configure.ac

   1 #######################################################################
   2 # Process this file wth autoconf to produce a configure script.
   3 #######################################################################
   4
   5 AC_PREREQ(2.50)
   6 AC_INIT(gromacs, 4.0.99-dev-20100305, [gmx-users@gromacs.org])
   7 AC_CONFIG_SRCDIR(src/gmxlib/3dview.c)
   8 AC_CONFIG_AUX_DIR(config)
   9 AC_CANONICAL_HOST
  10
  11 AM_INIT_AUTOMAKE(tar-ustar)
  12 AC_PREFIX_DEFAULT(/usr/local/gromacs)
  13
  14 AM_CONFIG_HEADER(src/config.h)
  15 dnl This is the version info according to the libtool versioning system.
  16 dnl It does *not* correspond to the release number.
  17 SHARED_VERSION_INFO="5:0:0"
  18 AC_SUBST(SHARED_VERSION_INFO)
  19
  20 AC_DISABLE_SHARED
  21
  22
  23 #######################################################################
  24 # Simple options and makefile variables
  25 #######################################################################
  26
  27 ### Single/Double
  28 AC_ARG_ENABLE(float,
  29              [AC_HELP_STRING([--disable-float],
  30                              [Use double instead of single precision])],, enable_float=yes)
  31
  32 AC_ARG_ENABLE(double,
  33              [AC_HELP_STRING([--enable-double],
  34                              [Same effect as --disable-float])],, enable_double=no)
  35 if test "$enable_double" = "yes"; then
  36    enable_float=no;
  37 fi
  38 if test "$enable_float" = "no"; then
  39   AC_DEFINE(GMX_DOUBLE,,[Compile in double precision])
  40 fi
  41 AM_CONDITIONAL([GMX_DOUBLE],[test "$enable_float" = "no"])
  42
  43
  44
  45 ### Fortran or not
  46 AC_ARG_ENABLE(fortran,
  47              [AC_HELP_STRING([--enable-fortran],
  48                              [Use Fortran kernels])],,
  49 [case "${host_cpu}-${host_os}" in
  50   sparc*-solaris* | alpha*-* | rs6000*-aix* | powerpc*-aix* | mips*-irix*) enable_fortran=yes ;;
  51   *) enable_fortran=no ;;
  52  esac])
  53 if test "$enable_fortran" = "yes"; then
  54   AC_DEFINE(GMX_FORTRAN,,[Enable Fortran support])
  55 fi
  56 # Generic fortran kernels will be turned off below if you enable power6-specific optimization!
  57 # always use CC for linking:
  58 AC_SUBST(F77LINK,"\$(LINK)")
  59
  60
  61
  62
  63
  64 ### MPI or not
  65 AC_ARG_ENABLE(mpi,
  66               [AC_HELP_STRING([--enable-mpi],
  67                               [Compile for parallel runs using MPI]
  68                               [(instead of threads)])],,enable_mpi=no)
  69
  70
  71 ### MPI environment
  72 AC_ARG_ENABLE(mpi-environment,
  73               [AC_HELP_STRING([--enable-mpi-environment=VAR],
  74                               [Only start parallel runs when VAR is set])],,
  75 [case "${host_cpu}" in
  76   mips*-irix*) enable_mpi_environment="MPI_ENVIRONMENT" ;;
  77   *) enable_mpi_environment=no ;;
  78 esac])
  79 if test "$enable_mpi_environment" != "no"; then
  80   AC_DEFINE_UNQUOTED(GMX_CHECK_MPI_ENV,"$enable_mpi_environment",[If defined, only start MPI runs when this variable is set])
  81 fi
  82
  83 ### MPI_IN_PLACE
  84 AC_ARG_ENABLE(mpi-in-place,
  85               [AC_HELP_STRING([--disable-mpi-in-place],
  86                               [Disable MPI_IN_PLACE. For MPI implementations]
  87                               [that have broken support for it ]
  88                               [(some versions of MPICH, for example).])],, enable_mpi_in_place=yes)
  89
  90
  91
  92 AC_ARG_ENABLE(debug,
  93               [AC_HELP_STRING([--enable-debug],
  94                               [Add -g to other command line arguments])],,enable_debug=no)
  95
  96 ### IA32 assembly code
  97 AC_ARG_ENABLE(ia32_sse,
  98               [AC_HELP_STRING([--disable-ia32-sse],
  99                               [Don't build SSE/SSE2 assembly loops on ia32])],,enable_ia32_sse=yes)
 100
 101 case "${host_cpu}-${host_vendor}" in
 102    i?86-*) ;;
 103    *) enable_ia32_sse=no ;;
 104 esac
 105
 106 ### AMD64 assembly code
 107 AC_ARG_ENABLE(x86_64_sse,
 108               [AC_HELP_STRING([--disable-x86-64-sse],
 109                               [Don't build SSE assembly loops on X86_64])],,enable_x86_64_sse=yes)
 110 case "${host_cpu}-${host_vendor}" in
 111    x86_64-* | amd64-*) ;;
 112    i?86-apple) ;;
 113    *) enable_x86_64_sse=no ;;
 114 esac
 115
 116
 117 ### Altivec on powerpc (motorola)
 118 AC_ARG_ENABLE(ppc_altivec,
 119               [AC_HELP_STRING([--disable-ppc-altivec],
 120                               [Don't build Altivec loops on PowerPC])],,enable_ppc_altivec=undef)
 121 # Power3/4/5 running AIX does not support altivec. We identify this with vendor=IBM.
 122 # IBM powerpc 970 boxes run linux, and have vendor=unknown.
 123 if test "$enable_ppc_altivec" = "undef"; then
 124   case "${host_cpu}-${host_vendor}" in
 125     ppc*-ibm* | powerpc*-ibm*) enable_ppc_altivec=no ;;
 126     ppc*-* | powerpc*-*) enable_ppc_altivec=yes ;;
 127     *) enable_ppc_altivec=no ;;
 128   esac
 129 fi
 130
 131
 132
 133 ### ia64 assembly code
 134 AC_ARG_ENABLE(ia64_asm,
 135               [AC_HELP_STRING([--disable-ia64-asm],
 136                               [Don't build assembly loops on ia64])],,enable_ia64_asm=yes)
 137 case "${host_cpu}" in
 138    ia64) ;;
 139    *) enable_ia64_asm=no ;;
 140 esac
 141
 142
 143 # IBM Power6-specific optimization
 144 AC_ARG_ENABLE(power6,
 145              [AC_HELP_STRING([--enable-power6],
 146                              [Use IBM Pwr6/PPC440/PPC450-specific F77 kernels])],,enable_power6=no)
 147 # Turn off generic fortran loops if we are using power6-specific optimization
 148 if test "$enable_power6" = "yes"; then
 149   enable_fortran=no;
 150 fi
 151
 152 AC_ARG_ENABLE(bluegene,
 153               [AC_HELP_STRING([--enable-bluegene],
 154                               [Build assembly intrinsics kernels on bluegene])],,enable_bluegene=no)
 155
 156
 157 ### Optimize for host cpu version
 158 AC_ARG_ENABLE(cpu-optimization,
 159               [AC_HELP_STRING([--disable-cpu-optimization],
 160                               [No detection or tuning flags for cpu version])],, enable_cpu_optimization=yes)
 161
 162
 163 ### Do software 1/sqrt(x)
 164 AC_ARG_ENABLE(software-invsqrt,
 165               [AC_HELP_STRING([--disable-software-invsqrt],
 166                               [No software 1/sqrt (disabled on sgi,ibm,ia64)])],,
 167 [case "${host_cpu}-${host_os}" in
 168   mips*-irix* | rs6000*-aix* | powerpc*-aix | ia64*-*) enable_software_invsqrt=no ;;
 169   *) enable_software_invsqrt=yes ;;
 170 esac])
 171 if test "$enable_software_invsqrt" = "yes"; then
 172   AC_DEFINE(GMX_SOFTWARE_INVSQRT,,[Use the GROMACS software 1/sqrt(x)])
 173 fi
 174 AM_CONDITIONAL([GMX_SOFTWARE_INVSQRT],[test "$enable_software_invsqrt" = "yes"])
 175
 176 AC_ARG_ENABLE(fahcore,
 177               [AC_HELP_STRING([--enable-fahcore],
 178                               [Create a library with mdrun functionality])],, enable_fahcore=no)
 179
 180
 181
 182 # The four options below used to improve code scheduling, but the newest CPUs can usually rearrange
 183 # instructions dynamically at runtime, so they might not make much difference now:
 184
 185
 186 AC_ARG_ENABLE(all-static,
 187               [AC_HELP_STRING([--enable-all-static],
 188                               [Make completely static binaries])],, enable_all_static=no)
 189 # Dont add the -all-static flag until after the compiler test.
