CMakeLists.txt

   1 cmake_minimum_required(VERSION 2.6)
   2
   3 project(Gromacs)
   4 include(Dart)
   5 # PROJECT_VERSION should have the following structure:
   6 # VERSION[-dev-SUFFIX] where the VERSION can have any form and the suffix
   7 set(PROJECT_VERSION "4.0.99-dev-20100315"
   8     CACHE STRING "Gromacs version string")
   9
  10 # Cmake modules/macros are in a subdirectory to keep this file cleaner
  11 set(CMAKE_MODULE_PATH ${CMAKE_CURRENT_SOURCE_DIR}/cmake)
  12
  13 ########################################################################
  14 # User input options                                                   #
  15 ########################################################################
  16 option(GMX_DOUBLE "Use double precision" OFF)
  17 option(GMX_MPI    "Build a parallel (message-passing) version of GROMACS" OFF)
  18 option(GMX_THREADS    "Build a parallel (threaded-based) version of GROMACS: (doesn't work yet!)" ON)
  19 option(GMX_SOFTWARE_INVSQRT "Use GROMACS software 1/sqrt" ON)
  20 option(GMX_FAHCORE "Build a library with mdrun functionality" OFF)
  21 option(GMX_OPENMM "Accelerated execution on GPUs through the OpenMM library" OFF)
  22 set(GMX_ACCELERATION "none"
  23     CACHE STRING "Accelerated kernels. Pick one of: SSE, BlueGene, Power6, ia64, altivec")
  24
  25 set(GMX_FFT_LIBRARY "fftw3"
  26     CACHE STRING "FFT library choices: fftw3,fftw2,mkl,fftpack[built-in]")
  27 option(GMX_DISABLE_FFTW_MEASURE
  28        "Do not optimize FFTW setups (not needed with SSE)" OFF)
  29 set(GMX_QMMM_PROGRAM "none"
  30     CACHE STRING "QM package choices: none,gaussian,mopac,gamess")
  31 option(GMX_BROKEN_CALLOC "Work around broken calloc()" OFF)
  32 option(BUILD_SHARED_LIBS "Enable shared libraries (can be problematic with MPI)" OFF)
  33 option(GMX_MPI_IN_PLACE "Enable MPI_IN_PLACE for MPIs that have it defined" ON)
  34 option(GMX_DLOPEN "Compile with dlopen, needed to read VMD supported file formats" ON)
  35 mark_as_advanced(GMX_MPI_IN_PLACE)
  36
  37 enable_language(C)
  38
  39 option(GMX_IA32_ASM "Add SSE assembly files for IA32" OFF)
  40 option(GMX_X86_64_ASM "Add SSE assembly files for X86_64" OFF)
  41 option(USE_VERSION_H "Generate development version string/information" ON)
  42
  43 #######################################################################
  44 # Check for options incompatible with OpenMM build                    #
  45 #######################################################################
  46 if(GMX_OPENMM)
  47     cmake_minimum_required(VERSION 2.6.4)
  48     # we'll use the built-in fft to avoid unnecessary dependencies
  49     set (GMX_FFT_LIBRARY "fftpack")
  50     if(GMX_MPI)
  51         message(FATAL_ERROR "The OpenMM build is not compatible with MPI!")
  52     endif(GMX_MPI)
  53     if(GMX_THREADS)
  54         message(STATUS "Threads not compatible with OpenMM build, disabled")
  55         set(GMX_THREADS OFF)
  56     endif(GMX_THREADS)
  57     if(GMX_SOFTWARE_INVSQRT)
  58         set(GMX_SOFTWARE_INVSQRT OFF)
  59     endif(GMX_SOFTWARE_INVSQRT)
  60     if(NOT GMX_ACCELERATION MATCHES "none")
  61         message(WARNING "The OpenMM build does not support other acceleration modes!")
  62         set(GMX_ACCELERATION "none")
  63     endif()
  64     if(GMX_FAHCORE)
  65         message(FATAL_ERROR "The OpenMM build does not support FAH build!")
