man/man1/grompp.1

   1 .TH grompp 1 "Thu 16 Oct 2008"
   2 .SH NAME
   3 grompp - makes a run input file
   4
   5 .B VERSION 4.0
   6 .SH SYNOPSIS
   7 \f3grompp\fP
   8 .BI "-f" " grompp.mdp "
   9 .BI "-po" " mdout.mdp "
  10 .BI "-c" " conf.gro "
  11 .BI "-r" " conf.gro "
  12 .BI "-rb" " conf.gro "
  13 .BI "-n" " index.ndx "
  14 .BI "-p" " topol.top "
  15 .BI "-pp" " processed.top "
  16 .BI "-o" " topol.tpr "
  17 .BI "-t" " traj.trr "
  18 .BI "-e" " ener.edr "
  19 .BI "-[no]h" ""
  20 .BI "-nice" " int "
  21 .BI "-[no]v" ""
  22 .BI "-time" " real "
  23 .BI "-[no]rmvsbds" ""
  24 .BI "-maxwarn" " int "
  25 .BI "-[no]zero" ""
  26 .BI "-[no]renum" ""
  27 .SH DESCRIPTION
  28 The gromacs preprocessor
  29 reads a molecular topology file, checks the validity of the
  30 file, expands the topology from a molecular description to an atomic
  31 description. The topology file contains information about
  32 molecule types and the number of molecules, the preprocessor
  33 copies each molecule as needed.
  34 There is no limitation on the number of molecule types.
  35 Bonds and bond-angles can be converted into constraints, separately
  36 for hydrogens and heavy atoms.
  37 Then a coordinate file is read and velocities can be generated
  38 from a Maxwellian distribution if requested.
  39 grompp also reads parameters for the mdrun
  40 (eg. number of MD steps, time step, cut-off), and others such as
  41 NEMD parameters, which are corrected so that the net acceleration
  42 is zero.
  43 Eventually a binary file is produced that can serve as the sole input
  44 file for the MD program.
  45
  46
  47 grompp uses the atom names from the topology file. The atom names
  48 in the coordinate file (option
  49 .B -c
  50 ) are only read to generate
  51 warnings when they do not match the atom names in the topology.
  52 Note that the atom names are irrelevant for the simulation as
  53 only the atom types are used for generating interaction parameters.
  54
  55
  56 grompp calls a preprocessor to resolve includes, macros
  57 etcetera. By default we use the cpp in your path. To specify a different macro-preprocessor (e.g. m4) or alternative location
  58 you can put a line in your parameter file specifying the path
  59 to that program. Specifying
  60 .B -pp
  61 will get the pre-processed
  62 topology file written out.
  63
  64
  65 If your system does not have a c-preprocessor, you can still
  66 use grompp, but you do not have access to the features
  67 from the cpp. Command line options to the c-preprocessor can be given
  68 in the
  69 .B .mdp
  70 file. See your local manual (man cpp).
  71
  72
  73 When using position restraints a file with restraint coordinates
  74 can be supplied with
  75 .B -r
  76 , otherwise restraining will be done
  77 with respect to the conformation from the
  78 .B -c
  79 option.
  80 For free energy calculation the the coordinates for the B topology
  81 can be supplied with
  82 .B -rb
  83 , otherwise they will be equal to
  84 those of the A topology.
  85
  86
  87 Starting coordinates can be read from trajectory with
  88 .B -t
  89 .
  90 The last frame with coordinates and velocities will be read,
  91 unless the
  92 .B -time
  93 option is used.
  94 Note that these velocities will not be used when
  95 .B gen_vel = yes
  96
  97 in your
  98 .B .mdp
  99 file. An energy file can be supplied with
 100
 101 .B -e
 102 to have exact restarts when using pressure and/or
 103 Nose-Hoover temperature coupling. For an exact restart do not forget
 104 to turn off velocity generation and turn on unconstrained starting
 105 when constraints are present in the system.
 106 If you want to continue a crashed run, it is
 107 easier to use
 108 .B tpbconv
 109 .
 110
 111
 112 Using the
 113 .B -morse
 114 option grompp can convert the harmonic bonds
 115 in your topology to morse potentials. This makes it possible to break
 116 bonds. For this option to work you need an extra file in your $GMXLIB
 117 with dissociation energy. Use the -debug option to get more information
 118 on the workings of this option (look for MORSE in the grompp.log file
 119 using less or something like that).
 120
 121
 122 By default all bonded interactions which have constant energy due to
 123 virtual site constructions will be removed. If this constant energy is
 124 not zero, this will result in a shift in the total energy. All bonded
 125 interactions can be kept by turning off
 126 .B -rmvsbds
 127 . Additionally,
 128 all constraints for distances which will be constant anyway because
 129 of virtual site constructions will be removed. If any constraints remain
 130 which involve virtual sites, a fatal error will result.
 131
 132 To verify your run input file, please make notice of all warnings
 133 on the screen, and correct where necessary. Do also look at the contents
 134 of the
 135 .B mdout.mdp
 136 file, this contains comment lines, as well as
 137 the input that
 138 .B grompp
 139 has read. If in doubt you can start grompp
 140 with the
 141 .B -debug
 142 option which will give you more information
 143 in a file called grompp.log (along with real debug info). Finally, you
 144 can see the contents of the run input file with the
 145 .B gmxdump
 146
 147 program.
 148 .SH FILES
 149 .BI "-f" " grompp.mdp"
 150 .B Input, Opt.
 151  grompp input file with MD parameters
 152
 153 .BI "-po" " mdout.mdp"
 154 .B Output
 155  grompp input file with MD parameters
 156
 157 .BI "-c" " conf.gro"
 158 .B Input
 159  Structure file: gro g96 pdb tpr tpb tpa
 160
 161 .BI "-r" " conf.gro"
 162 .B Input, Opt.
 163  Structure file: gro g96 pdb tpr tpb tpa
 164
 165 .BI "-rb" " conf.gro"
 166 .B Input, Opt.
 167  Structure file: gro g96 pdb tpr tpb tpa
 168
 169 .BI "-n" " index.ndx"
 170 .B Input, Opt.
 171  Index file
 172
 173 .BI "-p" " topol.top"
 174 .B Input
 175  Topology file
 176
 177 .BI "-pp" " processed.top"
 178 .B Output, Opt.
 179  Topology file
 180
 181 .BI "-o" " topol.tpr"
 182 .B Output
 183  Run input file: tpr tpb tpa
 184
 185 .BI "-t" " traj.trr"
 186 .B Input, Opt.
 187  Full precision trajectory: trr trj cpt
 188
 189 .BI "-e" " ener.edr"
 190 .B Input, Opt.
 191  Energy file: edr ene
 192
 193 .SH OTHER OPTIONS
 194 .BI "-[no]h"  "no    "
 195  Print help info and quit
 196
 197 .BI "-nice"  " int" " 0"
 198  Set the nicelevel
 199
 200 .BI "-[no]v"  "yes   "
 201  Be loud and noisy
 202
 203 .BI "-time"  " real" " -1    "
 204  Take frame at or first after this time.
 205
 206 .BI "-[no]rmvsbds"  "yes   "
 207  Remove constant bonded interactions with virtual sites
 208
 209 .BI "-maxwarn"  " int" " 0"
 210  Number of allowed warnings during input processing
 211
 212 .BI "-[no]zero"  "no    "
 213  Set parameters for bonded interactions without defaults to zero instead of generating an error
 214
 215 .BI "-[no]renum"  "yes   "
 216  Renumber atomtypes and minimize number of atomtypes
 217