man/man1/g_wham.1

   1 .TH g_wham 1 "Thu 16 Oct 2008"
   2 .SH NAME
   3 g_wham - weighted histogram analysis after umbrella sampling
   4
   5 .B VERSION 4.0
   6 .SH SYNOPSIS
   7 \f3g_wham\fP
   8 .BI "-o" " profile.xvg "
   9 .BI "-hist" " histo.xvg "
  10 .BI "-[no]h" ""
  11 .BI "-nice" " int "
  12 .BI "-[no]w" ""
  13 .BI "-[no]xvgr" ""
  14 .BI "-min" " real "
  15 .BI "-max" " real "
  16 .BI "-bins" " int "
  17 .BI "-[no]prof" ""
  18 .BI "-temp" " real "
  19 .BI "-[no]flip" ""
  20 .BI "-tol" " real "
  21 .SH DESCRIPTION
  22 This is an analysis program that implements the Weighted
  23 Histogram Analysis Method (WHAM).  It is intended to analyze
  24 .pdo files generated by mdrun using umbrella sampling tocreate a potential of mean force (PMF). The options are
  25
  26
  27 .B -o
  28      name of the PMF output file
  29
  30
  31 .B -hist
  32   name of the histograms output file
  33
  34
  35 .B -min
  36    minimum coordinate to use
  37
  38
  39 .B -max
  40    maximum coordinate to use
  41
  42
  43 Note: the program will throw out any data that is outside
  44 of min - max. The program will output the true min and max
  45 after completion, so you can use these values the next time.
  46 or you can use:
  47
  48
  49 .B -noprof
  50 only calculate min and max
  51
  52
  53 .B -bins
  54   number of bins to use in calculation
  55
  56 .SH FILES
  57 .BI "-o" " profile.xvg"
  58 .B Output
  59  xvgr/xmgr file
  60
  61 .BI "-hist" " histo.xvg"
  62 .B Output
  63  xvgr/xmgr file
  64
  65 .SH OTHER OPTIONS
  66 .BI "-[no]h"  "no    "
  67  Print help info and quit
  68
  69 .BI "-nice"  " int" " 0"
  70  Set the nicelevel
  71
  72 .BI "-[no]w"  "no    "
  73  View output xvg, xpm, eps and pdb files
  74
  75 .BI "-[no]xvgr"  "yes   "
  76  Add specific codes (legends etc.) in the output xvg files for the xmgrace program
  77
  78 .BI "-min"  " real" " 0     "
  79  Minimum coordinate in profile
  80
  81 .BI "-max"  " real" " 0     "
  82  Maximum coordinate in profile
  83
  84 .BI "-bins"  " int" " 100"
  85  Number of bins in profile
  86
  87 .BI "-[no]prof"  "yes   "
  88  Only calculate min and max
  89
  90 .BI "-temp"  " real" " 298   "
  91  Temperature
  92
  93 .BI "-[no]flip"  "no    "
  94  Combine halves of profile
  95
  96 .BI "-tol"  " real" " 0.01  "
  97  Tolerance
  98