  66     endif(GMX_FAHCORE)
  67 endif(GMX_OPENMM)
  68
  69
  70 ########################################################################
  71 # Fix stupid flags on MSVC
  72 ########################################################################
  73 IF(CMAKE_GENERATOR MATCHES "Visual Studio")
  74     STRING(REPLACE /MD /MT CMAKE_C_FLAGS_RELEASE ${CMAKE_C_FLAGS_RELEASE})
  75     SET(CMAKE_C_FLAGS_RELEASE ${CMAKE_C_FLAGS_RELEASE} CACHE STRING "" FORCE)
  76     STRING(REPLACE /MD /MT CMAKE_C_FLAGS_DEBUG ${CMAKE_C_FLAGS_DEBUG})
  77     SET(CMAKE_C_FLAGS_DEBUG ${CMAKE_C_FLAGS_DEBUG} CACHE STRING "" FORCE)
  78 ENDIF(CMAKE_GENERATOR MATCHES "Visual Studio")
  79
  80 set(GMX_EXTRA_LIBRARIES)
  81
  82 ########################################################################
  83 #Process MPI settings
  84 ########################################################################
  85 if(GMX_MPI)
  86     if(GMX_THREADS)
  87         #message(FATAL_ERROR "Thread-based parallelization conflicts with MPI.")
  88         set(GMX_THREADS OFF CACHE BOOL
  89             "Thread-based parallelization conflicts with MPI." FORCE)
  90     endif(GMX_THREADS)
  91     find_package(MPI)
  92     if(MPI_FOUND)
  93         set(GROMACS_C_FLAGS ${GROMACS_FLAGS} ${MPI_COMPILE_FLAGS})
  94         set(GROMACS_LINKER_FLAGS ${GROMACS_LINKER_FLAGS} ${MPI_LINK_FLAGS})
  95
  96         include_directories(${MPI_INCLUDE_PATH})
  97         list(APPEND GMX_EXTRA_LIBRARIES ${MPI_LIBRARIES})
  98         add_definitions( -DMPI ) #for FAHCORE
  99         include(gmxTestMPI_IN_PLACE)
 100         if (GMX_MPI_IN_PLACE)
 101             gmx_test_mpi_in_place(MPI_IN_PLACE_EXISTS)
 102         endif (GMX_MPI_IN_PLACE)
 103     else(MPI_FOUND)
 104         message(FATAL_ERROR "MPI support requested, but no MPI compiler found.")
 105     endif(MPI_FOUND)
 106     include(gmxTestCatamount)
 107     gmx_test_catamount(GMX_CRAY_XT3)
 108     if(GMX_CRAY_XT3)
 109         set(GMX_NO_SYSTEM 1)
 110         set(GMX_NO_NICE 1)
 111     endif(GMX_CRAY_XT3)
 112     set(GMX_LIB_MPI 1)
 113 endif(GMX_MPI)
 114
 115 ########################################################################
 116 # Basic system tests (standard libraries, headers, functions, types)   #
 117 ########################################################################
 118 include(CheckIncludeFiles)
 119 check_include_files(string.h     HAVE_STRING_H)
 120 check_include_files(math.h       HAVE_MATH_H)
 121 check_include_files(limits.h     HAVE_LIMITS_H)
 122 check_include_files(memory.h     HAVE_MEMORY_H)
 123 check_include_files(unistd.h     HAVE_UNISTD_H)
 124 check_include_files(pwd.h        HAVE_PWD_H)
 125 check_include_files(stdint.h     HAVE_STDINT_H)
 126 check_include_files(stdlib.h     HAVE_STDLIB_H)
 127 check_include_files(pthread.h    HAVE_PTHREAD_H)
 128 check_include_files(dirent.h     HAVE_DIRENT_H)
 129 check_include_files(inttypes.h   HAVE_INTTYPES_H)
 130 check_include_files(regex.h      HAVE_REGEX_H)
 131 check_include_files(copyfile.h   HAVE_COPYFILE_H)
 132 check_include_files(sys/types.h  HAVE_SYS_TYPES_H)
 133 check_include_files(sys/stat.h   HAVE_SYS_STAT_H)
 134 check_include_files(sys/time.h   HAVE_SYS_TIME_H)
