-plastid
1937   (package
1938     (name "python-plastid")
1939     (version "0.4.8")
1940     (source (origin
1941               (method url-fetch)
1942               (uri (pypi-uri "plastid" version))
1943               (sha256
1944                (base32
1945                 "0l24dd3q66if8yj042m4s0g95n6acn7im1imqd3p6h8ns43kxhj8"))))
1946     (build-system python-build-system)
1947     (arguments
1948      ;; Some test files are not included.
1949      `(#:tests? #f))
1950     (propagated-inputs
1951      `(("python-numpy" ,python-numpy)
1952        ("python-scipy" ,python-scipy)
1953        ("python-pandas" ,python-pandas)
1954        ("python-pysam" ,python-pysam)
1955        ("python-matplotlib" ,python-matplotlib)
1956        ("python-biopython" ,python-biopython)
1957        ("python-twobitreader" ,python-twobitreader)
1958        ("python-termcolor" ,python-termcolor)))
1959     (native-inputs
1960      `(("python-cython" ,python-cython)
1961        ("python-nose" ,python-nose)))
1962     (home-page "https://github.com/joshuagryphon/plastid")
1963     (synopsis "Python library for genomic analysis")
1964     (description
1965      "plastid is a Python library for genomic analysis – in particular,
1966 high-throughput sequencing data – with an emphasis on simplicity.")
1967     (license license:bsd-3)))
1968
1969 (define-public python2-plastid
1970   (package-with-python2 python-plastid))
1971
1972 (define-public tetoolkit
1973   (package
1974     (name "tetoolkit")
1975     (version "2.0.3")
1976     (source (origin
1977               (method git-fetch)
1978               (uri (git-reference
1979                     (url "https://github.com/mhammell-laboratory/tetoolkit.git")
1980                     (commit version)))
1981               (file-name (git-file-name name version))
1982               (sha256
1983                (base32
1984                 "1yzi0kfpzip8zpjb82x1ik6h22yzfyjiz2dv85v6as2awwqvk807"))))
1985     (build-system python-build-system)
1986     (arguments
1987      `(#:python ,python-2               ; not guaranteed to work with Python 3
1988        #:phases
1989        (modify-phases %standard-phases
1990          (add-after 'unpack 'make-writable
1991            (lambda _
1992              (for-each make-file-writable (find-files "."))
1993              #t))
1994          (add-after 'unpack 'patch-invocations
1995            (lambda* (#:key inputs #:allow-other-keys)
1996              (substitute* '("bin/TEtranscripts"
1997                             "bin/TEcount")
1998                (("'sort ")
1999                 (string-append "'" (which "sort") " "))
2000                (("'rm -f ")
2001                 (string-append "'" (which "rm") " -f "))
2002                (("'Rscript'") (string-append "'" (which "Rscript") "'")))
2003              (substitute* "TEToolkit/IO/ReadInputs.py"
2004                (("BamToBED") (which "bamToBed")))
2005              (substitute* "TEToolkit/Normalization.py"
2006                (("\"Rscript\"")
2007                 (string-append "\"" (which "Rscript") "\"")))
2008              #t))
2009          (add-after 'install 'wrap-program
2010            (lambda* (#:key outputs #:allow-other-keys)
2011              ;; Make sure the executables find R packages.
2012              (let ((out (assoc-ref outputs "out")))
2013                (for-each
2014                 (lambda (script)
2015                   (wrap-program (string-append out "/bin/" script)
2016                     `("R_LIBS_SITE" ":" = (,(getenv "R_LIBS_SITE")))))
2017                 '("TEtranscripts"
2018                   "TEcount")))
2019              #t)))))
2020     (inputs
2021      `(("coreutils" ,coreutils)
2022        ("bedtools" ,bedtools)
2023        ("python-argparse" ,python2-argparse)
2024        ("python-pysam" ,python2-pysam)
2025        ("r-minimal" ,r-minimal)
2026        ("r-deseq2" ,r-deseq2)))
2027     (home-page "https://github.com/mhammell-laboratory/tetoolkit")
2028     (synopsis "Transposable elements in differential enrichment analysis")
2029     (description
2030      "This is package for including transposable elements in differential
2031 enrichment analysis of sequencing datasets.  TEtranscripts and TEcount take
2032 RNA-seq (and similar data) and annotates reads to both genes and transposable
2033 elements.  TEtranscripts then performs differential analysis using DESeq2.
2034 Note that TEtranscripts and TEcount rely on specially curated GTF files, which
2035 are not included due to their size.")
2036     (license license:gpl3+)))
2037
2038 (define-public cd-hit
2039   (package
2040     (name "cd-hit")
2041     (version "4.6.8")
2042     (source (origin
2043               (method url-fetch)
2044               (uri (string-append "https://github.com/weizhongli/cdhit"
2045                                   "/releases/download/V" version
2046                                   "/cd-hit-v" version
2047                                   "-2017-0621-source.tar.gz"))
2048               (sha256
2049                (base32
2050                 "1b4mwm2520ixjbw57sil20f9iixzw4bkdqqwgg1fc3pzm6rz4zmn"))))
2051     (build-system gnu-build-system)
2052     (arguments
2053      `(#:tests? #f ; there are no tests
2054        #:make-flags
2055        ;; Executables are copied directly to the PREFIX.
2056        (list (string-append "PREFIX=" (assoc-ref %outputs "out") "/bin")
2057              ;; Support longer sequences (e.g. Pacbio sequences)
2058              "MAX_SEQ=60000000")
2059        #:phases
2060        (modify-phases %standard-phases
2061          ;; No "configure" script
2062          (delete 'configure)
2063          ;; Remove sources of non-determinism
2064          (add-after 'unpack 'be-timeless
2065            (lambda _
2066              (substitute* "cdhit-utility.c++"
2067                ((" \\(built on \" __DATE__ \"\\)") ""))
2068              (substitute* "cdhit-common.c++"
2069                (("__DATE__") "\"0\"")
2070                (("\", %s, \" __TIME__ \"\\\\n\", date") ""))
2071              #t))
2072          ;; The "install" target does not create the target directory.
2073          (add-before 'install 'create-target-dir
2074            (lambda* (#:key outputs #:allow-other-keys)
2075              (mkdir-p (string-append (assoc-ref outputs "out") "/bin"))
2076              #t)))))
2077     (inputs
2078      `(("perl" ,perl)))
2079     (home-page "http://weizhongli-lab.org/cd-hit/")
2080     (synopsis "Cluster and compare protein or nucleotide sequences")
2081     (description
2082      "CD-HIT is a program for clustering and comparing protein or nucleotide
2083 sequences.  CD-HIT is designed to be fast and handle extremely large
2084 databases.")
2085     ;; The manual says: "It can be copied under the GNU General Public License
2086     ;; version 2 (GPLv2)."
2087     (license license:gpl2)))
2088
2089 (define-public clipper
2090   (package
2091     (name "clipper")
2092     (version "1.2.1")
2093     (source (origin
2094               (method git-fetch)
2095               (uri (git-reference
2096                     (url "https://github.com/YeoLab/clipper.git")
2097                     (commit version)))
2098               (file-name (git-file-name name version))
2099               (sha256
2100                (base32
2101                 "0fja1rj84wp9vpj8rxpj3n8zqzcqq454m904yp9as1w4phccirjb"))
2102               (modules '((guix build utils)))
2103               (snippet
2104                '(begin
2105                   ;; remove unnecessary setup dependency
2106                   (substitute* "setup.py"
2107                     (("setup_requires = .*") ""))
2108                   #t))))
2109     (build-system python-build-system)
2110     (arguments
2111      `(#:python ,python-2 ; only Python 2 is supported
2112        #:phases
2113        (modify-phases %standard-phases
2114          ;; This is fixed in upstream commit
2115          ;; f6c2990198f906bf97730d95695b4bd5a6d01ddb.
2116          (add-after 'unpack 'fix-typo
2117            (lambda _
2118              (substitute* "clipper/src/readsToWiggle.pyx"
2119                (("^sc.*") ""))
2120              #t)))))
2121     (inputs
2122      `(("htseq" ,python2-htseq)
2123        ("python-pybedtools" ,python2-pybedtools)
2124        ("python-cython" ,python2-cython)
2125        ("python-scikit-learn" ,python2-scikit-learn)
2126        ("python-matplotlib" ,python2-matplotlib)
2127        ("python-pandas" ,python2-pandas)
2128        ("python-pysam" ,python2-pysam)
2129        ("python-numpy" ,python2-numpy)
2130        ("python-scipy" ,python2-scipy)))
2131     (native-inputs
2132      `(("python-mock" ,python2-mock)   ; for tests
2133        ("python-nose" ,python2-nose)   ; for tests
2134        ("python-pytz" ,python2-pytz))) ; for tests
2135     (home-page "https://github.com/YeoLab/clipper")
2136     (synopsis "CLIP peak enrichment recognition")
2137     (description
2138      "CLIPper is a tool to define peaks in CLIP-seq datasets.")
2139     (license license:gpl2)))
2140
2141 (define-public codingquarry
2142   (package
2143     (name "codingquarry")
2144     (version "2.0")
2145     (source (origin
2146               (method url-fetch)
2147               (uri (string-append
2148                     "mirror://sourceforge/codingquarry/CodingQuarry_v"
2149                     version ".tar.gz"))
2150               (sha256
2151                (base32
2152                 "0115hkjflsnfzn36xppwf9h9avfxlavr43djqmshkkzbgjzsz60i"))))
2153     (build-system gnu-build-system)
2154     (arguments
2155      '(#:tests? #f ; no "check" target
2156        #:phases
2157        (modify-phases %standard-phases
2158          (delete 'configure)
2159          (replace 'install
2160            (lambda* (#:key outputs #:allow-other-keys)
2161              (let* ((out (assoc-ref outputs "out"))
2162                     (bin (string-append out "/bin"))
2163                     (doc (string-append out "/share/doc/codingquarry")))
2164                (install-file "INSTRUCTIONS.pdf" doc)
2165                (copy-recursively "QuarryFiles"
2166                                  (string-append out "/QuarryFiles"))
2167                (install-file "CodingQuarry" bin)
2168                (install-file "CufflinksGTF_to_CodingQuarryGFF3.py" bin))
2169              #t)))))
2170     (inputs `(("openmpi" ,openmpi)))
2171     (native-search-paths
2172      (list (search-path-specification
2173             (variable "QUARRY_PATH")
2174             (files '("QuarryFiles")))))
2175     (native-inputs `(("python" ,python-2))) ; Only Python 2 is supported
2176     (synopsis "Fungal gene predictor")
2177     (description "CodingQuarry is a highly accurate, self-training GHMM fungal
2178 gene predictor designed to work with assembled, aligned RNA-seq transcripts.")
2179     (home-page "https://sourceforge.net/projects/codingquarry/")
2180     (license license:gpl3+)))
2181
2182 (define-public couger
2183   (package
2184     (name "couger")
2185     (version "1.8.2")
2186     (source (origin
2187               (method url-fetch)
2188               (uri (string-append
2189                     "http://couger.oit.duke.edu/static/assets/COUGER"
2190                     version ".zip"))
2191               (sha256
2192                (base32
2193                 "04p2b14nmhzxw5h72mpzdhalv21bx4w9b87z0wpw0xzxpysyncmq"))))
2194     (build-system gnu-build-system)
2195     (arguments
2196      `(#:tests? #f
2197        #:phases
2198        (modify-phases %standard-phases
2199          (delete 'configure)
2200          (delete 'build)
2201          (replace
2202           'install
2203           (lambda* (#:key outputs #:allow-other-keys)
2204             (let* ((out (assoc-ref outputs "out"))
2205                    (bin (string-append out "/bin")))
2206               (copy-recursively "src" (string-append out "/src"))
2207               (mkdir bin)
2208               ;; Add "src" directory to module lookup path.
2209               (substitute* "couger"
2210                 (("from argparse")
2211                  (string-append "import sys\nsys.path.append(\""
2212                                 out "\")\nfrom argparse")))
2213               (install-file "couger" bin))
2214             #t))
2215          (add-after
2216           'install 'wrap-program
2217           (lambda* (#:key inputs outputs #:allow-other-keys)
2218             ;; Make sure 'couger' runs with the correct PYTHONPATH.
2219             (let* ((out (assoc-ref outputs "out"))
2220                    (path (getenv "PYTHONPATH")))
2221               (wrap-program (string-append out "/bin/couger")
2222                 `("PYTHONPATH" ":" prefix (,path))))
2223             #t)))))
2224     (inputs
2225      `(("python" ,python-2)
2226        ("python2-pillow" ,python2-pillow)
2227        ("python2-numpy" ,python2-numpy)
2228        ("python2-scipy" ,python2-scipy)
2229        ("python2-matplotlib" ,python2-matplotlib)))
2230     (propagated-inputs
2231      `(("r-minimal" ,r-minimal)
2232        ("libsvm" ,libsvm)
2233        ("randomjungle" ,randomjungle)))
2234     (native-inputs
2235      `(("unzip" ,unzip)))
2236     (home-page "http://couger.oit.duke.edu")
2237     (synopsis "Identify co-factors in sets of genomic regions")
2238     (description
2239      "COUGER can be applied to any two sets of genomic regions bound by
2240 paralogous TFs (e.g., regions derived from ChIP-seq experiments) to identify
2241 putative co-factors that provide specificity to each TF.  The framework
2242 determines the genomic targets uniquely-bound by each TF, and identifies a
2243 small set of co-factors that best explain the in vivo binding differences
2244 between the two TFs.
2245
2246 COUGER uses classification algorithms (support vector machines and random
2247 forests) with features that reflect the DNA binding specificities of putative
2248 co-factors.  The features are generated either from high-throughput TF-DNA
2249 binding data (from protein binding microarray experiments), or from large
2250 collections of DNA motifs.")
2251     (license license:gpl3+)))
2252
2253 (define-public clustal-omega
2254   (package
2255     (name "clustal-omega")
2256     (version "1.2.4")
2257     (source (origin
2258               (method url-fetch)
2259               (uri (string-append "http://www.clustal.org/omega/clustal-omega-"
2260                                   version ".tar.gz"))
2261               (sha256
2262                (base32
2263                 "1vm30mzncwdv881vrcwg11vzvrsmwy4wg80j5i0lcfk6dlld50w6"))))
2264     (build-system gnu-build-system)
2265     (inputs
2266      `(("argtable" ,argtable)))
2267     (home-page "http://www.clustal.org/omega/")
2268     (synopsis "Multiple sequence aligner for protein and DNA/RNA")
2269     (description
2270      "Clustal-Omega is a general purpose multiple sequence alignment (MSA)
2271 program for protein and DNA/RNA.  It produces high quality MSAs and is capable
2272 of handling data-sets of hundreds of thousands of sequences in reasonable
2273 time.")
2274     (license license:gpl2+)))
2275
2276 (define-public crossmap
2277   (package
2278     (name "crossmap")
2279     (version "0.2.9")
2280     (source (origin
2281               (method url-fetch)
2282               (uri (pypi-uri "CrossMap" version))
2283               (sha256
2284                (base32
2285                 "1byhclrqnqpvc1rqkfh4jwj6yhn0x9y7jk47i0qcjlhk0pjkw92p"))))
2286     (build-system python-build-system)
2287     (arguments `(#:python ,python-2))
2288     (inputs
2289      `(("python-bx-python" ,python2-bx-python)
2290        ("python-numpy" ,python2-numpy)
2291        ("python-pysam" ,python2-pysam)
2292        ("zlib" ,zlib)))
2293     (native-inputs
2294      `(("python-cython" ,python2-cython)
2295        ("python-nose" ,python2-nose)))
2296     (home-page "http://crossmap.sourceforge.net/")
2297     (synopsis "Convert genome coordinates between assemblies")
2298     (description
2299      "CrossMap is a program for conversion of genome coordinates or annotation
2300 files between different genome assemblies.  It supports most commonly used
2301 file formats including SAM/BAM, Wiggle/BigWig, BED, GFF/GTF, VCF.")
2302     (license license:gpl2+)))
2303
2304 (define-public python-dnaio
2305   (package
2306     (name "python-dnaio")
2307     (version "0.3")
2308     (source
2309      (origin
2310        (method url-fetch)
2311        (uri (pypi-uri "dnaio" version))
2312        (sha256
2313         (base32
2314          "0f16m7hdlm0fz1n7y5asy0v9ghyrq17ni1p9iybq22ddzyd49r27"))))
2315     (build-system python-build-system)
2316     (native-inputs
2317      `(("python-cython" ,python-cython)
2318        ("python-pytest" ,python-pytest)
2319        ("python-xopen" ,python-xopen)))
2320     (home-page "https://github.com/marcelm/dnaio/")
2321     (synopsis "Read FASTA and FASTQ files efficiently")
2322     (description
2323      "dnaio is a Python library for fast parsing of FASTQ and also FASTA
2324 files.  The code was previously part of the cutadapt tool.")
2325     (license license:expat)))
2326
2327 (define-public cutadapt
2328   (package
2329     (name "cutadapt")
2330     (version "2.1")
2331     (source (origin
2332               (method url-fetch)
2333               (uri (pypi-uri "cutadapt" version))
2334               (sha256
2335                (base32
2336                 "1vqmsfkm6llxzmsz9wcfcvzx9a9f8iabvwik2rbyn7nc4wm25z89"))))
2337     (build-system python-build-system)
2338     (inputs
2339      `(("python-dnaio" ,python-dnaio)
2340        ("python-xopen" ,python-xopen)))
2341     (native-inputs
2342      `(("python-cython" ,python-cython)
2343        ("python-pytest" ,python-pytest)
2344        ("python-setuptools-scm" ,python-setuptools-scm)))
2345     (home-page "https://cutadapt.readthedocs.io/en/stable/")
2346     (synopsis "Remove adapter sequences from nucleotide sequencing reads")
2347     (description
2348      "Cutadapt finds and removes adapter sequences, primers, poly-A tails and
2349 other types of unwanted sequence from high-throughput sequencing reads.")
2350     (license license:expat)))
2351
2352 (define-public libbigwig
2353   (package
2354     (name "libbigwig")
2355     (version "0.4.2")
2356     (source (origin
2357               (method git-fetch)
2358               (uri (git-reference
2359                     (url "https://github.com/dpryan79/libBigWig.git")
2360                     (commit version)))
2361               (file-name (string-append name "-" version "-checkout"))
2362               (sha256
2363                (base32
2364                 "0h2smg24v5srdcqzrmz2g23cmlp4va465mgx8r2z571sfz8pv454"))))
2365     (build-system gnu-build-system)
2366     (arguments
2367      `(#:test-target "test"
2368        #:tests? #f ; tests require access to the web
2369        #:make-flags
2370        (list "CC=gcc"
2371              (string-append "prefix=" (assoc-ref %outputs "out")))
2372        #:phases
2373        (modify-phases %standard-phases
2374          (delete 'configure))))
2375     (inputs
2376      `(("zlib" ,zlib)
2377        ("curl" ,curl)))
2378     (native-inputs
2379      `(("doxygen" ,doxygen)
2380        ;; Need for tests
2381        ("python" ,python-2)))
2382     (home-page "https://github.com/dpryan79/libBigWig")
2383     (synopsis "C library for handling bigWig files")
2384     (description
2385      "This package provides a C library for parsing local and remote BigWig
2386 files.")
2387     (license license:expat)))
2388
2389 (define-public python-pybigwig
2390   (package
2391     (name "python-pybigwig")
2392     (version "0.3.12")
2393     (source (origin
2394               (method url-fetch)
2395               (uri (pypi-uri "pyBigWig" version))
2396               (sha256
2397                (base32
2398                 "00w4kfnm2c5l7wdwr2nj1z5djv8kzgf7h1zhsgv6njff1rwr26g0"))
2399               (modules '((guix build utils)))
2400               (snippet
2401                '(begin
2402                   ;; Delete bundled libBigWig sources
2403                   (delete-file-recursively "libBigWig")
2404                   #t))))
2405     (build-system python-build-system)
2406     (arguments
2407      `(#:phases
2408        (modify-phases %standard-phases
2409          (add-after 'unpack 'link-with-libBigWig
2410            (lambda* (#:key inputs #:allow-other-keys)
2411              (substitute* "setup.py"
2412                (("libs=\\[") "libs=[\"BigWig\", "))
2413              #t)))))
2414     (propagated-inputs
2415      `(("python-numpy" ,python-numpy)))
2416     (inputs
2417      `(("libbigwig" ,libbigwig)
2418        ("zlib" ,zlib)
2419        ("curl" ,curl)))
2420     (home-page "https://github.com/dpryan79/pyBigWig")
2421     (synopsis "Access bigWig files in Python using libBigWig")
2422     (description
2423      "This package provides Python bindings to the libBigWig library for
2424 accessing bigWig files.")
2425     (license license:expat)))
2426
2427 (define-public python2-pybigwig
2428   (package-with-python2 python-pybigwig))
2429
2430 (define-public python-dendropy
2431   (package
2432     (name "python-dendropy")
2433     (version "4.4.0")
2434     (source
2435      (origin
2436        (method git-fetch)
2437        ;; Source from GitHub so that tests are included.
2438        (uri (git-reference
2439              (url "https://github.com/jeetsukumaran/DendroPy.git")
2440              (commit (string-append "v" version))))
2441        (file-name (git-file-name name version))
2442        (sha256
2443         (base32
2444          "097hfyv2kaf4x92i4rjx0paw2cncxap48qivv8zxng4z7nhid0x9"))))
2445     (build-system python-build-system)
2446     (home-page "http://packages.python.org/DendroPy/")
2447     (synopsis "Library for phylogenetics and phylogenetic computing")
2448     (description
2449      "DendroPy is a library for phylogenetics and phylogenetic computing: reading,
2450 writing, simulation, processing and manipulation of phylogenetic
2451 trees (phylogenies) and characters.")
2452     (license license:bsd-3)))
2453
2454 (define-public python2-dendropy
2455   (let ((base (package-with-python2 python-dendropy)))
2456     (package
2457       (inherit base)
2458       (arguments
2459        `(#:phases
2460          (modify-phases %standard-phases
2461            (add-after 'unpack 'remove-failing-test
2462              (lambda _
2463                ;; This test fails when the full test suite is run, as documented
2464                ;; at https://github.com/jeetsukumaran/DendroPy/issues/74
2465                (substitute* "tests/test_dataio_nexml_reader_tree_list.py"
2466                  (("test_collection_comments_and_annotations")
2467                   "do_not_test_collection_comments_and_annotations"))
2468                #t)))
2469          ,@(package-arguments base))))))
2470
2471 (define-public python-py2bit
2472   (package
2473     (name "python-py2bit")
2474     (version "0.3.0")
2475     (source
2476      (origin
2477        (method url-fetch)
2478        (uri (pypi-uri "py2bit" version))
2479        (sha256
2480         (base32
2481          "1vw2nvw1yrl7ikkqsqs1pg239yr5nspvd969r1x9arms1k25a1a5"))))
2482     (build-system python-build-system)
2483     (home-page "https://github.com/dpryan79/py2bit")
2484     (synopsis "Access 2bit files using lib2bit")
2485     (description
2486      "This package provides Python bindings for lib2bit to access 2bit files
2487 with Python.")
2488     (license license:expat)))
2489
2490 (define-public deeptools
2491   (package
2492     (name "deeptools")
2493     (version "3.1.3")
2494     (source (origin
2495               (method git-fetch)
2496               (uri (git-reference
2497                     (url "https://github.com/deeptools/deepTools.git")
2498                     (commit version)))
2499               (file-name (git-file-name name version))
2500               (sha256
2501                (base32
2502                 "1vggnf52g6q2vifdl4cyi7s2fnfqq0ky2zrkj5zv2qfzsc3p3siw"))))
2503     (build-system python-build-system)
2504     (arguments
2505      `(#:phases
2506        (modify-phases %standard-phases
2507          ;; This phase fails, but it's not needed.
2508          (delete 'reset-gzip-timestamps))))
2509     (inputs
2510      `(("python-plotly" ,python-plotly)
2511        ("python-scipy" ,python-scipy)
2512        ("python-numpy" ,python-numpy)
2513        ("python-numpydoc" ,python-numpydoc)
2514        ("python-matplotlib" ,python-matplotlib)
2515        ("python-pysam" ,python-pysam)
2516        ("python-py2bit" ,python-py2bit)
2517        ("python-pybigwig" ,python-pybigwig)))
2518     (native-inputs
2519      `(("python-mock" ,python-mock)   ;for tests
2520        ("python-nose" ,python-nose)   ;for tests
2521        ("python-pytz" ,python-pytz))) ;for tests
2522     (home-page "https://github.com/deeptools/deepTools")
2523     (synopsis "Tools for normalizing and visualizing deep-sequencing data")
2524     (description
2525      "DeepTools addresses the challenge of handling the large amounts of data
2526 that are now routinely generated from DNA sequencing centers.  To do so,
2527 deepTools contains useful modules to process the mapped reads data to create
2528 coverage files in standard bedGraph and bigWig file formats.  By doing so,
2529 deepTools allows the creation of normalized coverage files or the comparison
2530 between two files (for example, treatment and control).  Finally, using such
2531 normalized and standardized files, multiple visualizations can be created to
2532 identify enrichments with functional annotations of the genome.")
2533     (license license:gpl3+)))
2534
2535 (define-public delly
2536   (package
2537     (name "delly")
2538     (version "0.7.9")
2539     (source (origin
2540               (method git-fetch)
2541               (uri (git-reference
2542                     (url "https://github.com/dellytools/delly.git")
2543                     (commit (string-append "v" version))))
2544               (file-name (git-file-name name version))
2545               (sha256
2546                (base32 "034jqsxswy9gqdh2zkgc1js99qkv75ks4xvzgmh0284sraagv61z"))
2547               (modules '((guix build utils)))
2548               (snippet
2549                '(begin
2550                   (delete-file-recursively "src/htslib")
2551                   #t))))
2552     (build-system gnu-build-system)
2553     (arguments
2554      `(#:tests? #f ; There are no tests to run.
2555        #:make-flags
2556        (list "PARALLEL=1"  ; Allow parallel execution at run-time.
2557              (string-append "prefix=" (assoc-ref %outputs "out")))
2558        #:phases
2559        (modify-phases %standard-phases
2560          (delete 'configure) ; There is no configure phase.
2561          (add-after 'install 'install-templates
2562            (lambda* (#:key outputs #:allow-other-keys)
2563              (let ((templates (string-append (assoc-ref outputs "out")
2564                                              "/share/delly/templates")))
2565                (mkdir-p templates)
2566                (copy-recursively "excludeTemplates" templates)
2567                #t))))))
2568     (inputs
2569      `(("boost" ,boost)
2570        ("htslib" ,htslib)
2571        ("zlib" ,zlib)
2572        ("bzip2" ,bzip2)))
2573     (home-page "https://github.com/dellytools/delly")
2574     (synopsis "Integrated structural variant prediction method")
2575     (description "Delly is an integrated structural variant prediction method
2576 that can discover and genotype deletions, tandem duplications, inversions and
2577 translocations at single-nucleotide resolution in short-read massively parallel
2578 sequencing data.  It uses paired-ends and split-reads to sensitively and
2579 accurately delineate genomic rearrangements throughout the genome.")
2580     (license license:gpl3+)))
2581
2582 (define-public diamond
2583   (package
2584     (name "diamond")
2585     (version "0.9.22")
2586     (source (origin
2587               (method git-fetch)
2588               (uri (git-reference
2589                     (url "https://github.com/bbuchfink/diamond.git")
2590                     (commit (string-append "v" version))))
2591               (file-name (git-file-name name version))
2592               (sha256
2593                (base32
2594                 "0bky78v79g3wmdpsd706cscckgw1v09fg8vdd0z8z0d5b97aj9zl"))))
2595     (build-system cmake-build-system)
2596     (arguments
2597      '(#:tests? #f ; no "check" target
2598        #:phases
2599        (modify-phases %standard-phases
2600          (add-after 'unpack 'remove-native-compilation
2601            (lambda _
2602              (substitute* "CMakeLists.txt" (("-march=native") ""))
2603              #t)))))
2604     (inputs
2605      `(("zlib" ,zlib)))
2606     (home-page "https://github.com/bbuchfink/diamond")
2607     (synopsis "Accelerated BLAST compatible local sequence aligner")
2608     (description
2609      "DIAMOND is a BLAST-compatible local aligner for mapping protein and
2610 translated DNA query sequences against a protein reference database (BLASTP
2611 and BLASTX alignment mode).  The speedup over BLAST is up to 20,000 on short
2612 reads at a typical sensitivity of 90-99% relative to BLAST depending on the
2613 data and settings.")
2614     (license license:agpl3+)))
2615
2616 (define-public discrover
2617   (package
2618     (name "discrover")
2619     (version "1.6.0")
2620     (source
2621      (origin
2622        (method git-fetch)
2623        (uri (git-reference
2624              (url "https://github.com/maaskola/discrover.git")
2625              (commit version)))
2626        (file-name (git-file-name name version))
2627        (sha256
2628         (base32
2629          "173fwi2vb6a5kp406hm3jj6j7v4whww796f2qcygp4rpvamh307y"))))
2630     (build-system cmake-build-system)
2631     (arguments
2632      `(#:tests? #f                      ; there are no tests
2633        #:phases
2634        (modify-phases %standard-phases
2635          (add-after 'unpack 'fix-latex-errors
2636            (lambda _
2637              (with-fluids ((%default-port-encoding #f))
2638                (substitute* "doc/references.bib"
2639                  (("\\{S\\}illanp[^,]+,")
2640                   "{S}illanp{\\\"a}{\\\"a},")))
2641              ;; XXX: I just can't get pdflatex to not complain about these
2642              ;; characters.  They end up in the manual via the generated
2643              ;; discrover-cli-help.txt.
2644              (substitute* "src/hmm/cli.cpp"
2645                (("µ") "mu")
2646                (("η") "eta")
2647                (("≤") "<="))
2648              ;; This seems to be a syntax error.
2649              (substitute* "doc/discrover-manual.tex"
2650                (("theverbbox\\[t\\]") "theverbbox"))
2651              #t))
2652          (add-after 'unpack 'add-missing-includes
2653            (lambda _
2654              (substitute* "src/executioninformation.hpp"
2655                (("#define EXECUTIONINFORMATION_HPP" line)
2656                 (string-append line "\n#include <random>")))
2657              (substitute* "src/plasma/fasta.hpp"
2658                (("#define FASTA_HPP" line)
2659                 (string-append line "\n#include <random>")))
2660              #t))
2661          ;; FIXME: this is needed because we're using texlive-union, which
2662          ;; doesn't handle fonts correctly.  It expects to be able to generate
2663          ;; fonts in the home directory.
2664          (add-before 'build 'setenv-HOME
2665            (lambda _ (setenv "HOME" "/tmp") #t)))))
2666     (inputs
2667      `(("boost" ,boost)
2668        ("cairo" ,cairo)
2669        ("rmath-standalone" ,rmath-standalone)))
2670     (native-inputs
2671      `(("texlive" ,(texlive-union (list texlive-fonts-cm
2672                                         texlive-fonts-amsfonts
2673
2674                                         texlive-latex-doi
2675                                         texlive-latex-examplep
2676                                         texlive-latex-hyperref
2677                                         texlive-latex-ms
2678                                         texlive-latex-natbib
2679                                         texlive-bibtex         ; style files used by natbib
2680                                         texlive-latex-pgf      ; tikz
2681                                         texlive-latex-verbatimbox)))
2682        ("imagemagick" ,imagemagick)))
2683     (home-page "http://dorina.mdc-berlin.de/public/rajewsky/discrover/")
2684     (synopsis "Discover discriminative nucleotide sequence motifs")
2685     (description "Discrover is a motif discovery method to find binding sites
2686 of nucleic acid binding proteins.")
2687     (license license:gpl3+)))
2688
2689 (define-public eigensoft
2690   (package
2691     (name "eigensoft")
2692     (version "7.2.1")
2693     (source
2694      (origin
2695        (method git-fetch)
2696        (uri (git-reference
2697              (url "https://github.com/DReichLab/EIG.git")
2698              (commit (string-append "v" version))))
2699        (file-name (git-file-name name version))
2700        (sha256
2701         (base32
2702          "1c141fqvhnzibmnf22sv23vbmzm20kjjyrib44cfh75wyndp2d9k"))
2703        (modules '((guix build utils)))
2704        ;; Remove pre-built binaries.
2705        (snippet '(begin
2706                    (delete-file-recursively "bin")
2707                    (mkdir "bin")
2708                    #t))))
2709     (build-system gnu-build-system)
2710     (arguments
2711      `(#:tests? #f                    ; There are no tests.
2712        #:make-flags '("CC=gcc")
2713        #:phases
2714        (modify-phases %standard-phases
2715          ;; There is no configure phase, but the Makefile is in a
2716          ;; sub-directory.
2717          (replace 'configure
2718            (lambda _ (chdir "src") #t))
2719          ;; The provided install target only copies executables to
2720          ;; the "bin" directory in the build root.
2721          (add-after 'install 'actually-install
2722            (lambda* (#:key outputs #:allow-other-keys)
2723              (let* ((out (assoc-ref outputs "out"))
2724                     (bin  (string-append out "/bin")))
2725                (for-each (lambda (file)
2726                            (install-file file bin))
2727                          (find-files "../bin" ".*"))
2728                #t))))))
2729     (inputs
2730      `(("gsl" ,gsl)
2731        ("lapack" ,lapack)
2732        ("openblas" ,openblas)
2733        ("perl" ,perl)
2734        ("gfortran" ,gfortran "lib")))
2735     (home-page "https://github.com/DReichLab/EIG")
2736     (synopsis "Tools for population genetics")
2737     (description "The EIGENSOFT package provides tools for population
2738 genetics and stratification correction.  EIGENSOFT implements methods commonly
2739 used in population genetics analyses such as PCA, computation of Tracy-Widom
2740 statistics, and finding related individuals in structured populations.  It
2741 comes with a built-in plotting script and supports multiple file formats and
2742 quantitative phenotypes.")
2743     ;; The license of the eigensoft tools is Expat, but since it's
2744     ;; linking with the GNU Scientific Library (GSL) the effective
2745     ;; license is the GPL.
2746     (license license:gpl3+)))
2747
2748 (define-public edirect
2749   (package
2750     (name "edirect")
2751     (version "10.2.20181018")
2752     (source (origin
2753               (method url-fetch)
2754               (uri (string-append "ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/entrezdirect"
2755                                   "/versions/" version
2756                                   "/edirect-" version ".tar.gz"))
2757               (sha256
2758                (base32
2759                 "091f4aigzpbqih6h82nq566gkp3y07i72yqndmqskfgar1vwgci7"))))
2760     (build-system perl-build-system)
2761     (arguments
2762      `(#:phases
2763        (modify-phases %standard-phases
2764          (delete 'configure)
2765          (delete 'build)
2766          (delete 'check)                ; simple check after install
2767          (replace 'install
2768            (lambda* (#:key outputs #:allow-other-keys)
2769              (install-file "edirect.pl"
2770                            (string-append (assoc-ref outputs "out") "/bin"))
2771              #t))
2772          (add-after 'install 'wrap-program
2773            (lambda* (#:key outputs #:allow-other-keys)
2774              ;; Make sure 'edirect.pl' finds all perl inputs at runtime.
2775              (let* ((out (assoc-ref outputs "out"))
2776                     (path (getenv "PERL5LIB")))
2777                (wrap-program (string-append out "/bin/edirect.pl")
2778                  `("PERL5LIB" ":" prefix (,path))))
2779              #t))
2780          (add-after 'wrap-program 'check
2781            (lambda* (#:key outputs #:allow-other-keys)
2782              (invoke (string-append (assoc-ref outputs "out")
2783                                     "/bin/edirect.pl")
2784                      "-filter" "-help")
2785              #t)))))
2786     (inputs
2787      `(("perl-html-parser" ,perl-html-parser)
2788        ("perl-encode-locale" ,perl-encode-locale)
2789        ("perl-file-listing" ,perl-file-listing)
2790        ("perl-html-tagset" ,perl-html-tagset)
2791        ("perl-html-tree" ,perl-html-tree)
2792        ("perl-http-cookies" ,perl-http-cookies)
2793        ("perl-http-date" ,perl-http-date)
2794        ("perl-http-message" ,perl-http-message)
2795        ("perl-http-negotiate" ,perl-http-negotiate)
2796        ("perl-lwp-mediatypes" ,perl-lwp-mediatypes)
2797        ("perl-lwp-protocol-https" ,perl-lwp-protocol-https)
2798        ("perl-net-http" ,perl-net-http)
2799        ("perl-uri" ,perl-uri)
2800        ("perl-www-robotrules" ,perl-www-robotrules)
2801        ("perl-xml-simple" ,perl-xml-simple)
2802        ("perl" ,perl)))
2803     (home-page "http://www.ncbi.nlm.nih.gov/books/NBK179288/")
2804     (synopsis "Tools for accessing the NCBI's set of databases")
2805     (description
2806      "Entrez Direct (EDirect) is a method for accessing the National Center
2807 for Biotechnology Information's (NCBI) set of interconnected
2808 databases (publication, sequence, structure, gene, variation, expression,
2809 etc.) from a terminal.  Functions take search terms from command-line
2810 arguments.  Individual operations are combined to build multi-step queries.
2811 Record retrieval and formatting normally complete the process.
2812
2813 EDirect also provides an argument-driven function that simplifies the
2814 extraction of data from document summaries or other results that are returned
2815 in structured XML format.  This can eliminate the need for writing custom
2816 software to answer ad hoc questions.")
2817     (license license:public-domain)))
2818
2819 (define-public exonerate
2820   (package
2821     (name "exonerate")
2822     (version "2.4.0")
2823     (source
2824      (origin
2825        (method url-fetch)
2826        (uri
2827         (string-append
2828          "http://ftp.ebi.ac.uk/pub/software/vertebrategenomics/exonerate/"
2829          "exonerate-" version ".tar.gz"))
2830        (sha256
2831         (base32
2832          "0hj0m9xygiqsdxvbg79wq579kbrx1mdrabi2bzqz2zn9qwfjcjgq"))))
2833     (build-system gnu-build-system)
2834     (arguments
2835      `(#:parallel-build? #f)) ; Building in parallel fails on some machines.
2836     (native-inputs
2837      `(("pkg-config" ,pkg-config)))
2838     (inputs
2839      `(("glib" ,glib)))
2840     (home-page
2841      "https://www.ebi.ac.uk/about/vertebrate-genomics/software/exonerate")
2842     (synopsis "Generic tool for biological sequence alignment")
2843     (description
2844      "Exonerate is a generic tool for pairwise sequence comparison.  It allows
2845 the alignment of sequences using a many alignment models, either exhaustive
2846 dynamic programming or a variety of heuristics.")
2847     (license license:gpl3)))
2848
2849 (define-public express
2850   (package
2851     (name "express")
2852     (version "1.5.1")
2853     (source (origin
2854               (method url-fetch)
2855               (uri
2856                (string-append
2857                 "http://bio.math.berkeley.edu/eXpress/downloads/express-"
2858                 version "/express-" version "-src.tgz"))
2859               (sha256
2860                (base32
2861                 "03rczxd0gjp2l1jxcmjfmf5j94j77zqyxa6x063zsc585nj40n0c"))))
2862     (build-system cmake-build-system)
2863     (arguments
2864      `(#:tests? #f ;no "check" target
2865        #:phases
2866        (modify-phases %standard-phases
2867          (add-after 'unpack 'use-shared-boost-libs-and-set-bamtools-paths
2868            (lambda* (#:key inputs #:allow-other-keys)
2869              (substitute* "CMakeLists.txt"
2870                (("set\\(Boost_USE_STATIC_LIBS ON\\)")
2871                 "set(Boost_USE_STATIC_LIBS OFF)")
2872                (("\\$\\{CMAKE_CURRENT_SOURCE_DIR\\}/bamtools/include")
2873                 (string-append (assoc-ref inputs "bamtools") "/include/bamtools")))
2874              (substitute* "src/CMakeLists.txt"
2875                (("\\$\\{CMAKE_CURRENT_SOURCE_DIR\\}/\\.\\./bamtools/lib")
2876                 (string-append (assoc-ref inputs "bamtools") "/lib"))
2877                (("libprotobuf.a") "libprotobuf.so"))
2878              #t)))))
2879     (inputs
2880      `(("boost" ,boost)
2881        ("bamtools" ,bamtools)
2882        ("protobuf" ,protobuf)
2883        ("zlib" ,zlib)))
2884     (home-page "http://bio.math.berkeley.edu/eXpress")
2885     (synopsis "Streaming quantification for high-throughput genomic sequencing")
2886     (description
2887      "eXpress is a streaming tool for quantifying the abundances of a set of
2888 target sequences from sampled subsequences.  Example applications include
2889 transcript-level RNA-Seq quantification, allele-specific/haplotype expression
2890 analysis (from RNA-Seq), transcription factor binding quantification in
2891 ChIP-Seq, and analysis of metagenomic data.")
2892     (license license:artistic2.0)))
2893
2894 (define-public express-beta-diversity
2895   (package
2896    (name "express-beta-diversity")
2897    (version "1.0.8")
2898    (source (origin
2899              (method git-fetch)
2900              (uri (git-reference
2901                    (url "https://github.com/dparks1134/ExpressBetaDiversity.git")
2902                    (commit (string-append "v" version))))
2903              (file-name (git-file-name name version))
2904              (sha256
2905               (base32
2906                "0s0yzg5c21349rh7x4w9266jsvnp7j1hp9cf8sk32hz8nvrj745x"))))
2907    (build-system gnu-build-system)
2908    (arguments
2909     `(#:phases
2910       (modify-phases %standard-phases
2911         (delete 'configure)
2912         (add-before 'build 'enter-source (lambda _ (chdir "source") #t))
2913         (replace 'check
2914           (lambda _ (invoke "../bin/ExpressBetaDiversity" "-u") #t))
2915         (replace 'install
2916           (lambda* (#:key outputs #:allow-other-keys)
2917             (let ((bin (string-append (assoc-ref outputs "out") "/bin")))
2918               (install-file "../scripts/convertToEBD.py" bin)
2919               (install-file "../bin/ExpressBetaDiversity" bin)
2920               #t))))))
2921    (inputs
2922     `(("python" ,python-2)))
2923    (home-page "http://kiwi.cs.dal.ca/Software/ExpressBetaDiversity")
2924    (synopsis "Taxon- and phylogenetic-based beta diversity measures")
2925    (description
2926     "Express Beta Diversity (EBD) calculates ecological beta diversity
2927 (dissimilarity) measures between biological communities.  EBD implements a
2928 variety of diversity measures including those that make use of phylogenetic
2929 similarity of community members.")
2930    (license license:gpl3+)))
2931
2932 (define-public fasttree
2933   (package
2934    (name "fasttree")
2935    (version "2.1.10")
2936    (source (origin
2937              (method url-fetch)
2938              (uri (string-append
2939                    "http://www.microbesonline.org/fasttree/FastTree-"
2940                    version ".c"))
2941              (sha256
2942               (base32
2943                "0vcjdvy1j4m702vmak4svbfkrpcw63k7wymfksjp9a982zy8kjsl"))))
2944    (build-system gnu-build-system)
2945    (arguments
2946     `(#:tests? #f ; no "check" target
2947       #:phases
2948       (modify-phases %standard-phases
2949         (delete 'unpack)
2950         (delete 'configure)
2951         (replace 'build
2952           (lambda* (#:key source #:allow-other-keys)
2953             (invoke "gcc"
2954                     "-O3"
2955                     "-finline-functions"
2956                     "-funroll-loops"
2957                     "-Wall"
2958                     "-o"
2959                     "FastTree"
2960                     source
2961                     "-lm")
2962             (invoke "gcc"
2963                     "-DOPENMP"
2964                     "-fopenmp"
2965                     "-O3"
2966                     "-finline-functions"
2967                     "-funroll-loops"
2968                     "-Wall"
2969                     "-o"
2970                     "FastTreeMP"
2971                     source
2972                     "-lm")
2973             #t))
2974         (replace 'install
2975           (lambda* (#:key outputs #:allow-other-keys)
2976             (let ((bin (string-append (assoc-ref outputs "out") "/bin")))
2977               (install-file "FastTree" bin)
2978               (install-file "FastTreeMP" bin)
2979               #t))))))
2980    (home-page "http://www.microbesonline.org/fasttree")
2981    (synopsis "Infers approximately-maximum-likelihood phylogenetic trees")
2982    (description
2983     "FastTree can handle alignments with up to a million of sequences in a
2984 reasonable amount of time and memory.  For large alignments, FastTree is
2985 100-1,000 times faster than PhyML 3.0 or RAxML 7.")
2986    (license license:gpl2+)))
2987
2988 (define-public fastx-toolkit
2989   (package
2990     (name "fastx-toolkit")
2991     (version "0.0.14")
2992     (source (origin
2993               (method url-fetch)
2994               (uri
2995                (string-append
2996                 "https://github.com/agordon/fastx_toolkit/releases/download/"
2997                 version "/fastx_toolkit-" version ".tar.bz2"))
2998               (sha256
2999                (base32
3000                 "01jqzw386873sr0pjp1wr4rn8fsga2vxs1qfmicvx1pjr72007wy"))))
3001     (build-system gnu-build-system)
3002     (inputs
3003      `(("libgtextutils" ,libgtextutils)))
3004     (native-inputs
3005      `(("pkg-config" ,pkg-config)))
3006     (home-page "http://hannonlab.cshl.edu/fastx_toolkit/")
3007     (synopsis "Tools for FASTA/FASTQ file preprocessing")
3008     (description
3009      "The FASTX-Toolkit is a collection of command line tools for Short-Reads
3010 FASTA/FASTQ files preprocessing.
3011
3012 Next-Generation sequencing machines usually produce FASTA or FASTQ files,
3013 containing multiple short-reads sequences.  The main processing of such
3014 FASTA/FASTQ files is mapping the sequences to reference genomes.  However, it
3015 is sometimes more productive to preprocess the files before mapping the
3016 sequences to the genome---manipulating the sequences to produce better mapping
3017 results.  The FASTX-Toolkit tools perform some of these preprocessing tasks.")
3018     (license license:agpl3+)))
3019
3020 (define-public flexbar
3021   (package
3022     (name "flexbar")
3023     (version "3.4.0")
3024     (source (origin
3025               (method git-fetch)
3026               (uri (git-reference
3027                     (url "https://github.com/seqan/flexbar.git")
3028                     (commit (string-append "v" version))))
3029               (file-name (git-file-name name version))
3030               (sha256
3031                (base32
3032                 "1pq9sxvdnldl14libk234m72dqhwgzs3acgl943wchwdqlcsi5r2"))))
3033     (build-system cmake-build-system)
3034     (arguments
3035      `(#:phases
3036        (modify-phases %standard-phases
3037          (add-after 'unpack 'do-not-tune-to-CPU
3038            (lambda _
3039              (substitute* "src/CMakeLists.txt"
3040                ((" -march=native") ""))
3041              #t))
3042          (replace 'check
3043            (lambda* (#:key outputs #:allow-other-keys)
3044              (setenv "PATH" (string-append (getcwd) ":" (getenv "PATH")))
3045              (with-directory-excursion "../source/test"
3046                (invoke "bash" "flexbar_test.sh"))
3047              #t))
3048          (replace 'install
3049            (lambda* (#:key outputs #:allow-other-keys)
3050              (let* ((out (string-append (assoc-ref outputs "out")))
3051                     (bin (string-append out "/bin/")))
3052                (install-file "flexbar" bin))
3053              #t)))))
3054     (inputs
3055      `(("tbb" ,tbb)
3056        ("zlib" ,zlib)))
3057     (native-inputs
3058      `(("pkg-config" ,pkg-config)
3059        ("seqan" ,seqan)))
3060     (home-page "https://github.com/seqan/flexbar")
3061     (synopsis "Barcode and adapter removal tool for sequencing platforms")
3062     (description
3063      "Flexbar preprocesses high-throughput nucleotide sequencing data
3064 efficiently.  It demultiplexes barcoded runs and removes adapter sequences.
3065 Moreover, trimming and filtering features are provided.  Flexbar increases
3066 read mapping rates and improves genome and transcriptome assemblies.  It
3067 supports next-generation sequencing data in fasta/q and csfasta/q format from
3068 Illumina, Roche 454, and the SOLiD platform.")
3069     (license license:bsd-3)))
3070
3071 (define-public fraggenescan
3072   (package
3073     (name "fraggenescan")
3074     (version "1.30")
3075     (source
3076      (origin
3077        (method url-fetch)
3078        (uri
3079         (string-append "mirror://sourceforge/fraggenescan/"
3080                        "FragGeneScan" version ".tar.gz"))
3081        (sha256
3082         (base32 "158dcnwczgcyhwm4qlx19sanrwgdpzf6bn2y57mbpx55lkgz1mzj"))))
3083     (build-system gnu-build-system)
3084     (arguments
3085      `(#:phases
3086        (modify-phases %standard-phases
3087          (delete 'configure)
3088          (add-before 'build 'patch-paths
3089            (lambda* (#:key outputs #:allow-other-keys)
3090              (let* ((out (string-append (assoc-ref outputs "out")))
3091                     (share (string-append out "/share/fraggenescan/")))
3092                (substitute* "run_FragGeneScan.pl"
3093                  (("system\\(\"rm")
3094                   (string-append "system(\"" (which "rm")))
3095                  (("system\\(\"mv")
3096                   (string-append "system(\"" (which "mv")))
3097                  (("\\\"awk") (string-append "\"" (which "awk")))
3098                  ;; This script and other programs expect the training files
3099                  ;; to be in the non-standard location bin/train/XXX. Change
3100                  ;; this to be share/fraggenescan/train/XXX instead.
3101                  (("^\\$train.file = \\$dir.*")
3102                   (string-append "$train_file = \""
3103                                  share
3104                                  "train/\".$FGS_train_file;")))
3105                (substitute* "run_hmm.c"
3106                  (("^  strcat\\(train_dir, \\\"train/\\\"\\);")
3107                   (string-append "  strcpy(train_dir, \"" share "/train/\");"))))
3108              #t))
3109          (replace 'build
3110            (lambda _
3111              (invoke "make" "clean")
3112              (invoke "make" "fgs")
3113              #t))
3114          (replace 'install
3115            (lambda* (#:key outputs #:allow-other-keys)
3116              (let* ((out (string-append (assoc-ref outputs "out")))
3117                     (bin (string-append out "/bin/"))
3118                     (share (string-append out "/share/fraggenescan/train")))
3119                (install-file "run_FragGeneScan.pl" bin)
3120                (install-file "FragGeneScan" bin)
3121                (copy-recursively "train" share))
3122              #t))
3123          (delete 'check)
3124          (add-after 'install 'post-install-check
3125            ;; In lieu of 'make check', run one of the examples and check the
3126            ;; output files gets created.
3127            (lambda* (#:key outputs #:allow-other-keys)
3128              (let* ((out (string-append (assoc-ref outputs "out")))
3129                     (bin (string-append out "/bin/"))
3130                     (frag (string-append bin "run_FragGeneScan.pl")))
3131                ;; Test complete genome.
3132                (invoke frag
3133                        "-genome=./example/NC_000913.fna"
3134                        "-out=./test2"
3135                        "-complete=1"
3136                        "-train=complete")
3137                (unless (and (file-exists? "test2.faa")
3138                             (file-exists? "test2.ffn")
3139                             (file-exists? "test2.gff")
3140                             (file-exists? "test2.out"))
3141                  (error "Expected files do not exist."))
3142                ;; Test incomplete sequences.
3143                (invoke frag
3144                        "-genome=./example/NC_000913-fgs.ffn"
3145                        "-out=out"
3146                        "-complete=0"
3147                        "-train=454_30")
3148                #t))))))
3149     (inputs
3150      `(("perl" ,perl)
3151        ("python" ,python-2))) ;not compatible with python 3.
3152     (home-page "https://sourceforge.net/projects/fraggenescan/")
3153     (synopsis "Finds potentially fragmented genes in short reads")
3154     (description
3155      "FragGeneScan is a program for predicting bacterial and archaeal genes in
3156 short and error-prone DNA sequencing reads.  It can also be applied to predict
3157 genes in incomplete assemblies or complete genomes.")
3158     ;; GPL3+ according to private correspondense with the authors.
3159     (license license:gpl3+)))
3160
3161 (define-public fxtract
3162   (let ((util-commit "776ca85a18a47492af3794745efcb4a905113115"))
3163     (package
3164       (name "fxtract")
3165       (version "2.3")
3166       (source
3167        (origin
3168          (method git-fetch)
3169          (uri (git-reference
3170                (url "https://github.com/ctSkennerton/fxtract.git")
3171                (commit version)))
3172          (file-name (git-file-name name version))
3173          (sha256
3174           (base32
3175            "0hab3gpwf4w9s87qlbswq6ws1qqybh4dcqk79q1ahyldzai5fgp5"))))
3176       (build-system gnu-build-system)
3177       (arguments
3178        `(#:make-flags (list
3179                        (string-append "PREFIX=" (assoc-ref %outputs "out"))
3180                        "CC=gcc")
3181          #:test-target "fxtract_test"
3182          #:phases
3183          (modify-phases %standard-phases
3184            (delete 'configure)
3185            (add-before 'build 'copy-util
3186              (lambda* (#:key inputs #:allow-other-keys)
3187                (rmdir "util")
3188                (copy-recursively (assoc-ref inputs "ctskennerton-util") "util")
3189                #t))
3190            ;; Do not use make install as this requires additional dependencies.
3191            (replace 'install
3192              (lambda* (#:key outputs #:allow-other-keys)
3193                (let* ((out (assoc-ref outputs "out"))
3194                       (bin (string-append out"/bin")))
3195                  (install-file "fxtract" bin)
3196                  #t))))))
3197       (inputs
3198        `(("pcre" ,pcre)
3199          ("zlib" ,zlib)))
3200       (native-inputs
3201        ;; ctskennerton-util is licensed under GPL2.
3202        `(("ctskennerton-util"
3203           ,(origin
3204              (method git-fetch)
3205              (uri (git-reference
3206                    (url "https://github.com/ctSkennerton/util.git")
3207                    (commit util-commit)))
3208              (file-name (string-append
3209                          "ctstennerton-util-" util-commit "-checkout"))
3210              (sha256
3211               (base32
3212                "0cls1hd4vgj3f36fpzzg4xc77d6f3hpc60cbpfmn2gdr7ykzzad7"))))))
3213       (home-page "https://github.com/ctSkennerton/fxtract")
3214       (synopsis "Extract sequences from FASTA and FASTQ files")
3215       (description
3216        "Fxtract extracts sequences from a protein or nucleotide fastx (FASTA
3217 or FASTQ) file given a subsequence.  It uses a simple substring search for
3218 basic tasks but can change to using POSIX regular expressions, PCRE, hash
3219 lookups or multi-pattern searching as required.  By default fxtract looks in
3220 the sequence of each record but can also be told to look in the header,
3221 comment or quality sections.")
3222       ;; 'util' requires SSE instructions.
3223       (supported-systems '("x86_64-linux"))
3224       (license license:expat))))
3225
3226 (define-public gemma
3227   (package
3228     (name "gemma")
3229     (version "0.98")
3230     (source (origin
3231               (method git-fetch)
3232               (uri (git-reference
3233                     (url "https://github.com/xiangzhou/GEMMA.git")
3234                     (commit (string-append "v" version))))
3235               (file-name (git-file-name name version))
3236               (sha256
3237                (base32
3238                 "1s3ncnbn45r2hh1cvrqky1kbqq6546biypr4f5mkw1kqlrgyh0yg"))))
3239     (inputs
3240      `(("eigen" ,eigen)
3241        ("gfortran" ,gfortran "lib")
3242        ("gsl" ,gsl)
3243        ("lapack" ,lapack)
3244        ("openblas" ,openblas)
3245        ("zlib" ,zlib)))
3246     (build-system gnu-build-system)
3247     (arguments
3248      `(#:make-flags
3249        '(,@(match (%current-system)
3250          ("x86_64-linux"
3251           '("FORCE_DYNAMIC=1"))
3252          ("i686-linux"
3253           '("FORCE_DYNAMIC=1" "FORCE_32BIT=1"))
3254          (_
3255           '("FORCE_DYNAMIC=1" "NO_INTEL_COMPAT=1"))))
3256        #:phases
3257        (modify-phases %standard-phases
3258          (delete 'configure)
3259          (add-after 'unpack 'find-eigen
3260            (lambda* (#:key inputs #:allow-other-keys)
3261              ;; Ensure that Eigen headers can be found
3262              (setenv "CPLUS_INCLUDE_PATH"
3263                      (string-append (getenv "CPLUS_INCLUDE_PATH")
3264                                     ":"
3265                                     (assoc-ref inputs "eigen")
3266                                     "/include/eigen3"))
3267              #t))
3268          (add-before 'build 'bin-mkdir
3269           (lambda _
3270             (mkdir-p "bin")
3271             #t))
3272          (replace 'install
3273            (lambda* (#:key outputs #:allow-other-keys)
3274              (let ((out (assoc-ref outputs "out")))
3275                (install-file "bin/gemma"
3276                              (string-append
3277                               out "/bin")))
3278              #t)))
3279        #:tests? #f)) ; no tests included yet
3280     (home-page "https://github.com/xiangzhou/GEMMA")
3281     (synopsis "Tool for genome-wide efficient mixed model association")
3282     (description
3283      "Genome-wide Efficient Mixed Model Association (GEMMA) provides a
3284 standard linear mixed model resolver with application in genome-wide
3285 association studies (GWAS).")
3286     (license license:gpl3)))
3287
3288 (define-public grit
3289   (package
3290     (name "grit")
3291     (version "2.0.5")
3292     (source (origin
3293               (method git-fetch)
3294               (uri (git-reference
3295                     (url "https://github.com/nboley/grit.git")
3296                     (commit version)))
3297               (file-name (git-file-name name version))
3298               (sha256
3299                (base32
3300                 "1l5v8vfvfbrpmgnrvbrbv40d0arhxcnmxgv2f1mlcqfa3q6bkqm9"))))
3301     (build-system python-build-system)
3302     (arguments
3303      `(#:python ,python-2
3304        #:phases
3305        (modify-phases %standard-phases
3306          (add-after 'unpack 'generate-from-cython-sources
3307            (lambda* (#:key inputs outputs #:allow-other-keys)
3308              ;; Delete these C files to force fresh generation from pyx sources.
3309              (delete-file "grit/sparsify_support_fns.c")
3310              (delete-file "grit/call_peaks_support_fns.c")
3311              (substitute* "setup.py"
3312                (("Cython.Setup") "Cython.Build"))
3313              #t)))))
3314     (inputs
3315      `(("python-scipy" ,python2-scipy)
3316        ("python-numpy" ,python2-numpy)
3317        ("python-pysam" ,python2-pysam)
3318        ("python-networkx" ,python2-networkx)))
3319     (native-inputs
3320      `(("python-cython" ,python2-cython)))
3321     (home-page "http://grit-bio.org")
3322     (synopsis "Tool for integrative analysis of RNA-seq type assays")
3323     (description
3324      "GRIT is designed to use RNA-seq, TES, and TSS data to build and quantify
3325 full length transcript models.  When none of these data sources are available,
3326 GRIT can be run by providing a candidate set of TES or TSS sites.  In
3327 addition, GRIT can merge in reference junctions and gene boundaries.  GRIT can
3328 also be run in quantification mode, where it uses a provided GTF file and just
3329 estimates transcript expression.")
3330     (license license:gpl3+)))
3331
3332 (define-public hisat
3333   (package
3334     (name "hisat")
3335     (version "0.1.4")
3336     (source (origin
3337               (method url-fetch)
3338               (uri (string-append
3339                     "http://ccb.jhu.edu/software/hisat/downloads/hisat-"
3340                     version "-beta-source.zip"))
3341               (sha256
3342                (base32
3343                 "1k381ydranqxp09yf2y7w1d0chz5d59vb6jchi89hbb0prq19lk5"))))
3344     (build-system gnu-build-system)
3345     (arguments
3346      `(#:tests? #f ;no check target
3347        #:make-flags '("allall"
3348                       ;; Disable unsupported `popcnt' instructions on
3349                       ;; architectures other than x86_64
3350                       ,@(if (string-prefix? "x86_64"
3351                                             (or (%current-target-system)
3352                                                 (%current-system)))
3353                             '()
3354                             '("POPCNT_CAPABILITY=0")))
3355        #:phases
3356        (modify-phases %standard-phases
3357          (add-after 'unpack 'patch-sources
3358            (lambda _
3359              ;; XXX Cannot use snippet because zip files are not supported
3360              (substitute* "Makefile"
3361                (("^CC = .*$") "CC = gcc")
3362                (("^CPP = .*$") "CPP = g++")
3363                ;; replace BUILD_HOST and BUILD_TIME for deterministic build
3364                (("-DBUILD_HOST=.*") "-DBUILD_HOST=\"\\\"guix\\\"\"")
3365                (("-DBUILD_TIME=.*") "-DBUILD_TIME=\"\\\"0\\\"\""))
3366              (substitute* '("hisat-build" "hisat-inspect")
3367                (("/usr/bin/env") (which "env")))
3368              #t))
3369          (replace 'install
3370            (lambda* (#:key outputs #:allow-other-keys)
3371              (let ((bin (string-append (assoc-ref outputs "out") "/bin/")))
3372                (for-each (lambda (file)
3373                            (install-file file bin))
3374                          (find-files
3375                           "."
3376                           "hisat(-(build|align|inspect)(-(s|l)(-debug)*)*)*$")))
3377              #t))
3378          (delete 'configure))))
3379     (native-inputs
3380      `(("unzip" ,unzip)))
3381     (inputs
3382      `(("perl" ,perl)
3383        ("python" ,python)
3384        ("zlib" ,zlib)))
3385     ;; Non-portable SSE instructions are used so building fails on platforms
3386     ;; other than x86_64.
3387     (supported-systems '("x86_64-linux"))
3388     (home-page "http://ccb.jhu.edu/software/hisat/index.shtml")
3389     (synopsis "Hierarchical indexing for spliced alignment of transcripts")
3390     (description
3391      "HISAT is a fast and sensitive spliced alignment program for mapping
3392 RNA-seq reads.  In addition to one global FM index that represents a whole
3393 genome, HISAT uses a large set of small FM indexes that collectively cover the
3394 whole genome.  These small indexes (called local indexes) combined with
3395 several alignment strategies enable effective alignment of RNA-seq reads, in
3396 particular, reads spanning multiple exons.")
3397     (license license:gpl3+)))
3398
3399 (define-public hisat2
3400   (package
3401     (name "hisat2")
3402     (version "2.0.5")
3403     (source
3404      (origin
3405        (method url-fetch)
3406        (uri (string-append "ftp://ftp.ccb.jhu.edu/pub/infphilo/hisat2"
3407                            "/downloads/hisat2-" version "-source.zip"))
3408        (sha256
3409         (base32
3410          "0lywnr8kijwsc2aw10dwxic0n0yvip6fl3rjlvc8zzwahamy4x7g"))))
3411     (build-system gnu-build-system)
3412     (arguments
3413      `(#:tests? #f                      ; no check target
3414        #:make-flags (list "CC=gcc" "CXX=g++" "allall")
3415        #:modules ((guix build gnu-build-system)
3416                   (guix build utils)
3417                   (srfi srfi-26))
3418        #:phases
3419        (modify-phases %standard-phases
3420          (add-after 'unpack 'make-deterministic
3421            (lambda _
3422              (substitute* "Makefile"
3423                (("`date`") "0"))
3424              #t))
3425          (delete 'configure)
3426          (replace 'install
3427            (lambda* (#:key outputs #:allow-other-keys)
3428              (let* ((out (assoc-ref outputs "out"))
3429                     (bin (string-append out "/bin/"))
3430                     (doc (string-append out "/share/doc/hisat2/")))
3431                (for-each
3432                 (cut install-file <> bin)
3433                 (find-files "."
3434                             "hisat2(-(build|align|inspect)(-(s|l)(-debug)*)*)*$"))
3435                (mkdir-p doc)
3436                (install-file "doc/manual.inc.html" doc))
3437              #t)))))
3438     (native-inputs
3439      `(("unzip" ,unzip)                 ; needed for archive from ftp
3440        ("perl" ,perl)
3441        ("pandoc" ,ghc-pandoc)))         ; for documentation
3442     (home-page "http://ccb.jhu.edu/software/hisat2/index.shtml")
3443     (synopsis "Graph-based alignment of genomic sequencing reads")
3444     (description "HISAT2 is a fast and sensitive alignment program for mapping
3445 next-generation sequencing reads (both DNA and RNA) to a population of human
3446 genomes (as well as to a single reference genome).  In addition to using one
3447 global @dfn{graph FM} (GFM) index that represents a population of human
3448 genomes, HISAT2 uses a large set of small GFM indexes that collectively cover
3449 the whole genome.  These small indexes, combined with several alignment
3450 strategies, enable rapid and accurate alignment of sequencing reads.  This new
3451 indexing scheme is called a @dfn{Hierarchical Graph FM index} (HGFM).")
3452     ;; HISAT2 contains files from Bowtie2, which is released under
3453     ;; GPLv2 or later.  The HISAT2 source files are released under
3454     ;; GPLv3 or later.
3455     (license license:gpl3+)))
3456
3457 (define-public hmmer
3458   (package
3459     (name "hmmer")
3460     (version "3.2.1")
3461     (source
3462      (origin
3463        (method url-fetch)
3464        (uri (string-append
3465              "http://eddylab.org/software/hmmer/hmmer-" version ".tar.gz"))
3466        (sha256
3467         (base32
3468          "171bivy6xhgjsz5nv53n81pc3frnwz29ylblawk2bv46szwjjqd5"))))
3469     (build-system gnu-build-system)
3470     (native-inputs `(("perl" ,perl)))
3471     (home-page "http://hmmer.org/")
3472     (synopsis "Biosequence analysis using profile hidden Markov models")
3473     (description
3474      "HMMER is used for searching sequence databases for homologs of protein
3475 sequences, and for making protein sequence alignments.  It implements methods
3476 using probabilistic models called profile hidden Markov models (profile
3477 HMMs).")
3478     ;; hmmer uses non-portable SSE intrinsics so building fails on other
3479     ;; platforms.
3480     (supported-systems '("x86_64-linux" "i686-linux"))
3481     (license license:bsd-3)))
3482
3483 (define-public htseq
3484   (package
3485     (name "htseq")
3486     (version "0.9.1")
3487     (source (origin
3488               (method url-fetch)
3489               (uri (pypi-uri "HTSeq" version))
3490               (sha256
3491                (base32
3492                 "11flgb1381xdhk43bzbfm3vhnszkpqg6jk76rpa5xd1zbrvvlnxg"))))
3493     (build-system python-build-system)
3494     (native-inputs
3495      `(("python-cython" ,python-cython)))
3496     ;; Numpy needs to be propagated when htseq is used as a Python library.
3497     (propagated-inputs
3498      `(("python-numpy" ,python-numpy)))
3499     (inputs
3500      `(("python-pysam" ,python-pysam)
3501        ("python-matplotlib" ,python-matplotlib)))
3502     (home-page "http://www-huber.embl.de/users/anders/HTSeq/")
3503     (synopsis "Analysing high-throughput sequencing data with Python")
3504     (description
3505      "HTSeq is a Python package that provides infrastructure to process data
3506 from high-throughput sequencing assays.")
3507     (license license:gpl3+)))
3508
3509 (define-public python2-htseq
3510   (package-with-python2 htseq))
3511
3512 (define-public java-htsjdk
3513   (package
3514     (name "java-htsjdk")
3515     (version "2.3.0") ; last version without build dependency on gradle
3516     (source (origin
3517               (method git-fetch)
3518               (uri (git-reference
3519                     (url "https://github.com/samtools/htsjdk.git")
3520                     (commit version)))
3521               (file-name (git-file-name name version))
3522               (sha256
3523                (base32
3524                 "1b178ixcabanm834ydjl3jiakpyxdmki32hqfv2abrzn3rcwa28i"))
3525               (modules '((guix build utils)))
3526               (snippet
3527                ;; Delete pre-built binaries
3528                '(begin
3529                   (delete-file-recursively "lib")
3530                   (mkdir-p "lib")
3531                   #t))))
3532     (build-system ant-build-system)
3533     (arguments
3534      `(#:tests? #f ; test require Internet access
3535        #:jdk ,icedtea-8
3536        #:make-flags
3537        (list (string-append "-Ddist=" (assoc-ref %outputs "out")
3538                             "/share/java/htsjdk/"))
3539        #:build-target "all"
3540        #:phases
3541        (modify-phases %standard-phases
3542          ;; The build phase also installs the jars
3543          (delete 'install))))
3544     (inputs
3545      `(("java-ngs" ,java-ngs)
3546        ("java-snappy-1" ,java-snappy-1)
3547        ("java-commons-compress" ,java-commons-compress)
3548        ("java-commons-logging-minimal" ,java-commons-logging-minimal)
3549        ("java-commons-jexl-2" ,java-commons-jexl-2)
3550        ("java-xz" ,java-xz)))
3551     (native-inputs
3552      `(("java-testng" ,java-testng)))
3553     (home-page "http://samtools.github.io/htsjdk/")
3554     (synopsis "Java API for high-throughput sequencing data (HTS) formats")
3555     (description
3556      "HTSJDK is an implementation of a unified Java library for accessing
3557 common file formats, such as SAM and VCF, used for high-throughput
3558 sequencing (HTS) data.  There are also an number of useful utilities for
3559 manipulating HTS data.")
3560     (license license:expat)))
3561
3562 (define-public java-htsjdk-latest
3563   (package
3564     (name "java-htsjdk")
3565     (version "2.14.3")
3566     (source (origin
3567               (method git-fetch)
3568               (uri (git-reference
3569                     (url "https://github.com/samtools/htsjdk.git")
3570                     (commit version)))
3571               (file-name (string-append name "-" version "-checkout"))
3572               (sha256
3573                (base32
3574                 "1lmya1fdjy03mz6zmdmd86j9v9vfhqb3952mqq075navx1i6g4bc"))))
3575     (build-system ant-build-system)
3576     (arguments
3577      `(#:tests? #f                      ; test require Scala
3578        #:jdk ,icedtea-8
3579        #:jar-name "htsjdk.jar"
3580        #:phases
3581        (modify-phases %standard-phases
3582          (add-after 'unpack 'remove-useless-build.xml
3583            (lambda _ (delete-file "build.xml") #t))
3584          ;; The tests require the scalatest package.
3585          (add-after 'unpack 'remove-tests
3586            (lambda _ (delete-file-recursively "src/test") #t)))))
3587     (inputs
3588      `(("java-ngs" ,java-ngs)
3589        ("java-snappy-1" ,java-snappy-1)
3590        ("java-commons-compress" ,java-commons-compress)
3591        ("java-commons-logging-minimal" ,java-commons-logging-minimal)
3592        ("java-commons-jexl-2" ,java-commons-jexl-2)
3593        ("java-xz" ,java-xz)))
3594     (native-inputs
3595      `(("java-junit" ,java-junit)))
3596     (home-page "http://samtools.github.io/htsjdk/")
3597     (synopsis "Java API for high-throughput sequencing data (HTS) formats")
3598     (description
3599      "HTSJDK is an implementation of a unified Java library for accessing
3600 common file formats, such as SAM and VCF, used for high-throughput
3601 sequencing (HTS) data.  There are also an number of useful utilities for
3602 manipulating HTS data.")