 190
 191
 192 # FFT libraries - only use one...
 193 AC_ARG_WITH(fft,
 194             [AC_HELP_STRING([--with-fft=@<:@fftw3/fftw2/mkl(>=6.0)/fftpack@:>@],
 195                             [FFT library to use. fftw3 is default, fftpack built in.])],,
 196                              with_fft=fftw3)
 197
 198 AC_ARG_ENABLE(fftw-measure,
 199             [AC_HELP_STRING([--disable-fftw-measure],
 200                             [Dont optimize FFTs. This produces binary exactly]
 201                             [reproducible runs (as the -reprod flag to mdrun),]
 202                             [and if you are using FFTW on x86 and specified its]
 203                             [--enable-sse/sse2 flag (NOT default in FFTW!) the]
 204                             [kernels used are close-to-optimal anyway.])],,
 205                              enable_fftw_measure=yes)
 206
 207
 208 AC_ARG_ENABLE(threads,
 209               [AC_HELP_STRING([--disable-threads],
 210                               [Disable parallel runs using threads])],,enable_threads=yes)
 211
 212
 213 ### Use external BLAS/LAPACK libraries if the user wants to.
 214 ###
 215 AC_ARG_WITH(external_blas,
 216             [AC_HELP_STRING([--with-external-blas],
 217                             [Use system BLAS library (add to LIBS). Automatic on OS X.])],,
 218 [
 219 # default action - check if we are on OS X
 220 case "${host_vendor}-${host_os}" in
 221   apple-darwin*) with_external_blas="yes" ; extra_LDFLAGS="-framework Accelerate" ;;
 222   *)             with_external_blas="no"  ;;
 223 esac
 224 ])
 225 AM_CONDITIONAL([GMX_EXTERNAL_BLAS], [test "$with_external_blas" = "yes"])
 226
 227
 228 AC_ARG_WITH(external_lapack,
 229             [AC_HELP_STRING([--with-external-lapack],
 230                             [Use system LAPACK library (add to LIBS). Automatic on OS X.])],,
 231 [
 232 # default action - check if we are on OS X
 233 case "${host_vendor}-${host_os}" in
 234   apple-darwin*) with_external_lapack="yes" ; extra_LDFLAGS="-framework Accelerate" ;;
 235   *)             with_external_lapack="no"  ;;
 236 esac
 237 ])
 238 AM_CONDITIONAL([GMX_EXTERNAL_LAPACK], [test "$with_external_lapack" = "yes"])
 239
 240
 241
 242
 243 AC_ARG_WITH(qmmm_gaussian,
 244               [AC_HELP_STRING([--without-qmmm-gaussian],
 245                               [Use modified Gaussian0x for QM-MM (see website)])],,with_qmmm_gaussian=yes)
 246 if test "$with_qmmm_gaussian" = "yes"; then
 247   AC_DEFINE(GMX_QMMM_GAUSSIAN,,[Use (modified) Gaussian0x for QM-MM calculations])
 248 fi
 249
 250
 251 AC_ARG_WITH(qmmm_gamess,
 252               [AC_HELP_STRING([--without-qmmm-gamess],
 253                               [Use modified Gamess-UK for QM-MM (see website)])],,with_qmmm_gamess=no)
 254 if test "$with_qmmm_gamess" = "yes"; then
 255   AC_DEFINE(GMX_QMMM_GAMESS,,[Use (modified) Gamess-UK for QM-MM calculations])
 256 fi
 257
 258
 259 AC_ARG_WITH(qmmm_mopac,
 260               [AC_HELP_STRING([--without-qmmm-mopac],
 261                               [Use modified Mopac 7 for QM-MM (see website)])],,with_qmmm_mopac=no)
 262 if test "$with_qmmm_mopac" = "yes"; then
 263   AC_DEFINE(GMX_QMMM_MOPAC,,[Use (modified) Mopac 7 for QM-MM calculations])
 264 fi
 265
 266 AC_ARG_WITH(dlopen,
 267             [AC_HELP_STRING([--without-dlopen],
 268                             [do not compile with dlopen, needed to read VMD]
 269                             [supported file formats])],,with_dlopen=yes)
 270
 271
 272
 273
 274
 275 ############################################################
 276 # Add some debug info: Who is building, and on what machine?
 277 ############################################################
 278 AC_DEFINE_UNQUOTED([BUILD_TIME],["`date`"],[Date and time for build])
 279 AC_DEFINE_UNQUOTED([BUILD_USER],["`whoami`@`hostname`"],[User doing build])
 280 AC_DEFINE_UNQUOTED([BUILD_MACHINE],["`uname -srm`"],[Hardware and OS version for build host])
 281
 282
 283 ############################################################
 284 # Checks for requirements for version information generation
 285 ############################################################
 286 generate_version=no
 287 if test -d $srcdir/.git ; then
 288     AC_CHECK_PROG(have_git, git, yes, no)
 289     if test "$have_git" = "yes" ; then
 290         AC_MSG_CHECKING(for git >= 1.5.1)
 291         if test "`git --version`" \< "git version 1.5.1" ; then
 292             AC_MSG_RESULT(no)
 293         else
 294             AC_MSG_RESULT(yes)
 295             generate_version=yes
 296             AC_DEFINE(USE_VERSION_H,,[Use generated version info])
 297         fi
 298     fi
 299     if test "$generate_version" = "no" ; then
 300         AC_MSG_WARN([No compatible git version found, won't be able to generate proper development version information.])
 301     fi
 302 fi
 303 AM_CONDITIONAL([USE_VERSION_H],[test "$generate_version" = "yes"])
 304
 305
 306 ############################################################
 307 # Checks for programs
 308 ############################################################
 309
 310 # normally we use the default compiler, but on alpha/linux we try the compaq ones first
 311 case "${host_cpu}-${host_os}" in
 312   alpha*-linux*)
 313     cc_names="ccc cc gcc"
 314     f77_names="fort f77 g77"
 315     ;;
 316   *)
 317     cc_names="cc icc xlc gcc"
 318     f77_names="f77 ifort xlf xlf77 cf77 fl32 g77 fort77 f90 xlf90 pgf77 cf77 fort fort77 pgf90"
 319     ;;
 320 esac
 321 # the (non-mpi) c compiler, which is also used for programs executed during build stage
 322 AC_PROG_CC( $cc_names )
 323 # Check for environment variable CC_FOR_BUILD before overwriting it
 324 if test -z "$CC_FOR_BUILD"; then
 325   CC_FOR_BUILD=$CC
 326 fi
 327 AC_SUBST(CC_FOR_BUILD)
 328
 329 if test "$enable_fortran" = "yes"; then
 330   AC_PROG_F77( $f77_names )
 331   if test -z "$F77"; then
 332     AC_MSG_ERROR([No fortran compiler found])
 333   fi
 334 fi
 335
 336 AM_PROG_AS( $CC )
 337
 338 # if we are using mpi, also get an MPICC. We cannot set that in the PROG_CC macro
 339 # above, since autoconf checks that the created file can be executed. This would
 340 # fail on platforms where MPI executables can only be run through a batchqueue.
 341
 342 if test "$enable_mpi" = "yes"; then
 343   enable_threads="no"
 344   AC_CHECK_PROGS(MPICC, mpxlc mpicc mpcc hcc, $CC)
 345 # now change the normal cc to the MPI one - see the comment above.
