man/man1/g_traj.1

   1 .TH g_traj 1 "Thu 16 Oct 2008"
   2 .SH NAME
   3 g_traj - plots x, v and f of selected atoms/groups (and more) from a trajectory
   4
   5 .B VERSION 4.0
   6 .SH SYNOPSIS
   7 \f3g_traj\fP
   8 .BI "-f" " traj.xtc "
   9 .BI "-s" " topol.tpr "
  10 .BI "-n" " index.ndx "
  11 .BI "-ox" " coord.xvg "
  12 .BI "-oxt" " coord.xtc "
  13 .BI "-ov" " veloc.xvg "
  14 .BI "-of" " force.xvg "
  15 .BI "-ob" " box.xvg "
  16 .BI "-ot" " temp.xvg "
  17 .BI "-ekt" " ektrans.xvg "
  18 .BI "-ekr" " ekrot.xvg "
  19 .BI "-vd" " veldist.xvg "
  20 .BI "-cv" " veloc.pdb "
  21 .BI "-cf" " force.pdb "
  22 .BI "-av" " all_veloc.xvg "
  23 .BI "-af" " all_force.xvg "
  24 .BI "-[no]h" ""
  25 .BI "-nice" " int "
  26 .BI "-b" " time "
  27 .BI "-e" " time "
  28 .BI "-dt" " time "
  29 .BI "-tu" " enum "
  30 .BI "-[no]w" ""
  31 .BI "-[no]xvgr" ""
  32 .BI "-[no]com" ""
  33 .BI "-[no]mol" ""
  34 .BI "-[no]nojump" ""
  35 .BI "-[no]x" ""
  36 .BI "-[no]y" ""
  37 .BI "-[no]z" ""
  38 .BI "-ng" " int "
  39 .BI "-[no]len" ""
  40 .BI "-bin" " real "
  41 .BI "-scale" " real "
  42 .SH DESCRIPTION
  43 g_traj plots coordinates, velocities, forces and/or the box.
  44 With
  45 .B -com
  46 the coordinates, velocities and forces are
  47 calculated for the center of mass of each group.
  48 When
  49 .B -mol
  50 is set, the numbers in the index file are
  51 interpreted as molecule numbers and the same procedure as with
  52
  53 .B -com
  54 is used for each molecule.
  55
  56
  57 Option
  58 .B -ot
  59 plots the temperature of each group,
  60 provided velocities are present in the trajectory file.
  61 No corrections are made for constrained degrees of freedom!
  62 This implies
  63 .B -com
  64 .
  65
  66
  67 Options
  68 .B -ekt
  69 and
  70 .B -ekr
  71 plot the translational and
  72 rotational kinetic energy of each group,
  73 provided velocities are present in the trajectory file.
  74 This implies
  75 .B -com
  76 .
  77
  78
  79 Options
  80 .B -cv
  81 and
  82 .B -cf
  83 write the average velocities
  84 and average forces as temperature factors to a pdb file with
  85 the average coordinates. The temperature factors are scaled such
  86 that the maximum is 10. The scaling can be changed with the option
  87
  88 .B -scale
  89 . To get the velocities or forces of one
  90 frame set both
  91 .B -b
  92 and
  93 .B -e
  94 to the time of
  95 desired frame. When averaging over frames you might need to use
  96 the
  97 .B -nojump
  98 option to obtain the correct average coordinates.
  99 If you select either of these option the average force and velocity
 100 for each atom are written to an xvg file as well
 101 (specified with
 102 .B -av
 103 or
 104 .B -af
 105 ).
 106
 107
 108 Option
 109 .B -vd
 110 computes a velocity distribution, i.e. the
 111 norm of the vector is plotted. In addition in the same graph
 112 the kinetic energy distribution is given.