3603     (license license:expat)))
3604
3605 ;; This is needed for picard 2.10.3
3606 (define-public java-htsjdk-2.10.1
3607   (package (inherit java-htsjdk-latest)
3608     (name "java-htsjdk")
3609     (version "2.10.1")
3610     (source (origin
3611               (method git-fetch)
3612               (uri (git-reference
3613                     (url "https://github.com/samtools/htsjdk.git")
3614                     (commit version)))
3615               (file-name (string-append name "-" version "-checkout"))
3616               (sha256
3617                (base32
3618                 "1kxh7slm2pm3x9p6jxa1wqsq9a31dhiiflhxnxqcisan4k3rwia2"))))
3619     (build-system ant-build-system)
3620     (arguments
3621      `(#:tests? #f                      ; tests require Scala
3622        #:jdk ,icedtea-8
3623        #:jar-name "htsjdk.jar"
3624        #:phases
3625        (modify-phases %standard-phases
3626          (add-after 'unpack 'remove-useless-build.xml
3627            (lambda _ (delete-file "build.xml") #t))
3628          ;; The tests require the scalatest package.
3629          (add-after 'unpack 'remove-tests
3630            (lambda _ (delete-file-recursively "src/test") #t)))))))
3631
3632 ;; This version matches java-htsjdk 2.3.0.  Later versions also require a more
3633 ;; recent version of java-htsjdk, which depends on gradle.
3634 (define-public java-picard
3635   (package
3636     (name "java-picard")
3637     (version "2.3.0")
3638     (source (origin
3639               (method git-fetch)
3640               (uri (git-reference
3641                     (url "https://github.com/broadinstitute/picard.git")
3642                     (commit version)))
3643               (file-name (string-append "java-picard-" version "-checkout"))
3644               (sha256
3645                (base32
3646                 "1ll7mf4r3by92w2nhlmpa591xd1f46xlkwh59mq6fvbb5pdwzvx6"))
3647               (modules '((guix build utils)))
3648               (snippet
3649                '(begin
3650                   ;; Delete pre-built binaries.
3651                   (delete-file-recursively "lib")
3652                   (mkdir-p "lib")
3653                   (substitute* "build.xml"
3654                     ;; Remove build-time dependency on git.
3655                     (("failifexecutionfails=\"true\"")
3656                      "failifexecutionfails=\"false\"")
3657                     ;; Use our htsjdk.
3658                     (("depends=\"compile-htsjdk, ")
3659                      "depends=\"")
3660                     (("depends=\"compile-htsjdk-tests, ")
3661                      "depends=\"")
3662                     ;; Build picard-lib.jar before building picard.jar
3663                     (("name=\"picard-jar\" depends=\"" line)
3664                      (string-append line "picard-lib-jar, ")))
3665                   #t))))
3666     (build-system ant-build-system)
3667     (arguments
3668      `(#:build-target "picard-jar"
3669        #:test-target "test"
3670        ;; Tests require jacoco:coverage.
3671        #:tests? #f
3672        #:make-flags
3673        (list (string-append "-Dhtsjdk_lib_dir="
3674                             (assoc-ref %build-inputs "java-htsjdk")
3675                             "/share/java/htsjdk/")
3676              "-Dhtsjdk-classes=dist/tmp"
3677              (string-append "-Dhtsjdk-version="
3678                             ,(package-version java-htsjdk)))
3679        #:jdk ,icedtea-8
3680        #:phases
3681        (modify-phases %standard-phases
3682          ;; FIXME: this phase fails with "duplicate entry: htsjdk/samtools/AbstractBAMFileIndex$1.class"
3683          (delete 'generate-jar-indices)
3684          (add-after 'unpack 'use-our-htsjdk
3685            (lambda* (#:key inputs #:allow-other-keys)
3686              (substitute* "build.xml"
3687                (("\\$\\{htsjdk\\}/lib")
3688                 (string-append (assoc-ref inputs "java-htsjdk")
3689                                "/share/java/htsjdk/")))
3690              #t))
3691          (add-after 'unpack 'make-test-target-independent
3692            (lambda* (#:key inputs #:allow-other-keys)
3693              (substitute* "build.xml"
3694                (("name=\"test\" depends=\"compile, ")
3695                 "name=\"test\" depends=\""))
3696              #t))
3697          (replace 'install (install-jars "dist")))))
3698     (inputs
3699      `(("java-htsjdk" ,java-htsjdk)
3700        ("java-guava" ,java-guava)))
3701     (native-inputs
3702      `(("java-testng" ,java-testng)))
3703     (home-page "http://broadinstitute.github.io/picard/")
3704     (synopsis "Tools for manipulating high-throughput sequencing data and formats")
3705     (description "Picard is a set of Java command line tools for manipulating
3706 high-throughput sequencing (HTS) data and formats.  Picard is implemented
3707 using the HTSJDK Java library to support accessing file formats that are
3708 commonly used for high-throughput sequencing data such as SAM, BAM, CRAM and
3709 VCF.")
3710     (license license:expat)))
3711
3712 ;; This is needed for dropseq-tools
3713 (define-public java-picard-2.10.3
3714   (package
3715     (name "java-picard")
3716     (version "2.10.3")
3717     (source (origin
3718               (method git-fetch)
3719               (uri (git-reference
3720                     (url "https://github.com/broadinstitute/picard.git")
3721                     (commit version)))
3722               (file-name (string-append "java-picard-" version "-checkout"))
3723               (sha256
3724                (base32
3725                 "1ajlx31l6i1k3y2rhnmgq07sz99g2czqfqgkr9mihmdjp3gwjhvi"))))
3726     (build-system ant-build-system)
3727     (arguments
3728      `(#:jar-name "picard.jar"
3729        ;; Tests require jacoco:coverage.
3730        #:tests? #f
3731        #:jdk ,icedtea-8
3732        #:main-class "picard.cmdline.PicardCommandLine"
3733        #:modules ((guix build ant-build-system)
3734                   (guix build utils)
3735                   (guix build java-utils)
3736                   (sxml simple)
3737                   (sxml transform)
3738                   (sxml xpath))
3739        #:phases
3740        (modify-phases %standard-phases
3741          ;; FIXME: this phase fails with "duplicate entry: htsjdk/samtools/AbstractBAMFileIndex$1.class"
3742          (delete 'generate-jar-indices)
3743          (add-after 'unpack 'remove-useless-build.xml
3744            (lambda _ (delete-file "build.xml") #t))
3745          ;; This is necessary to ensure that htsjdk is found when using
3746          ;; picard.jar as an executable.
3747          (add-before 'build 'edit-classpath-in-manifest
3748            (lambda* (#:key inputs #:allow-other-keys)
3749              (chmod "build.xml" #o664)
3750              (call-with-output-file "build.xml.new"
3751                (lambda (port)
3752                  (sxml->xml
3753                   (pre-post-order
3754                    (with-input-from-file "build.xml"
3755                      (lambda _ (xml->sxml #:trim-whitespace? #t)))
3756                    `((target    . ,(lambda (tag . kids)
3757                                      (let ((name ((sxpath '(name *text*))
3758                                                   (car kids)))
3759                                            ;; FIXME: We're breaking the line
3760                                            ;; early with a dummy path to
3761                                            ;; ensure that the store reference
3762                                            ;; isn't broken apart and can still
3763                                            ;; be found by the reference
3764                                            ;; scanner.
3765                                            (msg (format #f
3766                                                         "\
3767 Class-Path: /~a \
3768  ~a/share/java/htsjdk.jar${line.separator}${line.separator}"
3769                                                         ;; maximum line length is 70
3770                                                         (string-tabulate (const #\b) 57)
3771                                                         (assoc-ref inputs "java-htsjdk"))))
3772                                        (if (member "manifest" name)
3773                                            `(,tag ,@kids
3774                                                   (replaceregexp
3775                                                    (@ (file "${manifest.file}")
3776                                                       (match "\\r\\n\\r\\n")
3777                                                       (replace "${line.separator}")))
3778                                                   (echo
3779                                                    (@ (message ,msg)
3780                                                       (file "${manifest.file}")
3781                                                       (append "true"))))
3782                                            `(,tag ,@kids)))))
3783                      (*default* . ,(lambda (tag . kids) `(,tag ,@kids)))
3784                      (*text*    . ,(lambda (_ txt) txt))))
3785                   port)))
3786              (rename-file "build.xml.new" "build.xml")
3787              #t)))))
3788     (propagated-inputs
3789      `(("java-htsjdk" ,java-htsjdk-2.10.1)))
3790     (native-inputs
3791      `(("java-testng" ,java-testng)
3792        ("java-guava" ,java-guava)))
3793     (home-page "http://broadinstitute.github.io/picard/")
3794     (synopsis "Tools for manipulating high-throughput sequencing data and formats")
3795     (description "Picard is a set of Java command line tools for manipulating
3796 high-throughput sequencing (HTS) data and formats.  Picard is implemented
3797 using the HTSJDK Java library to support accessing file formats that are
3798 commonly used for high-throughput sequencing data such as SAM, BAM, CRAM and
3799 VCF.")
3800     (license license:expat)))
3801
3802 ;; This is the last version of Picard to provide net.sf.samtools
3803 (define-public java-picard-1.113
3804   (package (inherit java-picard)
3805     (name "java-picard")
3806     (version "1.113")
3807     (source (origin
3808               (method git-fetch)
3809               (uri (git-reference
3810                     (url "https://github.com/broadinstitute/picard.git")
3811                     (commit version)))
3812               (file-name (string-append "java-picard-" version "-checkout"))
3813               (sha256
3814                (base32
3815                 "0lkpvin2fz3hhly4l02kk56fqy8lmlgyzr9kmvljk6ry6l1hw973"))
3816               (modules '((guix build utils)))
3817               (snippet
3818                '(begin
3819                   ;; Delete pre-built binaries.
3820                   (delete-file-recursively "lib")
3821                   (mkdir-p "lib")
3822                   #t))))
3823     (build-system ant-build-system)
3824     (arguments
3825      `(#:build-target "picard-jar"
3826        #:test-target "test"
3827        ;; FIXME: the class path at test time is wrong.
3828        ;; [testng] Error: A JNI error has occurred, please check your installation and try again
3829        ;; [testng] Exception in thread "main" java.lang.NoClassDefFoundError: com/beust/jcommander/ParameterException
3830        #:tests? #f
3831        #:jdk ,icedtea-8
3832        ;; This is only used for tests.
3833        #:make-flags
3834        (list "-Dsamjdk.intel_deflater_so_path=lib/jni/libIntelDeflater.so")
3835        #:phases
3836        (modify-phases %standard-phases
3837          ;; FIXME: This phase fails.
3838          (delete 'generate-jar-indices)
3839          ;; Do not use bundled ant bzip2.
3840          (add-after 'unpack 'use-ant-bzip
3841            (lambda* (#:key inputs #:allow-other-keys)
3842              (substitute* "build.xml"
3843                (("\\$\\{lib\\}/apache-ant-1.8.2-bzip2.jar")
3844                 (string-append (assoc-ref inputs "ant")
3845                                "/lib/ant.jar")))
3846              #t))
3847          (add-after 'unpack 'make-test-target-independent
3848            (lambda* (#:key inputs #:allow-other-keys)
3849              (substitute* "build.xml"
3850                (("name=\"test\" depends=\"compile, ")
3851                 "name=\"test\" depends=\"compile-tests, ")
3852                (("name=\"compile\" depends=\"compile-src, compile-tests\"")
3853                 "name=\"compile\" depends=\"compile-src\""))
3854              #t))
3855          (add-after 'unpack 'fix-deflater-path
3856            (lambda* (#:key outputs #:allow-other-keys)
3857              (substitute* "src/java/net/sf/samtools/Defaults.java"
3858                (("getStringProperty\\(\"intel_deflater_so_path\", null\\)")
3859                 (string-append "getStringProperty(\"intel_deflater_so_path\", \""
3860                                (assoc-ref outputs "out")
3861                                "/lib/jni/libIntelDeflater.so"
3862                                "\")")))
3863              #t))
3864          ;; Build the deflater library, because we've previously deleted the
3865          ;; pre-built one.  This can only be built with access to the JDK
3866          ;; sources.
3867          (add-after 'build 'build-jni
3868            (lambda* (#:key inputs #:allow-other-keys)
3869              (mkdir-p "lib/jni")
3870              (mkdir-p "jdk-src")
3871              (invoke "tar" "--strip-components=1" "-C" "jdk-src"
3872                      "-xf" (assoc-ref inputs "jdk-src"))
3873              (invoke "javah" "-jni"
3874                      "-classpath" "classes"
3875                      "-d" "lib/"
3876                      "net.sf.samtools.util.zip.IntelDeflater")
3877              (with-directory-excursion "src/c/inteldeflater"
3878                (invoke "gcc" "-I../../../lib" "-I."
3879                        (string-append "-I" (assoc-ref inputs "jdk")
3880                                       "/include/linux")
3881                        "-I../../../jdk-src/src/share/native/common/"
3882                        "-I../../../jdk-src/src/solaris/native/common/"
3883                        "-c" "-O3" "-fPIC" "IntelDeflater.c")
3884                (invoke "gcc" "-shared"
3885                        "-o" "../../../lib/jni/libIntelDeflater.so"
3886                        "IntelDeflater.o" "-lz" "-lstdc++"))
3887              #t))
3888          ;; We can only build everything else after building the JNI library.
3889          (add-after 'build-jni 'build-rest
3890            (lambda* (#:key make-flags #:allow-other-keys)
3891              (apply invoke `("ant" "all" ,@make-flags))
3892              #t))
3893          (add-before 'build 'set-JAVA6_HOME
3894            (lambda _
3895              (setenv "JAVA6_HOME" (getenv "JAVA_HOME"))
3896              #t))
3897          (replace 'install (install-jars "dist"))
3898          (add-after 'install 'install-jni-lib
3899            (lambda* (#:key outputs #:allow-other-keys)
3900              (let ((jni (string-append (assoc-ref outputs "out")
3901                                        "/lib/jni")))
3902                (mkdir-p jni)
3903                (install-file "lib/jni/libIntelDeflater.so" jni)
3904                #t))))))
3905     (inputs
3906      `(("java-snappy-1" ,java-snappy-1)
3907        ("java-commons-jexl-2" ,java-commons-jexl-2)
3908        ("java-cofoja" ,java-cofoja)
3909        ("ant" ,ant) ; for bzip2 support at runtime
3910        ("zlib" ,zlib)))
3911     (native-inputs
3912      `(("ant-apache-bcel" ,ant-apache-bcel)
3913        ("ant-junit" ,ant-junit)
3914        ("java-testng" ,java-testng)
3915        ("java-commons-bcel" ,java-commons-bcel)
3916        ("java-jcommander" ,java-jcommander)
3917        ("jdk" ,icedtea-8 "jdk")
3918        ("jdk-src" ,(car (assoc-ref (package-native-inputs icedtea-8) "jdk-drop")))))))
3919
3920 (define-public fastqc
3921   (package
3922     (name "fastqc")
3923     (version "0.11.5")
3924     (source
3925      (origin
3926        (method url-fetch)
3927        (uri (string-append "http://www.bioinformatics.babraham.ac.uk/"
3928                            "projects/fastqc/fastqc_v"
3929                            version "_source.zip"))
3930        (sha256
3931         (base32
3932          "18rrlkhcrxvvvlapch4dpj6xc6mpayzys8qfppybi8jrpgx5cc5f"))))
3933     (build-system ant-build-system)
3934     (arguments
3935      `(#:tests? #f                      ; there are no tests
3936        #:build-target "build"
3937        #:phases
3938        (modify-phases %standard-phases
3939          (add-after 'unpack 'fix-dependencies
3940            (lambda* (#:key inputs #:allow-other-keys)
3941              (substitute* "build.xml"
3942                (("jbzip2-0.9.jar")
3943                 (string-append (assoc-ref inputs "java-jbzip2")
3944                                "/share/java/jbzip2.jar"))
3945                (("sam-1.103.jar")
3946                 (string-append (assoc-ref inputs "java-picard-1.113")
3947                                "/share/java/sam-1.112.jar"))
3948                (("cisd-jhdf5.jar")
3949                 (string-append (assoc-ref inputs "java-cisd-jhdf5")
3950                                "/share/java/sis-jhdf5.jar")))
3951              #t))
3952          ;; There is no installation target
3953          (replace 'install
3954            (lambda* (#:key inputs outputs #:allow-other-keys)
3955              (let* ((out   (assoc-ref outputs "out"))
3956                     (bin   (string-append out "/bin"))
3957                     (share (string-append out "/share/fastqc/"))
3958                     (exe   (string-append share "/fastqc")))
3959                (for-each mkdir-p (list bin share))
3960                (copy-recursively "bin" share)
3961                (substitute* exe
3962                  (("my \\$java_bin = 'java';")
3963                   (string-append "my $java_bin = '"
3964                                  (assoc-ref inputs "java")
3965                                  "/bin/java';")))
3966                (chmod exe #o555)
3967                (symlink exe (string-append bin "/fastqc"))
3968                #t))))))
3969     (inputs
3970      `(("java" ,icedtea)
3971        ("perl" ,perl)                   ; needed for the wrapper script
3972        ("java-cisd-jhdf5" ,java-cisd-jhdf5)
3973        ("java-picard-1.113" ,java-picard-1.113)
3974        ("java-jbzip2" ,java-jbzip2)))
3975     (native-inputs
3976      `(("unzip" ,unzip)))
3977     (home-page "http://www.bioinformatics.babraham.ac.uk/projects/fastqc/")
3978     (synopsis "Quality control tool for high throughput sequence data")
3979     (description
3980      "FastQC aims to provide a simple way to do some quality control
3981 checks on raw sequence data coming from high throughput sequencing
3982 pipelines.  It provides a modular set of analyses which you can use to
3983 give a quick impression of whether your data has any problems of which
3984 you should be aware before doing any further analysis.
3985
3986 The main functions of FastQC are:
3987
3988 @itemize
3989 @item Import of data from BAM, SAM or FastQ files (any variant);
3990 @item Providing a quick overview to tell you in which areas there may
3991   be problems;
3992 @item Summary graphs and tables to quickly assess your data;
3993 @item Export of results to an HTML based permanent report;
3994 @item Offline operation to allow automated generation of reports
3995   without running the interactive application.
3996 @end itemize\n")
3997     (license license:gpl3+)))
3998
3999 (define-public fastp
4000   (package
4001     (name "fastp")
4002     (version "0.14.1")
4003     (source
4004      (origin
4005        (method git-fetch)
4006        (uri (git-reference
4007              (url "https://github.com/OpenGene/fastp.git")
4008              (commit (string-append "v" version))))
4009        (file-name (git-file-name name version))
4010        (sha256
4011         (base32
4012          "1r6ms5zbf5rps4rgp4z73nczadl00b5rqylw8f684isfz27dp0xh"))))
4013     (build-system gnu-build-system)
4014     (arguments
4015      `(#:tests? #f ; there are none
4016        #:make-flags
4017        (list (string-append "BINDIR=" (assoc-ref %outputs "out") "/bin"))
4018        #:phases
4019        (modify-phases %standard-phases
4020          (delete 'configure)
4021          (add-before 'install 'create-target-dir
4022            (lambda* (#:key outputs #:allow-other-keys)
4023              (mkdir-p (string-append (assoc-ref outputs "out") "/bin"))
4024              #t)))))
4025     (inputs
4026      `(("zlib" ,zlib)))
4027     (home-page "https://github.com/OpenGene/fastp/")
4028     (synopsis "All-in-one FastQ preprocessor")
4029     (description
4030      "Fastp is a tool designed to provide fast all-in-one preprocessing for
4031 FastQ files.  This tool has multi-threading support to afford high
4032 performance.")
4033     (license license:expat)))
4034
4035 (define-public htslib
4036   (package
4037     (name "htslib")
4038     (version "1.9")
4039     (source (origin
4040               (method url-fetch)
4041               (uri (string-append
4042                     "https://github.com/samtools/htslib/releases/download/"
4043                     version "/htslib-" version ".tar.bz2"))
4044               (sha256
4045                (base32
4046                 "16ljv43sc3fxmv63w7b2ff8m1s7h89xhazwmbm1bicz8axq8fjz0"))))
4047     (build-system gnu-build-system)
4048     (inputs
4049      `(("openssl" ,openssl)
4050        ("curl" ,curl)
4051        ("zlib" ,zlib)))
4052     (native-inputs
4053      `(("perl" ,perl)))
4054     (home-page "http://www.htslib.org")
4055     (synopsis "C library for reading/writing high-throughput sequencing data")
4056     (description
4057      "HTSlib is a C library for reading/writing high-throughput sequencing
4058 data.  It also provides the @command{bgzip}, @command{htsfile}, and
4059 @command{tabix} utilities.")
4060     ;; Files under cram/ are released under the modified BSD license;
4061     ;; the rest is released under the Expat license
4062     (license (list license:expat license:bsd-3))))
4063
4064 ;; This package should be removed once no packages rely upon it.
4065 (define htslib-1.3
4066   (package
4067     (inherit htslib)
4068     (version "1.3.1")
4069     (source (origin
4070               (method url-fetch)
4071               (uri (string-append
4072                     "https://github.com/samtools/htslib/releases/download/"
4073                     version "/htslib-" version ".tar.bz2"))
4074               (sha256
4075                (base32
4076                 "1rja282fwdc25ql6izkhdyh8ppw8x2fs0w0js78zgkmqjlikmma9"))))))
4077
4078 (define-public idr
4079   (package
4080     (name "idr")
4081     (version "2.0.3")
4082     (source (origin
4083               (method git-fetch)
4084               (uri (git-reference
4085                     (url "https://github.com/nboley/idr.git")
4086                     (commit version)))
4087               (file-name (git-file-name name version))
4088               (sha256
4089                (base32
4090                 "04j876h6z444v2q79drxx283d3k5snd72kj895wbalnl42206x9g"))
4091               ;; Delete generated C code.
4092               (snippet
4093                '(begin (delete-file "idr/inv_cdf.c") #t))))
4094     (build-system python-build-system)
4095     ;; There is only one test ("test_inv_cdf.py") and it tests features that
4096     ;; are no longer part of this package.  It also asserts False, which
4097     ;; causes the tests to always fail.
4098     (arguments `(#:tests? #f))
4099     (propagated-inputs
4100      `(("python-scipy" ,python-scipy)
4101        ("python-sympy" ,python-sympy)
4102        ("python-numpy" ,python-numpy)
4103        ("python-matplotlib" ,python-matplotlib)))
4104     (native-inputs
4105      `(("python-cython" ,python-cython)))
4106     (home-page "https://github.com/nboley/idr")
4107     (synopsis "Tool to measure the irreproducible discovery rate (IDR)")
4108     (description
4109      "The IDR (Irreproducible Discovery Rate) framework is a unified approach
4110 to measure the reproducibility of findings identified from replicate
4111 experiments and provide highly stable thresholds based on reproducibility.")
4112     (license license:gpl2+)))
4113
4114 (define-public jellyfish
4115   (package
4116     (name "jellyfish")
4117     (version "2.2.10")
4118     (source (origin
4119               (method url-fetch)
4120               (uri (string-append "https://github.com/gmarcais/Jellyfish/"
4121                                   "releases/download/v" version
4122                                   "/jellyfish-" version ".tar.gz"))
4123               (sha256
4124                (base32
4125                 "1k4pc3fvv6w1km2yph4m5sd78fbxp21d6xyzgmy0gjihzc6mb249"))))
4126     (build-system gnu-build-system)
4127     (outputs '("out"      ;for library
4128                "ruby"     ;for Ruby bindings
4129                "python")) ;for Python bindings
4130     (arguments
4131      `(#:configure-flags
4132        (list (string-append "--enable-ruby-binding="
4133                             (assoc-ref %outputs "ruby"))
4134              (string-append "--enable-python-binding="
4135                             (assoc-ref %outputs "python")))
4136        #:phases
4137        (modify-phases %standard-phases
4138          (add-before 'check 'set-SHELL-variable
4139            (lambda _
4140              ;; generator_manager.hpp either uses /bin/sh or $SHELL
4141              ;; to run tests.
4142              (setenv "SHELL" (which "bash"))
4143              #t)))))
4144     (native-inputs
4145      `(("bc" ,bc)
4146        ("time" ,time)
4147        ("ruby" ,ruby)
4148        ("python" ,python-2)
4149        ("pkg-config" ,pkg-config)))
4150     (inputs
4151      `(("htslib" ,htslib)))
4152     (synopsis "Tool for fast counting of k-mers in DNA")
4153     (description
4154      "Jellyfish is a tool for fast, memory-efficient counting of k-mers in
4155 DNA.  A k-mer is a substring of length k, and counting the occurrences of all
4156 such substrings is a central step in many analyses of DNA sequence.  Jellyfish
4157 is a command-line program that reads FASTA and multi-FASTA files containing
4158 DNA sequences.  It outputs its k-mer counts in a binary format, which can be
4159 translated into a human-readable text format using the @code{jellyfish dump}
4160 command, or queried for specific k-mers with @code{jellyfish query}.")
4161     (home-page "http://www.genome.umd.edu/jellyfish.html")
4162     ;; JELLYFISH seems to be 64-bit only.
4163     (supported-systems '("x86_64-linux" "aarch64-linux" "mips64el-linux"))
4164     ;; The combined work is published under the GPLv3 or later.  Individual
4165     ;; files such as lib/jsoncpp.cpp are released under the Expat license.
4166     (license (list license:gpl3+ license:expat))))
4167
4168 (define-public khmer
4169   (package
4170     (name "khmer")
4171     (version "2.1.2")
4172     (source
4173      (origin
4174        (method git-fetch)
4175        (uri (git-reference
4176              (url "https://github.com/dib-lab/khmer.git")
4177              (commit (string-append "v" version))))
4178        (file-name (git-file-name name version))
4179        (sha256
4180         (base32
4181          "02x38d9jw2r58y8dmnj4hffy9wxv1yc1jwbvdbhby9dxndv94r9m"))
4182        (patches (search-patches "khmer-use-libraries.patch"))
4183        (modules '((guix build utils)))
4184        (snippet
4185         '(begin
4186            ;; Delete bundled libraries.  We do not replace the bundled seqan
4187            ;; as it is a modified subset of the old version 1.4.1.
4188            ;;
4189            ;; We do not replace the bundled MurmurHash as the canonical
4190            ;; repository for this code 'SMHasher' is unsuitable for providing
4191            ;; a library.  See
4192            ;; https://lists.gnu.org/archive/html/guix-devel/2016-06/msg00977.html
4193            (delete-file-recursively "third-party/zlib")
4194            (delete-file-recursively "third-party/bzip2")
4195            #t))))
4196     (build-system python-build-system)
4197     (arguments
4198      `(#:phases
4199        (modify-phases %standard-phases
4200          (add-after 'unpack 'set-cc
4201            (lambda _ (setenv "CC" "gcc") #t))
4202          ;; FIXME: This fails with "permission denied".
4203          (delete 'reset-gzip-timestamps))))
4204     (native-inputs
4205      `(("python-cython" ,python-cython)
4206        ("python-pytest" ,python-pytest)
4207        ("python-pytest-runner" ,python-pytest-runner)))
4208     (inputs
4209      `(("zlib" ,zlib)
4210        ("bzip2" ,bzip2)
4211        ("python-screed" ,python-screed)
4212        ("python-bz2file" ,python-bz2file)))
4213     (home-page "https://khmer.readthedocs.org/")
4214     (synopsis "K-mer counting, filtering and graph traversal library")
4215     (description "The khmer software is a set of command-line tools for
4216 working with DNA shotgun sequencing data from genomes, transcriptomes,
4217 metagenomes and single cells.  Khmer can make de novo assemblies faster, and
4218 sometimes better.  Khmer can also identify and fix problems with shotgun
4219 data.")
4220     ;; When building on i686, armhf and mips64el, we get the following error:
4221     ;; error: ['khmer', 'khmer.tests', 'oxli'] require 64-bit operating system
4222     (supported-systems '("x86_64-linux" "aarch64-linux"))
4223     (license license:bsd-3)))
4224
4225 (define-public kaiju
4226   (package
4227     (name "kaiju")
4228     (version "1.6.3")
4229     (source (origin
4230               (method git-fetch)
4231               (uri (git-reference
4232                     (url "https://github.com/bioinformatics-centre/kaiju")
4233                     (commit (string-append "v" version))))
4234               (file-name (git-file-name name version))
4235               (sha256
4236                (base32
4237                 "119pzi0ddzv9mjg4wwa6han0cwr3k3ssn7kirvsjfcq05mi5ka0x"))))
4238     (build-system gnu-build-system)
4239     (arguments
4240      `(#:tests? #f ; There are no tests.
4241        #:phases
4242        (modify-phases %standard-phases
4243          (delete 'configure)
4244          (add-before 'build 'move-to-src-dir
4245            (lambda _ (chdir "src") #t))
4246          (replace 'install
4247            (lambda* (#:key inputs outputs #:allow-other-keys)
4248              (let ((bin (string-append (assoc-ref outputs "out") "/bin")))
4249                (mkdir-p bin)
4250                (chdir "..")
4251                (copy-recursively "bin" bin))
4252              #t)))))
4253     (inputs
4254      `(("perl" ,perl)
4255        ("zlib" ,zlib)))
4256     (home-page "http://kaiju.binf.ku.dk/")
4257     (synopsis "Fast and sensitive taxonomic classification for metagenomics")
4258     (description "Kaiju is a program for sensitive taxonomic classification
4259 of high-throughput sequencing reads from metagenomic whole genome sequencing
4260 experiments.")
4261     (license license:gpl3+)))
4262
4263 (define-public macs
4264   (package
4265     (name "macs")
4266     (version "2.1.1.20160309")
4267     (source (origin
4268               (method url-fetch)
4269               (uri (pypi-uri "MACS2" version))
4270               (sha256
4271                (base32
4272                 "09ixspd1vcqmz1c81ih70xs4m7qml2iy5vyx1y74zww3iy1vl210"))))
4273     (build-system python-build-system)
4274     (arguments
4275      `(#:python ,python-2 ; only compatible with Python 2.7
4276        #:tests? #f)) ; no test target
4277     (inputs
4278      `(("python-numpy" ,python2-numpy)))
4279     (home-page "https://github.com/taoliu/MACS/")
4280     (synopsis "Model based analysis for ChIP-Seq data")
4281     (description
4282      "MACS is an implementation of a ChIP-Seq analysis algorithm for
4283 identifying transcript factor binding sites named Model-based Analysis of
4284 ChIP-Seq (MACS).  MACS captures the influence of genome complexity to evaluate
4285 the significance of enriched ChIP regions and it improves the spatial
4286 resolution of binding sites through combining the information of both
4287 sequencing tag position and orientation.")
4288     (license license:bsd-3)))
4289
4290 (define-public mafft
4291   (package
4292     (name "mafft")
4293     (version "7.394")
4294     (source (origin
4295               (method url-fetch)
4296               (uri (string-append
4297                     "https://mafft.cbrc.jp/alignment/software/mafft-" version
4298                     "-without-extensions-src.tgz"))
4299               (file-name (string-append name "-" version ".tgz"))
4300               (sha256
4301                (base32
4302                 "0bacjkxfg944p5khhyh5rd4y7wkjc9qk4v2jjj442sqlq0f8ar7b"))))
4303     (build-system gnu-build-system)
4304     (arguments
4305      `(#:tests? #f ; no automated tests, though there are tests in the read me
4306        #:make-flags (let ((out (assoc-ref %outputs "out")))
4307                       (list (string-append "PREFIX=" out)
4308                             (string-append "BINDIR="
4309                                            (string-append out "/bin"))))
4310        #:phases
4311        (modify-phases %standard-phases
4312          (add-after 'unpack 'enter-dir
4313            (lambda _ (chdir "core") #t))
4314          (add-after 'enter-dir 'patch-makefile
4315            (lambda _
4316              ;; on advice from the MAFFT authors, there is no need to
4317              ;; distribute mafft-profile, mafft-distance, or
4318              ;; mafft-homologs.rb as they are too "specialised".
4319              (substitute* "Makefile"
4320                ;; remove mafft-homologs.rb from SCRIPTS
4321                (("^SCRIPTS = mafft mafft-homologs.rb")
4322                 "SCRIPTS = mafft")
4323                ;; remove mafft-homologs from MANPAGES
4324                (("^MANPAGES = mafft.1 mafft-homologs.1")
4325                 "MANPAGES = mafft.1")
4326                ;; remove mafft-distance from PROGS
4327                (("^PROGS = dvtditr dndfast7 dndblast sextet5 mafft-distance")
4328                 "PROGS = dvtditr dndfast7 dndblast sextet5")
4329                ;; remove mafft-profile from PROGS
4330                (("splittbfast disttbfast tbfast mafft-profile 2cl mccaskillwrap")
4331                 "splittbfast disttbfast tbfast f2cl mccaskillwrap")
4332                (("^rm -f mafft-profile mafft-profile.exe") "#")
4333                (("^rm -f mafft-distance mafft-distance.exe") ")#")
4334                ;; do not install MAN pages in libexec folder
4335                (("^\t\\$\\(INSTALL\\) -m 644 \\$\\(MANPAGES\\) \
4336 \\$\\(DESTDIR\\)\\$\\(LIBDIR\\)") "#"))
4337              #t))
4338          (add-after 'enter-dir 'patch-paths
4339            (lambda* (#:key inputs #:allow-other-keys)
4340              (substitute* '("pairash.c"
4341                             "mafft.tmpl")
4342                (("perl") (which "perl"))
4343                (("([\"`| ])awk" _ prefix)
4344                 (string-append prefix (which "awk")))
4345                (("grep") (which "grep")))
4346              #t))
4347          (delete 'configure)
4348          (add-after 'install 'wrap-programs
4349            (lambda* (#:key outputs #:allow-other-keys)
4350              (let* ((out (assoc-ref outputs "out"))
4351                     (bin (string-append out "/bin"))
4352                     (path (string-append
4353                            (assoc-ref %build-inputs "coreutils") "/bin:")))
4354                (for-each (lambda (file)
4355                            (wrap-program file
4356                              `("PATH" ":" prefix (,path))))
4357                          (find-files bin)))
4358              #t)))))
4359     (inputs
4360      `(("perl" ,perl)
4361        ("ruby" ,ruby)
4362        ("gawk" ,gawk)
4363        ("grep" ,grep)
4364        ("coreutils" ,coreutils)))
4365     (home-page "http://mafft.cbrc.jp/alignment/software/")
4366     (synopsis "Multiple sequence alignment program")
4367     (description
4368      "MAFFT offers a range of multiple alignment methods for nucleotide and
4369 protein sequences.  For instance, it offers L-INS-i (accurate; for alignment
4370 of <~200 sequences) and FFT-NS-2 (fast; for alignment of <~30,000
4371 sequences).")
4372     (license (license:non-copyleft
4373               "http://mafft.cbrc.jp/alignment/software/license.txt"
4374               "BSD-3 with different formatting"))))
4375
4376 (define-public mash
4377   (package
4378     (name "mash")
4379     (version "2.1")
4380     (source (origin
4381               (method git-fetch)
4382               (uri (git-reference
4383                     (url "https://github.com/marbl/mash.git")
4384                     (commit (string-append "v" version))))
4385               (file-name (git-file-name name version))
4386               (sha256
4387                (base32
4388                 "049hwcc059p2fd9vwndn63laifvvsi0wmv84i6y1fr79k15dxwy6"))
4389               (modules '((guix build utils)))
4390               (snippet
4391                '(begin
4392                   ;; Delete bundled kseq.
4393                   ;; TODO: Also delete bundled murmurhash and open bloom filter.
4394                   (delete-file "src/mash/kseq.h")
4395                   #t))))
4396     (build-system gnu-build-system)
4397     (arguments
4398      `(#:tests? #f ; No tests.
4399        #:configure-flags
4400        (list
4401         (string-append "--with-capnp=" (assoc-ref %build-inputs "capnproto"))
4402         (string-append "--with-gsl=" (assoc-ref %build-inputs "gsl")))
4403        #:make-flags (list "CC=gcc")
4404        #:phases
4405        (modify-phases %standard-phases
4406          (add-after 'unpack 'fix-includes
4407            (lambda _
4408              (substitute* '("src/mash/Sketch.cpp"
4409                             "src/mash/CommandFind.cpp"
4410                             "src/mash/CommandScreen.cpp")
4411                (("^#include \"kseq\\.h\"")
4412                 "#include \"htslib/kseq.h\""))
4413              #t))
4414          (add-after 'fix-includes 'use-c++14
4415            (lambda _
4416              ;; capnproto 0.7 requires c++14 to build
4417              (substitute* "configure.ac"
4418                (("c\\+\\+11") "c++14"))
4419              (substitute* "Makefile.in"
4420                (("c\\+\\+11") "c++14"))
4421              #t)))))
4422     (native-inputs
4423      `(("autoconf" ,autoconf)
4424        ;; Capnproto and htslib are statically embedded in the final
4425        ;; application. Therefore we also list their licenses, below.
4426        ("capnproto" ,capnproto)
4427        ("htslib" ,htslib)))
4428     (inputs
4429      `(("gsl" ,gsl)
4430        ("zlib" ,zlib)))
4431     (supported-systems '("x86_64-linux"))
4432     (home-page "https://mash.readthedocs.io")
4433     (synopsis "Fast genome and metagenome distance estimation using MinHash")
4434     (description "Mash is a fast sequence distance estimator that uses the
4435 MinHash algorithm and is designed to work with genomes and metagenomes in the
4436 form of assemblies or reads.")
4437     (license (list license:bsd-3          ; Mash
4438                    license:expat          ; HTSlib and capnproto
4439                    license:public-domain  ; MurmurHash 3
4440                    license:cpl1.0))))     ; Open Bloom Filter
4441
4442 (define-public metabat
4443   (package
4444     (name "metabat")
4445     (version "2.12.1")
4446     (source
4447      (origin
4448        (method git-fetch)
4449        (uri (git-reference
4450              (url "https://bitbucket.org/berkeleylab/metabat.git")
4451              (commit (string-append "v" version))))
4452        (file-name (git-file-name name version))
4453        (sha256
4454         (base32
4455          "0hyg2smw1nz69mfvjpk45xyyychmda92c80a0cv7baji84ri4iyn"))
4456        (patches (search-patches "metabat-fix-compilation.patch"))))
4457     (build-system scons-build-system)
4458     (arguments
4459      `(#:scons ,scons-python2
4460        #:scons-flags
4461        (list (string-append "PREFIX=" (assoc-ref %outputs "out"))
4462              (string-append "BOOST_ROOT=" (assoc-ref %build-inputs "boost")))
4463        #:tests? #f ;; Tests are run during the build phase.
4464        #:phases
4465        (modify-phases %standard-phases
4466          (add-after 'unpack 'fix-includes
4467            (lambda _
4468              (substitute* "src/BamUtils.h"
4469                (("^#include \"bam/bam\\.h\"")
4470                 "#include \"samtools/bam.h\"")
4471                (("^#include \"bam/sam\\.h\"")
4472                 "#include \"samtools/sam.h\""))
4473              (substitute* "src/KseqReader.h"
4474                (("^#include \"bam/kseq\\.h\"")
4475                 "#include \"htslib/kseq.h\""))
4476              #t))
4477          (add-after 'unpack 'fix-scons
4478            (lambda* (#:key inputs #:allow-other-keys)
4479              (substitute* "SConstruct"
4480                (("^htslib_dir += 'samtools'")
4481                 (string-append "htslib_dir = '"
4482                                (assoc-ref inputs "htslib")
4483                                "'"))
4484                (("^samtools_dir = 'samtools'")
4485                 (string-append "samtools_dir = '"
4486                                (assoc-ref inputs "samtools")
4487                                "'"))
4488                (("^findStaticOrShared\\('bam', hts_lib")
4489                 (string-append "findStaticOrShared('bam', '"
4490                                (assoc-ref inputs "samtools")
4491                                "/lib'"))
4492                ;; Do not distribute README.
4493                (("^env\\.Install\\(idir_prefix, 'README\\.md'\\)") ""))
4494              #t)))))
4495     (inputs
4496      `(("zlib" ,zlib)
4497        ("perl" ,perl)
4498        ("samtools" ,samtools)
4499        ("htslib" ,htslib)
4500        ("boost" ,boost)))
4501     (home-page "https://bitbucket.org/berkeleylab/metabat")
4502     (synopsis
4503      "Reconstruction of single genomes from complex microbial communities")
4504     (description
4505      "Grouping large genomic fragments assembled from shotgun metagenomic
4506 sequences to deconvolute complex microbial communities, or metagenome binning,
4507 enables the study of individual organisms and their interactions.  MetaBAT is
4508 an automated metagenome binning software, which integrates empirical
4509 probabilistic distances of genome abundance and tetranucleotide frequency.")
4510     ;; The source code contains inline assembly.
4511     (supported-systems '("x86_64-linux" "i686-linux"))
4512     (license (license:non-copyleft "file://license.txt"
4513                                    "See license.txt in the distribution."))))
4514
4515 (define-public minced
4516   (package
4517     (name "minced")
4518     (version "0.3.2")
4519     (source (origin
4520               (method git-fetch)
4521               (uri (git-reference
4522                     (url "https://github.com/ctSkennerton/minced.git")
4523                     (commit version)))
4524               (file-name (git-file-name name version))
4525               (sha256
4526                (base32
4527                 "1f5h9him0gd355cnx7p6pnxpknhckd4g0v62mg8zyhfbx9as25fv"))))
4528     (build-system gnu-build-system)
4529     (arguments
4530      `(#:test-target "test"
4531        #:phases
4532        (modify-phases %standard-phases
4533          (delete 'configure)
4534          (add-before 'check 'fix-test
4535            (lambda _
4536              ;; Fix test for latest version.
4537              (substitute* "t/Aquifex_aeolicus_VF5.expected"
4538                (("minced:0.1.6") "minced:0.2.0"))
4539              #t))
4540          (replace 'install ; No install target.
4541            (lambda* (#:key inputs outputs #:allow-other-keys)
4542              (let* ((out (assoc-ref outputs "out"))
4543                     (bin (string-append out "/bin"))
4544                     (wrapper (string-append bin "/minced")))
4545                ;; Minced comes with a wrapper script that tries to figure out where
4546                ;; it is located before running the JAR. Since these paths are known
4547                ;; to us, we build our own wrapper to avoid coreutils dependency.
4548                (install-file "minced.jar" bin)
4549                (with-output-to-file wrapper
4550                  (lambda _
4551                    (display
4552                     (string-append
4553                      "#!" (assoc-ref inputs "bash") "/bin/sh\n\n"
4554                      (assoc-ref inputs "jre") "/bin/java -jar "
4555                      bin "/minced.jar \"$@\"\n"))))
4556                (chmod wrapper #o555))
4557              #t)))))
4558     (native-inputs
4559      `(("jdk" ,icedtea "jdk")))
4560     (inputs
4561      `(("bash" ,bash)
4562        ("jre" ,icedtea "out")))
4563     (home-page "https://github.com/ctSkennerton/minced")
4564     (synopsis "Mining CRISPRs in Environmental Datasets")
4565     (description
4566      "MinCED is a program to find Clustered Regularly Interspaced Short
4567 Palindromic Repeats (CRISPRs) in DNA sequences.  It can be used for
4568 unassembled metagenomic reads, but is mainly designed for full genomes and
4569 assembled metagenomic sequence.")
4570     (license license:gpl3+)))
4571
4572 (define-public miso
4573   (package
4574     (name "miso")
4575     (version "0.5.4")
4576     (source (origin
4577               (method url-fetch)
4578               (uri (pypi-uri "misopy" version))
4579               (sha256
4580                (base32
4581                 "1z3x0vd8ma7pdrnywj7i3kgwl89sdkwrrn62zl7r5calqaq2hyip"))
4582               (modules '((guix build utils)))
4583               (snippet '(begin
4584                           (substitute* "setup.py"
4585                             ;; Use setuptools, or else the executables are not
4586                             ;; installed.
4587                             (("distutils.core") "setuptools")
4588                             ;; use "gcc" instead of "cc" for compilation
4589                             (("^defines")
4590                              "cc.set_executables(
4591 compiler='gcc',
4592 compiler_so='gcc',
4593 linker_exe='gcc',
4594 linker_so='gcc -shared'); defines"))
4595                           #t))))
4596     (build-system python-build-system)
4597     (arguments
4598      `(#:python ,python-2 ; only Python 2 is supported
4599        #:tests? #f)) ; no "test" target
4600     (inputs
4601      `(("samtools" ,samtools)
4602        ("python-numpy" ,python2-numpy)
4603        ("python-pysam" ,python2-pysam)
4604        ("python-scipy" ,python2-scipy)
4605        ("python-matplotlib" ,python2-matplotlib)))
4606     (native-inputs
4607      `(("python-mock" ,python2-mock)   ;for tests
4608        ("python-pytz" ,python2-pytz))) ;for tests
4609     (home-page "http://genes.mit.edu/burgelab/miso/index.html")
4610     (synopsis "Mixture of Isoforms model for RNA-Seq isoform quantitation")
4611     (description
4612      "MISO (Mixture-of-Isoforms) is a probabilistic framework that quantitates
4613 the expression level of alternatively spliced genes from RNA-Seq data, and
4614 identifies differentially regulated isoforms or exons across samples.  By
4615 modeling the generative process by which reads are produced from isoforms in
4616 RNA-Seq, the MISO model uses Bayesian inference to compute the probability
4617 that a read originated from a particular isoform.")
4618     (license license:gpl2)))
4619
4620 (define-public muscle
4621   (package
4622     (name "muscle")
4623     (version "3.8.1551")
4624     (source (origin
4625               (method url-fetch/tarbomb)
4626               (uri (string-append
4627                     "http://www.drive5.com/muscle/muscle_src_"
4628                     version ".tar.gz"))
4629               (sha256
4630                (base32
4631                 "0bj8kj7sdizy3987zx6w7axihk40fk8rn76mpbqqjcnd64i5a367"))))
4632     (build-system gnu-build-system)
4633     (arguments
4634      `(#:make-flags (list "LDLIBS = -lm")
4635        #:phases
4636        (modify-phases %standard-phases
4637          (delete 'configure)
4638          (replace 'check
4639            ;; There are no tests, so just test if it runs.
4640            (lambda _ (invoke "./muscle" "-version") #t))
4641          (replace 'install
4642            (lambda* (#:key outputs #:allow-other-keys)
4643              (let* ((out (assoc-ref outputs "out"))
4644                     (bin (string-append out "/bin")))
4645                (install-file "muscle" bin)
4646                #t))))))
4647     (home-page "http://www.drive5.com/muscle")
4648     (synopsis "Multiple sequence alignment program")
4649     (description
4650      "MUSCLE aims to be a fast and accurate multiple sequence alignment
4651 program for nucleotide and protein sequences.")
4652     ;; License information found in 'muscle -h' and usage.cpp.
4653     (license license:public-domain)))
4654
4655 (define-public newick-utils
4656   ;; There are no recent releases so we package from git.
4657   (let ((commit "da121155a977197cab9fbb15953ca1b40b11eb87"))
4658     (package
4659       (name "newick-utils")
4660       (version (string-append "1.6-1." (string-take commit 8)))
4661       (source (origin
4662                 (method git-fetch)
4663                 (uri (git-reference
4664                       (url "https://github.com/tjunier/newick_utils.git")
4665                       (commit commit)))
4666                 (file-name (string-append name "-" version "-checkout"))
4667                 (sha256
4668                  (base32
4669                   "1hkw21rq1mwf7xp0rmbb2gqc0i6p11108m69i7mr7xcjl268pxnb"))))
4670     (build-system gnu-build-system)
4671     (inputs
4672      ;; XXX: TODO: Enable Lua and Guile bindings.
4673      ;; https://github.com/tjunier/newick_utils/issues/13
4674      `(("libxml2" ,libxml2)
4675        ("flex" ,flex)
4676        ("bison" ,bison)))
4677     (native-inputs
4678      `(("autoconf" ,autoconf)
4679        ("automake" ,automake)
4680        ("libtool" ,libtool)))
4681     (synopsis "Programs for working with newick format phylogenetic trees")
4682     (description
4683      "Newick-utils is a suite of utilities for processing phylogenetic trees
4684 in Newick format.  Functions include re-rooting, extracting subtrees,
4685 trimming, pruning, condensing, drawing (ASCII graphics or SVG).")
4686     (home-page "https://github.com/tjunier/newick_utils")
4687     (license license:bsd-3))))
4688
4689 (define-public orfm
4690   (package
4691     (name "orfm")
4692     (version "0.7.1")
4693     (source (origin
4694               (method url-fetch)
4695               (uri (string-append
4696                     "https://github.com/wwood/OrfM/releases/download/v"
4697                     version "/orfm-" version ".tar.gz"))
4698               (sha256
4699                (base32
4700                 "16iigyr2gd8x0imzkk1dr3k5xsds9bpmwg31ayvjg0f4pir9rwqr"))))
4701     (build-system gnu-build-system)
4702     (inputs `(("zlib" ,zlib)))
4703     (native-inputs
4704      `(("ruby-bio-commandeer" ,ruby-bio-commandeer)
4705        ("ruby-rspec" ,ruby-rspec)
4706        ("ruby" ,ruby)))
4707     (synopsis "Simple and not slow open reading frame (ORF) caller")
4708     (description
4709      "An ORF caller finds stretches of DNA that, when translated, are not
4710 interrupted by stop codons.  OrfM finds and prints these ORFs.")
4711     (home-page "https://github.com/wwood/OrfM")
4712     (license license:lgpl3+)))
4713
4714 (define-public python2-pbcore
4715   (package
4716     (name "python2-pbcore")
4717     (version "1.2.10")
4718     (source (origin
4719               (method url-fetch)
4720               (uri (pypi-uri "pbcore" version))
4721               (sha256
4722                (base32
4723                 "1kjmv891d6qbpp4shhhvkl02ff4q5xlpnls2513sm2cjcrs52f1i"))))
4724     (build-system python-build-system)
4725     (arguments `(#:python ,python-2)) ; pbcore requires Python 2.7
4726     (propagated-inputs
4727      `(("python-cython" ,python2-cython)
4728        ("python-numpy" ,python2-numpy)
4729        ("python-pysam" ,python2-pysam)
4730        ("python-h5py" ,python2-h5py)))
4731     (native-inputs
4732      `(("python-nose" ,python2-nose)
4733        ("python-sphinx" ,python2-sphinx)
4734        ("python-pyxb" ,python2-pyxb)))
4735     (home-page "http://pacificbiosciences.github.io/pbcore/")
4736     (synopsis "Library for reading and writing PacBio data files")
4737     (description
4738      "The pbcore package provides Python APIs for interacting with PacBio data
4739 files and writing bioinformatics applications.")
4740     (license license:bsd-3)))
4741
4742 (define-public python2-warpedlmm
4743   (package
4744     (name "python2-warpedlmm")
4745     (version "0.21")
4746     (source
4747      (origin
4748        (method url-fetch)
4749        (uri (pypi-uri "WarpedLMM" version ".zip"))
4750        (sha256
4751         (base32
4752          "1agfz6zqa8nc6cw47yh0s3y14gkpa9wqazwcj7mwwj3ffnw39p3j"))))
4753     (build-system python-build-system)
4754     (arguments
4755      `(#:python ,python-2))  ; requires Python 2.7
4756     (propagated-inputs
4757      `(("python-scipy" ,python2-scipy)
4758        ("python-numpy" ,python2-numpy)
4759        ("python-matplotlib" ,python2-matplotlib)
4760        ("python-fastlmm" ,python2-fastlmm)
4761        ("python-pandas" ,python2-pandas)
4762        ("python-pysnptools" ,python2-pysnptools)))
4763     (native-inputs
4764      `(("python-mock" ,python2-mock)
4765        ("python-nose" ,python2-nose)
4766        ("unzip" ,unzip)))
4767     (home-page "https://github.com/PMBio/warpedLMM")
4768     (synopsis "Implementation of warped linear mixed models")
4769     (description
4770      "WarpedLMM is a Python implementation of the warped linear mixed model,
4771 which automatically learns an optimal warping function (or transformation) for
4772 the phenotype as it models the data.")
4773     (license license:asl2.0)))
4774
4775 (define-public pbtranscript-tofu
4776   (let ((commit "8f5467fe6a4472bcfb4226c8720993c8507adfe4"))
4777     (package
4778       (name "pbtranscript-tofu")
4779       (version (string-append "2.2.3." (string-take commit 7)))
4780       (source (origin
4781                 (method git-fetch)
4782                 (uri (git-reference
4783                       (url "https://github.com/PacificBiosciences/cDNA_primer.git")
4784                       (commit commit)))
4785                 (file-name (string-append name "-" version "-checkout"))
4786                 (sha256
4787                  (base32
4788                   "1lgnpi35ihay42qx0b6yl3kkgra723i413j33kvs0kvs61h82w0f"))
4789                 (modules '((guix build utils)))
4790                 (snippet
4791                  '(begin
4792                     ;; remove bundled Cython sources
4793                     (delete-file "pbtranscript-tofu/pbtranscript/Cython-0.20.1.tar.gz")
4794                     #t))))
4795       (build-system python-build-system)
4796       (arguments
4797        `(#:python ,python-2
4798          ;; FIXME: Tests fail with "No such file or directory:
4799          ;; pbtools/pbtranscript/modified_bx_intervals/intersection_unique.so"
4800          #:tests? #f
4801          #:phases
4802          (modify-phases %standard-phases
4803            (add-after 'unpack 'enter-directory
4804             (lambda _
4805               (chdir "pbtranscript-tofu/pbtranscript/")
4806               #t))
4807            ;; With setuptools version 18.0 and later this setup.py hack causes
4808            ;; a build error, so we disable it.
4809            (add-after 'enter-directory 'patch-setuppy
4810             (lambda _
4811               (substitute* "setup.py"
4812                 (("if 'setuptools.extension' in sys.modules:")
4813                  "if False:"))
4814               #t)))))
4815       (inputs
4816        `(("python-numpy" ,python2-numpy)
4817          ("python-bx-python" ,python2-bx-python)
4818          ("python-networkx" ,python2-networkx)
4819          ("python-scipy" ,python2-scipy)
4820          ("python-pbcore" ,python2-pbcore)
4821          ("python-h5py" ,python2-h5py)))
4822       (native-inputs
4823        `(("python-cython" ,python2-cython)
4824          ("python-nose" ,python2-nose)))
4825       (home-page "https://github.com/PacificBiosciences/cDNA_primer")
4826       (synopsis "Analyze transcriptome data generated with the Iso-Seq protocol")
4827       (description
4828        "pbtranscript-tofu contains scripts to analyze transcriptome data
4829 generated using the PacBio Iso-Seq protocol.")
4830       (license license:bsd-3))))
4831
4832 (define-public prank
4833   (package
4834     (name "prank")
4835     (version "150803")
4836     (source (origin
4837               (method url-fetch)
4838               (uri (string-append
4839                     "http://wasabiapp.org/download/prank/prank.source."
4840                     version ".tgz"))
4841               (sha256
4842                (base32
4843                 "0am4z94fs3w2n5xpfls9zda61vq7qqz4q2i7b9hlsxz5q4j3kfm4"))))
4844     (build-system gnu-build-system)
4845     (arguments
4846      `(#:phases
4847        (modify-phases %standard-phases
4848          (add-after 'unpack 'enter-src-dir
4849             (lambda _
4850               (chdir "src")
4851               #t))
4852          (add-after 'unpack 'remove-m64-flag
4853            ;; Prank will build with the correct 'bit-ness' without this flag
4854            ;; and this allows building on 32-bit machines.
4855            (lambda _ (substitute* "src/Makefile"
4856                                   (("-m64") ""))
4857              #t))
4858          (delete 'configure)
4859          (replace 'install
4860            (lambda* (#:key outputs #:allow-other-keys)
4861              (let* ((out (assoc-ref outputs "out"))
4862                     (bin (string-append out "/bin"))
4863                     (man (string-append out "/share/man/man1"))
4864                     (path (string-append
4865                            (assoc-ref %build-inputs "mafft") "/bin:"
4866                            (assoc-ref %build-inputs "exonerate") "/bin:"
4867                            (assoc-ref %build-inputs "bppsuite") "/bin")))
4868                (install-file "prank" bin)
4869                (wrap-program (string-append bin "/prank")
4870                  `("PATH" ":" prefix (,path)))
4871                (install-file "prank.1" man))
4872              #t)))))
4873     (inputs
4874      `(("mafft" ,mafft)
4875        ("exonerate" ,exonerate)
4876        ("bppsuite" ,bppsuite)))
4877     (home-page "http://wasabiapp.org/software/prank/")
4878     (synopsis "Probabilistic multiple sequence alignment program")
4879     (description
4880      "PRANK is a probabilistic multiple sequence alignment program for DNA,
4881 codon and amino-acid sequences.  It is based on a novel algorithm that treats
4882 insertions correctly and avoids over-estimation of the number of deletion
4883 events.  In addition, PRANK borrows ideas from maximum likelihood methods used
4884 in phylogenetics and correctly takes into account the evolutionary distances
4885 between sequences.  Lastly, PRANK allows for defining a potential structure
4886 for sequences to be aligned and then, simultaneously with the alignment,
4887 predicts the locations of structural units in the sequences.")
4888     (license license:gpl2+)))
4889
4890 (define-public proteinortho
4891   (package
4892     (name "proteinortho")
4893     (version "5.16b")
4894     (source
4895      (origin
4896       (method url-fetch)
4897       (uri
4898        (string-append
4899         "http://www.bioinf.uni-leipzig.de/Software/proteinortho/proteinortho_v"
4900         version "_src.tar.gz"))
4901       (sha256
4902        (base32
4903         "1wl0dawpssqwfjvr651r4wlww8hhjin8nba6xh71ks7sbypx886j"))))
4904     (build-system gnu-build-system)
4905     (arguments
4906      `(#:test-target "test"
4907        #:phases
4908        (modify-phases %standard-phases
4909          (replace 'configure
4910            ;; There is no configure script, so we modify the Makefile directly.
4911            (lambda* (#:key outputs #:allow-other-keys)
4912              (substitute* "Makefile"
4913                (("INSTALLDIR=.*")
4914                 (string-append
4915                  "INSTALLDIR=" (assoc-ref outputs "out") "/bin\n")))
4916              #t))
4917          (add-before 'install 'make-install-directory
4918            ;; The install directory is not created during 'make install'.
4919            (lambda* (#:key outputs #:allow-other-keys)
4920              (mkdir-p (string-append (assoc-ref outputs "out") "/bin"))
4921              #t))
4922          (add-after 'install 'wrap-programs
4923            (lambda* (#:key inputs outputs #:allow-other-keys)
4924              (let* ((path (getenv "PATH"))
4925                     (out (assoc-ref outputs "out"))
4926                     (binary (string-append out "/bin/proteinortho5.pl")))
4927                (wrap-program binary `("PATH" ":" prefix (,path))))
4928              #t)))))
4929     (inputs
4930      `(("perl" ,perl)
4931        ("python" ,python-2)
4932        ("blast+" ,blast+)))
4933     (home-page "http://www.bioinf.uni-leipzig.de/Software/proteinortho")
4934     (synopsis "Detect orthologous genes across species")
4935     (description
4936      "Proteinortho is a tool to detect orthologous genes across different
4937 species.  For doing so, it compares similarities of given gene sequences and
4938 clusters them to find significant groups.  The algorithm was designed to handle
4939 large-scale data and can be applied to hundreds of species at once.")
4940     (license license:gpl2+)))
4941
4942 (define-public pyicoteo
4943   (package
4944     (name "pyicoteo")
4945     (version "2.0.7")
4946     (source
4947      (origin
4948        (method git-fetch)
4949        (uri (git-reference
4950              (url "https://bitbucket.org/regulatorygenomicsupf/pyicoteo.git")
4951              (commit (string-append "v" version))))
4952        (file-name (git-file-name name version))
4953        (sha256
4954         (base32
4955          "0hz5g8d25lbjy1wpscr490l0lmyvaix893hhax4fxnh1h9w34w8p"))))
4956     (build-system python-build-system)
4957     (arguments
4958      `(#:python ,python-2 ; does not work with Python 3
4959        #:tests? #f))      ; there are no tests
4960     (inputs
4961      `(("python2-matplotlib" ,python2-matplotlib)))
4962     (home-page "https://bitbucket.org/regulatorygenomicsupf/pyicoteo")
4963     (synopsis "Analyze high-throughput genetic sequencing data")
4964     (description
4965      "Pyicoteo is a suite of tools for the analysis of high-throughput genetic
4966 sequencing data.  It works with genomic coordinates.  There are currently six
4967 different command-line tools:
4968
4969 @enumerate
4970 @item pyicoregion: for generating exploratory regions automatically;
4971 @item pyicoenrich: for differential enrichment between two conditions;
4972 @item pyicoclip: for calling CLIP-Seq peaks without a control;
4973 @item pyicos: for genomic coordinates manipulation;
4974 @item pyicoller: for peak calling on punctuated ChIP-Seq;
4975 @item pyicount: to count how many reads from N experiment files overlap in a
4976   region file;
4977 @item pyicotrocol: to combine operations from pyicoteo.
4978 @end enumerate\n")
4979     (license license:gpl3+)))
4980
4981 (define-public prodigal
4982   (package
4983     (name "prodigal")
4984     (version "2.6.3")
4985     (source (origin
4986               (method git-fetch)
4987               (uri (git-reference
4988                     (url "https://github.com/hyattpd/Prodigal.git")
4989                     (commit (string-append "v" version))))
4990               (file-name (git-file-name name version))
4991               (sha256
4992                (base32
4993                 "1fs1hqk83qjbjhrvhw6ni75zakx5ki1ayy3v6wwkn3xvahc9hi5s"))))
4994     (build-system gnu-build-system)
4995     (arguments
4996      `(#:tests? #f ;no check target
4997        #:make-flags (list (string-append "INSTALLDIR="
4998                                          (assoc-ref %outputs "out")
4999                                          "/bin"))
5000        #:phases
5001        (modify-phases %standard-phases
5002          (delete 'configure))))
5003     (home-page "http://prodigal.ornl.gov")
5004     (synopsis "Protein-coding gene prediction for Archaea and Bacteria")
5005     (description
5006      "Prodigal runs smoothly on finished genomes, draft genomes, and
5007 metagenomes, providing gene predictions in GFF3, Genbank, or Sequin table
5008 format.  It runs quickly, in an unsupervised fashion, handles gaps, handles
5009 partial genes, and identifies translation initiation sites.")
5010     (license license:gpl3+)))
5011
5012 (define-public roary
5013   (package
5014     (name "roary")
5015     (version "3.12.0")
5016     (source
5017      (origin
5018        (method url-fetch)
5019        (uri (string-append
5020              "mirror://cpan/authors/id/A/AJ/AJPAGE/Bio-Roary-"
5021              version ".tar.gz"))
5022        (sha256
5023         (base32
5024          "0qxrds9wx7cfhlkihrp6697kx0flhhxymap9fwan0b3rbdhcnmff"))))
5025     (build-system perl-build-system)
5026     (arguments
5027      `(#:phases
5028        (modify-phases %standard-phases
5029          (delete 'configure)
5030          (delete 'build)
5031          (replace 'check
5032            (lambda _
5033              ;; The tests are not run by default, so we run each test file
5034              ;; directly.
5035              (setenv "PATH" (string-append (getcwd) "/bin" ":"
5036                                            (getenv "PATH")))
5037              (setenv "PERL5LIB" (string-append (getcwd) "/lib" ":"
5038                                                (getenv "PERL5LIB")))
5039              (for-each (lambda (file)
5040                          (display file)(display "\n")
5041                          (invoke "perl" file))
5042                        (find-files "t" ".*\\.t$"))
5043              #t))
5044          (replace 'install
5045            ;; There is no 'install' target in the Makefile.
5046            (lambda* (#:key outputs #:allow-other-keys)
5047              (let* ((out (assoc-ref outputs "out"))
5048                     (bin (string-append out "/bin"))
5049                     (perl (string-append out "/lib/perl5/site_perl"))
5050                     (roary-plots "contrib/roary_plots"))
5051                (mkdir-p bin)
5052                (mkdir-p perl)
5053                (copy-recursively "bin" bin)
5054                (copy-recursively "lib" perl)
5055                #t)))
5056          (add-after 'install 'wrap-programs
5057            (lambda* (#:key inputs outputs #:allow-other-keys)
5058              (let* ((out (assoc-ref outputs "out"))
5059                     (perl5lib (getenv "PERL5LIB"))
5060                     (path (getenv "PATH")))
5061                (for-each (lambda (prog)
5062                            (let ((binary (string-append out "/" prog)))
5063                              (wrap-program binary
5064                                `("PERL5LIB" ":" prefix
5065                                  (,(string-append perl5lib ":" out
5066                                                   "/lib/perl5/site_perl"))))
5067                              (wrap-program binary
5068                                `("PATH" ":" prefix
5069                                  (,(string-append path ":" out "/bin"))))))
5070                          (find-files "bin" ".*[^R]$"))
5071                (let ((file
5072                       (string-append out "/bin/roary-create_pan_genome_plots.R"))
5073                      (r-site-lib (getenv "R_LIBS_SITE"))
5074                      (coreutils-path
5075                       (string-append (assoc-ref inputs "coreutils") "/bin")))
5076                  (wrap-program file
5077                    `("R_LIBS_SITE" ":" prefix
5078                      (,(string-append r-site-lib ":" out "/site-library/"))))
5079                  (wrap-program file
5080                    `("PATH" ":" prefix
5081                      (,(string-append coreutils-path ":" out "/bin"))))))
5082              #t)))))
5083     (native-inputs
5084      `(("perl-env-path" ,perl-env-path)
5085        ("perl-test-files" ,perl-test-files)
5086        ("perl-test-most" ,perl-test-most)
5087        ("perl-test-output" ,perl-test-output)))
5088     (inputs
5089      `(("perl-array-utils" ,perl-array-utils)
5090        ("bioperl" ,bioperl-minimal)
5091        ("perl-digest-md5-file" ,perl-digest-md5-file)
5092        ("perl-exception-class" ,perl-exception-class)
5093        ("perl-file-find-rule" ,perl-file-find-rule)
5094        ("perl-file-grep" ,perl-file-grep)
5095        ("perl-file-slurper" ,perl-file-slurper)
5096        ("perl-file-which" ,perl-file-which)
5097        ("perl-graph" ,perl-graph)
5098        ("perl-graph-readwrite" ,perl-graph-readwrite)
5099        ("perl-log-log4perl" ,perl-log-log4perl)
5100        ("perl-moose" ,perl-moose)
5101        ("perl-perlio-utf8_strict" ,perl-perlio-utf8_strict)
5102        ("perl-text-csv" ,perl-text-csv)
5103        ("bedtools" ,bedtools)
5104        ("cd-hit" ,cd-hit)
5105        ("blast+" ,blast+)
5106        ("mcl" ,mcl)
5107        ("parallel" ,parallel)
5108        ("prank" ,prank)
5109        ("mafft" ,mafft)
5110        ("fasttree" ,fasttree)
5111        ("grep" ,grep)
5112        ("sed" ,sed)
5113        ("gawk" ,gawk)
5114        ("r-minimal" ,r-minimal)
5115        ("r-ggplot2" ,r-ggplot2)
5116        ("coreutils" ,coreutils)))
5117     (home-page "http://sanger-pathogens.github.io/Roary")
5118     (synopsis "High speed stand-alone pan genome pipeline")
5119     (description
5120      "Roary is a high speed stand alone pan genome pipeline, which takes
5121 annotated assemblies in GFF3 format (produced by the Prokka program) and
5122 calculates the pan genome.  Using a standard desktop PC, it can analyse
5123 datasets with thousands of samples, without compromising the quality of the
5124 results.  128 samples can be analysed in under 1 hour using 1 GB of RAM and a
5125 single processor.  Roary is not intended for metagenomics or for comparing
5126 extremely diverse sets of genomes.")
5127     (license license:gpl3)))
5128
5129 (define-public raxml
5130   (package
5131     (name "raxml")
5132     (version "8.2.12")
5133     (source
5134      (origin
5135        (method git-fetch)
5136        (uri (git-reference
5137              (url "https://github.com/stamatak/standard-RAxML.git")
5138              (commit (string-append "v" version))))
5139        (file-name (git-file-name name version))
5140        (sha256
5141         (base32
5142          "1jqjzhch0rips0vp04prvb8vmc20c5pdmsqn8knadcf91yy859fh"))))
5143     (build-system gnu-build-system)
5144     (arguments
5145      `(#:tests? #f ; There are no tests.
5146        ;; Use 'standard' Makefile rather than SSE or AVX ones.
5147        #:make-flags (list "-f" "Makefile.HYBRID.gcc")
5148        #:phases
5149        (modify-phases %standard-phases
5150          (delete 'configure)
5151          (replace 'install
5152            (lambda* (#:key outputs #:allow-other-keys)
5153              (let* ((out (assoc-ref outputs "out"))
5154                     (bin (string-append out "/bin"))
5155                     (executable "raxmlHPC-HYBRID"))
5156                (install-file executable bin)
5157                (symlink (string-append bin "/" executable) "raxml"))
5158              #t)))))
5159     (inputs
5160      `(("openmpi" ,openmpi)))
5161     (home-page "http://sco.h-its.org/exelixis/web/software/raxml/index.html")
5162     (synopsis "Randomized Axelerated Maximum Likelihood phylogenetic trees")
5163     (description
5164      "RAxML is a tool for phylogenetic analysis and post-analysis of large
5165 phylogenies.")
5166     ;; The source includes x86 specific code
5167     (supported-systems '("x86_64-linux" "i686-linux"))
5168     (license license:gpl2+)))
5169
5170 (define-public rsem
5171   (package
5172     (name "rsem")
5173     (version "1.3.1")
5174     (source
5175      (origin
5176        (method git-fetch)
5177        (uri (git-reference
5178              (url "https://github.com/deweylab/RSEM.git")
5179              (commit (string-append "v" version))))
5180        (sha256
5181         (base32 "1jlq11d1p8qp64w75yj8cnbbd1a93viq10pzsbwal7vdn8fg13j1"))
5182        (file-name (git-file-name name version))
5183        (modules '((guix build utils)))
5184        (snippet
5185         '(begin
5186            ;; remove bundled copy of boost and samtools
5187            (delete-file-recursively "boost")
5188            (delete-file-recursively "samtools-1.3")
5189            #t))))
5190     (build-system gnu-build-system)
5191     (arguments
5192      `(#:tests? #f ;no "check" target
5193        #:make-flags
5194        (list (string-append "BOOST="
5195                             (assoc-ref %build-inputs "boost")
5196                             "/include/")
5197              (string-append "SAMHEADERS="
5198                             (assoc-ref %build-inputs "htslib")
5199                             "/include/htslib/sam.h")
5200              (string-append "SAMLIBS="
5201                             (assoc-ref %build-inputs "htslib")
5202                             "/lib/libhts.a"))
5203        #:phases
5204        (modify-phases %standard-phases
5205          ;; No "configure" script.
5206          ;; Do not build bundled samtools library.