 346   CC=$MPICC
 347   CXX=$MPICC
 348   AC_MSG_CHECKING([whether the MPI cc command works]) # be paranoid
 349   AC_TRY_LINK([#include <mpi.h>],[int argc; char **argv; MPI_Init(&argc,&argv);],
 350 AC_MSG_RESULT([yes]),AC_MSG_ERROR([Cannot compile and link MPI code with $CC]))
 351   AC_DEFINE(GMX_MPI,,[Make a parallel version of GROMACS using MPI])
 352   AC_DEFINE(GMX_LIB_MPI,,[Use a real MPI library])
 353
 354   if test "$enable_mpi_in_place" = "yes"; then
 355     # not all MPIs support MPI_IN_PLACE:
 356     AC_MSG_CHECKING([for MPI_IN_PLACE in collective operations])
 357     AC_TRY_COMPILE([
 358 #include <mpi.h>
 359 void test(void)
 360 {
 361     void *buf;
 362     MPI_Allreduce(MPI_IN_PLACE, buf, 10, MPI_FLOAT, MPI_SUM, MPI_COMM_WORLD);
 363 }
 364     ],,[
 365         AC_MSG_RESULT([yes])
 366         AC_DEFINE(MPI_IN_PLACE_EXISTS,[],[MPI_IN_PLACE available for collective operations])
 367     ],[
 368         AC_MSG_RESULT([no])
 369     ])
 370   fi
 371
 372 # on the cray xt3 we have to tell autoconf that we
 373 # are actually cross-compiling even if the architecture
 374 # of host and target are the same. so we enforce
 375 # cross-compilation if __QK_USER__ is defined
 376   AC_MSG_CHECKING([for catamount])
 377   AC_TRY_COMPILE([
 378 #if defined __QK_USER__
 379 #else
 380 #error not catamount
 381 #endif
 382 ],,[
 383   AC_MSG_RESULT([yes])
 384   cross_compiling=yes
 385   AC_DEFINE(GMX_CRAY_XT3,[],[Enable special hacks for Cray XT3])
 386   AC_DEFINE(GMX_NO_SYSTEM,[],[Ignore calls to system(3)])
 387   AC_DEFINE(GMX_NO_NICE,[],[Ignore calls to nice(3)])
 388   AC_DEFINE(GMX_BROKEN_CALLOC,[],[Don't use calloc(3)])
 389   extra_LDFLAGS="$extra_LDFLAGS -lgmalloc -lacml"
 390 ],[
 391   AC_MSG_RESULT([no])
 392 ])
 393 # end of "$enable_mpi" = "yes"
 394 fi
 395
 396
 397 AH_TEMPLATE([F77_OR_C_FUNC],
 398             [Set to F77_FUNC(name,NAME) if Fortran used, otherwise 'name' for C.])
 399 AH_TEMPLATE([F77_OR_C_FUNC_],
 400             [Set to F77_FUNC_(name,NAME) if Fortran used, otherwise 'name' for C.])
 401
 402
 403
 404 if test "$enable_fortran" = "yes"; then
 405   AC_F77_LIBRARY_LDFLAGS
 406   AC_F77_WRAPPERS
 407   AC_DEFINE([F77_OR_C_FUNC(name,NAME)],[F77_FUNC(name,NAME)])
 408   AC_DEFINE([F77_OR_C_FUNC_(name,NAME)],[F77_FUNC_(name,NAME)])
 409 else
 410   AC_DEFINE([F77_OR_C_FUNC(name,NAME)],[name])
 411   AC_DEFINE([F77_OR_C_FUNC_(name,NAME)],[name])
 412 fi
 413
 414
 415
 416 AC_PROG_CPP
 417 # Needed by libtool scripts?
 418 AC_PROG_EGREP
 419
 420 if test "$enable_cpu_optimization" = "yes"; then
 421   ACX_DETECT_GMXCPU
 422 else
 423   gmxcpu=""
 424 fi
 425 ACX_COMPILER_MAXOPT
 426
 427
 428 # We've postponed the threads check because we need to check with the right
 429 # compilers/flags
 430 if test "$enable_threads" = "yes"; then
 431   if test "$enable_mpi" = "yes"; then
 432     AC_MSG_ERROR([Cannot use both threads and MPI - yet.])
 433   fi
 434   if test "$with_fft" = "fftw2"; then
 435     AC_MSG_ERROR([fftw2 can't be used with threads. Use fftw3 or mkl.])
 436   fi
 437   AC_CHECK_HEADERS(unistd.h)
 438   AC_CHECK_HEADERS(sys/time.h)
 439   AC_CHECK_HEADERS(sched.h)
 440   AC_CHECK_FUNCS(sysconf)
 441
 442   # for now we just assume pthreads
 443   ACX_PTHREAD(,AC_MSG_ERROR([Cannot find POSIX threads - required for thread support using configure!]))
 444   LIBS="$PTHREAD_LIBS $LIBS"
 445   CFLAGS="$CFLAGS $PTHREAD_CFLAGS -I$srcdir/include"
 446   CXXFLAGS="$CXXFLAGS $PTHREAD_CFLAGS -I$srcdir/include"
 447   CC="$PTHREAD_CC "
 448   AC_DEFINE(THREAD_PTHREADS,,[Use pthreads for thread_mpi multithreading])
 449
 450   # profiling
 451   AC_ARG_ENABLE(tmpi-profiling,
 452               [AC_HELP_STRING([--enable-tmpi-profiling],
 453               [Enables profiling of thread_mpi calls and wait times])],,
 454               enable_tmpi_profiling=no)
 455   if test "x$enable_tmpi_profiling" = "xyes"; then
 456     AC_DEFINE(TMPI_PROFILE,,[Enable profiling for call and wait times])
 457   fi
 458
 459   # check the atomics
 460   AC_MSG_CHECKING(if atomic operations are supported)
 461   CFLAGS_RET="$CFLAGS"
 462   CXXFLAGS_RET="$CXXFLAGS"
 463   CFLAGS="$CFLAGS -I$srcdir/include -DTMPI_CHECK_ATOMICS"
 464   CXXFLAGS="$CXXFLAGS -I$srcdir/include -DTMPI_CHECK_ATOMICS"
 465   # this sets a variable 'tmpi_atomics' to 'yes' if there are atomics.
 466   AC_COMPILE_IFELSE([#include "thread_mpi/atomic.h" ],
 467                       [AC_MSG_RESULT(yes); tmpi_atomics=yes],
 468                       [AC_MSG_WARN(
 469 [No atomics.
 470
 471 This compiler+CPU combination doesn't have working atomics.
 472 Thread support will be unbearably slow: disable threads.
 473
 474 Atomics should work on all but the most obscure CPU+compiler combinations;
 475 if your system is not obscure -- like, for example, x86 with gcc --  please
 476 contact the developers.
 477 ]); tmpi_atomics=no])
 478   CFLAGS="$CFLAGS_RET"
 479   CXXFLAGS="$CXXFLAGS_RET"
 480
 481   AC_DEFINE(GMX_THREADS,,[Use threads for parallelization])
 482   AC_DEFINE(GMX_MPI,,[Make a parallel version of GROMACS using MPI])
 483   AM_CONDITIONAL(THREAD_PARALLEL,true)
 484 else
 485   AM_CONDITIONAL(THREAD_PARALLEL,false)
 486 fi
 487
 488
 489
 490 #############
 491 # Check integer endian
 492 #############
 493 AC_C_BIGENDIAN([AC_DEFINE([GMX_INTEGER_BIG_ENDIAN],,[Integer byte order is big endian.])],[],[
 494 AC_MSG_ERROR([Cannot determine endian in compiled output])])
 495 # Little endian implied if GMX_INTEGER_BIG_ENDIAN not defined in source.
 496
 497 #############
 498 # Make sure size_t can hold pointers.
 499 # On some Nec machines, you reportedly need to specify a flag for size_t to be 64 bits wide.
