man/man1/g_rotacf.1

   1 .TH g_rotacf 1 "Thu 26 Aug 2010" "" "GROMACS suite, VERSION 4.5"
   2 .SH NAME
   3 g_rotacf - calculates the rotational correlation function for molecules
   4
   5 .B VERSION 4.5
   6 .SH SYNOPSIS
   7 \f3g_rotacf\fP
   8 .BI "\-f" " traj.xtc "
   9 .BI "\-s" " topol.tpr "
  10 .BI "\-n" " index.ndx "
  11 .BI "\-o" " rotacf.xvg "
  12 .BI "\-[no]h" ""
  13 .BI "\-[no]version" ""
  14 .BI "\-nice" " int "
  15 .BI "\-b" " time "
  16 .BI "\-e" " time "
  17 .BI "\-dt" " time "
  18 .BI "\-[no]w" ""
  19 .BI "\-xvg" " enum "
  20 .BI "\-[no]d" ""
  21 .BI "\-[no]aver" ""
  22 .BI "\-acflen" " int "
  23 .BI "\-[no]normalize" ""
  24 .BI "\-P" " enum "
  25 .BI "\-fitfn" " enum "
  26 .BI "\-ncskip" " int "
  27 .BI "\-beginfit" " real "
  28 .BI "\-endfit" " real "
  29 .SH DESCRIPTION
  30 \&g_rotacf calculates the rotational correlation function
  31 \&for molecules. Three atoms (i,j,k) must be given in the index
  32 \&file, defining two vectors ij and jk. The rotational acf
  33 \&is calculated as the autocorrelation function of the vector
  34 \&n = ij x jk, i.e. the cross product of the two vectors.
  35 \&Since three atoms span a plane, the order of the three atoms
  36 \&does not matter. Optionally, controlled by the \-d switch, you can
  37 \&calculate the rotational correlation function for linear molecules
  38 \&by specifying two atoms (i,j) in the index file.
  39 \&
  40
  41
  42 \&EXAMPLES
  43
  44
  45 \&g_rotacf \-P 1 \-nparm 2 \-fft \-n index \-o rotacf\-x\-P1
  46 \&\-fa expfit\-x\-P1 \-beginfit 2.5 \-endfit 20.0
  47
  48
  49 \&This will calculate the rotational correlation function using a first
  50 \&order Legendre polynomial of the angle of a vector defined by the index
  51 \&file. The correlation function will be fitted from 2.5 ps till 20.0 ps
  52 \&to a two parameter exponential.
  53 \&
  54 .SH FILES
  55 .BI "\-f" " traj.xtc"
  56 .B Input
  57  Trajectory: xtc trr trj gro g96 pdb cpt
  58
  59 .BI "\-s" " topol.tpr"
  60 .B Input
  61  Run input file: tpr tpb tpa
  62
  63 .BI "\-n" " index.ndx"
  64 .B Input
  65  Index file
  66
  67 .BI "\-o" " rotacf.xvg"
  68 .B Output
  69  xvgr/xmgr file
  70
  71 .SH OTHER OPTIONS
  72 .BI "\-[no]h"  "no    "
  73  Print help info and quit
  74
  75 .BI "\-[no]version"  "no    "
  76  Print version info and quit
  77
  78 .BI "\-nice"  " int" " 19"
  79  Set the nicelevel
  80
  81 .BI "\-b"  " time" " 0     "
  82  First frame (ps) to read from trajectory
  83
  84 .BI "\-e"  " time" " 0     "
  85  Last frame (ps) to read from trajectory
  86
  87 .BI "\-dt"  " time" " 0     "
  88  Only use frame when t MOD dt = first time (ps)
  89
  90 .BI "\-[no]w"  "no    "
  91  View output xvg, xpm, eps and pdb files
  92
  93 .BI "\-xvg"  " enum" " xmgrace"
  94  xvg plot formatting: \fB xmgrace\fR, \fB xmgr\fR or \fB none\fR
  95
  96 .BI "\-[no]d"  "no    "
  97  Use index doublets (vectors) for correlation function instead of triplets (planes)
  98
  99 .BI "\-[no]aver"  "yes   "
 100  Average over molecules
 101
 102 .BI "\-acflen"  " int" " \-1"
 103  Length of the ACF, default is half the number of frames
 104
 105 .BI "\-[no]normalize"  "yes   "
 106  Normalize ACF
 107
 108 .BI "\-P"  " enum" " 0"
 109  Order of Legendre polynomial for ACF (0 indicates none): \fB 0\fR, \fB 1\fR, \fB 2\fR or \fB 3\fR
 110
 111 .BI "\-fitfn"  " enum" " none"
 112  Fit function: \fB none\fR, \fB exp\fR, \fB aexp\fR, \fB exp_exp\fR, \fB vac\fR, \fB exp5\fR, \fB exp7\fR or \fB exp9\fR
 113
 114 .BI "\-ncskip"  " int" " 0"
 115  Skip N points in the output file of correlation functions
 116
 117 .BI "\-beginfit"  " real" " 0     "
 118  Time where to begin the exponential fit of the correlation function
 119
 120 .BI "\-endfit"  " real" " \-1    "
 121  Time where to end the exponential fit of the correlation function, \-1 is until the end
 122
 123 .SH SEE ALSO
 124 .BR gromacs(7)
 125
 126 More information about \fBGROMACS\fR is available at <\fIhttp://www.gromacs.org/\fR>.