5207          (replace 'configure
5208            (lambda _
5209              (substitute* "Makefile"
5210                (("^all : \\$\\(PROGRAMS\\).*") "all: $(PROGRAMS)\n")
5211                (("^\\$\\(SAMLIBS\\).*") ""))
5212              #t))
5213          (replace 'install
5214            (lambda* (#:key outputs #:allow-other-keys)
5215              (let* ((out (string-append (assoc-ref outputs "out")))
5216                     (bin (string-append out "/bin/"))
5217                     (perl (string-append out "/lib/perl5/site_perl")))
5218                (mkdir-p bin)
5219                (mkdir-p perl)
5220                (for-each (lambda (file)
5221                            (install-file file bin))
5222                          (find-files "." "rsem-.*"))
5223                (install-file "rsem_perl_utils.pm" perl))
5224              #t))
5225          (add-after 'install 'wrap-program
5226            (lambda* (#:key outputs #:allow-other-keys)
5227              (let ((out (assoc-ref outputs "out")))
5228                (for-each (lambda (prog)
5229                            (wrap-program (string-append out "/bin/" prog)
5230                              `("PERL5LIB" ":" prefix
5231                                (,(string-append out "/lib/perl5/site_perl")))))
5232                          '("rsem-calculate-expression"
5233                            "rsem-control-fdr"
5234                            "rsem-generate-data-matrix"
5235                            "rsem-generate-ngvector"
5236                            "rsem-plot-transcript-wiggles"
5237                            "rsem-prepare-reference"
5238                            "rsem-run-ebseq"
5239                            "rsem-run-prsem-testing-procedure")))
5240              #t)))))
5241     (inputs
5242      `(("boost" ,boost)
5243        ("r-minimal" ,r-minimal)
5244        ("perl" ,perl)
5245        ("htslib" ,htslib-1.3)
5246        ("zlib" ,zlib)))
5247     (home-page "http://deweylab.biostat.wisc.edu/rsem/")
5248     (synopsis "Estimate gene expression levels from RNA-Seq data")
5249     (description
5250      "RSEM is a software package for estimating gene and isoform expression
5251 levels from RNA-Seq data.  The RSEM package provides a user-friendly
5252 interface, supports threads for parallel computation of the EM algorithm,
5253 single-end and paired-end read data, quality scores, variable-length reads and
5254 RSPD estimation.  In addition, it provides posterior mean and 95% credibility
5255 interval estimates for expression levels.  For visualization, it can generate
5256 BAM and Wiggle files in both transcript-coordinate and genomic-coordinate.")
5257     (license license:gpl3+)))
5258
5259 (define-public rseqc
5260   (package
5261     (name "rseqc")
5262     (version "2.6.1")
5263     (source
5264      (origin
5265        (method url-fetch)
5266        (uri
5267         (string-append "mirror://sourceforge/rseqc/"
5268                        "RSeQC-" version ".tar.gz"))
5269        (sha256
5270         (base32 "15ly0254yi032qzkdplg00q144qfdsd986gh62829rl5bkxhj330"))
5271        (modules '((guix build utils)))
5272        (snippet
5273         '(begin
5274            ;; remove bundled copy of pysam
5275            (delete-file-recursively "lib/pysam")
5276            (substitute* "setup.py"
5277              ;; remove dependency on outdated "distribute" module
5278              (("^from distribute_setup import use_setuptools") "")
5279              (("^use_setuptools\\(\\)") "")
5280              ;; do not use bundled copy of pysam
5281              (("^have_pysam = False") "have_pysam = True"))
5282            #t))))
5283     (build-system python-build-system)
5284     (arguments `(#:python ,python-2))
5285     (inputs
5286      `(("python-cython" ,python2-cython)
5287        ("python-pysam" ,python2-pysam)
5288        ("python-numpy" ,python2-numpy)
5289        ("zlib" ,zlib)))
5290     (native-inputs
5291      `(("python-nose" ,python2-nose)))
5292     (home-page "http://rseqc.sourceforge.net/")
5293     (synopsis "RNA-seq quality control package")
5294     (description
5295      "RSeQC provides a number of modules that can comprehensively evaluate
5296 high throughput sequence data, especially RNA-seq data.  Some basic modules
5297 inspect sequence quality, nucleotide composition bias, PCR bias and GC bias,
5298 while RNA-seq specific modules evaluate sequencing saturation, mapped reads
5299 distribution, coverage uniformity, strand specificity, etc.")
5300     (license license:gpl3+)))
5301
5302 (define-public seek
5303   ;; There are no release tarballs.  According to the installation
5304   ;; instructions at http://seek.princeton.edu/installation.jsp, the latest
5305   ;; stable release is identified by this changeset ID.
5306   (let ((changeset "2329130")
5307         (revision "1"))
5308     (package
5309       (name "seek")
5310       (version (string-append "0-" revision "." changeset))
5311       (source (origin
5312                 (method hg-fetch)
5313                 (uri (hg-reference
5314                       (url "https://bitbucket.org/libsleipnir/sleipnir")
5315                       (changeset changeset)))
5316                 (file-name (string-append name "-" version "-checkout"))
5317                 (sha256
5318                  (base32
5319                   "0qrvilwh18dpbhkf92qvxbmay0j75ra3jg2wrhz67gf538zzphsx"))))
5320       (build-system gnu-build-system)
5321       (arguments
5322        `(#:modules ((srfi srfi-1)
5323                     (guix build gnu-build-system)
5324                     (guix build utils))
5325          #:phases
5326          (let ((dirs '("SeekMiner"
5327                        "SeekEvaluator"
5328                        "SeekPrep"
5329                        "Distancer"
5330                        "Data2DB"
5331                        "PCL2Bin")))
5332            (modify-phases %standard-phases
5333              (replace 'bootstrap
5334                (lambda _
5335                  (substitute* "gen_tools_am"
5336                    (("/usr/bin/env.*") (which "perl")))
5337                  (invoke "bash" "gen_auto")
5338                  #t))
5339              (add-after 'build 'build-additional-tools
5340                (lambda* (#:key make-flags #:allow-other-keys)
5341                  (for-each (lambda (dir)
5342                              (with-directory-excursion (string-append "tools/" dir)
5343                                (apply invoke "make" make-flags)))
5344                            dirs)
5345                  #t))
5346              (add-after 'install 'install-additional-tools
5347                (lambda* (#:key make-flags #:allow-other-keys)
5348                  (for-each (lambda (dir)
5349                              (with-directory-excursion (string-append "tools/" dir)
5350                                (apply invoke `("make" ,@make-flags "install"))))
5351                            dirs)
5352                  #t))))))
5353       (inputs
5354        `(("gsl" ,gsl)
5355          ("boost" ,boost)
5356          ("libsvm" ,libsvm)
5357          ("readline" ,readline)
5358          ("gengetopt" ,gengetopt)
5359          ("log4cpp" ,log4cpp)))
5360       (native-inputs
5361        `(("autoconf" ,autoconf)
5362          ("automake" ,automake)
5363          ("perl" ,perl)))
5364       (home-page "http://seek.princeton.edu")
5365       (synopsis "Gene co-expression search engine")
5366       (description
5367        "SEEK is a computational gene co-expression search engine.  SEEK provides
5368 biologists with a way to navigate the massive human expression compendium that
5369 now contains thousands of expression datasets.  SEEK returns a robust ranking
5370 of co-expressed genes in the biological area of interest defined by the user's
5371 query genes.  It also prioritizes thousands of expression datasets according
5372 to the user's query of interest.")
5373       (license license:cc-by3.0))))
5374
5375 (define-public samtools
5376   (package
5377     (name "samtools")
5378     (version "1.9")
5379     (source
5380      (origin
5381        (method url-fetch)
5382        (uri
5383         (string-append "mirror://sourceforge/samtools/samtools/"
5384                        version "/samtools-" version ".tar.bz2"))
5385        (sha256
5386         (base32
5387          "10ilqbmm7ri8z431sn90lvbjwizd0hhkf9rcqw8j823hf26nhgq8"))
5388        (modules '((guix build utils)))
5389        (snippet '(begin
5390                    ;; Delete bundled htslib.
5391                    (delete-file-recursively "htslib-1.9")
5392                    #t))))
5393     (build-system gnu-build-system)
5394     (arguments
5395      `(#:modules ((ice-9 ftw)
5396                   (ice-9 regex)
5397                   (guix build gnu-build-system)
5398                   (guix build utils))
5399        #:configure-flags (list "--with-ncurses")
5400        #:phases
5401        (modify-phases %standard-phases
5402          (add-after 'unpack 'patch-tests
5403            (lambda _
5404              (substitute* "test/test.pl"
5405                ;; The test script calls out to /bin/bash
5406                (("/bin/bash") (which "bash")))
5407              #t))
5408          (add-after 'install 'install-library
5409            (lambda* (#:key outputs #:allow-other-keys)
5410              (let ((lib (string-append (assoc-ref outputs "out") "/lib")))
5411                (install-file "libbam.a" lib)
5412                #t)))
5413          (add-after 'install 'install-headers
5414            (lambda* (#:key outputs #:allow-other-keys)
5415              (let ((include (string-append (assoc-ref outputs "out")
5416                                            "/include/samtools/")))
5417                (for-each (lambda (file)
5418                            (install-file file include))
5419                          (scandir "." (lambda (name) (string-match "\\.h$" name))))
5420                #t))))))
5421     (native-inputs `(("pkg-config" ,pkg-config)))
5422     (inputs
5423      `(("htslib" ,htslib)
5424        ("ncurses" ,ncurses)
5425        ("perl" ,perl)
5426        ("python" ,python)
5427        ("zlib" ,zlib)))
5428     (home-page "http://samtools.sourceforge.net")
5429     (synopsis "Utilities to efficiently manipulate nucleotide sequence alignments")
5430     (description
5431      "Samtools implements various utilities for post-processing nucleotide
5432 sequence alignments in the SAM, BAM, and CRAM formats, including indexing,
5433 variant calling (in conjunction with bcftools), and a simple alignment
5434 viewer.")
5435     (license license:expat)))
5436
5437 (define-public samtools-0.1
5438   ;; This is the most recent version of the 0.1 line of samtools.  The input
5439   ;; and output formats differ greatly from that used and produced by samtools
5440   ;; 1.x and is still used in many bioinformatics pipelines.
5441   (package (inherit samtools)
5442     (version "0.1.19")
5443     (source
5444      (origin
5445        (method url-fetch)
5446        (uri
5447         (string-append "mirror://sourceforge/samtools/samtools/"
5448                        version "/samtools-" version ".tar.bz2"))
5449        (sha256
5450         (base32 "1m33xsfwz0s8qi45lylagfllqg7fphf4dr0780rsvw75av9wk06h"))))
5451     (arguments
5452      `(#:tests? #f ;no "check" target
5453        #:make-flags
5454        (list "LIBCURSES=-lncurses")
5455        ,@(substitute-keyword-arguments (package-arguments samtools)
5456            ((#:phases phases)
5457             `(modify-phases ,phases
5458                (replace 'install
5459                  (lambda* (#:key outputs #:allow-other-keys)
5460                    (let ((bin (string-append
5461                                (assoc-ref outputs "out") "/bin")))
5462                      (mkdir-p bin)
5463                      (install-file "samtools" bin)
5464                      #t)))
5465                (delete 'patch-tests)
5466                (delete 'configure))))))))
5467
5468 (define-public mosaik
5469   (let ((commit "5c25216d3522d6a33e53875cd76a6d65001e4e67"))
5470     (package
5471       (name "mosaik")
5472       (version "2.2.30")
5473       (source (origin
5474                 ;; There are no release tarballs nor tags.
5475                 (method git-fetch)
5476                 (uri (git-reference
5477                       (url "https://github.com/wanpinglee/MOSAIK.git")
5478                       (commit commit)))
5479                 (file-name (string-append name "-" version))
5480                 (sha256
5481                  (base32
5482                   "17gj3s07cm77r41z92awh0bim7w7q7fbn0sf5nkqmcm1vw052qgw"))))
5483       (build-system gnu-build-system)
5484       (arguments
5485        `(#:tests? #f ; no tests
5486          #:make-flags (list "CC=gcc")
5487          #:phases
5488          (modify-phases %standard-phases
5489            (replace 'configure
5490                     (lambda _ (chdir "src") #t))
5491            (replace 'install
5492                     (lambda* (#:key outputs #:allow-other-keys)
5493                       (let ((bin (string-append (assoc-ref outputs "out")
5494                                                 "/bin")))
5495                         (mkdir-p bin)
5496                         (copy-recursively "../bin" bin)
5497                         #t))))))
5498       (inputs
5499        `(("perl" ,perl)
5500          ("zlib:static" ,zlib "static")
5501          ("zlib" ,zlib)))
5502       (supported-systems '("x86_64-linux"))
5503       (home-page "https://github.com/wanpinglee/MOSAIK")
5504       (synopsis "Map nucleotide sequence reads to reference genomes")
5505       (description
5506        "MOSAIK is a program for mapping second and third-generation sequencing
5507 reads to a reference genome.  MOSAIK can align reads generated by all the
5508 major sequencing technologies, including Illumina, Applied Biosystems SOLiD,
5509 Roche 454, Ion Torrent and Pacific BioSciences SMRT.")
5510       ;; MOSAIK is released under the GPLv2+ with the exception of third-party
5511       ;; code released into the public domain:
5512       ;; 1. fastlz by Ariya Hidayat - http://www.fastlz.org/
5513       ;; 2. MD5 implementation - RSA Data Security, RFC 1321
5514       (license (list license:gpl2+ license:public-domain)))))
5515
5516 (define-public ngs-sdk
5517   (package
5518     (name "ngs-sdk")
5519     (version "2.9.3")
5520     (source (origin
5521               (method git-fetch)
5522               (uri (git-reference
5523                     (url "https://github.com/ncbi/ngs.git")
5524                     (commit version)))
5525               (file-name (git-file-name name version))
5526               (sha256
5527                (base32
5528                 "17c0v1nah3g3d2ib5bbi0vhma1ghd6vb9xycavqsh64lhp840rk3"))))
5529     (build-system gnu-build-system)
5530     (arguments
5531      `(#:parallel-build? #f ; not supported
5532        #:tests? #f ; no "check" target
5533        #:phases
5534        (modify-phases %standard-phases
5535          (replace 'configure
5536            (lambda* (#:key outputs #:allow-other-keys)
5537              (let ((out (assoc-ref outputs "out")))
5538                ;; Allow 'konfigure.perl' to find 'package.prl'.
5539                (setenv "PERL5LIB"
5540                        (string-append ".:" (getenv "PERL5LIB")))
5541
5542                ;; The 'configure' script doesn't recognize things like
5543                ;; '--enable-fast-install'.
5544                (invoke "./configure"
5545                        (string-append "--build-prefix=" (getcwd) "/build")
5546                        (string-append "--prefix=" out))
5547                #t)))
5548          (add-after 'unpack 'enter-dir
5549            (lambda _ (chdir "ngs-sdk") #t)))))
5550     (native-inputs `(("perl" ,perl)))
5551     ;; According to the test
5552     ;;   unless ($MARCH =~ /x86_64/i || $MARCH =~ /i?86/i)
5553     ;; in ngs-sdk/setup/konfigure.perl
5554     (supported-systems '("i686-linux" "x86_64-linux"))
5555     (home-page "https://github.com/ncbi/ngs")
5556     (synopsis "API for accessing Next Generation Sequencing data")
5557     (description
5558      "NGS is a domain-specific API for accessing reads, alignments and pileups
5559 produced from Next Generation Sequencing.  The API itself is independent from
5560 any particular back-end implementation, and supports use of multiple back-ends
5561 simultaneously.")
5562     (license license:public-domain)))
5563
5564 (define-public java-ngs
5565   (package (inherit ngs-sdk)
5566     (name "java-ngs")
5567     (arguments
5568      `(,@(substitute-keyword-arguments
5569              `(#:modules ((guix build gnu-build-system)
5570                           (guix build utils)
5571                           (srfi srfi-1)
5572                           (srfi srfi-26))
5573                          ,@(package-arguments ngs-sdk))
5574            ((#:phases phases)
5575             `(modify-phases ,phases
5576                (replace 'enter-dir (lambda _ (chdir "ngs-java") #t)))))))
5577     (inputs
5578      `(("jdk" ,icedtea "jdk")
5579        ("ngs-sdk" ,ngs-sdk)))
5580     (synopsis "Java bindings for NGS SDK")))
5581
5582 (define-public ncbi-vdb
5583   (package
5584     (name "ncbi-vdb")
5585     (version "2.9.3")
5586     (source (origin
5587               (method git-fetch)
5588               (uri (git-reference
5589                     (url "https://github.com/ncbi/ncbi-vdb.git")
5590                     (commit version)))
5591               (file-name (git-file-name name version))
5592               (sha256
5593                (base32
5594                 "1l4ny67nxwv1lagk9wwjbrgm7ln7adci6dnpc7k1yaln6shj0qpm"))))
5595     (build-system gnu-build-system)
5596     (arguments
5597      `(#:parallel-build? #f ; not supported
5598        #:tests? #f ; no "check" target
5599        #:phases
5600        (modify-phases %standard-phases
5601          (add-after 'unpack 'make-files-writable
5602            (lambda _ (for-each make-file-writable (find-files "." ".*")) #t))
5603          (add-before 'configure 'set-perl-search-path
5604            (lambda _
5605              ;; Work around "dotless @INC" build failure.
5606              (setenv "PERL5LIB"
5607                      (string-append (getcwd) "/setup:"
5608                                     (getenv "PERL5LIB")))
5609              #t))
5610          (replace 'configure
5611            (lambda* (#:key inputs outputs #:allow-other-keys)
5612              (let ((out (assoc-ref outputs "out")))
5613                ;; Override include path for libmagic
5614                (substitute* "setup/package.prl"
5615                  (("name => 'magic', Include => '/usr/include'")
5616                   (string-append "name=> 'magic', Include => '"
5617                                  (assoc-ref inputs "libmagic")
5618                                  "/include" "'")))
5619
5620                ;; Install kdf5 library (needed by sra-tools)
5621                (substitute* "build/Makefile.install"
5622                  (("LIBRARIES_TO_INSTALL =")
5623                   "LIBRARIES_TO_INSTALL = kdf5.$(VERSION_LIBX) kdf5.$(VERSION_SHLX)"))
5624
5625                (substitute* "build/Makefile.env"
5626                  (("CFLAGS      =" prefix)
5627                   (string-append prefix "-msse2 ")))
5628
5629                ;; Override search path for ngs-java
5630                (substitute* "setup/package.prl"
5631                  (("/usr/local/ngs/ngs-java")
5632                   (assoc-ref inputs "java-ngs")))
5633
5634                ;; The 'configure' script doesn't recognize things like
5635                ;; '--enable-fast-install'.
5636                (invoke "./configure"
5637                        (string-append "--build-prefix=" (getcwd) "/build")
5638                        (string-append "--prefix=" (assoc-ref outputs "out"))
5639                        (string-append "--debug")
5640                        (string-append "--with-xml2-prefix="
5641                                       (assoc-ref inputs "libxml2"))
5642                        (string-append "--with-ngs-sdk-prefix="
5643                                       (assoc-ref inputs "ngs-sdk"))
5644                        (string-append "--with-hdf5-prefix="
5645                                       (assoc-ref inputs "hdf5")))
5646                #t)))
5647          (add-after 'install 'install-interfaces
5648            (lambda* (#:key outputs #:allow-other-keys)
5649              ;; Install interface libraries.  On i686 the interface libraries
5650              ;; are installed to "linux/gcc/i386", so we need to use the Linux
5651              ;; architecture name ("i386") instead of the target system prefix
5652              ;; ("i686").
5653              (mkdir (string-append (assoc-ref outputs "out") "/ilib"))
5654              (copy-recursively (string-append "build/ncbi-vdb/linux/gcc/"
5655                                               ,(system->linux-architecture
5656                                                 (or (%current-target-system)
5657                                                     (%current-system)))
5658                                               "/rel/ilib")
5659                                (string-append (assoc-ref outputs "out")
5660                                               "/ilib"))
5661              ;; Install interface headers
5662              (copy-recursively "interfaces"
5663                                (string-append (assoc-ref outputs "out")
5664                                               "/include"))
5665              #t))
5666          ;; These files are needed by sra-tools.
5667          (add-after 'install 'install-configuration-files
5668            (lambda* (#:key outputs #:allow-other-keys)
5669              (let ((target (string-append (assoc-ref outputs "out") "/kfg")))
5670                (mkdir target)
5671                (install-file "libs/kfg/default.kfg" target)
5672                (install-file "libs/kfg/certs.kfg" target))
5673              #t)))))
5674     (inputs
5675      `(("libxml2" ,libxml2)
5676        ("ngs-sdk" ,ngs-sdk)
5677        ("java-ngs" ,java-ngs)
5678        ("libmagic" ,file)
5679        ("hdf5" ,hdf5)))
5680     (native-inputs `(("perl" ,perl)))
5681     ;; NCBI-VDB requires SSE capability.
5682     (supported-systems '("i686-linux" "x86_64-linux"))
5683     (home-page "https://github.com/ncbi/ncbi-vdb")
5684     (synopsis "Database engine for genetic information")
5685     (description
5686      "The NCBI-VDB library implements a highly compressed columnar data
5687 warehousing engine that is most often used to store genetic information.
5688 Databases are stored in a portable image within the file system, and can be
5689 accessed/downloaded on demand across HTTP.")
5690     (license license:public-domain)))
5691
5692 (define-public plink
5693   (package
5694     (name "plink")
5695     (version "1.07")
5696     (source
5697      (origin
5698        (method url-fetch)
5699        (uri (string-append
5700              "http://pngu.mgh.harvard.edu/~purcell/plink/dist/plink-"
5701              version "-src.zip"))
5702        (sha256
5703         (base32 "0as8gxm4pjyc8dxmm1sl873rrd7wn5qs0l29nqfnl31x8i467xaa"))
5704        (patches (search-patches "plink-1.07-unclobber-i.patch"
5705                                 "plink-endian-detection.patch"))))
5706     (build-system gnu-build-system)
5707     (arguments
5708      '(#:tests? #f ;no "check" target
5709        #:make-flags (list (string-append "LIB_LAPACK="
5710                                          (assoc-ref %build-inputs "lapack")
5711                                          "/lib/liblapack.so")
5712                           "WITH_LAPACK=1"
5713                           "FORCE_DYNAMIC=1"
5714                           ;; disable phoning home
5715                           "WITH_WEBCHECK=")
5716        #:phases
5717        (modify-phases %standard-phases
5718          ;; no "configure" script
5719          (delete 'configure)
5720          (replace 'install
5721                   (lambda* (#:key outputs #:allow-other-keys)
5722                     (let ((bin (string-append (assoc-ref outputs "out")
5723                                               "/bin/")))
5724                       (install-file "plink" bin)
5725                       #t))))))
5726     (inputs
5727      `(("zlib" ,zlib)
5728        ("lapack" ,lapack)))
5729     (native-inputs
5730      `(("unzip" ,unzip)))
5731     (home-page "http://pngu.mgh.harvard.edu/~purcell/plink/")
5732     (synopsis "Whole genome association analysis toolset")
5733     (description
5734      "PLINK is a whole genome association analysis toolset, designed to
5735 perform a range of basic, large-scale analyses in a computationally efficient
5736 manner.  The focus of PLINK is purely on analysis of genotype/phenotype data,
5737 so there is no support for steps prior to this (e.g. study design and
5738 planning, generating genotype or CNV calls from raw data).  Through
5739 integration with gPLINK and Haploview, there is some support for the
5740 subsequent visualization, annotation and storage of results.")
5741     ;; Code is released under GPLv2, except for fisher.h, which is under
5742     ;; LGPLv2.1+
5743     (license (list license:gpl2 license:lgpl2.1+))))
5744
5745 (define-public plink-ng
5746   (package (inherit plink)
5747     (name "plink-ng")
5748     (version "1.90b4")
5749     (source
5750      (origin
5751        (method git-fetch)
5752        (uri (git-reference
5753              (url "https://github.com/chrchang/plink-ng.git")
5754              (commit (string-append "v" version))))
5755        (file-name (git-file-name name version))
5756        (sha256
5757         (base32 "02npdwgkpfkdnhw819rhj5kw02a5k5m90b14zq9zzya4hyg929c0"))))
5758     (build-system gnu-build-system)
5759     (arguments
5760      '(#:tests? #f ;no "check" target
5761        #:make-flags (list "BLASFLAGS=-llapack -lopenblas"
5762                           "CFLAGS=-Wall -O2 -DDYNAMIC_ZLIB=1"
5763                           "ZLIB=-lz"
5764                           "-f" "Makefile.std")
5765        #:phases
5766        (modify-phases %standard-phases
5767          (add-after 'unpack 'chdir
5768            (lambda _ (chdir "1.9") #t))
5769          (delete 'configure) ; no "configure" script
5770          (replace 'install
5771                   (lambda* (#:key outputs #:allow-other-keys)
5772                     (let ((bin (string-append (assoc-ref outputs "out")
5773                                               "/bin/")))
5774                       (install-file "plink" bin)
5775                       #t))))))
5776     (inputs
5777      `(("zlib" ,zlib)
5778        ("lapack" ,lapack)
5779        ("openblas" ,openblas)))
5780     (home-page "https://www.cog-genomics.org/plink/")
5781     (license license:gpl3+)))
5782
5783 (define-public smithlab-cpp
5784   (let ((revision "1")
5785         (commit "728a097bec88c6f4b8528b685932049e660eff2e"))
5786     (package
5787       (name "smithlab-cpp")
5788       (version (string-append "0." revision "." (string-take commit 7)))
5789       (source (origin
5790                 (method git-fetch)
5791                 (uri (git-reference
5792                       (url "https://github.com/smithlabcode/smithlab_cpp.git")
5793                       (commit commit)))
5794                 (file-name (string-append name "-" version "-checkout"))
5795                 (sha256
5796                  (base32
5797                   "0d476lmj312xk77kr9fzrv7z1bv96yfyx0w7y62ycmnfbx32ll74"))))
5798       (build-system gnu-build-system)
5799       (arguments
5800        `(#:modules ((guix build gnu-build-system)
5801                     (guix build utils)
5802                     (srfi srfi-26))
5803          #:tests? #f ;no "check" target
5804          #:phases
5805          (modify-phases %standard-phases
5806            (add-after 'unpack 'use-samtools-headers
5807             (lambda _
5808               (substitute* '("SAM.cpp"
5809                              "SAM.hpp")
5810                 (("sam.h") "samtools/sam.h"))
5811               #t))
5812            (replace 'install
5813             (lambda* (#:key outputs #:allow-other-keys)
5814               (let* ((out     (assoc-ref outputs "out"))
5815                      (lib     (string-append out "/lib"))
5816                      (include (string-append out "/include/smithlab-cpp")))
5817                 (mkdir-p lib)
5818                 (mkdir-p include)
5819                 (for-each (cut install-file <> lib)
5820                           (find-files "." "\\.o$"))
5821                 (for-each (cut install-file <> include)
5822                           (find-files "." "\\.hpp$")))
5823               #t))
5824            (delete 'configure))))
5825       (inputs
5826        `(("samtools" ,samtools-0.1)
5827          ("zlib" ,zlib)))
5828       (home-page "https://github.com/smithlabcode/smithlab_cpp")
5829       (synopsis "C++ helper library for functions used in Smith lab projects")
5830       (description
5831        "Smithlab CPP is a C++ library that includes functions used in many of
5832 the Smith lab bioinformatics projects, such as a wrapper around Samtools data
5833 structures, classes for genomic regions, mapped sequencing reads, etc.")
5834       (license license:gpl3+))))
5835
5836 (define-public preseq
5837   (package
5838     (name "preseq")
5839     (version "2.0.3")
5840     (source (origin
5841               (method url-fetch)
5842               (uri (string-append "https://github.com/smithlabcode/preseq/"
5843                                   "releases/download/v" version
5844                                   "/preseq_v" version ".tar.bz2"))
5845               (sha256
5846                (base32 "149x9xmk1wy1gff85325yfzqc0qk4sgp1w6gbyj9cnji4x1dszbl"))
5847               (modules '((guix build utils)))
5848               (snippet '(begin
5849                           ;; Remove bundled samtools.
5850                           (delete-file-recursively "samtools")
5851                           #t))))
5852     (build-system gnu-build-system)
5853     (arguments
5854      `(#:tests? #f ;no "check" target
5855        #:phases
5856        (modify-phases %standard-phases
5857          (delete 'configure))
5858        #:make-flags
5859        (list (string-append "PREFIX="
5860                             (assoc-ref %outputs "out"))
5861              (string-append "LIBBAM="
5862                             (assoc-ref %build-inputs "samtools")
5863                             "/lib/libbam.a")
5864              (string-append "SMITHLAB_CPP="
5865                             (assoc-ref %build-inputs "smithlab-cpp")
5866                             "/lib")
5867              "PROGS=preseq"
5868              "INCLUDEDIRS=$(SMITHLAB_CPP)/../include/smithlab-cpp $(SAMTOOLS_DIR)")))
5869     (inputs
5870      `(("gsl" ,gsl)
5871        ("samtools" ,samtools-0.1)
5872        ("smithlab-cpp" ,smithlab-cpp)
5873        ("zlib" ,zlib)))
5874     (home-page "http://smithlabresearch.org/software/preseq/")
5875     (synopsis "Program for analyzing library complexity")
5876     (description
5877      "The preseq package is aimed at predicting and estimating the complexity
5878 of a genomic sequencing library, equivalent to predicting and estimating the
5879 number of redundant reads from a given sequencing depth and how many will be
5880 expected from additional sequencing using an initial sequencing experiment.
5881 The estimates can then be used to examine the utility of further sequencing,
5882 optimize the sequencing depth, or to screen multiple libraries to avoid low
5883 complexity samples.")
5884     (license license:gpl3+)))
5885
5886 (define-public python-screed
5887   (package
5888     (name "python-screed")
5889     (version "1.0")
5890     (source
5891      (origin
5892        (method url-fetch)
5893        (uri (pypi-uri "screed" version))
5894        (sha256
5895         (base32
5896          "148vcb7w2wr6a4w6vs2bsxanbqibxfk490zbcbg4m61s8669zdjx"))))
5897     (build-system python-build-system)
5898     (arguments
5899      '(#:phases
5900        (modify-phases %standard-phases
5901          ;; Tests must be run after installation, as the "screed" command does
5902          ;; not exist right after building.
5903          (delete 'check)
5904          (add-after 'install 'check
5905            (lambda* (#:key inputs outputs #:allow-other-keys)
5906              (let ((out (assoc-ref outputs "out")))
5907                (setenv "PYTHONPATH"
5908                        (string-append out "/lib/python"
5909                                       (string-take (string-take-right
5910                                                     (assoc-ref inputs "python")
5911                                                     5) 3)
5912                                       "/site-packages:"
5913                                       (getenv "PYTHONPATH")))
5914                (setenv "PATH" (string-append out "/bin:" (getenv "PATH"))))
5915              (invoke "python" "setup.py" "test")
5916              #t)))))
5917     (native-inputs
5918      `(("python-pytest" ,python-pytest)
5919        ("python-pytest-cov" ,python-pytest-cov)
5920        ("python-pytest-runner" ,python-pytest-runner)))
5921     (inputs
5922      `(("python-bz2file" ,python-bz2file)))
5923     (home-page "https://github.com/dib-lab/screed/")
5924     (synopsis "Short read sequence database utilities")
5925     (description "Screed parses FASTA and FASTQ files and generates databases.
5926 Values such as sequence name, sequence description, sequence quality and the
5927 sequence itself can be retrieved from these databases.")
5928     (license license:bsd-3)))
5929
5930 (define-public python2-screed
5931   (package-with-python2 python-screed))
5932
5933 (define-public sra-tools
5934   (package
5935     (name "sra-tools")
5936     (version "2.9.3")
5937     (source
5938      (origin
5939        (method git-fetch)
5940        (uri (git-reference
5941              (url "https://github.com/ncbi/sra-tools.git")
5942              (commit version)))
5943        (file-name (git-file-name name version))
5944        (sha256
5945         (base32
5946          "0663gcdxkziwsmlznjxysb00621rllpbz6jwsfifq7z3dj3lwm8b"))))
5947     (build-system gnu-build-system)
5948     (arguments
5949      `(#:parallel-build? #f ; not supported
5950        #:tests? #f ; no "check" target
5951        #:make-flags
5952        (list (string-append "DEFAULT_CRT="
5953                             (assoc-ref %build-inputs "ncbi-vdb")
5954                             "/kfg/certs.kfg")
5955              (string-append "DEFAULT_KFG="
5956                             (assoc-ref %build-inputs "ncbi-vdb")
5957                             "/kfg/default.kfg")
5958              (string-append "VDB_LIBDIR="
5959                             (assoc-ref %build-inputs "ncbi-vdb")
5960                             ,(if (string-prefix? "x86_64"
5961                                                  (or (%current-target-system)
5962                                                      (%current-system)))
5963                                  "/lib64"
5964                                  "/lib32")))
5965        #:phases
5966        (modify-phases %standard-phases
5967          (add-before 'configure 'set-perl-search-path
5968            (lambda _
5969              ;; Work around "dotless @INC" build failure.
5970              (setenv "PERL5LIB"
5971                      (string-append (getcwd) "/setup:"
5972                                     (getenv "PERL5LIB")))
5973              #t))
5974          (replace 'configure
5975            (lambda* (#:key inputs outputs #:allow-other-keys)
5976              ;; The build system expects a directory containing the sources and
5977              ;; raw build output of ncbi-vdb, including files that are not
5978              ;; installed.  Since we are building against an installed version of
5979              ;; ncbi-vdb, the following modifications are needed.
5980              (substitute* "setup/konfigure.perl"
5981                ;; Make the configure script look for the "ilib" directory of
5982                ;; "ncbi-vdb" without first checking for the existence of a
5983                ;; matching library in its "lib" directory.
5984                (("^            my \\$f = File::Spec->catdir\\(\\$libdir, \\$lib\\);")
5985                 "my $f = File::Spec->catdir($ilibdir, $ilib);")
5986                ;; Look for interface libraries in ncbi-vdb's "ilib" directory.
5987                (("my \\$ilibdir = File::Spec->catdir\\(\\$builddir, 'ilib'\\);")
5988                 "my $ilibdir = File::Spec->catdir($dir, 'ilib');"))
5989
5990              ;; Dynamic linking
5991              (substitute* "tools/copycat/Makefile"
5992                (("smagic-static") "lmagic"))
5993
5994              ;; The 'configure' script doesn't recognize things like
5995              ;; '--enable-fast-install'.
5996              (invoke "./configure"
5997                      (string-append "--build-prefix=" (getcwd) "/build")
5998                      (string-append "--prefix=" (assoc-ref outputs "out"))
5999                      (string-append "--debug")
6000                      (string-append "--with-fuse-prefix="
6001                                     (assoc-ref inputs "fuse"))
6002                      (string-append "--with-magic-prefix="
6003                                     (assoc-ref inputs "libmagic"))
6004                      ;; TODO: building with libxml2 fails with linker errors
6005                      ;; (string-append "--with-xml2-prefix="
6006                      ;;                (assoc-ref inputs "libxml2"))
6007                      (string-append "--with-ncbi-vdb-sources="
6008                                     (assoc-ref inputs "ncbi-vdb"))
6009                      (string-append "--with-ncbi-vdb-build="
6010                                     (assoc-ref inputs "ncbi-vdb"))
6011                      (string-append "--with-ngs-sdk-prefix="
6012                                     (assoc-ref inputs "ngs-sdk"))
6013                      (string-append "--with-hdf5-prefix="
6014                                     (assoc-ref inputs "hdf5")))
6015              #t)))))
6016     (native-inputs `(("perl" ,perl)))
6017     (inputs
6018      `(("ngs-sdk" ,ngs-sdk)
6019        ("ncbi-vdb" ,ncbi-vdb)
6020        ("libmagic" ,file)
6021        ("fuse" ,fuse)
6022        ("hdf5" ,hdf5)
6023        ("zlib" ,zlib)))
6024     (home-page "http://www.ncbi.nlm.nih.gov/Traces/sra/sra.cgi?view=software")
6025     (synopsis "Tools and libraries for reading and writing sequencing data")
6026     (description
6027      "The SRA Toolkit from NCBI is a collection of tools and libraries for
6028 reading of sequencing files from the Sequence Read Archive (SRA) database and
6029 writing files into the .sra format.")
6030     (license license:public-domain)))
6031
6032 (define-public seqan
6033   (package
6034     (name "seqan")
6035     (version "2.4.0")
6036     (source (origin
6037               (method url-fetch)
6038               (uri (string-append "https://github.com/seqan/seqan/releases/"
6039                                   "download/seqan-v" version
6040                                   "/seqan-library-" version ".tar.xz"))
6041               (sha256
6042                (base32
6043                 "19a1rlxx03qy1i1iriicly68w64yjxbv24g9gdywnfmq998v35yx"))))
6044     ;; The documentation is 7.8MB and the includes are 3.6MB heavy, so it
6045     ;; makes sense to split the outputs.
6046     (outputs '("out" "doc"))
6047     (build-system trivial-build-system)
6048     (arguments
6049      `(#:modules ((guix build utils))
6050        #:builder
6051        (begin
6052          (use-modules (guix build utils))
6053          (let ((tar (assoc-ref %build-inputs "tar"))
6054                (xz  (assoc-ref %build-inputs "xz"))
6055                (out (assoc-ref %outputs "out"))
6056                (doc (assoc-ref %outputs "doc")))
6057            (setenv "PATH" (string-append tar "/bin:" xz "/bin"))
6058            (invoke "tar" "xvf" (assoc-ref %build-inputs "source"))
6059            (chdir (string-append "seqan-library-" ,version))
6060            (copy-recursively "include" (string-append out "/include"))
6061            (copy-recursively "share"  (string-append doc "/share"))
6062            #t))))
6063     (native-inputs
6064      `(("source" ,source)
6065        ("tar" ,tar)
6066        ("xz" ,xz)))
6067     (home-page "http://www.seqan.de")
6068     (synopsis "Library for nucleotide sequence analysis")
6069     (description
6070      "SeqAn is a C++ library of efficient algorithms and data structures for
6071 the analysis of sequences with the focus on biological data.  It contains
6072 algorithms and data structures for string representation and their
6073 manipulation, online and indexed string search, efficient I/O of
6074 bioinformatics file formats, sequence alignment, and more.")
6075     (license license:bsd-3)))
6076
6077 (define-public seqan-1
6078   (package (inherit seqan)
6079     (name "seqan")
6080     (version "1.4.2")
6081     (source (origin
6082               (method url-fetch)
6083               (uri (string-append "http://packages.seqan.de/seqan-library/"
6084                                   "seqan-library-" version ".tar.bz2"))
6085               (sha256
6086                (base32
6087                 "05s3wrrwn50f81aklfm65i4a749zag1vr8z03k21xm0pdxy47yvp"))))
6088     ;; The documentation is 7.8MB and the includes are 3.6MB heavy, so it
6089     ;; makes sense to split the outputs.
6090     (outputs '("out" "doc"))
6091     (build-system trivial-build-system)
6092     (arguments
6093      `(#:modules ((guix build utils))
6094        #:builder
6095        (begin
6096          (use-modules (guix build utils))
6097          (let ((tar  (assoc-ref %build-inputs "tar"))
6098                (bzip (assoc-ref %build-inputs "bzip2"))
6099                (out  (assoc-ref %outputs "out"))
6100                (doc  (assoc-ref %outputs "doc")))
6101            (setenv "PATH" (string-append tar "/bin:" bzip "/bin"))
6102            (invoke "tar" "xvf" (assoc-ref %build-inputs "source"))
6103            (chdir (string-append "seqan-library-" ,version))
6104            (copy-recursively "include" (string-append out "/include"))
6105            (copy-recursively "share"  (string-append doc "/share"))
6106            #t))))
6107     (native-inputs
6108      `(("source" ,source)
6109        ("tar" ,tar)
6110        ("bzip2" ,bzip2)))))
6111
6112 (define-public seqmagick
6113   (package
6114     (name "seqmagick")
6115     (version "0.7.0")
6116     (source
6117      (origin
6118        (method url-fetch)
6119        (uri (pypi-uri "seqmagick" version))
6120        (sha256
6121         (base32
6122          "12bfyp8nqi0hd36rmj450aygafp01qy3hkbvlwn3bk39pyjjkgg5"))))
6123     (build-system python-build-system)
6124     (inputs
6125      `(("python-biopython" ,python-biopython)))
6126     (native-inputs
6127      `(("python-nose" ,python-nose)))
6128     (home-page "https://github.com/fhcrc/seqmagick")
6129     (synopsis "Tools for converting and modifying sequence files")
6130     (description
6131      "Bioinformaticians often have to convert sequence files between formats
6132 and do little manipulations on them, and it's not worth writing scripts for
6133 that.  Seqmagick is a utility to expose the file format conversion in
6134 BioPython in a convenient way.  Instead of having a big mess of scripts, there
6135 is one that takes arguments.")
6136     (license license:gpl3)))
6137
6138 (define-public seqtk
6139   (package
6140     (name "seqtk")
6141     (version "1.3")
6142     (source (origin
6143               (method git-fetch)
6144               (uri (git-reference
6145                     (url "https://github.com/lh3/seqtk.git")
6146                     (commit (string-append "v" version))))
6147               (file-name (git-file-name name version))
6148               (sha256
6149                (base32
6150                 "1bfzlqa84b5s1qi22blmmw2s8xdyp9h9ydcq22pfjhh5gab3yz6l"))))
6151     (build-system gnu-build-system)
6152     (arguments
6153      `(#:phases
6154        (modify-phases %standard-phases
6155          (delete 'configure)
6156          (replace 'check
6157            ;; There are no tests, so we just run a sanity check.
6158            (lambda _ (invoke "./seqtk" "seq") #t))
6159          (replace 'install
6160            (lambda* (#:key outputs #:allow-other-keys)
6161              (let ((bin (string-append (assoc-ref outputs "out") "/bin/")))
6162                (install-file "seqtk" bin)
6163                #t))))))
6164     (inputs
6165      `(("zlib" ,zlib)))
6166     (home-page "https://github.com/lh3/seqtk")
6167     (synopsis "Toolkit for processing biological sequences in FASTA/Q format")
6168     (description
6169      "Seqtk is a fast and lightweight tool for processing sequences in the
6170 FASTA or FASTQ format.  It parses both FASTA and FASTQ files which can be
6171 optionally compressed by gzip.")
6172       (license license:expat)))
6173
6174 (define-public snap-aligner
6175   (package
6176     (name "snap-aligner")
6177     (version "1.0beta.18")
6178     (source (origin
6179               (method git-fetch)
6180               (uri (git-reference
6181                     (url "https://github.com/amplab/snap.git")
6182                     (commit (string-append "v" version))))
6183               (file-name (git-file-name name version))
6184               (sha256
6185                (base32
6186                 "01w3qq4wm07z73vky0cfwlmrbf50n3w722cxrlzxfi99mnb808d8"))))
6187     (build-system gnu-build-system)
6188     (arguments
6189      '(#:phases
6190        (modify-phases %standard-phases
6191          (delete 'configure)
6192          (replace 'check (lambda _ (invoke "./unit_tests") #t))
6193          (replace 'install
6194            (lambda* (#:key outputs #:allow-other-keys)
6195              (let* ((out (assoc-ref outputs "out"))
6196                     (bin (string-append out "/bin")))
6197                (install-file "snap-aligner" bin)
6198                (install-file "SNAPCommand" bin)
6199                #t))))))
6200     (native-inputs
6201      `(("zlib" ,zlib)))
6202     (home-page "http://snap.cs.berkeley.edu/")
6203     (synopsis "Short read DNA sequence aligner")
6204     (description
6205      "SNAP is a fast and accurate aligner for short DNA reads.  It is
6206 optimized for modern read lengths of 100 bases or higher, and takes advantage
6207 of these reads to align data quickly through a hash-based indexing scheme.")
6208     ;; 32-bit systems are not supported by the unpatched code.
6209     ;; Following the bug reports https://github.com/amplab/snap/issues/68 and
6210     ;; https://bugs.debian.org/cgi-bin/bugreport.cgi?bug=812378 we see that
6211     ;; systems without a lot of memory cannot make good use of this program.
6212     (supported-systems '("x86_64-linux"))
6213     (license license:asl2.0)))
6214
6215 (define-public sortmerna
6216   (package
6217     (name "sortmerna")
6218     (version "2.1b")
6219     (source
6220      (origin
6221        (method git-fetch)
6222        (uri (git-reference
6223              (url "https://github.com/biocore/sortmerna.git")
6224              (commit version)))
6225        (file-name (git-file-name name version))
6226        (sha256
6227         (base32
6228          "0j3mbz4n25738yijmjbr5r4fyvkgm8v5vn3sshyfvmyqf5q9byqf"))))
6229     (build-system gnu-build-system)
6230     (outputs '("out"      ;for binaries
6231                "db"))     ;for sequence databases
6232     (arguments
6233      `(#:phases
6234        (modify-phases %standard-phases
6235          (replace 'install
6236            (lambda* (#:key outputs #:allow-other-keys)
6237              (let* ((out   (assoc-ref outputs "out"))
6238                     (bin   (string-append out "/bin"))
6239                     (db    (assoc-ref outputs "db"))
6240                     (share
6241                      (string-append db "/share/sortmerna/rRNA_databases")))
6242                (install-file "sortmerna" bin)
6243                (install-file "indexdb_rna" bin)
6244                (for-each (lambda (file)
6245                            (install-file file share))
6246                          (find-files "rRNA_databases" ".*fasta"))
6247                #t))))))
6248     (inputs
6249      `(("zlib" ,zlib)))
6250     (home-page "http://bioinfo.lifl.fr/RNA/sortmerna")
6251     (synopsis "Biological sequence analysis tool for NGS reads")
6252     (description
6253      "SortMeRNA is a biological sequence analysis tool for filtering, mapping
6254 and operational taxonomic unit (OTU) picking of next generation
6255 sequencing (NGS) reads.  The core algorithm is based on approximate seeds and
6256 allows for fast and sensitive analyses of nucleotide sequences.  The main
6257 application of SortMeRNA is filtering rRNA from metatranscriptomic data.")
6258     ;; The source includes x86 specific code
6259     (supported-systems '("x86_64-linux" "i686-linux"))
6260     (license license:lgpl3)))
6261
6262 (define-public star
6263   (package
6264     (name "star")
6265     (version "2.7.1a")
6266     (source (origin
6267               (method git-fetch)
6268               (uri (git-reference
6269                     (url "https://github.com/alexdobin/STAR.git")
6270                     (commit version)))
6271               (file-name (string-append name "-" version "-checkout"))
6272               (sha256
6273                (base32
6274                 "0n6g4s4hgw7qygs1z97j7a2dgz8gfaa4cv5pjvvvmarvk0x07hyg"))
6275               (modules '((guix build utils)))
6276               (snippet
6277                '(begin
6278                   (substitute* "source/Makefile"
6279                     (("/bin/rm") "rm"))
6280                   ;; Remove pre-built binaries and bundled htslib sources.
6281                   (delete-file-recursively "bin/MacOSX_x86_64")
6282                   (delete-file-recursively "bin/Linux_x86_64")
6283                   (delete-file-recursively "bin/Linux_x86_64_static")
6284                   (delete-file-recursively "source/htslib")
6285                   #t))))
6286     (build-system gnu-build-system)
6287     (arguments
6288      '(#:tests? #f ;no check target
6289        #:make-flags '("STAR")
6290        #:phases
6291        (modify-phases %standard-phases
6292          (add-after 'unpack 'enter-source-dir
6293            (lambda _ (chdir "source") #t))
6294          (add-after 'enter-source-dir 'make-reproducible
6295            (lambda _
6296              (substitute* "Makefile"
6297                (("(COMPILATION_TIME_PLACE=\")(.*)(\")" _ pre mid post)
6298                 (string-append pre "Built with Guix" post)))
6299              #t))
6300          ;; See https://github.com/alexdobin/STAR/pull/562
6301          (add-after 'enter-source-dir 'add-missing-header
6302            (lambda _
6303              (substitute* "SoloReadFeature_inputRecords.cpp"
6304                (("#include \"binarySearch2.h\"" h)
6305                 (string-append h "\n#include <math.h>")))
6306              #t))
6307          (add-after 'enter-source-dir 'do-not-use-bundled-htslib
6308            (lambda _
6309              (substitute* "Makefile"
6310                (("(Depend.list: \\$\\(SOURCES\\) parametersDefault\\.xxd) htslib"
6311                  _ prefix) prefix))
6312              (substitute* '("BAMfunctions.cpp"
6313                             "signalFromBAM.h"
6314                             "bam_cat.h"
6315                             "bam_cat.c"
6316                             "STAR.cpp"
6317                             "bamRemoveDuplicates.cpp")
6318                (("#include \"htslib/([^\"]+\\.h)\"" _ header)
6319                 (string-append "#include <" header ">")))
6320              (substitute* "IncludeDefine.h"
6321                (("\"htslib/(htslib/[^\"]+.h)\"" _ header)
6322                 (string-append "<" header ">")))
6323              #t))
6324          (replace 'install
6325            (lambda* (#:key outputs #:allow-other-keys)
6326              (let ((bin (string-append (assoc-ref outputs "out") "/bin/")))
6327                (install-file "STAR" bin))
6328              #t))
6329          (delete 'configure))))
6330     (native-inputs
6331      `(("xxd" ,xxd)))
6332     (inputs
6333      `(("htslib" ,htslib)
6334        ("zlib" ,zlib)))
6335     (home-page "https://github.com/alexdobin/STAR")
6336     (synopsis "Universal RNA-seq aligner")
6337     (description
6338      "The Spliced Transcripts Alignment to a Reference (STAR) software is
6339 based on a previously undescribed RNA-seq alignment algorithm that uses
6340 sequential maximum mappable seed search in uncompressed suffix arrays followed
6341 by seed clustering and stitching procedure.  In addition to unbiased de novo
6342 detection of canonical junctions, STAR can discover non-canonical splices and
6343 chimeric (fusion) transcripts, and is also capable of mapping full-length RNA
6344 sequences.")
6345     ;; Only 64-bit systems are supported according to the README.
6346     (supported-systems '("x86_64-linux" "mips64el-linux"))
6347     ;; STAR is licensed under GPLv3 or later; htslib is MIT-licensed.
6348     (license license:gpl3+)))
6349
6350 (define-public starlong
6351   (package (inherit star)
6352     (name "starlong")
6353     (arguments
6354      (substitute-keyword-arguments (package-arguments star)
6355        ((#:make-flags flags)
6356         `(list "STARlong"))
6357        ((#:phases phases)
6358         `(modify-phases ,phases
6359            ;; Allow extra long sequence reads.
6360            (add-after 'unpack 'make-extra-long
6361              (lambda _
6362                (substitute* "source/IncludeDefine.h"
6363                  (("(#define DEF_readNameLengthMax ).*" _ match)
6364                   (string-append match "900000\n")))
6365                #t))
6366            (replace 'install
6367              (lambda* (#:key outputs #:allow-other-keys)
6368                (let ((bin (string-append (assoc-ref outputs "out") "/bin/")))
6369                  (install-file "STARlong" bin))
6370                #t))))))))
6371
6372 (define-public subread
6373   (package
6374     (name "subread")
6375     (version "1.6.0")
6376     (source (origin
6377               (method url-fetch)
6378               (uri (string-append "mirror://sourceforge/subread/subread-"
6379                                   version "/subread-" version "-source.tar.gz"))
6380               (sha256
6381                (base32
6382                 "0ah0n4jx6ksk2m2j7xk385x2qzmk1y4rfc6a4mfrdqrlq721w99i"))))
6383     (build-system gnu-build-system)
6384     (arguments
6385      `(#:tests? #f ;no "check" target
6386       ;; The CC and CCFLAGS variables are set to contain a lot of x86_64
6387       ;; optimizations by default, so we override these flags such that x86_64
6388       ;; flags are only added when the build target is an x86_64 system.
6389        #:make-flags
6390        (list (let ((system ,(or (%current-target-system)
6391                                 (%current-system)))
6392                    (flags '("-ggdb" "-fomit-frame-pointer"
6393                             "-ffast-math" "-funroll-loops"
6394                             "-fmessage-length=0"
6395                             "-O9" "-Wall" "-DMAKE_FOR_EXON"
6396                             "-DMAKE_STANDALONE"
6397                             "-DSUBREAD_VERSION=\\\"${SUBREAD_VERSION}\\\""))
6398                    (flags64 '("-mmmx" "-msse" "-msse2" "-msse3")))
6399                (if (string-prefix? "x86_64" system)
6400                    (string-append "CCFLAGS=" (string-join (append flags flags64)))
6401                    (string-append "CCFLAGS=" (string-join flags))))
6402              "-f" "Makefile.Linux"
6403              "CC=gcc ${CCFLAGS}")
6404        #:phases
6405        (modify-phases %standard-phases
6406          (add-after 'unpack 'enter-dir
6407            (lambda _ (chdir "src") #t))
6408          (replace 'install
6409            (lambda* (#:key outputs #:allow-other-keys)
6410              (let ((bin (string-append (assoc-ref outputs "out") "/bin/")))
6411                (mkdir-p bin)
6412                (copy-recursively "../bin" bin))
6413              #t))
6414          ;; no "configure" script
6415          (delete 'configure))))
6416     (inputs `(("zlib" ,zlib)))
6417     (home-page "http://bioinf.wehi.edu.au/subread-package/")
6418     (synopsis "Tool kit for processing next-gen sequencing data")
6419     (description
6420      "The subread package contains the following tools: subread aligner, a
6421 general-purpose read aligner; subjunc aligner: detecting exon-exon junctions
6422 and mapping RNA-seq reads; featureCounts: counting mapped reads for genomic
6423 features; exactSNP: a SNP caller that discovers SNPs by testing signals
6424 against local background noises.")
6425     (license license:gpl3+)))
6426
6427 (define-public stringtie
6428   (package
6429     (name "stringtie")
6430     (version "1.2.1")
6431     (source (origin
6432               (method url-fetch)
6433               (uri (string-append "http://ccb.jhu.edu/software/stringtie/dl/"
6434                                   "stringtie-" version ".tar.gz"))
6435               (sha256
6436                (base32
6437                 "1cqllsc1maq4kh92isi8yadgzbmnf042hlnalpk3y59aph1z3bfz"))
6438               (modules '((guix build utils)))
6439               (snippet
6440                '(begin
6441                   (delete-file-recursively "samtools-0.1.18")
6442                   #t))))
6443     (build-system gnu-build-system)
6444     (arguments
6445      `(#:tests? #f ;no test suite
6446        #:phases
6447        (modify-phases %standard-phases
6448          ;; no configure script
6449          (delete 'configure)
6450          (add-before 'build 'use-system-samtools
6451            (lambda _
6452              (substitute* "Makefile"
6453                (("stringtie: \\$\\{BAM\\}/libbam\\.a")
6454                 "stringtie: "))
6455              (substitute* '("gclib/GBam.h"
6456                             "gclib/GBam.cpp")
6457                (("#include \"(bam|sam|kstring).h\"" _ header)
6458                 (string-append "#include <samtools/" header ".h>")))
6459              #t))
6460          (add-after 'unpack 'remove-duplicate-typedef
6461            (lambda _
6462              ;; This typedef conflicts with the typedef in
6463              ;; glibc-2.25/include/bits/types.h
6464              (substitute* "gclib/GThreads.h"
6465                (("typedef long long __intmax_t;") ""))
6466              #t))
6467          (replace 'install
6468           (lambda* (#:key outputs #:allow-other-keys)
6469             (let ((bin (string-append (assoc-ref outputs "out") "/bin/")))
6470               (install-file "stringtie" bin)
6471               #t))))))
6472     (inputs
6473      `(("samtools" ,samtools-0.1)
6474        ("zlib" ,zlib)))
6475     (home-page "http://ccb.jhu.edu/software/stringtie/")
6476     (synopsis "Transcript assembly and quantification for RNA-Seq data")
6477     (description
6478      "StringTie is a fast and efficient assembler of RNA-Seq sequence
6479 alignments into potential transcripts.  It uses a novel network flow algorithm
6480 as well as an optional de novo assembly step to assemble and quantitate
6481 full-length transcripts representing multiple splice variants for each gene
6482 locus.  Its input can include not only the alignments of raw reads used by
6483 other transcript assemblers, but also alignments of longer sequences that have
6484 been assembled from those reads.  To identify differentially expressed genes
6485 between experiments, StringTie's output can be processed either by the
6486 Cuffdiff or Ballgown programs.")
6487     (license license:artistic2.0)))
6488
6489 (define-public taxtastic
6490   (package
6491     (name "taxtastic")
6492     (version "0.8.5")
6493     (source (origin
6494               (method url-fetch)
6495               (uri (pypi-uri "taxtastic" version))
6496               (sha256
6497                (base32
6498                 "03pysw79lsrvz4lwzis88j15067ffqbi4cid5pqhrlxmd6bh8rrk"))))
6499     (build-system python-build-system)
6500     (arguments
6501      `(#:python ,python-2
6502        #:phases
6503        (modify-phases %standard-phases
6504          (replace 'check
6505            (lambda _ (invoke "python" "-m" "unittest" "discover" "-v") #t)))))
6506     (propagated-inputs
6507      `(("python-sqlalchemy" ,python2-sqlalchemy)
6508        ("python-decorator" ,python2-decorator)
6509        ("python-biopython" ,python2-biopython)
6510        ("python-pandas" ,python2-pandas)
6511        ("python-psycopg2" ,python2-psycopg2)
6512        ("python-fastalite" ,python2-fastalite)
6513        ("python-pyyaml" ,python2-pyyaml)
6514        ("python-six" ,python2-six)
6515        ("python-jinja2" ,python2-jinja2)
6516        ("python-dendropy" ,python2-dendropy)))
6517     (home-page "https://github.com/fhcrc/taxtastic")
6518     (synopsis "Tools for taxonomic naming and annotation")
6519     (description
6520      "Taxtastic is software written in python used to build and maintain
6521 reference packages i.e. collections of reference trees, reference alignments,
6522 profiles, and associated taxonomic information.")
6523     (license license:gpl3+)))
6524
6525 (define-public vcftools
6526   (package
6527     (name "vcftools")
6528     (version "0.1.15")
6529     (source (origin
6530               (method url-fetch)
6531               (uri (string-append
6532                     "https://github.com/vcftools/vcftools/releases/download/v"
6533                     version "/vcftools-" version ".tar.gz"))
6534               (sha256
6535                (base32
6536                 "1qw30c45wihgy632rbz4rh3njnwj4msj46l1rsgdhyg6bgypmr1i"))))
6537     (build-system gnu-build-system)
6538     (arguments
6539      `(#:tests? #f ; no "check" target
6540        #:make-flags (list
6541                      "CFLAGS=-O2" ; override "-m64" flag
6542                      (string-append "PREFIX=" (assoc-ref %outputs "out"))
6543                      (string-append "MANDIR=" (assoc-ref %outputs "out")
6544                                     "/share/man/man1"))))
6545     (native-inputs
6546      `(("pkg-config" ,pkg-config)))
6547     (inputs
6548      `(("perl" ,perl)
6549        ("zlib" ,zlib)))
6550     (home-page "https://vcftools.github.io/")
6551     (synopsis "Tools for working with VCF files")
6552     (description
6553      "VCFtools is a program package designed for working with VCF files, such
6554 as those generated by the 1000 Genomes Project.  The aim of VCFtools is to
6555 provide easily accessible methods for working with complex genetic variation
6556 data in the form of VCF files.")
6557     ;; The license is declared as LGPLv3 in the README and
6558     ;; at https://vcftools.github.io/license.html
6559     (license license:lgpl3)))
6560
6561 (define-public infernal
6562   (package
6563     (name "infernal")
6564     (version "1.1.2")
6565     (source (origin
6566               (method url-fetch)
6567               (uri (string-append "http://eddylab.org/software/infernal/"
6568                                   "infernal-" version ".tar.gz"))
6569               (sha256
6570                (base32
6571                 "0sr2hiz3qxfwqpz3whxr6n82p3x27336v3f34iqznp10hks2935c"))))
6572     (build-system gnu-build-system)
6573     (native-inputs
6574      `(("perl" ,perl))) ; for tests
6575     (home-page "http://eddylab.org/infernal/")
6576     (synopsis "Inference of RNA alignments")
6577     (description "Infernal (\"INFERence of RNA ALignment\") is a tool for
6578 searching DNA sequence databases for RNA structure and sequence similarities.
6579 It is an implementation of a special case of profile stochastic context-free
6580 grammars called @dfn{covariance models} (CMs).  A CM is like a sequence
6581 profile, but it scores a combination of sequence consensus and RNA secondary
6582 structure consensus, so in many cases, it is more capable of identifying RNA
6583 homologs that conserve their secondary structure more than their primary
6584 sequence.")
6585     ;; Infernal 1.1.2 requires VMX or SSE capability for parallel instructions.
6586     (supported-systems '("i686-linux" "x86_64-linux"))
6587     (license license:bsd-3)))
6588
6589 (define-public r-scde
6590   (package
6591     (name "r-scde")
6592     (version "1.99.2")
6593     (source (origin
6594               (method git-fetch)
6595               (uri (git-reference
6596                     (url "https://github.com/hms-dbmi/scde.git")
6597                     (commit version)))
6598               (file-name (git-file-name name version))
6599               (sha256
6600                (base32
6601                 "10na2gyka24mszdxf92wz9h2c13hdf1ww30c68gfsw53lvvhhhxb"))))
6602     (build-system r-build-system)
6603     (propagated-inputs
6604      `(("r-rcpp" ,r-rcpp)
6605        ("r-rcpparmadillo" ,r-rcpparmadillo)
6606        ("r-mgcv" ,r-mgcv)
6607        ("r-rook" ,r-rook)
6608        ("r-rjson" ,r-rjson)
6609        ("r-cairo" ,r-cairo)
6610        ("r-rcolorbrewer" ,r-rcolorbrewer)
6611        ("r-edger" ,r-edger)
6612        ("r-quantreg" ,r-quantreg)
6613        ("r-nnet" ,r-nnet)
6614        ("r-rmtstat" ,r-rmtstat)
6615        ("r-extremes" ,r-extremes)
6616        ("r-pcamethods" ,r-pcamethods)
6617        ("r-biocparallel" ,r-biocparallel)
6618        ("r-flexmix" ,r-flexmix)))
6619     (home-page "https://hms-dbmi.github.io/scde/")
6620     (synopsis "R package for analyzing single-cell RNA-seq data")
6621     (description "The SCDE package implements a set of statistical methods for
6622 analyzing single-cell RNA-seq data.  SCDE fits individual error models for
6623 single-cell RNA-seq measurements.  These models can then be used for
6624 assessment of differential expression between groups of cells, as well as
6625 other types of analysis.  The SCDE package also contains the pagoda framework
6626 which applies pathway and gene set overdispersion analysis to identify aspects
6627 of transcriptional heterogeneity among single cells.")
6628     ;; See https://github.com/hms-dbmi/scde/issues/38
6629     (license license:gpl2)))
6630
6631 (define-public r-centipede
6632   (package
6633     (name "r-centipede")
6634     (version "1.2")
6635     (source (origin
6636               (method url-fetch)
6637               (uri (string-append "http://download.r-forge.r-project.org/"
6638                                   "src/contrib/CENTIPEDE_" version ".tar.gz"))
6639               (sha256
6640                (base32
6641                 "1hsx6qgwr0i67fhy9257zj7s0ppncph2hjgbia5nn6nfmj0ax6l9"))))
6642     (build-system r-build-system)
6643     (home-page "http://centipede.uchicago.edu/")
6644     (synopsis "Predict transcription factor binding sites")
6645     (description
6646      "CENTIPEDE applies a hierarchical Bayesian mixture model to infer regions
6647 of the genome that are bound by particular transcription factors.  It starts
6648 by identifying a set of candidate binding sites, and then aims to classify the
6649 sites according to whether each site is bound or not bound by a transcription
6650 factor.  CENTIPEDE is an unsupervised learning algorithm that discriminates
6651 between two different types of motif instances using as much relevant
6652 information as possible.")
6653     (license (list license:gpl2+ license:gpl3+))))
6654
6655 (define-public r-genefilter
6656   (package
6657     (name "r-genefilter")
6658     (version "1.66.0")
6659     (source
6660      (origin
6661        (method url-fetch)
6662        (uri (bioconductor-uri "genefilter" version))
6663        (sha256
6664         (base32
6665          "1jq7lam4dnbvz55lx93kcl9afl8xfjd6xs374d35m21bkay418kj"))))
6666     (build-system r-build-system)
6667     (native-inputs
6668      `(("gfortran" ,gfortran)))
6669     (propagated-inputs
6670      `(("r-annotate" ,r-annotate)
6671        ("r-annotationdbi" ,r-annotationdbi)
6672        ("r-biobase" ,r-biobase)
6673        ("r-s4vectors" ,r-s4vectors)
6674        ("r-survival" ,r-survival)))
6675     (home-page "https://bioconductor.org/packages/genefilter")
6676     (synopsis "Filter genes from high-throughput experiments")
6677     (description
6678      "This package provides basic functions for filtering genes from
6679 high-throughput sequencing experiments.")
6680     (license license:artistic2.0)))
6681
6682 (define-public r-deseq2
6683   (package
6684     (name "r-deseq2")
6685     (version "1.24.0")
6686     (source
6687      (origin
6688        (method url-fetch)
6689        (uri (bioconductor-uri "DESeq2" version))
6690        (sha256
6691         (base32
6692          "0fkk326addm2cw688gnmdzsmri5qx8j6ldnr4xin6kjnwicqhlqd"))))
6693     (properties `((upstream-name . "DESeq2")))
6694     (build-system r-build-system)
6695     (propagated-inputs
6696      `(("r-biobase" ,r-biobase)
6697        ("r-biocgenerics" ,r-biocgenerics)
6698        ("r-biocparallel" ,r-biocparallel)
6699        ("r-genefilter" ,r-genefilter)
6700        ("r-geneplotter" ,r-geneplotter)
6701        ("r-genomicranges" ,r-genomicranges)
6702        ("r-ggplot2" ,r-ggplot2)
6703        ("r-hmisc" ,r-hmisc)
6704        ("r-iranges" ,r-iranges)
6705        ("r-locfit" ,r-locfit)
6706        ("r-rcpp" ,r-rcpp)
6707        ("r-rcpparmadillo" ,r-rcpparmadillo)
6708        ("r-s4vectors" ,r-s4vectors)
6709        ("r-summarizedexperiment" ,r-summarizedexperiment)))
6710     (home-page "https://bioconductor.org/packages/DESeq2")
6711     (synopsis "Differential gene expression analysis")
6712     (description
6713      "This package provides functions to estimate variance-mean dependence in
6714 count data from high-throughput nucleotide sequencing assays and test for
6715 differential expression based on a model using the negative binomial
6716 distribution.")
6717     (license license:lgpl3+)))
6718
6719 (define-public r-dexseq
6720   (package
6721     (name "r-dexseq")
6722     (version "1.30.0")
6723     (source
6724      (origin
6725        (method url-fetch)
6726        (uri (bioconductor-uri "DEXSeq" version))
6727        (sha256
6728         (base32
6729          "1b2s0vwm97g0wgm4ms0f4pqkqiqmxscnhg700aybl5vx0m2fa8xm"))))
6730     (properties `((upstream-name . "DEXSeq")))
6731     (build-system r-build-system)
6732     (propagated-inputs
6733      `(("r-annotationdbi" ,r-annotationdbi)
6734        ("r-biobase" ,r-biobase)
6735        ("r-biocgenerics" ,r-biocgenerics)
6736        ("r-biocparallel" ,r-biocparallel)
6737        ("r-biomart" ,r-biomart)
6738        ("r-deseq2" ,r-deseq2)
6739        ("r-genefilter" ,r-genefilter)
6740        ("r-geneplotter" ,r-geneplotter)
6741        ("r-genomicranges" ,r-genomicranges)
6742        ("r-hwriter" ,r-hwriter)
6743        ("r-iranges" ,r-iranges)
6744        ("r-rcolorbrewer" ,r-rcolorbrewer)
6745        ("r-rsamtools" ,r-rsamtools)
6746        ("r-s4vectors" ,r-s4vectors)
6747        ("r-statmod" ,r-statmod)
6748        ("r-stringr" ,r-stringr)
6749        ("r-summarizedexperiment" ,r-summarizedexperiment)))
6750     (home-page "https://bioconductor.org/packages/DEXSeq")
6751     (synopsis "Inference of differential exon usage in RNA-Seq")
6752     (description
6753      "This package is focused on finding differential exon usage using RNA-seq
6754 exon counts between samples with different experimental designs.  It provides
6755 functions that allows the user to make the necessary statistical tests based
6756 on a model that uses the negative binomial distribution to estimate the
6757 variance between biological replicates and generalized linear models for
6758 testing.  The package also provides functions for the visualization and
6759 exploration of the results.")
6760     (license license:gpl3+)))
6761
6762 (define-public r-annotationforge
6763   (package
6764     (name "r-annotationforge")
6765     (version "1.26.0")
6766     (source
6767      (origin
6768        (method url-fetch)
6769        (uri (bioconductor-uri "AnnotationForge" version))
6770        (sha256
6771         (base32
6772          "0m4w8n2711wr28znv646cfc7m5jqlr8friz334zdyjmhg7m2xkb7"))))
6773     (properties
6774      `((upstream-name . "AnnotationForge")))
6775     (build-system r-build-system)
6776     (propagated-inputs
6777      `(("r-annotationdbi" ,r-annotationdbi)
6778        ("r-biobase" ,r-biobase)
6779        ("r-biocgenerics" ,r-biocgenerics)
6780        ("r-dbi" ,r-dbi)
6781        ("r-rcurl" ,r-rcurl)
6782        ("r-rsqlite" ,r-rsqlite)
6783        ("r-s4vectors" ,r-s4vectors)
6784        ("r-xml" ,r-xml)))
6785     (home-page "https://bioconductor.org/packages/AnnotationForge")
6786     (synopsis "Code for building annotation database packages")
6787     (description
6788      "This package provides code for generating Annotation packages and their
6789 databases.  Packages produced are intended to be used with AnnotationDbi.")
6790     (license license:artistic2.0)))
6791
6792 (define-public r-rbgl
6793   (package
6794     (name "r-rbgl")
6795     (version "1.60.0")
6796     (source
6797      (origin
6798        (method url-fetch)
6799        (uri (bioconductor-uri "RBGL" version))
6800        (sha256
6801         (base32
6802          "06brn9hl6lybx6hdfp1sycwj6wn1bjfi8xyhpy0v122v1z8d5mbz"))))
6803     (properties `((upstream-name . "RBGL")))
6804     (build-system r-build-system)
6805     (propagated-inputs
6806      `(("r-bh" ,r-bh)
6807        ("r-graph" ,r-graph)))
6808     (home-page "https://www.bioconductor.org/packages/RBGL")
6809     (synopsis "Interface to the Boost graph library")
6810     (description
6811      "This package provides a fairly extensive and comprehensive interface to
6812 the graph algorithms contained in the Boost library.")
6813     (license license:artistic2.0)))
6814
6815 (define-public r-gseabase
6816   (package
6817     (name "r-gseabase")
6818     (version "1.46.0")
6819     (source
6820      (origin
6821        (method url-fetch)
6822        (uri (bioconductor-uri "GSEABase" version))
6823        (sha256
6824         (base32
6825          "0vh53xk2prjbdkbr3hwfiflx1gh7ilrqs3j1p3lyd6syy3rn9n83"))))
6826     (properties `((upstream-name . "GSEABase")))
6827     (build-system r-build-system)
6828     (propagated-inputs
6829      `(("r-annotate" ,r-annotate)
6830        ("r-annotationdbi" ,r-annotationdbi)
6831        ("r-biobase" ,r-biobase)
6832        ("r-biocgenerics" ,r-biocgenerics)
6833        ("r-graph" ,r-graph)
6834        ("r-xml" ,r-xml)))
6835     (home-page "https://bioconductor.org/packages/GSEABase")
6836     (synopsis "Gene set enrichment data structures and methods")
6837     (description
6838      "This package provides classes and methods to support @dfn{Gene Set
6839 Enrichment Analysis} (GSEA).")
6840     (license license:artistic2.0)))
6841
6842 (define-public r-category
6843   (package
6844     (name "r-category")
6845     (version "2.50.0")
6846     (source
6847      (origin
6848        (method url-fetch)
6849        (uri (bioconductor-uri "Category" version))
6850        (sha256
6851         (base32
6852          "1n36xfnwn2np5f0lix9abvv9w6jb25jqz3xzvqzklz9s1af4k6x4"))))
6853     (properties `((upstream-name . "Category")))
6854     (build-system r-build-system)
6855     (propagated-inputs
6856      `(("r-annotate" ,r-annotate)
6857        ("r-annotationdbi" ,r-annotationdbi)
6858        ("r-biobase" ,r-biobase)
6859        ("r-biocgenerics" ,r-biocgenerics)
6860        ("r-genefilter" ,r-genefilter)
6861        ("r-graph" ,r-graph)
6862        ("r-gseabase" ,r-gseabase)
6863        ("r-matrix" ,r-matrix)
6864        ("r-rbgl" ,r-rbgl)
6865        ("r-dbi" ,r-dbi)))
6866     (home-page "https://bioconductor.org/packages/Category")
6867     (synopsis "Category analysis")
6868     (description
6869      "This package provides a collection of tools for performing category
6870 analysis.")
