CMakeLists.txt

   1 cmake_minimum_required(VERSION 2.6)
   2
   3 project(Gromacs)
   4 # PROJECT_VERSION should have the following structure:
   5 # VERSION[-dev-SUFFIX] where the VERSION can have any form and the suffix
   6 set(PROJECT_VERSION "4.0.99-dev-20100315"
   7     CACHE STRING "Gromacs version string")
   8
   9 # Cmake modules/macros are in a subdirectory to keep this file cleaner
  10 set(CMAKE_MODULE_PATH ${CMAKE_CURRENT_SOURCE_DIR}/cmake)
  11
  12 # Generate development version info for cache
  13 # set(GEN_VERSION_INFO_INTERNAL "ON")
  14 # include(gmxGenerateVersionString)
  15
  16 ########################################################################
  17 # User input options                                                   #
  18 ########################################################################
  19 option(GMX_DOUBLE "Use double precision" OFF)
  20 option(GMX_MPI    "Build a parallel (message-passing) version of GROMACS" OFF)
  21 option(GMX_THREADS    "Build a parallel (threaded-based) version of GROMACS: (doesn't work yet!)" ON)
  22 option(GMX_SOFTWARE_INVSQRT "Use GROMACS software 1/sqrt" ON)
  23 option(GMX_FAHCORE "Build a library with mdrun functionality" OFF)
  24 option(GMX_OPENMM "Accelerated execution on GPUs through the OpenMM library" OFF)
  25 set(GMX_ACCELERATION "none"
  26     CACHE STRING "Accelerated kernels. Pick one of: SSE, BlueGene, Power6, ia64, altivec")
  27
  28 set(GMX_FFT_LIBRARY "fftw3"
  29     CACHE STRING "FFT library choices: fftw3,fftw2,mkl,fftpack[built-in]")
  30 option(GMX_DISABLE_FFTW_MEASURE
  31        "Do not optimize FFTW setups (not needed with SSE)" OFF)
  32 set(GMX_QMMM_PROGRAM "none"
  33     CACHE STRING "QM package choices: none,gaussian,mopac,gamess")
  34 option(GMX_BROKEN_CALLOC "Work around broken calloc()" OFF)
  35 option(BUILD_SHARED_LIBS "Enable shared libraries (can be problematic with MPI)" OFF)
  36 option(GMX_MPI_IN_PLACE "Enable MPI_IN_PLACE for MPIs that have it defined" ON)
  37 option(GMX_DLOPEN "Compile with dlopen, needed to read VMD supported file formats" ON)
  38 mark_as_advanced(GMX_MPI_IN_PLACE)
  39
  40 enable_language(C)
  41
  42 option(GMX_IA32_ASM "Add SSE assembly files for IA32" OFF)
  43 option(GMX_X86_64_ASM "Add SSE assembly files for X86_64" OFF)
  44 option(USE_VERSION_H "Generate development version string/information" ON)
  45
  46 #######################################################################
  47 # Check for options incompatible with OpenMM build                    #
  48 #######################################################################
  49 if(GMX_OPENMM)
  50     cmake_minimum_required(VERSION 2.6.4)
  51     # we'll use the built-in fft to avoid unnecessary dependencies
  52     set (GMX_FFT_LIBRARY "fftpack")
  53     if(GMX_MPI)
  54         message(FATAL_ERROR "The OpenMM build is not compatible with MPI!")
  55     endif(GMX_MPI)
  56     if(GMX_THREADS)
  57         message(WARNING "Threads have been disabled, not compatible with OpenMM build!")
  58         set(GMX_THREADS OFF)
  59     endif(GMX_THREADS)
  60     if(GMX_SOFTWARE_INVSQRT)
  61         set(GMX_SOFTWARE_INVSQRT OFF)
  62     endif(GMX_SOFTWARE_INVSQRT)
  63     if(NOT GMX_ACCELERATION MATCHES "none")
  64         message(WARNING "The OpenMM build does not support other acceleration modes!")
