man/man1/sigeps.1

   1 .TH sigeps 1 "Thu 16 Oct 2008"
   2 .SH NAME
   3 sigeps - convert c6/12 or c6/cn combinations to and from sigma/epsilon
   4
   5 .B VERSION 4.0
   6 .SH SYNOPSIS
   7 \f3sigeps\fP
   8 .BI "-o" " potje.xvg "
   9 .BI "-[no]h" ""
  10 .BI "-nice" " int "
  11 .BI "-[no]w" ""
  12 .BI "-[no]xvgr" ""
  13 .BI "-c6" " real "
  14 .BI "-cn" " real "
  15 .BI "-pow" " int "
  16 .BI "-sig" " real "
  17 .BI "-eps" " real "
  18 .BI "-A" " real "
  19 .BI "-B" " real "
  20 .BI "-C" " real "
  21 .BI "-qi" " real "
  22 .BI "-qj" " real "
  23 .BI "-sigfac" " real "
  24 .SH DESCRIPTION
  25 Sigeps is a simple utility that converts c6/c12 or c6/cn combinations
  26 to sigma and epsilon, or vice versa. It can also plot the potential
  27 in  file. In addition it makes an approximation of a Buckingham potential
  28 to a Lennard Jones potential.
  29 .SH FILES
  30 .BI "-o" " potje.xvg"
  31 .B Output
  32  xvgr/xmgr file
  33
  34 .SH OTHER OPTIONS
  35 .BI "-[no]h"  "no    "
  36  Print help info and quit
  37
  38 .BI "-nice"  " int" " 0"
  39  Set the nicelevel
  40
  41 .BI "-[no]w"  "no    "
  42  View output xvg, xpm, eps and pdb files
  43
  44 .BI "-[no]xvgr"  "yes   "
  45  Add specific codes (legends etc.) in the output xvg files for the xmgrace program
  46
  47 .BI "-c6"  " real" " 0.001 "
  48  c6
  49
  50 .BI "-cn"  " real" " 1e-06 "
  51  constant for repulsion
  52
  53 .BI "-pow"  " int" " 12"
  54  power of the repulsion term
  55
  56 .BI "-sig"  " real" " 0.3   "
  57  sig
  58
  59 .BI "-eps"  " real" " 1     "
  60  eps
  61
  62 .BI "-A"  " real" " 100000"
  63  Buckingham A
  64
  65 .BI "-B"  " real" " 32    "
  66  Buckingham B
  67
  68 .BI "-C"  " real" " 0.001 "
  69  Buckingham C
  70
  71 .BI "-qi"  " real" " 0     "
  72  qi
  73
  74 .BI "-qj"  " real" " 0     "
  75  qj
  76
  77 .BI "-sigfac"  " real" " 0.7   "
  78  Factor in front of sigma for starting the plot
  79