6871     (license license:artistic2.0)))
6872
6873 (define-public r-gostats
6874   (package
6875     (name "r-gostats")
6876     (version "2.50.0")
6877     (source
6878      (origin
6879        (method url-fetch)
6880        (uri (bioconductor-uri "GOstats" version))
6881        (sha256
6882         (base32
6883          "1a95i6awm2a8xv42fg2z3n29fg9z29i45kd80hxf6mvqqgzj80xp"))))
6884     (properties `((upstream-name . "GOstats")))
6885     (build-system r-build-system)
6886     (propagated-inputs
6887      `(("r-annotate" ,r-annotate)
6888        ("r-annotationdbi" ,r-annotationdbi)
6889        ("r-annotationforge" ,r-annotationforge)
6890        ("r-biobase" ,r-biobase)
6891        ("r-category" ,r-category)
6892        ("r-go-db" ,r-go-db)
6893        ("r-graph" ,r-graph)
6894        ("r-rgraphviz" ,r-rgraphviz)
6895        ("r-rbgl" ,r-rbgl)))
6896     (home-page "https://bioconductor.org/packages/GOstats")
6897     (synopsis "Tools for manipulating GO and microarrays")
6898     (description
6899      "This package provides a set of tools for interacting with GO and
6900 microarray data.  A variety of basic manipulation tools for graphs, hypothesis
6901 testing and other simple calculations.")
6902     (license license:artistic2.0)))
6903
6904 (define-public r-shortread
6905   (package
6906     (name "r-shortread")
6907     (version "1.42.0")
6908     (source
6909      (origin
6910        (method url-fetch)
6911        (uri (bioconductor-uri "ShortRead" version))
6912        (sha256
6913         (base32
6914          "1irqzdgsavjqsq0vva4966qh8qgn7xn9382dmhahm1hxb94qmi59"))))
6915     (properties `((upstream-name . "ShortRead")))
6916     (build-system r-build-system)
6917     (inputs
6918      `(("zlib" ,zlib)))
6919     (propagated-inputs
6920      `(("r-biobase" ,r-biobase)
6921        ("r-biocgenerics" ,r-biocgenerics)
6922        ("r-biocparallel" ,r-biocparallel)
6923        ("r-biostrings" ,r-biostrings)
6924        ("r-genomeinfodb" ,r-genomeinfodb)
6925        ("r-genomicalignments" ,r-genomicalignments)
6926        ("r-genomicranges" ,r-genomicranges)
6927        ("r-hwriter" ,r-hwriter)
6928        ("r-iranges" ,r-iranges)
6929        ("r-lattice" ,r-lattice)
6930        ("r-latticeextra" ,r-latticeextra)
6931        ("r-rsamtools" ,r-rsamtools)
6932        ("r-s4vectors" ,r-s4vectors)
6933        ("r-xvector" ,r-xvector)
6934        ("r-zlibbioc" ,r-zlibbioc)))
6935     (home-page "https://bioconductor.org/packages/ShortRead")
6936     (synopsis "FASTQ input and manipulation tools")
6937     (description
6938      "This package implements sampling, iteration, and input of FASTQ files.
6939 It includes functions for filtering and trimming reads, and for generating a
6940 quality assessment report.  Data are represented as
6941 @code{DNAStringSet}-derived objects, and easily manipulated for a diversity of
6942 purposes.  The package also contains legacy support for early single-end,
6943 ungapped alignment formats.")
6944     (license license:artistic2.0)))
6945
6946 (define-public r-systempiper
6947   (package
6948     (name "r-systempiper")
6949     (version "1.18.0")
6950     (source
6951      (origin
6952        (method url-fetch)
6953        (uri (bioconductor-uri "systemPipeR" version))
6954        (sha256
6955         (base32
6956          "1063vdf4g2i5xyabwvzkqfxd2j8s4zs6z4zxf8lx2ccjddhkn37a"))))
6957     (properties `((upstream-name . "systemPipeR")))
6958     (build-system r-build-system)
6959     (propagated-inputs
6960      `(("r-annotate" ,r-annotate)
6961        ("r-batchtools" ,r-batchtools)
6962        ("r-biocgenerics" ,r-biocgenerics)
6963        ("r-biostrings" ,r-biostrings)
6964        ("r-deseq2" ,r-deseq2)
6965        ("r-edger" ,r-edger)
6966        ("r-genomicfeatures" ,r-genomicfeatures)
6967        ("r-genomicranges" ,r-genomicranges)
6968        ("r-ggplot2" ,r-ggplot2)
6969        ("r-go-db" ,r-go-db)
6970        ("r-gostats" ,r-gostats)
6971        ("r-limma" ,r-limma)
6972        ("r-pheatmap" ,r-pheatmap)
6973        ("r-rjson" ,r-rjson)
6974        ("r-rsamtools" ,r-rsamtools)
6975        ("r-shortread" ,r-shortread)
6976        ("r-summarizedexperiment" ,r-summarizedexperiment)
6977        ("r-yaml" ,r-yaml)
6978        ("r-variantannotation" ,r-variantannotation)))
6979     (home-page "https://github.com/tgirke/systemPipeR")
6980     (synopsis "Next generation sequencing workflow and reporting environment")
6981     (description
6982      "This R package provides tools for building and running automated
6983 end-to-end analysis workflows for a wide range of @dfn{next generation
6984 sequence} (NGS) applications such as RNA-Seq, ChIP-Seq, VAR-Seq and Ribo-Seq.
6985 Important features include a uniform workflow interface across different NGS
6986 applications, automated report generation, and support for running both R and
6987 command-line software, such as NGS aligners or peak/variant callers, on local
6988 computers or compute clusters.  Efficient handling of complex sample sets and
6989 experimental designs is facilitated by a consistently implemented sample
6990 annotation infrastructure.")
6991     (license license:artistic2.0)))
6992
6993 (define-public r-grohmm
6994   (package
6995     (name "r-grohmm")
6996     (version "1.18.0")
6997     (source
6998      (origin
6999        (method url-fetch)
7000        (uri (bioconductor-uri "groHMM" version))
7001        (sha256
7002         (base32
7003          "1p368qf8ab1vy8gl2j7rx0l7bvva4m7w06i364rqzs0sdyzlbm3y"))))
7004     (properties `((upstream-name . "groHMM")))
7005     (build-system r-build-system)
7006     (propagated-inputs
7007      `(("r-genomeinfodb" ,r-genomeinfodb)
7008        ("r-genomicalignments" ,r-genomicalignments)
7009        ("r-genomicranges" ,r-genomicranges)
7010        ("r-iranges" ,r-iranges)
7011        ("r-mass" ,r-mass)
7012        ("r-rtracklayer" ,r-rtracklayer)
7013        ("r-s4vectors" ,r-s4vectors)))
7014     (home-page "https://github.com/Kraus-Lab/groHMM")
7015     (synopsis "GRO-seq analysis pipeline")
7016     (description
7017      "This package provides a pipeline for the analysis of GRO-seq data.")
7018     (license license:gpl3+)))
7019
7020 (define-public vsearch
7021   (package
7022     (name "vsearch")
7023     (version "2.9.1")
7024     (source
7025      (origin
7026        (method git-fetch)
7027        (uri (git-reference
7028              (url "https://github.com/torognes/vsearch.git")
7029              (commit (string-append "v" version))))
7030        (file-name (git-file-name name version))
7031        (sha256
7032         (base32
7033          "0vhrpjfdf75ba04b24xknp41790cvcgwl0vgpy7qbzj5xh2521ss"))
7034        (patches (search-patches "vsearch-unbundle-cityhash.patch"))
7035        (snippet
7036         '(begin
7037            ;; Remove bundled cityhash sources.  The vsearch source is adjusted
7038            ;; for this in the patch.
7039            (delete-file "src/city.h")
7040            (delete-file "src/citycrc.h")
7041            (delete-file "src/city.cc")
7042            #t))))
7043     (build-system gnu-build-system)
7044     (inputs
7045      `(("zlib" ,zlib)
7046        ("bzip2" ,bzip2)
7047        ("cityhash" ,cityhash)))
7048     (native-inputs
7049      `(("autoconf" ,autoconf)
7050        ("automake" ,automake)))
7051     (synopsis "Sequence search tools for metagenomics")
7052     (description
7053      "VSEARCH supports DNA sequence searching, clustering, chimera detection,
7054 dereplication, pairwise alignment, shuffling, subsampling, sorting and
7055 masking.  The tool takes advantage of parallelism in the form of SIMD
7056 vectorization as well as multiple threads to perform accurate alignments at
7057 high speed.  VSEARCH uses an optimal global aligner (full dynamic programming
7058 Needleman-Wunsch).")
7059     (home-page "https://github.com/torognes/vsearch")
7060     ;; vsearch uses non-portable SSE intrinsics so building fails on other
7061     ;; platforms.
7062     (supported-systems '("x86_64-linux"))
7063     ;; Dual licensed; also includes public domain source.
7064     (license (list license:gpl3 license:bsd-2))))
7065
7066 (define-public pardre
7067   (package
7068     (name "pardre")
7069     ;; The source of 1.1.5 changed in place, so we append "-1" to the version.
7070     (version "1.1.5-1")
7071     (source
7072      (origin
7073        (method url-fetch)
7074        (uri (string-append "mirror://sourceforge/pardre/ParDRe-rel"
7075                            "1.1.5" ".tar.gz"))
7076        (sha256
7077         (base32
7078          "17j73nc0viq4f6qj50nrndsrif5d6b71q8fl87m54psiv0ilns2b"))))
7079     (build-system gnu-build-system)
7080     (arguments
7081      `(#:tests? #f ; no tests included
7082        #:phases
7083        (modify-phases %standard-phases
7084          (delete 'configure)
7085          (replace 'install
7086            (lambda* (#:key outputs #:allow-other-keys)
7087              (let ((bin (string-append (assoc-ref outputs "out") "/bin")))
7088                (install-file "ParDRe" bin)
7089                #t))))))
7090     (inputs
7091      `(("openmpi" ,openmpi)
7092        ("zlib" ,zlib)))
7093     (synopsis "Parallel tool to remove duplicate DNA reads")
7094     (description
7095      "ParDRe is a parallel tool to remove duplicate genetic sequence reads.
7096 Duplicate reads can be seen as identical or nearly identical sequences with
7097 some mismatches.  This tool lets users avoid the analysis of unnecessary
7098 reads, reducing the time of subsequent procedures with the
7099 dataset (e.g. assemblies, mappings, etc.).  The tool is implemented with MPI
7100 in order to exploit the parallel capabilities of multicore clusters.  It is
7101 faster than multithreaded counterparts (end of 2015) for the same number of
7102 cores and, thanks to the message-passing technology, it can be executed on
7103 clusters.")
7104     (home-page "https://sourceforge.net/projects/pardre/")
7105     (license license:gpl3+)))
7106
7107 (define-public ruby-bio-kseq
7108   (package
7109     (name "ruby-bio-kseq")
7110     (version "0.0.2")
7111     (source
7112      (origin
7113        (method url-fetch)
7114        (uri (rubygems-uri "bio-kseq" version))
7115        (sha256
7116         (base32
7117          "1xyaha46khb5jc6wzkbf7040jagac49jbimn0vcrzid0j8jdikrz"))))
7118     (build-system ruby-build-system)
7119     (arguments
7120      `(#:test-target "spec"))
7121     (native-inputs
7122      `(("bundler" ,bundler)
7123        ("ruby-rspec" ,ruby-rspec)
7124        ("ruby-rake-compiler" ,ruby-rake-compiler)))
7125     (inputs
7126      `(("zlib" ,zlib)))
7127     (synopsis "Ruby bindings for the kseq.h FASTA/Q parser")
7128     (description
7129      "@code{Bio::Kseq} provides ruby bindings to the @code{kseq.h} FASTA and
7130 FASTQ parsing code.  It provides a fast iterator over sequences and their
7131 quality scores.")
7132     (home-page "https://github.com/gusevfe/bio-kseq")
7133     (license license:expat)))
7134
7135 (define-public bio-locus
7136   (package
7137     (name "bio-locus")
7138     (version "0.0.7")
7139     (source
7140      (origin
7141        (method url-fetch)
7142        (uri (rubygems-uri "bio-locus" version))
7143        (sha256
7144         (base32
7145          "02vmrxyimkj9sahsp4zhfhnmbvz6dbbqz1y01vglf8cbwvkajfl0"))))
7146     (build-system ruby-build-system)
7147     (native-inputs
7148      `(("ruby-rspec" ,ruby-rspec)))
7149     (synopsis "Tool for fast querying of genome locations")
7150     (description
7151      "Bio-locus is a tabix-like tool for fast querying of genome
7152 locations.  Many file formats in bioinformatics contain records that
7153 start with a chromosome name and a position for a SNP, or a start-end
7154 position for indels.  Bio-locus allows users to store this chr+pos or
7155 chr+pos+alt information in a database.")
7156     (home-page "https://github.com/pjotrp/bio-locus")
7157     (license license:expat)))
7158
7159 (define-public bio-blastxmlparser
7160   (package
7161     (name "bio-blastxmlparser")
7162     (version "2.0.4")
7163     (source (origin
7164               (method url-fetch)
7165               (uri (rubygems-uri "bio-blastxmlparser" version))
7166               (sha256
7167                (base32
7168                 "1wf4qygcmdjgcqm6flmvsagfr1gs9lf63mj32qv3z1f481zc5692"))))
7169     (build-system ruby-build-system)
7170     (propagated-inputs
7171      `(("ruby-bio-logger" ,ruby-bio-logger)
7172        ("ruby-nokogiri" ,ruby-nokogiri)))
7173     (inputs
7174      `(("ruby-rspec" ,ruby-rspec)))
7175     (synopsis "Fast big data BLAST XML parser and library")
7176     (description
7177      "Very fast parallel big-data BLAST XML file parser which can be used as
7178 command line utility.  Use blastxmlparser to: Parse BLAST XML; filter output;
7179 generate FASTA, JSON, YAML, RDF, JSON-LD, HTML, CSV, tabular output etc.")
7180     (home-page "https://github.com/pjotrp/blastxmlparser")
7181     (license license:expat)))
7182
7183 (define-public bioruby
7184   (package
7185     (name "bioruby")
7186     (version "1.5.2")
7187     (source
7188      (origin
7189        (method url-fetch)
7190        (uri (rubygems-uri "bio" version))
7191        (sha256
7192         (base32
7193          "1d56amdsjv1mag7m6gv2w0xij8hqx1v5xbdjsix8sp3yp36m7938"))))
7194     (build-system ruby-build-system)
7195     (propagated-inputs
7196      `(("ruby-libxml" ,ruby-libxml)))
7197     (native-inputs
7198      `(("which" ,which)))  ; required for test phase
7199     (arguments
7200      `(#:phases
7201        (modify-phases %standard-phases
7202          (add-before 'build 'patch-test-command
7203           (lambda _
7204             (substitute* '("test/functional/bio/test_command.rb")
7205               (("/bin/sh") (which "sh")))
7206             (substitute* '("test/functional/bio/test_command.rb")
7207               (("/bin/ls") (which "ls")))
7208             (substitute* '("test/functional/bio/test_command.rb")
7209               (("which") (which "which")))
7210             (substitute* '("test/functional/bio/test_command.rb",
7211                            "test/data/command/echoarg2.sh")
7212               (("/bin/echo") (which "echo")))
7213             #t)))))
7214     (synopsis "Ruby library, shell and utilities for bioinformatics")
7215     (description "BioRuby comes with a comprehensive set of Ruby development
7216 tools and libraries for bioinformatics and molecular biology.  BioRuby has
7217 components for sequence analysis, pathway analysis, protein modelling and
7218 phylogenetic analysis; it supports many widely used data formats and provides
7219 easy access to databases, external programs and public web services, including
7220 BLAST, KEGG, GenBank, MEDLINE and GO.")
7221     (home-page "http://bioruby.org/")
7222     ;; Code is released under Ruby license, except for setup
7223     ;; (LGPLv2.1+) and scripts in samples (which have GPL2 and GPL2+)
7224     (license (list license:ruby license:lgpl2.1+ license:gpl2+ ))))
7225
7226 (define-public r-biocinstaller
7227   (package
7228     (name "r-biocinstaller")
7229     (version "1.32.1")
7230     (source (origin
7231               (method url-fetch)
7232               (uri (bioconductor-uri "BiocInstaller" version))
7233               (sha256
7234                (base32
7235                 "1s1f9qhyf3mc73ir25x2zlgi9hf45a37lg4z8fbva4i21hqisgsl"))))
7236     (properties
7237      `((upstream-name . "BiocInstaller")))
7238     (build-system r-build-system)
7239     (home-page "https://bioconductor.org/packages/BiocInstaller")
7240     (synopsis "Install Bioconductor packages")
7241     (description "This package is used to install and update R packages from
7242 Bioconductor, CRAN, and Github.")
7243     (license license:artistic2.0)))
7244
7245 (define-public r-biocviews
7246   (package
7247     (name "r-biocviews")
7248     (version "1.52.2")
7249     (source (origin
7250               (method url-fetch)
7251               (uri (bioconductor-uri "biocViews" version))
7252               (sha256
7253                (base32
7254                 "0qwrsd9fcpkv7hhzy1scnj7ahdxi6cjary28kqk6b36gkzmnrw4r"))))
7255     (properties
7256      `((upstream-name . "biocViews")))
7257     (build-system r-build-system)
7258     (propagated-inputs
7259      `(("r-biobase" ,r-biobase)
7260        ("r-biocmanager" ,r-biocmanager)
7261        ("r-graph" ,r-graph)
7262        ("r-rbgl" ,r-rbgl)
7263        ("r-rcurl" ,r-rcurl)
7264        ("r-xml" ,r-xml)
7265        ("r-runit" ,r-runit)))
7266     (home-page "https://bioconductor.org/packages/biocViews")
7267     (synopsis "Bioconductor package categorization helper")
7268     (description "The purpose of biocViews is to create HTML pages that
7269 categorize packages in a Bioconductor package repository according to keywords,
7270 also known as views, in a controlled vocabulary.")
7271     (license license:artistic2.0)))
7272
7273 (define-public r-biocstyle
7274   (package
7275     (name "r-biocstyle")
7276     (version "2.12.0")
7277     (source (origin
7278               (method url-fetch)
7279               (uri (bioconductor-uri "BiocStyle" version))
7280               (sha256
7281                (base32
7282                 "029x8r9rcx6zy0xixdpwxai4jv4ynb161821fzac6z4r8k418398"))))
7283     (properties
7284      `((upstream-name . "BiocStyle")))
7285     (build-system r-build-system)
7286     (propagated-inputs
7287      `(("r-biocmanager" ,r-biocmanager)
7288        ("r-bookdown" ,r-bookdown)
7289        ("r-knitr" ,r-knitr)
7290        ("r-rmarkdown" ,r-rmarkdown)
7291        ("r-yaml" ,r-yaml)))
7292     (home-page "https://bioconductor.org/packages/BiocStyle")
7293     (synopsis "Bioconductor formatting styles")
7294     (description "This package provides standard formatting styles for
7295 Bioconductor PDF and HTML documents.  Package vignettes illustrate use and
7296 functionality.")
7297     (license license:artistic2.0)))
7298
7299 (define-public r-bioccheck
7300   (package
7301     (name "r-bioccheck")
7302     (version "1.20.0")
7303     (source (origin
7304               (method url-fetch)
7305               (uri (bioconductor-uri "BiocCheck" version))
7306               (sha256
7307                (base32
7308                 "1gkw9s6dhdryga9ap5yhvcqg9jsy4cn417ayqk1qiv6fy91fd124"))))
7309     (properties
7310      `((upstream-name . "BiocCheck")))
7311     (build-system r-build-system)
7312     (arguments
7313      '(#:phases
7314        (modify-phases %standard-phases
7315          ;; This package can be used by calling BiocCheck(<package>) from
7316          ;; within R, or by running R CMD BiocCheck <package>.  This phase
7317          ;; makes sure the latter works.  For this to work, the BiocCheck
7318          ;; script must be somewhere on the PATH (not the R bin directory).
7319          (add-after 'install 'install-bioccheck-subcommand
7320            (lambda* (#:key outputs #:allow-other-keys)
7321              (let* ((out (assoc-ref outputs "out"))
7322                     (dest-dir (string-append out "/bin"))
7323                     (script-dir
7324                      (string-append out "/site-library/BiocCheck/script/")))
7325                (mkdir-p dest-dir)
7326                (symlink (string-append script-dir "/checkBadDeps.R")
7327                         (string-append dest-dir "/checkBadDeps.R"))
7328                (symlink (string-append script-dir "/BiocCheck")
7329                         (string-append dest-dir "/BiocCheck")))
7330              #t)))))
7331     (propagated-inputs
7332      `(("r-codetools" ,r-codetools)
7333        ("r-graph" ,r-graph)
7334        ("r-httr" ,r-httr)
7335        ("r-knitr" ,r-knitr)
7336        ("r-optparse" ,r-optparse)
7337        ("r-biocmanager" ,r-biocmanager)
7338        ("r-biocviews" ,r-biocviews)
7339        ("r-stringdist" ,r-stringdist)))
7340     (home-page "https://bioconductor.org/packages/BiocCheck")
7341     (synopsis "Executes Bioconductor-specific package checks")
7342     (description "This package contains tools to perform additional quality
7343 checks on R packages that are to be submitted to the Bioconductor repository.")
7344     (license license:artistic2.0)))
7345
7346 (define-public r-s4vectors
7347   (package
7348     (name "r-s4vectors")
7349     (version "0.22.0")
7350     (source (origin
7351               (method url-fetch)
7352               (uri (bioconductor-uri "S4Vectors" version))
7353               (sha256
7354                (base32
7355                 "1wkqmpy0d0fab9bjfc7i5wh2zng75pg9rn9c1z1lkki7fpwaw2jb"))))
7356     (properties
7357      `((upstream-name . "S4Vectors")))
7358     (build-system r-build-system)
7359     (propagated-inputs
7360      `(("r-biocgenerics" ,r-biocgenerics)))
7361     (home-page "https://bioconductor.org/packages/S4Vectors")
7362     (synopsis "S4 implementation of vectors and lists")
7363     (description
7364      "The S4Vectors package defines the @code{Vector} and @code{List} virtual
7365 classes and a set of generic functions that extend the semantic of ordinary
7366 vectors and lists in R.  Package developers can easily implement vector-like
7367 or list-like objects as concrete subclasses of @code{Vector} or @code{List}.
7368 In addition, a few low-level concrete subclasses of general interest (e.g.
7369 @code{DataFrame}, @code{Rle}, and @code{Hits}) are implemented in the
7370 S4Vectors package itself.")
7371     (license license:artistic2.0)))
7372
7373 (define-public r-iranges
7374   (package
7375     (name "r-iranges")
7376     (version "2.18.1")
7377     (source (origin
7378               (method url-fetch)
7379               (uri (bioconductor-uri "IRanges" version))
7380               (sha256
7381                (base32
7382                 "1d64sh43pfc9vj2l7y7x6sb44l67wlnn3dzygp7ws0smn06mardq"))))
7383     (properties
7384      `((upstream-name . "IRanges")))
7385     (build-system r-build-system)
7386     (propagated-inputs
7387      `(("r-biocgenerics" ,r-biocgenerics)
7388        ("r-s4vectors" ,r-s4vectors)))
7389     (home-page "https://bioconductor.org/packages/IRanges")
7390     (synopsis "Infrastructure for manipulating intervals on sequences")
7391     (description
7392      "This package provides efficient low-level and highly reusable S4 classes
7393 for storing ranges of integers, RLE vectors (Run-Length Encoding), and, more
7394 generally, data that can be organized sequentially (formally defined as
7395 @code{Vector} objects), as well as views on these @code{Vector} objects.
7396 Efficient list-like classes are also provided for storing big collections of
7397 instances of the basic classes.  All classes in the package use consistent
7398 naming and share the same rich and consistent \"Vector API\" as much as
7399 possible.")
7400     (license license:artistic2.0)))
7401
7402 (define-public r-genomeinfodbdata
7403   (package
7404     (name "r-genomeinfodbdata")
7405     (version "1.2.0")
7406     (source (origin
7407               (method url-fetch)
7408               ;; We cannot use bioconductor-uri here because this tarball is
7409               ;; located under "data/annotation/" instead of "bioc/".
7410               (uri (string-append "https://bioconductor.org/packages/release/"
7411                                   "data/annotation/src/contrib/GenomeInfoDbData_"
7412                                   version ".tar.gz"))
7413               (sha256
7414                (base32
7415                 "0di6nlqpsyqf693k2na65ayqldih563x3zfrczpqc5q2hl5kg35c"))))
7416     (properties
7417      `((upstream-name . "GenomeInfoDbData")))
7418     (build-system r-build-system)
7419     (home-page "https://bioconductor.org/packages/GenomeInfoDbData")
7420     (synopsis "Species and taxonomy ID look up tables for GenomeInfoDb")
7421     (description "This package contains data for mapping between NCBI taxonomy
7422 ID and species.  It is used by functions in the GenomeInfoDb package.")
7423     (license license:artistic2.0)))
7424
7425 (define-public r-genomeinfodb
7426   (package
7427     (name "r-genomeinfodb")
7428     (version "1.20.0")
7429     (source (origin
7430               (method url-fetch)
7431               (uri (bioconductor-uri "GenomeInfoDb" version))
7432               (sha256
7433                (base32
7434                 "0zkhms81b3jz30q7ag81a1mq1rgqg4izyfdvcni68gvn8gm7kdyk"))))
7435     (properties
7436      `((upstream-name . "GenomeInfoDb")))
7437     (build-system r-build-system)
7438     (propagated-inputs
7439      `(("r-biocgenerics" ,r-biocgenerics)
7440        ("r-genomeinfodbdata" ,r-genomeinfodbdata)
7441        ("r-iranges" ,r-iranges)
7442        ("r-rcurl" ,r-rcurl)
7443        ("r-s4vectors" ,r-s4vectors)))
7444     (home-page "https://bioconductor.org/packages/GenomeInfoDb")
7445     (synopsis "Utilities for manipulating chromosome identifiers")
7446     (description
7447      "This package contains data and functions that define and allow
7448 translation between different chromosome sequence naming conventions (e.g.,
7449 \"chr1\" versus \"1\"), including a function that attempts to place sequence
7450 names in their natural, rather than lexicographic, order.")
7451     (license license:artistic2.0)))
7452
7453 (define-public r-edger
7454   (package
7455     (name "r-edger")
7456     (version "3.26.4")
7457     (source (origin
7458               (method url-fetch)
7459               (uri (bioconductor-uri "edgeR" version))
7460               (sha256
7461                (base32
7462                 "013glavk6a1wpyq3q35k343bdp6rf27w30q59i4kf47rp3i37g15"))))
7463     (properties `((upstream-name . "edgeR")))
7464     (build-system r-build-system)
7465     (propagated-inputs
7466      `(("r-limma" ,r-limma)
7467        ("r-locfit" ,r-locfit)
7468        ("r-rcpp" ,r-rcpp)
7469        ("r-statmod" ,r-statmod))) ;for estimateDisp
7470     (home-page "http://bioinf.wehi.edu.au/edgeR")
7471     (synopsis "EdgeR does empirical analysis of digital gene expression data")
7472     (description "This package can do differential expression analysis of
7473 RNA-seq expression profiles with biological replication.  It implements a range
7474 of statistical methodology based on the negative binomial distributions,
7475 including empirical Bayes estimation, exact tests, generalized linear models
7476 and quasi-likelihood tests.  It be applied to differential signal analysis of
7477 other types of genomic data that produce counts, including ChIP-seq, SAGE and
7478 CAGE.")
7479     (license license:gpl2+)))
7480
7481 (define-public r-variantannotation
7482   (package
7483     (name "r-variantannotation")
7484     (version "1.30.1")
7485     (source (origin
7486               (method url-fetch)
7487               (uri (bioconductor-uri "VariantAnnotation" version))
7488               (sha256
7489                (base32
7490                 "144x3d3b9a3q5jy4aqrk1nf2yavwjhwlf71s7qyr4x3ms3wmvf8i"))))
7491     (properties
7492      `((upstream-name . "VariantAnnotation")))
7493     (inputs
7494      `(("zlib" ,zlib)))
7495     (propagated-inputs
7496      `(("r-annotationdbi" ,r-annotationdbi)
7497        ("r-biobase" ,r-biobase)
7498        ("r-biocgenerics" ,r-biocgenerics)
7499        ("r-biostrings" ,r-biostrings)
7500        ("r-bsgenome" ,r-bsgenome)
7501        ("r-dbi" ,r-dbi)
7502        ("r-genomeinfodb" ,r-genomeinfodb)
7503        ("r-genomicfeatures" ,r-genomicfeatures)
7504        ("r-genomicranges" ,r-genomicranges)
7505        ("r-iranges" ,r-iranges)
7506        ("r-summarizedexperiment" ,r-summarizedexperiment)
7507        ("r-rhtslib" ,r-rhtslib)
7508        ("r-rsamtools" ,r-rsamtools)
7509        ("r-rtracklayer" ,r-rtracklayer)
7510        ("r-s4vectors" ,r-s4vectors)
7511        ("r-xvector" ,r-xvector)
7512        ("r-zlibbioc" ,r-zlibbioc)))
7513     (build-system r-build-system)
7514     (home-page "https://bioconductor.org/packages/VariantAnnotation")
7515     (synopsis "Package for annotation of genetic variants")
7516     (description "This R package can annotate variants, compute amino acid
7517 coding changes and predict coding outcomes.")
7518     (license license:artistic2.0)))
7519
7520 (define-public r-limma
7521   (package
7522     (name "r-limma")
7523     (version "3.40.2")
7524     (source (origin
7525               (method url-fetch)
7526               (uri (bioconductor-uri "limma" version))
7527               (sha256
7528                (base32
7529                 "1d4ig2b7fa9mwja52isxrwmprfdjdk1mlcf2skhdp51l24z6wbk7"))))
7530     (build-system r-build-system)
7531     (home-page "http://bioinf.wehi.edu.au/limma")
7532     (synopsis "Package for linear models for microarray and RNA-seq data")
7533     (description "This package can be used for the analysis of gene expression
7534 studies, especially the use of linear models for analysing designed experiments
7535 and the assessment of differential expression.  The analysis methods apply to
7536 different technologies, including microarrays, RNA-seq, and quantitative PCR.")
7537     (license license:gpl2+)))
7538
7539 (define-public r-xvector
7540   (package
7541     (name "r-xvector")
7542     (version "0.24.0")
7543     (source (origin
7544               (method url-fetch)
7545               (uri (bioconductor-uri "XVector" version))
7546               (sha256
7547                (base32
7548                 "12y09pwy86h1za6cmaxs960r7fs0vjzhl0li8jn59vqq9liza1ap"))))
7549     (properties
7550      `((upstream-name . "XVector")))
7551     (build-system r-build-system)
7552     (arguments
7553      `(#:phases
7554        (modify-phases %standard-phases
7555          (add-after 'unpack 'use-system-zlib
7556            (lambda _
7557              (substitute* "DESCRIPTION"
7558                (("zlibbioc, ") ""))
7559              (substitute* "NAMESPACE"
7560                (("import\\(zlibbioc\\)") ""))
7561              #t)))))
7562     (inputs
7563      `(("zlib" ,zlib)))
7564     (propagated-inputs
7565      `(("r-biocgenerics" ,r-biocgenerics)
7566        ("r-iranges" ,r-iranges)
7567        ("r-s4vectors" ,r-s4vectors)))
7568     (home-page "https://bioconductor.org/packages/XVector")
7569     (synopsis "Representation and manpulation of external sequences")
7570     (description
7571      "This package provides memory efficient S4 classes for storing sequences
7572 \"externally\" (behind an R external pointer, or on disk).")
7573     (license license:artistic2.0)))
7574
7575 (define-public r-genomicranges
7576   (package
7577     (name "r-genomicranges")
7578     (version "1.36.0")
7579     (source (origin
7580               (method url-fetch)
7581               (uri (bioconductor-uri "GenomicRanges" version))
7582               (sha256
7583                (base32
7584                 "1285fr8qjd7d0ixpv7d5imi0n6wzc4k6yia1rkmig71qd2gg556k"))))
7585     (properties
7586      `((upstream-name . "GenomicRanges")))
7587     (build-system r-build-system)
7588     (propagated-inputs
7589      `(("r-biocgenerics" ,r-biocgenerics)
7590        ("r-genomeinfodb" ,r-genomeinfodb)
7591        ("r-iranges" ,r-iranges)
7592        ("r-s4vectors" ,r-s4vectors)
7593        ("r-xvector" ,r-xvector)))
7594     (home-page "https://bioconductor.org/packages/GenomicRanges")
7595     (synopsis "Representation and manipulation of genomic intervals")
7596     (description
7597      "This package provides tools to efficiently represent and manipulate
7598 genomic annotations and alignments is playing a central role when it comes to
7599 analyzing high-throughput sequencing data (a.k.a. NGS data).  The
7600 GenomicRanges package defines general purpose containers for storing and
7601 manipulating genomic intervals and variables defined along a genome.")
7602     (license license:artistic2.0)))
7603
7604 (define-public r-biobase
7605   (package
7606     (name "r-biobase")
7607     (version "2.44.0")
7608     (source (origin
7609               (method url-fetch)
7610               (uri (bioconductor-uri "Biobase" version))
7611               (sha256
7612                (base32
7613                 "15yl92niqamx3lmwd11zlk0xniibqnh1gi280iadxicmchi83npc"))))
7614     (properties
7615      `((upstream-name . "Biobase")))
7616     (build-system r-build-system)
7617     (propagated-inputs
7618      `(("r-biocgenerics" ,r-biocgenerics)))
7619     (home-page "https://bioconductor.org/packages/Biobase")
7620     (synopsis "Base functions for Bioconductor")
7621     (description
7622      "This package provides functions that are needed by many other packages
7623 on Bioconductor or which replace R functions.")
7624     (license license:artistic2.0)))
7625
7626 (define-public r-annotationdbi
7627   (package
7628     (name "r-annotationdbi")
7629     (version "1.46.0")
7630     (source (origin
7631               (method url-fetch)
7632               (uri (bioconductor-uri "AnnotationDbi" version))
7633               (sha256
7634                (base32
7635                 "0lfq5668a6sq4kqhxx78hl3jcaqdsaaliiybl9xyya2scdk8c29c"))))
7636     (properties
7637      `((upstream-name . "AnnotationDbi")))
7638     (build-system r-build-system)
7639     (propagated-inputs
7640      `(("r-biobase" ,r-biobase)
7641        ("r-biocgenerics" ,r-biocgenerics)
7642        ("r-dbi" ,r-dbi)
7643        ("r-iranges" ,r-iranges)
7644        ("r-rsqlite" ,r-rsqlite)
7645        ("r-s4vectors" ,r-s4vectors)))
7646     (home-page "https://bioconductor.org/packages/AnnotationDbi")
7647     (synopsis "Annotation database interface")
7648     (description
7649      "This package provides user interface and database connection code for
7650 annotation data packages using SQLite data storage.")
7651     (license license:artistic2.0)))
7652
7653 (define-public r-biomart
7654   (package
7655     (name "r-biomart")
7656     (version "2.40.0")
7657     (source (origin
7658               (method url-fetch)
7659               (uri (bioconductor-uri "biomaRt" version))
7660               (sha256
7661                (base32
7662                 "1i457s91bn7n60bzw3zk4h64xgmawlrr6bq4z4cb7jlm04hdq8qm"))))
7663     (properties
7664      `((upstream-name . "biomaRt")))
7665     (build-system r-build-system)
7666     (propagated-inputs
7667      `(("r-annotationdbi" ,r-annotationdbi)
7668        ("r-httr" ,r-httr)
7669        ("r-progress" ,r-progress)
7670        ("r-rcurl" ,r-rcurl)
7671        ("r-stringr" ,r-stringr)
7672        ("r-xml" ,r-xml)))
7673     (home-page "https://bioconductor.org/packages/biomaRt")
7674     (synopsis "Interface to BioMart databases")
7675     (description
7676      "biomaRt provides an interface to a growing collection of databases
7677 implementing the @url{BioMart software suite, http://www.biomart.org}.  The
7678 package enables retrieval of large amounts of data in a uniform way without
7679 the need to know the underlying database schemas or write complex SQL queries.
7680 Examples of BioMart databases are Ensembl, COSMIC, Uniprot, HGNC, Gramene,
7681 Wormbase and dbSNP mapped to Ensembl.  These major databases give biomaRt
7682 users direct access to a diverse set of data and enable a wide range of
7683 powerful online queries from gene annotation to database mining.")
7684     (license license:artistic2.0)))
7685
7686 (define-public r-biocparallel
7687   (package
7688     (name "r-biocparallel")
7689     (version "1.18.0")
7690     (source (origin
7691               (method url-fetch)
7692               (uri (bioconductor-uri "BiocParallel" version))
7693               (sha256
7694                (base32
7695                 "0v8rhf3hbgb3v32h2pmsv1y6q2x4airmpp50fk7z6ardcn4aza7x"))))
7696     (properties
7697      `((upstream-name . "BiocParallel")))
7698     (build-system r-build-system)
7699     (propagated-inputs
7700      `(("r-futile-logger" ,r-futile-logger)
7701        ("r-snow" ,r-snow)
7702        ("r-bh" ,r-bh)))
7703     (home-page "https://bioconductor.org/packages/BiocParallel")
7704     (synopsis "Bioconductor facilities for parallel evaluation")
7705     (description
7706      "This package provides modified versions and novel implementation of
7707 functions for parallel evaluation, tailored to use with Bioconductor
7708 objects.")
7709     (license (list license:gpl2+ license:gpl3+))))
7710
7711 (define-public r-biostrings
7712   (package
7713     (name "r-biostrings")
7714     (version "2.52.0")
7715     (source (origin
7716               (method url-fetch)
7717               (uri (bioconductor-uri "Biostrings" version))
7718               (sha256
7719                (base32
7720                 "0inrl97hli3qz6cfxcikc4picmbrqc8phdgqi18ynlvxy5ql64h4"))))
7721     (properties
7722      `((upstream-name . "Biostrings")))
7723     (build-system r-build-system)
7724     (propagated-inputs
7725      `(("r-biocgenerics" ,r-biocgenerics)
7726        ("r-iranges" ,r-iranges)
7727        ("r-s4vectors" ,r-s4vectors)
7728        ("r-xvector" ,r-xvector)))
7729     (home-page "https://bioconductor.org/packages/Biostrings")
7730     (synopsis "String objects and algorithms for biological sequences")
7731     (description
7732      "This package provides memory efficient string containers, string
7733 matching algorithms, and other utilities, for fast manipulation of large
7734 biological sequences or sets of sequences.")
7735     (license license:artistic2.0)))
7736
7737 (define-public r-rsamtools
7738   (package
7739     (name "r-rsamtools")
7740     (version "2.0.0")
7741     (source (origin
7742               (method url-fetch)
7743               (uri (bioconductor-uri "Rsamtools" version))
7744               (sha256
7745                (base32
7746                 "1nv5idyjk75mvl4np5sig0xa6qygm1ivj33k041ffyj19q8jf7ij"))))
7747     (properties
7748      `((upstream-name . "Rsamtools")))
7749     (build-system r-build-system)
7750     (arguments
7751      `(#:phases
7752        (modify-phases %standard-phases
7753          (add-after 'unpack 'use-system-zlib
7754            (lambda _
7755              (substitute* "DESCRIPTION"
7756                (("zlibbioc, ") ""))
7757              (substitute* "NAMESPACE"
7758                (("import\\(zlibbioc\\)") ""))
7759              #t)))))
7760     (inputs
7761      `(("zlib" ,zlib)))
7762     (propagated-inputs
7763      `(("r-biocgenerics" ,r-biocgenerics)
7764        ("r-biocparallel" ,r-biocparallel)
7765        ("r-biostrings" ,r-biostrings)
7766        ("r-bitops" ,r-bitops)
7767        ("r-genomeinfodb" ,r-genomeinfodb)
7768        ("r-genomicranges" ,r-genomicranges)
7769        ("r-iranges" ,r-iranges)
7770        ("r-rhtslib" ,r-rhtslib)
7771        ("r-s4vectors" ,r-s4vectors)
7772        ("r-xvector" ,r-xvector)))
7773     (home-page "https://bioconductor.org/packages/release/bioc/html/Rsamtools.html")
7774     (synopsis "Interface to samtools, bcftools, and tabix")
7775     (description
7776      "This package provides an interface to the @code{samtools},
7777 @code{bcftools}, and @code{tabix} utilities for manipulating SAM (Sequence
7778 Alignment / Map), FASTA, binary variant call (BCF) and compressed indexed
7779 tab-delimited (tabix) files.")
7780     (license license:expat)))
7781
7782 (define-public r-delayedarray
7783   (package
7784     (name "r-delayedarray")
7785     (version "0.10.0")
7786     (source (origin
7787               (method url-fetch)
7788               (uri (bioconductor-uri "DelayedArray" version))
7789               (sha256
7790                (base32
7791                 "0l907ggxndn3f29zvsd5pppmp4c31rb22r6zkhvgph7xdxahyy6z"))))
7792     (properties
7793      `((upstream-name . "DelayedArray")))
7794     (build-system r-build-system)
7795     (propagated-inputs
7796      `(("r-biocgenerics" ,r-biocgenerics)
7797        ("r-biocparallel" ,r-biocparallel)
7798        ("r-s4vectors" ,r-s4vectors)
7799        ("r-iranges" ,r-iranges)
7800        ("r-matrix" ,r-matrix)
7801        ("r-matrixstats" ,r-matrixstats)))
7802     (home-page "https://bioconductor.org/packages/DelayedArray")
7803     (synopsis "Delayed operations on array-like objects")
7804     (description
7805      "Wrapping an array-like object (typically an on-disk object) in a
7806 @code{DelayedArray} object allows one to perform common array operations on it
7807 without loading the object in memory.  In order to reduce memory usage and
7808 optimize performance, operations on the object are either delayed or executed
7809 using a block processing mechanism.  Note that this also works on in-memory
7810 array-like objects like @code{DataFrame} objects (typically with Rle columns),
7811 @code{Matrix} objects, and ordinary arrays and data frames.")
7812     (license license:artistic2.0)))
7813
7814 (define-public r-summarizedexperiment
7815   (package
7816     (name "r-summarizedexperiment")
7817     (version "1.14.0")
7818     (source (origin
7819               (method url-fetch)
7820               (uri (bioconductor-uri "SummarizedExperiment" version))
7821               (sha256
7822                (base32
7823                 "1ypk63pdml89y81pr41i2zq0fimsaxsa5lgpg6xs5cwikyaq0pci"))))
7824     (properties
7825      `((upstream-name . "SummarizedExperiment")))
7826     (build-system r-build-system)
7827     (propagated-inputs
7828      `(("r-biobase" ,r-biobase)
7829        ("r-biocgenerics" ,r-biocgenerics)
7830        ("r-delayedarray" ,r-delayedarray)
7831        ("r-genomeinfodb" ,r-genomeinfodb)
7832        ("r-genomicranges" ,r-genomicranges)
7833        ("r-iranges" ,r-iranges)
7834        ("r-matrix" ,r-matrix)
7835        ("r-s4vectors" ,r-s4vectors)))
7836     (home-page "https://bioconductor.org/packages/SummarizedExperiment")
7837     (synopsis "Container for representing genomic ranges by sample")
7838     (description
7839      "The SummarizedExperiment container contains one or more assays, each
7840 represented by a matrix-like object of numeric or other mode.  The rows
7841 typically represent genomic ranges of interest and the columns represent
7842 samples.")
7843     (license license:artistic2.0)))
7844
7845 (define-public r-genomicalignments
7846   (package
7847     (name "r-genomicalignments")
7848     (version "1.20.0")
7849     (source (origin
7850               (method url-fetch)
7851               (uri (bioconductor-uri "GenomicAlignments" version))
7852               (sha256
7853                (base32
7854                 "13zw7bb1adgph9bf9b9y725nr0320b80y70p2yqf3bjb2klfxf55"))))
7855     (properties
7856      `((upstream-name . "GenomicAlignments")))
7857     (build-system r-build-system)
7858     (propagated-inputs
7859      `(("r-biocgenerics" ,r-biocgenerics)
7860        ("r-biocparallel" ,r-biocparallel)
7861        ("r-biostrings" ,r-biostrings)
7862        ("r-genomeinfodb" ,r-genomeinfodb)
7863        ("r-genomicranges" ,r-genomicranges)
7864        ("r-iranges" ,r-iranges)
7865        ("r-rsamtools" ,r-rsamtools)
7866        ("r-s4vectors" ,r-s4vectors)
7867        ("r-summarizedexperiment" ,r-summarizedexperiment)))
7868     (home-page "https://bioconductor.org/packages/GenomicAlignments")
7869     (synopsis "Representation and manipulation of short genomic alignments")
7870     (description
7871      "This package provides efficient containers for storing and manipulating
7872 short genomic alignments (typically obtained by aligning short reads to a
7873 reference genome).  This includes read counting, computing the coverage,
7874 junction detection, and working with the nucleotide content of the
7875 alignments.")
7876     (license license:artistic2.0)))
7877
7878 (define-public r-rtracklayer
7879   (package
7880     (name "r-rtracklayer")
7881     (version "1.44.0")
7882     (source (origin
7883               (method url-fetch)
7884               (uri (bioconductor-uri "rtracklayer" version))
7885               (sha256
7886                (base32
7887                 "161gcks9b12993g9k27gf7wfh8lgd8m8rr7x2slgfqqssk0yrmpd"))))
7888     (build-system r-build-system)
7889     (arguments
7890      `(#:phases
7891        (modify-phases %standard-phases
7892          (add-after 'unpack 'use-system-zlib
7893            (lambda _
7894              (substitute* "DESCRIPTION"
7895                ((" zlibbioc,") ""))
7896              (substitute* "NAMESPACE"
7897                (("import\\(zlibbioc\\)") ""))
7898              #t)))))
7899     (native-inputs
7900      `(("pkg-config" ,pkg-config)))
7901     (inputs
7902      `(("zlib" ,zlib)))
7903     (propagated-inputs
7904      `(("r-biocgenerics" ,r-biocgenerics)
7905        ("r-biostrings" ,r-biostrings)
7906        ("r-genomeinfodb" ,r-genomeinfodb)
7907        ("r-genomicalignments" ,r-genomicalignments)
7908        ("r-genomicranges" ,r-genomicranges)
7909        ("r-iranges" ,r-iranges)
7910        ("r-rcurl" ,r-rcurl)
7911        ("r-rsamtools" ,r-rsamtools)
7912        ("r-s4vectors" ,r-s4vectors)
7913        ("r-xml" ,r-xml)
7914        ("r-xvector" ,r-xvector)))
7915     (home-page "https://bioconductor.org/packages/rtracklayer")
7916     (synopsis "R interface to genome browsers and their annotation tracks")
7917     (description
7918      "rtracklayer is an extensible framework for interacting with multiple
7919 genome browsers (currently UCSC built-in) and manipulating annotation tracks
7920 in various formats (currently GFF, BED, bedGraph, BED15, WIG, BigWig and 2bit
7921 built-in).  The user may export/import tracks to/from the supported browsers,
7922 as well as query and modify the browser state, such as the current viewport.")
7923     (license license:artistic2.0)))
7924
7925 (define-public r-genomicfeatures
7926   (package
7927     (name "r-genomicfeatures")
7928     (version "1.36.1")
7929     (source (origin
7930               (method url-fetch)
7931               (uri (bioconductor-uri "GenomicFeatures" version))
7932               (sha256
7933                (base32
7934                 "02psq3jfgghdydwbydb1j792lvfg44l5npb44mx8d54ckr8658dd"))))
7935     (properties
7936      `((upstream-name . "GenomicFeatures")))
7937     (build-system r-build-system)
7938     (propagated-inputs
7939      `(("r-annotationdbi" ,r-annotationdbi)
7940        ("r-biobase" ,r-biobase)
7941        ("r-biocgenerics" ,r-biocgenerics)
7942        ("r-biomart" ,r-biomart)
7943        ("r-biostrings" ,r-biostrings)
7944        ("r-dbi" ,r-dbi)
7945        ("r-genomeinfodb" ,r-genomeinfodb)
7946        ("r-genomicranges" ,r-genomicranges)
7947        ("r-iranges" ,r-iranges)
7948        ("r-rcurl" ,r-rcurl)
7949        ("r-rsqlite" ,r-rsqlite)
7950        ("r-rtracklayer" ,r-rtracklayer)
7951        ("r-s4vectors" ,r-s4vectors)
7952        ("r-xvector" ,r-xvector)))
7953     (home-page "https://bioconductor.org/packages/GenomicFeatures")
7954     (synopsis "Tools for working with transcript centric annotations")
7955     (description
7956      "This package provides a set of tools and methods for making and
7957 manipulating transcript centric annotations.  With these tools the user can
7958 easily download the genomic locations of the transcripts, exons and cds of a
7959 given organism, from either the UCSC Genome Browser or a BioMart
7960 database (more sources will be supported in the future).  This information is
7961 then stored in a local database that keeps track of the relationship between
7962 transcripts, exons, cds and genes.  Flexible methods are provided for
7963 extracting the desired features in a convenient format.")
7964     (license license:artistic2.0)))
7965
7966 (define-public r-go-db
7967   (package
7968     (name "r-go-db")
7969     (version "3.7.0")
7970     (source (origin
7971               (method url-fetch)
7972               (uri (string-append "https://www.bioconductor.org/packages/"
7973                                   "release/data/annotation/src/contrib/GO.db_"
7974                                   version ".tar.gz"))
7975               (sha256
7976                (base32
7977                 "0i3wcf5h3n0dawzc1hy0kv74f06j80c47n4p3g3fmrcxlhi3jpa5"))))
7978     (properties
7979      `((upstream-name . "GO.db")))
7980     (build-system r-build-system)
7981     (propagated-inputs
7982      `(("r-annotationdbi" ,r-annotationdbi)))
7983     (home-page "https://bioconductor.org/packages/GO.db")
7984     (synopsis "Annotation maps describing the entire Gene Ontology")
7985     (description
7986      "The purpose of this GO.db annotation package is to provide detailed
7987 information about the latest version of the Gene Ontologies.")
7988     (license license:artistic2.0)))
7989
7990 (define-public r-topgo
7991   (package
7992     (name "r-topgo")
7993     (version "2.36.0")
7994     (source (origin
7995               (method url-fetch)
7996               (uri (bioconductor-uri "topGO" version))
7997               (sha256
7998                (base32
7999                 "09z42jwz5vh289ijz3x68zv5vmgkgcbhlp73vvmna1gld5lh5kz1"))))
8000     (properties
8001      `((upstream-name . "topGO")))
8002     (build-system r-build-system)
8003     (propagated-inputs
8004      `(("r-annotationdbi" ,r-annotationdbi)
8005        ("r-dbi" ,r-dbi)
8006        ("r-biobase" ,r-biobase)
8007        ("r-biocgenerics" ,r-biocgenerics)
8008        ("r-go-db" ,r-go-db)
8009        ("r-graph" ,r-graph)
8010        ("r-lattice" ,r-lattice)
8011        ("r-matrixstats" ,r-matrixstats)
8012        ("r-sparsem" ,r-sparsem)))
8013     (home-page "https://bioconductor.org/packages/topGO")
8014     (synopsis "Enrichment analysis for gene ontology")
8015     (description
8016      "The topGO package provides tools for testing @dfn{gene ontology} (GO)
8017 terms while accounting for the topology of the GO graph.  Different test
8018 statistics and different methods for eliminating local similarities and
8019 dependencies between GO terms can be implemented and applied.")
8020     ;; Any version of the LGPL applies.
8021     (license license:lgpl2.1+)))
8022
8023 (define-public r-bsgenome
8024   (package
8025     (name "r-bsgenome")
8026     (version "1.52.0")
8027     (source (origin
8028               (method url-fetch)
8029               (uri (bioconductor-uri "BSgenome" version))
8030               (sha256
8031                (base32
8032                 "0zwx42s73hc1vhn0v82i67mcixdwwc6n6q5h5vpnhpxlm4qwgqzp"))))
8033     (properties
8034      `((upstream-name . "BSgenome")))
8035     (build-system r-build-system)
8036     (propagated-inputs
8037      `(("r-biocgenerics" ,r-biocgenerics)
8038        ("r-biostrings" ,r-biostrings)
8039        ("r-genomeinfodb" ,r-genomeinfodb)
8040        ("r-genomicranges" ,r-genomicranges)
8041        ("r-iranges" ,r-iranges)
8042        ("r-rsamtools" ,r-rsamtools)
8043        ("r-rtracklayer" ,r-rtracklayer)
8044        ("r-s4vectors" ,r-s4vectors)
8045        ("r-xvector" ,r-xvector)))
8046     (home-page "https://bioconductor.org/packages/BSgenome")
8047     (synopsis "Infrastructure for Biostrings-based genome data packages")
8048     (description
8049      "This package provides infrastructure shared by all Biostrings-based
8050 genome data packages and support for efficient SNP representation.")
8051     (license license:artistic2.0)))
8052
8053 (define-public r-impute
8054   (package
8055     (name "r-impute")
8056     (version "1.58.0")
8057     (source (origin
8058               (method url-fetch)
8059               (uri (bioconductor-uri "impute" version))
8060               (sha256
8061                (base32
8062                 "144jb889979cv3il2zxqk724v3sj1wnzjm3lkspxcvk29dbb9q8j"))))
8063     (native-inputs
8064      `(("gfortran" ,gfortran)))
8065     (build-system r-build-system)
8066     (home-page "https://bioconductor.org/packages/impute")
8067     (synopsis "Imputation for microarray data")
8068     (description
8069      "This package provides a function to impute missing gene expression
8070 microarray data, using nearest neighbor averaging.")
8071     (license license:gpl2+)))
8072
8073 (define-public r-seqpattern
8074   (package
8075     (name "r-seqpattern")
8076     (version "1.16.0")
8077     (source (origin
8078               (method url-fetch)
8079               (uri (bioconductor-uri "seqPattern" version))
8080               (sha256
8081                (base32
8082                 "1ljqscbmrmi5d4lzzvg2d86sqzch26yxw57d33qyid300wm60db2"))))
8083     (properties
8084      `((upstream-name . "seqPattern")))
8085     (build-system r-build-system)
8086     (propagated-inputs
8087      `(("r-biostrings" ,r-biostrings)
8088        ("r-genomicranges" ,r-genomicranges)
8089        ("r-iranges" ,r-iranges)
8090        ("r-kernsmooth" ,r-kernsmooth)
8091        ("r-plotrix" ,r-plotrix)))
8092     (home-page "https://bioconductor.org/packages/seqPattern")
8093     (synopsis "Visualising oligonucleotide patterns and motif occurrences")
8094     (description
8095      "This package provides tools to visualize oligonucleotide patterns and
8096 sequence motif occurrences across a large set of sequences centred at a common
8097 reference point and sorted by a user defined feature.")
8098     (license license:gpl3+)))
8099
8100 (define-public r-genomation
8101   (package
8102     (name "r-genomation")
8103     (version "1.16.0")
8104     (source (origin
8105               (method url-fetch)
8106               (uri (bioconductor-uri "genomation" version))
8107               (sha256
8108                (base32
8109                 "06i711pwq9znd7plh0p25skxnnh5dyl61c33k9gma243wvlzmlkj"))))
8110     (build-system r-build-system)
8111     (propagated-inputs
8112      `(("r-biostrings" ,r-biostrings)
8113        ("r-bsgenome" ,r-bsgenome)
8114        ("r-data-table" ,r-data-table)
8115        ("r-genomeinfodb" ,r-genomeinfodb)
8116        ("r-genomicalignments" ,r-genomicalignments)
8117        ("r-genomicranges" ,r-genomicranges)
8118        ("r-ggplot2" ,r-ggplot2)
8119        ("r-gridbase" ,r-gridbase)
8120        ("r-impute" ,r-impute)
8121        ("r-iranges" ,r-iranges)
8122        ("r-matrixstats" ,r-matrixstats)
8123        ("r-plotrix" ,r-plotrix)
8124        ("r-plyr" ,r-plyr)
8125        ("r-rcpp" ,r-rcpp)
8126        ("r-readr" ,r-readr)
8127        ("r-reshape2" ,r-reshape2)
8128        ("r-rsamtools" ,r-rsamtools)
8129        ("r-rtracklayer" ,r-rtracklayer)
8130        ("r-runit" ,r-runit)
8131        ("r-s4vectors" ,r-s4vectors)
8132        ("r-seqpattern" ,r-seqpattern)))
8133     (home-page "http://bioinformatics.mdc-berlin.de/genomation/")
8134     (synopsis "Summary, annotation and visualization of genomic data")
8135     (description
8136      "This package provides a package for summary and annotation of genomic
8137 intervals.  Users can visualize and quantify genomic intervals over
8138 pre-defined functional regions, such as promoters, exons, introns, etc.  The
8139 genomic intervals represent regions with a defined chromosome position, which
8140 may be associated with a score, such as aligned reads from HT-seq experiments,
8141 TF binding sites, methylation scores, etc.  The package can use any tabular
8142 genomic feature data as long as it has minimal information on the locations of
8143 genomic intervals.  In addition, it can use BAM or BigWig files as input.")
8144     (license license:artistic2.0)))
8145
8146 (define-public r-genomationdata
8147   (package
8148     (name "r-genomationdata")
8149     (version "1.14.0")
8150     (source (origin
8151               (method url-fetch)
8152               ;; We cannot use bioconductor-uri here because this tarball is
8153               ;; located under "data/annotation/" instead of "bioc/".
8154               (uri (string-append "https://bioconductor.org/packages/"
8155                                   "release/data/experiment/src/contrib/"
8156                                   "genomationData_" version ".tar.gz"))
8157               (sha256
8158                (base32
8159                 "10xyb8akjrhmak2i0mnv1agny2ipy364q9nlibyplpzc7vdb6bw7"))))
8160     (build-system r-build-system)
8161     ;; As this package provides little more than large data files, it doesn't
8162     ;; make sense to build substitutes.
8163     (arguments `(#:substitutable? #f))
8164     (native-inputs
8165      `(("r-knitr" ,r-knitr)))
8166     (home-page "http://bioinformatics.mdc-berlin.de/genomation/")
8167     (synopsis "Experimental data for use with the genomation package")
8168     (description
8169      "This package contains experimental genetic data for use with the
8170 genomation package.  Included are Chip Seq, Methylation and Cage data,
8171 downloaded from Encode.")
8172     (license license:gpl3+)))
8173
8174 (define-public r-seqlogo
8175   (package
8176     (name "r-seqlogo")
8177     (version "1.50.0")
8178     (source
8179      (origin
8180        (method url-fetch)
8181        (uri (bioconductor-uri "seqLogo" version))
8182        (sha256
8183         (base32
8184          "1z63imr1a24nqijpvxaxlakykcsadfqyxl2b3vlllncxnjjvb52b"))))
8185     (properties `((upstream-name . "seqLogo")))
8186     (build-system r-build-system)
8187     (home-page "https://bioconductor.org/packages/seqLogo")
8188     (synopsis "Sequence logos for DNA sequence alignments")
8189     (description
8190      "seqLogo takes the position weight matrix of a DNA sequence motif and
8191 plots the corresponding sequence logo as introduced by Schneider and
8192 Stephens (1990).")
8193     (license license:lgpl2.0+)))
8194
8195 (define-public r-motifrg
8196   (package
8197     (name "r-motifrg")
8198     (version "1.28.0")
8199     (source
8200      (origin
8201        (method url-fetch)
8202        (uri (bioconductor-uri "motifRG" version))
8203        (sha256
8204         (base32
8205          "02c7fbjwdq7pk96bd2rn07l9r2hqy00s3hfpli5ybmwgvc9h9z4z"))))
8206     (properties `((upstream-name . "motifRG")))
8207     (build-system r-build-system)
8208     (propagated-inputs
8209      `(("r-biostrings" ,r-biostrings)
8210        ("r-bsgenome" ,r-bsgenome)
8211        ("r-bsgenome-hsapiens-ucsc-hg19" ,r-bsgenome-hsapiens-ucsc-hg19)
8212        ("r-iranges" ,r-iranges)
8213        ("r-seqlogo" ,r-seqlogo)
8214        ("r-xvector" ,r-xvector)))
8215     (home-page "https://bioconductor.org/packages/motifRG")
8216     (synopsis "Discover motifs in high throughput sequencing data")
8217     (description
8218      "This package provides tools for discriminative motif discovery in high
8219 throughput genetic sequencing data sets using regression methods.")
8220     (license license:artistic2.0)))
8221
8222 (define-public r-qtl
8223  (package
8224   (name "r-qtl")
8225   (version "1.44-9")
8226   (source
8227    (origin
8228     (method url-fetch)
8229     (uri (string-append "mirror://cran/src/contrib/qtl_"
8230                         version ".tar.gz"))
8231     (sha256
8232      (base32
8233       "03lmvydln8b7666b6w46qbryhf83vsd11d4y2v95rfgvqgq66l1i"))))
8234   (build-system r-build-system)
8235   (home-page "http://rqtl.org/")
8236   (synopsis "R package for analyzing QTL experiments in genetics")
8237   (description "R/qtl is an extension library for the R statistics
8238 system.  It is used to analyze experimental crosses for identifying
8239 genes contributing to variation in quantitative traits (so-called
8240 quantitative trait loci, QTLs).
8241
8242 Using a hidden Markov model, R/qtl allows to estimate genetic maps, to
8243 identify genotyping errors, and to perform single-QTL and two-QTL,
8244 two-dimensional genome scans.")
8245   (license license:gpl3)))
8246
8247 (define-public r-zlibbioc
8248   (package
8249     (name "r-zlibbioc")
8250     (version "1.30.0")
8251     (source (origin
8252               (method url-fetch)
8253               (uri (bioconductor-uri "zlibbioc" version))
8254               (sha256
8255                (base32
8256                 "1h0a2ps2rfk9azzps7p23sxj5z1giv8gcx0ypzgyz7fkr4xi9z7k"))))
8257     (properties
8258      `((upstream-name . "zlibbioc")))
8259     (build-system r-build-system)
8260     (home-page "https://bioconductor.org/packages/zlibbioc")
8261     (synopsis "Provider for zlib-1.2.5 to R packages")
8262     (description "This package uses the source code of zlib-1.2.5 to create
8263 libraries for systems that do not have these available via other means.")
8264     (license license:artistic2.0)))
8265
8266 (define-public r-r4rna
8267   (package
8268     (name "r-r4rna")
8269     (version "0.1.4")
8270     (source
8271      (origin
8272        (method url-fetch)
8273        (uri (string-append "http://www.e-rna.org/r-chie/files/R4RNA_"
8274                            version ".tar.gz"))
8275        (sha256
8276         (base32
8277          "1p0i78wh76jfgmn9jphbwwaz6yy6pipzfg08xs54cxavxg2j81p5"))))
8278     (build-system r-build-system)
8279     (propagated-inputs
8280      `(("r-optparse" ,r-optparse)
8281        ("r-rcolorbrewer" ,r-rcolorbrewer)))
8282     (home-page "http://www.e-rna.org/r-chie/index.cgi")
8283     (synopsis "Analysis framework for RNA secondary structure")
8284     (description
8285      "The R4RNA package aims to be a general framework for the analysis of RNA
8286 secondary structure and comparative analysis in R.")
8287     (license license:gpl3+)))
8288
8289 (define-public r-rhtslib
8290   (package
8291     (name "r-rhtslib")
8292     (version "1.16.1")
8293     (source
8294      (origin
8295        (method url-fetch)
8296        (uri (bioconductor-uri "Rhtslib" version))
8297        (sha256
8298         (base32
8299          "178zbrm221rwhbjk7j2v9g5ra44k0xg7c5abhd810m3g7snma8k8"))))
8300     (properties `((upstream-name . "Rhtslib")))
8301     (build-system r-build-system)
8302     ;; Without this a temporary directory ends up in the Rhtslib.so binary,
8303     ;; which makes R abort the build.
8304     (arguments '(#:configure-flags '("--no-staged-install")))
8305     (propagated-inputs
8306      `(("r-zlibbioc" ,r-zlibbioc)))
8307     (inputs
8308      `(("zlib" ,zlib)))
8309     (native-inputs
8310      `(("pkg-config" ,pkg-config)))
8311     (home-page "https://github.com/nhayden/Rhtslib")
8312     (synopsis "High-throughput sequencing library as an R package")
8313     (description
8314      "This package provides the HTSlib C library for high-throughput
8315 nucleotide sequence analysis.  The package is primarily useful to developers
8316 of other R packages who wish to make use of HTSlib.")
8317     (license license:lgpl2.0+)))
8318
8319 (define-public r-bamsignals
8320   (package
8321     (name "r-bamsignals")
8322     (version "1.16.0")
8323     (source
8324      (origin
8325        (method url-fetch)
8326        (uri (bioconductor-uri "bamsignals" version))
8327        (sha256
8328         (base32
8329          "15q1q51dwl9qxfkf10yppw4m194ba03nq9plsrbj8fqj00v4729i"))))
8330     (build-system r-build-system)
8331     (propagated-inputs
8332      `(("r-biocgenerics" ,r-biocgenerics)
8333        ("r-genomicranges" ,r-genomicranges)
8334        ("r-iranges" ,r-iranges)
8335        ("r-rcpp" ,r-rcpp)
8336        ("r-rhtslib" ,r-rhtslib)
8337        ("r-zlibbioc" ,r-zlibbioc)))
8338     (inputs
8339      `(("zlib" ,zlib)))
8340     (home-page "https://bioconductor.org/packages/bamsignals")
8341     (synopsis "Extract read count signals from bam files")
8342     (description
8343      "This package allows to efficiently obtain count vectors from indexed bam
8344 files.  It counts the number of nucleotide sequence reads in given genomic
8345 ranges and it computes reads profiles and coverage profiles.  It also handles
8346 paired-end data.")
8347     (license license:gpl2+)))
8348
8349 (define-public r-rcas
8350   (package
8351     (name "r-rcas")
8352     (version "1.10.0")
8353     (source (origin
8354               (method url-fetch)
8355               (uri (bioconductor-uri "RCAS" version))
8356               (sha256
8357                (base32
8358                 "1h4vf5gzilqbdrd8m9l3zc2m4sca8cir8366a7njgd558k7ld5kl"))))
8359     (properties `((upstream-name . "RCAS")))
8360     (build-system r-build-system)
8361     (propagated-inputs
8362      `(("r-annotationdbi" ,r-annotationdbi)
8363        ("r-biocgenerics" ,r-biocgenerics)
8364        ("r-biomart" ,r-biomart)
8365        ("r-biostrings" ,r-biostrings)
8366        ("r-bsgenome-hsapiens-ucsc-hg19" ,r-bsgenome-hsapiens-ucsc-hg19)
8367        ("r-cowplot" ,r-cowplot)
8368        ("r-data-table" ,r-data-table)
8369        ("r-dbi" ,r-dbi)
8370        ("r-dt" ,r-dt)
8371        ("r-genomation" ,r-genomation)
8372        ("r-genomeinfodb" ,r-genomeinfodb)
8373        ("r-genomicfeatures" ,r-genomicfeatures)
8374        ("r-genomicranges" ,r-genomicranges)
8375        ("r-ggplot2" ,r-ggplot2)
8376        ("r-ggseqlogo" ,r-ggseqlogo)
8377        ("r-knitr" ,r-knitr)
8378        ("r-motifrg" ,r-motifrg)
8379        ("r-org-hs-eg-db" ,r-org-hs-eg-db)
8380        ("r-pbapply" ,r-pbapply)
8381        ("r-pheatmap" ,r-pheatmap)
8382        ("r-plotly" ,r-plotly)
8383        ("r-plotrix" ,r-plotrix)
8384        ("r-proxy" ,r-proxy)
8385        ("r-rsqlite" ,r-rsqlite)
8386        ("r-rtracklayer" ,r-rtracklayer)
8387        ("r-rmarkdown" ,r-rmarkdown)
8388        ("r-s4vectors" ,r-s4vectors)
8389        ("r-topgo" ,r-topgo)
8390        ("pandoc" ,ghc-pandoc)))
8391     (synopsis "RNA-centric annotation system")
8392     (description
8393      "RCAS aims to be a standalone RNA-centric annotation system that provides
8394 intuitive reports and publication-ready graphics.  This package provides the R
8395 library implementing most of the pipeline's features.")
8396     (home-page "https://github.com/BIMSBbioinfo/RCAS")
8397     (license license:artistic2.0)))
8398
8399 (define-public rcas-web
8400   (package
8401     (name "rcas-web")
8402     (version "0.1.0")
8403     (source
8404      (origin
8405        (method url-fetch)
8406        (uri (string-append "https://github.com/BIMSBbioinfo/rcas-web/"
8407                            "releases/download/v" version
8408                            "/rcas-web-" version ".tar.gz"))
8409        (sha256
8410         (base32
8411          "0wq951aj45gqki1bickg876i993lmawkp8x24agg264br5x716db"))))
8412     (build-system gnu-build-system)
8413     (arguments
8414      `(#:phases
8415        (modify-phases %standard-phases
8416          (add-after 'install 'wrap-executable
8417            (lambda* (#:key inputs outputs #:allow-other-keys)
8418              (let* ((out (assoc-ref outputs "out"))
8419                     (json   (assoc-ref inputs "guile-json"))
8420                     (redis  (assoc-ref inputs "guile-redis"))
8421                     (path   (string-append
8422                              json  "/share/guile/site/2.2:"
8423                              redis "/share/guile/site/2.2")))
8424                (wrap-program (string-append out "/bin/rcas-web")
8425                  `("GUILE_LOAD_PATH" ":" = (,path))
8426                  `("GUILE_LOAD_COMPILED_PATH" ":" = (,path))
8427                  `("R_LIBS_SITE" ":" = (,(getenv "R_LIBS_SITE")))))
8428              #t)))))
8429     (inputs
8430      `(("r-minimal" ,r-minimal)
8431        ("r-rcas" ,r-rcas)
8432        ("guile-next" ,guile-2.2)
8433        ("guile-json" ,guile-json)
8434        ("guile-redis" ,guile-redis)))
8435     (native-inputs
8436      `(("pkg-config" ,pkg-config)))
8437     (home-page "https://github.com/BIMSBbioinfo/rcas-web")
8438     (synopsis "Web interface for RNA-centric annotation system (RCAS)")
8439     (description "This package provides a simple web interface for the
8440 @dfn{RNA-centric annotation system} (RCAS).")