  65         set(GMX_ACCELERATION "none")
  66     endif()
  67     if(GMX_FAHCORE)
  68         message(FATAL_ERROR "The OpenMM build does not support the FAH option!")
  69     endif(GMX_FAHCORE)
  70 endif(GMX_OPENMM)
  71
  72
  73 ########################################################################
  74 # Fix stupid flags on MSVC
  75 ########################################################################
  76 IF(CMAKE_GENERATOR MATCHES "Visual Studio")
  77     STRING(REPLACE /MD /MT CMAKE_C_FLAGS_RELEASE ${CMAKE_C_FLAGS_RELEASE})
  78     SET(CMAKE_C_FLAGS_RELEASE ${CMAKE_C_FLAGS_RELEASE} CACHE STRING "" FORCE)
  79     STRING(REPLACE /MD /MT CMAKE_C_FLAGS_DEBUG ${CMAKE_C_FLAGS_DEBUG})
  80     SET(CMAKE_C_FLAGS_DEBUG ${CMAKE_C_FLAGS_DEBUG} CACHE STRING "" FORCE)
  81 ENDIF(CMAKE_GENERATOR MATCHES "Visual Studio")
  82
  83 set(GMX_EXTRA_LIBRARIES)
  84
  85 ########################################################################
  86 #Process MPI settings
  87 ########################################################################
  88 if(GMX_MPI)
  89     if(GMX_THREADS)
  90         #message(FATAL_ERROR "Thread-based parallelization conflicts with MPI.")
  91         set(GMX_THREADS OFF CACHE BOOL
  92             "Thread-based parallelization conflicts with MPI." FORCE)
  93     endif(GMX_THREADS)
  94     find_package(MPI)
  95     if(MPI_FOUND)
  96         set(GROMACS_C_FLAGS ${GROMACS_FLAGS} ${MPI_COMPILE_FLAGS})
  97         set(GROMACS_LINKER_FLAGS ${GROMACS_LINKER_FLAGS} ${MPI_LINK_FLAGS})
  98
  99         include_directories(${MPI_INCLUDE_PATH})
 100         list(APPEND GMX_EXTRA_LIBRARIES ${MPI_LIBRARIES})
 101         add_definitions( -DMPI ) #for FAHCORE
 102         include(gmxTestMPI_IN_PLACE)
 103         if (GMX_MPI_IN_PLACE)
 104             gmx_test_mpi_in_place(MPI_IN_PLACE_EXISTS)
 105         endif (GMX_MPI_IN_PLACE)
 106     else(MPI_FOUND)
 107         message(FATAL_ERROR "MPI support requested, but no MPI compiler found.")
 108     endif(MPI_FOUND)
 109     include(gmxTestCatamount)
 110     gmx_test_catamount(GMX_CRAY_XT3)
 111     if(GMX_CRAY_XT3)
 112         set(GMX_NO_SYSTEM 1)
 113         set(GMX_NO_NICE 1)
 114     endif(GMX_CRAY_XT3)
 115     set(GMX_LIB_MPI 1)
 116 endif(GMX_MPI)
 117
 118 ########################################################################
 119 # Basic system tests (standard libraries, headers, functions, types)   #
 120 ########################################################################
 121 include(CheckIncludeFiles)
 122 check_include_files(string.h     HAVE_STRING_H)
 123 check_include_files(limits.h     HAVE_LIMITS_H)
 124 check_include_files(memory.h     HAVE_MEMORY_H)
 125 check_include_files(unistd.h     HAVE_UNISTD_H)
 126 check_include_files(pwd.h        HAVE_PWD_H)
 127 check_include_files(stdint.h     HAVE_STDINT_H)
 128 check_include_files(stdlib.h     HAVE_STDLIB_H)
 129 check_include_files(pthread.h    HAVE_PTHREAD_H)
 130 check_include_files(dirent.h     HAVE_DIRENT_H)
