man/man1/g_sorient.1

   1 .TH g_sorient 1 "Thu 26 Aug 2010" "" "GROMACS suite, VERSION 4.5"
   2 .SH NAME
   3 g_sorient - analyzes solvent orientation around solutes
   4
   5 .B VERSION 4.5
   6 .SH SYNOPSIS
   7 \f3g_sorient\fP
   8 .BI "\-f" " traj.xtc "
   9 .BI "\-s" " topol.tpr "
  10 .BI "\-n" " index.ndx "
  11 .BI "\-o" " sori.xvg "
  12 .BI "\-no" " snor.xvg "
  13 .BI "\-ro" " sord.xvg "
  14 .BI "\-co" " scum.xvg "
  15 .BI "\-rc" " scount.xvg "
  16 .BI "\-[no]h" ""
  17 .BI "\-[no]version" ""
  18 .BI "\-nice" " int "
  19 .BI "\-b" " time "
  20 .BI "\-e" " time "
  21 .BI "\-dt" " time "
  22 .BI "\-[no]w" ""
  23 .BI "\-xvg" " enum "
  24 .BI "\-[no]com" ""
  25 .BI "\-[no]v23" ""
  26 .BI "\-rmin" " real "
  27 .BI "\-rmax" " real "
  28 .BI "\-cbin" " real "
  29 .BI "\-rbin" " real "
  30 .BI "\-[no]pbc" ""
  31 .SH DESCRIPTION
  32 \&g_sorient analyzes solvent orientation around solutes.
  33 \&It calculates two angles between the vector from one or more
  34 \&reference positions to the first atom of each solvent molecule:
  35
  36 \&theta1: the angle with the vector from the first atom of the solvent
  37 \&molecule to the midpoint between atoms 2 and 3.
  38
  39 \&theta2: the angle with the normal of the solvent plane, defined by the
  40 \&same three atoms, or when the option \fB \-v23\fR is set
  41 \&the angle with the vector between atoms 2 and 3.
  42
  43 \&The reference can be a set of atoms or
  44 \&the center of mass of a set of atoms. The group of solvent atoms should
  45 \&consist of 3 atoms per solvent molecule.
  46 \&Only solvent molecules between \fB \-rmin\fR and \fB \-rmax\fR are
  47 \&considered for \fB \-o\fR and \fB \-no\fR each frame.
  48
  49
  50 \&\fB \-o\fR: distribtion of cos(theta1) for rmin=r=rmax.
  51
  52
  53 \&\fB \-no\fR: distribution of cos(theta2) for rmin=r=rmax.
  54
  55
  56 \&\fB \-ro\fR: cos(theta1) and 3cos2(theta2)\-1 as a function of the
  57 \&distance.
  58
  59
  60 \&\fB \-co\fR: the sum over all solvent molecules within distance r
  61 \&of cos(theta1) and 3cos2(theta2)\-1 as a function of r.
  62
  63
  64 \&\fB \-rc\fR: the distribution of the solvent molecules as a function of r
  65 .SH FILES
  66 .BI "\-f" " traj.xtc"
  67 .B Input
  68  Trajectory: xtc trr trj gro g96 pdb cpt
  69
  70 .BI "\-s" " topol.tpr"
  71 .B Input
  72  Structure+mass(db): tpr tpb tpa gro g96 pdb
  73
  74 .BI "\-n" " index.ndx"
  75 .B Input, Opt.
  76  Index file
  77
  78 .BI "\-o" " sori.xvg"
  79 .B Output
  80  xvgr/xmgr file
  81
  82 .BI "\-no" " snor.xvg"
  83 .B Output
  84  xvgr/xmgr file
  85
  86 .BI "\-ro" " sord.xvg"
  87 .B Output
  88  xvgr/xmgr file
  89
  90 .BI "\-co" " scum.xvg"
  91 .B Output
  92  xvgr/xmgr file
  93
  94 .BI "\-rc" " scount.xvg"
  95 .B Output
  96  xvgr/xmgr file
  97
  98 .SH OTHER OPTIONS
  99 .BI "\-[no]h"  "no    "
 100  Print help info and quit
 101
 102 .BI "\-[no]version"  "no    "
 103  Print version info and quit
 104
 105 .BI "\-nice"  " int" " 19"
 106  Set the nicelevel
 107
 108 .BI "\-b"  " time" " 0     "
 109  First frame (ps) to read from trajectory
 110
 111 .BI "\-e"  " time" " 0     "
 112  Last frame (ps) to read from trajectory
 113
 114 .BI "\-dt"  " time" " 0     "
 115  Only use frame when t MOD dt = first time (ps)
 116
 117 .BI "\-[no]w"  "no    "
 118  View output xvg, xpm, eps and pdb files
 119
 120 .BI "\-xvg"  " enum" " xmgrace"
 121  xvg plot formatting: \fB xmgrace\fR, \fB xmgr\fR or \fB none\fR
 122
 123 .BI "\-[no]com"  "no    "
 124  Use the center of mass as the reference postion
 125
 126 .BI "\-[no]v23"  "no    "
 127  Use the vector between atoms 2 and 3
 128
 129 .BI "\-rmin"  " real" " 0     "
 130  Minimum distance (nm)
 131
 132 .BI "\-rmax"  " real" " 0.5   "
 133  Maximum distance (nm)
 134
 135 .BI "\-cbin"  " real" " 0.02  "
 136  Binwidth for the cosine
 137
 138 .BI "\-rbin"  " real" " 0.02  "
 139  Binwidth for r (nm)
 140
 141 .BI "\-[no]pbc"  "no    "
 142  Check PBC for the center of mass calculation. Only necessary when your reference group consists of several molecules.
 143
 144 .SH SEE ALSO
 145 .BR gromacs(7)
 146
 147 More information about \fBGROMACS\fR is available at <\fIhttp://www.gromacs.org/\fR>.