 135 check_include_files(rpc/rpc.h    HAVE_RPC_RPC_H)
 136 check_include_files("rpc/rpc.h;rpc/xdr.h"    HAVE_RPC_XDR_H)
 137 # SSE support
 138 check_include_files(xmmintrin.h  HAVE_XMMINTRIN_H)
 139 check_include_files(emmintrin.h  HAVE_EMMINTRIN_H)
 140 check_include_files(pmmintrin.h  HAVE_PMMINTRIN_H)
 141 check_include_files(smmintrin.h  HAVE_SMMINTRIN_H)
 142 check_include_files(io.h                 HAVE_IO_H)
 143
 144
 145 include(CheckFunctionExists)
 146 check_function_exists(strcasecmp        HAVE_STRCASECMP)
 147 check_function_exists(strdup            HAVE_STRDUP)
 148 check_function_exists(vprintf           HAVE_VPRINTF)
 149 check_function_exists(memcmp            HAVE_MEMCMP)
 150 check_function_exists(gettimeofday      HAVE_GETTIMEOFDAY)
 151 check_function_exists(isnan             HAVE_ISNAN)
 152 check_function_exists(_isnan            HAVE__ISNAN)
 153 check_function_exists(isfinite          HAVE_ISFINITE)
 154 check_function_exists(_isfinite         HAVE__ISFINITE)
 155 check_function_exists(fsync             HAVE_FSYNC)
 156 check_function_exists(_fileno           HAVE__FILENO)
 157 check_function_exists(fileno            HAVE_FILENO)
 158 check_function_exists(_commit           HAVE__COMMIT)
 159 check_function_exists(copyfile          HAVE_COPYFILE)
 160 # check_function_exists(CopyFile          HAVE_WIN_COPYFILE)
 161 # After large files? check_function_exists(fseeko     HAVE_FSEEKO)
 162
 163 include(CheckLibraryExists)
 164 check_library_exists(m sqrt "" HAVE_LIBM)
 165 check_library_exists(m cbrt "" HAVE_CBRT)
 166
 167 include(CheckTypeSize)
 168 check_type_size("bool"          SIZEOF_BOOL) # will also set HAVE_BOOL
 169 check_type_size("int"           SIZEOF_INT)
 170 check_type_size("long int"      SIZEOF_LONG_INT)
 171 check_type_size("long long int" SIZEOF_LONG_LONG_INT)
 172 check_type_size("off_t"         SIZEOF_OFF_T)
 173 check_type_size("void *"        SIZEOF_VOIDP)
 174
 175 # Check for some basic types that we *need*, so set these to int if they are not present
 176 check_type_size(uid_t uid_t)
 177 if(NOT uid_t)
 178   set(uid_t int)
 179 else(NOT uid_t)
 180   set(uid_t 0)
 181 endif(NOT uid_t)
 182
 183 check_type_size(gid_t gid_t)
 184 if(NOT gid_t)
 185   set(gid_t 1)
 186 else(NOT gid_t)
 187   set(gid_t 0)
 188 endif(NOT gid_t)
 189
 190 check_type_size(size_t size_t)
 191 if(NOT size_t)
 192   set(size_t int)
 193 else(NOT size_t)
 194   set(size_t 0)
 195 endif(NOT size_t)
 196
 197 check_type_size(off_t off_t)
 198 if(NOT off_t)
 199   set(off_t int)
 200 else(NOT off_t)
 201   set(off_t 0)
 202 endif(NOT off_t)
 203
 204 include(TestBigEndian)
 205 test_big_endian(GMX_INTEGER_BIG_ENDIAN)
 206
 207
 208
 209 ########################################################################
 210 # Find external packages                                               #
 211 ########################################################################
 212
 213 find_package(LibXml2)
 214 if(LIBXML2_FOUND)
 215     include_directories(${LIBXML2_INCLUDE_DIR})
 216     list(APPEND GMX_EXTRA_LIBRARIES ${LIBXML2_LIBRARIES})
 217     set(HAVE_LIBXML2 1)
 218 endif(LIBXML2_FOUND)
 219
 220 find_package(X11)
 221 # X11 includes/libraries are only set in the ngmx subdirectory!