 131 check_include_files(inttypes.h   HAVE_INTTYPES_H)
 132 check_include_files(regex.h      HAVE_REGEX_H)
 133 check_include_files(sys/types.h  HAVE_SYS_TYPES_H)
 134 check_include_files(sys/stat.h   HAVE_SYS_STAT_H)
 135 check_include_files(sys/time.h   HAVE_SYS_TIME_H)
 136 check_include_files(rpc/rpc.h    HAVE_RPC_RPC_H)
 137 check_include_files("rpc/rpc.h;rpc/xdr.h"    HAVE_RPC_XDR_H)
 138 # SSE support
 139 check_include_files(xmmintrin.h  HAVE_XMMINTRIN_H)
 140 check_include_files(emmintrin.h  HAVE_EMMINTRIN_H)
 141 check_include_files(pmmintrin.h  HAVE_PMMINTRIN_H)
 142 check_include_files(smmintrin.h  HAVE_SMMINTRIN_H)
 143
 144 include(CheckFunctionExists)
 145 check_function_exists(strcasecmp        HAVE_STRCASECMP)
 146 check_function_exists(strdup            HAVE_STRDUP)
 147 check_function_exists(vprintf           HAVE_VPRINTF)
 148 check_function_exists(memcmp            HAVE_MEMCMP)
 149 check_function_exists(gettimeofday      HAVE_GETTIMEOFDAY)
 150 check_function_exists(isnan             HAVE_ISNAN)
 151 check_function_exists(_isnan            HAVE__ISNAN)
 152 check_function_exists(isfinite          HAVE_ISFINITE)
 153 check_function_exists(_isfinite         HAVE__ISFINITE)
 154 # After large files? check_function_exists(fseeko     HAVE_FSEEKO)
 155
 156 include(CheckLibraryExists)
 157 check_library_exists(m sqrt "" HAVE_LIBM)
 158
 159 include(CheckTypeSize)
 160 check_type_size("bool"          SIZEOF_BOOL) # will also set HAVE_BOOL
 161 check_type_size("int"           SIZEOF_INT)
 162 check_type_size("long int"      SIZEOF_LONG_INT)
 163 check_type_size("long long int" SIZEOF_LONG_LONG_INT)
 164 check_type_size("off_t"         SIZEOF_OFF_T)
 165 check_type_size("void *"        SIZEOF_VOIDP)
 166
 167 # Check for some basic types that we *need*, so set these to int if they are not present
 168 check_type_size(uid_t uid_t)
 169 if(NOT uid_t)
 170   set(uid_t int)
 171 else(NOT uid_t)
 172   set(uid_t 0)
 173 endif(NOT uid_t)
 174
 175 check_type_size(gid_t gid_t)
 176 if(NOT gid_t)
 177   set(gid_t 1)
 178 else(NOT gid_t)
 179   set(gid_t 0)
 180 endif(NOT gid_t)
 181
 182 check_type_size(size_t size_t)
 183 if(NOT size_t)
 184   set(size_t int)
 185 else(NOT size_t)
 186   set(size_t 0)
 187 endif(NOT size_t)
 188
 189 check_type_size(off_t off_t)
 190 if(NOT off_t)
 191   set(off_t int)
 192 else(NOT off_t)
 193   set(off_t 0)
 194 endif(NOT off_t)
 195
 196 include(TestBigEndian)
 197 test_big_endian(GMX_INTEGER_BIG_ENDIAN)
 198
 199
 200
 201 ########################################################################
 202 # Find external packages                                               #
 203 ########################################################################
 204
 205 find_package(LibXml2)
 206 if(LIBXML2_FOUND)
 207     include_directories(${LIBXML2_INCLUDE_DIR})
 208     list(APPEND GMX_EXTRA_LIBRARIES ${LIBXML2_LIBRARIES})
 209     set(HAVE_LIBXML2 1)
 210 endif(LIBXML2_FOUND)
 211
 212 find_package(X11)
 213 # X11 includes/libraries are only set in the ngmx subdirectory!