 500 #############
 501 AC_MSG_CHECKING([that size_t can hold pointers])
 502 AC_TRY_COMPILE([
 503 #include <stdlib.h>
 504 #include <stddef.h>
 505 ],[int chk[sizeof(size_t)-sizeof(int *)+1];],AC_MSG_RESULT([yes]),[
 506    AC_MSG_ERROR([size_t is smaller than int*. Check if your compiler needs a flag to make it 64 bit.])])
 507
 508
 509 #############
 510 # Check that SIGUSR1 is defined
 511 #############
 512 AC_MSG_CHECKING([for SIGUSR1])
 513 AC_TRY_COMPILE([#include <signal.h>],[int i=SIGUSR1;],[
 514 AC_MSG_RESULT([yes])
 515 AC_DEFINE(HAVE_SIGUSR1,,[SIGUSR1 supported and defined])
 516 ],AC_MSG_RESULT([no]))
 517
 518 #############
 519 # Check if pipes are supported
 520 #############
 521 AC_MSG_CHECKING([for pipes])
 522 AC_TRY_COMPILE([#include <stdio.h>],[
 523 FILE *pipe=popen("/tmp/pipe","r");
 524 ],[
 525 AC_MSG_RESULT([yes])
 526 AC_DEFINE(HAVE_PIPES,,[Pipes (popen/pclose) supported])
 527 ],AC_MSG_RESULT([no]))
 528
 529
 530
 531 #############
 532 # Check floating-point format and endian
 533 #############
 534 ACX_FLOAT_FORMAT
 535
 536
 537 AC_PROG_INSTALL
 538 AC_PROG_LN_S
 539 AC_PROG_MAKE_SET
 540 AC_LIBTOOL_WIN32_DLL
 541 AC_PROG_LIBTOOL
 542 AC_SYS_LARGEFILE
 543 #
 544 # Use our own version of AC_FUNC_FSEEKO from autoconf 2.63 instead
 545 # of the broken one we might get from autoconf 2.61.
 546 ACX_FUNC_FSEEKO_FIXED
 547
 548
 549
 550
 551 ############################################################################
 552 # Checks for libraries.
 553 ############################################################################
 554 #
 555 # Don't add math library for intel compilers
 556 if $CC -V 2>&1 | grep 'Intel Corporation' > /dev/null 2>&1; then
 557   AC_MSG_NOTICE([Using built-in math library with intel compiler])
 558 else
 559   AC_CHECK_LIB(m,sqrt,,AC_MSG_ERROR([No math library found]))
 560 fi
 561
 562 #####
 563 # Disable MASS support for now.
 564 #####
 565
 566
 567 case "$with_fft" in
 568 fftw2)
 569   if test "$enable_float" = "yes"; then
 570     sizeof_real=4
 571   else
 572     sizeof_real=8
 573   fi
 574   ACX_CHECK_FFTW2(fftw,$sizeof_real)
 575   ACX_CHECK_FFTW2(rfftw,$sizeof_real)
 576
 577   case ${ac_fftw_savedprefix} in
 578    d) AC_DEFINE(FFTW2_NAME_DFFTW,,[Use the d prefix on fftw2 includes]) ;;
 579    s) AC_DEFINE(FFTW2_NAME_SFFTW,,[Use the s prefix on fftw2 includes]) ;;
 580    *) AC_DEFINE(FFTW2_NAME_FFTW,,[Dont use any prefix on fftw2 includes]) ;;
 581   esac
 582
 583   AC_DEFINE(GMX_FFT_FFTW2,,[Use FFTW2 FFT library])
 584
 585   ;; #  end of fftw2 check
 586
 587 fftw3) # Much simpler check than fftw2
 588 # Check for header <fftw3.h> AC_CHECK_HEADERS doesnt work, since we must
 589 # use mpicc to get includes - cpp isnt always the same compiler.
 590 AC_MSG_CHECKING([for fftw3.h])
 591 AC_TRY_COMPILE([#include<fftw3.h>],,[
 592 # ok, look for library file too
 593 AC_MSG_RESULT(yes)
 594 if test "$enable_float" = "yes"; then
 595   AC_CHECK_LIB([fftw3f],main,,AC_MSG_ERROR([Cannot find fftw3f library]))
 596   PKG_FFTW="fftw3f"
 597 else
 598   AC_CHECK_LIB([fftw3],main,,AC_MSG_ERROR([Cannot find fftw3 library]))
 599   PKG_FFTW="fftw3"
 600 fi
 601   AC_DEFINE(GMX_FFT_FFTW3,,[Use FFTW3 FFT library])
 602 ],[
 603 # not ok, echo a warning
 604 AC_MSG_ERROR(
 605 [Cannot find the default external FFT library (fftw3).
 606 Other alternatives are 'fftw2', or 'mkl' for Intel MKL.
 607 You are STRONGLY recommended to use one of these - fftw is free.
 608
 609 Use CPPFLAGS and LDFLAGS if the library is installed in a
 610 non-standard location. (see FAQ at http://www.gromacs.org)
 611
 612 If you dont care about performance you can also specify 'fftpack'
 613 to use a slower set of FFTs built into Gromacs.
 614 (Just install FFTW3 unless you really know what you are doing).
 615 ])
 616 ])
 617   AC_SUBST(PKG_FFTW)
 618   ;;
 619
 620 mkl*)
 621 ###########
 622 # Intel Math Kernel Library version 6 and later.
 623 ##########
 624 AC_MSG_CHECKING([for mkl_dfti.h])
 625 AC_TRY_COMPILE([#include<mkl_dfti.h>],,AC_MSG_RESULT(yes),AC_MSG_ERROR([Cannot find mkl_dfti.h header from Intel Math Kernel Library>=6.0.]\
 626 ))
 627 ## Check for library
 628 #  AC_CHECK_LIB([guide],main,,AC_MSG_ERROR([Cannot find libguide (Intel MKL)]))
 629 #  AC_CHECK_LIB([mkl],DftiComputeForward,,
 630 #    AC_MSG_ERROR([Cannot find Intel Math Kernel Library >= 6.0]))
 631   # first check for older MKLs
 632   AC_CHECK_LIB([mkl],DftiComputeForward,,[have_mkl="no"])
 633   if test "$have_mkl" == "no"; then
 634     # we assume it's a new MKL
 635     LIBS="$LIBS -liomp5 -lmkl_sequential -lmkl_core"
 636     LMKL=" -liomp5 -lmkl_sequential -lmkl_core"
 637     AC_CHECK_LIB([mkl_intel_lp64],DftiComputeForward,,[have_mkl10_64="no"])
 638     if test "$have_mkl10_64" == "no"; then
 639       AC_CHECK_LIB([mkl_intel],DftiComputeForward,,[have_mkl10_32="no"])
 640       if test "$have_mkl10_32" == "no"; then
 641         AC_MSG_ERROR([Cannot find Intel Math Kernel Library >= 6.0])
 642       fi
 643     fi
 644   fi
 645   AC_DEFINE(GMX_FFT_MKL,,[Use Intel MKL FFT library])
 646   AC_SUBST(LMKL)
 647   ;;
 648
 649 fftpack | no)
