man/man1/editconf.1

   1 .TH editconf 1 "Thu 26 Aug 2010" "" "GROMACS suite, VERSION 4.5"
   2 .SH NAME
   3 editconf - edits the box and writes subgroups
   4
   5 .B VERSION 4.5
   6 .SH SYNOPSIS
   7 \f3editconf\fP
   8 .BI "\-f" " conf.gro "
   9 .BI "\-n" " index.ndx "
  10 .BI "\-o" " out.gro "
  11 .BI "\-mead" " mead.pqr "
  12 .BI "\-bf" " bfact.dat "
  13 .BI "\-[no]h" ""
  14 .BI "\-[no]version" ""
  15 .BI "\-nice" " int "
  16 .BI "\-[no]w" ""
  17 .BI "\-[no]ndef" ""
  18 .BI "\-bt" " enum "
  19 .BI "\-box" " vector "
  20 .BI "\-angles" " vector "
  21 .BI "\-d" " real "
  22 .BI "\-[no]c" ""
  23 .BI "\-center" " vector "
  24 .BI "\-aligncenter" " vector "
  25 .BI "\-align" " vector "
  26 .BI "\-translate" " vector "
  27 .BI "\-rotate" " vector "
  28 .BI "\-[no]princ" ""
  29 .BI "\-scale" " vector "
  30 .BI "\-density" " real "
  31 .BI "\-[no]pbc" ""
  32 .BI "\-[no]grasp" ""
  33 .BI "\-rvdw" " real "
  34 .BI "\-sig56" " real "
  35 .BI "\-[no]vdwread" ""
  36 .BI "\-[no]atom" ""
  37 .BI "\-[no]legend" ""
  38 .BI "\-label" " string "
  39 .BI "\-[no]conect" ""
  40 .SH DESCRIPTION
  41 \&editconf converts generic structure format to \fB .gro\fR, \fB .g96\fR
  42 \&or \fB .pdb\fR.
  43 \&
  44
  45
  46 \&The box can be modified with options \fB \-box\fR, \fB \-d\fR and
  47 \&\fB \-angles\fR. Both \fB \-box\fR and \fB \-d\fR
  48 \&will center the system in the box, unless \fB \-noc\fR is used.
  49 \&
  50
  51
  52 \&Option \fB \-bt\fR determines the box type: \fB triclinic\fR is a
  53 \&triclinic box, \fB cubic\fR is a rectangular box with all sides equal
  54 \&\fB dodecahedron\fR represents a rhombic dodecahedron and
  55 \&\fB octahedron\fR is a truncated octahedron.
  56 \&The last two are special cases of a triclinic box.
  57 \&The length of the three box vectors of the truncated octahedron is the
  58 \&shortest distance between two opposite hexagons.
  59 \&The volume of a dodecahedron is 0.71 and that of a truncated octahedron
  60 \&is 0.77 of that of a cubic box with the same periodic image distance.
  61 \&
  62
  63
  64 \&Option \fB \-box\fR requires only
  65 \&one value for a cubic box, dodecahedron and a truncated octahedron.
  66 \&
  67
  68
  69 \&With \fB \-d\fR and a \fB triclinic\fR box the size of the system in the x, y
  70 \&and z directions is used. With \fB \-d\fR and \fB cubic\fR,
  71 \&\fB dodecahedron\fR or \fB octahedron\fR boxes, the dimensions are set
  72 \&to the diameter of the system (largest distance between atoms) plus twice
  73 \&the specified distance.
  74 \&
  75
  76
  77 \&Option \fB \-angles\fR is only meaningful with option \fB \-box\fR and
  78 \&a triclinic box and can not be used with option \fB \-d\fR.
  79 \&
  80
  81
  82 \&When \fB \-n\fR or \fB \-ndef\fR is set, a group
  83 \&can be selected for calculating the size and the geometric center,
  84 \&otherwise the whole system is used.
  85 \&
  86
  87
  88 \&\fB \-rotate\fR rotates the coordinates and velocities.
  89 \&
  90
  91
  92 \&\fB \-princ\fR aligns the principal axes of the system along the
  93 \&coordinate axes, this may allow you to decrease the box volume,
  94 \&but beware that molecules can rotate significantly in a nanosecond.
  95 \&
  96
  97
  98 \&Scaling is applied before any of the other operations are
  99 \&performed. Boxes and coordinates can be scaled to give a certain density (option
 100 \&\fB \-density\fR). Note that this may be inaccurate in case a gro
 101 \&file is given as input. A special feature of the scaling option, when the
 102 \&factor \-1 is given in one dimension, one obtains a mirror image,
 103 \&mirrored in one of the plains, when one uses \-1 in three dimensions
 104 \&a point\-mirror image is obtained.
 105
 106
 107 \&Groups are selected after all operations have been applied.
 108
 109
 110 \&Periodicity can be removed in a crude manner.
 111 \&It is important that the box sizes at the bottom of your input file
 112 \&are correct when the periodicity is to be removed.
 113 \&
 114
 115
 116 \&When writing \fB .pdb\fR files, B\-factors can be
 117 \&added with the \fB \-bf\fR option. B\-factors are read
 118 \&from a file with with following format: first line states number of
 119 \&entries in the file, next lines state an index
 120 \&followed by a B\-factor. The B\-factors will be attached per residue
 121 \&unless an index is larger than the number of residues or unless the
 122 \&\fB \-atom\fR option is set. Obviously, any type of numeric data can
 123 \&be added instead of B\-factors. \fB \-legend\fR will produce
 124 \&a row of CA atoms with B\-factors ranging from the minimum to the
 125 \&maximum value found, effectively making a legend for viewing.