 214 if(X11_FOUND)
 215     set(HAVE_X11 1)
 216 endif(X11_FOUND)
 217
 218 if(GMX_THREADS)
 219     include(ThreadMPI)
 220     set(THREAD_MPI_LIB thread_mpi)
 221     set(GMX_MPI 1)
 222     string(TOUPPER ${GMX_FFT_LIBRARY} ${GMX_FFT_LIBRARY})
 223     if(${GMX_FFT_LIBRARY} STREQUAL "FFTW2")
 224         message(FATAL_ERROR "FFTW2 can't be used with threads. Try fftw3 or mkl.")
 225     endif()
 226 endif(GMX_THREADS)
 227
 228 if(GMX_OPENMM)
 229     set(CUDA_BUILD_EMULATION OFF)
 230     find_package(CUDA 2.3 REQUIRED)   # TODO what are we compatible with?
 231     add_definitions(-DGMX_OPENMM)
 232     if(CMAKE_BUILD_TYPE STREQUAL "DEBUG")
 233         set(CUDA_VERBOSE_BUILD ON)
 234     endif()
 235     find_package(OpenMM)
 236 endif(GMX_OPENMM)
 237
 238 if(APPLE)
 239    find_library(ACCELERATE_FRAMEWORK Accelerate)
 240    list(APPEND GMX_EXTRA_LIBRARIES ${ACCELERATE_FRAMEWORK})
 241 endif(APPLE)
 242
 243 ########################################################################
 244 # Our own GROMACS tests
 245 ########################################################################
 246
 247 include(gmxCFlags)
 248 gmx_c_flags()
 249
 250 add_definitions( -DHAVE_CONFIG_H )
 251 include_directories(${CMAKE_BINARY_DIR}/src)
 252 include_directories(${CMAKE_SOURCE_DIR}/include)
 253
 254 include(gmxCheckBuildUserTime)
 255 gmx_check_build_user_time(BUILD_TIME BUILD_USER BUILD_MACHINE)
 256
 257 include(gmxTestFloatFormat)
 258 gmx_test_float_format(GMX_FLOAT_FORMAT_IEEE754
 259                       GMX_IEEE754_BIG_ENDIAN_BYTE_ORDER
 260                       GMX_IEEE754_BIG_ENDIAN_WORD_ORDER)
 261
 262 include(gmxTestLargeFiles)
 263 gmx_test_large_files(GMX_LARGEFILES)
 264
 265 include(gmxTestSignal)
 266 gmx_test_retsigtype(RETSIGTYPE)
 267
 268 include(gmxTestInline)
 269 gmx_test_inline(INLINE_KEYWORD)
 270
 271 include(gmxTestPipes)
 272 gmx_test_pipes(HAVE_PIPES)
 273
 274 include(gmxTestInlineASM)
 275 gmx_test_inline_asm_gcc_x86(GMX_X86_GCC_INLINE_ASM)
 276 gmx_test_inline_asm_msvc_x86(GMX_X86_MSVC_INLINE_ASM)
 277
 278 include(gmxTestXDR)
 279 gmx_test_xdr(GMX_SYSTEM_XDR)
 280 if(NOT GMX_SYSTEM_XDR)
 281     set(GMX_INTERNAL_XDR 1)
 282 endif(NOT GMX_SYSTEM_XDR)
 283
 284 if(GMX_FORTRAN OR GMX_POWER6)
 285     enable_language(Fortran)
 286     include(FortranCInterface)
