man/man1/g_principal.1

   1 .TH g_principal 1 "Thu 26 Aug 2010" "" "GROMACS suite, VERSION 4.5"
   2 .SH NAME
   3 g_principal - calculates axes of inertia for a group of atoms
   4
   5 .B VERSION 4.5
   6 .SH SYNOPSIS
   7 \f3g_principal\fP
   8 .BI "\-f" " traj.xtc "
   9 .BI "\-s" " topol.tpr "
  10 .BI "\-n" " index.ndx "
  11 .BI "\-a1" " axis1.dat "
  12 .BI "\-a2" " axis2.dat "
  13 .BI "\-a3" " axis3.dat "
  14 .BI "\-om" " moi.dat "
  15 .BI "\-[no]h" ""
  16 .BI "\-[no]version" ""
  17 .BI "\-nice" " int "
  18 .BI "\-b" " time "
  19 .BI "\-e" " time "
  20 .BI "\-dt" " time "
  21 .BI "\-tu" " enum "
  22 .BI "\-[no]w" ""
  23 .BI "\-[no]foo" ""
  24 .SH DESCRIPTION
  25 \&g_principal calculates the three principal axes of inertia for a group
  26 \&of atoms.
  27 .SH FILES
  28 .BI "\-f" " traj.xtc"
  29 .B Input
  30  Trajectory: xtc trr trj gro g96 pdb cpt
  31
  32 .BI "\-s" " topol.tpr"
  33 .B Input
  34  Structure+mass(db): tpr tpb tpa gro g96 pdb
  35
  36 .BI "\-n" " index.ndx"
  37 .B Input, Opt.
  38  Index file
  39
  40 .BI "\-a1" " axis1.dat"
  41 .B Output
  42  Generic data file
  43
  44 .BI "\-a2" " axis2.dat"
  45 .B Output
  46  Generic data file
  47
  48 .BI "\-a3" " axis3.dat"
  49 .B Output
  50  Generic data file
  51
  52 .BI "\-om" " moi.dat"
  53 .B Output
  54  Generic data file
  55
  56 .SH OTHER OPTIONS
  57 .BI "\-[no]h"  "no    "
  58  Print help info and quit
  59
  60 .BI "\-[no]version"  "no    "
  61  Print version info and quit
  62
  63 .BI "\-nice"  " int" " 19"
  64  Set the nicelevel
  65
  66 .BI "\-b"  " time" " 0     "
  67  First frame (ps) to read from trajectory
  68
  69 .BI "\-e"  " time" " 0     "
  70  Last frame (ps) to read from trajectory
  71
  72 .BI "\-dt"  " time" " 0     "
  73  Only use frame when t MOD dt = first time (ps)
  74
  75 .BI "\-tu"  " enum" " ps"
  76  Time unit: \fB fs\fR, \fB ps\fR, \fB ns\fR, \fB us\fR, \fB ms\fR or \fB s\fR
  77
  78 .BI "\-[no]w"  "no    "
  79  View output xvg, xpm, eps and pdb files
  80
  81 .BI "\-[no]foo"  "no    "
  82  Dummy option to avoid empty array
  83
  84 .SH SEE ALSO
  85 .BR gromacs(7)
  86
  87 More information about \fBGROMACS\fR is available at <\fIhttp://www.gromacs.org/\fR>.