 222 if(X11_FOUND)
 223     set(HAVE_X11 1)
 224 endif(X11_FOUND)
 225
 226 if(GMX_THREADS)
 227     include(ThreadMPI)
 228     set(THREAD_MPI_LIB thread_mpi)
 229     set(GMX_MPI 1)
 230     string(TOUPPER ${GMX_FFT_LIBRARY} ${GMX_FFT_LIBRARY})
 231     if(${GMX_FFT_LIBRARY} STREQUAL "FFTW2")
 232         message(FATAL_ERROR "FFTW2 can't be used with threads. Try fftw3 or mkl.")
 233     endif()
 234 endif(GMX_THREADS)
 235
 236 if(GMX_OPENMM)
 237     set(CUDA_BUILD_EMULATION OFF)
 238     find_package(CUDA 2.3 REQUIRED)
 239     add_definitions(-DGMX_OPENMM)
 240     if(CMAKE_BUILD_TYPE STREQUAL "DEBUG")
 241         set(CUDA_VERBOSE_BUILD ON)
 242     endif()
 243     find_package(OpenMM)
 244 endif(GMX_OPENMM)
 245
 246 if(APPLE)
 247    find_library(ACCELERATE_FRAMEWORK Accelerate)
 248    list(APPEND GMX_EXTRA_LIBRARIES ${ACCELERATE_FRAMEWORK})
 249 endif(APPLE)
 250
 251 # only bother with finding git and using version.h if the source is a git repo
 252 if(EXISTS "${CMAKE_SOURCE_DIR}/.git")
 253     if(USE_VERSION_H)
 254         # We need at least git v1.5.1 be able to parse git's date output. If not
 255         # fund or the version is too small, we can't generate version information.
 256         find_package(Git 1.5.1)
 257         if(NOT Git_FOUND OR Git_VERSION VERSION_LESS "1.5.1")
 258             message("No compatible git version found, won't be able to generate proper development version information.")
 259         endif()
 260     endif()
 261 else()
 262     set(USE_VERSION_H OFF)
 263 endif()
 264
 265 ########################################################################
 266 # Generate development version info for cache
 267 ########################################################################
 268 # set(GEN_VERSION_INFO_INTERNAL "ON")
 269 # include(gmxGenerateVersionString)
 270
 271 ########################################################################
 272 # Our own GROMACS tests
 273 ########################################################################
 274
 275 include(gmxCFlags)
 276 gmx_c_flags()
 277
 278 add_definitions( -DHAVE_CONFIG_H )
 279 include_directories(${CMAKE_BINARY_DIR}/src)
 280 include_directories(${CMAKE_SOURCE_DIR}/include)
 281
 282 include(gmxCheckBuildUserTime)
 283 gmx_check_build_user_time(BUILD_TIME BUILD_USER BUILD_MACHINE)
 284
 285 include(gmxTestFloatFormat)
 286 gmx_test_float_format(GMX_FLOAT_FORMAT_IEEE754
 287                       GMX_IEEE754_BIG_ENDIAN_BYTE_ORDER
 288                       GMX_IEEE754_BIG_ENDIAN_WORD_ORDER)
 289
 290 include(gmxTestLargeFiles)
 291 gmx_test_large_files(GMX_LARGEFILES)
 292
 293 include(gmxTestSignal)