 650   AC_MSG_WARN([The built-in FFTPACK routines are slow.
 651 Are you sure you don't want to use FFTW? It is free and much faster...])
 652   AC_DEFINE(GMX_FFT_FFTPACK,,[Use Built-in FFTPACK FFT library])
 653   ;;
 654 *)
 655   AC_MSG_ERROR([Unknown FFT library])
 656   ;;
 657 esac
 658
 659
 660 if test "$enable_fftw_measure" != "yes"; then
 661    AC_DEFINE(GMX_DISABLE_FFTW_MEASURE,,[Do not optimize FFTW setups (not needed with SSE FFT kernels)])
 662 fi
 663
 664 ######
 665 # check for xtc headers
 666 case "${host_os}" in
 667 cygwin* | mingw*)   # use our own xdr stuff for cygwin/mingw
 668   ;;
 669 *)
 670   AC_CHECK_HEADERS([rpc/rpc.h])
 671   AC_CHECK_HEADERS([rpc/xdr.h],,,
 672 [#if HAVE_RPC_RPC_H
 673 # include <rpc/rpc.h>
 674 #endif
 675 ])
 676   AC_CHECK_LIB(nsl,xdr_float)
 677   AC_TRY_LINK([
 678 #if HAVE_RPC_RPC_H
 679 #include<rpc/rpc.h>
 680 #else
 681 #error NO rpc.h header
 682 #endif
 683 #if HAVE_RPC_XDR_H
 684 #include<rpc/xdr.h>
 685 #else
 686 #error No xdr.h header
 687 #endif
 688 ],[ XDR *xd; float f; xdr_float(xd,&f);],[have_xdr="yes"])
 689
 690   if test "$have_xdr" != "yes"; then
 691     AC_DEFINE(GMX_INTERNAL_XDR,,[Use our own instead of system XDR libraries])
 692     AC_MSG_WARN([Couldn't find XDR headers and/or libraries - using our own])
 693   fi
 694   ;;
 695 esac
 696
 697
 698 ########################################################################
 699 # Checks for header files and types
 700 ########################################################################
 701
 702 AC_CHECK_HEADERS([limits.h unistd.h],,AC_MSG_ERROR([Include headers not found]))
 703 AC_CHECK_HEADERS(unistd.h)
 704 AC_CHECK_HEADERS(sys/types.h)
 705 AC_CHECK_HEADERS(sys/time.h)
 706 AC_CHECK_HEADERS(dirent.h)
 707 AC_CHECK_HEADERS(copyfile.h)
 708 AC_CHECK_HEADERS(regex.h,,[AC_MSG_WARN(
 709 [No regex.h found.
 710 Regular expression matching in selections will be disabled.
 711 Selections still work, but the default groups can differ from
 712 those obtained with regular expressions enabled.
 713 Consider installing the regular expression library from GNU libc.])])
 714
 715 #####
 716 # Checks for additional and/or optional functions or libraries.
 717 #AC_FUNC_MALLOC
 718 AC_FUNC_MEMCMP
 719 AC_TYPE_SIGNAL
 720 AC_TYPE_OFF_T
 721 AC_FUNC_VPRINTF
 722 AM_WITH_DMALLOC
 723 AC_CHECK_FUNCS(strcasecmp)
 724 AC_CHECK_FUNCS(strdup)
 725 AC_CHECK_FUNCS(gettimeofday)
 726 AC_CHECK_FUNCS(cbrt)
 727 AC_CHECK_FUNCS(isnan)
 728 AC_CHECK_FUNCS(_isnan)
 729 AC_CHECK_FUNCS(isfinite)
 730 AC_CHECK_FUNCS(_isfinite)
 731 AC_CHECK_FUNCS(fsync)
 732 AC_CHECK_FUNCS(fileno)
 733 AC_CHECK_FUNCS(copyfile)
 734
 735 # check for bool (must come late, since CFLAGS/includes might affect it)
 736 AC_CHECK_TYPES([bool])
 737
 738
 739
 740
 741
 742 #############
 743 # Check integer sizes, set to zero if e.g. long long is not supported.
 744 # (Note: this must come *after* type checks for the corresponding types!)
 745 #############
 746 AC_CHECK_SIZEOF(int)
 747 AC_CHECK_SIZEOF(long int)
 748 AC_CHECK_SIZEOF(long long int)
 749 AC_CHECK_SIZEOF(off_t)
 750 AC_CHECK_SIZEOF(void*)
 751
 752
 753
 754 # Apple OS X is a bit strange/braindead in that it always reports itself as i386, both for
 755 # 32 and 64 bit builds (even with the 64 bit kernel!).
 756 #
 757 # To get the SSE support right we check for the size of void * that we detected above...
 758 case "${host_vendor}-${host_os}" in
 759   apple-darwin*)
 760   if test $ac_cv_sizeof_voidp = 8; then
 761      enable_ia32_sse=no;
 762   else
 763      enable_x86_64_sse=no;
 764   fi
 765   ;;
 766   *) ;;
 767 esac
 768
 769
 770
 771
 772 #####
 773 # Look for X
 774 AC_PATH_XTRA
 775 if test "$no_x" != "yes"; then
 776   LIBS="$X_LIBS $LIBS $X_PRE_LIBS -lX11 $X_EXTRA_LIBS"
 777   INCLUDES="$INCLUDES $X_CFLAGS"
 778   AM_CONDITIONAL(USE_X11,true)
 779 else
 780   AM_CONDITIONAL(USE_X11,false)
 781 fi
 782
 783 # GNU Scientific Library or not
 784 AC_ARG_WITH(gsl,
 785  [AC_HELP_STRING([--with-gsl],[Link to the GNU scientific library, ]
 786                  [enables extra functions in analysis])],,with_gsl=no)
 787
 788 ######
 789 if test "$with_gsl" = "yes"; then
 790   ac_save_LDFLAGS="$LDFLAGS"
 791   AC_CHECK_HEADERS([gsl/gsl_version.h],[
 792 # header found, check for libraries
 793   AC_CHECK_LIB(gslcblas,main,[
 794   LDFLAGS="$ac_save_LDFLAGS -lgslcblas"
 795 # gslcblas library found, check main lib
 796   AC_CHECK_LIB(gsl,main)])])
 797   PKG_GSL="gsl"
 798   AC_SUBST(PKG_GSL)
 799 #
 800 fi
 801
 802 ######
 803 # Use OpenMM libraries
 804 ######
 805 AC_ARG_WITH(openmm,
 806  [  --with-openmm                 Use the OpenMM libraries to run on GPUs],,with_openmm=no)
 807
 808 if test "$with_openmm" = "yes"; then
 809
 810   AC_PROG_CXX
 811   CPPFLAGS="$CPPFLAGS -I$OPENMM_INSTALL_DIR/include"
 812   INCLUDES="$INCLUDES -I$OPENMM_INSTALL_DIR/include"
 813   LDFLAGS="$LDFLAGS -L$OPENMM_INSTALL_DIR/lib -lOpenMM"
 814   #AC_CHECK_HEADERS([OpenMM.h],AC_CHECK_LIB(OpenMM,main))
 815   #AC_CHECK_HEADERS([OpenMM.h],,AC_MSG_ERROR([Cannot find OpenMM.h file. Please set OPENMM_INSTALL_DIR.]))
 816   AC_DEFINE([USE_OPENMM],,[Use OpenMM libraries to run on GPUs])
 817
 818 #  AS_CASE([${host_cpu}-${host_os}-${host_vendor}],
 819 #    [i?86-linux*], [OPENMM_HOST=linux32],
 820 #    [x86_64-linux*], [OPENMM_HOST=linux64],
 821 #    [amd64-linux*], [OPENMM_HOST=linux64],
 822 #    [i?86-darwin*-apple], [OPENMM_HOST=apple],
 823 #    [OPENMM_HOST=""])
 824 #  AC_SUBST([OPENMM_HOST])
 825 fi
 826
 827 AM_CONDITIONAL([USE_OPENMM],[test "$with_openmm" = "yes"])
 828
 829
 830 AC_ARG_WITH(xml,
 831  [AC_HELP_STRING([--without-xml],[do not link to the xml2 library,]
 832                  [disallows the use of certain file formats])],,with_xml=yes)
 833
 834 #########
 835 # Check for libxml2, but it is optional, so dont stop
 836 # if it isnt there.