 113 .SH FILES
 114 .BI "-f" " traj.xtc"
 115 .B Input
 116  Trajectory: xtc trr trj gro g96 pdb cpt
 117
 118 .BI "-s" " topol.tpr"
 119 .B Input
 120  Structure+mass(db): tpr tpb tpa gro g96 pdb
 121
 122 .BI "-n" " index.ndx"
 123 .B Input, Opt.
 124  Index file
 125
 126 .BI "-ox" " coord.xvg"
 127 .B Output, Opt.
 128  xvgr/xmgr file
 129
 130 .BI "-oxt" " coord.xtc"
 131 .B Output, Opt.
 132  Trajectory: xtc trr trj gro g96 pdb cpt
 133
 134 .BI "-ov" " veloc.xvg"
 135 .B Output, Opt.
 136  xvgr/xmgr file
 137
 138 .BI "-of" " force.xvg"
 139 .B Output, Opt.
 140  xvgr/xmgr file
 141
 142 .BI "-ob" " box.xvg"
 143 .B Output, Opt.
 144  xvgr/xmgr file
 145
 146 .BI "-ot" " temp.xvg"
 147 .B Output, Opt.
 148  xvgr/xmgr file
 149
 150 .BI "-ekt" " ektrans.xvg"
 151 .B Output, Opt.
 152  xvgr/xmgr file
 153
 154 .BI "-ekr" " ekrot.xvg"
 155 .B Output, Opt.
 156  xvgr/xmgr file
 157
 158 .BI "-vd" " veldist.xvg"
 159 .B Output, Opt.
 160  xvgr/xmgr file
 161
 162 .BI "-cv" " veloc.pdb"
 163 .B Output, Opt.
 164  Protein data bank file
 165
 166 .BI "-cf" " force.pdb"
 167 .B Output, Opt.
 168  Protein data bank file
 169
 170 .BI "-av" " all_veloc.xvg"
 171 .B Output, Opt.
 172  xvgr/xmgr file
 173
 174 .BI "-af" " all_force.xvg"
 175 .B Output, Opt.
 176  xvgr/xmgr file
 177
 178 .SH OTHER OPTIONS
 179 .BI "-[no]h"  "no    "
 180  Print help info and quit
 181
 182 .BI "-nice"  " int" " 19"
 183  Set the nicelevel
 184
 185 .BI "-b"  " time" " 0     "
 186  First frame (ps) to read from trajectory
 187
 188 .BI "-e"  " time" " 0     "
 189  Last frame (ps) to read from trajectory
 190
 191 .BI "-dt"  " time" " 0     "
 192  Only use frame when t MOD dt = first time (ps)
 193
 194 .BI "-tu"  " enum" " ps"
 195  Time unit:
 196 .B ps
 197 ,
 198 .B fs
 199 ,
 200 .B ns
 201 ,
 202 .B us
 203 ,
 204 .B ms
 205 or
 206 .B s
 207
 208
 209 .BI "-[no]w"  "no    "
 210  View output xvg, xpm, eps and pdb files
 211
 212 .BI "-[no]xvgr"  "yes   "
 213  Add specific codes (legends etc.) in the output xvg files for the xmgrace program
 214
 215 .BI "-[no]com"  "no    "
 216  Plot data for the com of each group
 217
 218 .BI "-[no]mol"  "no    "
 219  Index contains molecule numbers iso atom numbers
 220
 221 .BI "-[no]nojump"  "no    "
 222  Remove jumps of atoms across the box
 223
 224 .BI "-[no]x"  "yes   "
 225  Plot X-component
 226
 227 .BI "-[no]y"  "yes   "
 228  Plot Y-component
 229
 230 .BI "-[no]z"  "yes   "
 231  Plot Z-component
 232
 233 .BI "-ng"  " int" " 1"
 234  Number of groups to consider
 235
 236 .BI "-[no]len"  "no    "
 237  Plot vector length
 238
 239 .BI "-bin"  " real" " 1     "
 240  Binwidth for velocity histogram (nm/ps)
 241
 242 .BI "-scale"  " real" " 0     "
 243  Scale factor for pdb output, 0 is autoscale
 244