 294 gmx_test_retsigtype(RETSIGTYPE)
 295
 296 include(gmxTestInline)
 297 gmx_test_inline(INLINE_KEYWORD)
 298
 299 include(gmxTestPipes)
 300 gmx_test_pipes(HAVE_PIPES)
 301
 302 include(gmxTestInlineASM)
 303 gmx_test_inline_asm_gcc_x86(GMX_X86_GCC_INLINE_ASM)
 304 gmx_test_inline_asm_msvc_x86(GMX_X86_MSVC_INLINE_ASM)
 305
 306
 307 include(gmxTestXDR)
 308 gmx_test_xdr(GMX_SYSTEM_XDR)
 309 if(NOT GMX_SYSTEM_XDR)
 310     set(GMX_INTERNAL_XDR 1)
 311 endif(NOT GMX_SYSTEM_XDR)
 312
 313 if(GMX_FORTRAN OR GMX_POWER6)
 314     enable_language(Fortran)
 315     include(FortranCInterface)
 316     discover_fortran_mangling(prefix isupper suffix extra_under_score found)
 317     if(extra_under_score)
 318         set(extrasuffix "_")
 319     endif(extra_under_score)
 320
 321     if(isupper)
 322         set(F77_FUNCDEF   "${prefix} ## NAME ## ${suffix}")
 323         set(F77_FUNCDEF_  "${prefix} ## NAME ## ${suffix}${extrasuffix}")
 324     else(isupper)
 325         set(F77_FUNCDEF   "${prefix} ## name ## ${suffix}")
 326         set(F77_FUNCDEF_  "${prefix} ## name ## ${suffix}${extrasuffix}")
 327     endif(isupper)
 328 else(GMX_FORTRAN OR GMX_POWER6)
 329         set(F77_FUNCDEF   "name ## _")
 330         set(F77_FUNCDEF_  "name ## _")
 331 endif(GMX_FORTRAN OR GMX_POWER6)
 332
 333
 334 # Process nonbonded accelerated kernels settings
 335 option(GMX_ASM_USECCOMPILER "Use C compiler for assembly" ON)
 336 string(TOUPPER ${GMX_ACCELERATION} ${GMX_ACCELERATION})
 337 if(${GMX_ACCELERATION} STREQUAL "NONE")
 338   # nothing to do
 339 elseif(${GMX_ACCELERATION} STREQUAL "SSE")
 340     if(HAVE_XMMINTRIN_H)
 341         if(GMX_IA32_ASM)
 342           option(GMX_ASM_USEASM-ATT "Use ATT-style assembly" ON)
 343           set(GMX_IA32_SSE 1)
 344         else(GMX_IA32_ASM) #only use intrinsic if not using the ASM loops
 345           set(GMX_SSE 1)
 346         endif(GMX_IA32_ASM)
 347     endif(HAVE_XMMINTRIN_H)
 348     if(HAVE_EMMINTRIN_H)
 349         if(GMX_X86_64_ASM)
 350           option(GMX_ASM_USEASM-ATT "Use ATT-style assembly" ON)
 351           set(GMX_X86_64_SSE 1)
 352         else(GMX_X86_64_ASM)  #only use intrinsic if not using the ASM loops
 353           if(NOT GMX_IA32_ASM)
 354             set(GMX_SSE2 1)
 355           endif(NOT GMX_IA32_ASM)
 356         endif(GMX_X86_64_ASM)
 357     endif(HAVE_EMMINTRIN_H)
 358 #    if(HAVE_PMMINTRIN_H)
 359 #        set(GMX_SSE3 1)
 360 #    endif(HAVE_PMMINTRIN_H)
 361 #    if(HAVE_SMMINTRIN_H)
 362 #        set(GMX_SSE4_1 1)
 363 #    endif(HAVE_SMMINTRIN_H)
 364
 365 elseif(${GMX_ACCELERATION} STREQUAL "FORTRAN")
 366     set(GMX_FORTRAN 1)
 367 elseif(${GMX_ACCELERATION} STREQUAL "BLUEGENE")
