man/man1/mk_angndx.1

   1 .TH mk_angndx 1 "Thu 26 Aug 2010" "" "GROMACS suite, VERSION 4.5"
   2 .SH NAME
   3 mk_angndx - generates index files for g_angle
   4
   5 .B VERSION 4.5
   6 .SH SYNOPSIS
   7 \f3mk_angndx\fP
   8 .BI "\-s" " topol.tpr "
   9 .BI "\-n" " angle.ndx "
  10 .BI "\-[no]h" ""
  11 .BI "\-[no]version" ""
  12 .BI "\-nice" " int "
  13 .BI "\-type" " enum "
  14 .BI "\-[no]hyd" ""
  15 .BI "\-hq" " real "
  16 .SH DESCRIPTION
  17 \&mk_angndx makes an index file for calculation of
  18 \&angle distributions etc. It uses a run input file (\fB .tpx\fR) for the
  19 \&definitions of the angles, dihedrals etc.
  20 .SH FILES
  21 .BI "\-s" " topol.tpr"
  22 .B Input
  23  Run input file: tpr tpb tpa
  24
  25 .BI "\-n" " angle.ndx"
  26 .B Output
  27  Index file
  28
  29 .SH OTHER OPTIONS
  30 .BI "\-[no]h"  "no    "
  31  Print help info and quit
  32
  33 .BI "\-[no]version"  "no    "
  34  Print version info and quit
  35
  36 .BI "\-nice"  " int" " 0"
  37  Set the nicelevel
  38
  39 .BI "\-type"  " enum" " angle"
  40  Type of angle: \fB angle\fR, \fB dihedral\fR, \fB improper\fR or \fB ryckaert\-bellemans\fR
  41
  42 .BI "\-[no]hyd"  "yes   "
  43  Include angles with atoms with mass  1.5
  44
  45 .BI "\-hq"  " real" " \-1    "
  46  Ignore angles with atoms with mass  1.5 and |q|  hq
  47
  48 .SH SEE ALSO
  49 .BR gromacs(7)
  50
  51 More information about \fBGROMACS\fR is available at <\fIhttp://www.gromacs.org/\fR>.