man/man1/g_mdmat.1

   1 .TH g_mdmat 1 "Thu 16 Oct 2008"
   2 .SH NAME
   3 g_mdmat - calculates residue contact maps
   4
   5 .B VERSION 4.0
   6 .SH SYNOPSIS
   7 \f3g_mdmat\fP
   8 .BI "-f" " traj.xtc "
   9 .BI "-s" " topol.tpr "
  10 .BI "-n" " index.ndx "
  11 .BI "-mean" " dm.xpm "
  12 .BI "-frames" " dmf.xpm "
  13 .BI "-no" " num.xvg "
  14 .BI "-[no]h" ""
  15 .BI "-nice" " int "
  16 .BI "-b" " time "
  17 .BI "-e" " time "
  18 .BI "-dt" " time "
  19 .BI "-[no]xvgr" ""
  20 .BI "-t" " real "
  21 .BI "-nlevels" " int "
  22 .SH DESCRIPTION
  23 g_mdmat makes distance matrices consisting of the smallest distance
  24 between residue pairs. With -frames these distance matrices can be
  25 stored as a function
  26 of time, to be able to see differences in tertiary structure as a
  27 funcion of time. If you choose your options unwise, this may generate
  28 a large output file. Default only an averaged matrix over the whole
  29 trajectory is output.
  30 Also a count of the number of different atomic contacts between
  31 residues over the whole trajectory can be made.
  32 The output can be processed with xpm2ps to make a PostScript (tm) plot.
  33 .SH FILES
  34 .BI "-f" " traj.xtc"
  35 .B Input
  36  Trajectory: xtc trr trj gro g96 pdb cpt
  37
  38 .BI "-s" " topol.tpr"
  39 .B Input
  40  Structure+mass(db): tpr tpb tpa gro g96 pdb
  41
  42 .BI "-n" " index.ndx"
  43 .B Input, Opt.
  44  Index file
  45
  46 .BI "-mean" " dm.xpm"
  47 .B Output
  48  X PixMap compatible matrix file
  49
  50 .BI "-frames" " dmf.xpm"
  51 .B Output, Opt.
  52  X PixMap compatible matrix file
  53
  54 .BI "-no" " num.xvg"
  55 .B Output, Opt.
  56  xvgr/xmgr file
  57
  58 .SH OTHER OPTIONS
  59 .BI "-[no]h"  "no    "
  60  Print help info and quit
  61
  62 .BI "-nice"  " int" " 19"
  63  Set the nicelevel
  64
  65 .BI "-b"  " time" " 0     "
  66  First frame (ps) to read from trajectory
  67
  68 .BI "-e"  " time" " 0     "
  69  Last frame (ps) to read from trajectory
  70
  71 .BI "-dt"  " time" " 0     "
  72  Only use frame when t MOD dt = first time (ps)
  73
  74 .BI "-[no]xvgr"  "yes   "
  75  Add specific codes (legends etc.) in the output xvg files for the xmgrace program
  76
  77 .BI "-t"  " real" " 1.5   "
  78  trunc distance
  79
  80 .BI "-nlevels"  " int" " 40"
  81  Discretize distance in  levels
  82