 287     discover_fortran_mangling(prefix isupper suffix extra_under_score found)
 288     if(extra_under_score)
 289         set(extrasuffix "_")
 290     endif(extra_under_score)
 291
 292     if(isupper)
 293         set(F77_FUNCDEF   "${prefix} ## NAME ## ${suffix}")
 294         set(F77_FUNCDEF_  "${prefix} ## NAME ## ${suffix}${extrasuffix}")
 295     else(isupper)
 296         set(F77_FUNCDEF   "${prefix} ## name ## ${suffix}")
 297         set(F77_FUNCDEF_  "${prefix} ## name ## ${suffix}${extrasuffix}")
 298     endif(isupper)
 299 else(GMX_FORTRAN OR GMX_POWER6)
 300         set(F77_FUNCDEF   "name ## _")
 301         set(F77_FUNCDEF_  "name ## _")
 302 endif(GMX_FORTRAN OR GMX_POWER6)
 303
 304
 305 # Process nonbonded accelerated kernels settings
 306 option(GMX_ASM_USECCOMPILER "Use C compiler for assembly" ON)
 307 string(TOUPPER ${GMX_ACCELERATION} ${GMX_ACCELERATION})
 308 if(${GMX_ACCELERATION} STREQUAL "NONE")
 309   # nothing to do
 310 elseif(${GMX_ACCELERATION} STREQUAL "SSE")
 311     if(HAVE_XMMINTRIN_H)
 312         if(GMX_IA32_ASM)
 313           option(GMX_ASM_USEASM-ATT "Use ATT-style assembly" ON)
 314           set(GMX_IA32_SSE 1)
 315         else(GMX_IA32_ASM) #only use intrinsic if not using the ASM loops
 316           set(GMX_SSE 1)
 317         endif(GMX_IA32_ASM)
 318     endif(HAVE_XMMINTRIN_H)
 319     if(HAVE_EMMINTRIN_H)
 320         if(GMX_X86_64_ASM)
 321           option(GMX_ASM_USEASM-ATT "Use ATT-style assembly" ON)
 322           set(GMX_X86_64_SSE 1)
 323         else(GMX_X86_64_ASM)  #only use intrinsic if not using the ASM loops
 324           if(NOT GMX_IA32_ASM)
 325             set(GMX_SSE2 1)
 326           endif(NOT GMX_IA32_ASM)
 327         endif(GMX_X86_64_ASM)
 328     endif(HAVE_EMMINTRIN_H)
 329 #    if(HAVE_PMMINTRIN_H)
 330 #        set(GMX_SSE3 1)
 331 #    endif(HAVE_PMMINTRIN_H)
 332 #    if(HAVE_SMMINTRIN_H)
 333 #        set(GMX_SSE4_1 1)
 334 #    endif(HAVE_SMMINTRIN_H)
 335
 336 elseif(${GMX_ACCELERATION} STREQUAL "FORTRAN")
 337     set(GMX_FORTRAN 1)
 338 elseif(${GMX_ACCELERATION} STREQUAL "BLUEGENE")
 339     set(GMX_BLUEGENE 1)
 340 elseif(${GMX_ACCELERATION} STREQUAL "POWER6")
 341     set(GMX_POWER6 1)
 342 elseif(${GMX_ACCELERATION} STREQUAL "IA64")
 343     set(GMX_IA64_ASM 1)
 344     set(DISABLE_WATERWATER_NLIST 1)
 345     set(DISABLE_WATER_NLIST 1)