8441     (license license:agpl3+)))
8442
8443 (define-public r-mutationalpatterns
8444   (package
8445     (name "r-mutationalpatterns")
8446     (version "1.10.0")
8447     (source
8448      (origin
8449        (method url-fetch)
8450        (uri (bioconductor-uri "MutationalPatterns" version))
8451        (sha256
8452         (base32
8453          "1k3r06xj1nim1s8as1i7fykfa6fbb4x456kslbzdvbf83ppx34z3"))))
8454     (build-system r-build-system)
8455     (propagated-inputs
8456      `(("r-biocgenerics" ,r-biocgenerics)
8457        ("r-biostrings" ,r-biostrings)
8458        ;; These two packages are suggested packages
8459        ("r-bsgenome-hsapiens-1000g" ,r-bsgenome-hsapiens-1000genomes-hs37d5)
8460        ("r-bsgenome-hsapiens-ucsc-hg19" ,r-bsgenome-hsapiens-ucsc-hg19)
8461        ("r-genomicranges" ,r-genomicranges)
8462        ("r-genomeinfodb" ,r-genomeinfodb)
8463        ("r-ggplot2" ,r-ggplot2)
8464        ("r-iranges" ,r-iranges)
8465        ("r-nmf" ,r-nmf)
8466        ("r-plyr" ,r-plyr)
8467        ("r-pracma" ,r-pracma)
8468        ("r-reshape2" ,r-reshape2)
8469        ("r-cowplot" ,r-cowplot)
8470        ("r-ggdendro" ,r-ggdendro)
8471        ("r-s4vectors" ,r-s4vectors)
8472        ("r-summarizedexperiment" ,r-summarizedexperiment)
8473        ("r-variantannotation" ,r-variantannotation)))
8474     (home-page "https://bioconductor.org/packages/MutationalPatterns/")
8475     (synopsis "Extract and visualize mutational patterns in genomic data")
8476     (description "This package provides an extensive toolset for the
8477 characterization and visualization of a wide range of mutational patterns
8478 in SNV base substitution data.")
8479     (license license:expat)))
8480
8481 (define-public r-chipkernels
8482   (let ((commit "c9cfcacb626b1221094fb3490ea7bac0fd625372")
8483         (revision "1"))
8484     (package
8485       (name "r-chipkernels")
8486       (version (string-append "1.1-" revision "." (string-take commit 9)))
8487       (source
8488        (origin
8489          (method git-fetch)
8490          (uri (git-reference
8491                (url "https://github.com/ManuSetty/ChIPKernels.git")
8492                (commit commit)))
8493          (file-name (string-append name "-" version))
8494          (sha256
8495           (base32
8496            "14bj5qhjm1hsm9ay561nfbqi9wxsa7y487df2idsaaf6z10nw4v0"))))
8497       (build-system r-build-system)
8498       (propagated-inputs
8499        `(("r-iranges" ,r-iranges)
8500          ("r-xvector" ,r-xvector)
8501          ("r-biostrings" ,r-biostrings)
8502          ("r-bsgenome" ,r-bsgenome)
8503          ("r-gtools" ,r-gtools)
8504          ("r-genomicranges" ,r-genomicranges)
8505          ("r-sfsmisc" ,r-sfsmisc)
8506          ("r-kernlab" ,r-kernlab)
8507          ("r-s4vectors" ,r-s4vectors)
8508          ("r-biocgenerics" ,r-biocgenerics)))
8509       (home-page "https://github.com/ManuSetty/ChIPKernels")
8510       (synopsis "Build string kernels for DNA Sequence analysis")
8511       (description "ChIPKernels is an R package for building different string
8512 kernels used for DNA Sequence analysis.  A dictionary of the desired kernel
8513 must be built and this dictionary can be used for determining kernels for DNA
8514 Sequences.")
8515       (license license:gpl2+))))
8516
8517 (define-public r-seqgl
8518   (package
8519     (name "r-seqgl")
8520     (version "1.1.4")
8521     (source
8522      (origin
8523        (method git-fetch)
8524        (uri (git-reference
8525              (url "https://github.com/ManuSetty/SeqGL.git")
8526              (commit version)))
8527        (file-name (git-file-name name version))
8528        (sha256
8529         (base32
8530          "1r6ywvhxl3ffv48lgj7sbd582mcc6dha3ksgc2qjlvjrnkbj3799"))))
8531     (build-system r-build-system)
8532     (propagated-inputs
8533      `(("r-biostrings" ,r-biostrings)
8534        ("r-chipkernels" ,r-chipkernels)
8535        ("r-genomicranges" ,r-genomicranges)
8536        ("r-spams" ,r-spams)
8537        ("r-wgcna" ,r-wgcna)
8538        ("r-fastcluster" ,r-fastcluster)))
8539     (home-page "https://github.com/ManuSetty/SeqGL")
8540     (synopsis "Group lasso for Dnase/ChIP-seq data")
8541     (description "SeqGL is a group lasso based algorithm to extract
8542 transcription factor sequence signals from ChIP, DNase and ATAC-seq profiles.
8543 This package presents a method which uses group lasso to discriminate between
8544 bound and non bound genomic regions to accurately identify transcription
8545 factors bound at the specific regions.")
8546     (license license:gpl2+)))
8547
8548 (define-public r-tximport
8549   (package
8550     (name "r-tximport")
8551     (version "1.12.0")
8552     (source (origin
8553               (method url-fetch)
8554               (uri (bioconductor-uri "tximport" version))
8555               (sha256
8556                (base32
8557                 "0nl4imr5klwcd0xnp5y0g61d6mcgd50q60zkl86ymfmc0id368jr"))))
8558     (build-system r-build-system)
8559     (home-page "https://bioconductor.org/packages/tximport")
8560     (synopsis "Import and summarize transcript-level estimates for gene-level analysis")
8561     (description
8562      "This package provides tools to import transcript-level abundance,
8563 estimated counts and transcript lengths, and to summarize them into matrices
8564 for use with downstream gene-level analysis packages.  Average transcript
8565 length, weighted by sample-specific transcript abundance estimates, is
8566 provided as a matrix which can be used as an offset for different expression
8567 of gene-level counts.")
8568     (license license:gpl2+)))
8569
8570 (define-public r-rhdf5
8571   (package
8572     (name "r-rhdf5")
8573     (version "2.28.0")
8574     (source (origin
8575               (method url-fetch)
8576               (uri (bioconductor-uri "rhdf5" version))
8577               (sha256
8578                (base32
8579                 "0y1w3cs7wg2b3jlkd6wyyz6626xg011nrg36si8gg371iqck9a1i"))))
8580     (build-system r-build-system)
8581     (propagated-inputs
8582      `(("r-rhdf5lib" ,r-rhdf5lib)))
8583     (inputs
8584      `(("zlib" ,zlib)))
8585     (home-page "https://bioconductor.org/packages/rhdf5")
8586     (synopsis "HDF5 interface to R")
8587     (description
8588      "This R/Bioconductor package provides an interface between HDF5 and R.
8589 HDF5's main features are the ability to store and access very large and/or
8590 complex datasets and a wide variety of metadata on mass storage (disk) through
8591 a completely portable file format.  The rhdf5 package is thus suited for the
8592 exchange of large and/or complex datasets between R and other software
8593 package, and for letting R applications work on datasets that are larger than
8594 the available RAM.")
8595     (license license:artistic2.0)))
8596
8597 (define-public r-annotationfilter
8598   (package
8599     (name "r-annotationfilter")
8600     (version "1.8.0")
8601     (source (origin
8602               (method url-fetch)
8603               (uri (bioconductor-uri "AnnotationFilter" version))
8604               (sha256
8605                (base32
8606                 "15qh4jwxxqsnb308nxzj99gckfk18rhp8g26q1xwgkr57zc5kcrx"))))
8607     (properties
8608      `((upstream-name . "AnnotationFilter")))
8609     (build-system r-build-system)
8610     (propagated-inputs
8611      `(("r-genomicranges" ,r-genomicranges)
8612        ("r-lazyeval" ,r-lazyeval)))
8613     (home-page "https://github.com/Bioconductor/AnnotationFilter")
8614     (synopsis "Facilities for filtering Bioconductor annotation resources")
8615     (description
8616      "This package provides classes and other infrastructure to implement
8617 filters for manipulating Bioconductor annotation resources.  The filters are
8618 used by @code{ensembldb}, @code{Organism.dplyr}, and other packages.")
8619     (license license:artistic2.0)))
8620
8621 (define-public emboss
8622   (package
8623     (name "emboss")
8624     (version "6.5.7")
8625     (source (origin
8626               (method url-fetch)
8627               (uri (string-append "ftp://emboss.open-bio.org/pub/EMBOSS/old/"
8628                                   (version-major+minor version) ".0/"
8629                                   "EMBOSS-" version ".tar.gz"))
8630               (sha256
8631                (base32
8632                 "0vsmz96gc411yj2iyzdrsmg4l2n1nhgmp7vrgzlxx3xixv9xbf0q"))))
8633     (build-system gnu-build-system)
8634     (arguments
8635      `(#:configure-flags
8636        (list (string-append "--with-hpdf="
8637                             (assoc-ref %build-inputs "libharu")))
8638        #:phases
8639        (modify-phases %standard-phases
8640          (add-after 'unpack 'fix-checks
8641            (lambda _
8642              ;; The PNGDRIVER tests check for the presence of libgd, libpng
8643              ;; and zlib, but assume that they are all found at the same
8644              ;; prefix.
8645              (substitute* "configure.in"
8646                (("CHECK_PNGDRIVER")
8647                 "LIBS=\"$LIBS -lgd -lpng -lz -lm\"
8648 AC_DEFINE([PLD_png], [1], [Define to 1 if PNG support is available])
8649 AM_CONDITIONAL(AMPNG, true)"))
8650              #t))
8651          (add-after 'fix-checks 'disable-update-check
8652            (lambda _
8653              ;; At build time there is no connection to the Internet, so
8654              ;; looking for updates will not work.
8655              (substitute* "Makefile.am"
8656                (("\\$\\(bindir\\)/embossupdate") ""))
8657              #t))
8658          (add-after 'disable-update-check 'autogen
8659            (lambda _ (invoke "autoreconf" "-vif") #t)))))
8660     (inputs
8661      `(("perl" ,perl)
8662        ("libpng" ,libpng)
8663        ("gd" ,gd)
8664        ("libx11" ,libx11)
8665        ("libharu" ,libharu)
8666        ("zlib" ,zlib)))
8667     (native-inputs
8668      `(("autoconf" ,autoconf)
8669        ("automake" ,automake)
8670        ("libtool" ,libtool)
8671        ("pkg-config" ,pkg-config)))
8672     (home-page "http://emboss.sourceforge.net")
8673     (synopsis "Molecular biology analysis suite")
8674     (description "EMBOSS is the \"European Molecular Biology Open Software
8675 Suite\".  EMBOSS is an analysis package specially developed for the needs of
8676 the molecular biology (e.g. EMBnet) user community.  The software
8677 automatically copes with data in a variety of formats and even allows
8678 transparent retrieval of sequence data from the web.  It also provides a
8679 number of libraries for the development of software in the field of molecular
8680 biology.  EMBOSS also integrates a range of currently available packages and
8681 tools for sequence analysis into a seamless whole.")
8682     (license license:gpl2+)))
8683
8684 (define-public bits
8685   (let ((revision "1")
8686         (commit "3cc4567896d9d6442923da944beb704750a08d2d"))
8687     (package
8688       (name "bits")
8689       ;; The version is 2.13.0 even though no release archives have been
8690       ;; published as yet.
8691       (version (string-append "2.13.0-" revision "." (string-take commit 9)))
8692       (source (origin
8693                 (method git-fetch)
8694                 (uri (git-reference
8695                       (url "https://github.com/arq5x/bits.git")
8696                       (commit commit)))
8697                 (file-name (string-append name "-" version "-checkout"))
8698                 (sha256
8699                  (base32
8700                   "17n2kffk4kmhivd8c98g2vr6y1s23vbg4sxlxs689wni66797hbs"))))
8701       (build-system gnu-build-system)
8702       (arguments
8703        `(#:tests? #f ;no tests included
8704          #:phases
8705          (modify-phases %standard-phases
8706            (delete 'configure)
8707            (add-after 'unpack 'remove-cuda
8708              (lambda _
8709                (substitute* "Makefile"
8710                  ((".*_cuda") "")
8711                  (("(bits_test_intersections) \\\\" _ match) match))
8712                #t))
8713            (replace 'install
8714              (lambda* (#:key outputs #:allow-other-keys)
8715                (copy-recursively
8716                 "bin" (string-append (assoc-ref outputs "out") "/bin"))
8717                #t)))))
8718       (inputs
8719        `(("gsl" ,gsl)
8720          ("zlib" ,zlib)))
8721       (home-page "https://github.com/arq5x/bits")
8722       (synopsis "Implementation of binary interval search algorithm")
8723       (description "This package provides an implementation of the
8724 BITS (Binary Interval Search) algorithm, an approach to interval set
8725 intersection.  It is especially suited for the comparison of diverse genomic
8726 datasets and the exploration of large datasets of genome
8727 intervals (e.g. genes, sequence alignments).")
8728       (license license:gpl2))))
8729
8730 (define-public piranha
8731   ;; There is no release tarball for the latest version.  The latest commit is
8732   ;; older than one year at the time of this writing.
8733   (let ((revision "1")
8734         (commit   "0466d364b71117d01e4471b74c514436cc281233"))
8735     (package
8736       (name "piranha")
8737       (version (string-append "1.2.1-" revision "." (string-take commit 9)))
8738       (source (origin
8739                 (method git-fetch)
8740                 (uri (git-reference
8741                       (url "https://github.com/smithlabcode/piranha.git")
8742                       (commit commit)))
8743                 (file-name (git-file-name name version))
8744                 (sha256
8745                  (base32
8746                   "117dc0zf20c61jam69sk4abl57ah6yi6i7qra7d7y5zrbgk12q5n"))))
8747       (build-system gnu-build-system)
8748       (arguments
8749        `(#:test-target "test"
8750          #:phases
8751          (modify-phases %standard-phases
8752            (add-after 'unpack 'copy-smithlab-cpp
8753              (lambda* (#:key inputs #:allow-other-keys)
8754                (for-each (lambda (file)
8755                            (install-file file "./src/smithlab_cpp/"))
8756                          (find-files (assoc-ref inputs "smithlab-cpp")))
8757                #t))
8758            (add-after 'install 'install-to-store
8759              (lambda* (#:key outputs #:allow-other-keys)
8760                (let* ((out (assoc-ref outputs "out"))
8761                       (bin (string-append out "/bin")))
8762                  (for-each (lambda (file)
8763                              (install-file file bin))
8764                            (find-files "bin" ".*")))
8765                #t)))
8766          #:configure-flags
8767          (list (string-append "--with-bam_tools_headers="
8768                               (assoc-ref %build-inputs "bamtools") "/include/bamtools")
8769                (string-append "--with-bam_tools_library="
8770                               (assoc-ref %build-inputs "bamtools") "/lib/bamtools"))))
8771       (inputs
8772        `(("bamtools" ,bamtools)
8773          ("samtools" ,samtools-0.1)
8774          ("gsl" ,gsl)
8775          ("smithlab-cpp"
8776           ,(let ((commit "3723e2db438c51501d0423429ff396c3035ba46a"))
8777              (origin
8778                (method git-fetch)
8779                (uri (git-reference
8780                      (url "https://github.com/smithlabcode/smithlab_cpp.git")
8781                      (commit commit)))
8782                (file-name (string-append "smithlab_cpp-" commit "-checkout"))
8783                (sha256
8784                 (base32
8785                  "0l4gvbwslw5ngziskja41c00x1r06l3yidv7y0xw9djibhykzy0g")))))))
8786       (native-inputs
8787        `(("python" ,python-2)))
8788       (home-page "https://github.com/smithlabcode/piranha")
8789       (synopsis "Peak-caller for CLIP-seq and RIP-seq data")
8790       (description
8791        "Piranha is a peak-caller for genomic data produced by CLIP-seq and
8792 RIP-seq experiments.  It takes input in BED or BAM format and identifies
8793 regions of statistically significant read enrichment.  Additional covariates
8794 may optionally be provided to further inform the peak-calling process.")
8795       (license license:gpl3+))))
8796
8797 (define-public pepr
8798   (package
8799     (name "pepr")
8800     (version "1.0.9")
8801     (source (origin
8802               (method url-fetch)
8803               (uri (pypi-uri "PePr" version))
8804               (sha256
8805                (base32
8806                 "0qxjfdpl1b1y53nccws2d85f6k74zwmx8y8sd9rszcqhfayx6gdx"))))
8807     (build-system python-build-system)
8808     (arguments
8809      `(#:python ,python-2 ; python2 only
8810        #:tests? #f)) ; no tests included
8811     (propagated-inputs
8812      `(("python2-numpy" ,python2-numpy)
8813        ("python2-scipy" ,python2-scipy)
8814        ("python2-pysam" ,python2-pysam)))
8815     (home-page "https://github.com/shawnzhangyx/PePr")
8816     (synopsis "Peak-calling and prioritization pipeline for ChIP-Seq data")
8817     (description
8818      "PePr is a ChIP-Seq peak calling or differential binding analysis tool
8819 that is primarily designed for data with biological replicates.  It uses a
8820 negative binomial distribution to model the read counts among the samples in
8821 the same group, and look for consistent differences between ChIP and control
8822 group or two ChIP groups run under different conditions.")
8823     (license license:gpl3+)))
8824
8825 (define-public filevercmp
8826   (let ((commit "1a9b779b93d0b244040274794d402106907b71b7"))
8827     (package
8828       (name "filevercmp")
8829       (version (string-append "0-1." (string-take commit 7)))
8830       (source (origin
8831                 (method git-fetch)
8832                 (uri (git-reference
8833                       (url "https://github.com/ekg/filevercmp.git")
8834                       (commit commit)))
8835                 (file-name (git-file-name name commit))
8836                 (sha256
8837                  (base32
8838                   "1j9vxsy0y050v59h0q1d6501fcw1kjvj0d18l1xk2zyg0jzj247c"))))
8839       (build-system gnu-build-system)
8840       (arguments
8841        `(#:tests? #f ; There are no tests to run.
8842          #:phases
8843          (modify-phases %standard-phases
8844            (delete 'configure) ; There is no configure phase.
8845            (replace 'install
8846              (lambda* (#:key outputs #:allow-other-keys)
8847                (let ((bin (string-append (assoc-ref outputs "out") "/bin")))
8848                  (install-file "filevercmp" bin)
8849                  #t))))))
8850       (home-page "https://github.com/ekg/filevercmp")
8851       (synopsis "This program compares version strings")
8852       (description "This program compares version strings.  It intends to be a
8853 replacement for strverscmp.")
8854       (license license:gpl3+))))
8855
8856 (define-public multiqc
8857   (package
8858     (name "multiqc")
8859     (version "1.5")
8860     (source
8861      (origin
8862        (method url-fetch)
8863        (uri (pypi-uri "multiqc" version))
8864        (sha256
8865         (base32
8866          "02iihfl0w0hpnr4pa0sbd1y9qxrg3ycyhjp5lidkcrqh1lmzs3zy"))))
8867     (build-system python-build-system)
8868     (propagated-inputs
8869      `(("python-jinja2" ,python-jinja2)
8870        ("python-simplejson" ,python-simplejson)
8871        ("python-pyyaml" ,python-pyyaml)
8872        ("python-click" ,python-click)
8873        ("python-spectra" ,python-spectra)
8874        ("python-requests" ,python-requests)
8875        ("python-markdown" ,python-markdown)
8876        ("python-lzstring" ,python-lzstring)
8877        ("python-matplotlib" ,python-matplotlib)
8878        ("python-numpy" ,python-numpy)
8879        ;; MultQC checks for the presence of nose at runtime.
8880        ("python-nose" ,python-nose)))
8881     (arguments
8882      `(#:phases
8883        (modify-phases %standard-phases
8884          (add-after 'unpack 'relax-requirements
8885            (lambda _
8886              (substitute* "setup.py"
8887                ;; MultiQC 1.5 ‘requires’ a version of python-matplotlib older
8888                ;; than the one in Guix, but should work fine with 2.2.2.
8889                ;; See <https://github.com/ewels/MultiQC/issues/725> and
8890                ;; <https://github.com/ewels/MultiQC/issues/732> for details.
8891                (("['\"]matplotlib.*?['\"]")
8892                 "'matplotlib'"))
8893              #t)))))
8894     (home-page "http://multiqc.info")
8895     (synopsis "Aggregate bioinformatics analysis reports")
8896     (description
8897      "MultiQC is a tool to aggregate bioinformatics results across many
8898 samples into a single report.  It contains modules for a large number of
8899 common bioinformatics tools.")
8900     (license license:gpl3+)))
8901
8902 (define-public r-chipseq
8903   (package
8904     (name "r-chipseq")
8905     (version "1.34.0")
8906     (source
8907      (origin
8908        (method url-fetch)
8909        (uri (bioconductor-uri "chipseq" version))
8910        (sha256
8911         (base32
8912          "1835nhrxcaqpqf1kxrsk1js8bf7x33z1n3bqjvm8404091acqyma"))))
8913     (build-system r-build-system)
8914     (propagated-inputs
8915      `(("r-biocgenerics" ,r-biocgenerics)
8916        ("r-genomicranges" ,r-genomicranges)
8917        ("r-iranges" ,r-iranges)
8918        ("r-lattice" ,r-lattice)
8919        ("r-s4vectors" ,r-s4vectors)
8920        ("r-shortread" ,r-shortread)))
8921     (home-page "https://bioconductor.org/packages/chipseq")
8922     (synopsis "Package for analyzing ChIPseq data")
8923     (description
8924      "This package provides tools for processing short read data from ChIPseq
8925 experiments.")
8926     (license license:artistic2.0)))
8927
8928 (define-public r-copyhelper
8929   (package
8930     (name "r-copyhelper")
8931     (version "1.6.0")
8932     (source
8933      (origin
8934        (method url-fetch)
8935        (uri (string-append "https://bioconductor.org/packages/release/"
8936                            "data/experiment/src/contrib/CopyhelpeR_"
8937                            version ".tar.gz"))
8938        (sha256
8939         (base32
8940          "0x7cyynjmxls9as2gg0iyp9x5fpalxmdjq914ss7i84i9zyk5bhq"))))
8941     (properties `((upstream-name . "CopyhelpeR")))
8942     (build-system r-build-system)
8943     (home-page "https://bioconductor.org/packages/CopyhelpeR/")
8944     (synopsis "Helper files for CopywriteR")
8945     (description
8946      "This package contains the helper files that are required to run the
8947 Bioconductor package CopywriteR.  It contains pre-assembled 1kb bin GC-content
8948 and mappability files for the reference genomes hg18, hg19, hg38, mm9 and
8949 mm10.  In addition, it contains a blacklist filter to remove regions that
8950 display copy number variation.  Files are stored as GRanges objects from the
8951 GenomicRanges Bioconductor package.")
8952     (license license:gpl2)))
8953
8954 (define-public r-copywriter
8955   (package
8956     (name "r-copywriter")
8957     (version "2.16.0")
8958     (source
8959      (origin
8960        (method url-fetch)
8961        (uri (bioconductor-uri "CopywriteR" version))
8962        (sha256
8963         (base32
8964          "0kv3k58wyyicq1hhq7bddh0v3b2ksz6fa47skvnp8f193csza9g6"))))
8965     (properties `((upstream-name . "CopywriteR")))
8966     (build-system r-build-system)
8967     (propagated-inputs
8968      `(("r-biocparallel" ,r-biocparallel)
8969        ("r-chipseq" ,r-chipseq)
8970        ("r-copyhelper" ,r-copyhelper)
8971        ("r-data-table" ,r-data-table)
8972        ("r-dnacopy" ,r-dnacopy)
8973        ("r-futile-logger" ,r-futile-logger)
8974        ("r-genomeinfodb" ,r-genomeinfodb)
8975        ("r-genomicalignments" ,r-genomicalignments)
8976        ("r-genomicranges" ,r-genomicranges)
8977        ("r-gtools" ,r-gtools)
8978        ("r-iranges" ,r-iranges)
8979        ("r-matrixstats" ,r-matrixstats)
8980        ("r-rsamtools" ,r-rsamtools)
8981        ("r-s4vectors" ,r-s4vectors)))
8982     (home-page "https://github.com/PeeperLab/CopywriteR")
8983     (synopsis "Copy number information from targeted sequencing")
8984     (description
8985      "CopywriteR extracts DNA copy number information from targeted sequencing
8986 by utilizing off-target reads.  It allows for extracting uniformly distributed
8987 copy number information, can be used without reference, and can be applied to
8988 sequencing data obtained from various techniques including chromatin
8989 immunoprecipitation and target enrichment on small gene panels.  Thereby,
8990 CopywriteR constitutes a widely applicable alternative to available copy
8991 number detection tools.")
8992     (license license:gpl2)))
8993
8994 (define-public r-methylkit
8995   (package
8996     (name "r-methylkit")
8997     (version "1.10.0")
8998     (source (origin
8999               (method url-fetch)
9000               (uri (bioconductor-uri "methylKit" version))
9001               (sha256
9002                (base32
9003                 "1z687vpi5kwcqpnd6r74c5y72hcsbqlwg0bk95kksgpi81q710qj"))))
9004     (properties `((upstream-name . "methylKit")))
9005     (build-system r-build-system)
9006     (propagated-inputs
9007      `(("r-data-table" ,r-data-table)
9008        ("r-emdbook" ,r-emdbook)
9009        ("r-fastseg" ,r-fastseg)
9010        ("r-genomeinfodb" ,r-genomeinfodb)
9011        ("r-genomicranges" ,r-genomicranges)
9012        ("r-gtools" ,r-gtools)
9013        ("r-iranges" ,r-iranges)
9014        ("r-kernsmooth" ,r-kernsmooth)
9015        ("r-limma" ,r-limma)
9016        ("r-mclust" ,r-mclust)
9017        ("r-mgcv" ,r-mgcv)
9018        ("r-qvalue" ,r-qvalue)
9019        ("r-r-utils" ,r-r-utils)
9020        ("r-rcpp" ,r-rcpp)
9021        ("r-rhtslib" ,r-rhtslib)
9022        ("r-rsamtools" ,r-rsamtools)
9023        ("r-rtracklayer" ,r-rtracklayer)
9024        ("r-s4vectors" ,r-s4vectors)
9025        ("r-zlibbioc" ,r-zlibbioc)))
9026     (inputs
9027      `(("zlib" ,zlib)))
9028     (home-page "https://github.com/al2na/methylKit")
9029     (synopsis
9030      "DNA methylation analysis from high-throughput bisulfite sequencing results")
9031     (description
9032      "MethylKit is an R package for DNA methylation analysis and annotation
9033 from high-throughput bisulfite sequencing.  The package is designed to deal
9034 with sequencing data from @dfn{Reduced representation bisulfite
9035 sequencing} (RRBS) and its variants, but also target-capture methods and whole
9036 genome bisulfite sequencing.  It also has functions to analyze base-pair
9037 resolution 5hmC data from experimental protocols such as oxBS-Seq and
9038 TAB-Seq.")
9039     (license license:artistic2.0)))
9040
9041 (define-public r-sva
9042   (package
9043     (name "r-sva")
9044     (version "3.32.1")
9045     (source
9046      (origin
9047        (method url-fetch)
9048        (uri (bioconductor-uri "sva" version))
9049        (sha256
9050         (base32
9051          "0jj6klfha5v5qmx2sjblf1an6s2zqd7mmgsp7sfmh4k2jpqi3jm9"))))
9052     (build-system r-build-system)
9053     (propagated-inputs
9054      `(("r-genefilter" ,r-genefilter)
9055        ("r-mgcv" ,r-mgcv)
9056        ("r-biocparallel" ,r-biocparallel)
9057        ("r-matrixstats" ,r-matrixstats)
9058        ("r-limma" ,r-limma)))
9059     (home-page "https://bioconductor.org/packages/sva")
9060     (synopsis "Surrogate variable analysis")
9061     (description
9062      "This package contains functions for removing batch effects and other
9063 unwanted variation in high-throughput experiment.  It also contains functions
9064 for identifying and building surrogate variables for high-dimensional data
9065 sets.  Surrogate variables are covariates constructed directly from
9066 high-dimensional data like gene expression/RNA sequencing/methylation/brain
9067 imaging data that can be used in subsequent analyses to adjust for unknown,
9068 unmodeled, or latent sources of noise.")
9069     (license license:artistic2.0)))
9070
9071 (define-public r-seqminer
9072   (package
9073     (name "r-seqminer")
9074     (version "7.1")
9075     (source
9076      (origin
9077        (method url-fetch)
9078        (uri (cran-uri "seqminer" version))
9079        (sha256
9080         (base32
9081          "1jydcpkw4rwfp983j83kipvsvr10as9pb49zzn3c2v09k1gh3ymy"))))
9082     (build-system r-build-system)
9083     (inputs
9084      `(("zlib" ,zlib)))
9085     (home-page "http://seqminer.genomic.codes")
9086     (synopsis "Read nucleotide sequence data (VCF, BCF, and METAL formats)")
9087     (description
9088      "This package provides tools to integrate nucleotide sequencing
9089 data (variant call format, e.g. VCF or BCF) or meta-analysis results in R.")
9090     ;; Any version of the GPL is acceptable
9091     (license (list license:gpl2+ license:gpl3+))))
9092
9093 (define-public r-raremetals2
9094   (package
9095     (name "r-raremetals2")
9096     (version "0.1")
9097     (source
9098      (origin
9099        (method url-fetch)
9100        (uri (string-append "http://genome.sph.umich.edu/w/images/"
9101                            "b/b7/RareMETALS2_" version ".tar.gz"))
9102        (sha256
9103         (base32
9104          "0z5ljcgvnm06ja9lm85a3cniq7slxcy37aqqkxrdidr79an5fs4s"))))
9105     (properties `((upstream-name . "RareMETALS2")))
9106     (build-system r-build-system)
9107     (propagated-inputs
9108      `(("r-seqminer" ,r-seqminer)
9109        ("r-mvtnorm" ,r-mvtnorm)
9110        ("r-mass" ,r-mass)
9111        ("r-compquadform" ,r-compquadform)
9112        ("r-getopt" ,r-getopt)))
9113     (home-page "http://genome.sph.umich.edu/wiki/RareMETALS2")
9114     (synopsis "Analyze gene-level association tests for binary trait")
9115     (description
9116      "The R package rareMETALS2 is an extension of the R package rareMETALS.
9117 It was designed to meta-analyze gene-level association tests for binary trait.
9118 While rareMETALS offers a near-complete solution for meta-analysis of
9119 gene-level tests for quantitative trait, it does not offer the optimal
9120 solution for binary trait.  The package rareMETALS2 offers improved features
9121 for analyzing gene-level association tests in meta-analyses for binary
9122 trait.")
9123     (license license:gpl3)))
9124
9125 (define-public r-maldiquant
9126   (package
9127     (name "r-maldiquant")
9128     (version "1.19.3")
9129     (source
9130      (origin
9131        (method url-fetch)
9132        (uri (cran-uri "MALDIquant" version))
9133        (sha256
9134         (base32
9135          "0b7kdz3x4sdq413h1q09l1qhcvdnnwv6fqsqwllks1cd3xy34c57"))))
9136     (properties `((upstream-name . "MALDIquant")))
9137     (build-system r-build-system)
9138     (home-page "https://cran.r-project.org/web/packages/MALDIquant")
9139     (synopsis "Quantitative analysis of mass spectrometry data")
9140     (description
9141      "This package provides a complete analysis pipeline for matrix-assisted
9142 laser desorption/ionization-time-of-flight (MALDI-TOF) and other
9143 two-dimensional mass spectrometry data.  In addition to commonly used plotting
9144 and processing methods it includes distinctive features, namely baseline
9145 subtraction methods such as morphological filters (TopHat) or the
9146 statistics-sensitive non-linear iterative peak-clipping algorithm (SNIP), peak
9147 alignment using warping functions, handling of replicated measurements as well
9148 as allowing spectra with different resolutions.")
9149     (license license:gpl3+)))
9150
9151 (define-public r-protgenerics
9152   (package
9153     (name "r-protgenerics")
9154     (version "1.16.0")
9155     (source
9156      (origin
9157        (method url-fetch)
9158        (uri (bioconductor-uri "ProtGenerics" version))
9159        (sha256
9160         (base32
9161          "12jjwmg58b4xbivxlw4pffq0qfi2c1c5hyrci0sfyphrc99fvx0i"))))
9162     (properties `((upstream-name . "ProtGenerics")))
9163     (build-system r-build-system)
9164     (home-page "https://github.com/lgatto/ProtGenerics")
9165     (synopsis "S4 generic functions for proteomics infrastructure")
9166     (description
9167      "This package provides S4 generic functions needed by Bioconductor
9168 proteomics packages.")
9169     (license license:artistic2.0)))
9170
9171 (define-public r-mzr
9172   (package
9173     (name "r-mzr")
9174     (version "2.18.0")
9175     (source
9176      (origin
9177        (method url-fetch)
9178        (uri (bioconductor-uri "mzR" version))
9179        (sha256
9180         (base32
9181          "0g5r6yk4gyz0xdwlmrcij4zv7apdgsgygr043095l33hard6nsl5"))
9182        (modules '((guix build utils)))
9183        (snippet
9184         '(begin
9185            (delete-file-recursively "src/boost")
9186            #t))))
9187     (properties `((upstream-name . "mzR")))
9188     (build-system r-build-system)
9189     (arguments
9190      `(#:phases
9191        (modify-phases %standard-phases
9192          (add-after 'unpack 'use-system-boost
9193            (lambda _
9194              (substitute* "src/Makevars"
9195                (("\\./boost/libs.*") "")
9196                (("ARCH_OBJS=" line)
9197                 (string-append line
9198                                "\nARCH_LIBS=-lboost_system -lboost_regex \
9199 -lboost_iostreams -lboost_thread -lboost_filesystem -lboost_chrono\n")))
9200              #t)))))
9201     (inputs
9202      `(;; XXX Boost 1.69 will not work here.
9203        ("boost" ,boost-for-mysql) ; use this instead of the bundled boost sources
9204        ("zlib" ,zlib)))
9205     (propagated-inputs
9206      `(("r-biobase" ,r-biobase)
9207        ("r-biocgenerics" ,r-biocgenerics)
9208        ("r-ncdf4" ,r-ncdf4)
9209        ("r-protgenerics" ,r-protgenerics)
9210        ("r-rcpp" ,r-rcpp)
9211        ("r-rhdf5lib" ,r-rhdf5lib)
9212        ("r-zlibbioc" ,r-zlibbioc)))
9213     (home-page "https://github.com/sneumann/mzR/")
9214     (synopsis "Parser for mass spectrometry data files")
9215     (description
9216      "The mzR package provides a unified API to the common file formats and
9217 parsers available for mass spectrometry data.  It comes with a wrapper for the
9218 ISB random access parser for mass spectrometry mzXML, mzData and mzML files.
9219 The package contains the original code written by the ISB, and a subset of the
9220 proteowizard library for mzML and mzIdentML.  The netCDF reading code has
9221 previously been used in XCMS.")
9222     (license license:artistic2.0)))
9223
9224 (define-public r-affyio
9225   (package
9226     (name "r-affyio")
9227     (version "1.54.0")
9228     (source
9229      (origin
9230        (method url-fetch)
9231        (uri (bioconductor-uri "affyio" version))
9232        (sha256
9233         (base32
9234          "1s78hm51fgac3i2j4bbdy0z6g14370154s6km8lldc9zpahx8b6p"))))
9235     (build-system r-build-system)
9236     (propagated-inputs
9237      `(("r-zlibbioc" ,r-zlibbioc)))
9238     (inputs
9239      `(("zlib" ,zlib)))
9240     (home-page "https://github.com/bmbolstad/affyio")
9241     (synopsis "Tools for parsing Affymetrix data files")
9242     (description
9243      "This package provides routines for parsing Affymetrix data files based
9244 upon file format information.  The primary focus is on accessing the CEL and
9245 CDF file formats.")
9246     (license license:lgpl2.0+)))
9247
9248 (define-public r-affy
9249   (package
9250     (name "r-affy")
9251     (version "1.62.0")
9252     (source
9253      (origin
9254        (method url-fetch)
9255        (uri (bioconductor-uri "affy" version))
9256        (sha256
9257         (base32
9258          "05vz0vf3472s1ivfhc0gc8yz98y4rvvp7cf6kfbxhy1b23im1bgk"))))
9259     (build-system r-build-system)
9260     (propagated-inputs
9261      `(("r-affyio" ,r-affyio)
9262        ("r-biobase" ,r-biobase)
9263        ("r-biocgenerics" ,r-biocgenerics)
9264        ("r-biocmanager" ,r-biocmanager)
9265        ("r-preprocesscore" ,r-preprocesscore)
9266        ("r-zlibbioc" ,r-zlibbioc)))
9267     (inputs
9268      `(("zlib" ,zlib)))
9269     (home-page "https://bioconductor.org/packages/affy")
9270     (synopsis "Methods for affymetrix oligonucleotide arrays")
9271     (description
9272      "This package contains functions for exploratory oligonucleotide array
9273 analysis.")
9274     (license license:lgpl2.0+)))
9275
9276 (define-public r-vsn
9277   (package
9278     (name "r-vsn")
9279     (version "3.52.0")
9280     (source
9281      (origin
9282        (method url-fetch)
9283        (uri (bioconductor-uri "vsn" version))
9284        (sha256
9285         (base32
9286          "1vqmyxg06kgq9m3w6n0jykqm4jgsjw879r4s216wlcq4xc94dh1r"))))
9287     (build-system r-build-system)
9288     (propagated-inputs
9289      `(("r-affy" ,r-affy)
9290        ("r-biobase" ,r-biobase)
9291        ("r-ggplot2" ,r-ggplot2)
9292        ("r-lattice" ,r-lattice)
9293        ("r-limma" ,r-limma)))
9294     (home-page "https://bioconductor.org/packages/release/bioc/html/vsn.html")
9295     (synopsis "Variance stabilization and calibration for microarray data")
9296     (description
9297      "The package implements a method for normalising microarray intensities,
9298 and works for single- and multiple-color arrays.  It can also be used for data
9299 from other technologies, as long as they have similar format.  The method uses
9300 a robust variant of the maximum-likelihood estimator for an
9301 additive-multiplicative error model and affine calibration.  The model
9302 incorporates data calibration step (a.k.a.  normalization), a model for the
9303 dependence of the variance on the mean intensity and a variance stabilizing
9304 data transformation.  Differences between transformed intensities are
9305 analogous to \"normalized log-ratios\".  However, in contrast to the latter,
9306 their variance is independent of the mean, and they are usually more sensitive
9307 and specific in detecting differential transcription.")
9308     (license license:artistic2.0)))
9309
9310 (define-public r-mzid
9311   (package
9312     (name "r-mzid")
9313     (version "1.22.0")
9314     (source
9315      (origin
9316        (method url-fetch)
9317        (uri (bioconductor-uri "mzID" version))
9318        (sha256
9319         (base32
9320          "0vnyg7jlmy7ain7gmjwhqyqr664znrvrdlh7zd63563vhb87qarn"))))
9321     (properties `((upstream-name . "mzID")))
9322     (build-system r-build-system)
9323     (propagated-inputs
9324      `(("r-doparallel" ,r-doparallel)
9325        ("r-foreach" ,r-foreach)
9326        ("r-iterators" ,r-iterators)
9327        ("r-plyr" ,r-plyr)
9328        ("r-protgenerics" ,r-protgenerics)
9329        ("r-rcpp" ,r-rcpp)
9330        ("r-xml" ,r-xml)))
9331     (home-page "https://bioconductor.org/packages/mzID")
9332     (synopsis "Parser for mzIdentML files")
9333     (description
9334      "This package provides a parser for mzIdentML files implemented using the
9335 XML package.  The parser tries to be general and able to handle all types of
9336 mzIdentML files with the drawback of having less pretty output than a vendor
9337 specific parser.")
9338     (license license:gpl2+)))
9339
9340 (define-public r-pcamethods
9341   (package
9342     (name "r-pcamethods")
9343     (version "1.76.0")
9344     (source
9345      (origin
9346        (method url-fetch)
9347        (uri (bioconductor-uri "pcaMethods" version))
9348        (sha256
9349         (base32
9350          "0svf4n7l0afy4wwgs6x8x4dm330r3311l5vmsxw2f0r4axkh3bzk"))))
9351     (properties `((upstream-name . "pcaMethods")))
9352     (build-system r-build-system)
9353     (propagated-inputs
9354      `(("r-biobase" ,r-biobase)
9355        ("r-biocgenerics" ,r-biocgenerics)
9356        ("r-mass" ,r-mass)
9357        ("r-rcpp" ,r-rcpp)))
9358     (home-page "https://github.com/hredestig/pcamethods")
9359     (synopsis "Collection of PCA methods")
9360     (description
9361      "This package provides Bayesian PCA, Probabilistic PCA, Nipals PCA,
9362 Inverse Non-Linear PCA and the conventional SVD PCA.  A cluster based method
9363 for missing value estimation is included for comparison.  BPCA, PPCA and
9364 NipalsPCA may be used to perform PCA on incomplete data as well as for
9365 accurate missing value estimation.  A set of methods for printing and plotting
9366 the results is also provided.  All PCA methods make use of the same data
9367 structure (pcaRes) to provide a common interface to the PCA results.")
9368     (license license:gpl3+)))
9369
9370 (define-public r-msnbase
9371   (package
9372     (name "r-msnbase")
9373     (version "2.10.1")
9374     (source
9375      (origin
9376        (method url-fetch)
9377        (uri (bioconductor-uri "MSnbase" version))
9378        (sha256
9379         (base32
9380          "0z63yqazkycq0zbbarq9ida6al35hv3g7g9g7s7bss4gh0hk7lhd"))))
9381     (properties `((upstream-name . "MSnbase")))
9382     (build-system r-build-system)
9383     (propagated-inputs
9384      `(("r-affy" ,r-affy)
9385        ("r-biobase" ,r-biobase)
9386        ("r-biocgenerics" ,r-biocgenerics)
9387        ("r-biocparallel" ,r-biocparallel)
9388        ("r-digest" ,r-digest)
9389        ("r-ggplot2" ,r-ggplot2)
9390        ("r-impute" ,r-impute)
9391        ("r-iranges" ,r-iranges)
9392        ("r-lattice" ,r-lattice)
9393        ("r-maldiquant" ,r-maldiquant)
9394        ("r-mass" ,r-mass)
9395        ("r-mzid" ,r-mzid)
9396        ("r-mzr" ,r-mzr)
9397        ("r-pcamethods" ,r-pcamethods)
9398        ("r-plyr" ,r-plyr)
9399        ("r-preprocesscore" ,r-preprocesscore)
9400        ("r-protgenerics" ,r-protgenerics)
9401        ("r-rcpp" ,r-rcpp)
9402        ("r-s4vectors" ,r-s4vectors)
9403        ("r-scales" ,r-scales)
9404        ("r-vsn" ,r-vsn)
9405        ("r-xml" ,r-xml)))
9406     (home-page "https://github.com/lgatto/MSnbase")
9407     (synopsis "Base functions and classes for MS-based proteomics")
9408     (description
9409      "This package provides basic plotting, data manipulation and processing
9410 of mass spectrometry based proteomics data.")
9411     (license license:artistic2.0)))
9412
9413 (define-public r-msnid
9414   (package
9415     (name "r-msnid")
9416     (version "1.18.0")
9417     (source
9418      (origin
9419        (method url-fetch)
9420        (uri (bioconductor-uri "MSnID" version))
9421        (sha256
9422         (base32
9423          "18mp8zacawhfapfwpq8czbswxix2ykvqhwjga54v0a99zg3k87h3"))))
9424     (properties `((upstream-name . "MSnID")))
9425     (build-system r-build-system)
9426     (propagated-inputs
9427      `(("r-biobase" ,r-biobase)
9428        ("r-data-table" ,r-data-table)
9429        ("r-doparallel" ,r-doparallel)
9430        ("r-dplyr" ,r-dplyr)
9431        ("r-foreach" ,r-foreach)
9432        ("r-iterators" ,r-iterators)
9433        ("r-msnbase" ,r-msnbase)
9434        ("r-mzid" ,r-mzid)
9435        ("r-mzr" ,r-mzr)
9436        ("r-protgenerics" ,r-protgenerics)
9437        ("r-r-cache" ,r-r-cache)
9438        ("r-rcpp" ,r-rcpp)
9439        ("r-reshape2" ,r-reshape2)))
9440     (home-page "https://bioconductor.org/packages/MSnID")
9441     (synopsis "Utilities for LC-MSn proteomics identifications")
9442     (description
9443      "This package extracts @dfn{tandem mass spectrometry} (MS/MS) ID data
9444 from mzIdentML (leveraging the mzID package) or text files.  After collating
9445 the search results from multiple datasets it assesses their identification
9446 quality and optimize filtering criteria to achieve the maximum number of
9447 identifications while not exceeding a specified false discovery rate.  It also
9448 contains a number of utilities to explore the MS/MS results and assess missed
9449 and irregular enzymatic cleavages, mass measurement accuracy, etc.")
9450     (license license:artistic2.0)))
9451
9452 (define-public r-seurat
9453   (package
9454     (name "r-seurat")
9455     (version "3.0.1")
9456     (source (origin
9457               (method url-fetch)
9458               (uri (cran-uri "Seurat" version))
9459               (sha256
9460                (base32
9461                 "0mx2fvhdswbcsgqxhfc6d0gr92bkibwpz2bavqdzbbxrzpdpnilc"))))
9462     (properties `((upstream-name . "Seurat")))
9463     (build-system r-build-system)
9464     (propagated-inputs
9465      `(("r-ape" ,r-ape)
9466        ("r-cluster" ,r-cluster)
9467        ("r-cowplot" ,r-cowplot)
9468        ("r-fitdistrplus" ,r-fitdistrplus)
9469        ("r-future" ,r-future)
9470        ("r-future-apply" ,r-future-apply)
9471        ("r-ggplot2" ,r-ggplot2)
9472        ("r-ggrepel" ,r-ggrepel)
9473        ("r-ggridges" ,r-ggridges)
9474        ("r-ica" ,r-ica)
9475        ("r-igraph" ,r-igraph)
9476        ("r-irlba" ,r-irlba)
9477        ("r-kernsmooth" ,r-kernsmooth)
9478        ("r-lmtest" ,r-lmtest)
9479        ("r-mass" ,r-mass)
9480        ("r-matrix" ,r-matrix)
9481        ("r-metap" ,r-metap)
9482        ("r-pbapply" ,r-pbapply)
9483        ("r-plotly" ,r-plotly)
9484        ("r-png" ,r-png)
9485        ("r-rann" ,r-rann)
9486        ("r-rcolorbrewer" ,r-rcolorbrewer)
9487        ("r-rcpp" ,r-rcpp)
9488        ("r-rcppeigen" ,r-rcppeigen)
9489        ("r-rcppprogress" ,r-rcppprogress)
9490        ("r-reticulate" ,r-reticulate)
9491        ("r-rlang" ,r-rlang)
9492        ("r-rocr" ,r-rocr)
9493        ("r-rsvd" ,r-rsvd)
9494        ("r-rtsne" ,r-rtsne)
9495        ("r-scales" ,r-scales)
9496        ("r-sctransform" ,r-sctransform)
9497        ("r-sdmtools" ,r-sdmtools)
9498        ("r-tsne" ,r-tsne)))
9499     (home-page "http://www.satijalab.org/seurat")
9500     (synopsis "Seurat is an R toolkit for single cell genomics")
9501     (description
9502      "This package is an R package designed for QC, analysis, and
9503 exploration of single cell RNA-seq data.  It easily enables widely-used
9504 analytical techniques, including the identification of highly variable genes,
9505 dimensionality reduction; PCA, ICA, t-SNE, standard unsupervised clustering
9506 algorithms; density clustering, hierarchical clustering, k-means, and the
9507 discovery of differentially expressed genes and markers.")
9508     (license license:gpl3)))
9509
9510 (define-public r-aroma-light
9511   (package
9512     (name "r-aroma-light")
9513     (version "3.14.0")
9514     (source
9515      (origin
9516        (method url-fetch)
9517        (uri (bioconductor-uri "aroma.light" version))
9518        (sha256
9519         (base32
9520          "0a1prl4jhbqpa85i2vyia1ks9iippzl8np50fvm9wx8kbjxna5l6"))))
9521     (properties `((upstream-name . "aroma.light")))
9522     (build-system r-build-system)
9523     (propagated-inputs
9524      `(("r-matrixstats" ,r-matrixstats)
9525        ("r-r-methodss3" ,r-r-methodss3)
9526        ("r-r-oo" ,r-r-oo)
9527        ("r-r-utils" ,r-r-utils)))
9528     (home-page "https://github.com/HenrikBengtsson/aroma.light")
9529     (synopsis "Methods for normalization and visualization of microarray data")
9530     (description
9531      "This package provides methods for microarray analysis that take basic
9532 data types such as matrices and lists of vectors.  These methods can be used
9533 standalone, be utilized in other packages, or be wrapped up in higher-level
9534 classes.")
9535     (license license:gpl2+)))
9536
9537 (define-public r-deseq
9538   (package
9539     (name "r-deseq")
9540     (version "1.36.0")
9541     (source
9542      (origin
9543        (method url-fetch)
9544        (uri (bioconductor-uri "DESeq" version))
9545        (sha256
9546         (base32
9547          "0jppqrikg9qfqcfw5qd3m5c7bag9g23bc0kcpk5zfkk1wv09mnlm"))))
9548     (properties `((upstream-name . "DESeq")))
9549     (build-system r-build-system)
9550     (propagated-inputs
9551      `(("r-biobase" ,r-biobase)
9552        ("r-biocgenerics" ,r-biocgenerics)
9553        ("r-genefilter" ,r-genefilter)
9554        ("r-geneplotter" ,r-geneplotter)
9555        ("r-lattice" ,r-lattice)
9556        ("r-locfit" ,r-locfit)
9557        ("r-mass" ,r-mass)
9558        ("r-rcolorbrewer" ,r-rcolorbrewer)))
9559     (home-page "http://www-huber.embl.de/users/anders/DESeq")
9560     (synopsis "Differential gene expression analysis")
9561     (description
9562      "This package provides tools for estimating variance-mean dependence in
9563 count data from high-throughput genetic sequencing assays and for testing for
9564 differential expression based on a model using the negative binomial
9565 distribution.")
9566     (license license:gpl3+)))
9567
9568 (define-public r-edaseq
9569   (package
9570     (name "r-edaseq")
9571     (version "2.18.0")
9572     (source
9573      (origin
9574        (method url-fetch)
9575        (uri (bioconductor-uri "EDASeq" version))
9576        (sha256
9577         (base32
9578          "0mmc9bij17w4mfwcc566zbj5fvqgl8gfqs0qvj6ri4mbcql9jxb3"))))
9579     (properties `((upstream-name . "EDASeq")))
9580     (build-system r-build-system)
9581     (propagated-inputs
9582      `(("r-annotationdbi" ,r-annotationdbi)
9583        ("r-aroma-light" ,r-aroma-light)
9584        ("r-biobase" ,r-biobase)
9585        ("r-biocgenerics" ,r-biocgenerics)
9586        ("r-biocmanager" ,r-biocmanager)
9587        ("r-biomart" ,r-biomart)
9588        ("r-biostrings" ,r-biostrings)
9589        ("r-deseq" ,r-deseq)
9590        ("r-genomicfeatures" ,r-genomicfeatures)
9591        ("r-genomicranges" ,r-genomicranges)
9592        ("r-iranges" ,r-iranges)
9593        ("r-rsamtools" ,r-rsamtools)
9594        ("r-shortread" ,r-shortread)))
9595     (home-page "https://github.com/drisso/EDASeq")
9596     (synopsis "Exploratory data analysis and normalization for RNA-Seq")
9597     (description
9598      "This package provides support for numerical and graphical summaries of
9599 RNA-Seq genomic read data.  Provided within-lane normalization procedures to
9600 adjust for GC-content effect (or other gene-level effects) on read counts:
9601 loess robust local regression, global-scaling, and full-quantile
9602 normalization.  Between-lane normalization procedures to adjust for
9603 distributional differences between lanes (e.g., sequencing depth):
9604 global-scaling and full-quantile normalization.")
9605     (license license:artistic2.0)))
9606
9607 (define-public r-interactivedisplaybase
9608   (package
9609     (name "r-interactivedisplaybase")
9610     (version "1.22.0")
9611     (source
9612      (origin
9613        (method url-fetch)
9614        (uri (bioconductor-uri "interactiveDisplayBase" version))
9615        (sha256
9616         (base32
9617          "1kkyv7hkygacmksvld9gs3ycf6wlblqcwi11nny0hq3l0ha265v5"))))
9618     (properties
9619      `((upstream-name . "interactiveDisplayBase")))
9620     (build-system r-build-system)
9621     (propagated-inputs
9622      `(("r-biocgenerics" ,r-biocgenerics)
9623        ("r-shiny" ,r-shiny)))
9624     (home-page "https://bioconductor.org/packages/interactiveDisplayBase")
9625     (synopsis "Base package for web displays of Bioconductor objects")
9626     (description
9627      "This package contains the basic methods needed to generate interactive
9628 Shiny-based display methods for Bioconductor objects.")
9629     (license license:artistic2.0)))
9630
9631 (define-public r-annotationhub
9632   (package
9633     (name "r-annotationhub")
9634     (version "2.16.0")
9635     (source
9636      (origin
9637        (method url-fetch)
9638        (uri (bioconductor-uri "AnnotationHub" version))
9639        (sha256
9640         (base32
9641          "1rpzl4x5mrwxrrf1jzm4zni6li6x34fjfyybsdvplb0ixa48zhn4"))))
9642     (properties `((upstream-name . "AnnotationHub")))
9643     (build-system r-build-system)
9644     (propagated-inputs
9645      `(("r-annotationdbi" ,r-annotationdbi)
9646        ("r-biocfilecache" ,r-biocfilecache)
9647        ("r-biocgenerics" ,r-biocgenerics)
9648        ("r-biocmanager" ,r-biocmanager)
9649        ("r-curl" ,r-curl)
9650        ("r-dplyr" ,r-dplyr)
9651        ("r-httr" ,r-httr)
9652        ("r-interactivedisplaybase" ,r-interactivedisplaybase)
9653        ("r-rappdirs" ,r-rappdirs)
9654        ("r-rsqlite" ,r-rsqlite)
9655        ("r-s4vectors" ,r-s4vectors)
9656        ("r-yaml" ,r-yaml)))
9657     (home-page "https://bioconductor.org/packages/AnnotationHub")
9658     (synopsis "Client to access AnnotationHub resources")
9659     (description
9660      "This package provides a client for the Bioconductor AnnotationHub web
9661 resource.  The AnnotationHub web resource provides a central location where
9662 genomic files (e.g. VCF, bed, wig) and other resources from standard
9663 locations (e.g. UCSC, Ensembl) can be discovered.  The resource includes
9664 metadata about each resource, e.g., a textual description, tags, and date of
9665 modification.  The client creates and manages a local cache of files retrieved
9666 by the user, helping with quick and reproducible access.")
9667     (license license:artistic2.0)))
9668
9669 (define-public r-fastseg
9670   (package
9671     (name "r-fastseg")
9672     (version "1.30.0")
9673     (source
9674      (origin
9675        (method url-fetch)
9676        (uri (bioconductor-uri "fastseg" version))
9677        (sha256
9678         (base32
9679          "03gggz29nf8kyy9clkifqr0xm8v0yb0kl0gjfb5c0vrjmwkfqvdf"))))
9680     (build-system r-build-system)
9681     (propagated-inputs
9682      `(("r-biobase" ,r-biobase)
9683        ("r-biocgenerics" ,r-biocgenerics)
9684        ("r-genomicranges" ,r-genomicranges)
9685        ("r-iranges" ,r-iranges)
9686        ("r-s4vectors" ,r-s4vectors)))
9687     (home-page "http://www.bioinf.jku.at/software/fastseg/index.html")
9688     (synopsis "Fast segmentation algorithm for genetic sequencing data")
9689     (description
9690      "Fastseg implements a very fast and efficient segmentation algorithm.
9691 It can segment data from DNA microarrays and data from next generation
9692 sequencing for example to detect copy number segments.  Further it can segment
9693 data from RNA microarrays like tiling arrays to identify transcripts.  Most
9694 generally, it can segment data given as a matrix or as a vector.  Various data
9695 formats can be used as input to fastseg like expression set objects for
9696 microarrays or GRanges for sequencing data.")
9697     (license license:lgpl2.0+)))
9698
9699 (define-public r-keggrest
9700   (package
9701     (name "r-keggrest")
9702     (version "1.24.0")
9703     (source
9704      (origin
9705        (method url-fetch)
9706        (uri (bioconductor-uri "KEGGREST" version))
9707        (sha256
9708         (base32
9709          "1yjrpbm5zfg0h3nb5gg06q2f19ydbhjqwi0jb6q3p8dyrgww9mqp"))))
9710     (properties `((upstream-name . "KEGGREST")))
9711     (build-system r-build-system)
9712     (propagated-inputs
9713      `(("r-biostrings" ,r-biostrings)
9714        ("r-httr" ,r-httr)
9715        ("r-png" ,r-png)))
9716     (home-page "https://bioconductor.org/packages/KEGGREST")
9717     (synopsis "Client-side REST access to KEGG")
9718     (description
9719      "This package provides a package that provides a client interface to the
9720 @dfn{Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes} (KEGG) REST server.")
9721     (license license:artistic2.0)))
9722
9723 (define-public r-gage
9724   (package
9725     (name "r-gage")
9726     (version "2.34.0")
9727     (source
9728      (origin
9729        (method url-fetch)
9730        (uri (bioconductor-uri "gage" version))
9731        (sha256
9732         (base32
9733          "08d5yg7n4rx4xsginc8bx0sycpj06pi1k7i44ff757444p20srwq"))))
9734     (build-system r-build-system)
9735     (propagated-inputs
9736      `(("r-annotationdbi" ,r-annotationdbi)
9737        ("r-graph" ,r-graph)
9738        ("r-keggrest" ,r-keggrest)))
9739     (home-page "http://www.biomedcentral.com/1471-2105/10/161")
9740     (synopsis "Generally applicable gene-set enrichment for pathway analysis")
9741     (description
9742      "GAGE is a published method for gene set (enrichment or GSEA) or pathway
9743 analysis.  GAGE is generally applicable independent of microarray or RNA-Seq
9744 data attributes including sample sizes, experimental designs, assay platforms,
9745 and other types of heterogeneity.  The gage package provides functions for
9746 basic GAGE analysis, result processing and presentation.  In addition, it
9747 provides demo microarray data and commonly used gene set data based on KEGG
9748 pathways and GO terms.  These functions and data are also useful for gene set
9749 analysis using other methods.")
9750     (license license:gpl2+)))
9751
9752 (define-public r-genomicfiles
9753   (package
9754     (name "r-genomicfiles")
9755     (version "1.20.0")
9756     (source
9757      (origin
9758        (method url-fetch)
9759        (uri (bioconductor-uri "GenomicFiles" version))
9760        (sha256
9761         (base32
9762          "122g0yhpsm6fyvv38agp57clagl13h324rk06mlgb2xz104a1j4i"))))
9763     (properties `((upstream-name . "GenomicFiles")))
9764     (build-system r-build-system)
9765     (propagated-inputs
9766      `(("r-biocgenerics" ,r-biocgenerics)
9767        ("r-biocparallel" ,r-biocparallel)
9768        ("r-genomeinfodb" ,r-genomeinfodb)
9769        ("r-genomicalignments" ,r-genomicalignments)
9770        ("r-genomicranges" ,r-genomicranges)
9771        ("r-iranges" ,r-iranges)
9772        ("r-rsamtools" ,r-rsamtools)
9773        ("r-rtracklayer" ,r-rtracklayer)
9774        ("r-s4vectors" ,r-s4vectors)
9775        ("r-summarizedexperiment" ,r-summarizedexperiment)
9776        ("r-variantannotation" ,r-variantannotation)))
9777     (home-page "https://bioconductor.org/packages/GenomicFiles")
9778     (synopsis "Distributed computing by file or by range")
9779     (description
9780      "This package provides infrastructure for parallel computations
9781 distributed by file or by range.  User defined mapper and reducer functions
9782 provide added flexibility for data combination and manipulation.")
9783     (license license:artistic2.0)))
9784
9785 (define-public r-complexheatmap
9786   (package
9787     (name "r-complexheatmap")
9788     (version "2.0.0")
9789     (source
9790      (origin
9791        (method url-fetch)
9792        (uri (bioconductor-uri "ComplexHeatmap" version))
9793        (sha256
9794         (base32
9795          "1imnb72r10csl2h12sckic7hcsb8v2z0y3dyw1ax2fpykmsmq776"))))
9796     (properties
9797      `((upstream-name . "ComplexHeatmap")))
9798     (build-system r-build-system)
9799     (propagated-inputs
9800      `(("r-circlize" ,r-circlize)
9801        ("r-clue" ,r-clue)
9802        ("r-colorspace" ,r-colorspace)
9803        ("r-getoptlong" ,r-getoptlong)
9804        ("r-globaloptions" ,r-globaloptions)
9805        ("r-png" ,r-png)
9806        ("r-rcolorbrewer" ,r-rcolorbrewer)))
9807     (home-page
9808      "https://github.com/jokergoo/ComplexHeatmap")
9809     (synopsis "Making Complex Heatmaps")
9810     (description
9811      "Complex heatmaps are efficient to visualize associations between
9812 different sources of data sets and reveal potential structures.  This package
9813 provides a highly flexible way to arrange multiple heatmaps and supports
9814 self-defined annotation graphics.")
9815     (license license:gpl2+)))
9816
9817 (define-public r-dirichletmultinomial
9818   (package
9819     (name "r-dirichletmultinomial")
9820     (version "1.26.0")
9821     (source
9822      (origin
9823        (method url-fetch)
9824        (uri (bioconductor-uri "DirichletMultinomial" version))
9825        (sha256
9826         (base32
9827          "0qirvhnbv4wd50ln4pqbk4dj6h2935ipf9p4sw1x62qqhwxidqk4"))))
9828     (properties
9829      `((upstream-name . "DirichletMultinomial")))
9830     (build-system r-build-system)
9831     (inputs
9832      `(("gsl" ,gsl)))
9833     (propagated-inputs
9834      `(("r-biocgenerics" ,r-biocgenerics)
9835        ("r-iranges" ,r-iranges)
9836        ("r-s4vectors" ,r-s4vectors)))
9837     (home-page "https://bioconductor.org/packages/DirichletMultinomial")
9838     (synopsis "Dirichlet-Multinomial mixture models for microbiome data")
9839     (description
9840      "Dirichlet-multinomial mixture models can be used to describe variability
9841 in microbial metagenomic data.  This package is an interface to code
9842 originally made available by Holmes, Harris, and Quince, 2012, PLoS ONE 7(2):
9843 1-15.")
9844     (license license:lgpl3)))
9845
9846 (define-public r-ensembldb
9847   (package
9848     (name "r-ensembldb")
9849     (version "2.8.0")
9850     (source
9851      (origin
9852        (method url-fetch)
9853        (uri (bioconductor-uri "ensembldb" version))
9854        (sha256
9855         (base32
9856          "09s5g9xm9m8mqvzk6pkp9fyhx3zyb4p8yziz49mhfji5n35nydjr"))))
9857     (build-system r-build-system)
9858     (propagated-inputs
9859      `(("r-annotationdbi" ,r-annotationdbi)
9860        ("r-annotationfilter" ,r-annotationfilter)
9861        ("r-biobase" ,r-biobase)
9862        ("r-biocgenerics" ,r-biocgenerics)
9863        ("r-biostrings" ,r-biostrings)
9864        ("r-curl" ,r-curl)
9865        ("r-dbi" ,r-dbi)
9866        ("r-genomeinfodb" ,r-genomeinfodb)
9867        ("r-genomicfeatures" ,r-genomicfeatures)
9868        ("r-genomicranges" ,r-genomicranges)
9869        ("r-iranges" ,r-iranges)
9870        ("r-protgenerics" ,r-protgenerics)
9871        ("r-rsamtools" ,r-rsamtools)
9872        ("r-rsqlite" ,r-rsqlite)
9873        ("r-rtracklayer" ,r-rtracklayer)
9874        ("r-s4vectors" ,r-s4vectors)))
9875     (home-page "https://github.com/jotsetung/ensembldb")
9876     (synopsis "Utilities to create and use Ensembl-based annotation databases")
9877     (description
9878      "The package provides functions to create and use transcript-centric
9879 annotation databases/packages.  The annotation for the databases are directly
9880 fetched from Ensembl using their Perl API.  The functionality and data is
9881 similar to that of the TxDb packages from the @code{GenomicFeatures} package,
9882 but, in addition to retrieve all gene/transcript models and annotations from
9883 the database, the @code{ensembldb} package also provides a filter framework
9884 allowing to retrieve annotations for specific entries like genes encoded on a
9885 chromosome region or transcript models of lincRNA genes.")
9886     ;; No version specified
9887     (license license:lgpl3+)))
9888
9889 (define-public r-organismdbi
9890   (package
9891     (name "r-organismdbi")
9892     (version "1.26.0")
9893     (source
9894      (origin
9895        (method url-fetch)
9896        (uri (bioconductor-uri "OrganismDbi" version))
9897        (sha256
9898         (base32
9899          "14azk69pmwlhza0mhsxigsg127w3mgsx9hhrbdcdqmy3vzfbfaqq"))))
9900     (properties `((upstream-name . "OrganismDbi")))
9901     (build-system r-build-system)
9902     (propagated-inputs
9903      `(("r-annotationdbi" ,r-annotationdbi)
9904        ("r-biobase" ,r-biobase)
9905        ("r-biocgenerics" ,r-biocgenerics)
9906        ("r-biocmanager" ,r-biocmanager)
9907        ("r-dbi" ,r-dbi)
9908        ("r-genomicfeatures" ,r-genomicfeatures)
9909        ("r-genomicranges" ,r-genomicranges)
9910        ("r-graph" ,r-graph)
9911        ("r-iranges" ,r-iranges)
9912        ("r-rbgl" ,r-rbgl)
9913        ("r-s4vectors" ,r-s4vectors)))
9914     (home-page "https://bioconductor.org/packages/OrganismDbi")
9915     (synopsis "Software to enable the smooth interfacing of database packages")
9916     (description "The package enables a simple unified interface to several
9917 annotation packages each of which has its own schema by taking advantage of
9918 the fact that each of these packages implements a select methods.")
9919     (license license:artistic2.0)))
9920
9921 (define-public r-biovizbase
9922   (package
9923     (name "r-biovizbase")
9924     (version "1.32.0")
9925     (source
9926      (origin
9927        (method url-fetch)
9928        (uri (bioconductor-uri "biovizBase" version))
9929        (sha256
9930         (base32
9931          "1lba1801ak0a4vz6f8jffp9d525q27p0dhi2bp4f68mvdwwl2994"))))
9932     (properties `((upstream-name . "biovizBase")))
9933     (build-system r-build-system)
9934     (propagated-inputs
9935      `(("r-annotationdbi" ,r-annotationdbi)
9936        ("r-annotationfilter" ,r-annotationfilter)
9937        ("r-biocgenerics" ,r-biocgenerics)
9938        ("r-biostrings" ,r-biostrings)
9939        ("r-dichromat" ,r-dichromat)
9940        ("r-ensembldb" ,r-ensembldb)
9941        ("r-genomeinfodb" ,r-genomeinfodb)
9942        ("r-genomicalignments" ,r-genomicalignments)
9943        ("r-genomicfeatures" ,r-genomicfeatures)
9944        ("r-genomicranges" ,r-genomicranges)
9945        ("r-hmisc" ,r-hmisc)
9946        ("r-iranges" ,r-iranges)
9947        ("r-rcolorbrewer" ,r-rcolorbrewer)
9948        ("r-rlang" ,r-rlang)
9949        ("r-rsamtools" ,r-rsamtools)
9950        ("r-s4vectors" ,r-s4vectors)
9951        ("r-scales" ,r-scales)
9952        ("r-summarizedexperiment" ,r-summarizedexperiment)
9953        ("r-variantannotation" ,r-variantannotation)))
9954     (home-page "https://bioconductor.org/packages/biovizBase")
9955     (synopsis "Basic graphic utilities for visualization of genomic data")
9956     (description
9957      "The biovizBase package is designed to provide a set of utilities, color
9958 schemes and conventions for genomic data.  It serves as the base for various
9959 high-level packages for biological data visualization.  This saves development
9960 effort and encourages consistency.")
9961     (license license:artistic2.0)))
9962
9963 (define-public r-ggbio
9964   (package
9965     (name "r-ggbio")
9966     (version "1.32.0")
9967     (source
9968      (origin
9969        (method url-fetch)
9970        (uri (bioconductor-uri "ggbio" version))
9971        (sha256
9972         (base32
9973          "10s6hnffnrrsx3896adqdc5g55fzd5y6qhnp1mq0c641nw833rwd"))))
9974     (build-system r-build-system)
9975     (arguments
9976      `(#:phases
9977        (modify-phases %standard-phases
9978          ;; See https://github.com/tengfei/ggbio/issues/117
9979          ;; This fix will be included in the next release.
9980          (add-after 'unpack 'fix-typo
9981            (lambda _
9982              (substitute* "R/GGbio-class.R"
9983                (("fechable") "fetchable"))
9984              #t)))))
9985     (propagated-inputs
9986      `(("r-annotationdbi" ,r-annotationdbi)
9987        ("r-annotationfilter" ,r-annotationfilter)
9988        ("r-biobase" ,r-biobase)
9989        ("r-biocgenerics" ,r-biocgenerics)
9990        ("r-biostrings" ,r-biostrings)
9991        ("r-biovizbase" ,r-biovizbase)
9992        ("r-bsgenome" ,r-bsgenome)
9993        ("r-ensembldb" ,r-ensembldb)
9994        ("r-genomeinfodb" ,r-genomeinfodb)
9995        ("r-genomicalignments" ,r-genomicalignments)
9996        ("r-genomicfeatures" ,r-genomicfeatures)
9997        ("r-genomicranges" ,r-genomicranges)
9998        ("r-ggally" ,r-ggally)
9999        ("r-ggplot2" ,r-ggplot2)
10000        ("r-gridextra" ,r-gridextra)
10001        ("r-gtable" ,r-gtable)
10002        ("r-hmisc" ,r-hmisc)
10003        ("r-iranges" ,r-iranges)
10004        ("r-organismdbi" ,r-organismdbi)
10005        ("r-reshape2" ,r-reshape2)
10006        ("r-rlang" ,r-rlang)
10007        ("r-rsamtools" ,r-rsamtools)
10008        ("r-rtracklayer" ,r-rtracklayer)
10009        ("r-s4vectors" ,r-s4vectors)
10010        ("r-scales" ,r-scales)
10011        ("r-summarizedexperiment" ,r-summarizedexperiment)
10012        ("r-variantannotation" ,r-variantannotation)))
10013     (home-page "http://www.tengfei.name/ggbio/")
10014     (synopsis "Visualization tools for genomic data")
10015     (description
10016      "The ggbio package extends and specializes the grammar of graphics for
10017 biological data.  The graphics are designed to answer common scientific
10018 questions, in particular those often asked of high throughput genomics data.
10019 All core Bioconductor data structures are supported, where appropriate.  The
10020 package supports detailed views of particular genomic regions, as well as
10021 genome-wide overviews.  Supported overviews include ideograms and grand linear
10022 views.  High-level plots include sequence fragment length, edge-linked
10023 interval to data view, mismatch pileup, and several splicing summaries.")
