man/man1/genconf.1

   1 .TH genconf 1 "Thu 16 Oct 2008"
   2 .SH NAME
   3 genconf - multiplies a conformation in 'random' orientations
   4
   5 .B VERSION 4.0
   6 .SH SYNOPSIS
   7 \f3genconf\fP
   8 .BI "-f" " conf.gro "
   9 .BI "-o" " out.gro "
  10 .BI "-trj" " traj.xtc "
  11 .BI "-[no]h" ""
  12 .BI "-nice" " int "
  13 .BI "-nbox" " vector "
  14 .BI "-dist" " vector "
  15 .BI "-seed" " int "
  16 .BI "-[no]rot" ""
  17 .BI "-[no]shuffle" ""
  18 .BI "-[no]sort" ""
  19 .BI "-block" " int "
  20 .BI "-nmolat" " int "
  21 .BI "-maxrot" " vector "
  22 .BI "-[no]renumber" ""
  23 .SH DESCRIPTION
  24 genconf multiplies a given coordinate file by simply stacking them
  25 on top of each other, like a small child playing with wooden blocks.
  26 The program makes a grid of
  27 .I user defined
  28
  29 proportions (
  30 .B -nbox
  31 ),
  32 and interspaces the grid point with an extra space
  33 .B -dist
  34 .
  35
  36
  37 When option
  38 .B -rot
  39 is used the program does not check for overlap
  40 between molecules on grid points. It is recommended to make the box in
  41 the input file at least as big as the coordinates +
  42 Van der Waals radius.
  43
  44
  45 If the optional trajectory file is given, conformations are not
  46 generated, but read from this file and translated appropriately to
  47 build the grid.
  48 .SH FILES
  49 .BI "-f" " conf.gro"
  50 .B Input
  51  Structure file: gro g96 pdb tpr tpb tpa
  52
  53 .BI "-o" " out.gro"
  54 .B Output
  55  Structure file: gro g96 pdb
  56
  57 .BI "-trj" " traj.xtc"
  58 .B Input, Opt.
  59  Trajectory: xtc trr trj gro g96 pdb cpt
  60
  61 .SH OTHER OPTIONS
  62 .BI "-[no]h"  "no    "
  63  Print help info and quit
  64
  65 .BI "-nice"  " int" " 0"
  66  Set the nicelevel
  67
  68 .BI "-nbox"  " vector" " 1 1 1"
  69  Number of boxes
  70
  71 .BI "-dist"  " vector" " 0 0 0"
  72  Distance between boxes
  73
  74 .BI "-seed"  " int" " 0"
  75  Random generator seed, if 0 generated from the time
  76
  77 .BI "-[no]rot"  "no    "
  78  Randomly rotate conformations
  79
  80 .BI "-[no]shuffle"  "no    "
  81  Random shuffling of molecules
  82
  83 .BI "-[no]sort"  "no    "
  84  Sort molecules on X coord
  85
  86 .BI "-block"  " int" " 1"
  87  Divide the box in blocks on this number of cpus
  88
  89 .BI "-nmolat"  " int" " 3"
  90  Number of atoms per molecule, assumed to start from 0. If you set this wrong, it will screw up your system!
  91
  92 .BI "-maxrot"  " vector" " 90 90 90"
  93  Maximum random rotation
  94
  95 .BI "-[no]renumber"  "yes   "
  96  Renumber residues
  97
  98 .SH KNOWN PROBLEMS
  99 \- The program should allow for random displacement off lattice points.
 100