 346 elseif(${GMX_ACCELERATION} STREQUAL "ALTIVEC")
 347     check_include_files(altivec.h HAVE_ALTIVEC_H)
 348     if(HAVE_ALTIVEC_H)
 349         set(GMX_PPC_ALTIVEC 1)
 350     endif(HAVE_ALTIVEC_H)
 351 else(${GMX_ACCELERATION} STREQUAL "NONE")
 352     MESSAGE(FATAL_ERROR "Unrecognized option for accelerated kernels: ${GMX_ACCELERATION}. Pick one of none, SSE, Fortran, BlueGene, Power6, ia64, altivec")
 353 endif(${GMX_ACCELERATION} STREQUAL "NONE")
 354
 355
 356
 357
 358
 359
 360
 361 # Process QM/MM Settings
 362 string(TOUPPER ${GMX_QMMM_PROGRAM} ${GMX_QMMM_PROGRAM})
 363 if(${GMX_QMMM_PROGRAM} STREQUAL "GAUSSIAN")
 364     set(GMX_QMMM_GAUSSIAN 1)
 365 elseif(${GMX_QMMM_PROGRAM} STREQUAL "MOPAC")
 366     set(GMX_QMMM_MOPAC 1)
 367 elseif(${GMX_QMMM_PROGRAM} STREQUAL "GAMESS")
 368     set(GMX_QMMM_GAMESS 1)
 369 elseif(${GMX_QMMM_PROGRAM} STREQUAL "NONE")
 370     # nothing to do
 371 else(${GMX_QMMM_PROGRAM} STREQUAL "GAUSSIAN")
 372     MESSAGE(FATAL_ERROR "Invalid QM/MM program option: ${GMX_QMMM_PROGRAM}. Choose one of: Gaussian, Mopac, Gamess, None")
 373 endif(${GMX_QMMM_PROGRAM} STREQUAL "GAUSSIAN")
 374
 375 # Process FFT library settings - if not OpenMM build
 376 string(TOUPPER ${GMX_FFT_LIBRARY} ${GMX_FFT_LIBRARY})
 377 if(${GMX_FFT_LIBRARY} STREQUAL "FFTW3")
 378 #    MESSAGE(STATUS "Using external FFT library - fftw3")
 379     if(GMX_DOUBLE)
 380         find_package(FFTW3 REQUIRED)
 381     else(GMX_DOUBLE)
 382         find_package(FFTW3F REQUIRED)
 383     endif(GMX_DOUBLE)
 384
 385     if(NOT FFTW3_FOUND)
 386         MESSAGE(FATAL_ERROR "Cannot find fftw3 (with correct precision). Fix it, choose another FFT library, or use the Gromacs built-in fftpack (slower)!")
 387     endif(NOT FFTW3_FOUND)
 388
 389     set(GMX_FFT_FFTW3 1)
 390     include_directories(${FFTW3_INCLUDE_DIR})
 391     list(APPEND GMX_EXTRA_LIBRARIES ${FFTW3_LIBRARIES})
 392
 393 elseif(${GMX_FFT_LIBRARY} STREQUAL "FFTW2")
 394 #    MESSAGE(STATUS "Using external FFT library - fftw2")
 395     if(GMX_DOUBLE)
 396         find_package(FFTW2 REQUIRED)
 397     else(GMX_DOUBLE)
 398         find_package(FFTW2F REQUIRED)
 399     endif(GMX_DOUBLE)
 400
 401     if(NOT FFTW2_FOUND)
 402            MESSAGE(FATAL_ERROR "Cannot find fftw2 (with correct precision). Fix it, choose another FFT library, or use the Gromacs built-in fftpack (slower)!")
