man/man1/g_dist.1

   1 .TH g_dist 1 "Thu 16 Oct 2008"
   2 .SH NAME
   3 g_dist - calculates the distances between the centers of mass of two groups
   4
   5 .B VERSION 4.0
   6 .SH SYNOPSIS
   7 \f3g_dist\fP
   8 .BI "-f" " traj.xtc "
   9 .BI "-s" " topol.tpr "
  10 .BI "-n" " index.ndx "
  11 .BI "-o" " dist.xvg "
  12 .BI "-lt" " lifetime.xvg "
  13 .BI "-[no]h" ""
  14 .BI "-nice" " int "
  15 .BI "-b" " time "
  16 .BI "-e" " time "
  17 .BI "-dt" " time "
  18 .BI "-[no]xvgr" ""
  19 .BI "-dist" " real "
  20 .SH DESCRIPTION
  21 g_dist can calculate the distance between the centers of mass of two
  22 groups of atoms as a function of time. The total distance and its
  23 x, y and z components are plotted.
  24
  25
  26 Or when
  27 .B -dist
  28 is set, print all the atoms in group 2 that are
  29 closer than a certain distance to the center of mass of group 1.
  30
  31
  32 With options
  33 .B -lt
  34 and
  35 .B -dist
  36 the number of contacts
  37 of all atoms in group 2 that are closer than a certain distance
  38 to the center of mass of group 1 are plotted as a function of the time
  39 that the contact was continously present.
  40
  41
  42 Other programs that calculate distances are
  43 .B g_mindist
  44
  45 and
  46 .B g_bond
  47 .
  48 .SH FILES
  49 .BI "-f" " traj.xtc"
  50 .B Input
  51  Trajectory: xtc trr trj gro g96 pdb cpt
  52
  53 .BI "-s" " topol.tpr"
  54 .B Input
  55  Run input file: tpr tpb tpa
  56
  57 .BI "-n" " index.ndx"
  58 .B Input, Opt.
  59  Index file
  60
  61 .BI "-o" " dist.xvg"
  62 .B Output, Opt.
  63  xvgr/xmgr file
  64
  65 .BI "-lt" " lifetime.xvg"
  66 .B Output, Opt.
  67  xvgr/xmgr file
  68
  69 .SH OTHER OPTIONS
  70 .BI "-[no]h"  "no    "
  71  Print help info and quit
  72
  73 .BI "-nice"  " int" " 19"
  74  Set the nicelevel
  75
  76 .BI "-b"  " time" " 0     "
  77  First frame (ps) to read from trajectory
  78
  79 .BI "-e"  " time" " 0     "
  80  Last frame (ps) to read from trajectory
  81
  82 .BI "-dt"  " time" " 0     "
  83  Only use frame when t MOD dt = first time (ps)
  84
  85 .BI "-[no]xvgr"  "yes   "
  86  Add specific codes (legends etc.) in the output xvg files for the xmgrace program
  87
  88 .BI "-dist"  " real" " 0     "
  89  Print all atoms in group 2 closer than dist to the center of mass of group 1
  90