man/man1/g_rmsdist.1

   1 .TH g_rmsdist 1 "Thu 16 Oct 2008"
   2 .SH NAME
   3 g_rmsdist - calculates atom pair distances averaged with power 2, -3 or -6
   4
   5 .B VERSION 4.0
   6 .SH SYNOPSIS
   7 \f3g_rmsdist\fP
   8 .BI "-f" " traj.xtc "
   9 .BI "-s" " topol.tpr "
  10 .BI "-n" " index.ndx "
  11 .BI "-equiv" " equiv.dat "
  12 .BI "-o" " distrmsd.xvg "
  13 .BI "-rms" " rmsdist.xpm "
  14 .BI "-scl" " rmsscale.xpm "
  15 .BI "-mean" " rmsmean.xpm "
  16 .BI "-nmr3" " nmr3.xpm "
  17 .BI "-nmr6" " nmr6.xpm "
  18 .BI "-noe" " noe.dat "
  19 .BI "-[no]h" ""
  20 .BI "-nice" " int "
  21 .BI "-b" " time "
  22 .BI "-e" " time "
  23 .BI "-dt" " time "
  24 .BI "-[no]w" ""
  25 .BI "-[no]xvgr" ""
  26 .BI "-nlevels" " int "
  27 .BI "-max" " real "
  28 .BI "-[no]sumh" ""
  29 .SH DESCRIPTION
  30 g_rmsdist computes the root mean square deviation of atom distances,
  31 which has the advantage that no fit is needed like in standard RMS
  32 deviation as computed by g_rms.
  33 The reference structure is taken from the structure file.
  34 The rmsd at time t is calculated as the rms
  35 of the differences in distance between atom-pairs in the reference
  36 structure and the structure at time t.
  37
  38
  39 g_rmsdist can also produce matrices of the rms distances, rms distances
  40 scaled with the mean distance and the mean distances and matrices with
  41 NMR averaged distances (1/r3 and 1/r6 averaging). Finally, lists
  42 of atom pairs with 1/r3 and 1/r6 averaged distance below the
  43 maximum distance (
  44 .B -max
  45 , which will default to 0.6 in this case)
  46 can be generated, by default averaging over equivalent hydrogens
  47 (all triplets of hydrogens named *[123]). Additionally a list of
  48 equivalent atoms can be supplied (
  49 .B -equiv
  50 ), each line containing
  51 a set of equivalent atoms specified as residue number and name and
  52 atom name; e.g.:
  53
  54
  55
  56 .B 3 SER  HB1 3 SER  HB2
  57
  58
  59
  60 Residue and atom names must exactly match those in the structure
  61 file, including case. Specifying non-sequential atoms is undefined.
  62 .SH FILES
  63 .BI "-f" " traj.xtc"
  64 .B Input
  65  Trajectory: xtc trr trj gro g96 pdb cpt
  66
  67 .BI "-s" " topol.tpr"
  68 .B Input
  69  Structure+mass(db): tpr tpb tpa gro g96 pdb
  70
  71 .BI "-n" " index.ndx"
  72 .B Input, Opt.
  73  Index file
  74
  75 .BI "-equiv" " equiv.dat"
  76 .B Input, Opt.
  77  Generic data file
  78
  79 .BI "-o" " distrmsd.xvg"
  80 .B Output
  81  xvgr/xmgr file
  82
  83 .BI "-rms" " rmsdist.xpm"
  84 .B Output, Opt.
  85  X PixMap compatible matrix file
  86
  87 .BI "-scl" " rmsscale.xpm"
  88 .B Output, Opt.
  89  X PixMap compatible matrix file
  90
  91 .BI "-mean" " rmsmean.xpm"
  92 .B Output, Opt.
  93  X PixMap compatible matrix file
  94
  95 .BI "-nmr3" " nmr3.xpm"
  96 .B Output, Opt.
  97  X PixMap compatible matrix file
  98
  99 .BI "-nmr6" " nmr6.xpm"
 100 .B Output, Opt.
 101  X PixMap compatible matrix file
 102
 103 .BI "-noe" " noe.dat"
 104 .B Output, Opt.
 105  Generic data file
 106
 107 .SH OTHER OPTIONS
 108 .BI "-[no]h"  "no    "
 109  Print help info and quit
 110
 111 .BI "-nice"  " int" " 19"
 112  Set the nicelevel
 113
 114 .BI "-b"  " time" " 0     "
 115  First frame (ps) to read from trajectory
 116
 117 .BI "-e"  " time" " 0     "
 118  Last frame (ps) to read from trajectory
 119
 120 .BI "-dt"  " time" " 0     "
 121  Only use frame when t MOD dt = first time (ps)
 122
 123 .BI "-[no]w"  "no    "
 124  View output xvg, xpm, eps and pdb files
 125
 126 .BI "-[no]xvgr"  "yes   "
 127  Add specific codes (legends etc.) in the output xvg files for the xmgrace program
 128
 129 .BI "-nlevels"  " int" " 40"
 130  Discretize rms in  levels
 131
 132 .BI "-max"  " real" " -1    "
 133  Maximum level in matrices
 134
 135 .BI "-[no]sumh"  "yes   "
 136  average distance over equivalent hydrogens
 137