 403     endif(NOT FFTW2_FOUND)
 404     include_directories(${FFTW2_INCLUDE_DIR})
 405     list(APPEND GMX_EXTRA_LIBRARIES ${FFTW2_LIBRARIES})
 406
 407     if("${FFTW2_LIBRARIES}" MATCHES "dfftw")
 408         set(FFTW2_NAME_DFFTW 1)
 409     elseif("${FFTW2_LIBRARIES}" MATCHES "sfftw")
 410         set(FFTW2_NAME_SFFTW 1)
 411     else("${FFTW2_LIBRARIES}" MATCHES "dfftw")
 412         set(FFTW2_NAME_FFTW 1)
 413     endif("${FFTW2_LIBRARIES}" MATCHES "dfftw")
 414
 415     set(GMX_FFT_FFTW2 1)
 416 elseif(${GMX_FFT_LIBRARY} STREQUAL "MKL")
 417 #    MESSAGE(STATUS "Using external FFT library - Intel MKL")
 418     find_package(MKL REQUIRED)
 419     include_directories(${MKL_INCLUDE_DIR})
 420     list(APPEND GMX_EXTRA_LIBRARIES ${MKL_LIBRARIES})
 421
 422     set(GMX_FFT_MKL 1)
 423     set(HAVE_MKL 1)
 424
 425 #elseif(${GMX_FFT_LIBRARY} STREQUAL "ACML")
 426 #    MESSAGE(STATUS "Using external FFT library - AMD core math library")
 427 #    set(GMX_FFT_ACML 1)
 428 elseif(${GMX_FFT_LIBRARY} STREQUAL "FFTPACK")
 429     MESSAGE(STATUS "Using internal FFT library - fftpack")
 430     set(GMX_FFT_FFTPACK 1)
 431 else(${GMX_FFT_LIBRARY} STREQUAL "FFTW3")
 432     MESSAGE(FATAL_ERROR "Invalid FFT library setting: ${GMX_FFT_LIBRARY}. Choose one of: fftw3, fftw2, mkl, acml, fftpack")
 433 endif(${GMX_FFT_LIBRARY} STREQUAL "FFTW3")
 434
 435 # MKL has BLAS/LAPACK routines
 436 if(HAVE_MKL OR ACCELERATE_FRAMEWORK)
 437   set(GMX_EXTERNAL_BLAS TRUE CACHE BOOL "Use external BLAS instead of built-in")
 438   set(GMX_EXTERNAL_LAPACK TRUE CACHE BOOL "Use external LAPACK instead of built-in")
 439 else(HAVE_MKL OR ACCELERATE_FRAMEWORK)
 440   set(GMX_EXTERNAL_BLAS FALSE CACHE BOOL "Use external LAPACK instead of built-in")
 441   set(GMX_EXTERNAL_LAPACK FALSE CACHE BOOL "Use external LAPACK instead of built-in")
 442 endif(HAVE_MKL OR ACCELERATE_FRAMEWORK)
 443
 444 # Math and thread libraries must often come after all others when linking...
 445 if(HAVE_LIBM)
 446     list(APPEND GMX_EXTRA_LIBRARIES m)
 447 endif(HAVE_LIBM)
 448
 449
 450
 451 if(GMX_FAHCORE)
 452   set(COREWRAP_INCLUDE_DIR "${CMAKE_SOURCE_DIR}/../corewrap" CACHE STRING
 453       "Path to swindirect.h")
 454   include_directories(${COREWRAP_INCLUDE_DIR})
 455 endif(GMX_FAHCORE)
 456
 457 # # # # # # # # # # NO MORE TESTS AFTER THIS LINE! # # # # # # # # # # #
 458 set(CMAKE_C_FLAGS ${GROMACS_C_FLAGS} CACHE STRING "Compiler flags")
 459 set(CMAKE_EXE_LINKER_FLAGS ${GROMACS_LINKER_FLAGS} CACHE STRING "Linker flags")
 460
 461 ########################################################################
 462 # Specify install locations and which subdirectories to process        #
 463 ########################################################################
 464 set(LIB_INSTALL_DIR  ${CMAKE_INSTALL_PREFIX}/lib)
 465 set(BIN_INSTALL_DIR  ${CMAKE_INSTALL_PREFIX}/bin)
 466 set(DATA_INSTALL_DIR ${CMAKE_INSTALL_PREFIX}/share/gromacs)
 467 set(MAN_INSTALL_DIR  ${CMAKE_INSTALL_PREFIX}/share/man)
 468
 469 set(GMXLIBDIR        ${DATA_INSTALL_DIR}/top)
 470
 471
 472 add_subdirectory(share)
 473 add_subdirectory(include)
 474 add_subdirectory(man)
 475
 476 add_subdirectory(src)
 477
 478