 837 if test "$with_xml" = "yes"; then
 838    ac_save_CPPFLAGS="$CPPFLAGS"
 839    CPPFLAGS="$ac_save_CPPFLAGS -I/usr/include/libxml2"
 840    AC_CHECK_HEADERS([libxml/parser.h],AC_CHECK_LIB(xml2,main))
 841    if test "$ac_cv_lib_xml2_main" = "yes"; then
 842      INCLUDES="$INCLUDES -I/usr/include/libxml2"
 843      PKG_XML2="libxml-2.0"
 844      AC_SUBST(PKG_XML2)
 845      if test "$enable_all_static" = "yes"; then
 846        LDFLAGS_RET=$LDFLAGS
 847        LDFLAGS="-static $LDFLAGS"
 848        LIBS_RET="$LIBS"
 849        LIBS="$LIBS -lz"
 850        AC_MSG_CHECKING(for broken libxml2)
 851        AC_TRY_RUN([
 852 #include <libxml/parser.h>
 853 main() {
 854   xmlInitParser();
 855   return 0;
 856 }],
 857        AC_MSG_RESULT([no]),[AC_MSG_RESULT([yes])
 858        AC_MSG_ERROR([Your libxml2 is broken for static linking, recompile it without threads or build gromacs without libxml])],[-lz])
 859        LDFLAGS=$LDFLAGS_RET
 860        LIBS="$LIBS_RET"
 861      fi
 862    fi
 863 # restore CPPFLAGS
 864    CPPFLAGS="$ac_save_CPPFLAGS"
 865 fi
 866
 867 ####
 868 # And collect the f77 libs to the linker - on Solaris, f77 stuff must go first,
 869 # and we need -L/usr/ucblib to find libucb... (stupid OS)
 870 # On e.g. ibm the mass libraries must come before -lm...
 871 case "${host_cpu}-${host_os}" in
 872   *-solaris*)
 873     LIBS="$FLIBS $LIBS"
 874     LDFLAGS="$LDFLAGS -L/usr/ucblib"
 875     ;;
 876   *) LIBS="$LIBS $FLIBS" ;;
 877 esac
 878
 879
 880 # add the Accelerate framework if enabled above.
 881 # LDFLAGS might have been set in the CPU optimization, so we cant assign it directly before that.
 882 LDFLAGS="$LDFLAGS $extra_LDFLAGS"
 883
 884
 885
 886
 887
 888
 889 #####
 890 # Checks for typedefs, structures, and compiler characteristics.
 891 AC_C_CONST
 892 AC_TYPE_SIZE_T
 893 AC_STRUCT_TM
 894 AC_C_INLINE
 895
 896 # AC_TYPE_UID_T is broken on Mac OS X, so use generic tests instead
 897 AC_CHECK_TYPES([uid_t],[],[AC_DEFINE(uid_t, int, [Define to `int' if <sys/types.h> doesn't define.])],[[#include <sys/types.h>]])
 898 AC_CHECK_TYPES([gid_t],[],[AC_DEFINE(gid_t, int, [Define to `int' if <sys/types.h> doesn't define.])],[[#include <sys/types.h>]])
 899
 900 AC_CHECK_TYPES([sig_atomic_t],[],[AC_DEFINE(sig_atomic_t, int, [Define to `int' (and hope it's atomic) if <signal.h> doesn't define it.])],[[#include <signal.h>]])
 901
 902
 903
 904
 905 # Test stuff for ia32 and x86_64 assembly, and add objects/libraries.
 906 if test "$enable_ia32_sse" = "yes" -o "$enable_x86_64_sse" = "yes"; then
 907   AC_MSG_CHECKING([whether your compiler can handle assembly files (*.s)])
 908 #
 909 # Use 64-bit registers (rsp/rbp) on x86_64
 910 #
 911 if test "$enable_x86_64_sse" = "yes"; then
 912 cat > conftestasm.s << EOF
 913 checkasm:
 914         mov     %rsp, %rbp
 915         ret
 916 EOF
 917 else
 918 cat > conftestasm.s << EOF
 919 checkasm:
 920         movl    %esp, %ebp
 921         ret
 922 EOF
 923 fi
 924   if AC_TRY_COMMAND($CC $CFLAGS -c conftestasm.s); then
 925     if test -f conftestasm.o; then
 926       AC_MSG_RESULT([yes])
 927     else
 928       AC_MSG_RESULT([no])
 929       AC_MSG_ERROR([Upgrade your compiler (or disable assembly loops).])
 930     fi
 931   else
 932     AC_MSG_RESULT([no])
 933     AC_MSG_ERROR([Upgrade your compiler (or disable assembly loops).])
 934   fi
 935
 936 # ok, cc understands assembly.
 937 #
 938 # If we are using double precision we need SSE2
 939   if test "$enable_float" = "no"; then
 940 #   test SSE2 on ia32:
 941     if test "$enable_ia32_sse" = "yes"; then
 942       AC_MSG_CHECKING([whether as fully supports ia32 SSE2])
 943 cat > conftest.s << EOF
 944 checkasm:
 945         emms
 946         movapd 32(%esi,%edx,8),%xmm4
 947         emms
 948         ret
 949 EOF
 950       if AC_TRY_COMMAND($CC $CFLAGS -c conftest.s); then
 951         AC_MSG_RESULT([yes])
 952       else
 953         AC_MSG_RESULT([no])
 954         AC_MSG_ERROR([Upgrade to a more recent binutils (or disable assembly loops).])
 955       fi
 956       AC_DEFINE([GMX_IA32_SSE2],,[Double-precision SSE2 instructions on ia32])
 957     fi
 958 #   test SSE2 on X86_64:
 959     if test "$enable_x86_64_sse" = "yes"; then
 960       AC_MSG_CHECKING([whether as fully supports X86_64 SSE2])
 961 cat > conftest.s << EOF
 962 checkasm:
 963         emms
 964         movapd 32(%rsi,%rdx,8),%xmm4
 965         emms
 966         ret
 967 EOF
 968       if AC_TRY_COMMAND($CC $CFLAGS -c conftest.s); then
 969         AC_MSG_RESULT([yes])
 970       else
 971         AC_MSG_RESULT([no])
 972         AC_MSG_ERROR([Upgrade to a more recent binutils (or disable assembly loops).])
 973       fi
 974       AC_DEFINE([GMX_X86_64_SSE2],,[Double-precision SSE2 instructions on X86_64])
 975     fi
 976   else
 977 # end of double precision testing, now do single.
 978     if test "$enable_ia32_sse" = "yes"; then
 979       AC_MSG_CHECKING([whether as fully supports ia32 SSE])
 980 cat > conftest.s << EOF
 981 checkasm:
 982         emms
 983         movaps 32(%esi,%edx,8),%xmm4
 984         emms
 985         ret
 986 EOF
 987       if AC_TRY_COMMAND($CC $CFLAGS -c conftest.s); then
 988         AC_MSG_RESULT([yes])
 989       else
 990         AC_MSG_RESULT([no])
 991         AC_MSG_ERROR([Upgrade to a more recent binutils (or disable assembly loops).])
 992       fi
 993       AC_DEFINE([GMX_IA32_SSE],,[Single-precision SSE instructions on ia32])
 994     fi
 995 #   test SSE2 on X86_64:
 996     if test "$enable_x86_64_sse" = "yes"; then
 997       AC_MSG_CHECKING([whether as fully supports X86_64 SSE instructions])
 998 cat > conftest.s << EOF
 999 checkasm:
1000         emms
1001         movaps 32(%rsi,%rdx,8),%xmm4
1002         emms
1003         ret
1004 EOF
1005       if AC_TRY_COMMAND($CC $CFLAGS -c conftest.s); then
1006         AC_MSG_RESULT([yes])
1007       else
1008         AC_MSG_RESULT([no])
1009         AC_MSG_ERROR([Upgrade to a more recent binutils (or disable assembly loops).])
1010       fi
1011       AC_DEFINE([GMX_X86_64_SSE],,[Single-precision SSE instructions on X86_64])
1012     fi
1013   fi
1014 fi
1015
1016
1017 # Test stuff for ia64 assembly
1018 #
1019 # Nothing to test right now.
1020
1021
1022
1023
1024 #
1025 # Test altivec support.
1026 #
1027 if test "$enable_ppc_altivec" = "yes"; then
1028   if test "$enable_float" = "no"; then
1029     AC_MSG_WARN([PowerPC Altivec loops can only be used in single precision - disabling])
1030     enable_ppc_altivec=no
1031   else
1032     # On FSF (vanilla) GCC we must include altivec.h, and on apple we
1033     # should NOT do it after using -faltivec. Go figure...