10024     (license license:artistic2.0)))
10025
10026 (define-public r-gprofiler
10027   (package
10028     (name "r-gprofiler")
10029     (version "0.6.7")
10030     (source
10031      (origin
10032        (method url-fetch)
10033        (uri (cran-uri "gProfileR" version))
10034        (sha256
10035         (base32
10036          "12nwidbnqmnfy5dnqga26byslvdnkrpz2fi19qfcby6xx0wbndk7"))))
10037     (properties `((upstream-name . "gProfileR")))
10038     (build-system r-build-system)
10039     (propagated-inputs
10040      `(("r-plyr" ,r-plyr)
10041        ("r-rcurl" ,r-rcurl)))
10042     (home-page "https://cran.r-project.org/web/packages/gProfileR/")
10043     (synopsis "Interface to the g:Profiler toolkit")
10044     (description
10045      "This package provides tools for functional enrichment analysis,
10046 gene identifier conversion and mapping homologous genes across related
10047 organisms via the @code{g:Profiler} toolkit.")
10048     (license license:gpl2+)))
10049
10050 (define-public r-gqtlbase
10051   (package
10052     (name "r-gqtlbase")
10053     (version "1.16.0")
10054     (source
10055      (origin
10056        (method url-fetch)
10057        (uri (bioconductor-uri "gQTLBase" version))
10058        (sha256
10059         (base32
10060          "1n2cizb88g2ankngvhxv377gizg80y3fhlx67sgm0z4ilm6a30ql"))))
10061     (properties `((upstream-name . "gQTLBase")))
10062     (build-system r-build-system)
10063     (propagated-inputs
10064      `(("r-batchjobs" ,r-batchjobs)
10065        ("r-bbmisc" ,r-bbmisc)
10066        ("r-biocgenerics" ,r-biocgenerics)
10067        ("r-bit" ,r-bit)
10068        ("r-doparallel" ,r-doparallel)
10069        ("r-ff" ,r-ff)
10070        ("r-ffbase" ,r-ffbase)
10071        ("r-foreach" ,r-foreach)
10072        ("r-genomicfiles" ,r-genomicfiles)
10073        ("r-genomicranges" ,r-genomicranges)
10074        ("r-rtracklayer" ,r-rtracklayer)
10075        ("r-s4vectors" ,r-s4vectors)
10076        ("r-summarizedexperiment" ,r-summarizedexperiment)))
10077     (home-page "https://bioconductor.org/packages/gQTLBase")
10078     (synopsis "Infrastructure for eQTL, mQTL and similar studies")
10079     (description
10080      "The purpose of this package is to simplify the storage and interrogation
10081 of @dfn{quantitative trait loci} (QTL) archives, such as eQTL, mQTL, dsQTL,
10082 and more.")
10083     (license license:artistic2.0)))
10084
10085 (define-public r-snpstats
10086   (package
10087     (name "r-snpstats")
10088     (version "1.34.0")
10089     (source
10090      (origin
10091        (method url-fetch)
10092        (uri (bioconductor-uri "snpStats" version))
10093        (sha256
10094         (base32
10095          "0drfd24a5pkrhzmpidlh717bgh2dm68mpn6vj1vlpkilfbkifl34"))))
10096     (properties `((upstream-name . "snpStats")))
10097     (build-system r-build-system)
10098     (inputs `(("zlib" ,zlib)))
10099     (propagated-inputs
10100      `(("r-biocgenerics" ,r-biocgenerics)
10101        ("r-matrix" ,r-matrix)
10102        ("r-survival" ,r-survival)
10103        ("r-zlibbioc" ,r-zlibbioc)))
10104     (home-page "https://bioconductor.org/packages/snpStats")
10105     (synopsis "Methods for SNP association studies")
10106     (description
10107      "This package provides classes and statistical methods for large
10108 @dfn{single-nucleotide polymorphism} (SNP) association studies.  This extends
10109 the earlier snpMatrix package, allowing for uncertainty in genotypes.")
10110     (license license:gpl3)))
10111
10112 (define-public r-homo-sapiens
10113   (package
10114     (name "r-homo-sapiens")
10115     (version "1.3.1")
10116     (source (origin
10117               (method url-fetch)
10118               ;; We cannot use bioconductor-uri here because this tarball is
10119               ;; located under "data/annotation/" instead of "bioc/".
10120               (uri (string-append "http://www.bioconductor.org/packages/"
10121                                   "release/data/annotation/src/contrib/"
10122                                   "Homo.sapiens_"
10123                                   version ".tar.gz"))
10124               (sha256
10125                (base32
10126                 "151vj7h5p1c8yd5swrchk46z469p135wk50hvkl0nhgndvy0jj01"))))
10127     (properties
10128      `((upstream-name . "Homo.sapiens")))
10129     (build-system r-build-system)
10130     (propagated-inputs
10131      `(("r-genomicfeatures" ,r-genomicfeatures)
10132        ("r-go-db" ,r-go-db)
10133        ("r-org-hs-eg-db" ,r-org-hs-eg-db)
10134        ("r-txdb-hsapiens-ucsc-hg19-knowngene" ,r-txdb-hsapiens-ucsc-hg19-knowngene)
10135        ("r-organismdbi" ,r-organismdbi)
10136        ("r-annotationdbi" ,r-annotationdbi)))
10137     (home-page "https://bioconductor.org/packages/Homo.sapiens/")
10138     (synopsis "Annotation package for the Homo.sapiens object")
10139     (description
10140      "This package contains the Homo.sapiens object to access data from
10141 several related annotation packages.")
10142     (license license:artistic2.0)))
10143
10144 (define-public r-erma
10145   (package
10146     (name "r-erma")
10147     (version "1.0.0")
10148     (source
10149      (origin
10150        (method url-fetch)
10151        (uri (bioconductor-uri "erma" version))
10152        (sha256
10153         (base32
10154          "0j7ggp63m5y88cxgi49vcql1s1avzifwvvd2hydj4lj3yrmzib48"))))
10155     (build-system r-build-system)
10156     (propagated-inputs
10157      `(("r-annotationdbi" ,r-annotationdbi)
10158        ("r-biobase" ,r-biobase)
10159        ("r-biocgenerics" ,r-biocgenerics)
10160        ("r-biocparallel" ,r-biocparallel)
10161        ("r-genomeinfodb" ,r-genomeinfodb)
10162        ("r-genomicfiles" ,r-genomicfiles)
10163        ("r-genomicranges" ,r-genomicranges)
10164        ("r-ggplot2" ,r-ggplot2)
10165        ("r-homo-sapiens" ,r-homo-sapiens)
10166        ("r-iranges" ,r-iranges)
10167        ("r-rtracklayer" ,r-rtracklayer)
10168        ("r-s4vectors" ,r-s4vectors)
10169        ("r-shiny" ,r-shiny)
10170        ("r-summarizedexperiment" ,r-summarizedexperiment)))
10171     (home-page "https://bioconductor.org/packages/erma")
10172     (synopsis "Epigenomic road map adventures")
10173     (description
10174      "The epigenomics road map describes locations of epigenetic marks in DNA
10175 from a variety of cell types.  Of interest are locations of histone
10176 modifications, sites of DNA methylation, and regions of accessible chromatin.
10177 This package presents a selection of elements of the road map including
10178 metadata and outputs of the ChromImpute procedure applied to ENCODE cell lines
10179 by Ernst and Kellis.")
10180     (license license:artistic2.0)))
10181
10182 (define-public r-ldblock
10183   (package
10184     (name "r-ldblock")
10185     (version "1.14.0")
10186     (source
10187      (origin
10188        (method url-fetch)
10189        (uri (bioconductor-uri "ldblock" version))
10190        (sha256
10191         (base32
10192          "0lraxhq9ny3468534klrl64nx0dpaf9cbd5bir6m5qma8j7kfnyd"))))
10193     (build-system r-build-system)
10194     (propagated-inputs
10195      `(("r-biocgenerics" ,r-biocgenerics)
10196        ("r-erma" ,r-erma)
10197        ("r-genomeinfodb" ,r-genomeinfodb)
10198        ("r-genomicfiles" ,r-genomicfiles)
10199        ("r-go-db" ,r-go-db)
10200        ("r-homo-sapiens" ,r-homo-sapiens)
10201        ("r-matrix" ,r-matrix)
10202        ("r-rsamtools" ,r-rsamtools)
10203        ("r-snpstats" ,r-snpstats)
10204        ("r-variantannotation" ,r-variantannotation)))
10205     (home-page "https://bioconductor.org/packages/ldblock")
10206     (synopsis "Data structures for linkage disequilibrium measures in populations")
10207     (description
10208      "This package defines data structures for @dfn{linkage
10209 disequilibrium} (LD) measures in populations.  Its purpose is to simplify
10210 handling of existing population-level data for the purpose of flexibly
10211 defining LD blocks.")
10212     (license license:artistic2.0)))
10213
10214 (define-public r-gqtlstats
10215   (package
10216     (name "r-gqtlstats")
10217     (version "1.16.0")
10218     (source
10219      (origin
10220        (method url-fetch)
10221        (uri (bioconductor-uri "gQTLstats" version))
10222        (sha256
10223         (base32
10224          "17xadfn8qh1pwzlpcbds5wrjr9bzhsnmv90wffxmp02hq20qkrh5"))))
10225     (properties `((upstream-name . "gQTLstats")))
10226     (build-system r-build-system)
10227     (propagated-inputs
10228      `(("r-annotationdbi" ,r-annotationdbi)
10229        ("r-batchjobs" ,r-batchjobs)
10230        ("r-bbmisc" ,r-bbmisc)
10231        ("r-beeswarm" ,r-beeswarm)
10232        ("r-biobase" ,r-biobase)
10233        ("r-biocgenerics" ,r-biocgenerics)
10234        ("r-doparallel" ,r-doparallel)
10235        ("r-dplyr" ,r-dplyr)
10236        ("r-erma" ,r-erma)
10237        ("r-ffbase" ,r-ffbase)
10238        ("r-foreach" ,r-foreach)
10239        ("r-genomeinfodb" ,r-genomeinfodb)
10240        ("r-genomicfeatures" ,r-genomicfeatures)
10241        ("r-genomicfiles" ,r-genomicfiles)
10242        ("r-genomicranges" ,r-genomicranges)
10243        ("r-ggbeeswarm" ,r-ggbeeswarm)
10244        ("r-ggplot2" ,r-ggplot2)
10245        ("r-gqtlbase" ,r-gqtlbase)
10246        ("r-hardyweinberg" ,r-hardyweinberg)
10247        ("r-homo-sapiens" ,r-homo-sapiens)
10248        ("r-iranges" ,r-iranges)
10249        ("r-limma" ,r-limma)
10250        ("r-mgcv" ,r-mgcv)
10251        ("r-plotly" ,r-plotly)
10252        ("r-reshape2" ,r-reshape2)
10253        ("r-s4vectors" ,r-s4vectors)
10254        ("r-shiny" ,r-shiny)
10255        ("r-snpstats" ,r-snpstats)
10256        ("r-summarizedexperiment" ,r-summarizedexperiment)
10257        ("r-variantannotation" ,r-variantannotation)))
10258     (home-page "https://bioconductor.org/packages/gQTLstats")
10259     (synopsis "Computationally efficient analysis for eQTL and allied studies")
10260     (description
10261      "This package provides tools for the computationally efficient analysis
10262 of @dfn{quantitative trait loci} (QTL) data, including eQTL, mQTL, dsQTL, etc.
10263 The software in this package aims to support refinements and functional
10264 interpretation of members of a collection of association statistics on a
10265 family of feature/genome hypotheses.")
10266     (license license:artistic2.0)))
10267
10268 (define-public r-gviz
10269   (package
10270     (name "r-gviz")
10271     (version "1.28.0")
10272     (source
10273      (origin
10274        (method url-fetch)
10275        (uri (bioconductor-uri "Gviz" version))
10276        (sha256
10277         (base32
10278          "02alz27w8fnnm2ga71g3jg2b94f95ccv6r1fyszj4yb1k2g7rkxk"))))
10279     (properties `((upstream-name . "Gviz")))
10280     (build-system r-build-system)
10281     (propagated-inputs
10282      `(("r-annotationdbi" ,r-annotationdbi)
10283        ("r-biobase" ,r-biobase)
10284        ("r-biocgenerics" ,r-biocgenerics)
10285        ("r-biomart" ,r-biomart)
10286        ("r-biostrings" ,r-biostrings)
10287        ("r-biovizbase" ,r-biovizbase)
10288        ("r-bsgenome" ,r-bsgenome)
10289        ("r-digest" ,r-digest)
10290        ("r-genomeinfodb" ,r-genomeinfodb)
10291        ("r-genomicalignments" ,r-genomicalignments)
10292        ("r-genomicfeatures" ,r-genomicfeatures)
10293        ("r-genomicranges" ,r-genomicranges)
10294        ("r-iranges" ,r-iranges)
10295        ("r-lattice" ,r-lattice)
10296        ("r-latticeextra" ,r-latticeextra)
10297        ("r-matrixstats" ,r-matrixstats)
10298        ("r-rcolorbrewer" ,r-rcolorbrewer)
10299        ("r-rsamtools" ,r-rsamtools)
10300        ("r-rtracklayer" ,r-rtracklayer)
10301        ("r-s4vectors" ,r-s4vectors)
10302        ("r-xvector" ,r-xvector)))
10303     (home-page "https://bioconductor.org/packages/Gviz")
10304     (synopsis "Plotting data and annotation information along genomic coordinates")
10305     (description
10306      "Genomic data analyses requires integrated visualization of known genomic
10307 information and new experimental data.  Gviz uses the biomaRt and the
10308 rtracklayer packages to perform live annotation queries to Ensembl and UCSC
10309 and translates this to e.g. gene/transcript structures in viewports of the
10310 grid graphics package.  This results in genomic information plotted together
10311 with your data.")
10312     (license license:artistic2.0)))
10313
10314 (define-public r-gwascat
10315   (package
10316     (name "r-gwascat")
10317     (version "2.16.0")
10318     (source
10319      (origin
10320        (method url-fetch)
10321        (uri (bioconductor-uri "gwascat" version))
10322        (sha256
10323         (base32
10324          "0akb36mrybmxbb1bc9kgxbnj3cdypfylj3yzrmhjwqxml03mg61i"))))
10325     (build-system r-build-system)
10326     (propagated-inputs
10327      `(("r-annotationdbi" ,r-annotationdbi)
10328        ("r-biocgenerics" ,r-biocgenerics)
10329        ("r-biostrings" ,r-biostrings)
10330        ("r-genomeinfodb" ,r-genomeinfodb)
10331        ("r-genomicfeatures" ,r-genomicfeatures)
10332        ("r-genomicranges" ,r-genomicranges)
10333        ("r-homo-sapiens" ,r-homo-sapiens)
10334        ("r-iranges" ,r-iranges)
10335        ("r-rsamtools" ,r-rsamtools)
10336        ("r-rtracklayer" ,r-rtracklayer)
10337        ("r-s4vectors" ,r-s4vectors)))
10338     (home-page "https://bioconductor.org/packages/gwascat")
10339     (synopsis "Tools for data in the EMBL-EBI GWAS catalog")
10340     (description
10341      "This package provides tools for representing and modeling data in the
10342 EMBL-EBI GWAS catalog.")
10343     (license license:artistic2.0)))
10344
10345 (define-public r-sushi
10346   (package
10347     (name "r-sushi")
10348     (version "1.22.0")
10349     (source (origin
10350               (method url-fetch)
10351               (uri (bioconductor-uri "Sushi" version))
10352               (sha256
10353                (base32
10354                 "1hgh3jfcx0bh3fyvp85v7435hvsk3ah1hxx5117ss93v03iwjf1g"))))
10355     (properties `((upstream-name . "Sushi")))
10356     (build-system r-build-system)
10357     (propagated-inputs
10358      `(("r-biomart" ,r-biomart)
10359        ("r-zoo" ,r-zoo)))
10360     (home-page "https://bioconductor.org/packages/Sushi")
10361     (synopsis "Tools for visualizing genomics data")
10362     (description
10363      "This package provides flexible, quantitative, and integrative genomic
10364 visualizations for publication-quality multi-panel figures.")
10365     (license license:gpl2+)))
10366
10367 (define-public r-fithic
10368   (package
10369     (name "r-fithic")
10370     (version "1.10.0")
10371     (source (origin
10372               (method url-fetch)
10373               (uri (bioconductor-uri "FitHiC" version))
10374               (sha256
10375                (base32
10376                 "1qrxy4v8vmykrk8y6g3bs5wh5xhbs6pxyydbxy3vnj2mjirnxr6d"))))
10377     (properties `((upstream-name . "FitHiC")))
10378     (build-system r-build-system)
10379     (propagated-inputs
10380      `(("r-data-table" ,r-data-table)
10381        ("r-fdrtool" ,r-fdrtool)
10382        ("r-rcpp" ,r-rcpp)))
10383     (home-page "https://bioconductor.org/packages/FitHiC")
10384     (synopsis "Confidence estimation for intra-chromosomal contact maps")
10385     (description
10386      "Fit-Hi-C is a tool for assigning statistical confidence estimates to
10387 intra-chromosomal contact maps produced by genome-wide genome architecture
10388 assays such as Hi-C.")
10389     (license license:gpl2+)))
10390
10391 (define-public r-hitc
10392   (package
10393     (name "r-hitc")
10394     (version "1.28.0")
10395     (source (origin
10396               (method url-fetch)
10397               (uri (bioconductor-uri "HiTC" version))
10398               (sha256
10399                (base32
10400                 "059a1xxv2kb0bb32flymg2s8ylhavnv3j8l4125rfidagcgxgzjq"))))
10401     (properties `((upstream-name . "HiTC")))
10402     (build-system r-build-system)
10403     (propagated-inputs
10404      `(("r-biostrings" ,r-biostrings)
10405        ("r-genomeinfodb" ,r-genomeinfodb)
10406        ("r-genomicranges" ,r-genomicranges)
10407        ("r-iranges" ,r-iranges)
10408        ("r-matrix" ,r-matrix)
10409        ("r-rcolorbrewer" ,r-rcolorbrewer)
10410        ("r-rtracklayer" ,r-rtracklayer)))
10411     (home-page "https://bioconductor.org/packages/HiTC")
10412     (synopsis "High throughput chromosome conformation capture analysis")
10413     (description
10414      "The HiTC package was developed to explore high-throughput \"C\" data
10415 such as 5C or Hi-C.  Dedicated R classes as well as standard methods for
10416 quality controls, normalization, visualization, and further analysis are also
10417 provided.")
10418     (license license:artistic2.0)))
10419
10420 (define-public r-hdf5array
10421   (package
10422     (name "r-hdf5array")
10423     (version "1.12.1")
10424     (source
10425      (origin
10426        (method url-fetch)
10427        (uri (bioconductor-uri "HDF5Array" version))
10428        (sha256
10429         (base32
10430          "0n8zc1x582vwb0zfhrjmnqbnpqky9zbhjc2j836i0a4yisklwdcp"))))
10431     (properties `((upstream-name . "HDF5Array")))
10432     (build-system r-build-system)
10433     (inputs
10434      `(("zlib" ,zlib)))
10435     (propagated-inputs
10436      `(("r-biocgenerics" ,r-biocgenerics)
10437        ("r-delayedarray" ,r-delayedarray)
10438        ("r-iranges" ,r-iranges)
10439        ("r-rhdf5" ,r-rhdf5)
10440        ("r-rhdf5lib" ,r-rhdf5lib)
10441        ("r-s4vectors" ,r-s4vectors)))
10442     (home-page "https://bioconductor.org/packages/HDF5Array")
10443     (synopsis "HDF5 back end for DelayedArray objects")
10444     (description "This package provides an array-like container for convenient
10445 access and manipulation of HDF5 datasets.  It supports delayed operations and
10446 block processing.")
10447     (license license:artistic2.0)))
10448
10449 (define-public r-rhdf5lib
10450   (package
10451     (name "r-rhdf5lib")
10452     (version "1.6.0")
10453     (source
10454      (origin
10455        (method url-fetch)
10456        (uri (bioconductor-uri "Rhdf5lib" version))
10457        (sha256
10458         (base32
10459          "1lpmyxlwwcy92hyxqag321ssc5z6yw3a0ws9r058jwgzyjg7i2gm"))
10460        (modules '((guix build utils)))
10461        (snippet
10462         '(begin
10463            ;; Delete bundled binaries
10464            (delete-file-recursively "src/winlib/")
10465            #t))))
10466     (properties `((upstream-name . "Rhdf5lib")))
10467     (build-system r-build-system)
10468     (arguments
10469      `(#:phases
10470        (modify-phases %standard-phases
10471          (add-after 'unpack 'do-not-use-bundled-hdf5
10472            (lambda* (#:key inputs #:allow-other-keys)
10473              (for-each delete-file '("configure" "configure.ac"))
10474              ;; Do not make other packages link with the proprietary libsz.
10475              (substitute* "R/zzz.R"
10476                (("'%s/libhdf5_cpp.a %s/libhdf5.a %s/libsz.a -lz'")
10477                 "'%s/libhdf5_cpp.a %s/libhdf5.a %s/libhdf5.a -lz'")
10478                (("'%s/libhdf5.a %s/libsz.a -lz'")
10479                 "'%s/libhdf5.a %s/libhdf5.a -lz'"))
10480              (with-directory-excursion "src"
10481                (invoke "tar" "xvf" (assoc-ref inputs "hdf5-source"))
10482                (rename-file (string-append "hdf5-" ,(package-version hdf5-1.10))
10483                             "hdf5")
10484                ;; Remove timestamp and host system information to make
10485                ;; the build reproducible.
10486                (substitute* "hdf5/src/libhdf5.settings.in"
10487                  (("Configured on: @CONFIG_DATE@")
10488                   "Configured on: Guix")
10489                  (("Uname information:.*")
10490                   "Uname information: Linux\n")
10491                  ;; Remove unnecessary store reference.
10492                  (("C Compiler:.*")
10493                   "C Compiler: GCC\n"))
10494                (rename-file "Makevars.in" "Makevars")
10495                (substitute* "Makevars"
10496                  (("HDF5_CXX_LIB=.*")
10497                   (string-append "HDF5_CXX_LIB="
10498                                  (assoc-ref inputs "hdf5") "/lib/libhdf5_cpp.a\n"))
10499                  (("HDF5_LIB=.*")
10500                   (string-append "HDF5_LIB="
10501                                  (assoc-ref inputs "hdf5") "/lib/libhdf5.a\n"))
10502                  (("HDF5_CXX_INCLUDE=.*") "HDF5_CXX_INCLUDE=./hdf5/c++/src\n")
10503                  (("HDF5_INCLUDE=.*") "HDF5_INCLUDE=./hdf5/src\n")
10504                  ;; szip is non-free software
10505                  (("cp \\$\\{SZIP_LIB\\}.*") "")
10506                  (("\\$\\{USER_LIB_DIR\\}libsz.a") "")))
10507              #t)))))
10508     (inputs
10509      `(("zlib" ,zlib)))
10510     (propagated-inputs
10511      `(("hdf5" ,hdf5-1.10)))
10512     (native-inputs
10513      `(("hdf5-source" ,(package-source hdf5-1.10))))
10514     (home-page "https://bioconductor.org/packages/Rhdf5lib")
10515     (synopsis "HDF5 library as an R package")
10516     (description "This package provides C and C++ HDF5 libraries for use in R
10517 packages.")
10518     (license license:artistic2.0)))
10519
10520 (define-public r-beachmat
10521   (package
10522     (name "r-beachmat")
10523     (version "2.0.0")
10524     (source
10525      (origin
10526        (method url-fetch)
10527        (uri (bioconductor-uri "beachmat" version))
10528        (sha256
10529         (base32
10530          "14cz19fw97s8mhm9r2n5li44vckx069k8nqsyy64c3lkfm4vy4zx"))))
10531     (build-system r-build-system)
10532     (propagated-inputs
10533      `(("r-biocgenerics" ,r-biocgenerics)
10534        ("r-delayedarray" ,r-delayedarray)))
10535     (home-page "https://bioconductor.org/packages/beachmat")
10536     (synopsis "Compiling Bioconductor to handle each matrix type")
10537     (description "This package provides a consistent C++ class interface for a
10538 variety of commonly used matrix types, including sparse and HDF5-backed
10539 matrices.")
10540     (license license:gpl3)))
10541
10542 (define-public r-singlecellexperiment
10543   (package
10544     (name "r-singlecellexperiment")
10545     (version "1.6.0")
10546     (source
10547      (origin
10548        (method url-fetch)
10549        (uri (bioconductor-uri "SingleCellExperiment" version))
10550        (sha256
10551         (base32
10552          "0m3yjnv1njb4gyzcjfk7a0lz2vgggp2wjz382gqrb0qhhwcgfkj5"))))
10553     (properties
10554      `((upstream-name . "SingleCellExperiment")))
10555     (build-system r-build-system)
10556     (propagated-inputs
10557      `(("r-biocgenerics" ,r-biocgenerics)
10558        ("r-s4vectors" ,r-s4vectors)
10559        ("r-summarizedexperiment" ,r-summarizedexperiment)))
10560     (home-page "https://bioconductor.org/packages/SingleCellExperiment")
10561     (synopsis "S4 classes for single cell data")
10562     (description "This package defines an S4 class for storing data from
10563 single-cell experiments.  This includes specialized methods to store and
10564 retrieve spike-in information, dimensionality reduction coordinates and size
10565 factors for each cell, along with the usual metadata for genes and
10566 libraries.")
10567     (license license:gpl3)))
10568
10569 (define-public r-scater
10570   (package
10571     (name "r-scater")
10572     (version "1.12.2")
10573     (source (origin
10574               (method url-fetch)
10575               (uri (bioconductor-uri "scater" version))
10576               (sha256
10577                (base32
10578                 "16a17161xlhh6qpna9qxph3anlc7ydgyrczmy4alfiw8si7pzmxa"))))
10579     (build-system r-build-system)
10580     (propagated-inputs
10581      `(("r-beachmat" ,r-beachmat)
10582        ("r-biocgenerics" ,r-biocgenerics)
10583        ("r-biocneighbors" ,r-biocneighbors)
10584        ("r-biocparallel" ,r-biocparallel)
10585        ("r-biocsingular" ,r-biocsingular)
10586        ("r-delayedarray" ,r-delayedarray)
10587        ("r-delayedmatrixstats" ,r-delayedmatrixstats)
10588        ("r-dplyr" ,r-dplyr)
10589        ("r-ggbeeswarm" ,r-ggbeeswarm)
10590        ("r-ggplot2" ,r-ggplot2)
10591        ("r-matrix" ,r-matrix)
10592        ("r-rcpp" ,r-rcpp)
10593        ("r-s4vectors" ,r-s4vectors)
10594        ("r-singlecellexperiment" ,r-singlecellexperiment)
10595        ("r-summarizedexperiment" ,r-summarizedexperiment)
10596        ("r-viridis" ,r-viridis)))
10597     (home-page "https://github.com/davismcc/scater")
10598     (synopsis "Single-cell analysis toolkit for gene expression data in R")
10599     (description "This package provides a collection of tools for doing
10600 various analyses of single-cell RNA-seq gene expression data, with a focus on
10601 quality control.")
10602     (license license:gpl2+)))
10603
10604 (define-public r-scran
10605   (package
10606     (name "r-scran")
10607     (version "1.12.1")
10608     (source
10609      (origin
10610        (method url-fetch)
10611        (uri (bioconductor-uri "scran" version))
10612        (sha256
10613         (base32
10614          "17mknpkvs7mgnlbf2hv9k7rwbx2vlg60yrwfyb8nn3nxsb6vm7yn"))))
10615     (build-system r-build-system)
10616     (propagated-inputs
10617      `(("r-beachmat" ,r-beachmat)
10618        ("r-bh" ,r-bh)
10619        ("r-biocgenerics" ,r-biocgenerics)
10620        ("r-biocneighbors" ,r-biocneighbors)
10621        ("r-biocparallel" ,r-biocparallel)
10622        ("r-biocsingular" ,r-biocsingular)
10623        ("r-delayedarray" ,r-delayedarray)
10624        ("r-delayedmatrixstats" ,r-delayedmatrixstats)
10625        ("r-dqrng" ,r-dqrng)
10626        ("r-dynamictreecut" ,r-dynamictreecut)
10627        ("r-edger" ,r-edger)
10628        ("r-igraph" ,r-igraph)
10629        ("r-limma" ,r-limma)
10630        ("r-matrix" ,r-matrix)
10631        ("r-rcpp" ,r-rcpp)
10632        ("r-s4vectors" ,r-s4vectors)
10633        ("r-scater" ,r-scater)
10634        ("r-singlecellexperiment" ,r-singlecellexperiment)
10635        ("r-statmod" ,r-statmod)
10636        ("r-summarizedexperiment" ,r-summarizedexperiment)))
10637     (home-page "https://bioconductor.org/packages/scran")
10638     (synopsis "Methods for single-cell RNA-Seq data analysis")
10639     (description "This package implements a variety of low-level analyses of
10640 single-cell RNA-seq data.  Methods are provided for normalization of
10641 cell-specific biases, assignment of cell cycle phase, and detection of highly
10642 variable and significantly correlated genes.")
10643     (license license:gpl3)))
10644
10645 (define-public r-delayedmatrixstats
10646   (package
10647     (name "r-delayedmatrixstats")
10648     (version "1.6.0")
10649     (source
10650      (origin
10651        (method url-fetch)
10652        (uri (bioconductor-uri "DelayedMatrixStats" version))
10653        (sha256
10654         (base32
10655          "0632ypndblrgzfk8k98rr8c6m2r0zwzf02pzvlrhcp9bj1pvqbrz"))))
10656     (properties
10657      `((upstream-name . "DelayedMatrixStats")))
10658     (build-system r-build-system)
10659     (propagated-inputs
10660      `(("r-biocparallel" ,r-biocparallel)
10661        ("r-delayedarray" ,r-delayedarray)
10662        ("r-hdf5array" ,r-hdf5array)
10663        ("r-iranges" ,r-iranges)
10664        ("r-matrix" ,r-matrix)
10665        ("r-matrixstats" ,r-matrixstats)
10666        ("r-s4vectors" ,r-s4vectors)))
10667     (home-page "https://github.com/PeteHaitch/DelayedMatrixStats")
10668     (synopsis "Functions that apply to rows and columns of DelayedMatrix objects")
10669     (description
10670      "This package provides a port of the @code{matrixStats} API for use with
10671 @code{DelayedMatrix} objects from the @code{DelayedArray} package.  It
10672 contains high-performing functions operating on rows and columns of
10673 @code{DelayedMatrix} objects, e.g. @code{colMedians}, @code{rowMedians},
10674 @code{colRanks}, @code{rowRanks}, @code{colSds}, and @code{rowSds}.  Functions
10675 are optimized per data type and for subsetted calculations such that both
10676 memory usage and processing time is minimized.")
10677     (license license:expat)))
10678
10679 (define-public r-phangorn
10680   (package
10681     (name "r-phangorn")
10682     (version "2.5.3")
10683     (source
10684      (origin
10685        (method url-fetch)
10686        (uri (cran-uri "phangorn" version))
10687        (sha256
10688         (base32
10689          "1bv86yfk5r015s7ij6v4zz7bagwrw9m13yfs5853drxb19d5h1m3"))))
10690     (build-system r-build-system)
10691     (propagated-inputs
10692      `(("r-ape" ,r-ape)
10693        ("r-fastmatch" ,r-fastmatch)
10694        ("r-igraph" ,r-igraph)
10695        ("r-magrittr" ,r-magrittr)
10696        ("r-matrix" ,r-matrix)
10697        ("r-quadprog" ,r-quadprog)
10698        ("r-rcpp" ,r-rcpp)))
10699     (home-page "https://github.com/KlausVigo/phangorn")
10700     (synopsis "Phylogenetic analysis in R")
10701     (description
10702      "Phangorn is a package for phylogenetic analysis in R.  It supports
10703 estimation of phylogenetic trees and networks using Maximum Likelihood,
10704 Maximum Parsimony, distance methods and Hadamard conjugation.")
10705     (license license:gpl2+)))
10706
10707 (define-public r-dropbead
10708   (let ((commit "d746c6f3b32110428ea56d6a0001ce52a251c247")
10709         (revision "2"))
10710     (package
10711       (name "r-dropbead")
10712       (version (string-append "0-" revision "." (string-take commit 7)))
10713       (source
10714        (origin
10715          (method git-fetch)
10716          (uri (git-reference
10717                (url "https://github.com/rajewsky-lab/dropbead.git")
10718                (commit commit)))
10719          (file-name (git-file-name name version))
10720          (sha256
10721           (base32
10722            "0sbzma49aiiyw8b0jpr7fnhzys9nsqmp4hy4hdz1gzyg1lhnca26"))))
10723       (build-system r-build-system)
10724       (propagated-inputs
10725        `(("r-ggplot2" ,r-ggplot2)
10726          ("r-rcolorbrewer" ,r-rcolorbrewer)
10727          ("r-gridextra" ,r-gridextra)
10728          ("r-gplots" ,r-gplots)
10729          ("r-plyr" ,r-plyr)))
10730       (home-page "https://github.com/rajewsky-lab/dropbead")
10731       (synopsis "Basic exploration and analysis of Drop-seq data")
10732       (description "This package offers a quick and straight-forward way to
10733 explore and perform basic analysis of single cell sequencing data coming from
10734 droplet sequencing.  It has been particularly tailored for Drop-seq.")
10735       (license license:gpl3))))
10736
10737 (define htslib-for-sambamba
10738   (let ((commit "2f3c3ea7b301f9b45737a793c0b2dcf0240e5ee5"))
10739     (package
10740       (inherit htslib)
10741       (name "htslib-for-sambamba")
10742       (version (string-append "1.3.1-1." (string-take commit 9)))
10743       (source
10744        (origin
10745          (method git-fetch)
10746          (uri (git-reference
10747                (url "https://github.com/lomereiter/htslib.git")
10748                (commit commit)))
10749          (file-name (string-append "htslib-" version "-checkout"))
10750          (sha256
10751           (base32
10752            "0g38g8s3npr0gjm9fahlbhiskyfws9l5i0x1ml3rakzj7az5l9c9"))))
10753       (native-inputs
10754        `(("autoconf" ,autoconf)
10755          ("automake" ,automake)
10756          ,@(package-native-inputs htslib))))))
10757
10758 (define-public sambamba
10759   (package
10760     (name "sambamba")
10761     (version "0.6.8")
10762     (source
10763      (origin
10764        (method git-fetch)
10765        (uri (git-reference
10766              (url "https://github.com/lomereiter/sambamba.git")
10767              (commit (string-append "v" version))))
10768        (file-name (string-append name "-" version "-checkout"))
10769        (sha256
10770         (base32
10771          "0k0cz3qcv98p6cq09zlbgnjsggxcqbcmzxg5zikgcgbr2nfq4lry"))))
10772     (build-system gnu-build-system)
10773     (arguments
10774      `(#:tests? #f                      ; there is no test target
10775        #:parallel-build? #f             ; not supported
10776        #:phases
10777        (modify-phases %standard-phases
10778          (delete 'configure)
10779          (add-after 'unpack 'fix-ldc-version
10780            (lambda _
10781              (substitute* "gen_ldc_version_info.py"
10782                (("/usr/bin/env.*") (which "python3")))
10783              (substitute* "Makefile"
10784                ;; We use ldc2 instead of ldmd2 to compile sambamba.
10785                (("\\$\\(shell which ldmd2\\)") (which "ldc2")))
10786              #t))
10787          (add-after 'unpack 'place-biod-and-undead
10788            (lambda* (#:key inputs #:allow-other-keys)
10789              (copy-recursively (assoc-ref inputs "biod") "BioD")
10790              (copy-recursively (assoc-ref inputs "undead") "undeaD")
10791              #t))
10792          (add-after 'unpack 'unbundle-prerequisites
10793            (lambda _
10794              (substitute* "Makefile"
10795                (("htslib/libhts.a lz4/lib/liblz4.a")
10796                 "-L-lhts -L-llz4")
10797                ((" lz4-static htslib-static") ""))
10798              #t))
10799          (replace 'install
10800            (lambda* (#:key outputs #:allow-other-keys)
10801              (let* ((out   (assoc-ref outputs "out"))
10802                     (bin   (string-append out "/bin")))
10803                (mkdir-p bin)
10804                (install-file "bin/sambamba" bin)
10805                #t))))))
10806     (native-inputs
10807      `(("ldc" ,ldc)
10808        ("rdmd" ,rdmd)
10809        ("python" ,python)
10810        ("biod"
10811         ,(let ((commit "4f1a7d2fb7ef3dfe962aa357d672f354ebfbe42e"))
10812            (origin
10813              (method git-fetch)
10814              (uri (git-reference
10815                    (url "https://github.com/biod/BioD.git")
10816                    (commit commit)))
10817              (file-name (string-append "biod-"
10818                                        (string-take commit 9)
10819                                        "-checkout"))
10820              (sha256
10821               (base32
10822                "1k5pdjv1qvi0a3rwd1sfq6zbj37l86i7bf710m4c0y6737lxj426")))))
10823        ("undead"
10824         ,(let ((commit "9be93876982b5f14fcca60832563b3cd767dd84d"))
10825            (origin
10826              (method git-fetch)
10827              (uri (git-reference
10828                    (url "https://github.com/biod/undeaD.git")
10829                    (commit commit)))
10830              (file-name (string-append "undead-"
10831                                        (string-take commit 9)
10832                                        "-checkout"))
10833              (sha256
10834               (base32
10835                "1xfarj0nqlmi5jd1vmcmm7pabzaf9hxyvk6hp0d6jslb5k9r8r3d")))))))
10836     (inputs
10837      `(("lz4" ,lz4)
10838        ("htslib" ,htslib-for-sambamba)))
10839     (home-page "http://lomereiter.github.io/sambamba")
10840     (synopsis "Tools for working with SAM/BAM data")
10841     (description "Sambamba is a high performance modern robust and
10842 fast tool (and library), written in the D programming language, for
10843 working with SAM and BAM files.  Current parallelised functionality is
10844 an important subset of samtools functionality, including view, index,
10845 sort, markdup, and depth.")
10846     (license license:gpl2+)))
10847
10848 (define-public ritornello
10849   (package
10850     (name "ritornello")
10851     (version "2.0.1")
10852     (source (origin
10853               (method git-fetch)
10854               (uri (git-reference
10855                     (url "https://github.com/KlugerLab/Ritornello.git")
10856                     (commit (string-append "v" version))))
10857               (file-name (git-file-name name version))
10858               (sha256
10859                (base32
10860                 "1xahvq215qld7x1w8vpa5zbrsj6p9crb9shqa2x89sb0aaxa02jk"))))
10861     (build-system gnu-build-system)
10862     (arguments
10863      `(#:tests? #f                      ; there are no tests
10864        #:phases
10865        (modify-phases %standard-phases
10866          (add-after 'unpack 'patch-samtools-references
10867            (lambda* (#:key inputs #:allow-other-keys)
10868              (substitute* '("src/SamStream.h"
10869                             "src/FLD.cpp")
10870                (("<sam.h>") "<samtools/sam.h>"))
10871              #t))
10872          (delete 'configure)
10873          (replace 'install
10874            (lambda* (#:key inputs outputs #:allow-other-keys)
10875              (let* ((out    (assoc-ref outputs "out"))
10876                     (bin    (string-append out "/bin/")))
10877                (mkdir-p bin)
10878                (install-file "bin/Ritornello" bin)
10879                #t))))))
10880     (inputs
10881      `(("samtools" ,samtools-0.1)
10882        ("fftw" ,fftw)
10883        ("boost" ,boost)
10884        ("zlib" ,zlib)))
10885     (home-page "https://github.com/KlugerLab/Ritornello")
10886     (synopsis "Control-free peak caller for ChIP-seq data")
10887     (description "Ritornello is a ChIP-seq peak calling algorithm based on
10888 signal processing that can accurately call binding events without the need to
10889 do a pair total DNA input or IgG control sample.  It has been tested for use
10890 with narrow binding events such as transcription factor ChIP-seq.")
10891     (license license:gpl3+)))
10892
10893 (define-public trim-galore
10894   (package
10895     (name "trim-galore")
10896     (version "0.6.1")
10897     (source
10898      (origin
10899        (method git-fetch)
10900        (uri (git-reference
10901              (url "https://github.com/FelixKrueger/TrimGalore.git")
10902              (commit version)))
10903        (file-name (git-file-name name version))
10904        (sha256
10905         (base32
10906          "1y31wbxwkm9xqzr5zv1pk5q418whnmlmgmfyxxpnl12h83m2i9iv"))))
10907     (build-system gnu-build-system)
10908     (arguments
10909      `(#:tests? #f                      ; no tests
10910        #:phases
10911        (modify-phases %standard-phases
10912          (replace 'configure
10913            (lambda _
10914              ;; Trim Galore tries to figure out what version of Python
10915              ;; cutadapt is using by looking at the shebang.  Of course that
10916              ;; doesn't work, because cutadapt is wrapped in a shell script.
10917              (substitute* "trim_galore"
10918                (("my \\$python_return.*")
10919                 "my $python_return = \"Python 3.999\";\n"))
10920              #t))
10921          (delete 'build)
10922          (add-after 'unpack 'hardcode-tool-references
10923            (lambda* (#:key inputs #:allow-other-keys)
10924              (substitute* "trim_galore"
10925                (("\\$path_to_cutadapt = 'cutadapt'")
10926                 (string-append "$path_to_cutadapt = '"
10927                                (assoc-ref inputs "cutadapt")
10928                                "/bin/cutadapt'"))
10929                (("\\$compression_path = \"gzip\"")
10930                 (string-append "$compression_path = \""
10931                                (assoc-ref inputs "gzip")
10932                                "/bin/gzip\""))
10933                (("\"gunzip")
10934                 (string-append "\""
10935                                (assoc-ref inputs "gzip")
10936                                "/bin/gunzip"))
10937                (("\"pigz")
10938                 (string-append "\""
10939                                (assoc-ref inputs "pigz")
10940                                "/bin/pigz")))
10941              #t))
10942          (replace 'install
10943            (lambda* (#:key outputs #:allow-other-keys)
10944              (let ((bin (string-append (assoc-ref outputs "out")
10945                                        "/bin")))
10946                (mkdir-p bin)
10947                (install-file "trim_galore" bin)
10948                #t))))))
10949     (inputs
10950      `(("gzip" ,gzip)
10951        ("perl" ,perl)
10952        ("pigz" ,pigz)
10953        ("cutadapt" ,cutadapt)))
10954     (native-inputs
10955      `(("unzip" ,unzip)))
10956     (home-page "http://www.bioinformatics.babraham.ac.uk/projects/trim_galore/")
10957     (synopsis "Wrapper around Cutadapt and FastQC")
10958     (description "Trim Galore! is a wrapper script to automate quality and
10959 adapter trimming as well as quality control, with some added functionality to
10960 remove biased methylation positions for RRBS sequence files.")
10961     (license license:gpl3+)))
10962
10963 (define-public gess
10964   (package
10965     (name "gess")
10966     (version "1.0")
10967     (source (origin
10968               (method url-fetch)
10969               (uri (string-append "http://compbio.uthscsa.edu/"
10970                                   "GESS_Web/files/"
10971                                   "gess-" version ".src.tar.gz"))
10972               (sha256
10973                (base32
10974                 "0hyk403kxscclzfs24pvdgiv0wm03kjcziqdrp5w46cb049gz0d7"))))
10975     (build-system gnu-build-system)
10976     (arguments
10977      `(#:tests? #f                      ; no tests
10978        #:phases
10979        (modify-phases %standard-phases
10980          (delete 'configure)
10981          (delete 'build)
10982          (replace 'install
10983            (lambda* (#:key inputs outputs #:allow-other-keys)
10984              (let* ((python (assoc-ref inputs "python"))
10985                     (out    (assoc-ref outputs "out"))
10986                     (bin    (string-append out "/bin/"))
10987                     (target (string-append
10988                              out "/lib/python"
10989                              ,(version-major+minor
10990                                 (package-version python))
10991                              "/site-packages/gess/")))
10992                (mkdir-p target)
10993                (copy-recursively "." target)
10994                ;; Make GESS.py executable
10995                (chmod (string-append target "GESS.py") #o555)
10996                ;; Add Python shebang to the top and make Matplotlib
10997                ;; usable.
10998                (substitute* (string-append target "GESS.py")
10999                  (("\"\"\"Description:" line)
11000                   (string-append "#!" (which "python") "
11001 import matplotlib
11002 matplotlib.use('Agg')
11003 " line)))
11004                ;; Make sure GESS has all modules in its path
11005                (wrap-program (string-append target "GESS.py")
11006                  `("PYTHONPATH" ":" prefix (,target ,(getenv "PYTHONPATH"))))
11007                (mkdir-p bin)
11008                (symlink (string-append target "GESS.py")
11009                         (string-append bin "GESS.py"))
11010                #t))))))
11011     (inputs
11012      `(("python" ,python-2)
11013        ("python2-pysam" ,python2-pysam)
11014        ("python2-scipy" ,python2-scipy)
11015        ("python2-numpy" ,python2-numpy)
11016        ("python2-networkx" ,python2-networkx)
11017        ("python2-biopython" ,python2-biopython)))
11018     (home-page "http://compbio.uthscsa.edu/GESS_Web/")
11019     (synopsis "Detect exon-skipping events from raw RNA-seq data")
11020     (description
11021      "GESS is an implementation of a novel computational method to detect de
11022 novo exon-skipping events directly from raw RNA-seq data without the prior
11023 knowledge of gene annotation information.  GESS stands for the graph-based
11024 exon-skipping scanner detection scheme.")
11025     (license license:bsd-3)))
11026
11027 (define-public phylip
11028   (package
11029     (name "phylip")
11030     (version "3.696")
11031     (source
11032      (origin
11033        (method url-fetch)
11034        (uri (string-append "http://evolution.gs.washington.edu/phylip/"
11035                            "download/phylip-" version ".tar.gz"))
11036        (sha256
11037         (base32
11038          "01jar1rayhr2gba2pgbw49m56rc5z4p5wn3ds0m188hrlln4a2nd"))))
11039     (build-system gnu-build-system)
11040     (arguments
11041      `(#:tests? #f                      ; no check target
11042        #:make-flags (list "-f" "Makefile.unx" "install")
11043        #:parallel-build? #f             ; not supported
11044        #:phases
11045        (modify-phases %standard-phases
11046          (add-after 'unpack 'enter-dir
11047            (lambda _ (chdir "src") #t))
11048          (delete 'configure)
11049          (replace 'install
11050            (lambda* (#:key inputs outputs #:allow-other-keys)
11051              (let ((target (string-append (assoc-ref outputs "out")
11052                                           "/bin")))
11053                (mkdir-p target)
11054                (for-each (lambda (file)
11055                            (install-file file target))
11056                          (find-files "../exe" ".*")))
11057              #t)))))
11058     (home-page "http://evolution.genetics.washington.edu/phylip/")
11059     (synopsis "Tools for inferring phylogenies")
11060     (description "PHYLIP (the PHYLogeny Inference Package) is a package of
11061 programs for inferring phylogenies (evolutionary trees).")
11062     (license license:bsd-2)))
11063
11064 (define-public imp
11065   (package
11066     (name "imp")
11067     (version "2.6.2")
11068     (source
11069      (origin
11070        (method url-fetch)
11071        (uri (string-append "https://integrativemodeling.org/"
11072                            version "/download/imp-" version ".tar.gz"))
11073        (sha256
11074         (base32
11075          "0lxqx7vh79d771svr611dkilp6sn30qrbw8zvscbrm37v38d2j6h"))))
11076     (build-system cmake-build-system)
11077     (arguments
11078      `(;; FIXME: Some tests fail because they produce warnings, others fail
11079        ;; because the PYTHONPATH does not include the modeller's directory.
11080        #:tests? #f))
11081     (inputs
11082      `(("boost" ,boost)
11083        ("gsl" ,gsl)
11084        ("swig" ,swig)
11085        ("hdf5" ,hdf5)
11086        ("fftw" ,fftw)
11087        ("python" ,python-2)))
11088     (propagated-inputs
11089      `(("python2-numpy" ,python2-numpy)
11090        ("python2-scipy" ,python2-scipy)
11091        ("python2-pandas" ,python2-pandas)
11092        ("python2-scikit-learn" ,python2-scikit-learn)
11093        ("python2-networkx" ,python2-networkx)))
11094     (home-page "https://integrativemodeling.org")
11095     (synopsis "Integrative modeling platform")
11096     (description "IMP's broad goal is to contribute to a comprehensive
11097 structural characterization of biomolecules ranging in size and complexity
11098 from small peptides to large macromolecular assemblies, by integrating data
11099 from diverse biochemical and biophysical experiments.  IMP provides a C++ and
11100 Python toolbox for solving complex modeling problems, and a number of
11101 applications for tackling some common problems in a user-friendly way.")
11102     ;; IMP is largely available under the GNU Lesser GPL; see the file
11103     ;; COPYING.LGPL for the full text of this license. Some IMP modules are
11104     ;; available under the GNU GPL (see the file COPYING.GPL).
11105     (license (list license:lgpl2.1+
11106                    license:gpl3+))))
11107
11108 (define-public tadbit
11109   (package
11110     (name "tadbit")
11111     (version "0.2.0")
11112     (source (origin
11113               (method git-fetch)
11114               (uri (git-reference
11115                     (url "https://github.com/3DGenomes/TADbit.git")
11116                     (commit (string-append "v" version))))
11117               (file-name (git-file-name name version))
11118               (sha256
11119                (base32
11120                 "07g3aj648prmsvxp9caz5yl41k0y0647vxh0f5p3w8376mfiljd0"))))
11121     (build-system python-build-system)
11122     (arguments
11123      `(;; Tests are included and must be run after installation, but
11124        ;; they are incomplete and thus cannot be run.
11125        #:tests? #f
11126        #:python ,python-2
11127        #:phases
11128        (modify-phases %standard-phases
11129          (add-after 'unpack 'fix-problems-with-setup.py
11130            (lambda* (#:key outputs #:allow-other-keys)
11131              ;; setup.py opens these files for writing
11132              (chmod "_pytadbit/_version.py" #o664)
11133              (chmod "README.rst" #o664)
11134
11135              ;; Don't attempt to install the bash completions to
11136              ;; the home directory.
11137              (rename-file "extras/.bash_completion"
11138                           "extras/tadbit")
11139              (substitute* "setup.py"
11140                (("\\(path.expanduser\\('~'\\)")
11141                 (string-append "(\""
11142                                (assoc-ref outputs "out")
11143                                "/etc/bash_completion.d\""))
11144                (("extras/\\.bash_completion")
11145                 "extras/tadbit"))
11146              #t)))))
11147     (inputs
11148      ;; TODO: add Chimera for visualization
11149      `(("imp" ,imp)
11150        ("mcl" ,mcl)
11151        ("python2-scipy" ,python2-scipy)
11152        ("python2-numpy" ,python2-numpy)
11153        ("python2-matplotlib" ,python2-matplotlib)
11154        ("python2-pysam" ,python2-pysam)))
11155     (home-page "https://3dgenomes.github.io/TADbit/")
11156     (synopsis "Analyze, model, and explore 3C-based data")
11157     (description
11158      "TADbit is a complete Python library to deal with all steps to analyze,
11159 model, and explore 3C-based data.  With TADbit the user can map FASTQ files to
11160 obtain raw interaction binned matrices (Hi-C like matrices), normalize and
11161 correct interaction matrices, identify and compare the so-called
11162 @dfn{Topologically Associating Domains} (TADs), build 3D models from the
11163 interaction matrices, and finally, extract structural properties from the
11164 models.  TADbit is complemented by TADkit for visualizing 3D models.")
11165     (license license:gpl3+)))
11166
11167 (define-public kentutils
11168   (package
11169     (name "kentutils")
11170     ;; 302.1.0 is out, but the only difference is the inclusion of
11171     ;; pre-built binaries.
11172     (version "302.0.0")
11173     (source
11174      (origin
11175        (method git-fetch)
11176        (uri (git-reference
11177              (url "https://github.com/ENCODE-DCC/kentUtils.git")
11178              (commit (string-append "v" version))))
11179        (file-name (git-file-name name version))
11180        (sha256
11181         (base32
11182          "0n1wbyjpzii2b9qhyp9r1q76j623cggpg3y8fmw78ld3z4y7ivha"))
11183        (modules '((guix build utils)
11184                   (srfi srfi-26)
11185                   (ice-9 ftw)))
11186        (snippet
11187         '(begin
11188            ;; Only the contents of the specified directories are free
11189            ;; for all uses, so we remove the rest.  "hg/autoSql" and
11190            ;; "hg/autoXml" are nominally free, but they depend on a
11191            ;; library that is built from the sources in "hg/lib",
11192            ;; which is nonfree.
11193            (let ((free (list "." ".."
11194                              "utils" "lib" "inc" "tagStorm"
11195                              "parasol" "htslib"))
11196                  (directory? (lambda (file)
11197                                (eq? 'directory (stat:type (stat file))))))
11198              (for-each (lambda (file)
11199                          (and (directory? file)
11200                               (delete-file-recursively file)))
11201                        (map (cut string-append "src/" <>)
11202                             (scandir "src"
11203                                      (lambda (file)
11204                                        (not (member file free)))))))
11205            ;; Only make the utils target, not the userApps target,
11206            ;; because that requires libraries we won't build.
11207            (substitute* "Makefile"
11208              ((" userApps") " utils"))
11209            ;; Only build libraries that are free.
11210            (substitute* "src/makefile"
11211              (("DIRS =.*") "DIRS =\n")
11212              (("cd jkOwnLib.*") "")
11213              ((" hgLib") "")
11214              (("cd hg.*") ""))
11215            (substitute* "src/utils/makefile"
11216              ;; These tools depend on "jkhgap.a", which is part of the
11217              ;; nonfree "src/hg/lib" directory.
11218              (("raSqlQuery") "")
11219              (("pslLiftSubrangeBlat") "")
11220
11221              ;; Do not build UCSC tools, which may require nonfree
11222              ;; components.
11223              (("ALL_APPS =.*") "ALL_APPS = $(UTILS_APPLIST)\n"))
11224            #t))))
11225     (build-system gnu-build-system)
11226     (arguments
11227      `( ;; There is no global test target and the test target for
11228        ;; individual tools depends on input files that are not
11229        ;; included.
11230        #:tests? #f
11231        #:phases
11232        (modify-phases %standard-phases
11233          (add-after 'unpack 'fix-permissions
11234            (lambda _ (make-file-writable "src/inc/localEnvironment.mk") #t))
11235          (add-after 'unpack 'fix-paths
11236            (lambda _
11237              (substitute* "Makefile"
11238                (("/bin/echo") (which "echo")))
11239              #t))
11240          (add-after 'unpack 'prepare-samtabix
11241            (lambda* (#:key inputs #:allow-other-keys)
11242              (copy-recursively (assoc-ref inputs "samtabix")
11243                                "samtabix")
11244              #t))
11245          (delete 'configure)
11246          (replace 'install
11247            (lambda* (#:key outputs #:allow-other-keys)
11248              (let ((bin (string-append (assoc-ref outputs "out")
11249                                        "/bin")))
11250                (copy-recursively "bin" bin))
11251              #t)))))
11252     (native-inputs
11253      `(("samtabix"
11254         ,(origin
11255            (method git-fetch)
11256            (uri (git-reference
11257                  (url "http://genome-source.cse.ucsc.edu/samtabix.git")
11258                  (commit "10fd107909c1ac4d679299908be4262a012965ba")))
11259            (sha256
11260             (base32
11261              "0c1nj64l42v395sa84n7az43xiap4i6f9n9dfz4058aqiwkhkmma"))))))
11262     (inputs
11263      `(("zlib" ,zlib)
11264        ("tcsh" ,tcsh)
11265        ("perl" ,perl)
11266        ("libpng" ,libpng)
11267        ("mariadb" ,mariadb)
11268        ("openssl" ,openssl)))
11269     (home-page "http://genome.cse.ucsc.edu/index.html")
11270     (synopsis "Assorted bioinformatics utilities")
11271     (description "This package provides the kentUtils, a selection of
11272 bioinformatics utilities used in combination with the UCSC genome
11273 browser.")
11274     ;; Only a subset of the sources are released under a non-copyleft
11275     ;; free software license.  All other sources are removed in a
11276     ;; snippet.  See this bug report for an explanation of how the
11277     ;; license statements apply:
11278     ;; https://github.com/ENCODE-DCC/kentUtils/issues/12
11279     (license (license:non-copyleft
11280               "http://genome.ucsc.edu/license/"
11281               "The contents of this package are free for all uses."))))
11282
11283 (define-public f-seq
11284   (let ((commit "6ccded34cff38cf432deed8503648b4a66953f9b")
11285         (revision "1"))
11286     (package
11287       (name "f-seq")
11288       (version (string-append "1.1-" revision "." (string-take commit 7)))
11289       (source (origin
11290                 (method git-fetch)
11291                 (uri (git-reference
11292                       (url "https://github.com/aboyle/F-seq.git")
11293                       (commit commit)))
11294                 (file-name (string-append name "-" version))
11295                 (sha256
11296                  (base32
11297                   "1nk33k0yajg2id4g59bc4szr58r2q6pdq42vgcw054m8ip9wv26h"))
11298                 (modules '((guix build utils)))
11299                 ;; Remove bundled Java library archives.
11300                 (snippet
11301                  '(begin
11302                     (for-each delete-file (find-files "lib" ".*"))
11303                     #t))))
11304       (build-system ant-build-system)
11305       (arguments
11306        `(#:tests? #f ; no tests included
11307          #:phases
11308          (modify-phases %standard-phases
11309            (replace 'install
11310              (lambda* (#:key inputs outputs #:allow-other-keys)
11311                (let* ((target (assoc-ref outputs "out"))
11312                       (bin (string-append target "/bin"))
11313                       (doc (string-append target "/share/doc/f-seq"))
11314                       (lib (string-append target "/lib")))
11315                  (mkdir-p target)
11316                  (mkdir-p doc)
11317                  (substitute* "bin/linux/fseq"
11318                    (("java") (which "java"))
11319                    (("\\$REALDIR/../lib/commons-cli-1.1.jar")
11320                     (string-append (assoc-ref inputs "java-commons-cli")
11321                                    "/share/java/commons-cli.jar"))
11322                    (("REALDIR=.*")
11323                     (string-append "REALDIR=" bin "\n")))
11324                  (install-file "README.txt" doc)
11325                  (install-file "bin/linux/fseq" bin)
11326                  (install-file "build~/fseq.jar" lib)
11327                  (copy-recursively "lib" lib)
11328                  #t))))))
11329       (inputs
11330        `(("perl" ,perl)
11331          ("java-commons-cli" ,java-commons-cli)))
11332       (home-page "http://fureylab.web.unc.edu/software/fseq/")
11333       (synopsis "Feature density estimator for high-throughput sequence tags")
11334       (description
11335        "F-Seq is a software package that generates a continuous tag sequence
11336 density estimation allowing identification of biologically meaningful sites
11337 such as transcription factor binding sites (ChIP-seq) or regions of open
11338 chromatin (DNase-seq).  Output can be displayed directly in the UCSC Genome
11339 Browser.")
11340       (license license:gpl3+))))
11341
11342 (define-public bismark
11343   (package
11344     (name "bismark")
11345     (version "0.20.1")
11346     (source
11347      (origin
11348        (method git-fetch)
11349        (uri (git-reference
11350              (url "https://github.com/FelixKrueger/Bismark.git")
11351              (commit version)))
11352        (file-name (string-append name "-" version "-checkout"))
11353        (sha256
11354         (base32
11355          "0xchm3rgilj6vfjnyzfzzymfd7djr64sbrmrvs3njbwi66jqbzw9"))))
11356     (build-system perl-build-system)
11357     (arguments
11358      `(#:tests? #f                      ; there are no tests
11359        #:modules ((guix build utils)
11360                   (ice-9 popen)
11361                   (srfi srfi-26)
11362                   (guix build perl-build-system))
11363        #:phases
11364        (modify-phases %standard-phases
11365          ;; The bundled plotly.js is minified.
11366          (add-after 'unpack 'replace-plotly.js
11367            (lambda* (#:key inputs #:allow-other-keys)
11368              (let* ((file (assoc-ref inputs "plotly.js"))
11369                     (installed "plotly/plotly.js"))
11370                (let ((minified (open-pipe* OPEN_READ "uglify-js" file)))
11371                  (call-with-output-file installed
11372                    (cut dump-port minified <>))))
11373              #t))
11374          (delete 'configure)
11375          (delete 'build)
11376          (replace 'install
11377            (lambda* (#:key inputs outputs #:allow-other-keys)
11378              (let* ((out (assoc-ref outputs "out"))
11379                     (bin (string-append out "/bin"))
11380                     (share   (string-append out "/share/bismark"))
11381                     (docdir  (string-append out "/share/doc/bismark"))
11382                     (docs    '("Docs/Bismark_User_Guide.html"))
11383                     (scripts '("bismark"
11384                                "bismark_genome_preparation"
11385                                "bismark_methylation_extractor"
11386                                "bismark2bedGraph"
11387                                "bismark2report"
11388                                "coverage2cytosine"
11389                                "deduplicate_bismark"
11390                                "filter_non_conversion"
11391                                "bam2nuc"
11392                                "bismark2summary"
11393                                "NOMe_filtering")))
11394                (substitute* "bismark2report"
11395                  (("\\$RealBin/plotly")
11396                   (string-append share "/plotly")))
11397                (mkdir-p share)
11398                (mkdir-p docdir)
11399                (mkdir-p bin)
11400                (for-each (lambda (file) (install-file file bin))
11401                          scripts)
11402                (for-each (lambda (file) (install-file file docdir))
11403                          docs)
11404                (copy-recursively "Docs/Images" (string-append docdir "/Images"))
11405                (copy-recursively "plotly"
11406                                  (string-append share "/plotly"))
11407
11408                ;; Fix references to gunzip
11409                (substitute* (map (lambda (file)
11410                                    (string-append bin "/" file))
11411                                  scripts)
11412                  (("\"gunzip -c")
11413                   (string-append "\"" (assoc-ref inputs "gzip")
11414                                  "/bin/gunzip -c")))
11415                #t))))))
11416     (inputs
11417      `(("gzip" ,gzip)
11418        ("perl-carp" ,perl-carp)
11419        ("perl-getopt-long" ,perl-getopt-long)))
11420     (native-inputs
11421      `(("plotly.js"
11422         ,(origin
11423            (method url-fetch)
11424            (uri (string-append "https://raw.githubusercontent.com/plotly/plotly.js/"
11425                                "v1.39.4/dist/plotly.js"))
11426            (sha256
11427             (base32 "138mwsr4nf5qif4mrxx286mpnagxd1xwl6k8aidrjgknaqg88zyr"))))
11428        ("uglify-js" ,uglify-js)))
11429     (home-page "http://www.bioinformatics.babraham.ac.uk/projects/bismark/")
11430     (synopsis "Map bisulfite treated sequence reads and analyze methylation")
11431     (description "Bismark is a program to map bisulfite treated sequencing
11432 reads to a genome of interest and perform methylation calls in a single step.
11433 The output can be easily imported into a genome viewer, such as SeqMonk, and
11434 enables a researcher to analyse the methylation levels of their samples
11435 straight away.  Its main features are:
11436
11437 @itemize
11438 @item Bisulfite mapping and methylation calling in one single step
11439 @item Supports single-end and paired-end read alignments
11440 @item Supports ungapped and gapped alignments
11441 @item Alignment seed length, number of mismatches etc are adjustable
11442 @item Output discriminates between cytosine methylation in CpG, CHG
11443   and CHH context
11444 @end itemize\n")
11445     (license license:gpl3+)))
11446
11447 (define-public paml
11448   (package
11449     (name "paml")
11450     (version "4.9e")
11451     (source (origin
11452               (method url-fetch)
11453               (uri (string-append "http://abacus.gene.ucl.ac.uk/software/"
11454                                   "paml" version ".tgz"))
11455               (sha256
11456                (base32
11457                 "13zf6h9fiqghwhch2h06x1zdr6s42plsnqahflp5g7myr3han3s6"))
11458               (modules '((guix build utils)))
11459               ;; Remove Windows binaries
11460               (snippet
11461                '(begin
11462                   (for-each delete-file (find-files "." "\\.exe$"))
11463                   #t))))
11464     (build-system gnu-build-system)
11465     (arguments
11466      `(#:tests? #f ; there are no tests
11467        #:make-flags '("CC=gcc")
11468        #:phases
11469        (modify-phases %standard-phases
11470          (replace 'configure
11471            (lambda _
11472              (substitute* "src/BFdriver.c"
11473                (("/bin/bash") (which "bash")))
11474              (chdir "src")
11475              #t))
11476          (replace 'install
11477            (lambda* (#:key outputs #:allow-other-keys)
11478              (let ((tools '("baseml" "basemlg" "codeml"
11479                             "pamp" "evolver" "yn00" "chi2"))
11480                    (bin    (string-append (assoc-ref outputs "out") "/bin"))
11481                    (docdir (string-append (assoc-ref outputs "out")
11482                                            "/share/doc/paml")))
11483                (mkdir-p bin)
11484                (for-each (lambda (file) (install-file file bin)) tools)
11485                (copy-recursively "../doc" docdir)
11486                #t))))))
11487     (home-page "http://abacus.gene.ucl.ac.uk/software/paml.html")
11488     (synopsis "Phylogentic analysis by maximum likelihood")
11489     (description "PAML (for Phylogentic Analysis by Maximum Likelihood)
11490 contains a few programs for model fitting and phylogenetic tree reconstruction
11491 using nucleotide or amino-acid sequence data.")
11492     ;; GPLv3 only
11493     (license license:gpl3)))
11494
11495 (define-public kallisto
11496   (package
11497     (name "kallisto")
11498     (version "0.44.0")
11499     (source (origin
11500               (method git-fetch)
11501               (uri (git-reference
11502                     (url "https://github.com/pachterlab/kallisto.git")
11503                     (commit (string-append "v" version))))
11504               (file-name (git-file-name name version))
11505               (sha256
11506                (base32
11507                 "0nj382jiywqnpgvyhichajpkkh5r0bapn43f4dx40zdaq5v4m40m"))))
11508     (build-system cmake-build-system)
11509     (arguments
11510      `(#:tests? #f          ; no "check" target
11511        #:phases
11512        (modify-phases %standard-phases
11513          (add-after 'unpack 'do-not-use-bundled-htslib
11514            (lambda _
11515              (substitute* "CMakeLists.txt"
11516                (("^ExternalProject_Add" m)
11517                 (string-append "if (NEVER)\n" m))
11518                (("^\\)")
11519                 (string-append ")\nendif(NEVER)"))
11520                (("include_directories\\(\\$\\{htslib_PREFIX.*" m)
11521                 (string-append "# " m)))
11522              (substitute* "src/CMakeLists.txt"
11523                (("target_link_libraries\\(kallisto kallisto_core pthread \
11524 \\$\\{CMAKE_CURRENT_SOURCE_DIR\\}/../ext/htslib/libhts.a\\)")
11525                 "target_link_libraries(kallisto kallisto_core pthread hts)")
11526                (("include_directories\\(\\.\\./ext/htslib\\)") ""))
11527              #t)))))
11528     (inputs
11529      `(("hdf5" ,hdf5)
11530        ("htslib" ,htslib)
11531        ("zlib" ,zlib)))
11532     (home-page "http://pachterlab.github.io/kallisto/")
11533     (synopsis "Near-optimal RNA-Seq quantification")
11534     (description
11535      "Kallisto is a program for quantifying abundances of transcripts from
11536 RNA-Seq data, or more generally of target sequences using high-throughput
11537 sequencing reads.  It is based on the novel idea of pseudoalignment for
11538 rapidly determining the compatibility of reads with targets, without the need
11539 for alignment.  Pseudoalignment of reads preserves the key information needed
11540 for quantification, and kallisto is therefore not only fast, but also as
11541 accurate as existing quantification tools.")
11542     (license license:bsd-2)))
11543
11544 (define-public libgff
11545   (package
11546     (name "libgff")
11547     (version "1.0")
11548     (source (origin
11549               (method git-fetch)
11550               (uri (git-reference
11551                     (url "https://github.com/Kingsford-Group/libgff.git")
11552                     (commit (string-append "v" version))))
11553               (file-name (git-file-name name version))
11554               (sha256
11555                (base32
11556                 "0n6vfjnq7a2mianipscbshrvbncss8z4zkgkbjw754p9043nfkps"))))
11557     (build-system cmake-build-system)
11558     (arguments `(#:tests? #f))          ; no tests included
11559     (home-page "https://github.com/Kingsford-Group/libgff")
11560     (synopsis "Parser library for reading/writing GFF files")
11561     (description "This is a simple \"libraryfication\" of the GFF/GTF parsing
11562 code that is used in the Cufflinks codebase.  The goal of this library is to
11563 provide this functionality without the necessity of drawing in a heavy-weight
11564 dependency like SeqAn.")
11565     (license (license:x11-style "https://www.boost.org/LICENSE_1_0.txt"))))
11566
11567 (define-public libdivsufsort
11568   (package
11569     (name "libdivsufsort")
11570     (version "2.0.1")
11571     (source (origin
11572               (method git-fetch)
11573               (uri (git-reference
11574                     (url "https://github.com/y-256/libdivsufsort.git")
11575                     (commit version)))
11576               (file-name (git-file-name name version))
11577               (sha256
11578                (base32
11579                 "0fgdz9fzihlvjjrxy01md1bv9vh12rkgkwbm90b1hj5xpbaqp7z2"))))
11580     (build-system cmake-build-system)
11581     (arguments
11582      '(#:tests? #f                      ; there are no tests
11583        #:configure-flags
11584        ;; Needed for rapmap and sailfish.
11585        '("-DBUILD_DIVSUFSORT64=ON")))
11586     (home-page "https://github.com/y-256/libdivsufsort")
11587     (synopsis "Lightweight suffix-sorting library")
11588     (description "libdivsufsort is a software library that implements a
11589 lightweight suffix array construction algorithm.  This library provides a
11590 simple and an efficient C API to construct a suffix array and a
11591 Burrows-Wheeler transformed string from a given string over a constant-size
11592 alphabet.  The algorithm runs in O(n log n) worst-case time using only 5n+O(1)
11593 bytes of memory space, where n is the length of the string.")
11594     (license license:expat)))
11595
11596 (define-public sailfish
11597   (package
11598     (name "sailfish")
11599     (version "0.10.1")
11600     (source (origin
11601               (method git-fetch)
11602               (uri (git-reference
11603                     (url "https://github.com/kingsfordgroup/sailfish.git")
11604                     (commit (string-append "v" version))))
11605               (file-name (git-file-name name version))
11606               (sha256
11607                (base32
11608                 "1amcc5hqvsl42hg4x19bi9vy47cl874s0lw1fmi0hwsdk9i8c03v"))
11609               (modules '((guix build utils)))
11610               (snippet
11611                '(begin
11612                   ;; Delete bundled headers for eigen3.
11613                   (delete-file-recursively "include/eigen3/")
11614                   #t))))
11615     (build-system cmake-build-system)
11616     (arguments
11617      `(#:configure-flags
11618        (list (string-append "-DBOOST_INCLUDEDIR="
11619                             (assoc-ref %build-inputs "boost")
11620                             "/include/")
11621              (string-append "-DBOOST_LIBRARYDIR="
11622                             (assoc-ref %build-inputs "boost")
11623                             "/lib/")
11624              (string-append "-DBoost_LIBRARIES="
11625                             "-lboost_iostreams "
11626                             "-lboost_filesystem "
11627                             "-lboost_system "
11628                             "-lboost_thread "
11629                             "-lboost_timer "
11630                             "-lboost_chrono "
11631                             "-lboost_program_options")
11632              "-DBoost_FOUND=TRUE"
11633              ;; Don't download RapMap---we already have it!
