README

   1
   2                Welcome to the official version of GROMACS!
   3
   4 There are no significant changes to the installation or use between version
   5 3.1 and 3.0, so if you're already used to 3.0 you can just go ahead and update.
   6 A lot of things changed with version 3.0, though. Not only is the code
   7 significantly faster, but we also introduced a completely new installation
   8 process and licensed the package under the GPL (see the COPYING file).
   9
  10 If you are familiar with unix, it should be fairly trivial to compile and
  11 install GROMACS. Installation instructions are available in the INSTALL file,
  12 and a more extended step-by-step guide can be found on http://www.gromacs.org .
  13
  14 Of course we will do our utmost to help you with any problems, but PLEASE
  15 READ THE INSTALLATION INSTRUCTIONS BEFORE CONTACTING US!
  16
  17 There are also several other online resources available from the homepage,
  18 and special information for developers. We recommend all users to subscribe
  19 at least to the gmx-announce list - there is almost no traffic at all, but
  20 you get notice of new versions or severe bugs, and it gives us a possibility
  21 to keep track of the number of users since no signature is required anymore.
  22
  23 If you are a developer, or change the source for any other reason, check
  24 out http://www.gromacs.org/developer for details on using automake & autoconf!
  25
  26                                * * * * *
  27
  28 GROMACS is free software, distributed under the GNU General Public License.
  29 However, scientific software is a little special compared to most other
  30 programs. Both you, we, and all other GROMACS users depend on the quality
  31 of the code, and when we find bugs (every piece of software has them) it
  32 is crucial that we can correct it and say that it was fixed in version X of
  33 the file or package release. For the same reason, it is important that you
  34 can reproduce other people's result from a certain GROMACS version.
  35
  36 The easiest way to avoid this kind of problems is to get your modifications
  37 included in the main distribution. We'll be happy to consider any decent
  38 code. If it's a separate program it can probably be included in the contrib
  39 directory straight away (not supported by us), but for major changes in the
  40 main code we appreciate if you first test that it works with MPI,
  41 double precision, fortran code, etc.
  42
  43 If you still want to distribute a modified version or use part of GROMACS
  44 in your own program, remember that the entire modified must be licensed
  45 under GPL, and that it must clearly be labeled as derived work. It should
  46 not use the name "official GROMACS", and make sure support questions are
  47 directed to you instead of the GROMACS developers.
  48 Sorry for the hard wording, but it is meant to protect YOUR reseach results!
  49
  50                                * * * * *
  51
  52 The development of GROMACS is mainly funded by academic research grants.
  53 To help us fund development, we humbly ask that you cite the GROMACS papers:
  54
  55 * GROMACS: A message-passing parallel molecular dynamics implementation
  56   H.J.C. Berendsen, D. van der Spoel and R. van Drunen
  57   Comp. Phys. Comm. 91, 43-56 (1995)
  58
  59 * GROMACS 3.0: A package for molecular simulation and trajectory analysis
  60   Erik Lindahl, Berk Hess and David van der Spoel
  61   J. Mol. Mod. 7, 306-317 (2001)
  62
  63 There are a lot of cool features we'd like to include in future versions,
  64 but our resources are limited. All kinds of donations are welcome, both in
  65 form of code, hardware and funding! Industrial users who choose to pay
  66 for a license pro bono (it is still GPL and can be redistributed freely) or
  67 contribute in other ways are listed as GROMACS supporters on our webpages.
  68 Don't hesitate to contact us at gromacs@gromacs.org if you are interested.
  69
  70
  71                        Good luck with your simulations!
  72
  73                               The GROMACS Crew
  74
  75
  76
  77
  78
  79
  80
  81