man/man1/g_dielectric.1

   1 .TH g_dielectric 1 "Thu 16 Oct 2008"
   2 .SH NAME
   3 g_dielectric - calculates frequency dependent dielectric constants
   4
   5 .B VERSION 4.0
   6 .SH SYNOPSIS
   7 \f3g_dielectric\fP
   8 .BI "-f" " dipcorr.xvg "
   9 .BI "-d" " deriv.xvg "
  10 .BI "-o" " epsw.xvg "
  11 .BI "-c" " cole.xvg "
  12 .BI "-[no]h" ""
  13 .BI "-nice" " int "
  14 .BI "-b" " time "
  15 .BI "-e" " time "
  16 .BI "-dt" " time "
  17 .BI "-[no]w" ""
  18 .BI "-[no]xvgr" ""
  19 .BI "-[no]fft" ""
  20 .BI "-[no]x1" ""
  21 .BI "-eint" " real "
  22 .BI "-bfit" " real "
  23 .BI "-efit" " real "
  24 .BI "-tail" " real "
  25 .BI "-A" " real "
  26 .BI "-tau1" " real "
  27 .BI "-tau2" " real "
  28 .BI "-eps0" " real "
  29 .BI "-epsRF" " real "
  30 .BI "-fix" " int "
  31 .BI "-ffn" " enum "
  32 .BI "-nsmooth" " int "
  33 .SH DESCRIPTION
  34 dielectric calculates frequency dependent dielectric constants
  35 from the autocorrelation function of the total dipole moment in
  36 your simulation. This ACF can be generated by g_dipoles.
  37 For an estimate of the error you can run g_statistics on the
  38 ACF, and use the output thus generated for this program.
  39 The functional forms of the available functions are:
  40
  41
  42 One parmeter  : y = Exp[-a1 x]
  43 Two parmeters : y = a2 Exp[-a1 x]
  44 Three parmeter: y = a2 Exp[-a1 x] + (1 - a2) Exp[-a3 x]
  45 Startvalues for the fit procedure can be given on the commandline.
  46 It is also possible to fix parameters at their start value, use -fix
  47 with the number of the parameter you want to fix.
  48
  49
  50
  51 Three output files are generated, the first contains the ACF,
  52 an exponential fit to it with 1, 2 or 3 parameters, and the
  53 numerical derivative of the combination data/fit.
  54 The second file contains the real and imaginary parts of the
  55 frequency-dependent dielectric constant, the last gives a plot
  56 known as the Cole-Cole plot, in which the  imaginary
  57 component is plotted as a function of the real component.
  58 For a pure exponential relaxation (Debye relaxation) the latter
  59 plot should be one half of a circle
  60 .SH FILES
  61 .BI "-f" " dipcorr.xvg"
  62 .B Input
  63  xvgr/xmgr file
  64
  65 .BI "-d" " deriv.xvg"
  66 .B Output
  67  xvgr/xmgr file
  68
  69 .BI "-o" " epsw.xvg"
  70 .B Output
  71  xvgr/xmgr file
  72
  73 .BI "-c" " cole.xvg"
  74 .B Output
  75  xvgr/xmgr file
  76
  77 .SH OTHER OPTIONS
  78 .BI "-[no]h"  "no    "
  79  Print help info and quit
  80
  81 .BI "-nice"  " int" " 19"
  82  Set the nicelevel
  83
  84 .BI "-b"  " time" " 0     "
  85  First frame (ps) to read from trajectory
  86
  87 .BI "-e"  " time" " 0     "
  88  Last frame (ps) to read from trajectory
  89
  90 .BI "-dt"  " time" " 0     "
  91  Only use frame when t MOD dt = first time (ps)
  92
  93 .BI "-[no]w"  "no    "
  94  View output xvg, xpm, eps and pdb files
  95
  96 .BI "-[no]xvgr"  "yes   "
  97  Add specific codes (legends etc.) in the output xvg files for the xmgrace program
  98
  99 .BI "-[no]fft"  "no    "
 100  use fast fourier transform for correlation function
 101
 102 .BI "-[no]x1"  "yes   "
 103  use first column as X axis rather than first data set
 104
 105 .BI "-eint"  " real" " 5     "
 106  Time were to end the integration of the data and start to use the fit
 107
 108 .BI "-bfit"  " real" " 5     "
 109  Begin time of fit
 110
 111 .BI "-efit"  " real" " 500   "
 112  End time of fit
 113
 114 .BI "-tail"  " real" " 500   "
 115  Length of function including data and tail from fit
 116
 117 .BI "-A"  " real" " 0.5   "
 118  Start value for fit parameter A
 119
 120 .BI "-tau1"  " real" " 10    "
 121  Start value for fit parameter tau1
 122
 123 .BI "-tau2"  " real" " 1     "
 124  Start value for fit parameter tau2
 125
 126 .BI "-eps0"  " real" " 80    "
 127  Epsilon 0 of your liquid
 128
 129 .BI "-epsRF"  " real" " 78.5  "
 130  Epsilon of the reaction field used in your simulation. A value of 0 means infinity.
 131
 132 .BI "-fix"  " int" " 0"
 133  Fix parameters at their start values, A (2), tau1 (1), or tau2 (4)
 134
 135 .BI "-ffn"  " enum" " none"
 136  Fit function:
 137 .B none
 138 ,
 139 .B exp
 140 ,
 141 .B aexp
 142 ,
 143 .B exp_exp
 144 ,
 145 .B vac
 146 ,
 147 .B exp5
 148 ,
 149 .B exp7
 150 or
 151 .B exp9
 152
 153
 154 .BI "-nsmooth"  " int" " 3"
 155  Number of points for smoothing
 156