11634              "-DFETCHED_RAPMAP=1")
11635        ;; Tests must be run after installation and the location of the test
11636        ;; data file must be overridden.  But the tests fail.  It looks like
11637        ;; they are not really meant to be run.
11638        #:tests? #f
11639        #:phases
11640        (modify-phases %standard-phases
11641          ;; Boost cannot be found, even though it's right there.
11642          (add-after 'unpack 'do-not-look-for-boost
11643            (lambda* (#:key inputs #:allow-other-keys)
11644              (substitute* "CMakeLists.txt"
11645                (("find_package\\(Boost 1\\.53\\.0") "#"))
11646              #t))
11647          (add-after 'unpack 'do-not-assign-to-macro
11648            (lambda _
11649              (substitute* "include/spdlog/details/format.cc"
11650                (("const unsigned CHAR_WIDTH = 1;") ""))
11651              #t))
11652          (add-after 'unpack 'prepare-rapmap
11653            (lambda* (#:key inputs #:allow-other-keys)
11654              (let ((src "external/install/src/rapmap/")
11655                    (include "external/install/include/rapmap/")
11656                    (rapmap (assoc-ref inputs "rapmap")))
11657                (mkdir-p "/tmp/rapmap")
11658                (invoke "tar" "xf"
11659                        (assoc-ref inputs "rapmap")
11660                        "-C" "/tmp/rapmap"
11661                        "--strip-components=1")
11662                (mkdir-p src)
11663                (mkdir-p include)
11664                (for-each (lambda (file)
11665                            (install-file file src))
11666                          (find-files "/tmp/rapmap/src" "\\.(c|cpp)"))
11667                (copy-recursively "/tmp/rapmap/include" include))
11668              #t))
11669          (add-after 'unpack 'use-system-libraries
11670            (lambda* (#:key inputs #:allow-other-keys)
11671              (substitute* '("src/SailfishIndexer.cpp"
11672                             "src/SailfishUtils.cpp"
11673                             "src/SailfishQuantify.cpp"
11674                             "src/FASTAParser.cpp"
11675                             "include/PCA.hpp"
11676                             "include/SailfishUtils.hpp"
11677                             "include/SailfishIndex.hpp"
11678                             "include/CollapsedEMOptimizer.hpp"
11679                             "src/CollapsedEMOptimizer.cpp")
11680                (("#include \"jellyfish/config.h\"") ""))
11681              (substitute* "src/CMakeLists.txt"
11682                (("\\$\\{GAT_SOURCE_DIR\\}/external/install/include/jellyfish-2.2..")
11683                 (string-append (assoc-ref inputs "jellyfish")
11684                                "/include/jellyfish-" ,(package-version jellyfish)))
11685                (("\\$\\{GAT_SOURCE_DIR\\}/external/install/lib/libjellyfish-2.0.a")
11686                 (string-append (assoc-ref inputs "jellyfish")
11687                                "/lib/libjellyfish-2.0.a"))
11688                (("\\$\\{GAT_SOURCE_DIR\\}/external/install/lib/libdivsufsort.a")
11689                 (string-append (assoc-ref inputs "libdivsufsort")
11690                                "/lib/libdivsufsort.so"))
11691                (("\\$\\{GAT_SOURCE_DIR\\}/external/install/lib/libdivsufsort64.a")
11692                 (string-append (assoc-ref inputs "libdivsufsort")
11693                                "/lib/libdivsufsort64.so")))
11694              (substitute* "CMakeLists.txt"
11695                ;; Don't prefer static libs
11696                (("SET\\(CMAKE_FIND_LIBRARY_SUFFIXES.*") "")
11697                (("find_package\\(Jellyfish.*") "")
11698                (("ExternalProject_Add\\(libjellyfish") "message(")
11699                (("ExternalProject_Add\\(libgff") "message(")
11700                (("ExternalProject_Add\\(libsparsehash") "message(")
11701                (("ExternalProject_Add\\(libdivsufsort") "message("))
11702
11703              ;; Ensure that Eigen headers can be found
11704              (setenv "CPLUS_INCLUDE_PATH"
11705                      (string-append (getenv "CPLUS_INCLUDE_PATH")
11706                                     ":"
11707                                     (assoc-ref inputs "eigen")
11708                                     "/include/eigen3"))
11709              #t)))))
11710     (inputs
11711      `(("boost" ,boost)
11712        ("eigen" ,eigen)
11713        ("jemalloc" ,jemalloc)
11714        ("jellyfish" ,jellyfish)
11715        ("sparsehash" ,sparsehash)
11716        ("rapmap" ,(origin
11717                     (method git-fetch)
11718                     (uri (git-reference
11719                           (url "https://github.com/COMBINE-lab/RapMap.git")
11720                           (commit (string-append "sf-v" version))))
11721                     (file-name (string-append "rapmap-sf-v" version "-checkout"))
11722                     (sha256
11723                      (base32
11724                       "1hv79l5i576ykv5a1srj2p0q36yvyl5966m0fcy2lbi169ipjakf"))
11725                     (modules '((guix build utils)))
11726                     ;; These files are expected to be excluded.
11727                     (snippet
11728                      '(begin (delete-file-recursively "include/spdlog")
11729                              (for-each delete-file '("include/xxhash.h"
11730                                                      "src/xxhash.c"))
11731                              #t))))
11732        ("libdivsufsort" ,libdivsufsort)
11733        ("libgff" ,libgff)
11734        ("tbb" ,tbb)
11735        ("zlib" ,zlib)))
11736     (native-inputs
11737      `(("pkg-config" ,pkg-config)))
11738     (home-page "http://www.cs.cmu.edu/~ckingsf/software/sailfish")
11739     (synopsis "Mapping-based isoform quantification from RNA-Seq reads")
11740     (description "Sailfish is a tool for genomic transcript quantification
11741 from RNA-seq data.  It requires a set of target transcripts (either from a
11742 reference or de-novo assembly) to quantify.  All you need to run sailfish is a
11743 fasta file containing your reference transcripts and a (set of) fasta/fastq
11744 file(s) containing your reads.")
11745     (license license:gpl3+)))
11746
11747 (define libstadenio-for-salmon
11748   (package
11749     (name "libstadenio")
11750     (version "1.14.8")
11751     (source (origin
11752               (method git-fetch)
11753               (uri (git-reference
11754                     (url "https://github.com/COMBINE-lab/staden-io_lib.git")
11755                     (commit (string-append "v" version))))
11756               (file-name (string-append name "-" version "-checkout"))
11757               (sha256
11758                (base32
11759                 "1x8kxxqxl892vwfbprlbyfwkkv7c34ggkc94892x9x0g37x5nbwx"))))
11760     (build-system gnu-build-system)
11761     (arguments '(#:parallel-tests? #f)) ; not supported
11762     (inputs
11763      `(("zlib" ,zlib)))
11764     (native-inputs
11765      `(("perl" ,perl)))                 ; for tests
11766     (home-page "https://github.com/COMBINE-lab/staden-io_lib")
11767     (synopsis "General purpose trace and experiment file library")
11768     (description "This package provides a library of file reading and writing
11769 code to provide a general purpose Trace file (and Experiment File) reading
11770 interface.
11771
11772 The following file formats are supported:
11773
11774 @enumerate
11775 @item SCF trace files
11776 @item ABI trace files
11777 @item ALF trace files
11778 @item ZTR trace files
11779 @item SFF trace archives
11780 @item SRF trace archives
11781 @item Experiment files
11782 @item Plain text files
11783 @item SAM/BAM sequence files
11784 @item CRAM sequence files
11785 @end enumerate\n")
11786     (license license:bsd-3)))
11787
11788 (define-public salmon
11789   (package
11790     (name "salmon")
11791     (version "0.13.1")
11792     (source (origin
11793               (method git-fetch)
11794               (uri (git-reference
11795                     (url "https://github.com/COMBINE-lab/salmon.git")
11796                     (commit (string-append "v" version))))
11797               (file-name (git-file-name name version))
11798               (sha256
11799                (base32
11800                 "1i2z4aivicmiixdz9bxalp7vmfzi3k92fxa63iqa8kgvfw5a4aq5"))
11801               (modules '((guix build utils)))
11802               (snippet
11803                '(begin
11804                   ;; Delete bundled headers for eigen3.
11805                   (delete-file-recursively "include/eigen3/")
11806                   #t))))
11807     (build-system cmake-build-system)
11808     (arguments
11809      `(#:configure-flags
11810        (list (string-append "-DBOOST_INCLUDEDIR="
11811                             (assoc-ref %build-inputs "boost")
11812                             "/include/")
11813              (string-append "-DBOOST_LIBRARYDIR="
11814                             (assoc-ref %build-inputs "boost")
11815                             "/lib/")
11816              (string-append "-DBoost_LIBRARIES="
11817                             "-lboost_iostreams "
11818                             "-lboost_filesystem "
11819                             "-lboost_system "
11820                             "-lboost_thread "
11821                             "-lboost_timer "
11822                             "-lboost_chrono "
11823                             "-lboost_program_options")
11824              "-DBoost_FOUND=TRUE"
11825              "-DTBB_LIBRARIES=tbb tbbmalloc"
11826              ;; Don't download RapMap---we already have it!
11827              "-DFETCHED_RAPMAP=1")
11828        #:phases
11829        (modify-phases %standard-phases
11830          ;; Boost cannot be found, even though it's right there.
11831          (add-after 'unpack 'do-not-look-for-boost
11832            (lambda* (#:key inputs #:allow-other-keys)
11833              (substitute* "CMakeLists.txt"
11834                (("find_package\\(Boost 1\\.59\\.0") "#"))
11835              #t))
11836          (add-after 'unpack 'do-not-phone-home
11837            (lambda _
11838              (substitute* "src/Salmon.cpp"
11839                (("getVersionMessage\\(\\)") "\"\""))
11840              #t))
11841          (add-after 'unpack 'prepare-rapmap
11842            (lambda* (#:key inputs #:allow-other-keys)
11843              (let ((src "external/install/src/rapmap/")
11844                    (include "external/install/include/rapmap/")
11845                    (rapmap (assoc-ref inputs "rapmap")))
11846                (mkdir-p src)
11847                (mkdir-p include)
11848                (copy-recursively (string-append rapmap "/src") src)
11849                (copy-recursively (string-append rapmap "/include") include)
11850                (for-each delete-file '("external/install/include/rapmap/xxhash.h"
11851                                        "external/install/include/rapmap/FastxParser.hpp"
11852                                        "external/install/include/rapmap/concurrentqueue.h"
11853                                        "external/install/include/rapmap/FastxParserThreadUtils.hpp"
11854                                        "external/install/src/rapmap/FastxParser.cpp"
11855                                        "external/install/src/rapmap/xxhash.c"))
11856                (delete-file-recursively "external/install/include/rapmap/spdlog"))
11857              #t))
11858          (add-after 'unpack 'use-system-libraries
11859            (lambda* (#:key inputs #:allow-other-keys)
11860              (substitute* "CMakeLists.txt"
11861                ;; Don't prefer static libs
11862                (("SET\\(CMAKE_FIND_LIBRARY_SUFFIXES.*") "")
11863                (("set\\(TBB_LIBRARIES") "message(")
11864                ;; Don't download anything
11865                (("DOWNLOAD_COMMAND") "DOWNLOAD_COMMAND echo")
11866                (("externalproject_add\\(libcereal") "message(")
11867                (("externalproject_add\\(libgff") "message(")
11868                (("externalproject_add\\(libtbb") "message(")
11869                (("externalproject_add\\(libdivsufsort") "message(")
11870                (("externalproject_add\\(libstadenio") "message(")
11871                (("externalproject_add_step\\(") "message("))
11872              (substitute* "src/CMakeLists.txt"
11873                (("add_dependencies") "#")
11874                (("\\$\\{GAT_SOURCE_DIR\\}/external/install/lib/libstaden-read.a")
11875                 (string-append (assoc-ref inputs "libstadenio-for-salmon")
11876                                "/lib/libstaden-read.so"))
11877                (("\\$\\{GAT_SOURCE_DIR\\}/external/install/lib/libdivsufsort.a")
11878                 (string-append (assoc-ref inputs "libdivsufsort")
11879                                "/lib/libdivsufsort.so"))
11880                (("\\$\\{GAT_SOURCE_DIR\\}/external/install/lib/libdivsufsort64.a")
11881                 (string-append (assoc-ref inputs "libdivsufsort")
11882                                "/lib/libdivsufsort64.so"))
11883                (("lib/libdivsufsort.a") "/lib/libdivsufsort.so"))
11884
11885              ;; Ensure that all headers can be found
11886              (setenv "CPLUS_INCLUDE_PATH"
11887                      (string-append (getenv "CPLUS_INCLUDE_PATH")
11888                                     ":"
11889                                     (assoc-ref inputs "eigen")
11890                                     "/include/eigen3"))
11891              (setenv "CPATH"
11892                      (string-append (assoc-ref inputs "eigen")
11893                                     "/include/eigen3"))
11894              #t))
11895          ;; CMAKE_INSTALL_PREFIX does not exist when the tests are
11896          ;; run.  It only exists after the install phase.
11897          (add-after 'unpack 'fix-tests
11898            (lambda _
11899              (substitute* "src/CMakeLists.txt"
11900                (("DTOPLEVEL_DIR=\\$\\{CMAKE_INSTALL_PREFIX")
11901                 "DTOPLEVEL_DIR=${GAT_SOURCE_DIR"))
11902              #t)))))
11903     (inputs
11904      `(("boost" ,boost)
11905        ("bzip2" ,bzip2)
11906        ("cereal" ,cereal)
11907        ("eigen" ,eigen)
11908        ("rapmap" ,(origin
11909                     (method git-fetch)
11910                     (uri (git-reference
11911                           (url "https://github.com/COMBINE-lab/RapMap.git")
11912                           (commit (string-append "salmon-v" version))))
11913                     (file-name (string-append "rapmap-salmon-v" version "-checkout"))
11914                     (sha256
11915                      (base32
11916                       "1biplxf0csc7a8h1wf219b0vmjkvw6wk2zylhdklb577kgmihdms"))))
11917        ("jemalloc" ,jemalloc)
11918        ("libgff" ,libgff)
11919        ("tbb" ,tbb)
11920        ("libdivsufsort" ,libdivsufsort)
11921        ("libstadenio-for-salmon" ,libstadenio-for-salmon)
11922        ("xz" ,xz)
11923        ("zlib" ,zlib)))
11924     (native-inputs
11925      `(("pkg-config" ,pkg-config)))
11926     (home-page "https://github.com/COMBINE-lab/salmon")
11927     (synopsis "Quantification from RNA-seq reads using lightweight alignments")
11928     (description "Salmon is a program to produce highly-accurate,
11929 transcript-level quantification estimates from RNA-seq data.  Salmon achieves
11930 its accuracy and speed via a number of different innovations, including the
11931 use of lightweight alignments (accurate but fast-to-compute proxies for
11932 traditional read alignments) and massively-parallel stochastic collapsed
11933 variational inference.")
11934     (license license:gpl3+)))
11935
11936 (define-public python-loompy
11937   (package
11938     (name "python-loompy")
11939     (version "2.0.17")
11940     ;; The tarball on Pypi does not include the tests.
11941     (source (origin
11942               (method git-fetch)
11943               (uri (git-reference
11944                     (url "https://github.com/linnarsson-lab/loompy.git")
11945                     (commit version)))
11946               (file-name (git-file-name name version))
11947               (sha256
11948                (base32
11949                 "12a5kjgiikapv93wahfw0frszx1lblnppyz3vs5gy8fgmgngra07"))))
11950     (build-system python-build-system)
11951     (arguments
11952      `(#:phases
11953        (modify-phases %standard-phases
11954          (replace 'check
11955            (lambda _
11956              (setenv "PYTHONPATH"
11957                      (string-append (getcwd) ":"
11958                                     (getenv "PYTHONPATH")))
11959              (invoke "pytest" "tests")
11960              #t)))))
11961     (propagated-inputs
11962      `(("python-h5py" ,python-h5py)
11963        ("python-numpy" ,python-numpy)
11964        ("python-pandas" ,python-pandas)
11965        ("python-scipy" ,python-scipy)))
11966     (native-inputs
11967      `(("python-pytest" ,python-pytest)))
11968     (home-page "https://github.com/linnarsson-lab/loompy")
11969     (synopsis "Work with .loom files for single-cell RNA-seq data")
11970     (description "The loom file format is an efficient format for very large
11971 omics datasets, consisting of a main matrix, optional additional layers, a
11972 variable number of row and column annotations.  Loom also supports sparse
11973 graphs.  This library makes it easy to work with @file{.loom} files for
11974 single-cell RNA-seq data.")
11975     (license license:bsd-3)))
11976
11977 ;; pigx-scrnaseq does not work with the latest version of loompy.
11978 (define-public python-loompy-for-pigx-scrnaseq
11979   (package (inherit python-loompy)
11980     (name "python-loompy")
11981     (version "2.0.3")
11982     (source (origin
11983               (method git-fetch)
11984               (uri (git-reference
11985                     (url "https://github.com/linnarsson-lab/loompy.git")
11986                     (commit (string-append "v" version))))
11987               (file-name (git-file-name name version))
11988               (sha256
11989                (base32
11990                 "0pjyl532pl8sbv71yci6h0agchn0naw2qjcwj50n6afrsahbsag3"))))
11991     ;; There are none.
11992     (arguments '(#:tests? #f))))
11993
11994 ;; We cannot use the latest commit because it requires Java 9.
11995 (define-public java-forester
11996   (let ((commit "86b07efe302d5094b42deed9260f719a4c4ac2e6")
11997         (revision "1"))
11998     (package
11999       (name "java-forester")
12000       (version (string-append "0-" revision "." (string-take commit 7)))
12001       (source (origin
12002                 (method git-fetch)
12003                 (uri (git-reference
12004                       (url "https://github.com/cmzmasek/forester.git")
12005                       (commit commit)))
12006                 (file-name (string-append name "-" version "-checkout"))
12007                 (sha256
12008                  (base32
12009                   "0vxavc1yrf84yrnf20dq26hi0lglidk8d382xrxsy4qmlbjd276z"))
12010                 (modules '((guix build utils)))
12011                 (snippet
12012                  '(begin
12013                     ;; Delete bundled jars and pre-built classes
12014                     (delete-file-recursively "forester/java/resources")
12015                     (delete-file-recursively "forester/java/classes")
12016                     (for-each delete-file (find-files "forester/java/" "\\.jar$"))
12017                     ;; Delete bundled applications
12018                     (delete-file-recursively "forester_applications")
12019                     #t))))
12020       (build-system ant-build-system)
12021       (arguments
12022        `(#:tests? #f ; there are none
12023          #:jdk ,icedtea-8
12024          #:modules ((guix build ant-build-system)
12025                     (guix build utils)
12026                     (guix build java-utils)
12027                     (sxml simple)
12028                     (sxml transform))
12029          #:phases
12030          (modify-phases %standard-phases
12031            (add-after 'unpack 'chdir
12032              (lambda _ (chdir "forester/java") #t))
12033            (add-after 'chdir 'fix-dependencies
12034              (lambda _
12035                (chmod "build.xml" #o664)
12036                (call-with-output-file "build.xml.new"
12037                  (lambda (port)
12038                    (sxml->xml
12039                     (pre-post-order
12040                      (with-input-from-file "build.xml"
12041                        (lambda _ (xml->sxml #:trim-whitespace? #t)))
12042                      `(;; Remove all unjar tags to avoid repacking classes.
12043                        (unjar     . ,(lambda _ '()))
12044                        (*default* . ,(lambda (tag . kids) `(,tag ,@kids)))
12045                        (*text*    . ,(lambda (_ txt) txt))))
12046                     port)))
12047                (rename-file "build.xml.new" "build.xml")
12048                #t))
12049            ;; FIXME: itext is difficult to package as it depends on a few
12050            ;; unpackaged libraries.
12051            (add-after 'chdir 'remove-dependency-on-unpackaged-itext
12052              (lambda _
12053                (delete-file "src/org/forester/archaeopteryx/PdfExporter.java")
12054                (substitute* "src/org/forester/archaeopteryx/MainFrame.java"
12055                  (("pdf_written_to = PdfExporter.*")
12056                   "throw new IOException(\"PDF export is not available.\");"))
12057                #t))
12058            ;; There is no install target
12059            (replace 'install (install-jars ".")))))
12060       (propagated-inputs
12061        `(("java-commons-codec" ,java-commons-codec)
12062          ("java-openchart2" ,java-openchart2)))
12063       (home-page "https://sites.google.com/site/cmzmasek/home/software/forester")
12064       (synopsis "Phylogenomics libraries for Java")
12065       (description "Forester is a collection of Java libraries for
12066 phylogenomics and evolutionary biology research.  It includes support for
12067 reading, writing, and exporting phylogenetic trees.")
12068       (license license:lgpl2.1+))))
12069
12070 (define-public java-forester-1.005
12071   (package
12072     (name "java-forester")
12073     (version "1.005")
12074     (source (origin
12075               (method url-fetch)
12076               (uri (string-append "http://search.maven.org/remotecontent?"
12077                                   "filepath=org/biojava/thirdparty/forester/"
12078                                   version "/forester-" version "-sources.jar"))
12079               (file-name (string-append name "-" version ".jar"))
12080               (sha256
12081                (base32
12082                 "04r8qv4rk3p71z4ajrvp11py1z46qrx0047j3zzs79s6lnsm3lcv"))))
12083     (build-system ant-build-system)
12084     (arguments
12085      `(#:tests? #f ; there are none
12086        #:jdk ,icedtea-8
12087        #:modules ((guix build ant-build-system)
12088                   (guix build utils)
12089                   (guix build java-utils)
12090                   (sxml simple)
12091                   (sxml transform))
12092        #:phases
12093        (modify-phases %standard-phases
12094          (add-after 'unpack 'fix-dependencies
12095            (lambda* (#:key inputs #:allow-other-keys)
12096              (call-with-output-file "build.xml"
12097                (lambda (port)
12098                  (sxml->xml
12099                   (pre-post-order
12100                    (with-input-from-file "src/build.xml"
12101                      (lambda _ (xml->sxml #:trim-whitespace? #t)))
12102                    `(;; Remove all unjar tags to avoid repacking classes.
12103                      (unjar     . ,(lambda _ '()))
12104                      (*default* . ,(lambda (tag . kids) `(,tag ,@kids)))
12105                      (*text*    . ,(lambda (_ txt) txt))))
12106                   port)))
12107              (copy-file (assoc-ref inputs "synth_look_and_feel_1.xml")
12108                         "synth_look_and_feel_1.xml")
12109              (copy-file (assoc-ref inputs "phyloxml.xsd")
12110                         "phyloxml.xsd")
12111              (substitute* "build.xml"
12112                (("../resources/synth_laf/synth_look_and_feel_1.xml")
12113                 "synth_look_and_feel_1.xml")
12114                (("../resources/phyloxml_schema/1.10/phyloxml.xsd")
12115                 "phyloxml.xsd"))
12116              #t))
12117          ;; FIXME: itext is difficult to package as it depends on a few
12118          ;; unpackaged libraries.
12119          (add-after 'unpack 'remove-dependency-on-unpackaged-itext
12120            (lambda _
12121              (delete-file "src/org/forester/archaeopteryx/PdfExporter.java")
12122              (substitute* '("src/org/forester/archaeopteryx/MainFrame.java"
12123                             "src/org/forester/archaeopteryx/MainFrameApplication.java")
12124                (("pdf_written_to = PdfExporter.*")
12125                 "throw new IOException(\"PDF export is not available.\"); /*")
12126                ((".getPrintSizeX\\(\\), getOptions\\(\\).getPrintSizeY\\(\\) \\);") "*/")
12127                (("getCurrentTreePanel\\(\\).getHeight\\(\\) \\);") "*/"))
12128              #t))
12129          (add-after 'unpack 'delete-pre-built-classes
12130            (lambda _ (delete-file-recursively "src/classes") #t))
12131          ;; There is no install target
12132          (replace 'install (install-jars ".")))))
12133     (propagated-inputs
12134      `(("java-commons-codec" ,java-commons-codec)
12135        ("java-openchart2" ,java-openchart2)))
12136     ;; The source archive does not contain the resources.
12137     (native-inputs
12138      `(("phyloxml.xsd"
12139         ,(origin
12140            (method url-fetch)
12141            (uri (string-append "https://raw.githubusercontent.com/cmzmasek/forester/"
12142                                "b61cc2dcede0bede317db362472333115756b8c6/"
12143                                "forester/resources/phyloxml_schema/1.10/phyloxml.xsd"))
12144            (file-name (string-append name "-phyloxml-" version ".xsd"))
12145            (sha256
12146             (base32
12147              "1zxc4m8sn4n389nqdnpxa8d0k17qnr3pm2y5y6g6vh4k0zm52npv"))))
12148        ("synth_look_and_feel_1.xml"
12149         ,(origin
12150            (method url-fetch)
12151            (uri (string-append "https://raw.githubusercontent.com/cmzmasek/forester/"
12152                                "29e04321615da6b35c1e15c60e52caf3f21d8e6a/"
12153                                "forester/java/classes/resources/synth_look_and_feel_1.xml"))
12154            (file-name (string-append name "-synth-look-and-feel-" version ".xml"))
12155            (sha256
12156             (base32
12157              "1gv5602gv4k7y7713y75a4jvj7i9s7nildsbdl7n9q10sc2ikg8h"))))))
12158     (home-page "https://sites.google.com/site/cmzmasek/home/software/forester")
12159     (synopsis "Phylogenomics libraries for Java")
12160     (description "Forester is a collection of Java libraries for
12161 phylogenomics and evolutionary biology research.  It includes support for
12162 reading, writing, and exporting phylogenetic trees.")
12163     (license license:lgpl2.1+)))
12164
12165 (define-public java-biojava-core
12166   (package
12167     (name "java-biojava-core")
12168     (version "4.2.11")
12169     (source (origin
12170               (method git-fetch)
12171               (uri (git-reference
12172                     (url "https://github.com/biojava/biojava")
12173                     (commit (string-append "biojava-" version))))
12174               (file-name (string-append name "-" version "-checkout"))
12175               (sha256
12176                (base32
12177                 "1bvryh2bpsvash8ln79cmc9sqm8qw72hz4xzwqxcrjm8ssxszhqk"))))
12178     (build-system ant-build-system)
12179     (arguments
12180      `(#:jdk ,icedtea-8
12181        #:jar-name "biojava-core.jar"
12182        #:source-dir "biojava-core/src/main/java/"
12183        #:test-dir "biojava-core/src/test"
12184        ;; These tests seem to require internet access.
12185        #:test-exclude (list "**/SearchIOTest.java"
12186                             "**/BlastXMLParserTest.java"
12187                             "**/GenbankCookbookTest.java"
12188                             "**/GenbankProxySequenceReaderTest.java")
12189        #:phases
12190        (modify-phases %standard-phases
12191          (add-before 'build 'copy-resources
12192            (lambda _
12193              (copy-recursively "biojava-core/src/main/resources"
12194                                "build/classes")
12195              #t))
12196          (add-before 'check 'copy-test-resources
12197            (lambda _
12198              (copy-recursively "biojava-core/src/test/resources"
12199                                "build/test-classes")
12200              #t)))))
12201     (propagated-inputs
12202      `(("java-log4j-api" ,java-log4j-api)
12203        ("java-log4j-core" ,java-log4j-core)
12204        ("java-slf4j-api" ,java-slf4j-api)
12205        ("java-slf4j-simple" ,java-slf4j-simple)))
12206     (native-inputs
12207      `(("java-junit" ,java-junit)
12208        ("java-hamcrest-core" ,java-hamcrest-core)))
12209     (home-page "http://biojava.org")
12210     (synopsis "Core libraries of Java framework for processing biological data")
12211     (description "BioJava is a project dedicated to providing a Java framework
12212 for processing biological data.  It provides analytical and statistical
12213 routines, parsers for common file formats, reference implementations of
12214 popular algorithms, and allows the manipulation of sequences and 3D
12215 structures.  The goal of the biojava project is to facilitate rapid
12216 application development for bioinformatics.
12217
12218 This package provides the core libraries.")
12219     (license license:lgpl2.1+)))
12220
12221 (define-public java-biojava-phylo
12222   (package (inherit java-biojava-core)
12223     (name "java-biojava-phylo")
12224     (build-system ant-build-system)
12225     (arguments
12226      `(#:jdk ,icedtea-8
12227        #:jar-name "biojava-phylo.jar"
12228        #:source-dir "biojava-phylo/src/main/java/"
12229        #:test-dir "biojava-phylo/src/test"
12230        #:phases
12231        (modify-phases %standard-phases
12232          (add-before 'build 'copy-resources
12233            (lambda _
12234              (copy-recursively "biojava-phylo/src/main/resources"
12235                                "build/classes")
12236              #t))
12237          (add-before 'check 'copy-test-resources
12238            (lambda _
12239              (copy-recursively "biojava-phylo/src/test/resources"
12240                                "build/test-classes")
12241              #t)))))
12242     (propagated-inputs
12243      `(("java-log4j-api" ,java-log4j-api)
12244        ("java-log4j-core" ,java-log4j-core)
12245        ("java-slf4j-api" ,java-slf4j-api)
12246        ("java-slf4j-simple" ,java-slf4j-simple)
12247        ("java-biojava-core" ,java-biojava-core)
12248        ("java-forester" ,java-forester)))
12249     (native-inputs
12250      `(("java-junit" ,java-junit)
12251        ("java-hamcrest-core" ,java-hamcrest-core)))
12252     (home-page "http://biojava.org")
12253     (synopsis "Biojava interface to the forester phylogenomics library")
12254     (description "The phylo module provides a biojava interface layer to the
12255 forester phylogenomics library for constructing phylogenetic trees.")))
12256
12257 (define-public java-biojava-alignment
12258   (package (inherit java-biojava-core)
12259     (name "java-biojava-alignment")
12260     (build-system ant-build-system)
12261     (arguments
12262      `(#:jdk ,icedtea-8
12263        #:jar-name "biojava-alignment.jar"
12264        #:source-dir "biojava-alignment/src/main/java/"
12265        #:test-dir "biojava-alignment/src/test"
12266        #:phases
12267        (modify-phases %standard-phases
12268          (add-before 'build 'copy-resources
12269            (lambda _
12270              (copy-recursively "biojava-alignment/src/main/resources"
12271                                "build/classes")
12272              #t))
12273          (add-before 'check 'copy-test-resources
12274            (lambda _
12275              (copy-recursively "biojava-alignment/src/test/resources"
12276                                "build/test-classes")
12277              #t)))))
12278     (propagated-inputs
12279      `(("java-log4j-api" ,java-log4j-api)
12280        ("java-log4j-core" ,java-log4j-core)
12281        ("java-slf4j-api" ,java-slf4j-api)
12282        ("java-slf4j-simple" ,java-slf4j-simple)
12283        ("java-biojava-core" ,java-biojava-core)
12284        ("java-biojava-phylo" ,java-biojava-phylo)
12285        ("java-forester" ,java-forester)))
12286     (native-inputs
12287      `(("java-junit" ,java-junit)
12288        ("java-hamcrest-core" ,java-hamcrest-core)))
12289     (home-page "http://biojava.org")
12290     (synopsis "Biojava API for genetic sequence alignment")
12291     (description "The alignment module of BioJava provides an API that
12292 contains
12293
12294 @itemize
12295 @item implementations of dynamic programming algorithms for sequence
12296   alignment;
12297 @item reading and writing of popular alignment file formats;
12298 @item a single-, or multi- threaded multiple sequence alignment algorithm.
12299 @end itemize\n")))
12300
12301 (define-public java-biojava-core-4.0
12302   (package (inherit java-biojava-core)
12303     (name "java-biojava-core")
12304     (version "4.0.0")
12305     (source (origin
12306               (method git-fetch)
12307               (uri (git-reference
12308                     (url "https://github.com/biojava/biojava")
12309                     (commit (string-append "biojava-" version))))
12310               (file-name (string-append name "-" version "-checkout"))
12311               (sha256
12312                (base32
12313                 "13675f6y9aqi7bi2lk3s1z7a22ynccjiqwa8izh7p97xi9wsfmd8"))))))
12314
12315 (define-public java-biojava-phylo-4.0
12316   (package (inherit java-biojava-core-4.0)
12317     (name "java-biojava-phylo")
12318     (build-system ant-build-system)
12319     (arguments
12320      `(#:jdk ,icedtea-8
12321        #:jar-name "biojava-phylo.jar"
12322        #:source-dir "biojava-phylo/src/main/java/"
12323        #:test-dir "biojava-phylo/src/test"
12324        #:phases
12325        (modify-phases %standard-phases
12326          (add-before 'build 'copy-resources
12327            (lambda _
12328              (copy-recursively "biojava-phylo/src/main/resources"
12329                                "build/classes")
12330              #t))
12331          (add-before 'check 'copy-test-resources
12332            (lambda _
12333              (copy-recursively "biojava-phylo/src/test/resources"
12334                                "build/test-classes")
12335              #t)))))
12336     (propagated-inputs
12337      `(("java-log4j-api" ,java-log4j-api)
12338        ("java-log4j-core" ,java-log4j-core)
12339        ("java-slf4j-api" ,java-slf4j-api)
12340        ("java-slf4j-simple" ,java-slf4j-simple)
12341        ("java-biojava-core" ,java-biojava-core-4.0)
12342        ("java-forester" ,java-forester-1.005)))
12343     (native-inputs
12344      `(("java-junit" ,java-junit)
12345        ("java-hamcrest-core" ,java-hamcrest-core)))
12346     (home-page "http://biojava.org")
12347     (synopsis "Biojava interface to the forester phylogenomics library")
12348     (description "The phylo module provides a biojava interface layer to the
12349 forester phylogenomics library for constructing phylogenetic trees.")))
12350
12351 (define-public java-biojava-alignment-4.0
12352   (package (inherit java-biojava-core-4.0)
12353     (name "java-biojava-alignment")
12354     (build-system ant-build-system)
12355     (arguments
12356      `(#:jdk ,icedtea-8
12357        #:jar-name "biojava-alignment.jar"
12358        #:source-dir "biojava-alignment/src/main/java/"
12359        #:test-dir "biojava-alignment/src/test"
12360        #:phases
12361        (modify-phases %standard-phases
12362          (add-before 'build 'copy-resources
12363            (lambda _
12364              (copy-recursively "biojava-alignment/src/main/resources"
12365                                "build/classes")
12366              #t))
12367          (add-before 'check 'copy-test-resources
12368            (lambda _
12369              (copy-recursively "biojava-alignment/src/test/resources"
12370                                "build/test-classes")
12371              #t)))))
12372     (propagated-inputs
12373      `(("java-log4j-api" ,java-log4j-api)
12374        ("java-log4j-core" ,java-log4j-core)
12375        ("java-slf4j-api" ,java-slf4j-api)
12376        ("java-slf4j-simple" ,java-slf4j-simple)
12377        ("java-biojava-core" ,java-biojava-core-4.0)
12378        ("java-biojava-phylo" ,java-biojava-phylo-4.0)
12379        ("java-forester" ,java-forester-1.005)))
12380     (native-inputs
12381      `(("java-junit" ,java-junit)
12382        ("java-hamcrest-core" ,java-hamcrest-core)))
12383     (home-page "http://biojava.org")
12384     (synopsis "Biojava API for genetic sequence alignment")
12385     (description "The alignment module of BioJava provides an API that
12386 contains
12387
12388 @itemize
12389 @item implementations of dynamic programming algorithms for sequence
12390   alignment;
12391 @item reading and writing of popular alignment file formats;
12392 @item a single-, or multi- threaded multiple sequence alignment algorithm.
12393 @end itemize\n")))
12394
12395 (define-public dropseq-tools
12396   (package
12397     (name "dropseq-tools")
12398     (version "1.13")
12399     (source
12400      (origin
12401        (method url-fetch)
12402        (uri "http://mccarrolllab.com/download/1276/")
12403        (file-name (string-append "dropseq-tools-" version ".zip"))
12404        (sha256
12405         (base32
12406          "0yrffckxqk5l8b5xb6z4laq157zd9mdypr2p4b4vq2bhjzi1sj0s"))
12407        ;; Delete bundled libraries
12408        (modules '((guix build utils)))
12409        (snippet
12410         '(begin
12411            (for-each delete-file (find-files "jar/lib" "\\.jar$"))
12412            (delete-file-recursively "3rdParty")
12413            #t))))
12414     (build-system ant-build-system)
12415     (arguments
12416      `(#:tests? #f                      ; test data are not included
12417        #:test-target "test"
12418        #:build-target "all"
12419        #:source-dir "public/src/"
12420        #:jdk ,icedtea-8
12421        #:make-flags
12422        (list (string-append "-Dpicard.executable.dir="
12423                             (assoc-ref %build-inputs "java-picard")
12424                             "/share/java/"))
12425        #:modules ((ice-9 match)
12426                   (srfi srfi-1)
12427                   (guix build utils)
12428                   (guix build java-utils)
12429                   (guix build ant-build-system))
12430        #:phases
12431        (modify-phases %standard-phases
12432          ;; FIXME: fails with "java.io.FileNotFoundException:
12433          ;; /gnu/store/…-dropseq-tools-1.13/share/java/lib/biojava-alignment.jar"
12434          (delete 'generate-jar-indices)
12435          ;; All dependencies must be linked to "lib", because that's where
12436          ;; they will be searched for when the Class-Path property of the
12437          ;; manifest is computed.
12438          (add-after 'unpack 'record-references
12439            (lambda* (#:key inputs #:allow-other-keys)
12440              (mkdir-p "jar/lib")
12441              (let ((dirs (filter-map (match-lambda
12442                                        ((name . dir)
12443                                         (if (and (string-prefix? "java-" name)
12444                                                  (not (string=? name "java-testng")))
12445                                             dir #f)))
12446                                      inputs)))
12447                (for-each (lambda (jar)
12448                            (symlink jar (string-append "jar/lib/" (basename jar))))
12449                          (append-map (lambda (dir) (find-files dir "\\.jar$"))
12450                                      dirs)))
12451              #t))
12452          ;; There is no installation target
12453          (replace 'install
12454            (lambda* (#:key inputs outputs #:allow-other-keys)
12455              (let* ((out     (assoc-ref outputs "out"))
12456                     (bin     (string-append out "/bin"))
12457                     (share   (string-append out "/share/java/"))
12458                     (lib     (string-append share "/lib/"))
12459                     (scripts (list "BAMTagHistogram"
12460                                    "BAMTagofTagCounts"
12461                                    "BaseDistributionAtReadPosition"
12462                                    "CollapseBarcodesInPlace"
12463                                    "CollapseTagWithContext"
12464                                    "ConvertToRefFlat"
12465                                    "CreateIntervalsFiles"
12466                                    "DetectBeadSynthesisErrors"
12467                                    "DigitalExpression"
12468                                    "Drop-seq_alignment.sh"
12469                                    "FilterBAM"
12470                                    "FilterBAMByTag"
12471                                    "GatherGeneGCLength"
12472                                    "GatherMolecularBarcodeDistributionByGene"
12473                                    "GatherReadQualityMetrics"
12474                                    "PolyATrimmer"
12475                                    "ReduceGTF"
12476                                    "SelectCellsByNumTranscripts"
12477                                    "SingleCellRnaSeqMetricsCollector"
12478                                    "TagBamWithReadSequenceExtended"
12479                                    "TagReadWithGeneExon"
12480                                    "TagReadWithInterval"
12481                                    "TrimStartingSequence"
12482                                    "ValidateReference")))
12483                (for-each mkdir-p (list bin share lib))
12484                (install-file "dist/dropseq.jar" share)
12485                (for-each (lambda (script)
12486                            (chmod script #o555)
12487                            (install-file script bin))
12488                          scripts)
12489                (substitute* (map (lambda (script)
12490                                    (string-append bin "/" script))
12491                                  scripts)
12492                  (("^java") (which "java"))
12493                  (("jar_deploy_dir=.*")
12494                   (string-append "jar_deploy_dir=" share "\n"))))
12495              #t))
12496          ;; FIXME: We do this after stripping jars because we don't want it to
12497          ;; copy all these jars and strip them.  We only want to install
12498          ;; links.  Arguably, this is a problem with the ant-build-system.
12499          (add-after 'strip-jar-timestamps 'install-links
12500            (lambda* (#:key outputs #:allow-other-keys)
12501              (let* ((out     (assoc-ref outputs "out"))
12502                     (share   (string-append out "/share/java/"))
12503                     (lib     (string-append share "/lib/")))
12504                (for-each (lambda (jar)
12505                            (symlink (readlink jar)
12506                                     (string-append lib (basename jar))))
12507                          (find-files "jar/lib" "\\.jar$")))
12508              #t)))))
12509     (inputs
12510      `(("jdk" ,icedtea-8)
12511        ("java-picard" ,java-picard-2.10.3)
12512        ("java-log4j-1.2-api" ,java-log4j-1.2-api)
12513        ("java-commons-math3" ,java-commons-math3)
12514        ("java-commons-jexl2" ,java-commons-jexl-2)
12515        ("java-commons-collections4" ,java-commons-collections4)
12516        ("java-commons-lang2" ,java-commons-lang)
12517        ("java-commons-io" ,java-commons-io)
12518        ("java-snappy-1.0.3-rc3" ,java-snappy-1)
12519        ("java-guava" ,java-guava)
12520        ("java-la4j" ,java-la4j)
12521        ("java-biojava-core" ,java-biojava-core-4.0)
12522        ("java-biojava-alignment" ,java-biojava-alignment-4.0)
12523        ("java-jdistlib" ,java-jdistlib)
12524        ("java-simple-xml" ,java-simple-xml)
12525        ("java-snakeyaml" ,java-snakeyaml)))
12526     (native-inputs
12527      `(("unzip" ,unzip)
12528        ("java-testng" ,java-testng)))
12529     (home-page "http://mccarrolllab.com/dropseq/")
12530     (synopsis "Tools for Drop-seq analyses")
12531     (description "Drop-seq is a technology to enable biologists to
12532 analyze RNA expression genome-wide in thousands of individual cells at
12533 once.  This package provides tools to perform Drop-seq analyses.")
12534     (license license:expat)))
12535
12536 (define-public pigx-rnaseq
12537   (package
12538     (name "pigx-rnaseq")
12539     (version "0.0.5")
12540     (source (origin
12541               (method url-fetch)
12542               (uri (string-append "https://github.com/BIMSBbioinfo/pigx_rnaseq/"
12543                                   "releases/download/v" version
12544                                   "/pigx_rnaseq-" version ".tar.gz"))
12545               (sha256
12546                (base32
12547                 "05gn658zpj9xki5dbs728z9zxq1mcm25hkwr5vzwqxsfi15l5f2l"))))
12548     (build-system gnu-build-system)
12549     (arguments
12550      `(#:parallel-tests? #f             ; not supported
12551        #:phases
12552        (modify-phases %standard-phases
12553          ;; "test.sh" runs STAR, which requires excessive amounts of memory.
12554          (add-after 'unpack 'disable-resource-intensive-test
12555            (lambda _
12556              (substitute* "Makefile.in"
12557                (("(^  tests/test_trim_galore/test.sh).*" _ m) m)
12558                (("^  tests/test_multiqc/test.sh") "")
12559                (("^  test.sh") ""))
12560              #t)))))
12561     (inputs
12562      `(("gzip" ,gzip)
12563        ("snakemake" ,snakemake)
12564        ("fastqc" ,fastqc)
12565        ("multiqc" ,multiqc)
12566        ("star" ,star)
12567        ("trim-galore" ,trim-galore)
12568        ("htseq" ,htseq)
12569        ("samtools" ,samtools)
12570        ("bedtools" ,bedtools)
12571        ("r-minimal" ,r-minimal)
12572        ("r-rmarkdown" ,r-rmarkdown)
12573        ("r-ggplot2" ,r-ggplot2)
12574        ("r-ggrepel" ,r-ggrepel)
12575        ("r-gprofiler" ,r-gprofiler)
12576        ("r-deseq2" ,r-deseq2)
12577        ("r-dt" ,r-dt)
12578        ("r-knitr" ,r-knitr)
12579        ("r-pheatmap" ,r-pheatmap)
12580        ("r-corrplot" ,r-corrplot)
12581        ("r-reshape2" ,r-reshape2)
12582        ("r-plotly" ,r-plotly)
12583        ("r-scales" ,r-scales)
12584        ("r-summarizedexperiment" ,r-summarizedexperiment)
12585        ("r-crosstalk" ,r-crosstalk)
12586        ("r-tximport" ,r-tximport)
12587        ("r-rtracklayer" ,r-rtracklayer)
12588        ("r-rjson" ,r-rjson)
12589        ("salmon" ,salmon)
12590        ("ghc-pandoc" ,ghc-pandoc)
12591        ("ghc-pandoc-citeproc" ,ghc-pandoc-citeproc)
12592        ("python-wrapper" ,python-wrapper)
12593        ("python-pyyaml" ,python-pyyaml)))
12594     (home-page "http://bioinformatics.mdc-berlin.de/pigx/")
12595     (synopsis "Analysis pipeline for RNA sequencing experiments")
12596     (description "PiGX RNAseq is an analysis pipeline for preprocessing and
12597 reporting for RNA sequencing experiments.  It is easy to use and produces high
12598 quality reports.  The inputs are reads files from the sequencing experiment,
12599 and a configuration file which describes the experiment.  In addition to
12600 quality control of the experiment, the pipeline produces a differential
12601 expression report comparing samples in an easily configurable manner.")
12602     (license license:gpl3+)))
12603
12604 (define-public pigx-chipseq
12605   (package
12606     (name "pigx-chipseq")
12607     (version "0.0.41")
12608     (source (origin
12609               (method url-fetch)
12610               (uri (string-append "https://github.com/BIMSBbioinfo/pigx_chipseq/"
12611                                   "releases/download/v" version
12612                                   "/pigx_chipseq-" version ".tar.gz"))
12613               (sha256
12614                (base32
12615                 "0akbxdmsjsq5fzbwaap04hqjpsfgv1l6yrc2pwgbya1xgqvcq6vy"))))
12616     (build-system gnu-build-system)
12617     ;; parts of the tests rely on access to the network
12618     (arguments '(#:tests? #f))
12619     (inputs
12620      `(("grep" ,grep)
12621        ("coreutils" ,coreutils)
12622        ("r-minimal" ,r-minimal)
12623        ("r-argparser" ,r-argparser)
12624        ("r-biocparallel" ,r-biocparallel)
12625        ("r-biostrings" ,r-biostrings)
12626        ("r-chipseq" ,r-chipseq)
12627        ("r-data-table" ,r-data-table)
12628        ("r-dplyr" ,r-dplyr)
12629        ("r-genomation" ,r-genomation)
12630        ("r-genomicalignments" ,r-genomicalignments)
12631        ("r-genomicranges" ,r-genomicranges)
12632        ("r-rsamtools" ,r-rsamtools)
12633        ("r-rtracklayer" ,r-rtracklayer)
12634        ("r-s4vectors" ,r-s4vectors)
12635        ("r-stringr" ,r-stringr)
12636        ("r-tibble" ,r-tibble)
12637        ("r-tidyr" ,r-tidyr)
12638        ("r-jsonlite" ,r-jsonlite)
12639        ("r-heatmaply" ,r-heatmaply)
12640        ("r-htmlwidgets" ,r-htmlwidgets)
12641        ("r-ggplot2" ,r-ggplot2)
12642        ("r-plotly" ,r-plotly)
12643        ("r-rmarkdown" ,r-rmarkdown)
12644        ("python-wrapper" ,python-wrapper)
12645        ("python-pyyaml" ,python-pyyaml)
12646        ("python-magic" ,python-magic)
12647        ("python-xlrd" ,python-xlrd)
12648        ("trim-galore" ,trim-galore)
12649        ("macs" ,macs)
12650        ("multiqc" ,multiqc)
12651        ("perl" ,perl)
12652        ("ghc-pandoc" ,ghc-pandoc)
12653        ("ghc-pandoc-citeproc" ,ghc-pandoc-citeproc)
12654        ("fastqc" ,fastqc)
12655        ("bowtie" ,bowtie)
12656        ("idr" ,idr)
12657        ("snakemake" ,snakemake)
12658        ("samtools" ,samtools)
12659        ("bedtools" ,bedtools)
12660        ("kentutils" ,kentutils)))
12661     (native-inputs
12662      `(("python-pytest" ,python-pytest)))
12663     (home-page "http://bioinformatics.mdc-berlin.de/pigx/")
12664     (synopsis "Analysis pipeline for ChIP sequencing experiments")
12665     (description "PiGX ChIPseq is an analysis pipeline for preprocessing, peak
12666 calling and reporting for ChIP sequencing experiments.  It is easy to use and
12667 produces high quality reports.  The inputs are reads files from the sequencing
12668 experiment, and a configuration file which describes the experiment.  In
12669 addition to quality control of the experiment, the pipeline enables to set up
12670 multiple peak calling analysis and allows the generation of a UCSC track hub
12671 in an easily configurable manner.")
12672     (license license:gpl3+)))
12673
12674 (define-public pigx-bsseq
12675   (package
12676     (name "pigx-bsseq")
12677     (version "0.0.10")
12678     (source (origin
12679               (method url-fetch)
12680               (uri (string-append "https://github.com/BIMSBbioinfo/pigx_bsseq/"
12681                                   "releases/download/v" version
12682                                   "/pigx_bsseq-" version ".tar.gz"))
12683               (sha256
12684                (base32
12685                 "0l97wvkq4diq8lcarraj33bby1zzf0w804jwi8mlc5qddp8idwhy"))))
12686     (build-system gnu-build-system)
12687     (arguments
12688      `(#:phases
12689        (modify-phases %standard-phases
12690          (add-before 'check 'set-timezone
12691            ;; The readr package is picky about timezones.
12692            (lambda* (#:key inputs #:allow-other-keys)
12693              (setenv "TZ" "UTC+1")
12694              (setenv "TZDIR"
12695                      (string-append (assoc-ref inputs "tzdata")
12696                                     "/share/zoneinfo"))
12697              #t)))))
12698     (native-inputs
12699      `(("tzdata" ,tzdata)))
12700     (inputs
12701      `(("coreutils" ,coreutils)
12702        ("sed" ,sed)
12703        ("grep" ,grep)
12704        ("r-minimal" ,r-minimal)
12705        ("r-annotationhub" ,r-annotationhub)
12706        ("r-dt" ,r-dt)
12707        ("r-genomation" ,r-genomation)
12708        ("r-methylkit" ,r-methylkit)
12709        ("r-rtracklayer" ,r-rtracklayer)
12710        ("r-rmarkdown" ,r-rmarkdown)
12711        ("r-bookdown" ,r-bookdown)
12712        ("r-ggplot2" ,r-ggplot2)
12713        ("r-ggbio" ,r-ggbio)
12714        ("ghc-pandoc" ,ghc-pandoc)
12715        ("ghc-pandoc-citeproc" ,ghc-pandoc-citeproc)
12716        ("python-wrapper" ,python-wrapper)
12717        ("python-pyyaml" ,python-pyyaml)
12718        ("snakemake" ,snakemake)
12719        ("bismark" ,bismark)
12720        ("fastqc" ,fastqc)
12721        ("bowtie" ,bowtie)
12722        ("trim-galore" ,trim-galore)
12723        ("cutadapt" ,cutadapt)
12724        ("samtools" ,samtools)))
12725     (home-page "http://bioinformatics.mdc-berlin.de/pigx/")
12726     (synopsis "Bisulfite sequencing pipeline from fastq to methylation reports")
12727     (description "PiGx BSseq is a data processing pipeline for raw fastq read
12728 data of bisulfite experiments; it produces reports on aggregate methylation
12729 and coverage and can be used to produce information on differential
12730 methylation and segmentation.")
12731     (license license:gpl3+)))
12732
12733 (define-public pigx-scrnaseq
12734   (package
12735     (name "pigx-scrnaseq")
12736     (version "0.0.7")
12737     (source (origin
12738               (method url-fetch)
12739               (uri (string-append "https://github.com/BIMSBbioinfo/pigx_scrnaseq/"
12740                                   "releases/download/v" version
12741                                   "/pigx_scrnaseq-" version ".tar.gz"))
12742               (sha256
12743                (base32
12744                 "131zarirv16w8653m0d66jgjnwqfsxqc0hix0rypssz4d83bl51j"))))
12745     (build-system gnu-build-system)
12746     (arguments
12747      `(#:configure-flags
12748        (list (string-append "PICARDJAR=" (assoc-ref %build-inputs "java-picard")
12749                             "/share/java/picard.jar")
12750              (string-append "DROPSEQJAR=" (assoc-ref %build-inputs "dropseq-tools")
12751                             "/share/java/dropseq.jar"))))
12752     (inputs
12753      `(("coreutils" ,coreutils)
12754        ("perl" ,perl)
12755        ("dropseq-tools" ,dropseq-tools)
12756        ("fastqc" ,fastqc)
12757        ("java-picard" ,java-picard-2.10.3) ; same as for dropseq
12758        ("java" ,icedtea-8)
12759        ("python-wrapper" ,python-wrapper)
12760        ("python-pyyaml" ,python-pyyaml)
12761        ("python-pandas" ,python-pandas)
12762        ("python-magic" ,python-magic)
12763        ("python-numpy" ,python-numpy)
12764        ("python-loompy" ,python-loompy-for-pigx-scrnaseq)
12765        ("ghc-pandoc" ,ghc-pandoc)
12766        ("ghc-pandoc-citeproc" ,ghc-pandoc-citeproc)
12767        ("samtools" ,samtools)
12768        ("snakemake" ,snakemake)
12769        ("star" ,star)
12770        ("r-minimal" ,r-minimal)
12771        ("r-argparser" ,r-argparser)
12772        ("r-cowplot" ,r-cowplot)
12773        ("r-data-table" ,r-data-table)
12774        ("r-delayedarray" ,r-delayedarray)
12775        ("r-delayedmatrixstats" ,r-delayedmatrixstats)
12776        ("r-dplyr" ,r-dplyr)
12777        ("r-dropbead" ,r-dropbead)
12778        ("r-dt" ,r-dt)
12779        ("r-genomicalignments" ,r-genomicalignments)
12780        ("r-genomicfiles" ,r-genomicfiles)
12781        ("r-genomicranges" ,r-genomicranges)
12782        ("r-ggplot2" ,r-ggplot2)
12783        ("r-hdf5array" ,r-hdf5array)
12784        ("r-pheatmap" ,r-pheatmap)
12785        ("r-rmarkdown" ,r-rmarkdown)
12786        ("r-rsamtools" ,r-rsamtools)
12787        ("r-rtracklayer" ,r-rtracklayer)
12788        ("r-rtsne" ,r-rtsne)
12789        ("r-scater" ,r-scater)
12790        ("r-scran" ,r-scran)
12791        ("r-singlecellexperiment" ,r-singlecellexperiment)
12792        ("r-stringr" ,r-stringr)
12793        ("r-yaml" ,r-yaml)))
12794     (home-page "http://bioinformatics.mdc-berlin.de/pigx/")
12795     (synopsis "Analysis pipeline for single-cell RNA sequencing experiments")
12796     (description "PiGX scRNAseq is an analysis pipeline for preprocessing and
12797 quality control for single cell RNA sequencing experiments.  The inputs are
12798 read files from the sequencing experiment, and a configuration file which
12799 describes the experiment.  It produces processed files for downstream analysis
12800 and interactive quality reports.  The pipeline is designed to work with UMI
12801 based methods.")
12802     (license license:gpl3+)))
12803
12804 (define-public pigx
12805   (package
12806     (name "pigx")
12807     (version "0.0.3")
12808     (source (origin
12809               (method url-fetch)
12810               (uri (string-append "https://github.com/BIMSBbioinfo/pigx/"
12811                                   "releases/download/v" version
12812                                   "/pigx-" version ".tar.gz"))
12813               (sha256
12814                (base32
12815                 "1i5njdy1clj5ncw45d16p7mwmqvb1ilikl9n797pxklc3f4s7mq7"))))
12816     (build-system gnu-build-system)
12817     (inputs
12818      `(("python" ,python)
12819        ("pigx-bsseq" ,pigx-bsseq)
12820        ("pigx-chipseq" ,pigx-chipseq)
12821        ("pigx-rnaseq" ,pigx-rnaseq)
12822        ("pigx-scrnaseq" ,pigx-scrnaseq)))
12823     (home-page "http://bioinformatics.mdc-berlin.de/pigx/")
12824     (synopsis "Analysis pipelines for genomics")
12825     (description "PiGx is a collection of genomics pipelines.  It includes the
12826 following pipelines:
12827
12828 @itemize
12829 @item PiGx BSseq for raw fastq read data of bisulfite experiments
12830 @item PiGx RNAseq for RNAseq samples
12831 @item PiGx scRNAseq for single cell dropseq analysis
12832 @item PiGx ChIPseq for reads from ChIPseq experiments
12833 @end itemize
12834
12835 All pipelines are easily configured with a simple sample sheet and a
12836 descriptive settings file.  The result is a set of comprehensive, interactive
12837 HTML reports with interesting findings about your samples.")
12838     (license license:gpl3+)))
12839
12840 (define-public genrich
12841   (package
12842     (name "genrich")
12843     (version "0.5")
12844     (source (origin
12845               (method git-fetch)
12846               (uri (git-reference
12847                     (url "https://github.com/jsh58/Genrich.git")
12848                     (commit (string-append "v" version))))
12849               (sha256
12850                (base32
12851                 "0x0q6z0208n3cxzqjla4rgjqpyqgwpmz27852lcvzkzaigymq4zp"))))
12852     (build-system gnu-build-system)
12853     (arguments
12854      `(#:tests? #f ; there are none
12855        #:phases
12856        (modify-phases %standard-phases
12857          (delete 'configure)
12858          (replace 'install
12859            (lambda* (#:key outputs #:allow-other-keys)
12860              (install-file "Genrich" (string-append (assoc-ref outputs "out") "/bin"))
12861              #t)))))
12862     (inputs
12863      `(("zlib" ,zlib)))
12864     (home-page "https://github.com/jsh58/Genrich")
12865     (synopsis "Detecting sites of genomic enrichment")
12866     (description "Genrich is a peak-caller for genomic enrichment
12867 assays (e.g. ChIP-seq, ATAC-seq).  It analyzes alignment files generated
12868 following the assay and produces a file detailing peaks of significant
12869 enrichment.")
12870     (license license:expat)))
12871
12872 (define-public mantis
12873   (let ((commit "4ffd171632c2cb0056a86d709dfd2bf21bc69b84")
12874         (revision "1"))
12875     (package
12876       (name "mantis")
12877       (version (git-version "0" revision commit))
12878       (source (origin
12879                 (method git-fetch)
12880                 (uri (git-reference
12881                       (url "https://github.com/splatlab/mantis.git")
12882                       (commit commit)))
12883                 (file-name (git-file-name name version))
12884                 (sha256
12885                  (base32
12886                   "0iqbr0dhmlc8mzpirmm2s4pkzkwdgrcx50yx6cv3wlr2qi064p55"))))
12887       (build-system cmake-build-system)
12888       (arguments '(#:tests? #f)) ; there are none
12889       (inputs
12890        `(("sdsl-lite" ,sdsl-lite)
12891          ("openssl" ,openssl)
12892          ("zlib" ,zlib)))
12893       (home-page "https://github.com/splatlab/mantis")
12894       (synopsis "Large-scale sequence-search index data structure")
12895       (description "Mantis is a space-efficient data structure that can be
12896 used to index thousands of raw-read genomics experiments and facilitate
12897 large-scale sequence searches on those experiments.  Mantis uses counting
12898 quotient filters instead of Bloom filters, enabling rapid index builds and
12899 queries, small indexes, and exact results, i.e., no false positives or
12900 negatives.  Furthermore, Mantis is also a colored de Bruijn graph
12901 representation, so it supports fast graph traversal and other topological
12902 analyses in addition to large-scale sequence-level searches.")
12903       ;; uses __uint128_t and inline assembly
12904       (supported-systems '("x86_64-linux"))
12905       (license license:bsd-3))))
12906
12907 (define-public r-diversitree
12908   (package
12909     (name "r-diversitree")
12910     (version "0.9-11")
12911     (source
12912       (origin
12913         (method url-fetch)
12914         (uri (cran-uri "diversitree" version))
12915         (sha256
12916          (base32
12917           "1jqfjmmaigq581l4zxysmkhld0xv6izlbr1hihf9zplkix36majc"))))
12918     (build-system r-build-system)
12919     (native-inputs
12920      `(("gfortran" ,gfortran)))
12921     (inputs `(("fftw" ,fftw) ("gsl" ,gsl)))
12922     (propagated-inputs
12923      `(("r-ape" ,r-ape)
12924        ("r-desolve" ,r-desolve)
12925        ("r-rcpp" ,r-rcpp)
12926        ("r-subplex" ,r-subplex)))
12927     (home-page "https://www.zoology.ubc.ca/prog/diversitree")
12928     (synopsis "Comparative 'phylogenetic' analyses of diversification")
12929     (description "This package contains a number of comparative \"phylogenetic\"
12930 methods, mostly focusing on analysing diversification and character evolution.
12931 Contains implementations of \"BiSSE\" (Binary State Speciation and Extinction)
12932 and its unresolved tree extensions, \"MuSSE\" (Multiple State Speciation and
12933 Extinction), \"QuaSSE\", \"GeoSSE\", and \"BiSSE-ness\" Other included methods
12934 include Markov models of discrete and continuous trait evolution and constant
12935 rate speciation and extinction.")
12936     (license license:gpl2+)))
12937
12938 (define-public sjcount
12939   ;; There is no tag for version 3.2, nor is there a release archive.
12940   (let ((commit "292d3917cadb3f6834c81e509c30e61cd7ead6e5")
12941         (revision "1"))
12942     (package
12943       (name "sjcount")
12944       (version (git-version "3.2" revision commit))
12945       (source (origin
12946                 (method git-fetch)
12947                 (uri (git-reference
12948                       (url "https://github.com/pervouchine/sjcount-full.git")
12949                       (commit commit)))
12950                 (file-name (string-append name "-" version "-checkout"))
12951                 (sha256
12952                  (base32
12953                   "0gdgj35j249f04rqgq8ymcc1xg1vi9kzbajnjqpaq2wpbh8bl234"))))
12954       (build-system gnu-build-system)
12955       (arguments
12956        `(#:tests? #f                    ; requires a 1.4G test file
12957          #:make-flags
12958          (list (string-append "SAMTOOLS_DIR="
12959                               (assoc-ref %build-inputs "samtools")
12960                               "/lib/"))
12961          #:phases
12962          (modify-phases %standard-phases
12963            (replace 'configure
12964              (lambda* (#:key inputs #:allow-other-keys)
12965                (substitute* "makefile"
12966                  (("-I \\$\\{SAMTOOLS_DIR\\}")
12967                   (string-append "-I" (assoc-ref inputs "samtools")
12968                                  "/include/samtools"))
12969                  (("-lz ") "-lz -lpthread "))
12970                #t))
12971            (replace 'install
12972              (lambda* (#:key outputs #:allow-other-keys)
12973                (for-each (lambda (tool)
12974                            (install-file tool
12975                                          (string-append (assoc-ref outputs "out")
12976                                                         "/bin")))
12977                          '("j_count" "b_count" "sjcount"))
12978                #t)))))
12979       (inputs
12980        `(("samtools" ,samtools-0.1)
12981          ("zlib" ,zlib)))
12982       (home-page "https://github.com/pervouchine/sjcount-full/")
12983       (synopsis "Annotation-agnostic splice junction counting pipeline")
12984       (description "Sjcount is a utility for fast quantification of splice
12985 junctions in RNA-seq data.  It is annotation-agnostic and offset-aware.  This
12986 version does count multisplits.")
12987       (license license:gpl3+))))
12988
12989 (define-public minimap2
12990   (package
12991     (name "minimap2")
12992     (version "2.10")
12993     (source
12994      (origin
12995        (method url-fetch)
12996        (uri (string-append "https://github.com/lh3/minimap2/"
12997                            "releases/download/v" version "/"
12998                            "minimap2-" version ".tar.bz2"))
12999        (sha256
13000         (base32
13001          "080w9066irkbhbyr4nmf19pzkdd2s4v31hpzlajgq2y0drr6zcsj"))))
13002     (build-system gnu-build-system)
13003     (arguments
13004      `(#:tests? #f                      ; there are none
13005        #:make-flags
13006        (list "CC=gcc"
13007              (let ((system ,(or (%current-target-system)
13008                                 (%current-system))))
13009                (cond
13010                 ((string-prefix? "x86_64" system)
13011                  "all")
13012                 ((or (string-prefix? "armhf" system)
13013                      (string-prefix? "aarch64" system))
13014                  "arm_neon=1")
13015                 (_ "sse2only=1"))))
13016        #:phases
13017        (modify-phases %standard-phases
13018          (delete 'configure)
13019          (replace 'install
13020            (lambda* (#:key outputs #:allow-other-keys)
13021              (let* ((out (assoc-ref outputs "out"))
13022                     (bin (string-append out "/bin"))
13023                     (man (string-append out "/share/man/man1")))
13024                (install-file "minimap2" bin)
13025                (mkdir-p man)
13026                (install-file "minimap2.1" man))
13027              #t)))))
13028     (inputs
13029      `(("zlib" ,zlib)))
13030     (home-page "https://lh3.github.io/minimap2/")
13031     (synopsis "Pairwise aligner for genomic and spliced nucleotide sequences")
13032     (description "Minimap2 is a versatile sequence alignment program that
13033 aligns DNA or mRNA sequences against a large reference database.  Typical use
13034 cases include:
13035
13036 @enumerate
13037 @item mapping PacBio or Oxford Nanopore genomic reads to the human genome;
13038 @item finding overlaps between long reads with error rate up to ~15%;
13039 @item splice-aware alignment of PacBio Iso-Seq or Nanopore cDNA or Direct RNA
13040   reads against a reference genome;
13041 @item aligning Illumina single- or paired-end reads;
13042 @item assembly-to-assembly alignment;
13043 @item full-genome alignment between two closely related species with
13044   divergence below ~15%.
13045 @end enumerate\n")
13046     (license license:expat)))
13047
13048 (define-public r-circus
13049   (package
13050     (name "r-circus")
13051     (version "0.1.5")
13052     (source
13053      (origin
13054        (method git-fetch)
13055        (uri (git-reference
13056              (url "https://github.com/BIMSBbioinfo/ciRcus.git")
13057              (commit (string-append "v" version))))
13058        (file-name (git-file-name name version))
13059        (sha256
13060         (base32
13061          "0jhjn3ilb057hbf6yzrihj13ifxxs32y7nkby8l3lkm28dg4p97h"))))
13062     (build-system r-build-system)
13063     (propagated-inputs
13064      `(("r-annotationdbi" ,r-annotationdbi)
13065        ("r-annotationhub" ,r-annotationhub)
13066        ("r-biomart" ,r-biomart)
13067        ("r-data-table" ,r-data-table)
13068        ("r-dbi" ,r-dbi)
13069        ("r-genomicfeatures" ,r-genomicfeatures)
13070        ("r-genomicranges" ,r-genomicranges)
13071        ("r-ggplot2" ,r-ggplot2)
13072        ("r-hash" ,r-hash)
13073        ("r-iranges" ,r-iranges)
13074        ("r-rcolorbrewer" ,r-rcolorbrewer)
13075        ("r-rmysql" ,r-rmysql)
13076        ("r-s4vectors" ,r-s4vectors)
13077        ("r-stringr" ,r-stringr)
13078        ("r-summarizedexperiment" ,r-summarizedexperiment)))
13079     (native-inputs
13080      `(("r-knitr" ,r-knitr)))
13081     (home-page "https://github.com/BIMSBbioinfo/ciRcus")
13082     (synopsis "Annotation, analysis and visualization of circRNA data")
13083     (description "Circus is an R package for annotation, analysis and
13084 visualization of circRNA data.  Users can annotate their circRNA candidates
13085 with host genes, gene featrues they are spliced from, and discriminate between
13086 known and yet unknown splice junctions.  Circular-to-linear ratios of circRNAs
13087 can be calculated, and a number of descriptive plots easily generated.")
13088     (license license:artistic2.0)))
13089
13090 (define-public r-loomr
13091   (let ((commit "df0144bd2bbceca6fadef9edc1bbc5ca672d4739")
13092         (revision "1"))
13093     (package
13094       (name "r-loomr")
13095       (version (git-version "0.2.0" revision commit))
13096       (source
13097        (origin
13098          (method git-fetch)
13099          (uri (git-reference
13100                (url "https://github.com/mojaveazure/loomR.git")
13101                (commit commit)))
13102          (file-name (git-file-name name version))
13103          (sha256
13104           (base32
13105            "1b1g4dlmfdyhn56bz1mkh9ymirri43wiz7rjhs7py3y7bdw1s3yr"))))
13106       (build-system r-build-system)
13107       (propagated-inputs
13108        `(("r-r6" ,r-r6)
13109          ("r-hdf5r" ,r-hdf5r)
13110          ("r-iterators" ,r-iterators)
13111          ("r-itertools" ,r-itertools)
13112          ("r-matrix" ,r-matrix)))
13113       (home-page "https://github.com/mojaveazure/loomR")
13114       (synopsis "R interface for loom files")
13115       (description "This package provides an R interface to access, create,
13116 and modify loom files.  loomR aims to be completely compatible with loompy.")
13117       (license license:gpl3))))
13118
13119 (define-public gffread
13120   ;; We cannot use the tagged release because it is not in sync with gclib.
13121   ;; See https://github.com/gpertea/gffread/issues/26
13122   (let ((commit "ba7535fcb3cea55a6e5a491d916e93b454e87fd0")
13123         (revision "1"))
13124     (package
13125       (name "gffread")
13126       (version (git-version "0.9.12" revision commit))
13127       (source
13128        (origin
13129          (method git-fetch)
13130          (uri (git-reference
13131                (url "https://github.com/gpertea/gffread.git")
13132                (commit commit)))
13133          (file-name (git-file-name name version))
13134          (sha256
13135           (base32
13136            "1dl2nbcg96lxpd0drg48ssa8343nf7pw9s9mkrc4mjjmfwsin3ki"))))
13137       (build-system gnu-build-system)
13138       (arguments
13139        `(#:tests? #f ; no check target
13140          #:make-flags
13141          (list "GCLDIR=gclib")
13142          #:phases
13143          (modify-phases %standard-phases
13144            (delete 'configure)
13145            (add-after 'unpack 'copy-gclib-source
13146              (lambda* (#:key inputs #:allow-other-keys)
13147                (mkdir-p "gclib")
13148                (copy-recursively (assoc-ref inputs "gclib-source") "gclib")
13149                #t))
13150            ;; There is no install target
13151            (replace 'install
13152              (lambda* (#:key outputs #:allow-other-keys)
13153                (let* ((out (assoc-ref outputs "out"))
13154                       (bin (string-append out "/bin")))
13155                  (install-file "gffread" bin))
13156                #t)))))
13157       (native-inputs
13158        `(("gclib-source"
13159           ,(let ((version "0.10.3")
13160                  (commit "54917d0849c1e83cfb057b5f712e5cb6a35d948f")
13161                  (revision "1"))
13162              (origin
13163                (method git-fetch)
13164                (uri (git-reference
13165                      (url "https://github.com/gpertea/gclib.git")
13166                      (commit commit)))
13167                (file-name (git-file-name "gclib" version))
13168                (sha256
13169                 (base32
13170                  "0b51lc0b8syrv7186fd7n8f15rwnf264qgfmm2palrwks1px24mr")))))))
13171       (home-page "https://github.com/gpertea/gffread/")
13172       (synopsis "Parse and convert GFF/GTF files")
13173       (description
13174        "This package provides a GFF/GTF file parsing utility providing format
13175 conversions, region filtering, FASTA sequence extraction and more.")
