man/man1/g_h2order.1

   1 .TH g_h2order 1 "Thu 16 Oct 2008"
   2 .SH NAME
   3 g_h2order - computes the orientation of water molecules
   4
   5 .B VERSION 4.0
   6 .SH SYNOPSIS
   7 \f3g_h2order\fP
   8 .BI "-f" " traj.xtc "
   9 .BI "-n" " index.ndx "
  10 .BI "-nm" " index.ndx "
  11 .BI "-s" " topol.tpr "
  12 .BI "-o" " order.xvg "
  13 .BI "-[no]h" ""
  14 .BI "-nice" " int "
  15 .BI "-b" " time "
  16 .BI "-e" " time "
  17 .BI "-dt" " time "
  18 .BI "-[no]w" ""
  19 .BI "-[no]xvgr" ""
  20 .BI "-d" " string "
  21 .BI "-sl" " int "
  22 .SH DESCRIPTION
  23 Compute the orientation of water molecules with respect to the normal
  24 of the box. The program determines the average cosine of the angle
  25 between de dipole moment of water and an axis of the box. The box is
  26 divided in slices and the average orientation per slice is printed.
  27 Each water molecule is assigned to a slice, per time frame, based on the
  28 position of the oxygen. When -nm  is used the angle between the water
  29 dipole and the axis from the center of mass to the oxygen is calculated
  30 instead of the angle between the dipole and a box axis.
  31 .SH FILES
  32 .BI "-f" " traj.xtc"
  33 .B Input
  34  Trajectory: xtc trr trj gro g96 pdb cpt
  35
  36 .BI "-n" " index.ndx"
  37 .B Input
  38  Index file
  39
  40 .BI "-nm" " index.ndx"
  41 .B Input, Opt.
  42  Index file
  43
  44 .BI "-s" " topol.tpr"
  45 .B Input
  46  Run input file: tpr tpb tpa
  47
  48 .BI "-o" " order.xvg"
  49 .B Output
  50  xvgr/xmgr file
  51
  52 .SH OTHER OPTIONS
  53 .BI "-[no]h"  "no    "
  54  Print help info and quit
  55
  56 .BI "-nice"  " int" " 19"
  57  Set the nicelevel
  58
  59 .BI "-b"  " time" " 0     "
  60  First frame (ps) to read from trajectory
  61
  62 .BI "-e"  " time" " 0     "
  63  Last frame (ps) to read from trajectory
  64
  65 .BI "-dt"  " time" " 0     "
  66  Only use frame when t MOD dt = first time (ps)
  67
  68 .BI "-[no]w"  "no    "
  69  View output xvg, xpm, eps and pdb files
  70
  71 .BI "-[no]xvgr"  "yes   "
  72  Add specific codes (legends etc.) in the output xvg files for the xmgrace program
  73
  74 .BI "-d"  " string" " Z"
  75  Take the normal on the membrane in direction X, Y or Z.
  76
  77 .BI "-sl"  " int" " 0"
  78  Calculate order parameter as function of boxlength, dividing the box in nr slices.
  79
  80 .SH KNOWN PROBLEMS
  81 \- The program assigns whole water molecules to a slice, based on the firstatom of three in the index file group. It assumes an order O,H,H.Name is not important, but the order is. If this demand is not met,assigning molecules to slices is different.
  82