1034     case "${host_os}" in
1035     darwin*)
1036         # do nothing on Apple systems
1037        ;;
1038     *)
1039         AC_CHECK_HEADERS([altivec.h])
1040        ;;
1041     esac
1042
1043     AC_MSG_CHECKING([whether the compiler supports altivec extensions])
1044     AC_TRY_COMPILE([],[
1045 #ifndef __VEC__
1046 choke_me
1047 #endif
1048 ],[
1049     AC_MSG_RESULT([yes])
1050     AC_DEFINE([GMX_PPC_ALTIVEC],,[Use PowerPC Altivec inner loops])],[
1051       AC_MSG_RESULT([no])
1052       AC_MSG_WARN([no altivec support found - On recent PowerPC CPUs]
1053 [you can get a huge performance gain by using an altivec-enabled compiler.]
1054 [On OS X, you need GCC>=3.3, or the IBM compilers. If you are using standard]
1055 [GCC, you need at least version 4.0])
1056       enable_ppc_altivec=no])
1057   fi
1058 fi
1059
1060 if test "$enable_ia64_asm" = "yes"; then
1061   AC_DEFINE(GMX_IA64_ASM,,[Use ia64 assembly tuned for Itanium2])
1062   AC_DEFINE(DISABLE_WATER_NLIST,,[Turn off all water neighborlist optimization])
1063   AC_DEFINE(DISABLE_WATERWATER_NLIST,,[Turn off water-water neighborlist optimization only])
1064 fi
1065
1066 if test "$enable_bluegene" = "yes"; then
1067   AC_DEFINE(GMX_BLUEGENE,,[Use assembly intrinsics kernels for BlueGene])
1068 fi
1069
1070 ##
1071 # Add the appropriate assembly loops
1072 #
1073 AM_CONDITIONAL([GMX_IA32_SSE],[test "$enable_ia32_sse" = "yes" -a "$enable_float" = "yes"])
1074 AM_CONDITIONAL([GMX_IA32_SSE2],[test "$enable_ia32_sse" = "yes" -a "$enable_float" = "no"])
1075 AM_CONDITIONAL([GMX_X86_64_SSE],[test "$enable_x86_64_sse" = "yes" -a "$enable_float" = "yes"])
1076 AM_CONDITIONAL([GMX_X86_64_SSE2],[test "$enable_x86_64_sse" = "yes" -a "$enable_float" = "no"])
1077 AM_CONDITIONAL([GMX_FORTRAN],[test "$enable_fortran" = "yes"])
1078 AM_CONDITIONAL([GMX_PPC_ALTIVEC],[test "$enable_ppc_altivec" = "yes" -a "$enable_float" = "yes"])
1079 AM_CONDITIONAL([GMX_IA64_ASM],[test "$enable_ia64_asm" = "yes"])
1080 AM_CONDITIONAL([GMX_BLUEGENE],[test "$enable_bluegene" = "yes"])
1081 AM_CONDITIONAL([GMX_POWER6],[test "$enable_power6" = "yes"])
1082
1083
1084 #############
1085 # Check integer endian
1086 #############
1087 AC_C_BIGENDIAN([AC_DEFINE([GMX_INTEGER_BIG_ENDIAN],,[Integer byte order is big endian.])],[],[
1088 AC_MSG_ERROR([Cannot determine endian in compiled output])])
1089 # Little endian implied if GMX_INTEGER_BIG_ENDIAN not defined in source.
1090
1091
1092
1093 case "${host_cpu}" in
1094    i?86)
1095          # Check if inline assembly works
1096          AC_MSG_CHECKING(if the compiler supports gcc inline assembly)
1097       AC_TRY_LINK([],[float f;int i; asm("fld %1\nfistpl %0\n" : "=m" (*&i) : "f" (f));],[AC_MSG_RESULT(yes)
1098 AC_DEFINE(GMX_X86_GCC_INLINE_ASM,,[Enable x86 gcc inline assembly])],[AC_MSG_RESULT(no)])
1099          # Check for MSVC inline assembly
1100      AC_MSG_CHECKING(if the compiler supports MSVC inline assembly)
1101       AC_TRY_LINK([],[float f;int i; _asm { fld f } ; _asm { fistpl i };],[AC_MSG_RESULT(yes)
1102 AC_DEFINE(GMX_X86_MSVC_INLINE_ASM,,[Enable x86 MSVC inline assembly])],[AC_MSG_RESULT(no)])
1103         ;;
1104    *) ;;
1105 esac
1106
1107
1108 ############
1109 # Check dlopen
1110 ###########
1111 if test "$with_dlopen" = "yes"; then
1112       AC_MSG_CHECKING(if dlopen supported)
1113       CFLAGS_RET=$CFLAGS
1114       #LDFLAGS="$lt_cv_dlopen_libs $LDFLAGS" #can't make the macro, which is getting lt_cv_dlopen_libs, to work
1115       LDFLAGS_RET=$LDFLAGS
1116       if test "$enable_all_static" = "yes"; then  #make sure we test also whether it works static
1117          LDFLAGS="$LDFLAGS -static"
1118       fi
1119       CFLAGS="-I$srcdir/include -DGMX_DLOPEN $CFLAGS"
1120       AC_TRY_LINK([#include "$srcdir/src/gmxlib/vmddlopen.c"],,[AC_MSG_RESULT([yes])\
1121         AC_DEFINE(GMX_DLOPEN,,[Compile with dlopen])],AC_MSG_RESULT([no]))
1122       CFLAGS=$CFLAGS_RET
1123       LDFLAGS=$LDFLAGS_RET
1124 fi
1125
1126
1127
1128
1129 ########################################################################
1130 # Final output stage
1131 ########################################################################
1132 AS="$CC"
1133 AC_SUBST(ASFLAGS)
1134 AC_SUBST(AS)
1135 AC_SUBST(INCLUDES)          # should be automatic, but doesnt seem to be?
1136
1137 # To tell libraries apart, we use four versions of the name. For instance, libgmx:
1138 # libgmx                single prec, no mpi.
1139 # libgmx_d              double prec, no mpi.
1140 # libgmx_mpi            single prec, mpi.
1141 # libgmx_mpi_d          double prec, mpi.
1142 # However, the non-suffixed names are linked to the _mpi and/or _d suffixed
1143 # ones upon installation if that is the only version available.
1144
1145 if test "$enable_mpi" = "yes"; then
1146   LIBSUFFIX="_mpi"
1147 fi
1148 if test "$enable_float" = "no"; then
1149   LIBSUFFIX="${LIBSUFFIX}_d"
1150 fi
1151 AC_SUBST(LIBSUFFIX)
1152
1153 # Unless the user has explicitly requested a prefix/suffix/transform, we
1154 # use _d on double precision files. Don't add anything for mpi, but at the
1155 # end we tell the user it is possible and smart to do in some cases!