 368     set(GMX_BLUEGENE 1)
 369 elseif(${GMX_ACCELERATION} STREQUAL "POWER6")
 370     set(GMX_POWER6 1)
 371 elseif(${GMX_ACCELERATION} STREQUAL "IA64")
 372     set(GMX_IA64_ASM 1)
 373     set(DISABLE_WATERWATER_NLIST 1)
 374     set(DISABLE_WATER_NLIST 1)
 375 elseif(${GMX_ACCELERATION} STREQUAL "ALTIVEC")
 376     check_include_files(altivec.h HAVE_ALTIVEC_H)
 377     if(HAVE_ALTIVEC_H)
 378         set(GMX_PPC_ALTIVEC 1)
 379     endif(HAVE_ALTIVEC_H)
 380 else(${GMX_ACCELERATION} STREQUAL "NONE")
 381     MESSAGE(FATAL_ERROR "Unrecognized option for accelerated kernels: ${GMX_ACCELERATION}. Pick one of none, SSE, Fortran, BlueGene, Power6, ia64, altivec")
 382 endif(${GMX_ACCELERATION} STREQUAL "NONE")
 383
 384
 385
 386
 387
 388
 389
 390 # Process QM/MM Settings
 391 string(TOUPPER ${GMX_QMMM_PROGRAM} ${GMX_QMMM_PROGRAM})
 392 if(${GMX_QMMM_PROGRAM} STREQUAL "GAUSSIAN")
 393     set(GMX_QMMM_GAUSSIAN 1)
 394 elseif(${GMX_QMMM_PROGRAM} STREQUAL "MOPAC")
 395     set(GMX_QMMM_MOPAC 1)
 396 elseif(${GMX_QMMM_PROGRAM} STREQUAL "GAMESS")
 397     set(GMX_QMMM_GAMESS 1)
 398 elseif(${GMX_QMMM_PROGRAM} STREQUAL "NONE")
 399     # nothing to do
 400 else(${GMX_QMMM_PROGRAM} STREQUAL "GAUSSIAN")
 401     MESSAGE(FATAL_ERROR "Invalid QM/MM program option: ${GMX_QMMM_PROGRAM}. Choose one of: Gaussian, Mopac, Gamess, None")
 402 endif(${GMX_QMMM_PROGRAM} STREQUAL "GAUSSIAN")
 403
 404 # Process FFT library settings - if not OpenMM build
 405 string(TOUPPER ${GMX_FFT_LIBRARY} ${GMX_FFT_LIBRARY})
 406 if(${GMX_FFT_LIBRARY} STREQUAL "FFTW3")
 407 #    MESSAGE(STATUS "Using external FFT library - fftw3")
 408     if(GMX_DOUBLE)
 409         find_package(FFTW3 REQUIRED)
 410     else(GMX_DOUBLE)
 411         find_package(FFTW3F REQUIRED)
 412     endif(GMX_DOUBLE)
 413
 414     if(NOT FFTW3_FOUND)
 415         MESSAGE(FATAL_ERROR "Cannot find fftw3 (with correct precision). Fix it, choose another FFT library, or use the Gromacs built-in fftpack (slower)!")
 416     endif(NOT FFTW3_FOUND)
 417
 418     set(GMX_FFT_FFTW3 1)
 419     include_directories(${FFTW3_INCLUDE_DIR})
 420     list(APPEND GMX_EXTRA_LIBRARIES ${FFTW3_LIBRARIES})
 421
 422 elseif(${GMX_FFT_LIBRARY} STREQUAL "FFTW2")
 423 #    MESSAGE(STATUS "Using external FFT library - fftw2")
 424     if(GMX_DOUBLE)
 425         find_package(FFTW2 REQUIRED)
 426     else(GMX_DOUBLE)
 427         find_package(FFTW2F REQUIRED)
 428     endif(GMX_DOUBLE)
 429
 430     if(NOT FFTW2_FOUND)
 431            MESSAGE(FATAL_ERROR "Cannot find fftw2 (with correct precision). Fix it, choose another FFT library, or use the Gromacs built-in fftpack (slower)!")