 126 \&
 127
 128
 129 \&With the option \-mead a special pdb (pqr) file for the MEAD electrostatics
 130 \&program (Poisson\-Boltzmann solver) can be made. A further prerequisite
 131 \&is that the input file is a run input file.
 132 \&The B\-factor field is then filled with the Van der Waals radius
 133 \&of the atoms while the occupancy field will hold the charge.
 134 \&
 135
 136
 137 \&The option \-grasp is similar, but it puts the charges in the B\-factor
 138 \&and the radius in the occupancy.
 139 \&
 140
 141
 142 \&Option \fB \-align\fR allows alignment
 143 \&of the principal axis of a specified group against the given vector,
 144 \&with an optional center of rotation specified by \fB \-aligncenter\fR.
 145 \&
 146
 147
 148 \&Finally with option \fB \-label\fR editconf can add a chain identifier
 149 \&to a pdb file, which can be useful for analysis with e.g. rasmol.
 150 \&
 151
 152
 153 \&To convert a truncated octrahedron file produced by a package which uses
 154 \&a cubic box with the corners cut off (such as Gromos) use:
 155
 156 \&\fB editconf \-f in \-rotate 0 45 35.264 \-bt o \-box veclen \-o out\fR
 157
 158 \&where \fB veclen\fR is the size of the cubic box times sqrt(3)/2.
 159 .SH FILES
 160 .BI "\-f" " conf.gro"
 161 .B Input
 162  Structure file: gro g96 pdb tpr etc.
 163
 164 .BI "\-n" " index.ndx"
 165 .B Input, Opt.
 166  Index file
 167
 168 .BI "\-o" " out.gro"
 169 .B Output, Opt.
 170  Structure file: gro g96 pdb etc.
 171
 172 .BI "\-mead" " mead.pqr"
 173 .B Output, Opt.
 174  Coordinate file for MEAD
 175
 176 .BI "\-bf" " bfact.dat"
 177 .B Input, Opt.
 178  Generic data file
 179
 180 .SH OTHER OPTIONS
 181 .BI "\-[no]h"  "no    "
 182  Print help info and quit
 183
 184 .BI "\-[no]version"  "no    "
 185  Print version info and quit
 186
 187 .BI "\-nice"  " int" " 0"
 188  Set the nicelevel
 189
 190 .BI "\-[no]w"  "no    "
 191  View output xvg, xpm, eps and pdb files
 192
 193 .BI "\-[no]ndef"  "no    "
 194  Choose output from default index groups
 195
 196 .BI "\-bt"  " enum" " triclinic"
 197  Box type for \-box and \-d: \fB triclinic\fR, \fB cubic\fR, \fB dodecahedron\fR or \fB octahedron\fR
 198
 199 .BI "\-box"  " vector" " 0 0 0"
 200  Box vector lengths (a,b,c)
 201
 202 .BI "\-angles"  " vector" " 90 90 90"
 203  Angles between the box vectors (bc,ac,ab)
 204
 205 .BI "\-d"  " real" " 0     "
 206  Distance between the solute and the box
 207
 208 .BI "\-[no]c"  "no    "
 209  Center molecule in box (implied by \-box and \-d)
 210
 211 .BI "\-center"  " vector" " 0 0 0"
 212  Coordinates of geometrical center
 213
 214 .BI "\-aligncenter"  " vector" " 0 0 0"
 215  Center of rotation for alignment
 216
 217 .BI "\-align"  " vector" " 0 0 0"
 218  Align to target vector
 219
 220 .BI "\-translate"  " vector" " 0 0 0"
 221  Translation
 222
 223 .BI "\-rotate"  " vector" " 0 0 0"
 224  Rotation around the X, Y and Z axes in degrees
 225
 226 .BI "\-[no]princ"  "no    "
 227  Orient molecule(s) along their principal axes
 228
 229 .BI "\-scale"  " vector" " 1 1 1"
 230  Scaling factor
 231
 232 .BI "\-density"  " real" " 1000  "
 233  Density (g/l) of the output box achieved by scaling
 234
 235 .BI "\-[no]pbc"  "no    "
 236  Remove the periodicity (make molecule whole again)
 237
 238 .BI "\-[no]grasp"  "no    "
 239  Store the charge of the atom in the B\-factor field and the radius of the atom in the occupancy field
 240
 241 .BI "\-rvdw"  " real" " 0.12  "
 242  Default Van der Waals radius (in nm) if one can not be found in the database or if no parameters are present in the topology file
 243
 244 .BI "\-sig56"  " real" " 0     "
 245  Use rmin/2 (minimum in the Van der Waals potential) rather than sigma/2
 246
 247 .BI "\-[no]vdwread"  "no    "
 248  Read the Van der Waals radii from the file vdwradii.dat rather than computing the radii based on the force field
 249
 250 .BI "\-[no]atom"  "no    "
 251  Force B\-factor attachment per atom
 252
 253 .BI "\-[no]legend"  "no    "
 254  Make B\-factor legend
 255
 256 .BI "\-label"  " string" " A"
 257  Add chain label for all residues
 258
 259 .BI "\-[no]conect"  "no    "
 260  Add CONECT records to a pdb file when written. Can only be done when a topology is present
 261
 262 .SH KNOWN PROBLEMS
 263 \- For complex molecules, the periodicity removal routine may break down,
 264
 265 \- in that case you can use trjconv.
 266
 267 .SH SEE ALSO
 268 .BR gromacs(7)
 269
 270 More information about \fBGROMACS\fR is available at <\fIhttp://www.gromacs.org/\fR>.