1156 if test "$program_transform_name" = "s,x,x,"; then
1157   name_transform_provided=no;
1158   if test "$enable_float" = "no"; then
1159     program_transform_name="s,\$\$,_d,"
1160   fi
1161 else
1162   name_transform_provided=yes;
1163 fi
1164
1165
1166 # Use a variable for RPM - this way it can be
1167 # overridden with make RPM=rpm3 rpm
1168 RPM=rpm
1169 AC_SUBST(RPM)
1170
1171 if test "$enable_fahcore" = "yes"; then
1172   CPPFLAGS="$CPPFLAGS -I\$(top_srcdir)/../corewrap -include swindirect.h -DFULLINDIRECT -DUSE_FAH_XDR"
1173   if test "$enable_mpi" = "yes"; then
1174     CFLAGS="$CFLAGS -DMPI"
1175   fi
1176 fi
1177 AM_CONDITIONAL([GMX_FAHCORE],[test "$enable_fahcore" = "yes"])
1178
1179
1180 if test "$enable_all_static" = "yes"; then
1181   LDFLAGS="$LDFLAGS -all-static"
1182 fi
1183
1184 # we have asm source, so this is necessary for automake 1.6
1185 CCAS=$CC
1186 CCASFLAGS=$CFLAGS
1187
1188 AC_SUBST(CCAS)
1189 AC_SUBST(CCASFLAGS)
1190
1191 AC_CONFIG_FILES([ Makefile ])
1192 AC_CONFIG_FILES([ src/Makefile ])
1193 AC_CONFIG_FILES([ src/gmxlib/Makefile ])
1194 AC_CONFIG_FILES([ src/gmxlib/libgmx${LIBSUFFIX}.pc:src/gmxlib/libgmx.pc.in ])
1195 AC_CONFIG_FILES([ src/gmxlib/gmx_blas/Makefile ])
1196 AC_CONFIG_FILES([ src/gmxlib/gmx_lapack/Makefile ])
1197 AC_CONFIG_FILES([ src/gmxlib/selection/Makefile ])
1198 AC_CONFIG_FILES([ src/gmxlib/statistics/Makefile ])
1199 AC_CONFIG_FILES([ src/gmxlib/trajana/Makefile ])
1200 AC_CONFIG_FILES([ src/gmxlib/thread_mpi/Makefile ])
1201 AC_CONFIG_FILES([ src/gmxlib/nonbonded/Makefile ])
1202 AC_CONFIG_FILES([ src/gmxlib/nonbonded/nb_kernel_c/Makefile ])
1203 AC_CONFIG_FILES([ src/gmxlib/nonbonded/nb_kernel_ia32_sse/Makefile ])
1204 AC_CONFIG_FILES([ src/gmxlib/nonbonded/nb_kernel_ia32_sse2/Makefile ])
1205 AC_CONFIG_FILES([ src/gmxlib/nonbonded/nb_kernel_x86_64_sse/Makefile ])
1206 AC_CONFIG_FILES([ src/gmxlib/nonbonded/nb_kernel_x86_64_sse2/Makefile ])
1207 AC_CONFIG_FILES([ src/gmxlib/nonbonded/nb_kernel_ppc_altivec/Makefile ])
1208 AC_CONFIG_FILES([ src/gmxlib/nonbonded/nb_kernel_ia64_single/Makefile ])
1209 AC_CONFIG_FILES([ src/gmxlib/nonbonded/nb_kernel_ia64_double/Makefile ])
1210 AC_CONFIG_FILES([ src/gmxlib/nonbonded/nb_kernel_bluegene/Makefile ])
1211 AC_CONFIG_FILES([ src/gmxlib/nonbonded/nb_kernel_power6/Makefile ])
1212 AC_CONFIG_FILES([ src/gmxlib/nonbonded/nb_kernel_f77_single/Makefile ])
1213 AC_CONFIG_FILES([ src/gmxlib/nonbonded/nb_kernel_f77_double/Makefile ])
1214 AC_CONFIG_FILES([ include/Makefile ])
1215 AC_CONFIG_FILES([ include/types/Makefile ])
1216 AC_CONFIG_FILES([ include/thread_mpi/Makefile ])
1217 AC_CONFIG_FILES([ include/thread_mpi/atomic/Makefile ])
1218 AC_CONFIG_FILES([ src/mdlib/Makefile ])
1219 AC_CONFIG_FILES([ src/mdlib/libmd${LIBSUFFIX}.pc:src/mdlib/libmd.pc.in ])
1220 AC_CONFIG_FILES([ src/kernel/Makefile ])
1221 AC_CONFIG_FILES([ src/kernel/libgmxpreprocess${LIBSUFFIX}.pc:src/kernel/libgmxpreprocess.pc.in ])
1222 AC_CONFIG_FILES([ src/tools/Makefile ])
1223 AC_CONFIG_FILES([ src/tools/libgmxana${LIBSUFFIX}.pc:src/tools/libgmxana.pc.in ])
1224 AC_CONFIG_FILES([ src/ngmx/Makefile ])
1225 AC_CONFIG_FILES([ src/contrib/Makefile ])
1226 AC_CONFIG_FILES([ scripts/Makefile ])
1227 AC_CONFIG_FILES([ admin/Makefile ])
1228 AC_CONFIG_FILES([ share/Makefile ])
1229 AC_CONFIG_FILES([ share/tutor/Makefile ])
1230 AC_CONFIG_FILES([ share/tutor/gmxdemo/Makefile ])
1231 AC_CONFIG_FILES([ share/tutor/nmr1/Makefile ])
1232 AC_CONFIG_FILES([ share/tutor/nmr2/Makefile ])
1233 AC_CONFIG_FILES([ share/tutor/water/Makefile ])
1234 AC_CONFIG_FILES([ share/tutor/mixed/Makefile ])
1235 AC_CONFIG_FILES([ share/tutor/methanol/Makefile ])
1236 AC_CONFIG_FILES([ share/tutor/speptide/Makefile ])
1237 AC_CONFIG_FILES([ share/template/Makefile ])
1238 AC_CONFIG_FILES([ share/top/Makefile ])
1239 AC_CONFIG_FILES([ share/top/gmx.ff/Makefile ])
1240 AC_CONFIG_FILES([ share/top/gmx2.ff/Makefile ])
1241 AC_CONFIG_FILES([ share/top/encadv.ff/Makefile ])
1242 AC_CONFIG_FILES([ share/top/encads.ff/Makefile ])
1243 AC_CONFIG_FILES([ share/top/oplsaa.ff/Makefile ])
1244 AC_CONFIG_FILES([ share/top/gromos43a1.ff/Makefile ])
1245 AC_CONFIG_FILES([ share/top/gromos43a2.ff/Makefile ])
1246 AC_CONFIG_FILES([ share/top/gromos45a3.ff/Makefile ])
1247 AC_CONFIG_FILES([ share/top/gromos53a5.ff/Makefile ])
1248 AC_CONFIG_FILES([ share/top/gromos53a6.ff/Makefile ])
1249 AC_CONFIG_FILES([ share/top/charmm27.ff/Makefile ])
1250 AC_CONFIG_FILES([ share/html/Makefile ])
1251 AC_CONFIG_FILES([ share/html/images/Makefile ])
1252 AC_CONFIG_FILES([ share/html/online/Makefile ])
1253 AC_CONFIG_FILES([ man/Makefile man/man1/Makefile man/man7/Makefile ])
1254 AC_CONFIG_FILES([ Doxyfile ])
1255 AC_OUTPUT
1256
1257
1258
1259
1260
1261
1262
1263 #########################################################
1264 # Echo some important info, to avoid stupid mistakes
1265 #
1266
1267 if test "$enable_float" = "no" -a "$name_transform_provided" = "no"; then
1268   echo ""
1269   echo "* You are compiling a double precision version of Gromacs -"
1270   echo "  program names will be suffixed with _d to avoid overwriting single"
1271   echo "  precision files. You can override it with --program-suffix"
1272 fi
1273
1274 if test "$name_transform_provided" = "no" -a "$enable_mpi" = "yes"; then
1275   echo ""
1276   echo "* Seems you are compiling with MPI support. You can install the MPI-"
1277   echo "  enabled programs with suffixed names to have both MPI and non-MPI"
1278   echo "  versions. This is useful e.g. on supercomputers where you usually"
1279   echo "  cannot run MPI-linked programs on the login node."
1280   echo "  Set a suffix with e.g. --program-suffix=_mpi (or _mpi_d for double)."
1281   echo "  You only need MPI for mdrun, so if you already have non-MPI stuff"
1282   echo "  installed you can issue make mdrun; make install-mdrun."
1283 fi
1284
1285 if test "$enable_shared" = "no"; then
1286   echo ""
1287   echo "* On most platforms you can save 10X space with dynamic libraries, although"
1288   echo "  the binaries might be less portable. Why not try --enable-shared ?"
1289 fi
1290
1291
1292 if test "$tmpi_atomics" = "no"; then
1293   echo ""
1294   echo "* This compiler+CPU combination doesn't have working atomic operations."
1295   echo "  Thread support will be unbearably slow: the default number of threads"
1296   echo "  is set to 1."
1297   echo "  Atomics should work on all but the most obscure CPU+compiler"
1298   echo "  combinations; if your system is not obscure (like, for example, x86"
1299   echo "  with gcc) please contact the developers."
1300   echo ""
1301 fi
1302
1303