 432     endif(NOT FFTW2_FOUND)
 433     include_directories(${FFTW2_INCLUDE_DIR})
 434     list(APPEND GMX_EXTRA_LIBRARIES ${FFTW2_LIBRARIES})
 435
 436     if("${FFTW2_LIBRARIES}" MATCHES "dfftw")
 437         set(FFTW2_NAME_DFFTW 1)
 438     elseif("${FFTW2_LIBRARIES}" MATCHES "sfftw")
 439         set(FFTW2_NAME_SFFTW 1)
 440     else("${FFTW2_LIBRARIES}" MATCHES "dfftw")
 441         set(FFTW2_NAME_FFTW 1)
 442     endif("${FFTW2_LIBRARIES}" MATCHES "dfftw")
 443
 444     set(GMX_FFT_FFTW2 1)
 445 elseif(${GMX_FFT_LIBRARY} STREQUAL "MKL")
 446 #    MESSAGE(STATUS "Using external FFT library - Intel MKL")
 447     find_package(MKL REQUIRED)
 448     include_directories(${MKL_INCLUDE_DIR})
 449     list(APPEND GMX_EXTRA_LIBRARIES ${MKL_LIBRARIES})
 450
 451     set(GMX_FFT_MKL 1)
 452     set(HAVE_MKL 1)
 453
 454 #elseif(${GMX_FFT_LIBRARY} STREQUAL "ACML")
 455 #    MESSAGE(STATUS "Using external FFT library - AMD core math library")
 456 #    set(GMX_FFT_ACML 1)
 457 elseif(${GMX_FFT_LIBRARY} STREQUAL "FFTPACK")
 458     MESSAGE(STATUS "Using internal FFT library - fftpack")
 459     set(GMX_FFT_FFTPACK 1)
 460 else(${GMX_FFT_LIBRARY} STREQUAL "FFTW3")
 461     MESSAGE(FATAL_ERROR "Invalid FFT library setting: ${GMX_FFT_LIBRARY}. Choose one of: fftw3, fftw2, mkl, acml, fftpack")
 462 endif(${GMX_FFT_LIBRARY} STREQUAL "FFTW3")
 463
 464 # MKL has BLAS/LAPACK routines
 465 if(HAVE_MKL OR ACCELERATE_FRAMEWORK)
 466   set(GMX_EXTERNAL_BLAS TRUE CACHE BOOL "Use external BLAS instead of built-in")
 467   set(GMX_EXTERNAL_LAPACK TRUE CACHE BOOL "Use external LAPACK instead of built-in")
 468 else(HAVE_MKL OR ACCELERATE_FRAMEWORK)
 469   set(GMX_EXTERNAL_BLAS FALSE CACHE BOOL "Use external LAPACK instead of built-in")
 470   set(GMX_EXTERNAL_LAPACK FALSE CACHE BOOL "Use external LAPACK instead of built-in")
 471 endif(HAVE_MKL OR ACCELERATE_FRAMEWORK)
 472
 473 # Math and thread libraries must often come after all others when linking...
 474 if(HAVE_LIBM)
 475     list(APPEND GMX_EXTRA_LIBRARIES m)
 476 endif(HAVE_LIBM)
 477
 478
 479
 480 if(GMX_FAHCORE)
 481   set(COREWRAP_INCLUDE_DIR "${CMAKE_SOURCE_DIR}/../corewrap" CACHE STRING
 482       "Path to swindirect.h")
 483   include_directories(${COREWRAP_INCLUDE_DIR})
 484 endif(GMX_FAHCORE)
 485
 486 # # # # # # # # # # NO MORE TESTS AFTER THIS LINE! # # # # # # # # # # #
 487 set(CMAKE_C_FLAGS ${GROMACS_C_FLAGS} CACHE STRING "Compiler flags")
 488 set(CMAKE_EXE_LINKER_FLAGS ${GROMACS_LINKER_FLAGS} CACHE STRING "Linker flags")
 489
 490 ########################################################################
 491 # Specify install locations and which subdirectories to process        #
 492 ########################################################################
 493 set(LIB_INSTALL_DIR  ${CMAKE_INSTALL_PREFIX}/lib)
 494 set(BIN_INSTALL_DIR  ${CMAKE_INSTALL_PREFIX}/bin)
 495 set(DATA_INSTALL_DIR ${CMAKE_INSTALL_PREFIX}/share/gromacs)
 496 set(MAN_INSTALL_DIR  ${CMAKE_INSTALL_PREFIX}/share/man)
 497
 498 set(GMXLIBDIR        ${DATA_INSTALL_DIR}/top)
 499
 500
 501 add_subdirectory(share)
 502 add_subdirectory(include)
 503 add_subdirectory(man)
 504
 505 add_subdirectory(src)
 506
 507