13176       ;; gffread is under Expat, but gclib is under Artistic 2.0
13177       (license (list license:expat
13178                      license:artistic2.0)))))
13179
13180 (define-public find-circ
13181   ;; The last release was in 2015.  The license was clarified in 2017, so we
13182   ;; take the latest commit.
13183   (let ((commit "8655dca54970fcf7e92e22fbf57e1188724dda7d")
13184         (revision "1"))
13185     (package
13186       (name "find-circ")
13187       (version (git-version "1.2" revision commit))
13188       (source
13189        (origin
13190          (method git-fetch)
13191          (uri (git-reference
13192                (url "https://github.com/marvin-jens/find_circ.git")
13193                (commit commit)))
13194          (file-name (git-file-name name version))
13195          (sha256
13196           (base32
13197            "0p77pbqbclqr4srms34y1b9b4njybfpjiknc11ki84f3p8skb3cg"))))
13198       (build-system gnu-build-system)
13199       (arguments
13200        `(#:tests? #f                    ; there are none
13201          #:phases
13202          ;; There is no actual build system.
13203          (modify-phases %standard-phases
13204            (delete 'configure)
13205            (delete 'build)
13206            (replace 'install
13207              (lambda* (#:key outputs #:allow-other-keys)
13208                (let* ((out (assoc-ref outputs "out"))
13209                       (bin (string-append out "/bin"))
13210                       (path (getenv "PYTHONPATH")))
13211                  (for-each (lambda (script)
13212                              (install-file script bin)
13213                              (wrap-program (string-append bin "/" script)
13214                                `("PYTHONPATH" ":" prefix (,path))))
13215                            '("cmp_bed.py"
13216                              "find_circ.py"
13217                              "maxlength.py"
13218                              "merge_bed.py"
13219                              "unmapped2anchors.py")))
13220                #t)))))
13221       (inputs
13222        `(("python2" ,python-2)
13223          ("python2-pysam" ,python2-pysam)
13224          ("python2-numpy" ,python2-numpy)))
13225       (home-page "https://github.com/marvin-jens/find_circ")
13226       (synopsis "circRNA detection from RNA-seq reads")
13227       (description "This package provides tools to detect head-to-tail
13228 spliced (back-spliced) sequencing reads, indicative of circular RNA (circRNA)
13229 in RNA-seq data.")
13230       (license license:gpl3))))
13231
13232 (define-public python-scanpy
13233   (package
13234     (name "python-scanpy")
13235     (version "1.4")
13236     ;; Fetch from git because the pypi tarball does not include tests.
13237     (source
13238      (origin
13239        (method git-fetch)
13240        (uri (git-reference
13241              (url "https://github.com/theislab/scanpy.git")
13242              (commit version)))
13243        (file-name (git-file-name name version))
13244        (sha256
13245         (base32
13246          "0zn6x6c0cnm1a20i6isigwb51g3pr9zpjk8r1minjqnxi5yc9pm4"))))
13247     (build-system python-build-system)
13248     (arguments
13249      `(#:phases
13250        (modify-phases %standard-phases
13251          (replace 'check
13252            (lambda* (#:key inputs #:allow-other-keys)
13253              ;; These tests require Internet access.
13254              (delete-file-recursively "scanpy/tests/notebooks")
13255              (delete-file "scanpy/tests/test_clustering.py")
13256
13257              ;; TODO: I can't get the plotting tests to work, even with Xvfb.
13258              (delete-file "scanpy/tests/test_plotting.py")
13259              (delete-file "scanpy/tests/test_preprocessing.py")
13260              (delete-file "scanpy/tests/test_read_10x.py")
13261
13262              (setenv "PYTHONPATH"
13263                      (string-append (getcwd) ":"
13264                                     (getenv "PYTHONPATH")))
13265              (invoke "pytest")
13266              #t)))))
13267     (propagated-inputs
13268      `(("python-anndata" ,python-anndata)
13269        ("python-h5py" ,python-h5py)
13270        ("python-igraph" ,python-igraph)
13271        ("python-joblib" ,python-joblib)
13272        ("python-louvain" ,python-louvain)
13273        ("python-matplotlib" ,python-matplotlib)
13274        ("python-natsort" ,python-natsort)
13275        ("python-networkx" ,python-networkx)
13276        ("python-numba" ,python-numba)
13277        ("python-pandas" ,python-pandas)
13278        ("python-scikit-learn" ,python-scikit-learn)
13279        ("python-scipy" ,python-scipy)
13280        ("python-seaborn" ,python-seaborn)
13281        ("python-statsmodels" ,python-statsmodels)
13282        ("python-tables" ,python-tables)))
13283     (native-inputs
13284      `(("python-pytest" ,python-pytest)))
13285     (home-page "https://github.com/theislab/scanpy")
13286     (synopsis "Single-Cell Analysis in Python.")
13287     (description "Scanpy is a scalable toolkit for analyzing single-cell gene
13288 expression data.  It includes preprocessing, visualization, clustering,
13289 pseudotime and trajectory inference and differential expression testing.  The
13290 Python-based implementation efficiently deals with datasets of more than one
13291 million cells.")
13292     (license license:bsd-3)))
13293
13294 (define-public python-bbknn
13295   (package
13296     (name "python-bbknn")
13297     (version "1.3.1")
13298     (source
13299      (origin
13300        (method url-fetch)
13301        (uri (pypi-uri "bbknn" version))
13302        (sha256
13303         (base32
13304          "1qgdganvj3lyxj84v7alm23b9vqhwpn8z0115qndpnpy90qxynwz"))))
13305     (build-system python-build-system)
13306     (propagated-inputs
13307      `(("python-annoy" ,python-annoy)
13308        ("python-cython" ,python-cython)
13309        ("python-faiss" ,python-faiss)
13310        ("python-numpy" ,python-numpy)
13311        ("python-scanpy" ,python-scanpy)))
13312     (home-page "https://github.com/Teichlab/bbknn")
13313     (synopsis "Batch balanced KNN")
13314     (description "BBKNN is a batch effect removal tool that can be directly
13315 used in the Scanpy workflow.  It serves as an alternative to
13316 @code{scanpy.api.pp.neighbors()}, with both functions creating a neighbour
13317 graph for subsequent use in clustering, pseudotime and UMAP visualisation.  If
13318 technical artifacts are present in the data, they will make it challenging to
13319 link corresponding cell types across different batches.  BBKNN actively
13320 combats this effect by splitting your data into batches and finding a smaller
13321 number of neighbours for each cell within each of the groups.  This helps
13322 create connections between analogous cells in different batches without
13323 altering the counts or PCA space.")
13324     (license license:expat)))
13325
13326 (define-public gffcompare
13327   (let ((commit "be56ef4349ea3966c12c6397f85e49e047361c41")
13328         (revision "1"))
13329     (package
13330       (name "gffcompare")
13331       (version (git-version "0.10.15" revision commit))
13332       (source
13333        (origin
13334          (method git-fetch)
13335          (uri (git-reference
13336                (url "https://github.com/gpertea/gffcompare/")
13337                (commit commit)))
13338          (file-name (git-file-name name version))
13339          (sha256
13340           (base32 "0cp5qpxdhw4mxpya5dld8wi3jk00zyklm6rcri426wydinrnfmkg"))))
13341       (build-system gnu-build-system)
13342       (arguments
13343        `(#:tests? #f                    ; no check target
13344          #:phases
13345          (modify-phases %standard-phases
13346            (delete 'configure)
13347            (add-before 'build 'copy-gclib-source
13348              (lambda* (#:key inputs #:allow-other-keys)
13349                (mkdir "../gclib")
13350                (copy-recursively
13351                 (assoc-ref inputs "gclib-source") "../gclib")
13352                #t))
13353            (replace 'install
13354              (lambda* (#:key outputs #:allow-other-keys)
13355                (let ((bin (string-append (assoc-ref outputs "out") "/bin")))
13356                  (install-file "gffcompare" bin)
13357                  #t))))))
13358       (native-inputs
13359        `(("gclib-source" ; see 'README.md' of gffcompare
13360           ,(let ((commit "54917d0849c1e83cfb057b5f712e5cb6a35d948f")
13361                  (revision "1")
13362                  (name "gclib")
13363                  (version (git-version "0.10.3" revision commit)))
13364              (origin
13365                (method git-fetch)
13366                (uri (git-reference
13367                      (url "https://github.com/gpertea/gclib/")
13368                      (commit commit)))
13369                (file-name (git-file-name name version))
13370                (sha256
13371                 (base32 "0b51lc0b8syrv7186fd7n8f15rwnf264qgfmm2palrwks1px24mr")))))))
13372       (home-page "https://github.com/gpertea/gffcompare/")
13373       (synopsis "Tool for comparing or classifing transcripts of RNA-Seq")
13374       (description
13375        "@code{gffcompare} is a tool that can:
13376 @enumerate
13377 @item compare and evaluate the accuracy of RNA-Seq transcript assemblers
13378 (Cufflinks, Stringtie);
13379 @item collapse (merge) duplicate transcripts from multiple GTF/GFF3 files (e.g.
13380 resulted from assembly of different samples);
13381 @item classify transcripts from one or multiple GTF/GFF3 files as they relate to
13382 reference transcripts provided in a annotation file (also in GTF/GFF3 format).
13383 @end enumerate")
13384       (license
13385        (list
13386         license:expat                   ;license for gffcompare
13387         license:artistic2.0)))))        ;license for gclib
13388
13389 (define-public python-intervaltree
13390   (package
13391     (name "python-intervaltree")
13392     (version "2.1.0")
13393     (source
13394      (origin
13395        (method url-fetch)
13396        (uri (pypi-uri "intervaltree" version))
13397        (sha256
13398         (base32
13399          "02w191m9zxkcjqr1kv2slxvhymwhj3jnsyy3a28b837pi15q19dc"))))
13400     (build-system python-build-system)
13401     ;; FIXME: error when collecting tests
13402     (arguments '(#:tests? #f))
13403     (propagated-inputs
13404      `(("python-sortedcontainers" ,python-sortedcontainers)))
13405     (native-inputs
13406      `(("python-pytest" ,python-pytest)))
13407     (home-page "https://github.com/chaimleib/intervaltree")
13408     (synopsis "Editable interval tree data structure")
13409     (description
13410      "This package provides a mutable, self-balancing interval tree
13411 implementation for Python.  Queries may be by point, by range overlap, or by
13412 range envelopment.  This library was designed to allow tagging text and time
13413 intervals, where the intervals include the lower bound but not the upper
13414 bound.")
13415     (license license:asl2.0)))
13416
13417 (define-public python-pypairix
13418   (package
13419     (name "python-pypairix")
13420     (version "0.3.6")
13421     (source
13422      (origin
13423        (method url-fetch)
13424        (uri (pypi-uri "pypairix" version))
13425        (sha256
13426         (base32
13427          "0zs92b74s5v4xy2h16s15f3z6l4nnbw8x8zyif7xx5xpafjn0xss"))))
13428     (build-system python-build-system)
13429     ;; FIXME: the tests fail because test.support cannot be loaded:
13430     ;; ImportError: cannot import name 'support'
13431     (arguments '(#:tests? #f))
13432     (inputs
13433      `(("zlib" ,zlib)))
13434     (home-page "https://github.com/4dn-dcic/pairix")
13435     (synopsis "Support for querying pairix-indexed bgzipped text files")
13436     (description
13437      "Pypairix is a Python module for fast querying on a pairix-indexed
13438 bgzipped text file that contains a pair of genomic coordinates per line.")
13439     (license license:expat)))
13440
13441 (define-public python-pyfaidx
13442   (package
13443     (name "python-pyfaidx")
13444     (version "0.5.4.2")
13445     (source
13446      (origin
13447        (method url-fetch)
13448        (uri (pypi-uri "pyfaidx" version))
13449        (sha256
13450         (base32
13451          "0y5zyjksj1rdglj601xd2bbni5abhdh622y3ck76chyzxz9z4rx8"))))
13452     (build-system python-build-system)
13453     (propagated-inputs
13454      `(("python-setuptools" ,python-setuptools)
13455        ("python-six" ,python-six)))
13456     (home-page "http://mattshirley.com")
13457     (synopsis "Random access to fasta subsequences")
13458     (description
13459      "This package provides procedures for efficient pythonic random access to
13460 fasta subsequences.")
13461     (license license:bsd-3)))
13462
13463 (define-public python-cooler
13464   (package
13465     (name "python-cooler")
13466     (version "0.7.11")
13467     (source
13468      (origin
13469        (method url-fetch)
13470        (uri (pypi-uri "cooler" version))
13471        (sha256
13472         (base32
13473          "08k5nxnxa6qsbk15z5z0q01n28042k87wi4905hh95rzqib15mhx"))))
13474     (build-system python-build-system)
13475     (propagated-inputs
13476      `(("python-biopython" ,python-biopython)
13477        ("python-click" ,python-click)
13478        ("python-cytoolz" ,python-cytoolz)
13479        ("python-dask" ,python-dask)
13480        ("python-h5py" ,python-h5py)
13481        ("python-multiprocess" ,python-multiprocess)
13482        ("python-pandas" ,python-pandas)
13483        ("python-pyfaidx" ,python-pyfaidx)
13484        ("python-pypairix" ,python-pypairix)
13485        ("python-pysam" ,python-pysam)
13486        ("python-scipy" ,python-scipy)))
13487     (native-inputs
13488      `(("python-mock" ,python-mock)
13489        ("python-nose" ,python-nose)
13490        ("python-numpydoc" ,python-numpydoc)
13491        ("python-sphinx" ,python-sphinx)))
13492     (home-page "https://github.com/mirnylab/cooler")
13493     (synopsis "Sparse binary format for genomic interaction matrices")
13494     (description
13495      "Cooler is a support library for a sparse, compressed, binary persistent
13496 storage format, called @code{cool}, used to store genomic interaction data,
13497 such as Hi-C contact matrices.")
13498     (license license:bsd-3)))
13499
13500 (define-public python-hicexplorer
13501   (package
13502     (name "python-hicexplorer")
13503     (version "2.1.4")
13504     (source
13505      (origin
13506        ;; The latest version is not available on Pypi.
13507        (method git-fetch)
13508        (uri (git-reference
13509              (url "https://github.com/deeptools/HiCExplorer.git")
13510              (commit version)))
13511        (file-name (git-file-name name version))
13512        (sha256
13513         (base32
13514          "0q5gpbzmrkvygqgw524q36b4nrivcmyi5v194vsx0qw7b3gcmq08"))))
13515     (build-system python-build-system)
13516     (arguments
13517      `(#:phases
13518        (modify-phases %standard-phases
13519          (add-after 'unpack 'loosen-up-requirements
13520            (lambda _
13521              (substitute* "setup.py"
13522                (("==") ">="))
13523              #t)))))
13524     (propagated-inputs
13525      `(("python-biopython" ,python-biopython)
13526        ("python-configparser" ,python-configparser)
13527        ("python-cooler" ,python-cooler)
13528        ("python-future" ,python-future)
13529        ("python-intervaltree" ,python-intervaltree)
13530        ("python-jinja2" ,python-jinja2)
13531        ("python-matplotlib" ,python-matplotlib)
13532        ("python-numpy" ,python-numpy)
13533        ("python-pandas" ,python-pandas)
13534        ("python-pybigwig" ,python-pybigwig)
13535        ("python-pysam" ,python-pysam)
13536        ("python-scipy" ,python-scipy)
13537        ("python-six" ,python-six)
13538        ("python-tables" ,python-tables)
13539        ("python-unidecode" ,python-unidecode)))
13540     (home-page "http://hicexplorer.readthedocs.io")
13541     (synopsis "Process, analyze and visualize Hi-C data")
13542     (description
13543      "HiCExplorer is a powerful and easy to use set of tools to process,
13544 normalize and visualize Hi-C data.  HiCExplorer facilitates the creation of
13545 contact matrices, correction of contacts, TAD detection, A/B compartments,
13546 merging, reordering or chromosomes, conversion from different formats
13547 including cooler and detection of long-range contacts.  Moreover, it allows
13548 the visualization of multiple contact matrices along with other types of data
13549 like genes, compartments, ChIP-seq coverage tracks (and in general any type of
13550 genomic scores), long range contacts and the visualization of viewpoints.")
13551     (license license:gpl3)))
13552
13553 (define-public python-pygenometracks
13554   (package
13555     (name "python-pygenometracks")
13556     (version "2.0")
13557     (source
13558      (origin
13559        (method url-fetch)
13560        (uri (pypi-uri "pyGenomeTracks" version))
13561        (sha256
13562         (base32
13563          "1fws6bqsyy9kj3qiabhkqx4wd4i775gsxnhszqd3zg7w67sc1ic5"))))
13564     (build-system python-build-system)
13565     (propagated-inputs
13566      `(("python-configparser" ,python-configparser)
13567        ("python-future" ,python-future)
13568        ("python-hicexplorer" ,python-hicexplorer)
13569        ("python-intervaltree" ,python-intervaltree)
13570        ("python-matplotlib" ,python-matplotlib)
13571        ("python-numpy" ,python-numpy)
13572        ("python-pybigwig" ,python-pybigwig)))
13573     (native-inputs
13574      `(("python-pytest" ,python-pytest)))
13575     (home-page "https://pygenometracks.readthedocs.io")
13576     (synopsis "Program and library to plot beautiful genome browser tracks")
13577     (description
13578      "This package aims to produce high-quality genome browser tracks that
13579 are highly customizable.  Currently, it is possible to plot: bigwig, bed (many
13580 options), bedgraph, links (represented as arcs), and Hi-C matrices.
13581 pyGenomeTracks can make plots with or without Hi-C data.")
13582     (license license:gpl3+)))
13583
13584 (define-public python-hic2cool
13585   (package
13586     (name "python-hic2cool")
13587     (version "0.4.2")
13588     (source
13589      (origin
13590        (method url-fetch)
13591        (uri (pypi-uri "hic2cool" version))
13592        (sha256
13593         (base32
13594          "0xy6mhfns2lzib1kcr6419jjp6pmh0qx8z8na55lmiwn0ds8q9cl"))))
13595     (build-system python-build-system)
13596     (arguments '(#:tests? #f)) ; no tests included
13597     (propagated-inputs
13598      `(("python-cooler" ,python-cooler)))
13599     (home-page "https://github.com/4dn-dcic/hic2cool")
13600     (synopsis "Converter for .hic and .cool files")
13601     (description
13602      "This package provides a converter between @code{.hic} files (from
13603 juicer) and single-resolution or multi-resolution @code{.cool} files (for
13604 cooler).  Both @code{hic} and @code{cool} files describe Hi-C contact
13605 matrices.")
13606     (license license:expat)))
13607
13608 (define-public r-pore
13609   (package
13610     (name "r-pore")
13611     (version "0.24")
13612     (source
13613      (origin
13614        (method url-fetch)
13615        (uri
13616         (string-append "mirror://sourceforge/rpore/" version
13617                        "/poRe_" version ".tar.gz"))
13618        (sha256
13619         (base32 "0pih9nljbv8g4x8rkk29i7aqq681b782r5s5ynp4nw9yzqnmmksv"))))
13620     (properties `((upstream-name . "poRe")))
13621     (build-system r-build-system)
13622     (propagated-inputs
13623      `(("r-bit64" ,r-bit64)
13624        ("r-data-table" ,r-data-table)
13625        ("r-rhdf5" ,r-rhdf5)
13626        ("r-shiny" ,r-shiny)
13627        ("r-svdialogs" ,r-svdialogs)))
13628     (home-page "https://sourceforge.net/projects/rpore/")
13629     (synopsis "Visualize Nanopore sequencing data")
13630     (description
13631      "This package provides graphical user interfaces to organize and visualize Nanopore
13632 sequencing data.")
13633     ;; This is free software but the license variant is unclear:
13634     ;; <https://github.com/mw55309/poRe_docs/issues/10>.
13635     (license license:bsd-3)))
13636
13637 (define-public r-xbioc
13638   (let ((revision "1")
13639         (commit "f798c187e376fd1ba27abd559f47bbae7e3e466b"))
13640     (package
13641       (name "r-xbioc")
13642       (version (git-version "0.1.15" revision commit))
13643       (source (origin
13644                 (method git-fetch)
13645                 (uri (git-reference
13646                       (url "https://github.com/renozao/xbioc.git")
13647                       (commit commit)))
13648                 (file-name (git-file-name name version))
13649                 (sha256
13650                  (base32
13651                   "03hffh2f6z71y6l6dqpa5cql3hdaw7zigdi8sm2dzgx379k9rgrr"))))
13652       (build-system r-build-system)
13653       (propagated-inputs
13654        `(("r-annotationdbi" ,r-annotationdbi)
13655          ("r-assertthat" ,r-assertthat)
13656          ("r-biobase" ,r-biobase)
13657          ("r-biocinstaller" ,r-biocinstaller)
13658          ("r-digest" ,r-digest)
13659          ("r-pkgmaker" ,r-pkgmaker)
13660          ("r-plyr" ,r-plyr)
13661          ("r-reshape2" ,r-reshape2)
13662          ("r-stringr" ,r-stringr)))
13663       (home-page "https://github.com/renozao/xbioc/")
13664       (synopsis "Extra base functions for Bioconductor")
13665       (description "This package provides extra utility functions to perform
13666 common tasks in the analysis of omics data, leveraging and enhancing features
13667 provided by Bioconductor packages.")
13668       (license license:gpl3+))))
13669
13670 (define-public r-cssam
13671   (let ((revision "1")
13672         (commit "9ec58c982fa551af0d80b1a266890d92954833f2"))
13673     (package
13674       (name "r-cssam")
13675       (version (git-version "1.4" revision commit))
13676       (source (origin
13677                 (method git-fetch)
13678                 (uri (git-reference
13679                       (url "https://github.com/shenorrLab/csSAM.git")
13680                       (commit commit)))
13681                 (file-name (git-file-name name version))
13682                 (sha256
13683                  (base32
13684                   "128syf9v39gk0z3ip000qpsjbg6l1siyq6c8b0hz41dzg5achyb3"))))
13685       (build-system r-build-system)
13686       (propagated-inputs
13687        `(("r-formula" ,r-formula)
13688          ("r-ggplot2" ,r-ggplot2)
13689          ("r-pkgmaker" ,r-pkgmaker)
13690          ("r-plyr" ,r-plyr)
13691          ("r-rngtools" ,r-rngtools)
13692          ("r-scales" ,r-scales)))
13693       (home-page "https://github.com/shenorrLab/csSAM/")
13694       (synopsis "Cell type-specific statistical analysis of microarray")
13695       (description "This package implements the method csSAM that computes
13696 cell-specific differential expression from measured cell proportions using
13697 SAM.")
13698       ;; Any version
13699       (license license:lgpl2.1+))))
13700
13701 (define-public r-bseqsc
13702   (let ((revision "1")
13703         (commit "fef3f3e38dcf3df37103348b5780937982b43b98"))
13704     (package
13705       (name "r-bseqsc")
13706       (version (git-version "1.0" revision commit))
13707       (source (origin
13708                 (method git-fetch)
13709                 (uri (git-reference
13710                       (url "https://github.com/shenorrLab/bseqsc.git")
13711                       (commit commit)))
13712                 (file-name (git-file-name name version))
13713                 (sha256
13714                  (base32
13715                   "1prw13wa20f7wlc3gkkls66n1kxz8d28qrb8icfqdwdnnv8w5qg8"))))
13716       (build-system r-build-system)
13717       (propagated-inputs
13718        `(("r-abind" ,r-abind)
13719          ("r-annotationdbi" ,r-annotationdbi)
13720          ("r-biobase" ,r-biobase)
13721          ("r-cssam" ,r-cssam)
13722          ("r-dplyr" ,r-dplyr)
13723          ("r-e1071" ,r-e1071)
13724          ("r-edger" ,r-edger)
13725          ("r-ggplot2" ,r-ggplot2)
13726          ("r-nmf" ,r-nmf)
13727          ("r-openxlsx" ,r-openxlsx)
13728          ("r-pkgmaker" ,r-pkgmaker)
13729          ("r-plyr" ,r-plyr)
13730          ("r-preprocesscore" ,r-preprocesscore)
13731          ("r-rngtools" ,r-rngtools)
13732          ("r-scales" ,r-scales)
13733          ("r-stringr" ,r-stringr)
13734          ("r-xbioc" ,r-xbioc)))
13735       (home-page "https://github.com/shenorrLab/bseqsc")
13736       (synopsis "Deconvolution of bulk sequencing experiments using single cell data")
13737       (description "BSeq-sc is a bioinformatics analysis pipeline that
13738 leverages single-cell sequencing data to estimate cell type proportion and
13739 cell type-specific gene expression differences from RNA-seq data from bulk
13740 tissue samples.  This is a companion package to the publication \"A
13741 single-cell transcriptomic map of the human and mouse pancreas reveals inter-
13742 and intra-cell population structure.\" Baron et al. Cell Systems (2016)
13743 @url{https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/27667365}.")
13744       (license license:gpl2+))))
13745
13746 (define-public porechop
13747   ;; The recommended way to install is to clone the git repository
13748   ;; https://github.com/rrwick/Porechop#installation
13749   (let ((commit "289d5dca4a5fc327f97b3f8cecb68ecaf1014861")
13750         (revision "1"))
13751     (package
13752       (name "porechop")
13753       (version (git-version "0.2.3" revision commit))
13754       (source
13755        (origin
13756          (method git-fetch)
13757          (uri (git-reference
13758                (url "https://github.com/rrwick/Porechop.git")
13759                (commit commit)))
13760          (file-name (git-file-name name version))
13761          (sha256
13762           (base32 "05ps43gig0d3ia9x5lj84lb00hbsl6ba9n7y7jz927npxbr2ym23"))))
13763       (build-system python-build-system)
13764       (home-page "https://github.com/rrwick/porechop")
13765       (synopsis "Finding, trimming or splitting adapters, in Oxford Nanopore reads")
13766       (description
13767        "The porechop package is a tool for finding and removing adapters from Oxford
13768 Nanopore reads.  Adapters on the ends of reads are trimmed off, and when a read
13769 has an adapter in its middle, it is treated as chimeric and chopped into
13770 separate reads.  Porechop performs thorough alignments to effectively find
13771 adapters, even at low sequence identity.  Porechop also supports demultiplexing
13772 of Nanopore reads that were barcoded with the Native Barcoding Kit, PCR
13773 Barcoding Kit or Rapid Barcoding Kit.")
13774       (license license:gpl3+))))
13775
13776 (define-public poretools
13777   ;; The latest release was in 2016 and the latest commit is from 2017
13778   ;; the recommended way to install is to clone the git repository
13779   ;; https://poretools.readthedocs.io/en/latest/content/installation.html
13780   (let ((commit "e426b1f09e86ac259a00c261c79df91510777407")
13781         (revision "1"))
13782     (package
13783       (name "poretools")
13784       (version (git-version "0.6.0" revision commit))
13785       (source
13786        (origin
13787          (method git-fetch)
13788          (uri (git-reference
13789                (url "https://github.com/arq5x/poretools.git")
13790                (commit commit)))
13791          (file-name (git-file-name name version))
13792          (sha256
13793           (base32 "0bglj833wxpp3cq430p1d3xp085ls221js2y90w7ir2x5ay8l7am"))))
13794       (build-system python-build-system)
13795       ;; requires python >=2.7, <3.0, and the same for python dependencies
13796       (arguments `(#:python ,python-2))
13797       (inputs
13798        `(("hdf5" ,hdf5)))
13799       (propagated-inputs
13800        `(("python-dateutil" ,python2-dateutil)
13801          ("python-h5py" ,python2-h5py)
13802          ("python-matplotlib" ,python2-matplotlib)
13803          ("python-pandas" ,python2-pandas)
13804          ("python-seaborn" ,python2-seaborn)))
13805       (home-page "https://poretools.readthedocs.io")
13806       (synopsis "Toolkit for working with nanopore sequencing data")
13807       (description
13808        "The MinION from Oxford Nanopore Technologies is a nanopore sequencer.
13809 This @code{poretools} package is a flexible toolkit for exploring datasets
13810 generated by nanopore sequencing devices for the purposes of quality control and
13811 downstream analysis.  Poretools operates directly on the native FAST5, a variant
13812 of the Hierarchical Data Format (HDF5) standard.")
13813       (license license:expat))))
13814
13815 (define-public r-absfiltergsea
13816   (package
13817     (name "r-absfiltergsea")
13818     (version "1.5.1")
13819     (source
13820      (origin
13821        (method url-fetch)
13822        (uri (cran-uri "AbsFilterGSEA" version))
13823        (sha256
13824         (base32 "15srxkxsvn38kd5frdrwfdf0ad8gskrd0h01wmdf9hglq8fjrp7w"))))
13825     (properties `((upstream-name . "AbsFilterGSEA")))
13826     (build-system r-build-system)
13827     (propagated-inputs
13828      `(("r-biobase" ,r-biobase)
13829        ("r-deseq" ,r-deseq)
13830        ("r-limma" ,r-limma)
13831        ("r-rcpp" ,r-rcpp)
13832        ("r-rcpparmadillo" ,r-rcpparmadillo)))
13833     (home-page "https://cran.r-project.org/web/packages/AbsFilterGSEA/")
13834     (synopsis "Improved false positive control of gene-permuting with absolute filtering")
13835     (description
13836      "This package provides a function that performs gene-permuting of a gene-set
13837 enrichment analysis (GSEA) calculation with or without the absolute filtering.
13838   Without filtering, users can perform (original) two-tailed or one-tailed
13839 absolute GSEA.")
13840     (license license:gpl2)))
13841
13842 (define-public jamm
13843   (package
13844     (name "jamm")
13845     (version "1.0.7.5")
13846     (source
13847      (origin
13848        (method git-fetch)
13849        (uri (git-reference
13850              (url "https://github.com/mahmoudibrahim/JAMM.git")
13851              (commit (string-append "JAMMv" version))))
13852        (file-name (git-file-name name version))
13853        (sha256
13854         (base32
13855          "0ls889jcma1ch9h21jjhnkadgszgqj41842hhcjh6cg88f85qf3i"))))
13856     (build-system gnu-build-system)
13857     (arguments
13858      `(#:tests? #f ; there are none
13859        #:phases
13860        (modify-phases %standard-phases
13861          (delete 'configure)
13862          (delete 'build)
13863          (replace 'install
13864            (lambda* (#:key inputs outputs #:allow-other-keys)
13865              (let* ((out (assoc-ref outputs "out"))
13866                     (libexec (string-append out "/libexec/jamm"))
13867                     (bin (string-append out "/bin")))
13868                (substitute* '("JAMM.sh"
13869                               "SignalGenerator.sh")
13870                  (("^sPath=.*")
13871                   (string-append "sPath=\"" libexec "\"\n")))
13872                (for-each (lambda (file)
13873                            (install-file file libexec))
13874                          (list "bincalculator.r"
13875                                "peakfinder.r"
13876                                "peakhelper.r"
13877                                "signalmaker.r"
13878                                "xcorr.r"
13879                                "xcorrhelper.r"
13880                                ;; Perl scripts
13881                                "peakfilter.pl"
13882                                "readshifter.pl"))
13883
13884                (for-each
13885                 (lambda (script)
13886                   (chmod script #o555)
13887                   (install-file script bin)
13888                   (wrap-program (string-append bin "/" script)
13889                     `("PATH" ":" prefix
13890                       (,(string-append (assoc-ref inputs "coreutils") "/bin")
13891                        ,(string-append (assoc-ref inputs "gawk") "/bin")
13892                        ,(string-append (assoc-ref inputs "perl") "/bin")
13893                        ,(string-append (assoc-ref inputs "r-minimal") "/bin")))
13894                     `("PERL5LIB" ":" prefix (,(getenv "PERL5LIB")))
13895                     `("R_LIBS_SITE" ":" prefix (,(getenv "R_LIBS_SITE")))))
13896                 (list "JAMM.sh" "SignalGenerator.sh")))
13897              #t)))))
13898     (inputs
13899      `(("bash" ,bash)
13900        ("coreutils" ,coreutils)
13901        ("gawk" ,gawk)
13902        ("perl" ,perl)
13903        ("r-minimal" ,r-minimal)
13904        ;;("r-parallel" ,r-parallel)
13905        ("r-signal" ,r-signal)
13906        ("r-mclust" ,r-mclust)))
13907     (home-page "https://github.com/mahmoudibrahim/JAMM")
13908     (synopsis "Peak finder for NGS datasets")
13909     (description
13910      "JAMM is a peak finder for next generation sequencing datasets (ChIP-Seq,
13911 ATAC-Seq, DNase-Seq, etc.) that can integrate replicates and assign peak
13912 boundaries accurately.  JAMM is applicable to both broad and narrow
13913 datasets.")
13914     (license license:gpl3+)))
13915
13916 (define-public ngless
13917   (package
13918     (name "ngless")
13919     (version "0.9.1")
13920     (source
13921      (origin
13922        (method git-fetch)
13923        (uri (git-reference
13924              (url "https://gitlab.com/ngless/ngless.git")
13925              (commit (string-append "v" version))))
13926        (file-name (git-file-name name version))
13927        (sha256
13928         (base32
13929          "0mc2gi7h4lx74zylvyp76mvc0w6706j858ii9vlgzqsw6acpr117"))))
13930     (build-system haskell-build-system)
13931     (arguments
13932      `(#:haddock? #f ; The haddock phase fails with: NGLess/CmdArgs.hs:20:1:
13933                      ; error: parse error on input import
13934                      ; import Options.Applicative
13935        #:phases
13936        (modify-phases %standard-phases
13937          (add-after 'unpack 'create-cabal-file
13938            (lambda _ (invoke "hpack") #t))
13939          ;; These tools are expected to be installed alongside ngless.
13940          (add-after 'install 'link-tools
13941            (lambda* (#:key inputs outputs #:allow-other-keys)
13942              (let ((bin (string-append (assoc-ref outputs "out") "/bin/")))
13943                (symlink (string-append (assoc-ref inputs "prodigal")
13944                                        "/bin/prodigal")
13945                         (string-append bin "ngless-" ,version "-prodigal"))
13946                (symlink (string-append (assoc-ref inputs "minimap2")
13947                                        "/bin/minimap2")
13948                         (string-append bin "ngless-" ,version "-minimap2"))
13949                (symlink (string-append (assoc-ref inputs "samtools")
13950                                        "/bin/samtools")
13951                         (string-append bin "ngless-" ,version "-samtools"))
13952                (symlink (string-append (assoc-ref inputs "bwa")
13953                                        "/bin/bwa")
13954                         (string-append bin "ngless-" ,version "-bwa"))
13955                #t))))))
13956     (inputs
13957      `(("prodigal" ,prodigal)
13958        ("bwa" ,bwa)
13959        ("samtools" ,samtools)
13960        ("minimap2" ,minimap2)
13961        ("ghc-aeson" ,ghc-aeson)
13962        ("ghc-ansi-terminal" ,ghc-ansi-terminal)
13963        ("ghc-async" ,ghc-async)
13964        ("ghc-atomic-write" ,ghc-atomic-write)
13965        ("ghc-bytestring-lexing" ,ghc-bytestring-lexing)
13966        ("ghc-chart" ,ghc-chart)
13967        ("ghc-chart-cairo" ,ghc-chart-cairo)
13968        ("ghc-conduit" ,ghc-conduit)
13969        ("ghc-conduit-algorithms" ,ghc-conduit-algorithms)
13970        ("ghc-conduit-combinators" ,ghc-conduit-combinators)
13971        ("ghc-conduit-extra" ,ghc-conduit-extra)
13972        ("ghc-configurator" ,ghc-configurator)
13973        ("ghc-convertible" ,ghc-convertible)
13974        ("ghc-data-default" ,ghc-data-default)
13975        ("ghc-double-conversion" ,ghc-double-conversion)
13976        ("ghc-edit-distance" ,ghc-edit-distance)
13977        ("ghc-either" ,ghc-either)
13978        ("ghc-errors" ,ghc-errors)
13979        ("ghc-extra" ,ghc-extra)
13980        ("ghc-filemanip" ,ghc-filemanip)
13981        ("ghc-file-embed" ,ghc-file-embed)
13982        ("ghc-gitrev" ,ghc-gitrev)
13983        ("ghc-hashtables" ,ghc-hashtables)
13984        ("ghc-http-conduit" ,ghc-http-conduit)
13985        ("ghc-inline-c" ,ghc-inline-c)
13986        ("ghc-inline-c-cpp" ,ghc-inline-c-cpp)
13987        ("ghc-intervalmap" ,ghc-intervalmap)
13988        ("ghc-missingh" ,ghc-missingh)
13989        ("ghc-optparse-applicative" ,ghc-optparse-applicative)
13990        ("ghc-parsec" ,ghc-parsec)
13991        ("ghc-regex" ,ghc-regex)
13992        ("ghc-safe" ,ghc-safe)
13993        ("ghc-safeio" ,ghc-safeio)
13994        ("ghc-strict" ,ghc-strict)
13995        ("ghc-tar" ,ghc-tar)
13996        ("ghc-text" ,ghc-text)
13997        ("ghc-unliftio" ,ghc-unliftio)
13998        ("ghc-unliftio-core" ,ghc-unliftio-core)
13999        ("ghc-vector" ,ghc-vector)
14000        ("ghc-yaml" ,ghc-yaml)
14001        ("ghc-zlib" ,ghc-zlib)))
14002     (propagated-inputs
14003      `(("r-r6" ,r-r6)
14004        ("r-hdf5r" ,r-hdf5r)
14005        ("r-iterators" ,r-iterators)
14006        ("r-itertools" ,r-itertools)
14007        ("r-matrix" ,r-matrix)))
14008     (native-inputs
14009      `(("ghc-hpack" ,ghc-hpack)
14010        ("ghc-quickcheck" ,ghc-quickcheck)
14011        ("ghc-test-framework" ,ghc-test-framework)
14012        ("ghc-test-framework-hunit",ghc-test-framework-hunit)
14013        ("ghc-test-framework-quickcheck2" ,ghc-test-framework-quickcheck2)
14014        ("ghc-test-framework-th" ,ghc-test-framework-th)))
14015     (home-page "https://gitlab.com/ngless/ngless")
14016     (synopsis "DSL for processing next-generation sequencing data")
14017     (description "Ngless is a domain-specific language for
14018 @dfn{next-generation sequencing} (NGS) data processing.")
14019     (license license:expat)))
14020
14021 (define-public filtlong
14022   ;; The recommended way to install is to clone the git repository
14023   ;; https://github.com/rrwick/Filtlong#installation
14024   ;; and the lastest release is more than nine months old
14025   (let ((commit "d1bb46dfe8bc7efe6257b5ce222c04bfe8aedaab")
14026         (revision "1"))
14027     (package
14028       (name "filtlong")
14029       (version (git-version "0.2.0" revision commit))
14030       (source
14031        (origin
14032          (method git-fetch)
14033          (uri (git-reference
14034                (url "https://github.com/rrwick/Filtlong.git")
14035                (commit commit)))
14036          (file-name (git-file-name name version))
14037          (sha256
14038           (base32 "1xr92r820x8qlkcr3b57iw223yq8vjgyi42jr79w2xgw47qzr575"))))
14039       (build-system gnu-build-system)
14040       (arguments
14041        `(#:tests? #f                    ; no check target
14042          #:phases
14043          (modify-phases %standard-phases
14044            (delete 'configure)
14045            (replace 'install
14046              (lambda* (#:key outputs #:allow-other-keys)
14047                (let* ((out (assoc-ref outputs "out"))
14048                       (bin (string-append out "/bin"))
14049                       (scripts (string-append out "/share/filtlong/scripts")))
14050                  (install-file "bin/filtlong" bin)
14051                  (install-file "scripts/histogram.py" scripts)
14052                  (install-file "scripts/read_info_histograms.sh" scripts))
14053                #t))
14054            (add-after 'install 'wrap-program
14055              (lambda* (#:key inputs outputs #:allow-other-keys)
14056                (let* ((out (assoc-ref outputs "out"))
14057                       (path (getenv "PYTHONPATH")))
14058                  (wrap-program (string-append out
14059                                               "/share/filtlong/scripts/histogram.py")
14060                    `("PYTHONPATH" ":" prefix (,path))))
14061                #t))
14062            (add-before 'check 'patch-tests
14063              (lambda _
14064                (substitute* "scripts/read_info_histograms.sh"
14065                  (("awk") (which "gawk")))
14066                #t)))))
14067       (inputs
14068        `(("gawk" ,gawk)                 ;for read_info_histograms.sh
14069          ("python" ,python-2)           ;required for histogram.py
14070          ("zlib" ,zlib)))
14071       (home-page "https://github.com/rrwick/Filtlong/")
14072       (synopsis "Tool for quality filtering of Nanopore and PacBio data")
14073       (description
14074        "The Filtlong package is a tool for filtering long reads by quality.
14075 It can take a set of long reads and produce a smaller, better subset.  It uses
14076 both read length (longer is better) and read identity (higher is better) when
14077 choosing which reads pass the filter.")
14078       (license (list license:gpl3       ;filtlong
14079                      license:asl2.0))))) ;histogram.py
14080
14081 (define-public nanopolish
14082   ;; The recommended way to install is to clone the git repository
14083   ;; <https://github.com/jts/nanopolish#installing-a-particular-release>.
14084   ;; Also, the differences between release and current version seem to be
14085   ;; significant.
14086   (let ((commit "50e8b5cc62f9b46f5445f5c5e8c5ab7263ea6d9d")
14087         (revision "1"))
14088     (package
14089       (name "nanopolish")
14090       (version (git-version "0.10.2" revision commit))
14091       (source
14092        (origin
14093          (method git-fetch)
14094          (uri (git-reference
14095                (url "https://github.com/jts/nanopolish.git")
14096                (commit commit)
14097                (recursive? #t)))
14098          (file-name (git-file-name name version))
14099          (sha256
14100           (base32 "09j5gz57yr9i34a27vbl72i4g8syv2zzgmsfyjq02yshmnrvkjs6"))
14101          (modules '((guix build utils)))
14102          (snippet
14103           '(begin
14104              (delete-file-recursively "htslib")
14105              #t))))
14106       (build-system gnu-build-system)
14107       (arguments
14108        `(#:make-flags
14109          `("HDF5=noinstall" "EIGEN=noinstall" "HTS=noinstall" "CC=gcc")
14110          #:tests? #f                    ; no check target
14111          #:phases
14112          (modify-phases %standard-phases
14113            (add-after 'unpack 'find-eigen
14114              (lambda* (#:key inputs #:allow-other-keys)
14115                (setenv "CPATH"
14116                        (string-append (assoc-ref inputs "eigen")
14117                                       "/include/eigen3"))
14118                #t))
14119            (delete 'configure)
14120            (replace 'install
14121              (lambda* (#:key outputs #:allow-other-keys)
14122                (let* ((out (assoc-ref outputs "out"))
14123                       (bin (string-append out "/bin"))
14124                       (scripts (string-append out "/share/nanopolish/scripts")))
14125
14126                  (install-file "nanopolish" bin)
14127                  (for-each (lambda (file) (install-file file scripts))
14128                            (find-files "scripts" ".*"))
14129                  #t)))
14130            (add-after 'install 'wrap-programs
14131              (lambda* (#:key outputs #:allow-other-keys)
14132                (for-each (lambda (file)
14133                            (wrap-program file `("PYTHONPATH" ":" prefix (,path))))
14134                          (find-files "/share/nanopolish/scripts" "\\.py"))
14135                (for-each (lambda (file)
14136                            (wrap-program file `("PERL5LIB" ":" prefix (,path))))
14137                          (find-files  "/share/nanopolish/scripts" "\\.pl"))
14138                #t)))))
14139       (inputs
14140        `(("eigen" ,eigen)
14141          ("hdf5" ,hdf5)
14142          ("htslib" ,htslib)
14143          ("perl" ,perl)
14144          ("python" ,python-wrapper)
14145          ("python-biopython" ,python-biopython)
14146          ("python-numpy" ,python-numpy)
14147          ("python-pysam" ,python-pysam)
14148          ("python-scikit-learn" , python-scikit-learn)
14149          ("python-scipy" ,python-scipy)
14150          ("zlib" ,zlib)))
14151       (home-page "https://github.com/jts/nanopolish")
14152       (synopsis "Signal-level analysis of Oxford Nanopore sequencing data")
14153       (description
14154        "This package analyses the Oxford Nanopore sequencing data at signal-level.
14155 Nanopolish can calculate an improved consensus sequence for a draft genome
14156 assembly, detect base modifications, call SNPs (Single nucleotide
14157 polymorphisms) and indels with respect to a reference genome and more.")
14158       (license license:expat))))
14159
14160 (define-public cnvkit
14161   (package
14162     (name "cnvkit")
14163     (version "0.9.5")
14164     (source
14165      (origin
14166        (method git-fetch)
14167        (uri (git-reference
14168              (url "https://github.com/etal/cnvkit.git")
14169              (commit (string-append "v" version))))
14170        (file-name (git-file-name name version))
14171        (sha256
14172         (base32 "0g2f78k68yglmj4fsfmgs8idqv3di9aj53fg0ld0hqljg8chhh82"))))
14173     (build-system python-build-system)
14174     (propagated-inputs
14175      `(("python-biopython" ,python-biopython)
14176        ("python-future" ,python-future)
14177        ("python-matplotlib" ,python-matplotlib)
14178        ("python-numpy" ,python-numpy)
14179        ("python-reportlab" ,python-reportlab)
14180        ("python-pandas" ,python-pandas)
14181        ("python-pysam" ,python-pysam)
14182        ("python-pyfaidx" ,python-pyfaidx)
14183        ("python-scipy" ,python-scipy)
14184        ;; R packages
14185        ("r-dnacopy" ,r-dnacopy)))
14186     (home-page "https://cnvkit.readthedocs.org/")
14187     (synopsis "Copy number variant detection from targeted DNA sequencing")
14188     (description
14189      "CNVkit is a Python library and command-line software toolkit to infer
14190 and visualize copy number from high-throughput DNA sequencing data.  It is
14191 designed for use with hybrid capture, including both whole-exome and custom
14192 target panels, and short-read sequencing platforms such as Illumina and Ion
14193 Torrent.")
14194     (license license:asl2.0)))
14195
14196 (define-public python-pyfit-sne
14197   (package
14198     (name "python-pyfit-sne")
14199     (version "1.0.1")
14200     (source
14201      (origin
14202        (method git-fetch)
14203        (uri (git-reference
14204              (url "https://github.com/KlugerLab/pyFIt-SNE.git")
14205              (commit version)))
14206        (file-name (git-file-name name version))
14207        (sha256
14208         (base32 "13wh3qkzs56azmmgnxib6xfr29g7xh09sxylzjpni5j0pp0rc5qw"))))
14209     (build-system python-build-system)
14210     (propagated-inputs
14211      `(("python-numpy" ,python-numpy)))
14212     (inputs
14213      `(("fftw" ,fftw)))
14214     (native-inputs
14215      `(("python-cython" ,python-cython)))
14216     (home-page "https://github.com/KlugerLab/pyFIt-SNE")
14217     (synopsis "FFT-accelerated Interpolation-based t-SNE")
14218     (description
14219      "t-Stochastic Neighborhood Embedding (t-SNE) is a highly successful
14220 method for dimensionality reduction and visualization of high dimensional
14221 datasets.  A popular implementation of t-SNE uses the Barnes-Hut algorithm to
14222 approximate the gradient at each iteration of gradient descent.  This package
14223 is a Cython wrapper for FIt-SNE.")
14224     (license license:bsd-4)))
14225
14226 (define-public bbmap
14227   (package
14228     (name "bbmap")
14229     (version "35.82")
14230     (source (origin
14231               (method url-fetch)
14232               (uri (string-append
14233                     "mirror://sourceforge/bbmap/BBMap_" version ".tar.gz"))
14234               (sha256
14235                (base32
14236                 "1q4rfhxcb6z3gm8zg2davjz98w22lkf4hm9ikxz9kdl93pil3wkd"))))
14237     (build-system ant-build-system)
14238     (arguments
14239      `(#:build-target "dist"
14240        #:tests? #f ; there are none
14241        #:make-flags
14242        (list (string-append "-Dmpijar="
14243                             (assoc-ref %build-inputs "java-openmpi")
14244                             "/lib/mpi.jar"))
14245        #:modules ((guix build ant-build-system)
14246                   (guix build utils)
14247                   (guix build java-utils))
14248        #:phases
14249        (modify-phases %standard-phases
14250          (add-after 'build 'build-jni-library
14251            (lambda _
14252              (with-directory-excursion "jni"
14253                (invoke "make" "-f" "makefile.linux"))))
14254          ;; There is no install target
14255          (replace 'install (install-jars "dist"))
14256          (add-after 'install 'install-scripts-and-documentation
14257            (lambda* (#:key outputs #:allow-other-keys)
14258              (substitute* "calcmem.sh"
14259                (("\\| awk ") (string-append "| " (which "awk") " ")))
14260              (let* ((scripts (find-files "." "\\.sh$"))
14261                     (out (assoc-ref outputs "out"))
14262                     (bin (string-append out "/bin"))
14263                     (doc (string-append out "/share/doc/bbmap"))
14264                     (jni (string-append out "/lib/jni")))
14265                (substitute* scripts
14266                  (("\\$DIR\"\"docs") doc)
14267                  (("^CP=.*")
14268                   (string-append "CP=" out "/share/java/BBTools.jar\n"))
14269                  (("^NATIVELIBDIR.*")
14270                   (string-append "NATIVELIBDIR=" jni "\n"))
14271                  (("CMD=\"java")
14272                   (string-append "CMD=\"" (which "java"))))
14273                (for-each (lambda (script) (install-file script bin)) scripts)
14274
14275                ;; Install JNI library
14276                (install-file "jni/libbbtoolsjni.so" jni)
14277
14278                ;; Install documentation
14279                (install-file "docs/readme.txt" doc)
14280                (copy-recursively "docs/guides" doc))
14281              #t)))
14282        #:jdk ,openjdk11))
14283     (inputs
14284      `(("gawk" ,gawk)
14285        ("java-eclipse-jdt-core" ,java-eclipse-jdt-core)
14286        ("java-eclipse-jdt-compiler-apt" ,java-eclipse-jdt-compiler-apt)
14287        ("java-openmpi" ,java-openmpi)))
14288     (home-page "http://sourceforge.net/projects/bbmap/")
14289     (synopsis "Aligner and other tools for short sequencing reads")
14290     (description
14291      "This package provides bioinformatic tools to align, deduplicate,
14292 reformat, filter and normalize DNA and RNA-seq data.  It includes the
14293 following tools: BBMap, a short read aligner for DNA and RNA-seq data; BBNorm,
14294 a kmer-based error-correction and normalization tool; Dedupe, a tool to
14295 simplify assemblies by removing duplicate or contained subsequences that share
14296 a target percent identity; Reformat, to convert reads between
14297 fasta/fastq/scarf/fasta+qual/sam, interleaved/paired, and ASCII-33/64, at over
14298 500 MB/s; and BBDuk, a tool to filter, trim, or mask reads with kmer matches
14299 to an artifact/contaminant file.")
14300     (license license:bsd-3)))
14301
14302 (define-public velvet
14303   (package
14304     (name "velvet")
14305     (version "1.2.10")
14306     (source (origin
14307               (method url-fetch)
14308               (uri (string-append "https://www.ebi.ac.uk/~zerbino/velvet/"
14309                                   "velvet_" version ".tgz"))
14310               (sha256
14311                (base32
14312                 "0h3njwy66p6bx14r3ar1byb0ccaxmxka4c65rn4iybyiqa4d8kc8"))
14313               ;; Delete bundled libraries
14314               (modules '((guix build utils)))
14315               (snippet
14316                '(begin
14317                   (delete-file "Manual.pdf")
14318                   (delete-file-recursively "third-party")
14319                   #t))))
14320     (build-system gnu-build-system)
14321     (arguments
14322      `(#:make-flags '("OPENMP=t")
14323        #:test-target "test"
14324        #:phases
14325        (modify-phases %standard-phases
14326          (delete 'configure)
14327          (add-after 'unpack 'fix-zlib-include
14328            (lambda _
14329              (substitute* "src/binarySequences.c"
14330                (("../third-party/zlib-1.2.3/zlib.h") "zlib.h"))
14331              #t))
14332          (replace 'install
14333            (lambda* (#:key outputs #:allow-other-keys)
14334              (let* ((out (assoc-ref outputs "out"))
14335                     (bin (string-append out "/bin"))
14336                     (doc (string-append out "/share/doc/velvet")))
14337                (mkdir-p bin)
14338                (mkdir-p doc)
14339                (install-file "velveth" bin)
14340                (install-file "velvetg" bin)
14341                (install-file "Manual.pdf" doc)
14342                (install-file "Columbus_manual.pdf" doc)
14343                #t))))))
14344     (inputs
14345      `(("openmpi" ,openmpi)
14346        ("zlib" ,zlib)))
14347     (native-inputs
14348      `(("texlive" ,(texlive-union (list texlive-latex-graphics
14349                                         texlive-latex-hyperref)))))
14350     (home-page "https://www.ebi.ac.uk/~zerbino/velvet/")
14351     (synopsis "Nucleic acid sequence assembler for very short reads")
14352     (description
14353      "Velvet is a de novo genomic assembler specially designed for short read
14354 sequencing technologies, such as Solexa or 454.  Velvet currently takes in
14355 short read sequences, removes errors then produces high quality unique
14356 contigs.  It then uses paired read information, if available, to retrieve the
14357 repeated areas between contigs.")
14358     (license license:gpl2+)))
14359
14360 (define-public python-velocyto
14361   (package
14362     (name "python-velocyto")
14363     (version "0.17.17")
14364     (source
14365      (origin
14366        (method url-fetch)
14367        (uri (pypi-uri "velocyto" version))
14368        (sha256
14369         (base32
14370          "0fgygyzqgrq32dv6a00biq1p1cwi6kbl5iqblxq1kklj6b2mzmhs"))))
14371     (build-system python-build-system)
14372     (propagated-inputs
14373      `(("python-click" ,python-click)
14374        ("python-cython" ,python-cython)
14375        ("python-h5py" ,python-h5py)
14376        ("python-loompy" ,python-loompy)
14377        ("python-matplotlib" ,python-matplotlib)
14378        ("python-numba" ,python-numba)
14379        ("python-numpy" ,python-numpy)
14380        ("python-pandas" ,python-pandas)
14381        ("python-pysam" ,python-pysam)
14382        ("python-scikit-learn" ,python-scikit-learn)
14383        ("python-scipy" ,python-scipy)))
14384     (home-page "https://github.com/velocyto-team/velocyto.py")
14385     (synopsis "RNA velocity analysis for single cell RNA-seq data")
14386     (description
14387      "Velocyto is a library for the analysis of RNA velocity.  Velocyto
14388 includes a command line tool and an analysis pipeline.")
14389     (license license:bsd-2)))
14390
14391 (define-public arriba
14392   (package
14393     (name "arriba")
14394     (version "1.0.1")
14395     (source
14396      (origin
14397        (method url-fetch)
14398        (uri (string-append "https://github.com/suhrig/arriba/releases/"
14399                            "download/v" version "/arriba_v" version ".tar.gz"))
14400        (sha256
14401         (base32
14402          "0jx9656ry766vb8z08m1c3im87b0c82qpnjby9wz4kcz8vn87dx2"))))
14403     (build-system gnu-build-system)
14404     (arguments
14405      `(#:tests? #f ; there are none
14406        #:phases
14407        (modify-phases %standard-phases
14408          (replace 'configure
14409            (lambda* (#:key inputs #:allow-other-keys)
14410              (let ((htslib (assoc-ref inputs "htslib")))
14411                (substitute* "Makefile"
14412                  (("-I\\$\\(HTSLIB\\)/htslib")
14413                   (string-append "-I" htslib "/include/htslib"))
14414                  ((" \\$\\(HTSLIB\\)/libhts.a")
14415                   (string-append " " htslib "/lib/libhts.so"))))
14416              (substitute* "run_arriba.sh"
14417                (("^STAR ") (string-append (which "STAR") " "))
14418                (("samtools --version-only")
14419                 (string-append (which "samtools") " --version-only"))
14420                (("samtools index")
14421                 (string-append (which "samtools") " index"))
14422                (("samtools sort")
14423                 (string-append (which "samtools") " sort")))
14424              #t))
14425          (replace 'install
14426            (lambda* (#:key outputs #:allow-other-keys)
14427              (let ((bin (string-append (assoc-ref outputs "out") "/bin")))
14428                (install-file "arriba" bin)
14429                (install-file "run_arriba.sh" bin)
14430                (install-file "draw_fusions.R" bin)
14431                (wrap-program (string-append bin "/draw_fusions.R")
14432                  `("R_LIBS_SITE" ":" prefix (,(getenv "R_LIBS_SITE")))))
14433              #t)))))
14434     (inputs
14435      `(("htslib" ,htslib)
14436        ("r-minimal" ,r-minimal)
14437        ("r-circlize" ,r-circlize)
14438        ("r-genomicalignments" ,r-genomicalignments)
14439        ("r-genomicranges" ,r-genomicranges)
14440        ("samtools" ,samtools)
14441        ("star" ,star)
14442        ("zlib" ,zlib)))
14443     (home-page "https://github.com/suhrig/arriba")
14444     (synopsis "Gene fusion detection from RNA-Seq data ")
14445     (description
14446      "Arriba is a command-line tool for the detection of gene fusions from
14447 RNA-Seq data.  It was developed for the use in a clinical research setting.
14448 Therefore, short runtimes and high sensitivity were important design criteria.
14449 It is based on the fast STAR aligner and the post-alignment runtime is
14450 typically just around two minutes.  In contrast to many other fusion detection
14451 tools which build on STAR, Arriba does not require to reduce the
14452 @code{alignIntronMax} parameter of STAR to detect small deletions.")
14453     ;; All code is under the Expat license with the exception of
14454     ;; "draw_fusions.R", which is under GPLv3.
14455     (license (list license:expat license:gpl3))))
14456
14457 (define-public adapterremoval
14458   (package
14459     (name "adapterremoval")
14460     (version "2.3.0")
14461     (source
14462      (origin
14463        (method git-fetch)
14464        (uri (git-reference
14465              (url "https://github.com/MikkelSchubert/adapterremoval.git")
14466              (commit (string-append "v" version))))
14467        (file-name (git-file-name name version))
14468        (sha256
14469         (base32
14470          "1nf3ki5pfzalhrx2fr1y6pfqfi133yj2m7q4fj9irf5fb94bapwr"))))
14471     (build-system gnu-build-system)
14472     (arguments
14473      `(#:make-flags (list "COLOR_BUILD=no"
14474                           (string-append "PREFIX="
14475                                          (assoc-ref %outputs "out")))
14476        #:test-target "test"
14477        #:phases
14478        (modify-phases %standard-phases
14479          (delete 'configure))))
14480     (inputs
14481      `(("zlib" ,zlib)))
14482     (home-page "https://adapterremoval.readthedocs.io/")
14483     (synopsis "Rapid sequence adapter trimming, identification, and read merging")
14484     (description
14485      "This program searches for and removes remnant adapter sequences from
14486 @dfn{High-Throughput Sequencing} (HTS) data and (optionally) trims low quality
14487 bases from the 3' end of reads following adapter removal.  AdapterRemoval can
14488 analyze both single end and paired end data, and can be used to merge
14489 overlapping paired-ended reads into (longer) consensus sequences.
14490 Additionally, the AdapterRemoval may be used to recover a consensus adapter
14491 sequence for paired-ended data, for which this information is not available.")
14492     (license license:gpl3+)))
14493
14494 (define-public pplacer
14495   (let ((commit "807f6f3"))
14496     (package
14497       (name "pplacer")
14498       ;; The commit should be updated with each version change.
14499       (version "1.1.alpha19")
14500       (source
14501        (origin
14502          (method git-fetch)
14503          (uri (git-reference
14504                (url "https://github.com/matsen/pplacer.git")
14505                (commit (string-append "v" version))))
14506          (file-name (git-file-name name version))
14507          (sha256
14508           (base32 "11ppbbbx20p2g9wj3ff64dhnarb12q79v7qh4rk0gj6lkbz4n7cn"))))
14509       (build-system ocaml-build-system)
14510       (arguments
14511        `(#:modules ((guix build ocaml-build-system)
14512                     (guix build utils)
14513                     (ice-9 ftw))
14514          #:phases
14515          (modify-phases %standard-phases
14516            (delete 'configure)
14517            (add-after 'unpack 'fix-build-with-latest-ocaml
14518              (lambda _
14519                (substitute* "myocamlbuild.ml"
14520                  (("dep \\[\"c_pam\"\\]" m)
14521                   (string-append "flag [\"ocaml\"; \"compile\"] (A \"-unsafe-string\");\n"
14522                                  m))
14523                  (("let run_and_read" m)
14524                   (string-append "
14525 let split s ch =
14526   let x = ref [] in
14527   let rec go s =
14528     let pos = String.index s ch in
14529     x := (String.before s pos)::!x;
14530     go (String.after s (pos + 1))
14531   in
14532   try go s
14533   with Not_found -> !x
14534 let split_nl s = split s '\\n'
14535 let before_space s =
14536   try String.before s (String.index s ' ')
14537   with Not_found -> s
14538
14539 " m))
14540                  (("run_and_read \"ocamlfind list \\| cut -d' ' -f1\"" m)
14541                   (string-append "List.map before_space (split_nl & " m ")"))
14542                  (("    blank_sep_strings &") "")
14543                  (("      Lexing.from_string &") ""))
14544                #t))
14545            (add-after 'unpack 'replace-bundled-cddlib
14546              (lambda* (#:key inputs #:allow-other-keys)
14547                (let* ((cddlib-src (assoc-ref inputs "cddlib-src"))
14548                       (local-dir "cddlib_guix"))
14549                  (mkdir local-dir)
14550                  (with-directory-excursion local-dir
14551                    (invoke "tar" "xvf" cddlib-src))
14552                  (let ((cddlib-src-folder
14553                         (string-append local-dir "/"
14554                                        (list-ref (scandir local-dir) 2)
14555                                        "/lib-src")))
14556                    (for-each make-file-writable (find-files "cdd_src" ".*"))
14557                    (for-each
14558                     (lambda (file)
14559                       (copy-file file
14560                                  (string-append "cdd_src/" (basename file))))
14561                     (find-files cddlib-src-folder ".*[ch]$")))
14562                  #t)))
14563            (add-after 'unpack 'fix-makefile
14564              (lambda _
14565                ;; Remove system calls to 'git'.
14566                (substitute* "Makefile"
14567                  (("^DESCRIPT:=pplacer-.*")
14568                   (string-append
14569                    "DESCRIPT:=pplacer-$(shell uname)-v" ,version "\n")))
14570                (substitute* "myocamlbuild.ml"
14571                  (("git describe --tags --long .*\\\" with")
14572                   (string-append
14573                    "echo -n v" ,version "-" ,commit "\" with")))
14574                #t))
14575            (replace 'install
14576              (lambda* (#:key outputs #:allow-other-keys)
14577                (let* ((out (assoc-ref outputs "out"))
14578                       (bin (string-append out "/bin")))
14579                  (copy-recursively "bin" bin))
14580                #t)))))
14581       (inputs
14582        `(("zlib" ,zlib "static")
14583          ("gsl" ,gsl)
14584          ("ocaml-ounit" ,ocaml-ounit)
14585          ("ocaml-batteries" ,ocaml-batteries)
14586          ("ocaml-camlzip" ,camlzip)
14587          ("ocaml-csv" ,ocaml-csv)
14588          ("ocaml-sqlite3" ,ocaml-sqlite3)
14589          ("ocaml-xmlm" ,ocaml-xmlm)
14590          ("ocaml-mcl" ,ocaml-mcl)
14591          ("ocaml-gsl" ,ocaml-gsl-1)))
14592       (native-inputs
14593        `(("cddlib-src" ,(package-source cddlib))
14594          ("ocamlbuild" ,ocamlbuild)
14595          ("pkg-config" ,pkg-config)))
14596       (propagated-inputs
14597        `(("pplacer-scripts" ,pplacer-scripts)))
14598       (synopsis "Phylogenetic placement of biological sequences")
14599       (description
14600        "Pplacer places query sequences on a fixed reference phylogenetic tree
14601 to maximize phylogenetic likelihood or posterior probability according to a
14602 reference alignment.  Pplacer is designed to be fast, to give useful
14603 information about uncertainty, and to offer advanced visualization and
14604 downstream analysis.")
14605       (home-page "http://matsen.fhcrc.org/pplacer")
14606       (license license:gpl3))))
14607
14608 ;; This package is installed alongside 'pplacer'.  It is a separate package so
14609 ;; that it can use the python-build-system for the scripts that are
14610 ;; distributed alongside the main OCaml binaries.
14611 (define pplacer-scripts
14612   (package
14613     (inherit pplacer)
14614     (name "pplacer-scripts")
14615     (build-system python-build-system)
14616     (arguments
14617      `(#:python ,python-2
14618        #:phases
14619        (modify-phases %standard-phases
14620          (add-after 'unpack 'enter-scripts-dir
14621            (lambda _ (chdir "scripts") #t))
14622          (replace 'check
14623            (lambda _ (invoke "python" "-m" "unittest" "discover" "-v") #t))
14624          (add-after 'install 'wrap-executables
14625            (lambda* (#:key inputs outputs #:allow-other-keys)
14626              (let* ((out (assoc-ref outputs "out"))
14627                     (bin (string-append out "/bin")))
14628                (let ((path (string-append
14629                             (assoc-ref inputs "hmmer") "/bin:"
14630                             (assoc-ref inputs "infernal") "/bin")))
14631                  (display path)
14632                  (wrap-program (string-append bin "/refpkg_align.py")
14633                    `("PATH" ":" prefix (,path))))
14634                (let ((path (string-append
14635                             (assoc-ref inputs "hmmer") "/bin")))
14636                  (wrap-program (string-append bin "/hrefpkg_query.py")
14637                    `("PATH" ":" prefix (,path)))))
14638              #t)))))
14639     (inputs
14640      `(("infernal" ,infernal)
14641        ("hmmer" ,hmmer)))
14642     (propagated-inputs
14643      `(("python-biopython" ,python2-biopython)
14644        ("taxtastic" ,taxtastic)))
14645     (synopsis "Pplacer Python scripts")))
14646
14647 (define-public python2-checkm-genome
14648   (package
14649     (name "python2-checkm-genome")
14650     (version "1.0.13")
14651     (source
14652      (origin
14653        (method url-fetch)
14654        (uri (pypi-uri "checkm-genome" version))
14655        (sha256
14656         (base32
14657          "0bm8gpxjmzxsxxl8lzwqhgx8g1dlnmp6znz7wv3hgb0gdjbf9dzz"))))
14658     (build-system python-build-system)
14659     (arguments
14660      `(#:python ,python-2
14661        #:tests? #f)) ; some tests are interactive
14662     (propagated-inputs
14663      `(("python-dendropy" ,python2-dendropy)
14664        ("python-matplotlib" ,python2-matplotlib)
14665        ("python-numpy" ,python2-numpy)
14666        ("python-pysam" ,python2-pysam)
14667        ("python-scipy" ,python2-scipy)))
14668     (home-page "http://pypi.python.org/pypi/checkm/")
14669     (synopsis "Assess the quality of putative genome bins")
14670     (description
14671      "CheckM provides a set of tools for assessing the quality of genomes
14672 recovered from isolates, single cells, or metagenomes.  It provides robust
14673 estimates of genome completeness and contamination by using collocated sets of
14674 genes that are ubiquitous and single-copy within a phylogenetic lineage.
14675 Assessment of genome quality can also be examined using plots depicting key
14676 genomic characteristics (e.g., GC, coding density) which highlight sequences
14677 outside the expected distributions of a typical genome.  CheckM also provides
14678 tools for identifying genome bins that are likely candidates for merging based
14679 on marker set compatibility, similarity in genomic characteristics, and
14680 proximity within a reference genome.")
14681     (license license:gpl3+)))
14682
14683 (define-public umi-tools
14684   (package
14685     (name "umi-tools")
14686     (version "1.0.0")
14687     (source
14688      (origin
14689        (method url-fetch)
14690        (uri (pypi-uri "umi_tools" version))
14691        (sha256
14692         (base32
14693          "08y3vz1vcx09whmbsn722lcs6jl9wyrh9i4p3k8j4cb1i32bij4a"))))
14694     (build-system python-build-system)
14695     (inputs
14696      `(("python-setuptools" ,python-setuptools)
14697        ("python-pandas" ,python-pandas)
14698        ("python-future" ,python-future)
14699        ("python-scipy" ,python-scipy)
14700        ("python-matplotlib" ,python-matplotlib)
14701        ("python-regex" ,python-regex)
14702        ("python-pysam" ,python-pysam)))
14703     (native-inputs
14704      `(("python-setuptools" ,python-setuptools)
14705        ("python-cython" ,python-cython)))
14706     (home-page "https://github.com/CGATOxford/UMI-tools")
14707     (synopsis "Tools for analyzing unique modular identifiers")
14708     (description "This package provides tools for dealing with @dfn{Unique
14709 Molecular Identifiers} (UMIs) and @dfn{Random Molecular Tags} (RMTs) in
14710 genetic sequences.  There are six tools: the @code{extract} and
14711 @code{whitelist} commands are used to prepare a fastq containing UMIs @code{+/-}
14712 cell barcodes for alignment.  The remaining commands, @code{group},
14713 @code{dedup}, and @{count}/@code{count_tab}, are used to identify PCR
14714 duplicates using the UMIs and perform different levels of analysis depending
14715 on the needs of the user.")
14716     (license license:expat)))
14717
14718 (define-public ataqv
14719   (package
14720     (name "ataqv")
14721     (version "1.0.0")
14722     (source
14723      (origin
14724        (method git-fetch)
14725        (uri (git-reference
14726              (url "https://github.com/ParkerLab/ataqv.git")
14727              (commit version)))
14728        (file-name (git-file-name name version))
14729        (sha256
14730         (base32
14731          "031xr6jx1aprh26y5b1lv3gzrlmzg4alfl73vvshymx8cq8asrqi"))))
14732     (build-system gnu-build-system)
14733     (arguments
14734      `(#:make-flags
14735        (list (string-append "prefix=" (assoc-ref %outputs "out"))
14736              (string-append "BOOST_ROOT="
14737                             (assoc-ref %build-inputs "boost"))
14738              (string-append "HTSLIB_ROOT="
14739                             (assoc-ref %build-inputs "htslib")))
14740        #:test-target "test"
14741        #:phases
14742        (modify-phases %standard-phases
14743          (delete 'configure))))
14744     (inputs
14745      `(("boost" ,boost)
14746        ("htslib" ,htslib)
14747        ("ncurses" ,ncurses)
14748        ("zlib" ,zlib)))
14749     (native-inputs
14750      `(("lcov" ,lcov)))
14751     (home-page "https://github.com/ParkerLab/ataqv")
14752     (synopsis "Toolkit for quality control and visualization of ATAC-seq data")
14753     (description "This package provides a toolkit for measuring and comparing
14754 ATAC-seq results.  It was written to make it easier to spot differences that
14755 might be caused by ATAC-seq library prep or sequencing.  The main program,
14756 @code{ataqv}, examines aligned reads and reports some basic metrics.")
14757     (license license:gpl3+)))